3GDT | Genus

Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	260
structure length	260
Chain Sequence	KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2376416548139__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2376416548139__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3GDT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2376416548139__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2376416548139","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3GDT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2376416548139__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfef6cd60a08faec23a6b35/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfef6cd60a08faec23a6b35/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfef6cd60a08faec23a6b35/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfef6cd60a08faec23a6b35/pdb.gz): 130 ms

reading 260 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

260 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:259});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	96
structure length	260
sequence length	260
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2009-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gdtA00

5AYXA 3PWAA 2NWSA 4FNTA 3SFKA 4BF9A 4NNAA 5K9CA 1VZWA 2EHHA 1K8XA 3E0IA 3NXFA 4ADUA 3NQ8A 5BW6A 1R2RA 4GRSA 3TSMA 4DPPA 3TFCA 5AHLA 2AQWA 4DEFA 2HS6A 2PURA 3WK2A 4UFKA 5AFDA 4U4MA 3N73A 3A5FA 3G8EA 1F6PA 4WXZA 3C52A 1H7OA 3MHFA 3FIGA 1SW0A 4MLJA 5HULA 3G18A 3TK7A 2DORA 3GK0A 4Z0SA 4JR5A 4N02A 4B5NA 5J5RA 4LVDA 5FEWA 5H2ZA 2EAWA 3GB6A 2JGYA 4P61A 4BI6A 4IUOA 4QAIA 3W87A 2W6RA 3HJZA 4Z1DA 2CZFA 1OX4A 3NDOA 2A21A 3L67A 4RXGA 4WY0B 4DQWA 3NAVA 3O8AA 3B8DA 1I4NA 4NJJA 1PS9A 3TAKA 4HKPA 2ABAA 3OA3A 2V9DA 1P0NA 2ZRZA 1ZCOA 4X2RA 2HS8A 2B0MA 4GWEA 3PUEA 4NZFA 3PC0A 2YDAA 4A29A 4UCGA 4AHOA 1P5BA 3M5VA 4NXKA 3W7DA 3S6DA 3FJ6A 3LDVA 3INPA 3U2OA 5MHBA 2ZFAA 3DKJA 3M6YA 2V0TA 3G1XA 2AGKA 2ZCGA 1AW2A 3P81A 3R13A 2QR6A 4LOCA 4O28A 1H61A 3W3OA 3LRKA 5F4SA 5DCEA 1KBJA 2VOMA 2O7SA 3MHUA 3LM7A 2YSWA 1KFKA 4QISA 2ZZ3A 3T40A 5J5DA 1LDCA 4LVFA 4X9SA 1NFBA 5EA9A 4ZQCA 3W07A 4H3DA 2Y7FA 2NXGA 3G8RA 1PCWA 4JDYA 1FCQA 4BFAA 1A53A 1LORA 4O53A 1W3NA 1QR7A 3W7EA 1TREA 3UQNA 1JCJA 3PY2A 5LGZA 2CU0A 1J4EA 3QMSA 2YZRA 3G1YA 4JICA 3SY5A 1IXOA 1VGAA 3GYEA 1H50A 3NQGA 4UNLA 5HUPA 1M7OA 1QOPA 1G69A 2DJXA 1P1XA 2QDHA 4OWGA 2ATMA 2GQAA 5IM51 1TIMA 3W73A 3MMTA 1R2SA 3CEPA 4XKYB 1XBXA 4LVAA 3HMJG 1U83A 5HNRA 1PL9A 3A24A 1DL3A 2WQPA 3B0UX 1JQVA 4Q32A 4NU7A 1KFLA 2HSAA 1FDZA 4IX0A 5AHEA 1FUYA 1MO0A 2CWNA 2GPTA 5FEZA 1TO3A 3A21A 3W7GA 2A5HA 4ZQMA 1LBMA 2J9ZA 2V5LA 1HO4A 3CU2A 3TMLA 5F1VA 1O4UA 2ALDA 2GVJA 3BW4A 3BVJA 2J9XA 2W79A 3DFSA 3KFTA 1YXCA 4S1FA 3BARA 4AF0A 1B4EA 4DBDA 2DZTA 4UTMA 3TCEA 2JBMA 4NX0A 3V1PA 3NPWA 1OJXA 2YW3A 2ZQ0A 1W54A 3B06A 3NA8A 2NUWA 1WDWA 2NX9A 2YR1A 3NQDA 2RDWA 4FO4A 5BNKA 2Y88A 4HPJA 3KOFA 3DFPA 1JCLA 5A5WA 5D2YA 1XBZA 3WJZA 2OJPA 3EWYA 4O0ZA 3ZWSA 1VC4A 1SZGA 1TPB1 5F4XA 2VFIA 2VFDA 2V2CA 3OEXA 5U7SA 1H5YA 1XBYA 4Z1CA 3WFAA 1T0OA 3VFLA 4RXFA 5FI8A 3W75A 4O11A 3G1HA 3WJYA 1T8XA 5LNRA 1KW1A 3NQVA 2FPYA 4CQ9A 4K7YA 2JK2A 3NNTA 4ALDA 1H7RA 1QWGA 4Z0JA 3LTYA 4JNMA 4QNEA 3TIMA 1L6WA 3M16A 1TPDA 3PG9A 2E6YA 5K4ZA 3IGXA 1SO3A 3GXPA 1QCWA 1THFD 2ATSA 4NXSA 3T55A 1YPIA 4N9BA 4K39A 3BO9A 2C0AA 3NG3A 2CLOA 1OYAA 4PEKA 4DF0A 4NZJA 3W7JA 4KWVA 4AH7A 4LNYA 4MOZA 1WQ5A 4JXCA 3T44A 5BRBA 3L21A 3O63A 2GJLA 4WJEA 5EYWA 5AYYA 3PB0A 4H4IA 3M1ZA 2ZZ1A 2A7NA 1PVNA 4HN4A 2X2GA 4HNNA 3W7LA 3GR8A 1XDMA 2ABBA 4HPXA 5HQEA 4FIQA 4LY8A 1G4PA 7TIMA 2ZZ7A 1EB3A 5KSWA 1A50A 2Z1BA 1HTIA 2TMDA 5CG7A 1KLYA 3LBCA 1LOLA 1QO5A 2FFCA 2Q3RA 3W74A 2Z0IA 4ZMGA 2YFOA 2YCEA 3W7KA 4IX2A 4CCCA 5DXXA 4UC5A 4IWWA 2A2IA 4M6QA 1EA0A 3DGRA 1TPEA 3G0SA 4LVBA 2HMCA 4YXGA 5G5IA 4KFOA 5FF4A 3P8JA 3STCA 1OX4B 1GYLA 1XUZA 2DZSA 3UWWA 2G97A 3RLUA 2FDSA 3TUUA 1LRTA 4KKXA 1K8YA 2EPHA 4AWTA 3U6WA 1YDNA 1OX6A 3TE9A 1ZHAA 2ZA1A 5DY2A 3PSVA 4BR1A 3RF9A 4NVTA 2BSLA 5D2VA 1XBVA 4ZZ9A 5LNUA 3HGOA 3QEZA 5F1UA 3NL5A 3LRMA 3P80A 3L66A 2CZDA 1X1OA 1LOQA 3LTPA 2VKZG 3FKRA 3EWBX 4A3UA 1KTCA 4AHQA 1GVRA 2ZYFA 1RQHA 3FFSA 5K3VA 4N9DA 3W2JA 4XQ6A 2GVGA 3DAQA 3UY7A 3TW7A 4RLIA 1QMLA 2AAMA 4K7VA 1H1ZA 1SO4A 2NX3A 1LBFA 3R2GA 4LS0A 4GFSA 1KV8A 5CKSA 4QNWA 3DENA 2X1UA 1K7FA 2ISSA 1VYRA 3N19B 2YPIA 2Z2UA 3TSDA 4GNJA 4M7TA 1U5JA 1EEPA 1TV5A 4UFLA 4DF1A 3W85A 3MBDA 4POCA 4LC6A 2H6RA 4XKYA 3KX6A 4CNPA 2FPTA 2X30A 1KTBA 3TXZA 4L4MA 1R46A 3IV3A 3W72A 3W7MA 3UXAA 4MKNA 1W56A 4UMBA 4JY9A 1ZNNA 3QYQA 4Y90A 1OF6A 1C9DA 4HSOA 1GTHA 1VCVA 3PULA 3CIWA 5D09A 3TKFA 3TNOA 2ISWA 1PE1A 1JVNA 3HGJA 3TQ0A 5G1YA 1VHNA 4JYEA 4XTIA 3DI1A 3B0VC 5DLCA 1SZEA 3MYPA 4O1BA 1H7XA 1N8FA 2E77A 5LSMA 3RMJA 4N9EA 3TW6A 1TV7A 2UV8G 1FWWA 1OFBA 3DH7A 5BOOA 1JRCA 1DQXA 4PL2A 2H3DA 2V82A 4FX6M 2ISVA 3LERA 5I3IA 3S1VA 5K2ZA 3T78A 2E6FA 4MVAA 1AG1O 5G2WA 2BLEA 3CQ0A 3G24A 1G4TA 1FCVA 2E68A 2YGYA 2FB2A 1IIGA 4JTLA 2A85A 1I2PA 4JTJA 2VEIA 3W1XA 3EX1A 1WYIA 4FNSA 4PODA 3NQCA 5AHMA 4Z08A 3LBMA 5HWNA 1ZAIA 4DF2A 3O06A 3L68A 2ZDRA 5U4NA 3UWQA 5E0KA 3GDTA 2P1FA 3BG5A 3G0XA 1R30A 2QJGA 5LGXA 3N3MA 3NL3A 3U8GA 3TFXA 3OVRA 3UNDA 3IVSA 5AC7A 3B03A 2FPVA 3EXSA 4AAJA 3DBPA 3OHIA 4FNRA 4L4LA 3DKLA 2CLHA 3NYZA 1FCUA 4WUIA 4JGDA 4O52A 5D2XA 2R14A 3UPBA 3UY8A 4QSHA 2XFWA 3WK3A 3DHFA 3PSWA 1VYSX 3IIVA 3MYOA 2E5CA 5FF3A 3N9SA 4GJ1A 4MY8A 3A9IA 3R5EA 3HPZA 1JRBA 3GXTA 1S5WA 2E1DA 5C2XA 4O14A 2QAPA 3SW6A 4BI7A 2FJKA 1SUXA 2QUVA 3TXVA 3P61A 3Q58A 2X1RA 4O17A 4RCXA 3FJLA 1G7VA 1EUAA 3AO0A 3TROA 1OFAA 3EXRA 4UMCA 3P5YA 1O95A 2QCCA 2GOUA 1CI1A 3FYOA 3IIOA 4HNTA 4I7VA 1IXNA 3JRKA 4TMBA 2BTMA 3I6RA 1FBAA 3GAKA 2YXGA 3G3DA 4R53A 5TBOA 4I7UA 1H60A 3GR7A 3NM3A 4KFPA 4JTGA 4Y9AA 4X22A 4NJKA 4O1AA 2WSQA 2R91A 4UUIA 1K7XA 2DZWA 3TAOA 1TPC1 4NNBA 5ABTA 1S5VA 4MZYA 4IQLA 3TJXA 2NWRA 2X16A 1C29A 1G7UA 3LHUA 5AB3A 1W0MA 2BZNA 4FEZA 3EEGA 3QSTA 3BG3A 1K8ZA 1XUUA 3CC1A 2X1SA 4NJGA 2VEKA 3BLIA 1FDJA 3W7QA 1SZNA 1YADA 1Z41A 3P7YA 1VR6A 3I65A 4WOZA 1MSSA 2Y6ZA 4FXSA 1TQJA 4IMDA 3DFNA 2G5WA 4IPIA 1F74A 1KM3A 4O13A 1X8FA 5I3JA 4JIQA 3P60A 2WKJA 3LXAA 1FDYA 5BMWA 1KTNA 5HR6A 5A8GA 2DZXA 2PRHA 1VLIA 1LBLA 3FLUA 2W0UA 3UXDA 2NUXA 3ELFA 4CLMA 4NJIA 1TTPA 1KLZA 1X7FA 3CTLA 5DBTA 2JKPA 3HOJA 2Z6JA 4LV4A 1IXPA 3NVTA 1GYNA 3PBUA 3MI6A 3O15A 2ZTJA 3PB2A 3STFA 3Q94A 4JY8A 1W5QA 3GAYA 3C8FA 3L5LA 1VS1A 3GDRA 4E38A 1TSIA 4ZQOA 3DI0A 1V5XA 2I14A 1UJPA 4UFJA 1WBHA 3W1RA 1VJIA 4HIBA 1Y0EA 3HPXA 4JX6A 3JS3A 3UD6A 1QPOA 3G1AA 1LM1A 4Z1AA 4CCDA 4GUGA 3WJXA 3L2IA 4M19A 1RQEA 1QFEA 5D04C 2P0OA 3KRUA 2FTPA 1H63A 2QCHA 1W5MA 4AVFA 3DFQA 3BW2A 3UWZA 4UMAA 1Q6RA 1EIXA 1YTDA 4CNNA 3UWVA 4CQAA 5IBXA 5FEXA 2QCFA 2C6QA 4OV9A 5CPOA 3W83A 4GXMA 3I68A 1T99A 1W5PA 3CM4A 3EXTA 4OBTA 1FXPA 1K7EA 3S9YA 4PTNA 1A5SA 2JKAA 2B7PA 2BWGA 1D9EA 3GDKA 4YCPA 3EWXA 4EVZA 2HTMA 3L65A 2KZHA 1DJNA 5D30A 3EKZA 1F5ZA 3UPWA 4PC8A 3ABQA 2B7NA 5IBXC 1W8SA 3CT7A 4UTTA 5HWMA 4TO8A 2CFFA 2DJLA 3ABRA 1WOBA 1DBTA 1JCNA 4JTIA 1JUEA 5DBUA 4LRTA 1CX9A 5T26A 4PA8A 1AL7A 4IGHA 3S5NA 2A6NA 3M0ZA 4WOQA 1DVJA 1YPFA 4TMCA 3PBWA 1DV7A 4K8EA 3SR7A 3C2FA 3TV8A 3SSJA 4LS2A 4K8HA 5AN7A 1ML1A 1RPXA 3HG5A 3N34A 3ZFHA 4IMEA 5KMYA 4UTTC 5KZMA 3ABSA 3QMTA 1Z42A 3HG3A 1OK6A 4FX8A 1B9BA 3TC7A 1O5KA 1KFBA 2FLIA 4MLRA 1ZALA 3DFTA 3C2OA 4ZQRA 3E12A 4N4QA 4MY9A 3C4UA 1K3UA 1X1ZA 5F2LA 3W1NA 1LRNA 1IIHA 4QIUA 1KM4A 1KFEA 1SO5A 4ZL1A 1V7YA 4TIMA 3GIYA 2QF7A 1TRDA 5I3KA 1FCBA 3EKLA 1D3HA 5D37A 1ICPA 3FKKA 3DXIA 3QRHA 5D32A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2VRJ A;  1FOB A;  4RPP A;  1FWJ C;  1QNQ A;  3NSM A;  4LW7 A;  1EJV C;  4JQ2 A;  1MNS A;  1Z48 A;  2FZN A;  3WX7 A;  3SN4 A;  1SSD A;  3ENL A;  3H2C A;  1MEW A;  5FA5 A;  3AYS A;  1W1Y A;  2WSY A;  2YB4 A;  2WVV A;  2EEX A;  4E8G A;  2I9E A;  4IMF A;  1UWI A;  4XZB A;  3WLR A;  4IIC A;  4B5T A;  1DWF M;  3AHT A;  1TR1 A;  1LCO A;  3T05 A;  1KCX A;  3EA1 A;  1OFQ A;  4JKL A;  3GTX A;  3H2O A;  4N0R A;  3K1G A;  3SCO A;  3H54 A;  4RUB A;  1POK A;  2FHB A;  3W23 A;  2PB1 A;  2HXU A;  4DAF A;  1WZL A;  3SUR A;  4XIS A;  2QUU A;  3VKD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GDTA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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