3GH5A

Crystal structure of beta-hexosaminidase from paenibacillus sp. ts12 in complex with glcnac
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
519
structure length
507
Chain Sequence
HHHHSSGLVPRGSHMASMSQPSILPKPVSYTVGSGQFVLTKNASIFVAGNNVGETDELFNIGQALAKKLNASTGYTISVVKSNQPTAGSIYLTTVGGNAALGNEGYDLITTSNQVTLTANKPEGVFRGNQTLLQLLPAGIEKNTVVSGVQWVIPHSNISDKPEYEYRGLMLDVARHFFTVDEVKRQIDLASQYKINKFHMHLSDDQGWRIEIKSWPDLIEIGSKGQVGGGPGGYYTQEQFKDIVSYAAERYIEVIPEIDMPGHTNAALASYGELNPDGKRKAMRTDTAVGYSTLMPRAEITYQFVEDVISELAAISPSPYIHLGGDESNATSAADYDYFFGRVTAIANSYGKKVVGWDPSDTSSGATSDSVLQNWTCSASTGTAAKAKGMKVIVSPANAYLDMKYYSDSPIGLQWRGFVNTNRAYNWDPTDCIKGANIYGVESTLWTETFVTQDHLDYMLYPKLLSNAEVGWTARGDRNWDDFKERLIEHTPRLQNKGIKFFADPIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus sp.
publication title Molecular cloning and crystal structural analysis of a novel beta-N-acetylhexosaminidase from Paenibacillus sp. TS12 capable of degrading glycosphingolipids
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-hexosaminidase
total genus 198
structure length 507
sequence length 519
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2009-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gh5A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3gh5A02
1E6SM 3PHAA 5A6AA 5E0CA 2J7BA 1UQYA 4HMCA 3M46A 4AYSA 2YLLA 3GBDA 4ATLA 1VENA 1JGIA 4AWEA 1HJQA 3KL0A 2QPUA 5JBEA 4J27A 4LX4A 2JF6A 1GOIA 4HZ8A 4HU8A 2YIHA 3IAQA 3QHOA 5I6SA 2VVNA 4UCFA 5DT7A 3THCA 2DT1A 1V3LA 2BHUA 3O9NA 4PCSA 2F2HA 3AISA 2GJXA 1ESWA 1ECEA 1FHLA 1MFVA 1PX4A 1OBAA 2CITA 1XH2A 3ZT5A 3W38A 3VIIA 1B30A 1VBRA 2FGLA 1W91A 1ZBCA 5BROA 2WVUA 2X09A 3TTSA 1CDGA 2ZX9A 1E4IA 1HVQA 3WEZA 1GQIA 4NI3A 3OGRA 4IISA 1I75A 3CUGA 1VFMA 2ZWZA 5BRPA 4CKQA 4CCEA 4DUWA 1BG4A 1E3ZA 1LL4A 1HJWA 3VMOA 1SFSA 1D2KA 1UH3A 1M03A 3QR3A 3WQ8A 1E55A 4URIA 4QDMA 4KRTA 4OBSA 4GQRA 1XSJA 1Q6EA 3L4VA 4UFHA 2WKGA 4B15A 4QLKA 1PZ3A 5I79A 2DIJA 1WB0A 3OA5A 4M24A 4NZCA 5AY7A 4BCEA 3L4XA 1E1EA 1JXJA 3VILA 1GOKA 4JZ5A 3WH6A 3L4YA 1JFXA 1B3WA 1N82A 4P8VA 1ZBKA 2CBIA 1D7FA 3SURA 2XTKA 1MVYA 2WSKA 2GDUA 3RM4A 5HDRA 1F4HA 1JYXA 1GQLA 3WUEA 4F8XA 3BXWA 2J7HA 5A6BA 1GONA 2ZUUA 5A94A 3F4VA 3PZIA 1ZJAA 2J77A 2CYGA 1EOKA 4X0VA 3OZPA 3VGFA 4MPKA 4CD5A 2Z1SA 4U31A 5HPOA 1BSIA 3CMJA 5DMYA 3VM5A 1UZ4A 1V0LA 2BXZA 4GZEA 5GQBA 4KGJA 2VI0A 3ZSSA 1IZJA 3W6MA 2VTFA 4J3VA 2DQXA 3DECA 3A47A 2XFYA 3GTNA 5E6ZA 1J0KA 1V0KA 4CU8A 4W7VA 1W2VA 2CNCA 1JF5A 5A95A 2YLAA 3WF4A 1LF1A 3ARUA 3U7BA 2PWHA 3VMPA 1WCGA 2WMIB 1BVNP 3AJ7A 2VNCA 3RMEA 3SEPA 4UZUA 3W37A 1NH6A 2UY4A 2RGMA 2VR4A 4W7UA 1KWGA 4ACYA 1KB3A 2ZUVA 4PMZA 3B9EA 1W1VA 2VX5A 4QCFA 4C91A 1BYCA 2ZE0A 2G3MA 5F7UA 3WNKA 3MV01 2E40A 4D6GA 2WAGA 3WIJA 3II1A 4GI6A 3GH4A 2ZWYA 4IUGA 4KWUA 4LGXA 1E0XA 3ARVA 4MDPA 1KCKA 3TONA 1HNYA 2ZUSA 4D6JA 3ALFA 3F5KA 4Z2LA 1Q4NX 4H04A 4UFJA 1H0GA 1KQYA 2WMHA 4X0NA 2AAAA 4UFIA 3W25A 4ATWA 2XVLA 1Q6DA 1J0HA 1DHKA 2UY2A 4AY1A 3ARPA 1CXEA 2ZX5A 3BAKA 4MNLA 1B31A 1V0MA 1VFOA 2ZOXA 3WEMA 4D1JA 3WD0A 3POCA 3WQ4A 4PMOA 1J9YA 3WDIA 8A3HA 3GH5A 1DWHM 1JZ3A 5DFAA 3PTQA 2O9PA 3EMQA 4LYPA 1BF2A 1GOMA 4AZBA 1J01A 4RE2A 4PMYA 1CNVA 3VDHA 3VU2A 4WK9A 1VEOA 1ZBWA 3T0AA 4B3LA 2CXGA 5BXRA 1UUQA 3CZGA 1BYBA 4OBRA 2ZUNA 2XM2A 3IANA 4Z2IA 1ITCA 2HVMA 1WO2A 2XVKA 3EDFA 4ZXOA 3W24A 4KRUA 1MFUA 3MUAA 4P8UA 1B0IA 1CXKA 1G94A 3BLPX 1QVBA 4W85A 2WMKA 4L4PA 3VD5A 1E5JA 1KR0A 3U5YA 1U33A 1ODZA 2PBOA 2DSVA 3N13A 4E4PA 3IJ9A 2FDMA 8CGTA 2JEPA 3VIFA 3AIUA 1UKQA 1VFFA 1X1NA 1C8QA 1U30A 3FAWA 1V3MA 3NCOA 1JXKA 3WDRA 3BC9A 3O6AA 3AZSA 3ZMRA 5A69A 4TTUA 3AQUA 1CGUA 4P8WA 4MJ2A 4E8DA 3VKKA 4ZE5A 2BS9A 1QPKA 1JZ4A 3OGVA 4WF7A 2QHAA 5JIWA 4LYRA 3T2PA 4LYQA 1TFVA 3K1DA 1KXTA 1UR2A 2J62A 2IUZA 5HXMA 3WL0A 4XUYA 3QGVA 1JDDA 4AZCB 4V28A 1J12A 3GYCA 4LXFA 3OLIA 4UFMA 2EXOA 2WW5A 3THDA 4GI8A 2Y4SA 5I2UA 1OIMA 2OSYA 4AD0A 2WXDM 3O2LA 3WDPP 4WKHA 4E8CA 3PZGA 3WY1A 1CXIA 1JD7A 4J3TA 1LQ0A 2J7FA 3VGGA 2PB1A 3CBWA 2E0PA 5EFDA 2HISA 1JI1A 2WZIA 3VX1A 1US3A 4AEEA 3LPGA 1Q6GA 1DP0A 1GOQA 4JKLA 4W5ZA 2D22A 3VUPA 3AHXA 3WF0A 4UNIA 3B9AA 1ISZA 2YBUA 1VEPA 3PTMA 1A47A 4CD6A 3AXXA 2A3BA 3WENA 3AFBA 2ZX6A 1H41A 2VMFA 3VD4A 5I24A 5AYBA 3W4RA 4JFWA 3T0BA 4HU0A 5C70A 1E70M 9CGTA 2VZTA 1BFNA 1PPIA 1E56A 3UG4A 3WUGA 1NOWA 2NT0A 1FP9A 2W63A 3ALGA 1JIBA 2FH6A 4TTGA 3ZM8A 4WIWA 3MANA 4W8BA 3WF1A 2VCAA 3AS0A 4FLOA 3VX0A 3VD7A 5DO8A 5JIPA 4JIEA 1M01A 2W91A 1EH9A 3ARZA 3AHTA 1GZJA 1KXVA 3MMWA 1EA9C 2DSZA 3GZAA 2NT1A 1E43A 2DSWA 2J47A 2VRJA 2ZX8A 5CSUA 1TUXA 5FCZA 3VIJA 1MWOA 5CXPA 3ZR6A 3WFLA 5BYWA 1B2YA 4AZ7A 4UQ9A 3AIQA 4UQBA 4HOXA 1RPKA 3BAJA 1M7XA 1VJSA 4UOJA 3ARYA 1UH2A 4DWSB 5BXTA 1DWIM 2JE8A 3CHEA 4M29A 3N12A 1R85A 1DWGM 3AYRA 2QLYA 5AC5A 3PZMA 4ZFMA 3RM8A 3S6TA 1L8NA 4TVUA 2XJ7A 4LPCA 1HJVA 1DWAM 4PMNA 4EK7A 2D0HA 2VC9A 1M53A 1E71M 1GOWA 1LWJA 2VO5A 2GFTA 1QBBA 3MSGA 2CCRA 4UQDA 3AZRA 4H8UA 1KWKA 1C7TA 2Y8KA 4PSRA 4F9DA 4ACZA 2VUYA 4MB1A 1GW1A 1VJZA 4M56A 5D9PA 1CGVA 1EO5A 5CPQA 3MO4A 1QNRA 1KXHA 2PWEA 4ZEPA 2A3EA 1WDQA 3W26A 3BAXA 1PAMA 2F61A 4AEFA 3WQ5A 1XD1A 3E1F1 3NYDA 2WB5A 3I3BA 1BPLB 3BSHA 4CVUA 2XVPA 4JCLA 3AHYA 2ESCA 2GJXB 4Q7NA 1TZ7A 4ML4A 5A3HA 1DWJM 2WHLA 3VGDA 3CHFA 3NSXA 4U3CA 4TUFA 1G9HA 4MAVA 1KGUA 4OKDA 1E4LA 2VZSA 2EPOA 4P8XA 2ZX7A 3GXIA 1MW3A 2YL9A 1PX8A 5JUVA 4JFTA 3NSMA 1MW0A 3BCFA 2X2YA 5A6LA 4JHZA 5FD0A 4AIOA 4Z2JA 3RIKA 1KFWA 2V3DA 4PUEA 1G5AA 1B1YA 2VJXA 5CLWA 1RP8A 2CBVA 4GO9A 1UR0A 2J7GA 5E6YA 3WFZA 3KWXA 1E3XA 4PCTA 2E3ZA 4AXNA 1JZ7A 1CXFA 2IXUA 2BY3A 4TVDA 4J3UA 1C91A 3EMZA 4MNMA 1GOOA 2OYKA 2WK2A 1MW1A 4A4AA 1NARA 1WNOA 3T08A 1UKOA 4BF7A 4D6HA 4PEEA 2D2OA 3RILA 1OM0A 5A6SA 3ECQA 1UA3A 3SCQA 3NDZA 5C8BB 4A3YA 2V3FA 2Y8VA 1XRVA 3MU7A 1HVXA 3L4ZA 3HMCA 1ZBVA 4JFUA 4IPNB 1UR4A 3WH9A 4QCEA 1CZ1A 2GK1B 3VGEA 2PF0A 1BGGA 4OJYA 5EBAA 1GJWA 4U33A 3W29A 1OIFA 3RM9A 3AOFA 5FKYA 1HF6A 3HU7A 4OIFA 3WH7A 3VIPA 5D8ZA 1G01A 3LMYA 1RD6A 1GNXA 1HKIA 3AMCA 3CZ8A 4N42A 4GZJA 2WVVA 4P7RA 1SMAA 1CTNA 1KCLA 3WDHA 4CU6A 2NW0A 3WNOA 2XVNA 2WM0A 3SIMA 5CSYA 2G3JA 3WDJA 1UHVA 1AQ0A 1NP0A 4J3WA 2ZXAA 1V3IA 4FLRA 5CQ1A 4IM4A 5CLTA 3MS8A 3WD4A 3WEOA 4V27A 3HN3A 4Z2GA 2PBGA 1TA3B 2WVTA 1FH8A 3CPUA 2BVYA 2XWDA 5KEZA 4PMVA 1KGXA 3LPOA 2XUCA 4WLCA 3L2LA 2PWGA 3ARTA 3VNYA 1MQPA 4DWSD 2WCAA 2J8GA 2OWCA 4PN2A 4HZ7A 3AI0A 2C7FA 1J11A 6CGTA 1BYAA 3VNZA 1W1PA 2G3IA 4MB4A 1QBAA 3BAWA 1C93A 2JIEA 5EB8A 4XZWA 4U5IA 4AZ5A 2D24A 1I1WA 5M17A 1UD8A 1KQZA 3N11A 3WKZA 3AIVA 4OZOA 1HL9A 2XGBA 2WC7A 1PZ2A 1GHSA 5D9MA 3WD1A 3OB8A 2XFFA 3WMCA 2BNJA 3WF2A 2D20A 2XYLA 2WANA 2WWCA 2X05A 3EDDA 2X1IA 4PTMA 3WNLA 1MYRA 1HP4A 3SCWA 4R27A 1MXDA 4N0RA 2GSJA 5BCAA 4PTXA 3NJ3A 5A6KA 3WQVA 1W1TA 3VDCA 1HJXA 2FH8A 5I78A 1E6RA 1EQPA 3UEQA 3W0KA 1H0IA 4MTVA 1EOMA 4BQ4A 1QHPA 3PTKA 1TVNA 2FHBA 2W4XA 3TOPA 4TVCA 2YA0A 4UFKA 2YDQA 2WPGA 1WDRA 2XM1A 1V08A 2Q8XA 1OSEA 3CZEA 3CHDA 3UESA 2EQDA 3AXHA 5BXPA 4AW7A 4C7GA 4PMRA 4PUDA 1PIGA 2EO7A 3AIWA 1GJUA 1H4PA 1UD5A 6A3HA 2CESA 3CO4A 2G41A 3FAXA 3CZLA 1IZKA 1ZU8A 2VT0A 4P7LA 1JAKA 4HOWA 2V5CA 5ECUA 2G4FA 2YL5A 1AQMA 3WN6A 1FHDA 4KMQA 1HJSA 3RPMA 2YA2A 1OD0A 3PZQA 4PMDA 1SMDA 1WE5A 5JBFA 1MQRA 1FFRA 2OLHA 3K4AA 2A3CA 4FMVA 1OD8A 4UQCA 2VX6A 1W9DM 1LJYA 1H2JA 1GCYA 2BFGA 4EKJA 3PZOA 2GJPA 3SCNA 1QI4A 1ISVA 1E4NA 1W9BM 1WZAA 4HTYA 2WLZA 3VDAA 3VD9A 3OBAA 5A6BD 1V02A 2MANA 4MB5A 5ABFB 2J4GA 1UWSA 2QV4A 1VAHA 2Y5EA 4BS0A 5BXSA 2J78A 4GZIA 3CUFA 4HA1A 4S3KA 5A8NA 2V38A 3FN9A 2CETA 1IT0A 2OYMA 3UCQA 2VX7A 2J7EA 3EDJA 1E4MM 1R7AA 2EJ1A 1B3ZA 2WCSA 5GNYA 5D9NA 4AIEA 4M82A 2VR5A 2FHFA 2V5DA 4MNKA 1XCXA 2WMGA 3ZJKA 2DPEA 3GDBA 2F8QA 1JZ5A 4K68A 1XYZA 3CGTA 1XCWA 4U2YA 3AS3A 3W6LA 4UFLA 3PZVA 1EIBA 3MUY1 1NM9A 2DDXA 1VF8A 1E6PA 3FNDA 4D72A 3AYSA 5A6MA 2CERA 3PZTA 1UOKA 3AHVA 4MJ4A 3VIGA 2DSKA 4W87A 4M81A 4D6EA 3CLWA 1V6YA 3M6DA 5CGMA 4XZBA 3T09A 4UTFA 1HKKA 3I3DA 2PI6A 1TVPA 3UG3A 3AMKA 4Q22A 1R87A 1ZL1A 4P7NA 4KGLA 3TTYA 3OLDA 4AZIA 2Y24A 1E9LA 2CHNA 2O9OA 3WELA 2WHJA 2WKLA 1SYTA 4JL2A 1MXGA 4IPLA 4YHEA 3WNPA 4D1IA 1SR0A 3A4WA 5E09A 4XB3A 1W32A 1QNSA 3TTQA 3KEHA 2V3GA 2YJQA 1BLIA 1G0CA 5ABHA 1V6VA 5D8WA 2XGIA 1TCMA 5A2AA 3WMBA 3DYPA 5I0DA 1CECA 2WBKA 3FHAA 1V3HA 2VQTA 2YL8A 3N9KA 2D1ZA 3ZIZA 2BVDA 4H7VA 1K6AA 1UKTA 3FXYA 4W7WA 3W53A 1B3YA 3HJEA 1GHRA 1UWUA 4EE9A 3KE0A 3QOKA 1J0IA 1BYDA 4NRSA 2XG9A 4ATDA 1AMYA 3ZOAA 2VOTA 4W8LA 3ZJ8A 4HA3A 1UG6A 2V3EA 2E8ZA 4A3HA 4CCDA 3GXMA 4H8VA 2JALA 3SUSA 1BGAA 1CBGA 1JDAA 4BA0A 2B31A 1W9XA 1VB9A 3WQ6A 3OLEA 2J74A 2X0HA 4JKKA 3WQWA 4PYSA 6TAAA 3DC0A 5A6JA 1PIFA 1EDGA 3L4TA 4S3JA 5A8MA 1K9TA 1MQQA 1NOFA 1C7SA 2OSWA 3T0DA 5AC4A 4AZCA 4QFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E6S M;  3PHA A;  5A6A A;  5E0C A;  2J7B A;  1UQY A;  4HMC A;  3M46 A;  4AYS A;  2YLL A;  3GBD A;  4ATL A;  1VEN A;  1JGI A;  4AWE A;  1HJQ A;  3KL0 A;  2QPU A;  5JBE A;  4J27 A;  4LX4 A;  2JF6 A;  1GOI A;  4HZ8 A;  4HU8 A;  2YIH A;  3IAQ A;  3QHO A;  5I6S A;  2VVN A;  4UCF A;  5DT7 A;  3THC A;  2DT1 A;  1V3L A;  2BHU A;  3O9N A;  4PCS A;  2F2H A;  3AIS A;  2GJX A;  1ESW A;  1ECE A;  1FHL A;  1MFV A;  1PX4 A;  1OBA A;  2CIT A;  1XH2 A;  3ZT5 A;  3W38 A;  3VII A;  1B30 A;  1VBR A;  2FGL A;  1W91 A;  1ZBC A;  5BRO A;  2WVU A;  2X09 A;  3TTS A;  1CDG A;  2ZX9 A;  1E4I A;  1HVQ A;  3WEZ A;  1GQI A;  4NI3 A;  3OGR A;  4IIS A;  1I75 A;  3CUG A;  1VFM A;  2ZWZ A;  5BRP A;  4CKQ A;  4CCE A;  4DUW A;  1BG4 A;  1E3Z A;  1LL4 A;  1HJW A;  3VMO A;  1SFS A;  1D2K A;  1UH3 A;  1M03 A;  3QR3 A;  3WQ8 A;  1E55 A;  4URI A;  4QDM A;  4KRT A;  4OBS A;  4GQR A;  1XSJ A;  1Q6E A;  3L4V A;  4UFH A;  2WKG A;  4B15 A;  4QLK A;  1PZ3 A;  5I79 A;  2DIJ A;  1WB0 A;  3OA5 A;  4M24 A;  4NZC A;  5AY7 A;  4BCE A;  3L4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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