3GIYA

Crystal structures of the g81a mutant of the active chimera of (s)-mandelate dehydrogenase and its complex with two of its substrates
Total Genus 129
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
353
structure length
353
Chain Sequence
NLFNVEDYRKLAQKRLPKMVYDYLEGGAEDEYGVKHNRDVFQQWRFKPKRLVDVSRRSLQAEVLGKRQSMPLLIGPTALNGALWPKGDLALARAATKAGIPFVLSTASNMSIEDLARQCDGDLWFQLYVIHREIAQGMVLKALHTGYTTLVLTTDVAVNGYRERDLHNRFKIPPFLTLKNFEGIDLGKMDKANLEMQAALMSRQMDASFNWEALRWLRDLWPHKLLVKGLLSAEDADRCIAEGADGVILSNHGGRQLDCAISPMEVLAQSVAKTGKPVLIDSGFRRGSDIVKALALGAEAVLLGRATLYGLAARGETGVDEVLTLLKADIDRTLAQIGCPDITSLSPDYLQNE
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (21-28)AH7 (166-171)3H4 (255-257)AH13 (308-340)EMPTYTII'1 (31-34)AH3 (35-42)S10 (281-283)AH12 (290-299)3H1 (43-46)S12 (353-355)3H7 (350-352)S1 (47-49)TIV1 (52-55)TVIII1 (57-60)TVIII4 (342-345)S2 (64-66)S3 (69-71)TIV2 (65-68)O1 (73-75)S11 (303-306)AH4 (90-101)S4 (75-77)TIV3 (80-83)TII1 (87-90)S5 (105-107)TI1 (108-111)TI2 (176-179)AH5 (115-121)AH6 (135-148)TVIII2 (111-114)TIV4 (132-135)S7 (152-156)S9 (249-252)AH8 (198-204)TIV5 (157-160)TVIII3 (159-162)3H3 (182-184)TIV7 (194-197)S8 (227-233)AH11 (269-277)TI4 (260-263)TIV9 (257-260)3H5 (266-268)TIV10 (284-287)3H6 (345-347)AH1 (8-18)3H2 (83-85)S6 (126-130)TIV6 (193-196)TI3 (209-212)AH9 (214-223)AH10 (236-245)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Pseudomonas putida
publication title Structures of the G81A mutant form of the active chimera of (S)-mandelate dehydrogenase and its complex with two of its substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid
total genus 129
structure length 353
sequence length 353
ec nomenclature ec 1.1.99.31: (S)-mandelate dehydrogenase.
pdb deposition date 2009-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3giyA00
4UIOA 3ZWSA 2UV8G 4NVTA 1G4PA 3TMLA 3CPRA 3L67A 1EP1A 4NX0A 1YDNA 4IX0A 5CZSA 5D03A 3W7CA 4JTLA 5HWJA 3SFKA 4LVAA 3W1PA 5DBTA 5C2XA 3N2XA 1ZENA 1M7OA 3C6CA 1KLYA 4PFMA 1QO5A 4XWUA 1WXJA 3PBYA 3QPYA 3W87A 1H5YA 4LY8A 2BX7A 1P5BA 2A6NA 4MYAA 3N73A 3QFEA 1ZCOA 4Q4KA 3CEUA 2DJLA 1U83A 4NXKA 1VHNA 2VEKA 3QPZA 2VFEA 5KZEA 1MEWA 5DLCA 3M5YA 4K39A 4UXDA 2Y6ZA 2ABAA 2FQIA 2DZSA 4JTGA 3DHFA 3NPWA 5TIMA 3KVJA 2YW3A 4RXFA 1YADA 4X9SA 4WQ6A 5U7SA 3A24A 1PVNA 3DENA 3DFPA 2ZRZA 1M5WA 4UFHA 1QNVA 2WJZA 3EWUA 3N34A 4BK9A 1DOSA 4O19A 3IVSA 3T78A 4BFAA 3W1RA 2C3ZA 4FHAA 2ZRYA 2CLFA 4TR9A 3C3NA 1VJIA 1WDWA 3ATZA 3P80A 5F2IA 1KFBA 4IXXA 4M19A 3DHDA 2ZFAA 1VR6A 1GYLA 1G7UA 4IPJA 4LS0A 1SFLA 1FDZA 1CW2A 3E0IA 3FJ6A 3G0XA 1PL9A 1H50A 3GVGA 1A53A 2C6QA 4ZQNA 1GTEA 4AHPA 1VYSX 2B7QA 3TAOA 5F2MA 3HGRA 3FFSA 4MKNA 3WJXA 2G96A 3HG4A 3LHTA 1FWNA 3M7WA 1JCMP 4K8EA 2CLOA 1JRCA 1D3HA 1W5NA 4ORIA 2VFFA 1ZHAA 1ICPA 1R30A 1TPWA 2OT0A 2QR6A 1F73A 3H55A 2PC4A 3AO0A 2E09A 4UNLA 4G1KA 3Q37A 1HG3A 4IQLA 4MZ8A 2JK2A 3W7KA 5D02A 1BTMA 2YR1A 4Z0JA 1SFJA 5E1QA 2QJHA 5CSSA 3LHYA 1J2WA 3P74A 1M7PA 3MHFA 1PS9A 1SO5A 1XBYA 1EP2A 2VFIA 1OK4A 5D2TA 4JY9A 4UTWA 3W9ZA 3EXTA 1LTDA 2EAWA 5G1TA 3P61A 3JR2A 1O60A 2NWRA 1F7BA 3H54A 7TIMA 4MY8A 4C1LA 3OHIA 3UQNA 1MEIA 4QITA 4CQ8A 3W22A 1LCOA 1W0MA 4IMCA 4N6FA 2DJXA 4B5NA 1VHCA 3NL5A 1G69A 3LCHA 2EF9A 4UMBA 1L6WA 5U4NA 1KFKA 3LBMA 5F2LA 4WUIA 5DBUA 5DXXA 1XCFA 2WO5A 4JX5A 3LLFA 1MXSA 2TYSA 2QF7A 1A5AA 1Q3NA 1DJNA 3EEGA 4ZMGA 2A7PA 3WJZA 4AXKA 3NEVA 3E12A 4JDYA 1W31A 2H8XA 2NZLA 1E51A 3NQDA 1TJPA 3I7RA 2ZZ4A 1OFDA 1LZOA 1FCQA 3W7HA 1FQ0A 3LI0A 1GQNA 1B9BA 1HFBA 4UC5A 1A5BA 4LT9A 5AHNA 3W7GA 5IM51 4PA8A 4LOCA 3GXPA 3TX9A 3NQVA 3W7JA 3TW7A 3W7NA 4QSHA 4OV4A 3SW6A 3HGSA 2FDSA 4UFKA 3W86A 4HNVA 3DGRA 1QOPA 3B8DA 1LYXA 4O0KA 3A9IA 5KTLA 3FS2A 4A21A 3LCGA 3ATYA 1A5CA 2J9ZA 3QSTA 1I2RA 1XBXA 4UNKA 2RHGA 1VS1A 2PRLA 3HG2A 4LU0A 2ISSA 1TPEA 2CLIA 4RZ4A 2FB3A 4O8RA 4YL2A 2J9XA 3E9AA 1WOAA 4RCXA 3BO9A 2H3DA 1R2SA 2E6AA 3MP3A 4RKAA 2Y88A 4N9BA 1SSDA 4R33A 1LM1A 3W72A 5TQLA 2CLHA 3P5YA 2J24A 4W9TA 3LV5A 2V81A 1LP6A 2A85A 5K2ZA 2E5DA 2VEMA 3TXZA 1KM6A 5D30A 5AYZA 1R2RA 1YDOA 3PC0A 3TQVA 3OG3A 3NQCA 3TH6A 3L0NA 4TU1A 3WJYA 3GNNA 4NZJA 2YFOA 2EGZA 2F7FA 1X1ZA 3C2EA 3GZ3A 1SZGA 3NL3A 1I4NA 4N9CA 1DJQA 4K36A 3LOTA 1LDCA 1KV5A 5AHMA 3O63A 4AWSA 1RV8A 1OX4A 2W0UA 2ZZ3A 1TPH1 1GVSA 4JNMA 3TR2A 1QCWA 3P7YA 1OF6A 5CZ0A 1SZEA 3S5NA 4JTSA 3CT7A 3PSVA 3PBVA 3LCFA 3THAA 5IBXA 3M5ZA 3NNTA 4M6VA 3SI9A 4TIMA 3HGOA 3OVPA 3RNDA 5G1YA 4DF0A 1TCDA 2ZDRA 2R8WA 5H91A 3CB8A 2ABBA 4N4PA 3KVLA 4ADUA 1BWLA 4FNUA 3W7DA 5FF7A 3KVMA 5G2HA 1EA0A 3A5VA 4XKYA 2NX9A 4YLWA 2W6RA 1K03A 1SR9A 5F4WA 5LGXA 1JRBA 2A7NA 3C4UA 3PB0A 5D05A 4JTUA 1VCFA 4TX9A 4E2DA 1QPNA 1NVMA 4JYFA 1D3GA 3JS3A 1SQ7A 4UTTA 3NOEA 4Z1BA 2QCDB 4RK8A 4UTHA 4X3ZA 3DI0A 4OV9A 4OE7A 5EYWA 3W74A 3RK8A 4DQWA 3F4NA 1S5WA 2G5WA 3TKFA 5SWUA 3BVJA 4ALDA 4XBKA 4PTNA 1X8FA 3LCXA 3STGA 5G2WA 1W3TA 3FOKA 1H1ZA 2Y63A 4GE8A 1LBMA 1QR7A 3TA6A 1U5JA 3N14A 3QH2A 4ZQCA 3B06A 2E5CA 3B0VC 4PH6A 3I7QA 1FUYA 3SR7A 4OHQA 3PAJA 4JD4A 4MPQA 4POCA 3G18A 1I2OA 4LC6A 3GNDA 3MBFA 2A5HA 5BMWA 1VGAA 2H3BA 4UTIA 1GPWA 3KAOA 4IMEA 1TV5A 1W3NA 1LLWA 5BNKA 3LM7A 4MYXA 4GNJA 3EB2A 4FB7A 4IMDA 4KFOA 2V5BA 3PULA 5DCDA 5AHIA 2C14A 3N19B 4NJKA 4JX6A 3R13A 1ZAHA 1EP3A 3UZJA 3PWAA 4GC4A 3L5LA 4JX4A 5D32A 2QJGA 1UB3A 2HMCA 5HNRA 1HL2A 2YGYA 2P10A 3NXFA 3BK0A 3S1UA 1GVFA 3LB0A 3UYCA 3UPBA 1H7RA 4NNBA 1KFLA 3VFLA 1VYRA 2HSAA 3G1SA 1KLZA 3EXSA 3HG3A 4OU1A 3TJXA 5CPNA 5MHBA 1ALDA 3QM3A 1BWKA 3HF3A 4NQ1A 1VPXA 4RLIA 3OA3A 1GWJA 5LNRA 3TSMA 2R91A 3KRZA 2NXIA 2WKJA 2Z0IA 2X1UA 2QCEA 4NX5A 1ZFJA 2FB2A 3S5OA 2GQAA 5I3FA 4CQAA 3TSDA 5EKYA 1NF0A 2YPIA 5HINA 4OWGA 1SZNA 4JTIA 2GPTA 1ICSA 2VFDA 1AK5A 1H7WA 3G0UA 1Y0EA 1G6CA 1H62A 4ML9A 4N2YA 4S1FA 3UWWA 4K6AA 3ZWTA 3L21A 2X16A 3NPUA 1W37A 3C2FA 3UWYA 4DXVA 1OFEA 4LUIA 2B4GA 1TJRA 3LHWA 1FBAA 5BW6A 2Y7EA 3G8EA 2QDGA 1OHLA 1F05A 5AB3A 4NJGA 1H7OA 4C1KA 1GVQA 3BW2A 3SZ8A 1SPQA 5HMSA 4N4QA 1JQXA 4R53A 3EX3A 3NPVA 4WY0A 4X22A 4GUIA 3UD6A 4M7SA 3UXAA 5HR6A 1LOSA 1OFBA 3LDVA 3LXAA 3LTSA 1RQBA 3BARA 4KKXA 3WK0A 1YLVA 4LW7A 3P81A 3U2OA 4YCOA 3W83A 1KM2A 4CLMA 5HUOA 5LZLA 4RZ5A 5DY3A 5FF3A 5AHLA 3IIOA 1GOXA 1UUOA 3KVKA 1RVGA 5AHFA 3MHGA 2TRSA 3DFSA 2WOQA 5EPDA 2Y7FA 3O15A 3GX9A 3FYPA 1SO6A 3C56A 5FEXA 3E02A 1Z41A 3W1NA 2BLEA 3N2MA 3V1PA 1ME7A 3CWNA 5HWMA 1WBHA 4N02A 3P8IA 5K3VA 4LVGA 1C9DA 4NJIA 1OYBA 4ADTA 2QCHA 2EKCA 3HBLA 2DZUA 2RKXA 4RJEA 2VELA 1KW1A 2YZRA 4O4WA 3UWUA 3GKAA 3HPSA 3PVFA 4UR7A 2WNQA 4UTKA 3BLFA 5L6UA 1YTKA 1Q6LA 3NQAA 2PRMA 4WD0A 3W2NA 2BZNA 1OFPA 3P5ZA 4MJZA 2V5LA 3TQ0A 3GK0A 3THQA 3GR7A 1ICQA 5CPLA 4JGDA 3CWOX 3GDTA 2I14A 3M6YA 5G5IA 3GKFA 3B0PA 1NF7A 4WX2A 4NXSA 3TC7A 3G22A 1G67A 3W6YA 4HNTA 5LGZA 1GTHA 1GVOA 1WX0A 2GUUA 1NEYA 2RDUA 3ABOA 5BRBA 3TK7A 1L9WA 1C8VA 1WYIA 3QW4B 4H4IA 3HIJA 2VFGA 2V30A 2YCEA 5A8GA 1KM3A 2Z1BA 1G4EA 3IGUA 1XFBA 4CNPA 3U8GA 3VCRA 4E0CA 3O05A 4XUGA 1QOQA 3LXCA 3QEZA 1JCYA 1AMKA 4FNSA 2FLIA 5AHEA 3TC6A 1SW0A 2H6RA 3O6CA 4UCGA 5GVJA 5AC8A 1VYPX 3W2KA 1I2QA 1HO4A 1F76A 3HB9A 1TB3A 3IIXA 5KMYA 4FO4A 1KFCA 4LS1A 4WOZA 1AW1A 3O1NA 1W5OA 4MIMA 2ZRVA 4HPJA 4TMBA 1OYCA 4O15A 2YXGA 1FWRA 5FEWA 2VFHA 2QAPA 3LTYA 3NQFA 3ANYA 1OFQA 4Q33A 3BG9A 1AW2A 5ABTA 3BW3A 1JUEA 3TU9A 1XM3A 4K7VA 4K7YA 4XZ9A 4DF2A 4IUOA 4UTMA 1JJKA 4O16A 3HPZA 1YXDA 5BOOA 1NAL1 3TJLA 2EPHA 4A2SA 3IIPA 4DO6A 4O10A 1JQVA 1X7FA 3LCIA 3R5EA 2QEZA 1ZY9A 1FCBA 2DP3A 4JTKA 1Z42A 1DVJA 4AVFA 2CZ5A 3SECA 2OMAA 2VEPA 1IIGA 1R2TA 4H6KA 3ABQA 1TREA 2E77A 1ME8A 5KITA 1IF2A 4I7VA 1O5XA 4UFMA 4MVAA 3DFTA 1IXOA 2A6LA 3E96A 4MZ1A 2J6XA 3ZFHA 5FF2A 3IVTA 3EKZA 4FF7A 2GVGA 2G97A 4QJ1A 3O06A 5C54A 2WSQA 3W1TA 3NL6A 1GVRA 2AAMA 4U4MA 4JYDA 3EXRA 5FEZA 4BWLC 2Q3RA 1P4CA 2HTMA 4DO4A 3STFA 3L2IA 3NQGA 1MSSA 4UTJA 2ZQ0A 1IGSA 2ZCGA 2ZZ1A 2QCCA 3STCA 2NV2A 3W23A 2GVLA 3O6YX 3RLVA 1EWEA 1PE1A 5C55A 2GQ9A 3BG5A 4X2RA 1W54A 2X1SA 3S5YA 3SY5A 5F2GA 3T7VA 3W2MA 1LORA 1PHWA 2Y62A 4LNYA 4N9DA 1K7EA 4ONVA 3LHZA 2QCFA 2RH9A 4IXHA 3UWZA 3TAKA 1HO1A 1RPXA 1FWTA 3FKRA 1NSJA 3GB6A 1LRNA 1OYAA 2HS8A 4XBSA 3NYZA 3NQ8A 4DELA 3NVTA 3RU6A 4A3UA 1W5QA 4A29A 1RZMA 1W3IA 1JCNA 1B4EA 3GDLA 4CCEA 5KZDA 5LSMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3UND A;  1YPI A;  3C8F A;  3LRL A;  4EVZ A;  1SW3 A;  4AMA A;  3BPW A;  4O54 A;  2Y7G A;  3QC3 A;  1MZH A;  4ORM A;  4P61 A;  5G4E A;  5AC6 A;  2YW4 A;  4FXS A;  1EB3 A;  2RDW A;  1S5V A;  1VQT A;  4E38 A;  5CSR A;  1ZAL A;  3NG3 A;  4LTS A;  3NAV A;  4A22 A;  1FWW A;  1BKS A;  2RFG A;  1C29 A;  2ZBT A;  1N8F A;  4HSN A;  2ZTK A;  2E6D A;  4MFE A;  3W71 A;  5HWN A;  3EX2 A;  1DOR A;  3LHV A;  3NDO A;  2I1O A;  4FXR A;  2GOU A;  4NNA A;  4RZ6 A;  4ZQR A;  2PCQ A;  1K8Z A;  1H61 A;  2P1F A;  5CKS A;  1I8J A;  3IIV A;  4M5P A;  4U28 A;  2C16 A;  1KM5 A;  3QRH A;  2V82 A;  3HGJ A;  4LVB A;  4BI6 A;  1BEU A;  4PCF A;  6ALD A;  3N9R A;  1GEQ A;  5AYY A;  3KHJ A;  3ELF A;  3W7L A;  3GDK A;  3W70 A;  3PS7 A;  4NUW A;  2C0A A;  1N55 A;  3NGJ A;  1H63 A;  1XXX A;  2OZ0 A;  1QWG A;  1UJP A;  1VCV A;  3B05 A;  4UTL A;  3EWZ A;  3UWV A;  3N3M A;  1V7Y A;  3CHV A;  4GBU A;  1TTJ A;  4NJH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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