3GKFA

Crystal structure of e. coli lsrf
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
281
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 94
structure length 276
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gkfA00
4JTEA 2R14A 1JCMP 3ZWTA 4BI7A 3AO0A 3P5YA 3W7LA 2ISVA 4HN4A 4OU1A 5D2WA 4JTLA 3PSVA 3LHVA 5K3VA 1IF2A 4TU1A 2E6AA 2C18A 2VEIA 1DJNA 1WA3A 2OZ0A 2G95A 3TQKA 3LB0A 2B0MA 4OHQA 3DH7A 3BARA 2A4AA 4KFNA 4DQWA 4UFHA 1W3IA 4YMZA 4ZZ9A 2WSYA 4CQ9A 1OK6A 4QISA 3WJSA 2YYUA 4NXKA 4Z1AA 1LP6A 3IIOA 1YLVA 2OX1A 3UY8A 3EWZA 5HUOA 3S5OA 4BWLA 1TRIA 3DZ1A 1Q6RA 4O12A 5DXXA 4GC4A 5H91A 4KKXA 1TPVA 3B4UA 3G8RA 4OGZA 3W84A 1QO5A 3E02A 5LZLA 1NF7A 3VI2A 4JIPA 2V30A 4O50A 4UTWC 2QCGA 4MZYA 3ATZA 4UR7A 1YADA 5AHMA 5FF4A 4UMCA 5BW6A 2VEKA 4DBEA 1UJPA 1WQ5A 2ZCGA 3O6DA 4NNCA 2E6FA 3M16A 1R47A 4YXGA 1S5TA 4ORIA 3DBPA 5D09A 4UC5A 3GDKA 2H3DA 1TJRA 3NQVA 1N7KA 2A6LA 4JN6A 1PS9A 3L21A 4K7YA 1SFLA 3WJZA 2Y62A 4PFMA 1M6JA 3C61A 3GAYA 5FEZA 2VOMA 3W7EA 1Q3NA 2ZTKA 3B0UX 1VYRA 5K9XA 3ABQA 3WK1A 1QNVA 4XWUA 1KFKA 4KWWA 1LOLA 5DY2A 3QFEA 2WOQA 3TMQA 3LXBA 2ATMA 1N8FA 2C19A 3U6WA 1HL2A 1Q45A 3DU0A 1IXOA 3VE9A 3KXQA 3KHJA 1U83A 3W71A 4GRSA 3W7QA 1KM5A 4JS3A 3HGSA 2NX9A 4PC8A 5AHFA 1W3TA 3C2VA 1FX6A 1JCLA 3HPZA 1K7FA 1H7OA 3WK0A 4N9CA 3OBKA 3I68A 1B4EA 4O18A 4JY8A 5HWJA 2WPBA 3LM7A 5KSWA 3PUDA 3RMJA 1FBAA 1GJPA 5HINA 4ADTA 4NU7A 5C6MA 1D9EA 3NZRA 1PHQA 4DF2A 1WOAA 3BW3A 3Q2DA 3THAA 2PCQA 1ZHAA 1X1OA 4A22A 5AHIA 3CU2A 3ZWSA 1TTIA 1OK4A 3A5VA 2ZZ6A 3CT7A 1KM0A 1MEWA 4ZQOA 4LC6A 1XUUA 4JTUA 3IIVA 2FTPA 4WZHA 1JUEA 4K6AA 2NLIA 1NFBA 1H7RA 1GEQA 3T78A 4G1KA 1TJPA 4K8EA 4ZQRA 1NVMA 4DXVA 4PH6A 4RJEA 3UWYA 3TAKA 3LV6A 4WJEA 5CKSA 4C1KA 1YDOA 1C29A 3BW2A 3DFNA 1SPQA 3W7KA 4AVFA 2DZVA 4MUZA 5SWUA 3GK0A 2FFCA 2NV1A 1ZY9A 3QW4B 3IEBA 4WY0B 3TNOA 5CGQA 1JRCA 2JKPA 4FXRA 3TC7A 2Y61A 2ZRZA 3MHFA 1GOXA 4GNJA 4K36A 4FIRA 2NZLA 3KVJA 1H62A 3W3OA 1JR1A 3RFAA 2Q3RA 2NWSA 1YTEA 1DORA 1X7FA 3Q94A 2Y85A 2X1RA 2CLIA 1JRBA 3S5YA 3E9AA 1ZENA 3QQ1A 2ISSA 4AF0A 4LVFA 1T96A 3NGJA 1X6UA 4TR9A 1DBTA 3MW7A 1T0OA 3W1RA 1YXYA 4IUOA 2Q8LA 2RFGA 5LNWA 2A21A 1WX0A 4IGHA 1FWSA 1XCFA 3CPRA 1BTMA 1ME8A 2JGYA 4D2JA 4JTIA 3W7OA 4E2BA 3DFTA 3EKLA 1MEIA 2VFFA 3C2RA 4LVDA 5BRBA 2EHHA 1BWLA 1HO4A 1OF8A 2FB3A 5F4WA 4O1DA 4K7VA 2DZUA 3EEGA 3MWAA 1LBLA 2YSWA 1SO4A 2PC4A 3FYPA 3PULA 3WFAA 5K7JA 3D0CA 3CB8A 1A5AA 3LTYA 4OE7A 3I7QA 4DO5A 3P8IA 1LBMA 1SW3A 3RF9A 2E5CA 1ML1A 3HO8A 2R8WA 1KFBA 1WXJA 3G1SA 1V7YA 3OHIA 1Y0EA 2ZRXA 1AW5A 3W1LA 3W7IA 5D32A 2GVJA 2GQ9A 4UTUA 4DO6A 2VC6A 1W5QA 1KTBA 1FXPA 4JYEA 5C54A 3IVUA 4NJHA 3E12A 4N2YA 4ML9A 2R91A 1QPRA 2E5DA 1CX9A 5K4XA 1VCGA 2J9XA 1GWJA 3UQNA 4M7TA 2ZRYA 2JGQA 3TA6A 1Z41A 2CLLA 5FESA 1WBJA 5G1YA 4WD0A 1H50A 3MUXA 5HQEA 4A29A 5DELA 2V8ZA 1EIXA 2ZFAA 3TXVA 3B05A 3NA8A 1K8XA 3E49A 4LV4A 2I9EA 3QW3A 5DXYA 2RDTA 1F6PA 4DBDA 5HULA 3C56A 4ADUA 1FCVA 1KFLA 4JDBA 3GDLA 1OFAA 3INPA 3EX6A 3TAOA 4HPXA 1SO3A 5CPMA 3R5EA 3W1NA 3PVFA 2TPSA 2ABBA 3A24A 4O19A 3MBDA 3L0KA 4DF0A 1VYSX 5F2GA 2Y70A 1ONRA 1RR2A 4FNPA 3PBVA 3MO7A 1XXXA 4QIUA 5HWNA 1I4NA 1YPIA 3TFXA 4FB7A 2ZZ7A 2NX3A 1W0MA 6TIMA 5AOUA 3P62A 4UCGA 2ZZ2A 4HNVA 3GX9A 1PVNA 3LDVA 3DAQA 4HSNA 1I2OA 5D2VA 6ALDA 3MP4A 4O57A 1XC4A 3H53A 3HGOA 3W2LA 4UFKA 1FQ0A 4B5NA 4LWWA 5I3JA 1JQVA 2Q8ZA 5DCEA 5FF2A 1JULA 5EL1A 4CNPA 2V5BA 3NAVA 4XBKA 3CEUA 4M6VA 5F2LA 3JRKA 3SFKA 1AW2A 1LRNA 1OX4B 3EX1A 4O54A 5FEXA 1X1ZA 4NQ1A 1I2RA 3LCIA 4NVTA 1QOPA 2BLEA 4JTGA 5K2ZA 3MI2A 3L5LA 1KBIA 4LOCA 3K30A 1KM3A 2YPIA 1H63A 1TPEA 5LNSA 1W8SA 2JK2A 3F4NA 3NQ6A 1K8YA 3L68A 2ZBTA 1VR6A 3PBWA 1TTQA 3W7CA 1IXQA 2ZRWA 1TIMA 2ZYFA 3W7JA 3GNDA 4FNUA 2CLEA 4FEZA 2HTMA 2CLKA 2DZPA 3UWWA 3PF3A 3FFSA 1RPXA 2QJGA 1H7XA 1ZNNA 1K8ZA 1YDNA 3C2EA 3NL5A 2CWNA 3THQA 4DELA 3G1AA 3PUEA 3EKZA 3G1HA 3A5FA 1JCYA 4ALDA 2QAPA 4CCDA 4AMAA 1G4SA 1I2PA 1X8FA 1YXDA 2QF7A 5DY3A 3TDFA 2NXHA 2J88A 3CIWA 3LHYA 1K7XA 4O1AA 1P5BA 1SO6A 3LLFA 2YX0A 2QUUA 3NL2A 2W6RA 1LLWA 1FWNA 4NX0A 3STFA 3W1TA 4QNEA 5KZEA 3OVPA 2A85A 2PRMA 5L6UA 4RV8A 3LERA 2O7QA 3N19B 2DZWA 4A2RA 3DXIA 4PCFA 5BNKA 1LRQA 3L2IA 3W2NA 2YGYA 4ICNA 3QPYA 2F84A 1DQWA 4YLWA 4PODA 5TQLA 4AHOA 4UTKA 1L6WA 1GYLA 5CZSA 1TPUA 4CCCA 2NXIA 3QSTA 1L2UA 3GVGA 2QUTA 4IOTA 2WSQA 3M6YA 3B04A 4A2SA 3O8AA 3CWNA 4LUJA 4UFLA 4JTFA 2C3ZA 1PIIA 5AFDA 4JTKA 3WJXA 3UYCA 4MIMA 2QDGA 3ZR4A 4HNNA 3TJXA 3O63A 1XDLA 2QAFA 2RDUA 3LHWA 3L5AA 2V0TA 3RK8A 3F4WA 5J5DA 3FJLA 3LI0A 3QMRA 3KFTA 4MFDA 3W70A 1H51A 3ZFHA 4Y6GA 1FXQA 2Y88A 5TBOA 5D05A 4HPJA 1R30A 2YDAA 1VCVA 3NQ2A 1ME7A 2NXGA 4NJJA 4O11A 4O8RA 5E93A 4LS2A 5IM51 5CPOA 4DEFA 1S3HA 3W9ZA 2FPYA 2WSRA 3IGXA 2VKZG 4OBTA 3U8GA 4K39A 1TCDA 1TPB1 5BMWA 4HSOA 2I1OA 3G8EA 4JX5A 1EWDA 3N2MA 1XBVA 4JGDA 4IX0A 3N3MA 3QMSA 4EF9A 1A50A 1W5PA 4N02A 3LCGA 3TQVA 2CLHA 2QCLA 4XTIA 3NQFA 5I3GA 4JYDA 1XDMA 1B3OA 4LU0A 3WJWA 4KFPA 4FX8A 3L0GA 3LI1A 4RCXA 3M5YA 1F6KA 3EXTA 2YFNA 1AL7A 1Q6QA 3N2XA 4N6EA 3W85A 2J24A 5IBXC 4HNTA 1SZNA 2QJIA 3IIXA 4NUWA 2Z6JA 2DJXA 4XQ6A 2GVGA 3EWYA 4U28A 5H2ZA 3M47A 3FYOA 4OT7A 3PAJA 2H90A 3UWZA 4FIQA 4BFAA 2OT1A 5I3FA 3TC6A 4S2CA 1UCWA 1FWRA 3V75A 2ZDRA 1O95A 4ZMGA 1OJXA 2WJZA 1KBJA 1KV8A 1K02A 1VRDA 4LRTA 5HJLA 2QCDA 2WNZA 1VZWA 3RLUA 1OF6A 3S0CA 1JCJA 4WXYA 4RZ4A 1KFJA 5A8GA 3TJLA 3OVQA 2DP3A 3Q58A 1EP1A 5LNVA 1AG1O 5U4NA 1F74A 4LVAA 1I8JA 1SW7A 3KRUA 2J27A 2Y7GA 3RU6A 2VELA 4JY9A 1QPQA 2QCCA 3Q37A 4O0KA 1O5XA 4K8HA 1XBXA 2NV2A 4LC8A 5LNRA 4M6QA 1KLYA 2TMDA 2OJPA 3W2MA 1HTIA 4NJKA 3SECA 4LS1A 3LBCA 4XKYA 2GVLA 5EBUA 5D2XA 1YXCA 2DORA 3P84A 3WK2A 4E38A 3IRDA 1K03A 1S5WA 1SU5A 1KFCA 2RDWA 1TTPA 3NNTA 4BF9A 2E1DA 1JUKA 4PL2A 3W74A 2W0UA 1F5ZA 5EMUA 4YCOA 4O1CA 4MY1A 3GDRA 3MI3A 4RXFA 4O16A 1XBZA 3LV5A 3V1PA 4O10A 3BPWA 4NXSA 3FA5A 4MYXA 4MLRA 5AC8A 3M5XA 1FDJA 1G7VA 3I7SA 3QF0A 5AYZA 2B7NA 3EWXA 4N9DA 2YR1A 3SZ8A 2PRLA 2CZEA 3G3MA 5D02A 3BK0A 2V2DA 4WX2A 4E0CA 3BVJA 3IIPA 2X2GA 1LZOA 3DHFA 3N73A 4Q32A 3M1ZA 3P67A 4IPIA 1OFEA 3G0XA 4P2VA 4H4IA 3O15A 4LRSA 3C2FA 1DHPA 3I6RA 5AYYA 4CCEA 5AYXA 3CM4A 4MPQA 2GPTA 4UTTA 3KX6A 3DI1A 1N55A 1W5NA 1J5TA 3FS2A 2G5WA 1UBSA 1PE1A 3PSWA 1W56A 3W73A 3B0PA 2KZHA 3GDTA 3P8JA 3STEA 4YCPA 4R34A 4JNMA 3GXNA 1VS1A 3NQCA 3NPUA 5F2MA 4MZ8A 2E09A 2XN0A 3SW6A 4FX6M 1CW2A 3LBMA 3NEVA 4Y90A 1CI1A 1W5MA 4FNQA 4ZL1A 3BO9A 5D38A 5F4SA 1ZAJA 2NUXA 1LLZA 2NX1A 3QZEA 5KMYA 4M19A 4PTNA 3UWUA 1YTDA 4TIMA 4NJIA 3SI9A 1LOSA 5HR6A 4IXXA 2QCNA 3L66A 3S6DA 1LYXA 4UNLA 3STGA 3QQ0A 3DKLA 3S42A 5K4ZA 4AHQA 3S5NA 1G67A 1IIGA 1DKWA 1DVJA 1VH7A 5C55A 4LS0A 1RV8A 1UASA 3P5ZA 1OYCA 3OIXA 1SW0A 2VEPA 3G18A 4BK9A 2YW4A 3DKJA 5EKYA 4FXSA 1MO0A 3GKAA 3BLIA 5F2IA 3HPSA 3MP5A 1AW1A 4ZQCA 2XN1A 3T40A 4JIQA 3ELFA 3T55A 1YDVA 3W22A 2E5BA 1UB3A 3CIXA 3UNDA 3W7GA 3NQ8A 4O1BA 3T4CA 1B4KA 3LTPA 3QMTA 1F73A 1Z44A 3W6YA 2YXGA 3WK3A 1M7OA 1G6CA 1GZGA 3NQ7A 1LDCA 3A23A 3GDMA 3NQGA 3MI6A 2H6RA 2X1SA 3FJ6A 4POCA 4RR4A 1EP3A 4IMDA 3O6YX 1EP2A 5DBTA 1ME9A 1KM4A 4QJ1A 4O4WA 4NT0A 1WYIA 4N9BA 1H7WA 4L4LA 5KITA 1QWGA 4RZ5A 1I2NA 2F7FA 3GLCA 2FDSA 1W31A 3P61A 5CZTA 4BWLC 2PURA 3W7RA 4Y9AA 3DI0A 2QEZA 4UFJA 4ADSA 2HS6A 1TYGA 1ICSA 2ZTJA 1H60A 2XN2A 5C2XA 4UTMA 4M5PA 4MY9A 4QITA 5AB3A 4H6KA 2R94A 4JYFA 4QQ3A 4H3DA 5CPLA 5ABTA 3M44A 4UUIA 5L9FA 2PRHA 1Q6OA 5D2YA 3L0NA 3FLUA 3AJXA 3R8RA 3M41A 2E77A 3UD6A 5DCBA 4WY0F 2NUYA 2C14A 5D30A 1QCWA 3W1XA 3C0JA 3P80A 4N4QA 3PC0A 4MKNA 5AC6A 3O05A 4JTTA 4I9AA 1P4CA 2FJKA 2ZRUA 4MVAA 3DFPA 3W2UA 5GVJA 3RLVA 4GWEA 1JVNA 4IXHA 4X22A 4UR8A 2WV8A 2Y6ZA 2BTMA 4UTLA 2P1FA 2EKCA 4UIOA 3W7MA 3P74A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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