3GKFA

Crystal structure of e. coli lsrf
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
281
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
total genus 94
structure length 276
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gkfA00
1JUBA 2VOMA 3NQGA 5F1VA 4UFKA 1ICQA 1OFBA 1W5MA 4NJHA 3QEZA 3MI2A 1UBSA 3DZ1A 3G22A 3S1XA 1QFEA 1TYGA 4OWGA 3GDKA 1TJRA 3CPRA 4GFSA 3O63A 2BLEA 4Q32A 2HMCA 3KRZA 3FJLA 4OQVA 1JCXA 4XKYB 3STCA 4JXCA 1HG3A 1H7WA 4FO4A 3KOFA 1S5TA 1OF6A 3VI2A 5CPMA 1T0OA 1SZEA 3RU6A 5LHEA 3W75A 5EPDA 4HSOA 1B57A 1Q45A 3NQEA 3ABOA 5G1TA 4LV4A 2H8XA 4FNPA 5TIMA 4MLRA 3HBLA 1FY6A 2WNQA 3GAYA 3NQDA 3S1UA 5D09A 4A3UA 1FCQA 3EKZA 4QQ3A 1MO0A 1UUOA 2E6DA 1SSDA 3NR0A 5SWUA 1TV5A 3BLEA 4AH7A 2DZVA 2GQAA 5D32A 3G8EA 1PE1A 4DO4A 2E6FA 4Y9AA 1SW3A 1OX6A 3TKFA 1A50A 3TC6A 3EXTA 4QNEA 2YYUA 3F03K 3NQMA 1F05A 4O1DA 1YXYA 1VRDA 4HNUA 4O14A 5D37A 1XCFA 3TH6A 3MYOA 5D2YA 2PC4A 3M1ZA 1PVNA 3BW4A 2Z6IA 4E2DA 1R2SA 4DPPA 5U4NA 4PODA 2WKJA 1G4TA 3L65A 1A5BA 1RZMA 4ZVJA 3HF3A 4IOTA 3W74A 3LHTA 3V1PA 4M7SA 3W2MA 3PF3A 2OX1A 3GKAA 1YTEA 5BW6A 3N3MA 4M6PA 4QM1A 2H3DA 3WK3A 3NM1A 4JS3A 3U6WA 1PS9A 3RFAA 1Q6LA 1BKSA 3SY5A 2OT0A 4GUGA 3OVQA 1KM5A 1BWKA 4PC8A 2ZRYA 3PS7A 4OBTA 1LCOA 1DQWA 4XTIA 1KTNA 4FNUA 4AWSA 3O6CA 4O15A 2DU2A 5FI8A 3SFKA 3QSRA 3GNNA 4GC4A 3P5ZA 2DZPA 3P81A 5G4WA 4JICA 4JIQA 5AB3A 1SZGA 3P60A 5FF7A 4GBUA 4LS0A 1VGAA 2VEMA 1OFOA 4PA8A 3W2KA 1AK5A 2H3BA 3H55A 1B9BA 2FLIA 4LRSA 3L67A 2CZDA 4H3DA 1W5OA 5I3FA 4LVDA 4YXGA 3CTLA 5I3IA 1W3NA 3CWOX 4KFNA 3HG2A 2QUUA 3QMTA 1G69A 2FB2A 4HIBA 2A2IA 1YDNA 1IGSA 5FF3A 5AC6A 4HNVA 2V30A 1UJPA 1TRIA 4UTJA 4DF0A 1WA3A 3W1MA 3PBUA 1NF7A 1EA0A 3BPWA 4WOQA 2ZYFA 3GB6A 1TPVA 1F7BA 1LOQA 2W0UA 2KZHA 1P1XA 1KM2A 4A22A 3C6CA 1RD5A 2Y70A 4AF0A 4EVZA 4JY8A 3Q37A 2D73A 3TSDA 5C55A 5D38A 1TREA 2WO5A 5D05A 1LORA 3PG9A 1GJPA 4C1KA 4OHQA 1F6KA 3QM3A 1VLWA 1KTCA 4NJKA 2CLLA 3BW2A 4IX0A 3NYZA 3NAVA 1XDLA 2WOQA 2NX9A 1X7FA 1N7KA 4ML9A 5DBUA 4MY1A 3F4NA 2QCDA 3M7WA 3K30A 4ZL1A 4Z0JA 2GPTA 1LLWA 4IMGA 3L0GA 4E2BA 1VPXA 2F84A 4A2RA 2VFDA 1GVFA 3GKFA 1BTMA 4JR5A 3W7QA 4POCA 3DHDA 1TTQA 3L0KA 4LOCA 4BWLA 1NAL1 2DZTA 1OFDA 4JDBA 4WXZA 4YMZA 3BO9A 4G1KA 5K9XA 4NT0A 2GUUA 2QCCA 1H7PA 1VHCA 3QMRA 3LTSA 2ZQ0A 4GE8A 1BWLA 2DORA 4NUWA 5C54A 4GUHA 2QDHA 1RQEA 3FOKA 4JEQA 4Q33A 4S2CA 3R12A 3WJSA 4XUGA 2R94A 3T7VA 5D04C 4WX2A 1DOSA 1O60A 1TPFA 4N9EA 3TSBA 2EHHA 3LCWA 3G8RA 3ZFHA 3HGRA 1LOSA 1D9EA 5LNUA 3B0PA 4UTTA 4RV8A 1TPH1 1PCKA 4YL2A 3NPVA 1W8SA 3NPXA 3W7JA 4U4MA 4ORIA 4X2RA 1JCLA 1OFQA 3NL2A 3DU0A 4MJZA 2V9DA 3LCHA 3PB0A 3GR8A 5FF2A 4AAJA 1S5WA 3C56A 6TIMA 4FNRA 2A4AA 2NUYA 3LM7A 2QEZA 3G18A 4LWWA 4TMBA 4IMFA 3CB8A 4ADSA 2TPSA 3OVPA 1RR2A 4ADUA 1DHPA 3QRHA 3GX9A 5HR7A 2GJNA 1TV8A 2RHGA 2BSLA 3QPZA 1ZAHA 1G7UA 3TIMA 4TIMA 3RLVA 2ZZ5A 1GQNA 1SW0A 1S5VA 2AAMA 2VC6A 5K9CA 1JCJA 4MZYA 3NQ2A 1Z48A 4D2JA 3MW7A 1WAUA 3PC0A 3IGUA 2FDSA 2W6RA 1EB3A 1J2WA 3C3NA 4GUIA 2HS8A 1WXJA 3CLMA 6ALDA 1XXXA 1NEYA 1GYLA 3NO5A 5K4ZA 3I7SA 4LUIA 4JTUA 2ZTKA 1DKWA 2GQ8A 3B8DA 5CGQA 3SZ8A 3W2UA 4Y90A 3W7OA 3W7RA 2RDUA 1IXQA 1KM4A 1OYAA 2GOUA 2NX1A 4OGZA 2J6XA 1JQXA 4X9SA 4M6VA 5EYWA 1W56A 3FIGA 3HG5A 2JK2A 3SIZA 2B0MA 1SO6A 3TFXA 5I3JA 4MKNA 2CLEA 5DBTA 2ZZ3A 2WSRA 3UWZA 3NZ1A 1HTIA 4IMCA 3A5FA 2YXGA 3U8GA 3DFPA 3TA6A 3Q94A 4QNWA 1EP2A 4RX0A 2H90A 3ZR4A 5C6MA 1F76A 4QITA 1M7OA 5IM51 2PURA 4DBDA 1F6PA 4UFHA 1X8FA 1G7VA 5BRBA 3UNDA 1ZCOA 2EAWA 2AGKA 1D3HA 2ZBTA 4GNJA 1FCUA 1SUXA 1GEQA 2FTPA 3STFA 3H54A 4BK9A 1FX6A 3DKJA 2A85A 1JVNA 3NA8A 3NL3A 4I7VA 4O13A 1IIHA 3VE7A 4Z1CA 5CZJA 3LV6A 1P4CA 3EX2A 3PSVA 1EUAA 1SSGA 2NUXA 3TQ0A 2CU0A 1TTIA 2EKCA 3NM3A 1M6JA 2NLIA 1KV5A 2Y7EA 3W7HA 1H1ZA 1I2OA 4NZFA 3C0JA 4LNYA 1QPRA 3W7GA 3JS3A 2DZUA 3GLCA 4O1BA 1IXPA 3LTYA 4XKYA 2C19A 2ZA1A 2RFGA 3DFOA 2C6QA 1DBTA 4GJ1A 3RK8A 1DQXA 3DKLA 3P74A 3HQ1A 1XKYA 3LERA 4O10A 1TB3A 2PE4A 4JTSA 4GRSA 1H7XA 4PL1A 1CW2A 4WOZA 1OK4A 2BXVA 1XBVA 1W5PA 4UXDA 3UZJA 4PL2A 1W3TA 3VFLA 5F4WA 2NWSA 5KITA 3M5YA 2GVJA 4FX7A 1I2RA 3O6DA 1PV8A 2VFGA 1YDOA 3G1AA 3C2RA 3TX9A 2HTMA 3LDVA 5KZMA 2CFFA 4N9CA 1Q6QA 1VC4A 3L21A 1SO5A 4AMAA 3E12A 4LVGA 1DJQA 1KLYA 3QC3A 3EKLA 4DO5A 2Z2UA 1EP3A 4O4WA 3W71A 3KRSA 1JCNA 4UC5A 3TW6A 2G5WA 1JRCA 2FPYA 3TCEA 3S42A 1HO1A 1LRTA 3UWUA 4MFEA 2VXNA 3NQCA 4FF7A 1EWEA 1I8JA 1PIIA 4E38A 3WK0A 3MHGA 3NG3A 4C1LA 1OF8A 3C2VA 3W7KA 1FWRA 1VYRA 2CLMA 3PY2A 3U2OA 2W79A 1QPNA 2FQIA 1H1YA 3G0UA 4PEKA 2DZWA 3W1TA 5LKYA 5CPLA 1VS1A 5H91A 1MSSA 4O17A 5F2MA 2X1RA 4RCXA 4Y8FA 4JYFA 1W0MA 1AW2A 1QOPA 3S6DA 4TX9A 4IPJA 1Z41A 3LCGA 3S9YA 4A21A 5EMUA 4MIMA 2YZRA 4OV4A 5IBXA 1Z44A 3BLFA 4B5NA 1SW7A 3CIWA 4AHQA 1R2TA 3P84A 3W83A 2C16A 2X16A 1RQHA 3IVSA 4NNBA 2QDGA 3MI6A 2GJLA 5KZEA 1S3HA 3S1WA 3E9AA 3GK0A 3SJ3A 4ZQCA 5KZDA 2QCLA 2RDTA 3O15A 1N8FA 3OHIA 2DZXA 3UQNA 4XWUA 1LROA 3LCIA 5HJLA 1SO4A 2J9ZA 3VKJA 3OBKA 4N2YA 3TSMA 1VQTA 3SECA 1ONRA 2J88A 2A1YA 4BI7A 4O12A 3EWZA 3W7LA 5FEPA 3E96A 1JQVA 4DEFA 1YTKA 2C0AA 1L6WA 2PCQA 3UXDA 3W73A 3R8RA 3R2GA 3LHVA 2NXGA 3KXQA 1XBXA 2QCHA 2VEIA 4JTJA 4ADTA 3S5OA 3B03A 4HPXA 3GDRA 2Y7FA 4LW7A 1XBYA 3AJXA 1OFEA 4JDYA 5K7JA 2QJHA 4OU1A 1LRNA 4KKXA 2VFFA 3W7MA 2V81A 1R2RA 2X1UA 2YFNA 5D30A 1SPQA 2ZRUA 3W87A 3GAKA 4JTGA 1F73A 4JN6A 5D02A 1DVJA 3W9ZA 1KFCA 4IXXA 1H5YA 4MJMA 4JIPA 3B05A 1VCGA 5TQLA 1IF2A 1E51A 1QWGA 3L68A 4DO6A 2X1TA 1EP1A 2A7RA 2RKXA 4HT3A 5AHMA 1F74A 4NXKA 4O11A 2ISWA 4RZ5A 4UNKA 1QOQA 3IIXA 3OA3A 3DHFA 1W37A 1H62A 3LRMA 3PR2A 1BEUA 4IUOA 4JY9A 4ZQMA 3W3OA 4R53A 5AHNA 2QUTA 3WK1A 1GG1A 4NJGA 1B3OA 5FEZA 2C15A 2P0OA 3B06A 3MI3A 1FWTA 1YYAA 1HO4A 1R47A 3FLUA 3N9SA 3UZ5A 4DBEA 3EX3A 4JX4A 1LZOA 5EY5A 3SGUA 3IRDA 3W1LA 2V0TA 4O52A 2WJZA 3GDTA 3QYQA 4NQ1A 1KFEA 4UTIA 5LGXA 3DFSA 3F4WA 4AHPA 1TIMA 3VCRA 4RJEA 4AXKA 4KFOA 4AWUA 3TNOA 4WQ6A 1FCBA 2Y6ZA 2YCEA 1FWNA 4LTSA 2VENA 3P8JA 4GUFA 5G1YA 3MUXA 1PCWA 4FX8A 4K39A 4MYAA 1GYNA 1NF0A 4JYDA 4JTTA 4BF9A 3W7NA 1OFRA 2HSAA 2P1FA 2V8ZA 4M6QA 5KINA 2ZZ7A 4ALDA 3O06A 3Q2DA 4HHPA 1GWJA 4QSHA 4M7TA 2X1SA 1C8VA 1FDJA 4QAIA 1ZALA 1UB3A 4K8EA 5KSWA 2ZRVA 3S0CA 1MEIA 1W5QA 5AHEA 4N6EA 3TFCA 4JTHA 2C3ZA 1GVSA 3GXTA 3MP4A 2ISVA 1QPOA 4JTEA 3O05A 3TMLA 3UWQA 4WY0B 4CLMA 3A23A 3RNDA 1YADA 3Q58A 3NDOA 4NU7A 4AWTA 1XDMA 3P80A 1Y0EA 1TQXA 3HGOA 2Q8ZA 4UNLA 5F1UA 3WJWA 3C2FA 5DY3A 3A24A 1W1ZA 3DXIA 4O8RA 3CQ0A 5LNRA 2E09A 1WOAA 1P0KA 1T8XA 2CLFA 3GNDA 2Z1BA 2ZRXA 1C29A 4JTIA 3EXSA 1YTDA 2R14A 4FX6M 1JCMP 3W1QA 4RKAA 5AYXA 5A8GA 1K7XA 4FXSA 3NPUA 3BW3A 1WYIA 3FFSA 3N19B 3GIYA 3NPWA 2DP3A 1TPDA 1H7OA 5H2ZA 4NXSA 3LRKA 3W7IA 3S1VA 1ML1A 3IIPA 4UFJA 4FNSA 3FA5A 3RLUA 1EX5A 1EWDA 3W1RA 3MHFA 4HNTA 1OABA 2E6AA 3TXVA 2VKZG 4RK8A 4EOUA 1TO3A 5HR6A 4DQWA 2GVGA 3C8FA 2QKFA 1K02A 3G1FA 4WD0A 3MBFA 5E0KA 3BV4A 3NXFA 5D2WA 4ZQOA 3SSJA 2B7NA 3KVMA 3QF0A 5AN7A 3MP5A 1U5JA 3BGJA 1K7FA 2B4GA 5DLCA 4N4PA 1LTDA 3HPXA 4NJJA 2Y61A 2YPIA 3P7YA 5HWMA 5L6UA 1JRBA 1YPIA 1LBMA 3SW6A 3UWVA 3EX4A 3ZWSA 4ZQRA 2GVLA 4M5PA 2YSWA 1FUYA 3FJ6A 4UUIA 1KTBA 3G1VA 1X6UA 3W6YA 5AC7A 2NZLA 2O7QA 4QISA 3MWAA 4O4VA 5D2TA 3IIOA 1TCDA 1PHWA 4DELA 5K4XA 3W1UA 4TMCA 4KWVA 8TIMA 2JKPA 2A0NA 1DORA 3LB0A 1ZAIA 2E77A 3ATZA 3W88A 2A7PA 4NNCA 3NQ6A 4Z0SA 4M19A 1ME8A 4LVFA 3HOJA 3LCXA 1OX4B 3FYOA 3MYPA 3FKRA 3PG8A 3L5MA 3NQ8A 3C61A 4ZQPA 3P62A 2F7FA 3GDLA 3PUEA 1JULA 5D2VA 4XBSA 4MPQA 5BOOA 1I2PA 2ZRWA 1CI1A 1KLZA 4RZ6A 2YGYA 3NNTA 3G0XA 5K9DA 1XL9A 5AC8A 3A21A 3I7RA 3N2XA 4PCFA 4H4IA 1G4SA 3DI1A 4UMAA 2QF7A 1WV2A 1W5NA 4LC6A 2E5DA 3QW4B 3M9YA 4IPIA 5DXYA 5EBUA 4O54A 3W1XA 4UTKA 2BZNA 4EWND 1GVRA 2C1HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NQG A;  4ZEP A;  3E0W A;  5C70 A;  4KEZ A;  3HQN A;  3DZ1 A;  3G22 A;  1X97 A;  1TYG A;  5HMD A;  3BWW A;  5IOB A;  2Y24 A;  3L4Z A;  4Q32 A;  4KIE A;  1CLK A;  1RUS A;  2HMC A;  1PSC A;  3FAX A;  2PF8 A;  4FXF A;  1I6N A;  4IG2 B;  1Q63 A;  3VI2 A;  1OF6 A;  3UT0 A;  4F0K A;  3O2L A;  5LHE A;  1QAS A;  4QEH A;  1XSI A;  5CXP A;  5CAK A;  3NQE A;  5G1T A;  2RGL A;  4LV4 A;  4RL3 A;  1ZSX A;  2H8X A;  1QHO A;  5TIM A;  2C8N A;  5H8U A;  4MLR A;  3HBL A;  1A0E A;  5BU6 A;  1FY6 A;  2X0S A;  1LL4 A;  3EKZ A;  2VRJ A;  2XFR A;  1JDC A;  4QQ3 A;  2WVV B;  1LQ0 A;  1SSD A;  3BLE A;  4Y9P A;  3G8E A;  3ZOA A;  2E6F A;  4Y9A A;  3URB A;  1A50 A;  3TC6 A;  4KGJ A;  3CPG A;  4O1D A;  1YXY A;  4I90 A;  1QJW A;  1QNR A;  1XCF A;  3ZJ7 A;  5D2Y A;  5D9M A;  4DWS A;  4S3D A;  4CNU A;  2FZM A;  4IH3 A;  3GVQ A;  2DQW A;  4PUL A;  3L65 A;  3WLJ A;  4MDO A;  3NTY A;  3BTN A;  3HF3 A;  3USZ A;  3WL0 A;  5JBE A;  3DGB A;  2GGI A;  4KWO A;  3LHT A;  3WD3 A;  3QTP A;  3GKA A;  4XZM X;  3OYZ A;  3UCQ A;  1XH1 A; 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