3GLCA

Crystal structure of e. coli lsrf in complex with ribose-5-phosphate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
280
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 90
structure length 276
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3glcA00
3L5LA 2C19A 4DF1A 2ZRYA 4I7UA 5AHMA 4DF2A 3TDFA 3NQFA 4UXDA 1KFJA 2E5DA 3BG5A 3K30A 3W86A 1W1ZA 4DF0A 1ME9A 3QW4B 1TPUA 1LBMA 3NDOA 4PL1A 5K9XA 3MP4A 2CLMA 4XZ9A 1WAUA 2HS6A 2OT0A 3TQ0A 1X1OA 3BLIA 3NQAA 4JDYA 1DKWA 5AFDA 2VXNA 2YPIA 3LI1A 2V8ZA 4AWSA 3NQ7A 3HPSA 1VYRA 1ZAHA 4PH6A 2FLIA 1F6PA 1SSGA 2B7PA 1JULA 1G4SA 3MBFA 2ZA3A 3C52A 1Q45A 5LNUA 4UNKA 1EA0A 1W3IA 4I9AA 2X1UA 4AH7A 1YDVA 3DFPA 1SO5A 4OHQA 3TAKA 3O06A 3Q58A 1X7FA 1TV7A 2A2IA 2VFEA 2NX1A 4O13A 1SR9A 4MOZA 4XQ6A 3T40A 3W1RA 2ZZ4A 3P81A 4HPJA 1QNVA 2FPTA 2QCLA 1VYPX 5LNRA 2I1OA 3W1PA 1LRNA 2Y63A 3W87A 4NJGA 5DLCA 2P10A 1VH7A 1R2RA 3UXDA 2CLKA 3SGUA 1LOQA 1XUZA 4ZVJA 5HWNA 3N2MA 1KBIA 4UFJA 3MYOA 4GUGA 3EKLA 2O7SA 3PWAA 5K9DA 1B9BA 3W1UA 2ATSA 4HNUA 4ORIA 1GTEA 2YSWA 4DBDA 1MSSA 2PC4A 2Y88A 4QNWA 5FESA 3FYOA 1JCLA 1FXQA 4FNSA 4N9CA 3BV4A 3RNDA 1DQWA 1YDNA 3B0PA 3HOJA 3ABQA 1H62A 5HR6A 2QDGA 1YTDA 3G3DA 4IGHA 4MY8A 4BR1A 4JDBA 1BWKA 4HSOA 3CT7A 4MUZA 3NQCA 4FO4A 3PY2A 3MBDA 1Z44A 3M0ZA 3QPZA 5F1VA 2QKFA 1UUOA 1YYAA 3G24A 4ADTA 1W54A 1H7OA 3GNNA 4TMBA 1TV5A 3PG8A 4A3UA 5AC6A 5C55A 5J5DA 1XBXA 3W2UA 3BVJA 1SPQA 4IX2A 3DHDA 3O6DA 1ME7A 2FB2A 2WKJA 3PUOA 3H54A 3GKAA 3GZ3A 1SW3A 5EBUA 1XC4A 3THQA 3TNOA 4C1KA 4X3ZA 3FIGA 3P8JA 2JBMA 5K4XA 2X1TA 3NG3A 5F1UA 2NXIA 3HF3A 1LROA 2VFHA 3ZWSA 1ZHAA 2YXGA 3QZEA 4MLRA 4TU1A 5HNRA 3NA8A 3IGUA 1OFOA 2FB3A 1YPFA 3U6WA 1OFRA 5SWUA 1VR6A 2CZ5A 4UTTC 3TSBA 4X9SA 3E96A 4ORMA 2GJNA 4QISA 4G1KA 1A5BA 3G1XA 4PFMA 5D37A 3TQKA 2BLEA 1I2NA 1W8SA 2QDHA 4EIVA 3S6DA 1ICQA 3W3OA 2VELA 3RFAA 3KRSA 3UWZA 1T0OA 5L9FA 1XKYA 6ALDA 1UJPA 4CCDA 3DI0A 2Z2UA 2QEZA 2J88A 3C2OA 3IV3A 3A9IA 5F2IA 2DZVA 3OEXA 2CLHA 2ZZ5A 2E09A 5FF0A 4MFEA 3S8HA 1G4EA 2NX9A 3I68A 1P4CA 1JCYA 4HIBA 4MVAA 3R5EA 2Y61A 1P0NA 3EWBX 1OFEA 3G1YA 3FLUA 3C8FA 2QJGA 3NOEA 3KAOA 1JCNA 2TMDA 4JTLA 5HJLA 2Y7FA 1U5JA 2TPSA 4R53A 4N6EA 3C3NA 1ADOA 3CEUA 4ZQPA 1I4NA 3TU9A 3TAOA 4AEOA 1BKSA 1OABA 2WQPA 3USBA 1PE1A 3LCLA 2FDSA 2WSRA 3OHIA 3CM4A 1HG3A 3E49A 4O53A 3GLCA 1W0MA 5F2MA 3DH7A 1OK6A 3FKKA 4QNEA 3O1NA 1XBYA 5KZDA 4YMZA 3UQNA 4O54A 4GE8A 1FWRA 3V75A 4O15A 4DPQA 4E2BA 1XBZA 1FWTA 1Q3NA 4W9TA 4TMCA 4Z1BA 2A4AA 1RZMA 2V5BA 4LVBA 1FWSA 1F6KA 3W7OA 5AHNA 5D04C 4PL2A 4BF9A 2DZTA 3M9YA 3L66A 4XKYB 4P2VA 1DORA 3CWNA 3QFEA 5CZSA 4Y6GA 2CLFA 1RR2A 4YCOA 1SO3A 4Q33A 3A21A 1AL8A 4JD4A 4JYEA 2X16A 4O10A 4XTIA 3O63A 1XDMA 1J5TA 3N2XA 3W2LA 3W9ZA 3FYPA 2QCGA 4JN6A 3GNDA 4NZJA 3EWXA 4AMAA 3W7GA 3LHWA 3FJLA 3GDKA 1PHQA 1S5WA 1NFBA 2QCNA 3UWWA 1S3HA 1O60A 5KZMA 3E0IA 3LTSA 3TMQA 2A7NA 4WXYA 1TTIA 3SY5A 4LVFA 1TPEA 5G1YA 1QPOA 2JGQA 3PB2A 4FNQA 4QIUA 2R91A 3HGJA 1IXOA 1KA9F 4EVZA 3CQ0A 1SUXA 1VLIA 3M5VA 1O5XA 5TQLA 3ELFA 5DXYA 4PTNA 2YW4A 3TROA 4DPPA 3EB2A 5CG7A 2E77A 1EPXA 5DXXA 1RQHA 2RDWA 3DENA 3VNDA 3W83A 1BTMA 4RXGA 3DU0A 5I3FA 1SSDA 2WPBA 3W7RA 2ZA1A 4UTJA 5FF7A 4ICNA 4QITA 4H4IA 1I8JA 1X1ZA 1YXDA 2VEKA 1P5BA 3CTLA 1DHPA 3M6YA 3W1QA 2WSYA 4WY0B 1JJKA 4FF7A 4IMEA 2PRLA 4XBSA 3S5NA 1IXPA 1HO4A 1T99A 4MKNA 1QO2A 4MJZA 2A6NA 2GQ9A 3C56A 4CNOA 2ABBA 4ADSA 2C0AA 2ZCGA 5K3VA 4AHPA 4IQLA 3LTYA 3G1VA 2JKEA 4KKXA 2NXGA 4EF8A 4NU7A 5HULA 1PCKA 1K7FA 2CW6A 2QCCA 3BG3A 4R34A 4WD0A 2QUTA 4N4PA 5D2VA 3PULA 2CZDA 5BMXA 3Q2DA 1XBVA 4X2RA 4ZQOA 3MI2A 4DBEA 4BI6A 4HN4A 2VFGA 3GXNA 4YXGA 4K7VA 1QO5A 2ATMA 4JY9A 1BEUA 4NNBA 4ALDA 1FUYA 2E68A 3PBVA 2YX0A 2ZTKA 3W84A 3E02A 3DKLA 2O7QA 1G69A 1N7KA 4O52A 4O0ZA 2ZZ7A 3M5ZA 3CHVA 5BRBA 3T7VA 4PEKA 1A5CA 3QF0A 3LB0A 3B8DA 5AOUA 3N19B 2NUYA 3B05A 1TPWA 1UASA 4DQWA 4I7VA 2WV8A 1X8FA 4N2YA 5EY5A 1SZEA 5LHFA 2TRSA 1H50A 4LS2A 1F73A 5G4WA 1ZAIA 2VKZG 3NQEA 3DKJA 3TSDA 1ZJIA 2QJHA 2V2CA 2YYUA 2EKCA 2RKXA 3UY8A 1GVSA 2YW3A 4M7SA 3C61A 1YLVA 3N9RA 4ML9A 4WZHA 1K03A 2ZBTA 3CWOX 1TV8A 2WNQA 4RZ6A 5I3HA 2W79A 1TPDA 3NZRA 2QCDB 3GDRA 4UFIA 4JNMA 3QSTA 1KFLA 1EB3A 2AGKA 1LOSA 3GR8A 1HL2A 1G6CA 3F4NA 3L21A 3KRUA 3LLFA 4LVDA 5DBUA 1A53A 2OZ0A 3FA5A 2ZRUA 1C9DA 3M5YA 5DCDA 1QFEA 1NF0A 4TIMA 2QCEA 1NVMA 3UPWA 1PHWA 5FF4A 4I7WA 3G1FA 1VYSX 2CU0A 2G96A 1AG1O 4JY8A 4WY0F 4HSNA 4IPJA 2LLEA 2DP3A 4M6VA 2H8ZA 1OX4B 5D03A 4HKPA 1ME8A 2QCHA 2QUVA 3W7PA 1TJRA 3M1ZA 3NYZA 4NT0A 1LZOA 2Z6IA 4AWTA 3T55A 1KLZA 2GQ8A 1JCXA 1HFBA 3UZJA 1W5QA 2E6FA 5AC7A 4UIOA 2B0MA 3DFTA 3UD6A 3RLUA 1LRTA 1KBJA 3DFNA 3R12A 4Q32A 2W0UA 1TPVA 1O4UA 2FJKA 3LCFA 1DL3A 2V82A 2TSYA 4NJIA 1UUMA 3W2NA 3GB6A 3GDLA 1FCVA 3G0UA 1TYGA 3W7DA 1EX5A 4Z1CA 2A1YA 3BW2A 2WNNA 1B4KA 3UYCA 3A5VA 5CPOA 4BI7A 1JQVA 5CZ0A 4Q4KA 4E0CA 2CLIA 1M6JA 1KM2A 1H51A 3IRDA 1NF7A 4JXCA 1TO3A 3P5YA 3C2RA 3DGRA 3TXZA 3TMLA 2B4GA 5H2ZA 1QWGA 1VCGA 3A5FA 4ZQNA 3GK0A 3JR2A 4HNNA 3VE9A 5CSSA 3HMJG 2DZXA 1LLZA 3C2EA 1GQNA 2DU2A 2ALDA 4O4VA 4O14A 5KSWA 4FNTA 2RDTA 4JTUA 3SR7A 4IX0A 4JTTA 1XXXA 2JKPA 1G4PA 4FXSA 1TCDA 1OFQA 1GVRA 5AYYA 1K3UA 4U28A 3N73A 5TIMA 3G8RA 3LHTA 3LX9A 3PS7A 1Y0EA 3S1VA 5FI8A 3LRLA 3EX1A 2J9XA 4UTTA 2ZRVA 4LS0A 3TFCA 5TBOA 5EYWA 4WXZA 2WOQA 2HTMA 2Q3OA 1IGSA 5LGXA 2DZSA 3LM7A 5K2ZA 3QQ1A 4ZZ9A 1S5TA 2Q8ZA 3I6RA 4JIQA 4EOUA 5CZTA 5KZEA 5DY3A 1T96A 4LVGA 4PCFA 2VFDA 3NM1A 2WNZA 1NEYA 4Z08A 3AJXA 3E12A 5EMUA 4JS3A 2ABAA 4UTWC 1VPXA 1VS1A 2V2HA 1EWEA 3UWVA 1OX6A 3QMTA 2Z1BA 1EIXA 2BXVA 4NX5A 3H55A 5AHIA 3N3MA 3PR2A 4UFKA 4RZ4A 3U8GA 4CCCA 1TQXA 2A7RA 1IF2A 1L6SA 1X6UA 4D2JA 3KRZA 2QAFA 5L6UA 3MUXA 2G5WA 5AC8A 3OIXA 1VQTA 1ZAJA 1WOAA 1KM5A 3HIJA 1QPNA 4LC8A 1H60A 4Y90A 3RK8A 1JQXA 3HJZA 1WOBA 2ZFAA 4OQVA 3G1SA 1PS9A 1LOLA 4A2SA 3LV6A 1HO1A 4O19A 3TA6A 1V7YA 2Y7GA 3WK1A 5LHEA 1H7XA 3TC6A 2NLIA 3W70A 5BOOA 2HS8A 1UCWA 3W7CA 4K8EA 2ISSA 3NQ2A 3W7MA 1I2OA 3B0VC 2D73A 3A22A 4C1LA 2RDUA 5G1TA 4CNPA 3BK0A 2OCZA 4NVTA 3DHFA 1ZENA 4XBKA 4RJEA 1SW7A 3B04A 4NXSA 1OJXA 2QF7A 3NL3A 4K6AA 5IM51 4AF0A 3WJYA 4GFSA 2YCEA 4LOCA 1M7OA 1T8XA 3G0XA 4WUIA 1K7XA 2FPYA 3GIYA 1VRDA 3LBMA 2ZZ3A 3CLMA 3LGEA 4O8RA 5CKSA 4U4MA 1N55A 1L6WA 1Z41A 3W85A 1GOXA 1YADA 3GDMA 5A5WA 3Q37A 3EX4A 1OFDA 5AN7A 3LERA 3HBLA 1SZGA 3NQDA 3GKFA 3O8AA 3B03A 3LCWA 1ICPA 3PC0A 3NQ6A 2C16A 3E9AA 3IIXA 4UNLA 3EX2A 3CC1A 3QH2A 3TSMA 4K36A 4O4WA 2NZLA 5BMWA 1XL9A 1O95A 4JYDA 3L5AA 2ZRXA 3M16A 4LVAA 1I2PA 1THFD 5G2HA 1R47A 4JTIA 3W74A 3STEA 5MHBA 3NXFA 3P61A 2B7QA 3QC3A 3BW4A 4YL2A 2HSAA 5J5RA 4JTSA 4CCEA 2CLLA 2GJLA 2FIQA 3HG2A 1JCMP 1U83A 1K02A 3KVMA 4UFMA 3BLFA 5D32A 2YFOA 2H6RA 5D38A 4LUJA 4GUIA 4CQAA 1F76A 3ZS4A 3FKRA 1LM1A 3HGRA 2VEIA 3TJXA 4NUWA 4K39A 4GXMA 2BZNA 4M5PA 1L2UA 1FWWA 3VKJA 1TPC1 2J24A 4O57A 4OWGA 3SI9A 2OJPA 1L6YA 1TPB1 4MYAA 4ZL1A 1W3NA 4IOTA 3MP5A 3UPBA 1OK4A 4NJHA 1SFJA 4POCA 4O18A 1FX6A 1PV8A 3SJ3A 1OHLA 1DVJA 1R30A 2CFFA 4JYFA 3L0KA 5LKYA 2GVGA 4MZ1A 5CPMA 3KFTA 4JTJA 1OYCA 3MWAA 2A5HA 2NV1A 3C0JA 3QJAA 4OE7A 4JTFA 3P67A 3NEVA 4O17A 1WV2A 5A8GA 2F7FA 3P84A 4UR8A 5HWJA 3L2IA 3W6YA 4WOZA 1YDOA 4RX0A 4E2DA 3DAQA 2Y7DA 5AB3A 2DZPA 1TMHA 4CLMA 1SZNA 1O94A 1AW1A 4MFDA 4KWVA 4TO8A 2JKAA 5D02A 2XN2A 4O11A 1XDLA 2TYSA 4QSHA 3TK7A 1H1YA 4JTGA 5D05A 1YTEA 3NPVA 3I7SA 3ANYA 4RV8A 4MJMA 1O5KA 1Q6LA 2RFGA 3LLDA 3W2JA 3W7NA 1VGAA 1VLWA 3P62A 4MLJA 5C54A 1GJPA 3G0SA 2VOMA 3IIPA 1PVNA 4WQ6A 4BWLA 3FEMA 3UY7A 2Y70A 1JUBA 4EF9A 1ICSA 3P8IA 4MY9A 1WQ5A 3WJSA 3BARA 4O16A 3W1AA 3VE7A 3QRHA 1H1ZA 4IXHA 4JR5A 1VCVA 4MIMA 4O12A 3S0CA 1MEHA 2W6RA 1E51A 4OGZA 3O16A 2Y62A 3R2GA 1GWJA 3TW6A 3G8EA 4GUJA 4FNPA 3SZ8A 2CLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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