3GNDA

Crystal structure of e. coli lsrf in complex with ribulose-5-phosphate
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
280
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 91
structure length 276
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gndA00
3EX4A 1EP1A 4IMCA 3RU6A 5CPOA 1HL2A 1OK6A 3TMQA 1NAL1 3TX9A 5K2ZA 3EX3A 4O19A 4LVDA 1W1ZA 2W0UA 3WK1A 3LXAA 4H3DA 3QW4B 3BLFA 3BARA 2A6LA 3W7OA 3E0IA 4R33A 4AVFA 4I9AA 4IMDA 5HWMA 4JGDA 3PSWA 1EB3A 1R2RA 4DEFA 2E6DA 5AC8A 2Y6ZA 3SY5A 2HMCA 1IGSA 3NM3A 4JTGA 1KBJA 3LV5A 3HG4A 4GNJA 4ALDA 3ZWSA 1QPRA 3T55A 1OFRA 3TR2A 1DV7A 5AB3A 1OJXA 4MVAA 2G5WA 3TE9A 5KTLA 1UJPA 4GFSA 3R8RA 4UNKA 4YWIA 4CQ9A 3W6YA 1QOQA 4RZ5A 5LNWA 1H1ZA 3EKLA 2V30A 2QF7A 3BLIA 3O6DA 3B8DA 4Z0SA 2B7PA 3W74A 5HR6A 1EWDA 4KWWA 1F5ZA 2PC4A 4WQ6A 3M5VA 2ATMA 2EPHA 1EEPA 4EWND 1M6JA 3CTLA 2XN1A 4JTFA 4KFOA 2EF9A 4NJKA 3DAQA 2X1SA 4P2VA 1GOXA 5U4NA 1K8YA 4AEOA 3GR8A 4UFHA 4JY8A 3C8FA 3TSBA 3OA3A 2WPBA 1LOQA 4Z1BA 5L9FA 4M5PA 3MHFA 2V2HA 3MWAA 4LUJA 4Y90A 4ICNA 1GEQA 3SJ3A 2ZRXA 4CCCA 1VCGA 6TIMA 3KX6A 3O16A 4XBKA 1W5OA 4JTTA 4L4LA 4XQ6A 1N7KA 4NJHA 1J4EA 2LLEA 3PG9A 3O05A 1KM5A 4N9CA 3C3NA 1EUNA 3QSRA 2NZLA 4JICA 4BWLA 3N9SA 5HQEA 1SU5A 3L21A 4JIPA 1TTIA 4XTIA 3NVTA 3P60A 5SWUA 3W88A 1ZCOA 5CZJA 4N9DA 4YMZA 3NM1A 3RMJA 4N4PA 2NV1A 3CWOX 3IVSA 2QCHA 7TIMA 3IV3A 3OEXA 2FPTA 3DENA 4JR5A 3TUUA 3LRLA 1YTDA 1YPIA 2NX1A 3MI6A 3NNTA 4AMAA 4UTUA 5FEXA 3NPVA 2V81A 3T7VA 2CFFA 2J9YA 5IBXA 5FF0A 3G8EA 5CKSA 4Y9AA 2ZCGA 4IGHA 4DQWA 2DZVA 4GE8A 1KW1A 1RV8A 3EX2A 4R53A 5J5DA 1XDMA 2CU0A 3JS3A 4CNOA 5EYWA 2X1UA 2QR6A 2ZBTA 3Q94A 4OT7A 4OQVA 2RHGA 1XUZA 1ZAHA 4FX8A 5G4EA 1XBVA 3C2EA 2JGYA 1PVNA 1OYBA 1N55A 3BK0A 2J6XA 2FQIA 4Z0JA 5BRBA 1QCWA 4HSOA 1SUXA 3G3MA 1Y0EA 1TTPA 3ABQA 4LUIA 3LV6A 6ALDA 3LTYA 1I45A 1TPEA 3LCIA 4LS0A 1AL8A 3IGUA 5FI8A 1SSDA 3MHUA 1RQBA 5HUPA 2WQPA 4LY8A 4OGZA 2WNNA 3FJ6A 3LHUA 4DPPA 5DBTA 1KFEA 2GJNA 3VE9A 4LS1A 2PRLA 2CWNA 1X1OA 1UUOA 2JKEA 2P10A 2CW6A 3BPWA 4RCXA 3PB0A 4RZ4A 3ATZA 1BEUA 5D2VA 1YXYA 4NZJA 2P1FA 4JN6A 4MYAA 3W1MA 4JYDA 3W1TA 5LNSA 4WJEA 2QJGA 2ZZ4A 3A9IA 3G8RA 1NEYA 1FQ0A 3IVTA 1SQ7A 5EPDA 3NQAA 1JUBA 4IMFA 1ME8A 3A23A 5EKYA 4MUZA 4EOUA 1LM1A 4H6KA 1PV8A 1WQ5A 5AC6A 1KM2A 4GXMA 2B7NA 4K7VA 4S2CA 2GVGA 3O63A 1TPH1 4H4IA 3P80A 5DY3A 2A21A 1TO3A 3GX9A 3GDMA 2Z6IA 4OHQA 1D3GA 5CPMA 3TAKA 3BO9A 4UIOA 1X6UA 4FX6M 1THFD 4IX0A 3UPWA 3DU0A 1ALDA 2Y89A 1SO4A 3VNDA 4IMEA 4WOQA 3UZJA 2G96A 4IMGA 3W85A 5DN1A 1JCNA 1M7OA 1W5QA 1XI3A 4QJ1A 5L6UA 3W7DA 4O28A 3DI0A 2V5BA 1TYGA 1TTQA 1XBZA 4LW7A 4UMBA 1KM6A 3KVMA 1U83A 2GVJA 2I1OA 3BV4A 3M7WA 5CZ0A 5KZDA 1Q6RA 2NUXA 3BGJA 3IEBA 4O15A 3C52A 3W2JA 1SPQA 1VYRA 4CCEA 1W5NA 3V1PA 1DQWA 1GQNA 3C56A 3KVKA 3UNDA 1EUAA 4O4VA 2OT0A 5HNRA 3MI3A 1TPVA 3ANYA 3NL2A 4RX0A 5F4SA 3GXNA 5LNVA 3EWXA 1TPWA 1TQJA 4N9BA 3G18A 1GG1A 4YXGA 1UASA 1DHPA 4K8EA 4NU7A 3CC1A 1FX6A 3N2MA 4P61A 4ONVA 5KZMA 5FF7A 1VHCA 4QQ3A 1F6KA 3LRMA 3O06A 5AHEA 2CLLA 1ML1A 3N14A 5F4XA 5D2TA 1TIMA 1K7EA 1KM1A 2RDUA 1PCWA 4MY1A 4AHOA 3NQ8A 1RR2A 1PS9A 3TFXA 4C1KA 2ZRVA 4CCDA 1NF0A 1JJKA 1TPB1 3U2OA 3R5EA 2C18A 3BG9A 3RF9A 5F2IA 5H2ZA 5CZSA 4MIMA 2Z1BA 5F2LA 3W76A 1FWNA 4UMAA 3S8HA 2E09A 1QFEA 3W75A 1K7FA 2DP3A 1Q6OA 2O7SA 4ML9A 4GWEA 5LHFA 1VC4A 3PS7A 2AAMA 3CPRA 1JRCA 3TSMA 5FF2A 1J2WA 2EKCA 3I65A 1KA9F 1GWJA 4BI5A 1SW0A 3LM7A 2YYTA 3EWBX 1YXDA 2I14A 1VZWA 1TV8A 2VELA 4A3UA 4NX0A 3S6DA 1VLIA 1X7FA 4CQ8A 3TQVA 2V2DA 2Z0IA 3KVJA 1FXPA 4LNYA 3DKLA 1OG0A 2YYUA 2FIQA 2OT1A 4HN4A 4S1FA 4UFMA 1YYAA 1GYLA 3W2LA 3M47A 4IUOA 4O10A 2JKPA 1GJPA 1I2NA 3MMTA 3P8JA 3WK2A 4UMCA 4UC5A 4RR4A 4YLWA 1OABA 3L5MA 1OFQA 2AQWA 2QCDA 3UZ5A 1Z48A 4O57A 2CZDA 3S5YA 1EIXA 4AH7A 3GZ3A 2VKZG 3UY7A 1EP2A 2ZZ6A 1JCMP 5AHIA 4N9EA 1I2QA 1OVDA 1C8VA 2YSWA 2ISSA 1YPFA 3IRDA 4IPIA 1F6PA 5TIMA 2J9ZA 5EA9A 2CZEA 4JTHA 1MZHA 3P84A 2QDHA 1C29A 1TB3A 1WOBA 2ZZ2A 5D33A 3RFAA 3TAOA 3QMRA 3W72A 1GVRA 3PC0A 3W86A 3RNDA 1Z44A 4UTWC 4MYXA 3GDLA 3MI2A 3T78A 2XN0A 2E68A 2GQAA 3O6YX 2CLKA 4N02A 5D09A 2JBMA 3GKAA 2VFFA 1X8FA 3NPUA 1LBLA 3DHDA 4OWGA 5CZTA 1OF8A 2E5BA 3LI1A 3I68A 3B05A 3NQMA 1JRBA 4RKAA 1B9BA 1PHQA 3QEZA 2ZRWA 1G6CA 3U6WA 2GPTA 5D03A 3L0GA 2B0MA 3NYZA 3HBLA 5BMWA 3M16A 4G1KA 5D02A 1GVFA 5LNRA 1JCYA 3UPBA 3HGRA 4RK8A 4DO6A 4UTKA 1OX6A 3T44A 5EY5A 1AW5A 1W31A 3GNNA 3NL5A 2H90A 4JTLA 4IXHA 1GTHA 4FNUA 2WJZA 4BI6A 2G95A 2OCZA 4WY0F 4O18A 1F73A 3K30A 4M6QA 3TQ0A 4TO8A 4FNPA 1K8ZA 1H5YA 1KLYA 2B4GA 1OF6A 4I7UA 1GT8A 1J5TA 3HJZA 1UCWA 1L6WA 1FDZA 1PCKA 3L68A 1KM4A 5D38A 4UTHA 2VENA 1T96A 3M9YA 3QQ1A 3L5LA 5K9XA 3NQEA 4JIQA 2WKJA 3DZ1A 4HIBA 3B4UA 1W5PA 4UTJA 4YCOA 5DCEA 5H91A 1SZEA 1VR6A 4PODA 3PY2A 2GQ9A 1V7YA 3SGZA 3HF3A 1AW1A 1YTKA 4I7WA 4GUHA 3P8IA 2XFWA 2E5DA 3W7CA 4Q33A 5G4WA 3TQKA 3KXQA 4K38A 4TIMA 3GB6A 3VCRA 4FIRA 3G1DA 1FWTA 2XN2A 1VGAA 3EXRA 1AW2A 1WXJA 2E6YA 4OE7A 3GVGA 4JD4A 4MPQA 1XC4A 3M41A 4WXZA 3TXVA 1ZAIA 4PC8A 1VHNA 4GRSA 1SZGA 4B5NA 1ZAJA 2X1RA 5BOOA 3DFPA 3O15A 4MY9A 4POCA 1FBAA 2A85A 3OVPA 1D3HA 3NAVA 2Z6JA 3NPXA 3QMTA 3PAJA 4MOZA 2DZTA 1LBMA 2WNZA 3Q58A 3IVUA 2OZ0A 5DBUA 5CSRA 3S1WA 4BI7A 2QCMA 3DGRA 4QIUA 1W3IA 3QMSA 5C5YA 1KTNA 4ZL1A 2DU2A 4PCFA 1P0KA 1W8SA 4O0ZA 4EF8A 1EP3A 3WK3A 2NWRA 3NGJA 3QM3A 3WJSA 2B7OA 3EEGA 3MP3A 3QSTA 5AHMA 3KFTA 4O50A 3E49A 3GK0A 2R91A 4DPQA 2NUYA 5K3VA 4A2RA 4C1LA 4FX7A 4BF9A 5CPLA 3FLUA 1DOSA 3NPWA 2Y7DA 3B06A 5FEZA 5HMSA 4PA8A 1WYIA 4UFJA 3W7PA 3HG3A 3M0ZA 4HKPA 3W84A 4CLMA 1IXPA 3N2XA 4IPJA 4O54A 3N34A 4K7YA 5DCDA 1A5BA 5HWJA 4K39A 1MSSA 4UTWA 4FNQA 5D2WA 3LLDA 3M44A 5IM51 4BFAA 2VOMA 5D30A 3KRZA 4UXDA 1H60A 3MUXA 4CNPA 3C2OA 2PRMA 3C0JA 3GAKA 2GQ8A 1XXXA 2QCDB 4Z1AA 3HQ1A 2YW3A 1NF7A 3G1XA 5KMYA 4PL1A 2A4AA 2QDGA 3TIMA 3HGOA 1AMKA 3WJZA 2ZYFA 4PL2A 2DZSA 3BGGA 3TK7A 1DVJA 4E2BA 1IXOA 3M43A 4W9TA 4JY9A 1QNVA 1KM0A 1KTBA 2YXGA 1ONRA 4XUGA 4DO5A 3N19B 1I8JA 3G0UA 4FO4A 4I7VA 4QM1A 1A53A 2C15A 1ICSA 4O14A 1B57A 3C61A 4OV4A 1VYSX 4R34A 4N4QA 1IXNA 1E51A 4RV8A 2A0NA 1Q45A 4JX6A 5J5RA 3F4NA 5AC7A 2Y88A 5E93A 2NXIA 1ME9A 3KRSA 2FTPA 1WAUA 2ZTKA 1LTDA 3RLVA 3WJYA 5D37A 4O13A 1T99A 2TSYA 4FXSA 5K4ZA 1LOLA 3PBYA 3QRHA 4HPXA 3FYPA 4Q32A 3FKRA 3TU9A 3VE7A 3LERA 5F1UA 3B03A 1FWRA 1XBXA 3D0CA 3DFOA 4GJ1A 3FKKA 3THAA 4LRTA 2RDTA 2FFCA 3P82A 1H7NA 1A5CA 3DXIA 2H8XA 3W1LA 2C19A 4UFKA 4E0CA 3P5YA 2GUUA 4JEQA 3T4CA 1HG3A 2QUVA 3VFLA 4LVAA 1ICQA 1HO1A 3DI1A 2Y7FA 1X1ZA 3SI9A 5DCBA 4LRSA 3IIVA 5C2XA 3W1PA 3WK0A 3E96A 3KHJA 2VFDA 3GLCA 2H6RA 2R94A 3QW3A 5C55A 4ZQNA 4JTJA 4U28A 2FDSA 1GYNA 1S5WA 5LZLA 1XCFA 2YGYA 1JCJA 4JYFA 1DJNA 2E77A 3H55A 1TJPA 3DFTA 2VEIA 4R7JA 1XUUA 3EX1A 1MO0A 3JRKA 4JTSA 4EIVA 1TPFA 4LC6A 2QCLA 3TA6A 1RD5A 2Y7EA 3TJLA 3W87A 4AWSA 4O4WA 2C16A 3EB2A 4CQAA 5CPNA 2OMAA 1JUEA 3NZRA 3CIXA 2WO5A 2ABBA 1U5JA 2VFIA 1R2TA 3PUOA 3STEA 4NJIA 5BW6A 4Z08A 3G22A 1YDVA 3DFQA 2I9EA 4A2SA 2PURA 3CEUA 1LROA 1V5XA 5AYXA 1LBFA 3GKFA 4ZMGA 1DBTA 1W56A 2J88A 1P4CA 2Y7GA 2ZZ5A 4LVBA 3W7RA 4JDBA 3NQ6A 3OG3A 3W7HA 1S3HA 3ZWTA 4DF0A 3E12A 4QNWA 1KFJA 1KFKA 2ZA2A 3S9YA 4RLIA 3LHTA 3GXTA 5D2YA 4ADUA 2V5LA 5HWNA 4Y6GA 3W7KA 3L65A 1WBJA 1TTJA 1XL9A 2ZZ3A 3SW6A 3DBPA 4PFMA 2YX0A 3SGUA 1A5SA 4K8HA 3TW7A 4YCPA 3NXFA 2V2CA 4Z1CA 1GVOA 2W79A 4JX4A 3LCWA 4ZVJA 5LGZA 1CX9A 3QC3A 1TJRA 4MZ8A 3W2MA 3L0NA 3THQA 2H3DA 3W1AA 3LBMA 4O1CA 3RK8A 2ZZ7A 3P61A 1R46A 5F2GA 1AG1O 5G5IA 3STGA 3S1XA 3W9ZA 3S5OA 4JTIA 1SFLA 4JS3A 4A21A 3L2IA 3W2UA 3KVLA 3PR2A 3I7RA 2JK2A 5AYZA 3P5ZA 3TROA 3EWWA 4HPJA 4N6EA 3G1FA 2BX7A 3PBUA 2QJHA 4KKXA 1H7XA 3M1ZA 4PH6A 2DZWA 3NZ1A 4WZHA 3W7EA 4X2RA 2R8WA 2A2IA 5BNKA 2YCEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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