3GNDA

Crystal structure of e. coli lsrf in complex with ribulose-5-phosphate
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
280
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
total genus 91
structure length 276
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gndA00
3EX2A 4HNVA 4JICA 4AB4A 3O63A 1O94A 1ALDA 3W1RA 3OBKA 1NVMA 4R34A 1GOXA 3NM3A 2ABBA 4HPXA 5DXYA 2G5WA 2H3BA 1EIXA 1SZGA 2QCDB 3GLCA 2C6QA 2C1HA 4PC8A 3HGRA 1ZY9A 3W72A 3W7PA 4BI5A 5D09A 1PHWA 4DQWA 2ZRUA 1D9EA 3OVRA 4A3UA 1KM2A 1YPIA 3K30A 4O0KA 2CLKA 3LGEA 4NXKA 4AWTA 4DEFA 1QOQA 4UXDA 3LRMA 4LUJA 1Z41A 2P10A 4Z0SA 4CQAA 1H51A 4JS3A 2RDUA 4NNBA 1A53A 1IGSA 1GTHA 2V9DA 3CT7A 1R47A 3G0UA 2V2CA 4E0CA 4N4PA 3D0CA 2XN2A 2Y7FA 3LCLA 4MOZA 3P67A 1FQ0A 3NQFA 4DF1A 4E2DA 3IIOA 1VPXA 3PS7A 1KFEA 4QITA 4S2CA 3DFNA 2J9ZA 4PODA 4DO4A 5I3HA 4MZ8A 4MKNA 4LW7A 3R89A 3G1HA 3PBWA 1OF8A 2JGQA 4LC8A 5CPNA 3TFCA 2QCLA 3B06A 3GX9A 1ZFJA 1MEHA 1GYNA 2DP3A 4JTJA 4LV9A 3T4CA 4JX5A 3F4NA 4LUIA 2VKZG 3W23A 4X3ZA 3W2KA 1QO5A 3O07A 2YYTA 1EP1A 2ZDRA 4ZQPA 3G1AA 2ZRXA 4O1DA 3TV8A 1F73A 1KBIA 4DF0A 4DPQA 5CG7A 3LHYA 4M7SA 4N9BA 3QSRA 1GT8A 2B0MA 1I2PA 2CFFA 4JYEA 3LDVA 1KW1A 2ZZ1A 2EAWA 1TQXA 3A9IA 3PF3A 3BVJA 4FIRA 1VCGA 3OEXA 1E51A 2JKEA 3EX3A 3ZWTA 4CQ9A 2G97A 1HFBA 1LORA 3M47A 5AHEA 2VFHA 1PE1A 3PBYA 1K8XA 3NVTA 4NJGA 3GKFA 5I3JA 3E9AA 4JYDA 3NQ6A 4FHAA 2WNZA 3W7KA 5HMSA 1XL9A 5LNSA 3RU6A 3O6YX 4LC6A 2X1RA 1HO4A 5F4XA 4HSNA 2EPHA 4M5PA 1U83A 3W7RA 2WNQA 4FX8A 4GE8A 4PCFA 4AHOA 2C19A 2W6RA 5G2WA 1JCMP 1YDNA 3A24A 3P82A 1GVQA 3LXCA 5IM51 4UNLA 3OA3A 1OFPA 2VFEA 3QMSA 2VOMA 4WJEA 3KRSA 3L0KA 1IXPA 2X30A 1DL3A 3G0SA 5D30A 2BSLA 5LHFA 3GYEA 3R2GA 1FCBA 3MHGA 5AB3A 2V30A 1HG3A 3W7LA 2Q3OA 3LTSA 1KBJA 5DLCA 4AEOA 3W84A 4HNUA 2R8WA 2KZHA 4IMEA 3NG3A 1DKWA 1H7WA 1L9WA 2VEIA 3QMRA 1H7XA 4NJIA 2Q8ZA 4W9TA 2QCGA 1DHPA 2ZRZA 1UCWA 5SWUA 3HGSA 1QCWA 5U7SA 3W2JA 3NPVA 1LRQA 3NM1A 4MY1A 3W1TA 1SFJA 3G22A 4A21A 5LNVA 1XBVA 4IXXA 3LLFA 3UWQA 3GR8A 3QPYA 1N55A 5DY3A 5C5YA 3CWNA 4C1LA 4XKYB 1JQXA 3TR2A 3CPRA 3HPXA 1R2TA 4UFJA 4GJ1A 3GXNA 3P80A 3IIVA 2Z2UA 1V7YA 1OX5A 3T78A 5BOOA 3DU0A 1JJKA 2QEZA 4WOQA 2I1OA 4JR5A 5CSSA 2G95A 4LS2A 3KVJA 5CZJA 1SQ7A 2Y7DA 3STGA 3MYPA 1VJIA 2Z6JA 4LS0A 5HR7A 2E5DA 4LTSA 4IUOA 1OX4A 3HPSA 3O06A 1LTDA 1SW0A 4UFIA 1FXPA 3W87A 3VCRA 5TBOA 4Y9AA 4TMBA 2YFOA 3EWWA 2VEKA 3NYZA 1AL8A 4WD0A 1EX5A 1NF0A 3TW6A 2QAFA 2A7PA 1TQJA 2DJXA 3EB2A 4GUFA 4RCXA 4IOTA 3HG3A 3B8DA 3EWZA 4IQLA 4DF2A 1THFD 3LXAA 3W7IA 1PV8A 4O1BA 3G8EA 3WK1A 2XN0A 4XTIA 4OHQA 2NX9A 2NUWA 1TV5A 2E77A 4MVAA 3NR0A 2C13A 1F74A 4JTLA 1VGAA 3P62A 1ZAHA 1QPNA 3WJXA 3NAVA 3R8RA 3HPZA 2ZZ7A 4UTKA 3RMJA 1I8JA 3VE7A 4N9EA 4QNWA 3QJAA 4ZQCA 2Y88A 3CHVA 2QCHA 3EKZA 3TH6A 3DZ1A 5EBUA 4A22A 3C4UA 5TQLA 3HF3A 1X7FA 1W5MA 3W7EA 3C6CA 1JVNA 3MYOA 1X8FA 3O6CA 4M19A 2NX1A 4IMGA 4LNYA 3NQ8A 1SO6A 3KOFA 3EWUA 3HO8A 3WFAA 5F4WA 4MY8A 4D2JA 4HPJA 4KFNA 4LVDA 3KAOA 2X16A 1U5JA 3P5ZA 3P7YA 2A4AA 1S5TA 2ZBTA 2DJLA 3RNDA 4UMBA 4UTMA 4JX6A 2ISVA 4XWUA 1ZALA 1J4EA 4FEZA 2WSQA 3NQDA 1JRBA 1PCWA 4DBDA 3R12A 1EEPA 5KSWA 1H7PA 5DBTA 2YXGA 1BKSA 2OZ0A 4E2BA 2GVGA 4OWGA 3W1MA 1EB3A 1WBHA 1H5YA 4ADTA 3FJLA 3NQMA 1SR9A 1H7OA 3BLIA 1SW3A 5DCDA 1TJPA 3HB9A 1XFBA 3BG5A 4NX5A 4UFHA 4LOCA 4RX0A 2GQAA 3TDFA 4O53A 3W88A 1GEQA 4JXCA 1TV7A 2V2DA 2FTPA 3A5FA 3W1LA 3DBPA 1UJPA 4O16A 2WKJA 2FQIA 2QCFA 3NA8A 2PURA 4KFOA 3FJ6A 3MBFA 3EEGA 1W8SA 4FNQA 4LVGA 4YMZA 1ZHAA 4BWLC 4X22A 3N9RA 2DZTA 3S5YA 1SUXA 3W76A 1G4SA 5CZTA 3G1VA 1ME8A 2WJZA 4PL2A 2A6LA 3KRZA 3DFOA 1TYGA 4O11A 1I45A 3S0CA 1KM6A 3IVSA 4UNKA 3L0GA 3PBUA 1F76A 4MJMA 2A7NA 4JTUA 3P81A 5EKYA 3NPWA 5G2IA 2CU0A 1TIMA 2R14A 1MZHA 1TPH1 2JKPA 1DQXA 1WV2A 2V82A 2B7QA 1XDLA 1EUNA 2HSAA 1TSIA 3LB0A 3W3OA 3O05A 1LZOA 3ABQA 4I9AA 1T0OA 3FOKA 3A22A 1XBZA 2H3DA 1JCYA 1QOPA 1JUBA 1BWLA 3GB6A 4CNPA 4GUIA 2Z0IA 4O17A 3T40A 3HG5A 3BGJA 5E93A 5FI8A 4RKAA 4AHQA 1TTIA 2QJGA 1W37A 1O5KA 4LU0A 4JTTA 2Y89A 3GDTA 4CNNA 1UBSA 1OFEA 3UPWA 4NJHA 2YDAA 5CPOA 4UTTA 3L68A 1L6WA 1C8VA 3FKKA 1XM3A 4N2YA 3INPA 4DELA 3WK0A 4UR7A 1X1ZA 3VFLA 1TCDA 3TMQA 4O8RA 5HNRA 3GDLA 3DI0A 3W71A 5I3IA 1SPQA 3I7QA 2HTMA 1A5AA 1UUMA 5HUOA 4LV4A 4O52A 1K8YA 4QIUA 1LYXA 4MYXA 1D3HA 1IXQA 2NV2A 4FNRA 3C56A 3N3MA 4OV4A 1GYLA 1B4KA 4CLMA 3BLEA 4IPIA 3WK3A 3O1NA 3O15A 3QW3A 1ONRA 5DY2A 5HULA 1LM1A 1FDJA 5DXXA 3H54A 4JY9A 5CGQA 3TA6A 5BW6A 4UTUA 4M6VA 5D37A 1F2JA 4WXZA 4LT9A 3I68A 3PWAA 3UZ5A 3PUEA 3PG8A 1OG0A 1EP3A 3DH7A 1SFLA 5KITA 1GWJA 1P0KA 2QDHA 1TTJA 2QCNA 3TQ0A 4HNNA 1GPWA 3W7QA 4Y8FA 5A5WA 4QNEA 2J9XA 5CZ0A 1O5XA 2GVJA 4X9SA 1ICPA 1VQTA 4UFLA 4UUIA 4PA8A 4ZL1A 5HQEA 3GAKA 3W7NA 3S9YA 5FEZA 3M5ZA 1X6UA 1DQWA 3LM7A 1EUAA 4JEQA 2HS6A 1C29A 1J2WA 2C15A 3NL5A 4TMCA 1FWSA 4IWWA 1BTMA 2WPBA 3NZ1A 4LRSA 3ZR4A 3CB8A 4ADSA 4U4MA 4LY8A 4O1AA 4UTIA 3P61A 5FESA 2V5BA 1QO2A 1NSJA 1TPWA 3QRHA 4PFMA 2C14A 2RDTA 3PSVA 1ZAIA 1DORA 2A7RA 4HIBA 3W6YA 2RKXA 1YDVA 3DFPA 4LS1A 5FF3A 5AC8A 1SZNA 3EXTA 1OFOA 3N2MA 4Q4KA 4O14A 4N4QA 3C8FA 4IMDA 4UC5A 2CLIA 3A5VA 2ALDA 4QSHA 2ZQ0A 1R46A 4O1CA 1ZAJA 4L4LA 4RZ5A 4FNUA 5AHLA 5LHEA 4XQ6A 3AJXA 1GVOA 1SZFA 3S5NA 3LCWA 2E5CA 1AW1A 1VCFA 4EIVA 3NQ2A 3U6WA 3L2IA 1QR7A 3VNDA 4GUHA 1SU5A 2DZUA 3MW7A 1K03A 1OX6A 3LCGA 3L66A 1RR2A 4H6KA 1RQBA 1LP6A 1MSSA 1TTPA 3LBCA 4ICNA 1OABA 4JGDA 4MYAA 3M7WA 1SSGA 1I2OA 1OYBA 1FWRA 3THAA 1ZNNA 1RVGA 3G18A 1QFEA 2C18A 2IQTA 4O57A 3N14A 3ANYA 4H3DA 4NQ1A 4UTLA 1I2NA 2YYUA 1HL2A 3W85A 3TUUA 3I7RA 4JTSA 2ZZ3A 1Q6RA 3G3DA 1CW2A 2ZRWA 2F7FA 3UNDA 4IPJA 4CCEA 3EWBX 3GNDA 3L67A 4AXKA 3U8GA 5K7JA 4HNTA 5U4NA 1RZMA 1W56A 3SR7A 3I7SA 5LNWA 1NF7A 2ATSA 2A6NA 4K8EA 4WY0F 2YW4A 3E02A 4EWND 3PB2A 1LROA 4GNJA 2J24A 1LLWA 1KA9F 1W3IA 2Y70A 4ZVJA 3H53A 3B0PA 2XN1A 3QFEA 1WOBA 5DN1A 2GVLA 3KHJA 3KVKA 2DZWA 3LLDA 3G24A 1GQNA 3O8AA 1HUVA 3I65A 4JY8A 3TJLA 3NL2A 3TKFA 3C2EA 2QF7A 2ZTJA 4LVAA 1ML1A 2CW6A 5FEWA 5C55A 1H1ZA 1JR1A 5L6UA 1OVDA 2QUVA 4J9JA 3SSJA 2CWNA 1TRDA 5L9FA 1TB3A 3BGGA 4OT7A 2P0OA 2Y85A 1HTIA 3GK0A 1LRNA 4Y90A 5D05A 3DKLA 1PCKA 5BRBA 2NWSA 1DVJA 1W5PA 1JCJA 1R30A 2VEPA 1W3TA 1ME9A 3UY7A 3QF0A 4LRTA 4LVFA 5K4ZA 5D2XA 4OE7A 5G1TA 2E6AA 2DZVA 3HJZA 1KFCA 3B0UX 3LI1A 1AMKA 1F5ZA 1TPUA 4KWWA 3CEPA 1RQEA 2E68A 4RXGA 5FF7A 5BMWA 4MJZA 3HGJA 5K9DA 2FPVA 2CZDA 1QPQA 3KVLA 3QH2A 4O28A 1T8XA 5AHFA 2WOQA 4FNSA 2QCDA 3NQAA 4FF7A 5DCBA 5GVJA 3CIWA 4RZ6A 3NOEA 4UCGA 2NUXA 1F05A 3UWVA 4P61A 5G1YA 4Z1DA 1OFBA 3H55A 2YFNA 2J27A 3M41A 5D2YA 1VRDA 4MFEA 2CZEA 1F6PA 1QMLA 1WX0A 1WOAA 1KLYA 2Y7EA 3VE9A 4Z1AA 2QCEA 4ORMA 4IJBA 1TPFA 3TX9A 4BF9A 4BK9A 5D04C 1SO3A 3FLUA 2PRLA 2TMDA 4FNPA 3GZ3A 1TO3A 3W9ZA 3BW4A 4ONVA 1QWGA 1ZCOA 4UTWA 4MY9A 3W1UA 2GQ9A 1P5BA 1M6JA 1M5WA 1TPDA 3W7OA 3TC6A 3PBVA 5DBUA 3QYQA 1VYPX 3W1NA 3A21A 3UWUA 1SW7A 3PULA 4QAIA 1CI1A 5HWJA 1VCVA 3SZ8A 2BX7A 3IGXA 3N73A 5HJLA 1LOQA 1TJRA 2AQWA 3S5OA 4YXGA 4DPPA 2DORA 3IGUA 3NL6A 3KVMA 1KTCA 1QAPA 3DI1A 4JTEA 1EP2A 4XTDA 4GBUA 1FUYA 3MI6A 3ZS4A 3QQ1A 2ZYFA 3SY5A 6ALDA 4OU1A 2BXVA 4O13A 1TPB1 2Y6ZA 4M6QA 4GFSA 1G69A 5DELA 3TQKA 4WQ6A 5F1VA 1M7OA 4M7TA 3ELFA 4RZ4A 3BV4A 3NQCA 2PCQA 1YDOA 1TPEA 1AW5A 3ABSA 3GR7A 3ATZA 4MLRA 3PUDA 2ATMA 4MLJA 4JIPA 1W5OA 1MO0A 4AWUA 3LXBA 5HWMA 2GJLA 2VFGA 3MO7A 4JIQA 4MUZA 2A1YA 3KFTA 1VR6A 3NNTA 1VH7A 1QDSA 1NEYA 4TX9A 1JCXA 3IVUA 3M5XA 1TPVA 4O12A 4TU1A 1W1ZA 3QQ0A 1VYSX 3SECA 3LRLA 2X1TA 1I2RA 3TC7A 4CCDA 3Q2DA 1K3UA 1WQ5A 3UXDA 4OV9A 4XBKA 3HBLA 1QNVA 3EWXA 2TYSA 3PSWA 3C2FA 3MWAA 4N9CA 4AF0B 2Q3RA 1VLIA 3STEA 4C1KA 3GVGA 1AG1O 1KM1A 1I2QA 3PVFA 2C16A 1Q3NA 3TQVA 4O15A 2ISWA 2YCEA 3G1DA 3F1QA 2Q8LA 3TIMA 4K6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EX2 A;  1FRB A;  4HNV A;  4JIC A;  4KEM A;  1J10 A;  1O94 A;  5A8M A;  3W1R A;  1PUD A;  4D6H A;  3WUE A;  1UML A;  4JCM A;  4XZH A;  3CAQ A;  4FS9 A;  5DXY A;  1E6S M;  5E6Z A;  1XD0 A;  2PWG A;  1SZG A;  2QCD B;  2PWD A;  1VF8 A;  2DDX A;  3S9Z A;  3L4X A;  3T9P A;  4H7Z A;  3A4J A;  2Q6Z A;  3W7P A;  2YKK A;  4BI5 A;  5D09 A;  2HWG A;  4TTU A;  5GNZ A;  1LG1 A;  1EEX A;  4HQV A;  1KR1 A;  4O0K A;  4AWT A;  4DEF A;  2CZV A;  3RN6 A;  3CBW A;  1QOQ A;  4UXD A;  3I3B A;  1Q4W A;  3R25 A;  3GIQ A;  3OA5 A;  2PMQ A;  4KT2 A;  1XV8 A;  2QV5 A;  3JZU A;  1A53 A;  2Z1V A;  2R1L A;  4E0C A;  4S23 A;  3QHN A;  1E6X M;  3SCT A;  3PPG A;  1EKO A;  3MMU A;  3NQF A;  4DF1 A;  3IIO A;  1C8Y A;  2E9B A;  4ZB2 A;  3MZN A;  1QW9 A;  2CCR A;  3AXK A;  4S2C A;  1ONW A;  3BL3 A;  2J9Z A;  4POD A;  5JBE A;  4DO4 A;  5I3H A;  1OF8 A;  2JGQ A;  3H21 A;  1TJ0 A;  4A8N A;  1IV8 A;  4WVX A;  4G5D A;  5LXE A;  2GUB A;  2WVU A;  2WB5 A;  4LV9 A;  3SUS A;  3WEO A;  2CIP A;  3W23 A;  4H1Z A;  1QO5 A;  4ZQP A;  2ZRX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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