3GNDA

Crystal structure of e. coli lsrf in complex with ribulose-5-phosphate
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
280
structure length
276
Chain Sequence
GKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIKTYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Aldolase lsrF
total genus 91
structure length 276
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gndA00
3IIVA 3HJZA 1OABA 3CM4A 3R8RA 1JR1A 5FEWA 3SFKA 3O16A 3L65A 2Y88A 3W7KA 1SFJA 5TQLA 1KFEA 5AYYA 4PEKA 3W75A 3CT7A 3HF3A 1Z41A 1DKWA 1GG1A 1NSJA 1Z42A 2R91A 4MOZA 5EBUA 3MP3A 3JS3A 3G24A 3UY7A 3L9CA 4O0ZA 1GTHA 5BMWA 3T44A 4EWND 4IXXA 2NUXA 4MIMA 4UFMA 2V82A 4FIRA 2RDUA 3I68A 1FXQA 2CWNA 3DHDA 1QR7A 3CEUA 2XN1A 1P0KA 1YADA 2GOUA 3BPWA 2Q8ZA 3NQGA 4FHAA 4S2BA 3FJLA 3W87A 2C18A 3C4UA 3CIXA 3M43A 4DO4A 1DQXA 3WK2A 2H6RA 3A5VA 3G3DA 3TR2A 3DI0A 2JK2A 4IMFA 1S5TA 5BMXA 4UIOA 2H8ZA 2YPIA 4UUIA 2J24A 2BX7A 3I7QA 2WO5A 2ZRXA 5G2HA 3N19B 1IGSA 1TREA 1ZFJA 3W1RA 3IVSA 6ALDA 5F2GA 2DZPA 3PBYA 5AHLA 3TC7A 3OVPA 3PVFA 1GOXA 3O1NA 1T99A 2J27A 3NQ7A 2JGQA 3W7DA 2FDSA 4GNJA 1WBHA 2ZA3A 3W72A 1TIMA 4Q32A 1VJIA 3LHTA 2F84A 1C29A 4FNSA 4AWTA 3KXQA 1ME8A 4O54A 4TMCA 4N02A 5KINA 2WSQA 4MVAA 3FEMA 3I7SA 4LY8A 3NQ6A 3Q37A 3R13A 3UXAA 3VE7A 2H90A 3PR2A 3MO7A 2R8WA 1ZAHA 5K4XA 4WY0A 4LV9A 4N9BA 3DHFA 3M5XA 1H62A 2OT0A 3LHVA 1GVQA 3SIZA 3TMQA 4AMAA 4IQLA 3KRUA 3PSVA 2R14A 1XL9A 3EX2A 3UYCA 4LWWA 3M44A 1IXOA 3TIMA 3ZS4A 3FLUA 1WOBA 2GVGA 2Y70A 3N2MA 1I45A 1BEUA 2E77A 1LOQA 4UCGA 2P10A 3MWAA 1RQBA 1AL7A 4HPJA 4MY9A 1XFBA 3TSBA 1I8JA 2ABAA 4Y9AA 2EGZA 3SGUA 3EXSA 3PWAA 5J5DA 3M5YA 2BTMA 1OF6A 4I7UA 5FESA 4NNCA 4O17A 2ZRVA 5KMYA 3USBA 2YGYA 2V5BA 2EPHA 1OJXA 2HTMA 2Q8LA 2ZA1A 4WY0F 3G1DA 3GIYA 2FQIA 1XBVA 1RZMA 1HTIA 4QNEA 3CIWA 5G2IA 2VFEA 1KM6A 3HG4A 1FXPA 3BK0A 3W23A 3N2XA 5FEXA 4BI6A 4YCPA 1DHPA 3BG9A 4ZQMA 2R94A 3EX4A 4WOZA 2TMDA 5CG7A 4IWWA 2WOQA 1OFBA 5G4WA 4UXDA 2CZ5A 3NM1A 3L5LA 1OK6A 2ZRYA 2NX3A 1EX5A 3DFQA 1DVJA 2E6AA 2ATSA 4A22A 2J6XA 3L5MA 1GZGA 3UWWA 4GUFA 5AHEA 3NYZA 3NQDA 2QCDB 1HG3A 3QMSA 3W7RA 5HR6A 2FPVA 4E2BA 3G1AA 3TSMA 4O28A 3NA8A 3TV8A 5LNWA 1Q45A 3NQMA 3B0VC 3IV3A 3UPBA 3VKJA 4NJHA 2ISWA 1LBLA 2ZTKA 4CCEA 5CZJA 2DZSA 3GR7A 1VZWA 1GVFA 3TQ0A 3LM7A 1R47A 3IRDA 4N4QA 3P8IA 1H7NA 1OFOA 1LLWA 2E1DA 3MHUA 4FIQA 1H1YA 3W73A 1G4TA 3STGA 1C8VA 3NQFA 3BG5A 3WJXA 4C1KA 3L0GA 2A21A 2WKJA 3WJZA 2YX0A 3LXAA 5DELA 3E49A 3OIXA 4GFSA 3T4CA 3VFLA 3LV5A 3B06A 2ZYFA 5LNSA 3UWYA 2VEMA 4O50A 5DLCA 1SU5A 1QO5A 1V5XA 4FX7A 3ZWTA 2ZZ6A 2JKEA 3W1MA 3V1PA 2O7QA 1NF7A 2EKCA 3S5OA 4UMBA 1OX5A 3P5YA 5K2ZA 3ANYA 3A24A 1A53A 1VYRA 3N14A 4OQVA 3NPXA 4NJJA 4QQ3A 1SO5A 3TCEA 4GUIA 2G5WA 1OG0A 5EA9A 1W8SA 1OFEA 4RZ4A 1GYLA 1EP3A 2Y7DA 1FWRA 3KRSA 3TA6A 3QJAA 3W2MA 4UR7A 2AAMA 3W6YA 1RVGA 3OBKA 4BI5A 3QW4B 3W2JA 1W5QA 5AFDA 1F5ZA 3F1QA 3LERA 4I7VA 1GEQA 2GJLA 3DFOA 1H51A 4M7TA 1HO4A 5EPDA 4IUOA 3G0XA 1LOSA 5AYZA 1SSDA 1LM1A 2ZTJA 3NL5A 1JRBA 1B9BA 5KZMA 3GYEA 2PRLA 4IOTA 4N9DA 3TW6A 2C0AA 1G4SA 4NX5A 1H60A 2A2IA 2CLEA 2Z2UA 1Z44A 3DKJA 3EWZA 3CHVA 1LTDA 3GLCA 3W7GA 2Y89A 3DFTA 2RDWA 2LLEA 4MYAA 1KM1A 4LNYA 1S3HA 1ZY9A 4BK9A 3TAOA 5C55A 3L21A 4YXGA 5AOUA 4DXVA 4EIVA 3EWBX 2W6RA 4XKYA 3LHWA 1W3TA 3EX1A 3UZJA 1KV8A 3LCIA 1O4UA 2YXGA 3O6DA 1TV8A 4NJIA 3F4NA 1OX4B 1XCFA 3UWQA 5DCEA 4GBUA 5K4ZA 4RCXA 2QUVA 5CPNA 5CPLA 2ZFAA 1JCNA 1YDOA 3A5FA 1JUBA 1PHQA 1TRDA 3LB0A 1H50A 1FWNA 3BW2A 1KBIA 3PUOA 2G95A 2C13A 2E68A 2G96A 1JJKA 3L5AA 1KTNA 3QF0A 4Z1CA 4OHQA 3DGRA 1ZAIA 4UFHA 1JQVA 2E6FA 3P60A 3B05A 3PC0A 3KVLA 5TBOA 3P67A 1UB3A 1XBZA 2OJPA 1KBJA 2RH9A 4FXRA 3WK3A 1FDJA 5CGQA 2ZZ2A 3FIGA 3NZRA 1SFLA 3BW4A 4IXHA 4PH6A 1SO6A 3OEXA 1GJPA 4FNRA 3TMLA 4JIQA 4QSHA 3TX9A 3SW6A 2ZCGA 3W2LA 3GDKA 3G18A 3MHGA 3O6YX 4HT3A 3PUDA 4HIBA 3CWNA 1X7FA 4UTTA 2VFFA 2CLOA 1YDNA 3EX3A 3AJXA 3V75A 1SW3A 3P80A 5LGXA 1MEHA 1LBMA 2V2CA 4OE7A 3S5YA 4E0CA 3O05A 4O16A 1ZNNA 2PCQA 3M1ZA 1T8XA 4K6AA 5G5IA 1D3HA 1QPQA 2FPYA 3ABSA 3GDTA 3MBFA 1GVSA 4FXSA 4B5NA 2Y6ZA 1KTCA 2GPTA 2VFGA 3E0IA 3W1NA 3W7PA 3G8RA 4DPQA 5AHFA 5BW6A 3HMJG 1Q6QA 4HNNA 4R53A 5AN7A 3NR0A 4GC4A 3C2RA 4IMEA 2DZTA 5I3FA 4HSOA 3QSTA 4DBEA 1FUYA 4PCFA 3NOEA 3INPA 3PG8A 3DXIA 3BLIA 3WFAA 5AC7A 3M47A 1H1ZA 3HGOA 1KM2A 5IM51 3BARA 2ABBA 1SZGA 1V7YA 3L0NA 4NJKA 5FF3A 2NLIA 1VH7A 1G7VA 5I3HA 2GQAA 3NDOA 3SECA 3T78A 5D03A 4JX5A 4MPQA 4XBSA 3ELFA 4IGHA 5DXXA 4HKPA 3CLMA 3LCWA 1SW0A 2I9EA 3QQ0A 3TJXA 1FDZA 5A5WA 4LU0A 3WJYA 3C56A 4FB7A 2J88A 1KM0A 1KFBA 3C2EA 5D2TA 2X1SA 5HWNA 5L6UA 1K3UA 3R2GA 5FEZA 3G1XA 4O4WA 3QW3A 1FCQA 1W31A 1L6YA 5D33A 2ZBTA 3S8HA 3LBMA 4K39A 2C15A 2XFWA 5HR7A 3LHZA 4QIUA 4WQ6A 4XBKA 3TE9A 4QAIA 3DZ1A 3H54A 4K8EA 4UFLA 1OF8A 1RD5A 1YTEA 4FX8A 2GJNA 3C0JA 3GNDA 3W74A 3GKFA 2VKZG 3HB9A 1W56A 5D2WA 4Y96A 1ML1A 1H61A 4UTWC 4PFMA 4AB4A 2HS6A 4IX0A 3GDMA 2CLLA 2E5BA 2BXVA 1LOLA 5G1YA 1P0NA 3W1TA 1JULA 1W5MA 5H2ZA 5CZTA 1MZHA 3B4UA 3GKAA 3LX9A 1P1XA 1QNVA 3RFAA 2XN2A 2C16A 3PG9A 4JY8A 4N4PA 3B0PA 4ORIA 3RF9A 1GT8A 1ICQA 4XKYB 1OFAA 1MEWA 1VLWA 1QFEA 1QOQA 4R33A 5D30A 4HNVA 2B7NA 3UPWA 5DY3A 4KFNA 3RLVA 1DOSA 2QCFA 3W1LA 2RDTA 4YL2A 5K9CA 4UTHA 4NVTA 3T40A 2EHHA 2NWRA 2QCLA 4CQAA 1M7OA 3P61A 3Q2DA 5G4EA 5KTLA 1QDSA 3W9ZA 4D2JA 1PVNA 2A5HA 2NV1A 4DO6A 4UTIA 1JCJA 1WA3A 4ZQRA 4JY9A 4JR5A 2Y63A 3W7JA 1KLZA 4LVGA 4O52A 4HPXA 4I9AA 3KFTA 5J5RA 3HPSA 2YFNA 5LNRA 3IVTA 2B4GA 3Q58A 5DBTA 3SI9A 4TR9A 1W3IA 1VYPX 2AQWA 3I65A 3LI1A 3SZ8A 2A6NA 4LRSA 1F73A 5F2MA 3LRLA 4BWLC 1BWLA 5DCBA 1SZFA 1TMHA 1RPXA 3R12A 1PCWA 1I2OA 3IVUA 1ME9A 2PC4A 4M19A 1G4PA 1I2NA 4JS3A 5IBXA 4JX6A 4NXKA 5HMSA 2NWSA 3HIJA 3N34A 2VC6A 4JIPA 2OZ0A 3NQ2A 5MHBA 1TPFA 3LLFA 3CWOX 3TH6A 4NZFA 4HHPA 4GRSA 4LUJA 4KWWA 1F7BA 4IMDA 1K8YA 3W83A 2B7QA 4ONVA 1GVOA 3W1AA 1W37A 3KHJA 4LTSA 4ZQCA 2FB3A 3LCLA 3M5VA 1Q6RA 3D0CA 3FKKA 3W86A 1F05A 1GWJA 2QEZA 5DXYA 3ZFHA 1F76A 2ZA2A 4LS2A 1OX4A 2C1HA 5G2WA 1TJPA 5CKSA 3QPYA 5FF2A 3A22A 2A7NA 2NUWA 3NNTA 3TNOA 4A21A 4S2CA 4UC5A 4AH7A 3W2NA 3TXZA 1TPUA 1DQWA 1EUAA 3DKLA 1TRIA 1U83A 1L9WA 4PODA 4Z1DA 3NQVA 3GZ3A 4RJEA 2X16A 2NZLA 3QSRA 5DBUA 4RV8A 1O60A 3C52A 1TCDA 1AMKA 3P8JA 2YZRA 3F03K 1LRQA 1B4KA 1WV2A 3MHFA 4O1AA 1UCWA 2QDHA 5KITA 5AHMA 3PULA 1EIXA 5I3GA 1TPEA 5EYWA 1OFDA 2I1OA 3EKZA 2JKPA 1W5NA 4UTUA 2CW6A 5D2XA 3FFSA 5D2YA 2ZRUA 5F2IA 1I4NA 1K7FA 3TQKA 2GUUA 3ZR4A 5E0KA 4JTFA 1R2SA 4JTHA 3KVKA 4O8RA 5D04C 3GNNA 1IXNA 4XQ6A 1QOPA 1DJNA 1TTIA 2OMAA 3THQA 3O63A 3GVGA 5EKYA 1IXQA 3LOTA 2A6LA 4YCOA 2C14A 1SR9A 2EF9A 4MZ8A 2E5CA 2B0MA 4FNQA 4O53A 4EF9A 5D09A 1YXCA 2CLMA 2E6YA 3OVQA 1UUOA 1TJRA 3SJ3A 4O19A 3W7NA 2PE4A 1FCUA 3CU2A 3STCA 1ZCOA 1A5AA 3HGRA 5HULA 1KA9F 5C6MA 3H55A 3LI0A 2EAWA 1E51A 4FNTA 1D3GA 3G0UA 3L67A 3T7VA 5LHEA 2DU2A 4JYFA 4QNWA 1QWGA 3WK1A 4OBTA 2QR6A 4BR1A 1VPXA 1IIHA 5F4WA 3W71A 1JCXA 4OU1A 2CZFA 3MI2A 5EL1A 1WYIA 2G97A 1VR6A 2PRMA 4O13A 2TSYA 3RK8A 2YW4A 1PCKA 3HQ1A 4PA8A 4Q4KA 1O95A 1HFBA 3TK7A 1G69A 2VOMA 1JUKA 4TIMA 1UASA 4ICNA 4CLMA 4HSNA 3GDLA 5D05A 3VI2A 1IXPA 4UFKA 2QCHA 2CLKA 3MBDA 3S1UA 1F6KA 4X3ZA 1KFKA 1ICPA 1YXDA 3NXFA 1G4EA 3PS7A 5T26A 4RZ5A 3KVJA 1PS9A 1B57A 3QFEA 1Z48A 4BF9A 4MY8A 3PB0A 1LBFA 1GTEA 4XTIA 1AW5A 3PB2A 3C2VA 3H53A 1OFPA 2FJKA 3IGUA 3PBWA 1VYSX 1JCMP 2NV2A 4JTSA 3NQ8A 3W1PA 2Y85A 1MEIA 4Y90A 3S1WA 1TV7A 3GAKA 2GQ8A 2UV8G 4K36A 4CQ9A 4AF0B 1GG0A 1WBJA 3DI1A 5BOOA 2WQPA 2X1UA 2WNQA 1RR2A 2J9ZA 3N73A 1AL8A 1OYCA 1U5JA 4A29A 4IMGA 2TPSA 3NQAA 3TXVA 4MYXA 3VNDA 4JTEA 5AYXA 3CC1A 4UFJA 1FQ0A 4MLJA 3QM3A 1SQ7A 4JTTA 4O4VA 4MJZA 3GXTA 3MI3A 3HGSA 2ATMA 1XUUA 5FF4A 3W7LA 4FF7A 1DL3A 5CZ0A 2NX9A 1TPB1 1R46A 2HMCA 1VCGA 2YYUA 1O5KA 1JVNA 4IPIA 4IX2A 4ALDA 1W1ZA 2ZRWA 4TX9A 3W84A 3C2OA 4EOUA 1K8XA 3NQCA 1J5TA 2BWGA 1FDYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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