3GNPA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase with octyl-beta-d-thio-glucoside
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice {beta}-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa subsp. japonica
molecule keywords Os03g0212800 protein
total genus 191
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnpA00
3WDRA 2VT0A 2PWEA 1VF8A 2J74A 2BVDA 3BGAA 2WVUA 7TAAA 5BRPA 1JYXA 2ZICA 2CBUA 1XH0A 2ZUUA 3GYCA 1EIBA 1BLIA 3EDKA 1EH9A 3FHQA 3GBDA 2VZVA 1UR1A 4BA0A 1E0WA 1DWFM 3GM8A 3K4DA 2EQDA 4PTWA 3ECQA 2GDVA 1KQYA 3AISA 1TA3A 3KEHA 2Z1KA 1TZ7A 1WDRA 4PYSA 1E73M 2YA1A 3FNDA 1QI3A 3OZOA 3QOKA 1WAWA 3NJ3A 4GKLA 3WFZA 2GJPA 1QW8A 4BQ5A 1WDQA 2A3EA 1ISYA 5I77A 4ZE5A 4JFWA 2WCAA 3BAYA 4AD5A 4AZCB 1NWUA 1EQCA 3PN8A 1C8QA 1G9HA 2EEXA 3PZNA 3MO4A 1OIFA 4HOWA 1H0IA 4UFLA 4OBRA 1W1YA 4CN6A 1Q6EA 2VRJA 2FH6A 3MV11 4PRWA 1MYRA 1V6VA 4Z2JA 3VUPA 3W28A 2VCCA 3TTOA 3CHDA 2YA0A 2GUYA 5IFTA 3I3BA 1LL6A 1VFOA 2DT2A 3J7HA 5D8WA 5AYIA 5IHSA 2IXUA 5A6BA 1GOIA 4U2YA 4W7UA 4JHZA 1I1XA 3VGBA 5BWFA 3AMGA 3CZJA 1GVYA 1CYGA 2DGAA 2F61A 1UD2A 5A2CA 3ZT6A 1UZ1A 4CGTA 3BC9A 3OB8A 2WMJA 3AS0A 3ZT7A 1QBBA 5E0FA 3IANA 4PTVA 4TTUA 4MDPA 2J79A 2DIJA 3OGVA 1UWIA 4HU0A 1LQ0A 3ARPA 2Y24A 3WDJA 5CGMA 1MFUA 3AZSA 5JIPA 2FHFA 1E55A 4JL1A 3BAXA 2ZXBA 4OUEA 1QNSA 5A3HA 3VGHA 3ZJ7A 2ESCA 4C7GA 1E5JA 3PZUA 1H09A 2ZXDA 1R7OA 1QNPA 3KL3A 3U7BA 2D22A 2YBTA 4ATLA 4HZ6A 3W38A 3HMCA 2ZOXA 4HZ7A 3D3AA 3GBEA 2YDRA 2OLHA 2OSXA 2BV9A 5E6ZA 1JFXA 2WSPA 1B30A 2WK2A 3MMWA 4DWSD 1ZS2A 1RD6A 3AQUA 2EO7A 3PTQA 4HPHA 4BF7A 1E15A 1E9LA 4MNLA 1HVXA 3JUGA 2NSXA 2J77A 3OGSA 1H11A 3WNMA 4P8WA 4H04A 3QR3A 4UZSA 2ZX7A 3RMEA 1JXJA 4GI8A 2XM2A 3UR8A 3VIFA 2EPNA 3TA9A 5IXEA 2QMKA 4MNKA 4BQ3A 1OGSA 1WDSA 1XSJA 4UQAA 3TP4A 1E40A 1QVBA 1XHGA 1LF1A 3PZTA 4JL2A 1ECEA 4W8BA 3WF3A 3N13A 4PMZA 2DPEA 4ACYA 1NP0A 3O9NA 1V3JA 1O7AA 3ARRA 3L4XA 3TTYA 1KR0A 1X6NA 1V0NA 2D2OA 3AFBA 4AIUA 1UKPA 1JIBA 2WC7A 4D6FA 2VNCA 1JDDA 4TOQA 2FDMA 4V28A 1KXTA 2VRKA 2WPGA 2V5CA 1K9FA 1ISWA 1J01A 4M1RA 4W8AA 2W66A 5FOOA 2BXZA 3DYOA 2DH3A 3AIWA 4GO8A 2WVVA 2E4TA 1VFMA 4QCFA 1JAKA 3L4VA 4TX8A 3IJ8A 2X8RA 2WHMA 5IFPA 3VO0A 1HL9A 1Q6DA 3M7SA 4TVDA 1R8LA 3VGEA 1A3HA 1UR4A 4PUDA 4Z2HA 3NDYA 3BLKA 4QLLA 2J47A 3A47A 2Y4SA 1HT6A 1TVPA 1BGGA 1FH8A 2VQUA 3VD4A 2PBOA 1AQ0A 1BGAA 3WNPA 4GPNA 4N42A 2WNWA 1KBKA 3EDDA 3VGGA 4Q22A 4M82A 1CENA 1HX0A 2V3FA 4WF7A 2FHCA 2QMJA 3PZGA 3AI0A 1KXQA 3NIYA 2JE8A 4AZ7A 8CGTA 4PCSA 2CEQA 4CU6A 4LXFA 1E6ZA 3SCWA 5HNNA 1VBRA 2G41A 4OKDA 4URIA 3VD5A 4GQRA 2E9LA 3GNRA 2UY4A 3WKZA 4DUXA 4ZE4A 3LPOA 3MMUA 3T2OA 2VTFA 4ZXOA 1WO2A 4LYPA 4X0NA 2JEQA 5FD0A 3PZQA 2D0HA 5CJ5A 4K68A 3BH4A 1R86A 5AYBA 2BNJA 1W9VA 4FLQA 5M03A 1JFHA 1F4AA 1KWGA 2VZSA 3WNLA 1B3WA 4KWUA 2WZIA 2CYGA 1DWJM 4AD4A 2ZUWA 2ZUNA 1ITXA 3A4XA 2Y8KA 3CLWA 2JIWA 2G3MA 4DM2A 3WD0A 5A6LA 5HXMA 3TTSA 1MQQA 5AY7A 1QI0A 1QNQA 2XFRA 4GXPA 3U57A 4J7RA 1J0KA 2YL5A 4D6JA 1UKOA 1JGIA 3L4ZA 1XSKA 2ZX9A 3W0KA 4R5EA 4Z2IA 3ZJKA 4MTVA 1HF6A 2O9OA 1OCQA 3IAQA 3AICA 2YKKA 2XFFA 1AMYA 4AY1A 3AS2A 5E70A 3ZO9A 2PB1A 4AZ6A 2D23A 1NWSA 2XVLA 4H7VA 4ZENA 1OGBA 3N17A 4AXNA 2WM0A 4UTFA 4PMVA 4RE3A 1XCXA 3VMNA 3WMSA 1JF5A 1Y7VA 1UR0A 1TFVA 2OWWA 1NM9A 4U33A 1KGUA 2PC8A 1ZB5A 3VIGA 3N12A 3WBEA 4AD1A 2FGZA 1GOMA 1CIUA 2EPLX 1G94A 5A8NA 1M01A 2CCRA 1CGWA 3SCVA 3T0AA 4CD5A 1FP8A 4CD7A 2XVNA 2ZWYA 1TCMA 1W9DM 4D1IA 1BYDA 2WMIB 1KCLA 3M46A 1UH4A 3ARYA 2CHNA 2WCGA 3WBAA 2E3ZA 2VQTA 1M53A 1BF2A 3L2LA 1QI2A 3N04A 4B3KA 2CIPA 1VAHA 3K46A 2EPMX 3TOPA 2YA2A 1FHDA 2RGLA 3AYRA 1H0GA 2NT0A 1B0IA 1BG9A 1UKSA 3VX0A 1HJQA 4GZIA 4IM4A 2WLZA 4PMQA 1U2YA 1W1VA 1LG2A 1E4LA 4WLCA 2JF7A 1ZBVA 1E70M 2WVVB 1W2VA 3RPMA 2VOTA 2J7GA 1KWKA 1E71M 1WDPA 2B31A 2XGIA 3I3DA 3N9KA 3CUHA 1DWIM 4FF5A 3DHPA 1V03A 2XUCA 1J0IA 1JZ6A 1CBGA 4PMYA 1UD4A 3SCRA 1JYNA 2WAGA 3CUJA 2V3EA 5D9MA 3KL5A 5IHRA 2Q8XA 5ABHA 3G6LA 4XV0A 1A47A 2UWFA 2WWCA 2ZXAA 4CD6A 3VDAA 1K9DA 4J3VA 1TR1A 1EXPA 4PSPA 1PBGA 5FKYA 5DF0A 1MW2A 3B9AA 4PBGA 3VU2A 4S3JA 4UOJA 1EDTA 2CBIA 5A6BD 2VX7A 3SIMA 3SCNA 4W5ZA 1SMAA 2EPKX 2ZX8A 2WHLA 1ZBCA 4DWSB 2IUZA 2OWXA 3EBVA 4NRSA 1VEMA 2WHKA 2ZX6A 1E1EA 4M56A 4W85A 3RCNA 3SURA 2XM1A 2JALA 1J0YA 2CXGA 1CXLA 2E8ZA 3FAWA 5E09A 5I2UA 3CGTA 3W6MA 2J25A 1OGGA 1XYFA 1QW9A 4QFUA 1HN1A 4PTMA 2ZE0A 3QGVA 2DSKA 1TMQA 4D6HA 3B8SA 4WK9A 2XWDA 4GO9A 7A3HA 1JAEA 1VIWA 2DSZA 2XWEA 2FGLA 2BVTA 5LA2A 3OLIA 5CPTA 1J0JA 1PX3A 1JZ8A 1C7SA 3GNPA 3CUFA 4AZGA 2VX4A 5CSUA 2WLYA 1XCWA 4NSBA 2J7BA 5BCAA 1GHSA 4MNJA 4EE9A 1SFSA 2BY2A 2V38A 3SUSA 2UY2A 2WMHA 1ISVA 2X2YA 4HMEA 2XTKA 4HMDA 1CECA 3DYPA 4TX6A 4X0VA 1G01A 3ZOAA 4C7DA 1AVAA 2WMFA 1XRVA 4W7WA 1HVQA 1J0HA 2J7HA 3F5KA 4IPNB 3WUGA 3AIQA 1OT1A 1DTUA 1EHNA 3MUAA 1ITCA 3IJ9A 1RP8A 1CGYA 2Y2WA 3ALGA 3WQVA 3CUGA 4JKKA 1GQKA 2J7FA 4WKAA 1B31A 1XV8A 3ARXA 1JI2A 4J3SA 1UQYA 1SYTA 4AW7A 4TTGA 5JBDA 2WBKA 1U30A 2XSBA 5ABEA 1EOMA 2CPUA 1SMDA 1V6XA 4AZ5A 5GNYA 3PTMA 2W62A 3WY1A 1L0PA 5D8ZA 5D9OA 1W9PA 3OA5A 4W86A 3WDPP 5ABFB 1V0MA 1I1WA 1US3A 1HKMA 4UR9A 4UCFA 1ZL1A 3K1DA 5D4YA 1KXVA 4OZOA 1IT0A 1DWHM 3WQ4A 2GJRA 2BY0A 4YHEA 3SCUA 1XD1A 3VIMA 1QI4A 1C8YA 5F7UA 2WVSA 4JAWA 4MAZA 4HPGA 4P7OA 1JZ3A 1VENA 1VFFA 5A1AA 2EPOA 3AMKA 4ACZA 1HKIA 4MJ4A 5CG0A 2QF8A 2OSWA 5BXSA 3WENA 3OZPA 3POCA 3VM7A 1CNVA 1L8NA 1OB0A 2G8ZA 1V08A 3SCSA 4JCMA 1WP6A 4IISA 3L4TA 3K8LA 2PBGA 5I0DA 3AIRA 4F9JA 4UOZA 3WEMA 2GJXA 3VNYA 2WC4A 1FOBA 3AHVA 5EFFA 1DHKA 4A3YA 1WCGA 4H2CA 2WZHA 3CZ8A 3ZSSA 4ML4A 3TONA 1ZBWA 4KMQA 3ZT5A 1OT2A 2YJQA 4HMCA 1EQPA 2VCAA 4P8XA 5A94A 3AS3A 4QLJA 3ARWA 3SUVA 1BFNA 4KRTA 2X1IA 3GXMA 3F5JA 2WVTA 3VDCA 3WELA 4BZYA 1V6YA 1DWAM 4D1JA 1BYAA 2J62A 1NOFA 4IUGA 2WWDA 3AMLA 2OSYA 1B3YA 1JDCA 2YOCA 1E6XM 3AZTA 2BHZA 4AISA 4WKFA 1KCKA 2D0FA 3FY1A 3W37A 4OOUA 3WSUA 1ISZA 3GH5A 5A6SA 3VKKA 4MAVA 2E9BA 3CTTA 4EAMA 1EO7A 1UD6A 3VOCA 5LA0A 4CU7A 1HJSA 2ZUMA 5JBEA 4UQEA 1GCYA 3GZAA 4WJXA 3AXHA 1B3VA 2FH8A 4CD8A 4D72A 4TXEA 1JYVA 4M24A 1M04A 1PPIA 2C8NA 4AZHA 2C7FA 4M81A 1V3HA 2BFGA 3FHAA 5HPCA 4LX4A 4E8CA 1UR8A 1C90A 1ESWA 1WPCA 2WXDM 2NW0A 1B2YA 1J0ZA 3ZMRA 5BROA 4KGJA 1B3XA 4EANA 5CGTA 2V3DA 2CKSA 4GZJA 4V27A 1JNEA 4R27A 3EYPA 4WIWA 1GOQA 4AZIA 2D24A 3VGFA 1ZBKA 1WZAA 3UERA 1BAGA 5A8QA 1WZKA 5I3DA 2CBJA 1LLOA 1GUVA 3UEQA 1TA3B 1C8XA 5DEZA 4PN2A 3S2CA 5IDIA 3ZJ8A 1H3GA 1GOKA 1UH3A 2DT1A 1NQ6A 1J12A 1CLXA 2VRQA 3LPGA 3CZGA 4P8VA 1H4PA 2WC3A 2ZX5A 1UWQA 1CXKA 1JZ4A 1SR0A 5I79A 3AXXA 2ZIDA 6TAAA 2QPUA 3EDEA 5EMYA 4GINA 2J4GA 1JZ5A 1O6IA 4Y7EA 4CN1A 3HN3A 4HZ8A 3BXWA 3VD7A 3NSMA 3CMJA 3GXDA 4D6GA 1K6AA 4YHGA 5TD4A 1UOKA 3WQ5A 1KXHA 2OWCA 1D3CA 1GOWA 4MB5A 2D0GA 4B9YA 2XFYA 2GK1A 3U7VA 4YPJA 1BTCA 4LGXA 1GQLA 5I24A 4D6EA 3BAWA 3EMCA 1MXDA 1V02E 1JD9A 5A8MA 3VIJA 1MW3A 3LPFA 1M03A 3ZR5A 3NSXA 3W82A 2X0YA 2ZWZA 1J9YA 5ABGA 5GPRA 1HJXA 3IJ7A 1X1NA 4LQ1A 4B3LA 1UKQA 1V02A 4HP5A 2JFEX 3U5YA 1QHZA 3CHEA 2X09A 3CHFA 1ODUA 1LWHA 1P6WA 1CEOA 1PIGA 3WDIA 3NCOA 5BYWA 5DMYA 5M5DA 1D2KA 4AWEA 3MSGA 1CPUA 1R7AA 3W53A 5HPOA 4HA1A 5A69A 2VZTA 2J78A 5GNXA 3NUKA 3OLGA 4UFHA 8A3HA 4AD2A 4MB1A 1NP2A 3VDBA 5A8PA 1H5VA 1BYBA 3VD3A 4H8HA 2WANA 4HU8A 2EJ1A 2UY3A 1MQRA 3WL1A 3OBAA 1MVYA 1V3LA 4CUCA 1BVZA 2DSUA 2JF6A 5CLTA 4RL3A 3WNNA 2XGBA 1DP0A 3W27A 2WMGA 3E1F1 3RIKA 4JZ5A 3WFLA 4D71A 2Y8VA 1J11A 1PZ2A 3UG3A 4F79A 3QHMA 1EGZA 3DHUA 4J28A 4U2ZA 1R85A 1NOWA 3PZIA 2J7DA 5A6JA 1PIFA 3EMQA 5FL1A 5I23A 3ARTA 2VZUA 3ZSTA 1CXIA 2WYSA 2XIBA 3F5LA 3WH7A 4TVCA 1HKKA 2DDXA 2PWDA 3DC0A 1JNDA 2D3NA 4JKMA 2VX6A 3L2MA 3G6MA 3OLDA 1R87A 3KWXA 4AZCA 2FHBA 3FXYA 1UUQA 1UA7A 3VIIA 2AMGA 3AOFA 4H41A 4KH2A 1KGXA 1FH7A 3MANA 5EFDA 4B15A 1Z32X 1UQZA 2V3GA 1VFUA 2VZOA 3WH5A 2WSKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WDR A;  2VT0 A;  2PWE A;  1VF8 A;  2J74 A;  2BVD A;  3BGA A;  2WVU A;  7TAA A;  5BRP A;  1JYX A;  2ZIC A;  2CBU A;  1XH0 A;  2ZUU A;  3GYC A;  1EIB A;  1BLI A;  3EDK A;  1EH9 A;  3FHQ A;  3GBD A;  2VZV A;  1UR1 A;  4BA0 A;  1E0W A;  1DWF M;  3GM8 A;  3K4D A;  2EQD A;  4PTW A;  3ECQ A;  2GDV A;  1KQY A;  3AIS A;  1TA3 A;  3KEH A;  2Z1K A;  1TZ7 A;  1WDR A;  4PYS A;  1E73 M;  2YA1 A;  3FND A;  1QI3 A;  3OZO A;  3QOK A;  1WAW A;  3NJ3 A;  4GKL A;  3WFZ A;  2GJP A;  1QW8 A;  4BQ5 A;  1WDQ A;  2A3E A;  1ISY A;  5I77 A;  4ZE5 A;  4JFW A;  2WCA A;  3BAY A;  4AD5 A;  4AZC B;  1NWU A;  1EQC A;  3PN8 A;  1C8Q A;  1G9H A;  2EEX A;  3PZN A;  3MO4 A;  1OIF A;  4HOW A;  1H0I A;  4UFL A;  4OBR A;  1W1Y A;  4CN6 A;  1Q6E A;  2VRJ A;  2FH6 A;  3MV1 1;  4PRW A;  1MYR A;  1V6V A;  4Z2J A;  3VUP A;  3W28 A;  2VCC A;  3TTO A;  3CHD A;  2YA0 A;  2GUY A;  5IFT A;  3I3B A;  1LL6 A;  1VFO A;  2DT2 A;  3J7H A;  5D8W A;  5AYI A;  5IHS A;  2IXU A;  5A6B A;  1GOI A;  4U2Y A;  4W7U A;  4JHZ A;  1I1X A;  3VGB A;  5BWF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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