3GR8A

Structure of oye from geobacillus kaustophilus, orthorhombic crystal form
Total Genus 125

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
MNTMLFSPYTIRGLTLKNRIVMSPMCMYSCDTKDGAVRTWHKIHYPARAVGQVGLIIVEATGVTPQGRISERDLGIWSDDHIAGLRELVGLVKEHGAAIGIQLAHAGRKSQVPGEIIAPSAVPFDDSSPTPKEMTKADIEETVQAFQNGARRAKEAGFDVIEIHAAHGYLINEFLSPLSNRRQDEYGGSPENRYRFLGEVIDAVREVWDGPLFVRISASDYHPDGLTAKDYVPYAKRMKEQGVDLVDVSSGAIVPARMNVYPGYQVPFAELIRREADIPTGAVGLITSGWQAEEILQNGRADLVFLGRELLRNPYWPYAAARELGAKISAPVQYERGWRF
5010015020025030030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TIV1 (3-6)TI1 (4-7)EMPTYTIV2 (10-13)S3 (20-22)TI2 (30-33)TI3 (70-73)TIV3 (68-71)AH1 (39-51)AH2 (80-94)S4 (55-62)TVIII1 (53-56)AH9 (308-312)S5 (98-104)TVIII2 (62-65)3H1 (65-67)AH4 (170-175)3H2 (107-109)TI'2 (166-169)S7 (132-133)S6 (117-118)AH3 (136-156)TI7 (184-187)S8 (160-165)TI6 (177-180)TI5 (176-179)3H3 (228-231)TII1 (261-264)AH7 (265-276)S11 (280-283)AH8 (289-298)TIV5 (283-286)AH10 (315-324)TI9 (331-334)TI12 (335-338)TI11 (334-337)TI10 (332-335)TI13 (336-339)S12 (303-306)TVIII4 (252-255)AH5 (190-206)S10 (245-249)TI8 (222-225)AH6 (232-241)S1 (9-11)S2 (14-16)S9 (212-217)TVIII3 (118-121)TI4 (125-128)TIV4 (123-126)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Geobacillus kaustophilus
publication title Old Yellow Enzyme-Catalyzed Dehydrogenation of Saturated Ketones
doi rcsb
molecule keywords NADPH dehydrogenase
total genus 125
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2009-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gr8A00
2BSLA 3BGGA 5HUPA 3PSVA 3SFKA 5D37A 3R5EA 2CW6A 3HO8A 2X1RA 1QPRA 1JCXA 3QJAA 3P8JA 5DXXA 1G67A 1T99A 2Z0IA 1JRBA 4Y90A 2VFFA 1KA9F 1LDCA 3N34A 1I8JA 3LHTA 1IGSA 1K8ZA 2ZZ4A 4LRTA 3A21A 1GZGA 3EX1A 3BG3A 1YTEA 1BTMA 2ZYFA 4ZQNA 2ZA1A 1EP2A 4R7JA 2J88A 2JKAA 5BMXA 5F2GA 4LTSA 8TIMA 3OBKA 1GYNA 4XQ6A 1KM0A 1XKYA 3LXAA 2NV1A 2ATMA 2GVGA 3NPUA 3LV5A 5HNRA 3TQ0A 1GTHA 2C16A 3FS2A 3W7PA 2QCGA 4JTSA 2E77A 1Q6RA 4JIQA 3W76A 3UY8A 1FDZA 4Q32A 2ZDRA 4QAIA 1CX9A 1I4NA 3C2FA 4O13A 1H63A 3P84A 3M47A 3A5VA 3H55A 4O18A 5AHLA 1SO6A 3RLVA 4POCA 3UPBA 3L66A 3W7LA 1XCFA 3H53A 3EWBX 3TMLA 3NXFA 3SW6A 3LHVA 4QNEA 2ISVA 4LV9A 1X8FA 2HMCA 3M5VA 1UCWA 3P8IA 1YDOA 4O1AA 1A50A 3NAVA 4M7TA 3NOEA 3W1RA 4L4MA 4RV8A 4U28A 1CI1A 2WNNA 1YADA 2EHHA 5F2LA 4O52A 2FFCA 5D38A 2QCCA 5D04C 3I7SA 3U6WA 1QPOA 1Z44A 3DI0A 3AO0A 4C1KA 4UFKA 1KFBA 3UWVA 2Z2UA 1VS1A 3H54A 1S5VA 5DY3A 4K6AA 2ZA3A 3L2IA 1TCDA 4NX0A 4RZ4A 2PE4A 3HIJA 4JTUA 1J2WA 2ZRWA 3NDOA 1F76A 1TRDA 5G2IA 3W7OA 1FX6A 1ZHAA 2JKEA 4GNJA 3FKRA 2VEPA 4O4VA 5G2HA 3ANYA 2Q8LA 4K37A 3PBWA 3BVJA 3GR8A 2J6XA 1QPQA 4WX2A 1P0KA 1QCWA 4BWLA 3NQVA 1B4EA 4LVAA 5HWNA 4ALDA 2TYSA 3P5YA 1FWWA 1LP6A 1F6PA 3UWWA 3W7NA 3S5NA 3MP3A 4A21A 2ZRXA 2ZZ6A 4O8RA 1QAPA 3LV6A 3CC1A 4I7WA 4N9BA 4UTTA 3PG9A 5HMSA 3NGJA 1XI3A 1DHPA 4UMAA 1O5XA 3W1QA 3W75A 4ZQPA 1X1OA 1OHLA 1RQBA 5EYWA 3G1XA 2CLKA 1R46A 4Z08A 4OT7A 1W0MA 5EBUA 2QUUA 3N73A 4RZ6A 2X30A 1A5CA 3HB9A 3KVLA 2P1FA 2DZUA 4JS3A 5LNRA 4IGHA 1IXQA 4IJBA 4O53A 4LY8A 3WJYA 2VKZG 3C0JA 3O07A 2YYTA 1X6UA 1EB3A 2FB3A 1OF8A 4DPQA 2QKFA 4TIMA 3L5MA 2QEZA 4NNAA 2A6NA 3GDKA 3YPIA 1H7NA 1AW5A 1UJPA 3MI3A 2ZRVA 1KM5A 3B0PA 3W1MA 3W2KA 1SW3A 4DPPA 4NVTA 1LRNA 3G18A 4RXFA 3C2OA 3L65A 5EA9A 3SY5A 4PH6A 2WV8A 4LC8A 3LHWA 2G96A 5K4ZA 1XC4A 4HSNA 3T78A 3KOFA 2VEMA 3E96A 4GFSA 2A7RA 3OA3A 3KAOA 4JICA 3VCRA 4FX8A 3E0IA 4FIQA 1QR7A 4M7SA 4AHQA 1JUKA 3GAKA 3CLMA 1GQNA 1OX4A 2IQTA 1ME9A 2X1SA 3L67A 2J24A 2WOQA 4OBTA 4BI5A 1KM2A 2W79A 4CQ8A 5HJLA 3R2GA 4QISA 2BZNA 1PCKA 3NQMA 4Z0SA 2JBMA 2WQPA 3LCHA 3WK3A 4NUWA 5KZMA 2H6RA 1TPFA 1NSJA 1VZWA 4MVAA 3CU2A 5HWMA 1JRCA 3BLIA 3MHGA 3C4UA 2NXIA 3S8HA 4LV4A 1ZJIA 3P7YA 1R2RA 2E6DA 3KRZA 3LCXA 3PC0A 1CW2A 3QM3A 2E68A 3TXZA 1G4TA 5AFDA 2JKPA 1I2NA 2QCHA 1HTIA 4FNQA 4I7VA 2QCMA 1A53A 1T0OA 1WDWA 2EF9A 1TPH1 1F2JA 3FJLA 1W3TA 1YDNA 3TDFA 2GQ9A 4O50A 1SW7A 1C9DA 4AXKA 5K2ZA 1K7XA 3CPRA 5CG7A 3WJWA 3TX9A 1FXQA 3TK7A 2WKJA 1B4KA 2DP3A 3P80A 5FESA 2PRMA 4JTLA 3BGJA 4XWUA 1RVGA 3EX2A 3LI1A 4O0ZA 3MHUA 5D33A 5EPDA 3GXNA 5BRBA 4IX0A 4PODA 4FNUA 1F7BA 2QJHA 4ZMGA 4X2RA 3NM3A 1TJRA 3BPWA 1GWJA 1THFD 4XKYA 4DELA 3GDLA 3LOTA 2B7QA 1Y0EA 2I1OA 1YXDA 3O15A 3IIXA 3E02A 3N14A 2DZPA 1UUOA 3QRHA 3C6CA 3SIZA 5LKYA 4JTIA 4UCGA 3R89A 1JCJA 2NZLA 5CSSA 1YPIA 3P67A 1UB3A 2B7PA 4RCXA 2A2IA 3P82A 5CPNA 5I3HA 3CHVA 3HG2A 3BV4A 4BFAA 4YXGA 3C56A 1K3UA 2B7NA 2GOUA 4JTHA 1TV7A 4FNRA 4UTMA 1TPWA 3N3MA 1VJIA 4MFDA 2HTMA 3NG3A 4MPQA 4JGDA 1TPC1 4KWVA 1GYLA 3FJ6A 1SUXA 3KVKA 1TPVA 3S5ZA 1VGAA 3GNNA 3JR2A 3NQ2A 1QPNA 3BARA 4UTTC 1K7FA 3G1FA 4WQ6A 4GUFA 1AG1O 1IF2A 4HPJA 5DELA 1WYIA 3P74A 5AC6A 4KWWA 3FKKA 1SU5A 3C52A 4WD0A 4FX6M 4S2BA 3F4NA 3P62A 3MP4A 3BW3A 1IIHA 3PB2A 5LSMA 5U7SA 1YDVA 2CFFA 2OMAA 3CM4A 3W74A 2DZTA 2H3DA 3EX4A 1R2TA 1FCQA 5KITA 4K8HA 2A85A 3ZR4A 1OFOA 4EF8A 4LUJA 3I7RA 3PAJA 3ATYA 4TR9A 4O17A 3VE9A 1Q3NA 5H2ZA 4IMEA 1QWGA 3NL3A 2CLLA 2XFWA 5C2XA 2JK2A 4IPJA 1H50A 1PVNA 3EWXA 1SZEA 4OV4A 1C29A 1HUVA 2AAMA 4AMAA 3S9YA 2E6FA 3VFLA 1FCBA 4HT3A 3L68A 2PRHA 1FWNA 3DXIA 2TPSA 4GRSA 3LRKA 2EKCA 3OVPA 4IQLA 4JTJA 4LOCA 5AYYA 4A2SA 1J4EA 1O4UA 3FYPA 1TMHA 3W73A 1ICQA 2YW4A 5I3KA 1NFBA 1J5TA 3O6CA 3OHIA 3TAKA 3DFQA 4WJEA 3EXTA 3DI1A 5C54A 1FXPA 1YTKA 5G4EA 2JGYA 2B4GA 2F84A 2J9YA 4DBDA 3CB8A 2VEKA 3GXTA 2E6AA 2FIQA 4GUJA 3HJZA 3S1VA 2NLIA 1XXXA 3W84A 4ZVJA 4AWUA 3T55A 1FQ0A 1ZAHA 1KLYA 4UR8A 1OJXA 1GTEA 3PBUA 3E9AA 2NX3A 3MHFA 3G22A 1G7VA 5D02A 1P4CA 3TMQA 2ZZ3A 3EKZA 1SSDA 3FYOA 1H7PA 1OFRA 5AN7A 4O0KA 4NJGA 3Q2DA 2VEIA 4WOQA 2WPBA 4L4LA 3DU0A 4R34A 1HFBA 2E5DA 1FUYA 3DHFA 3ELFA 2YW3A 3RLUA 2DU2A 1RD5A 3LXCA 3W7RA 1S5WA 1IIGA 3NM1A 3THQA 3I68A 3M5XA 1TV8A 3UXDA 4YLWA 2R8WA 1P0NA 1H7OA 1QMLA 1TTQA 5K7JA 4EVZA 3SECA 2KZHA 2CLIA 3BLFA 5D2WA 1PE1A 4UUIA 3QQ1A 3NVTA 4NU7A 1BEUA 2DORA 5KZEA 3TAOA 5CKSA 1KFCA 4N9DA 3GB6A 4NJJA 3GAYA 3HGRA 3A5FA 4JEQA 1VHCA 1BWLA 1EA0A 3S5YA 3CIXA 1UBSA 5H91A 1VH7A 3MI2A 3DBPA 3AJXA 2A7NA 2NX9A 4X3ZA 5I3GA 3BG5A 1ZFJA 3MBFA 1N7KA 2FPYA 4AF0A 3LCGA 1OFBA 3KHJA 2GVJA 2GJNA 1P1XA 1VYPX 3F03K 3LXBA 4MUZA 1GPWA 1R47A 2O7QA 3M43A 2VFHA 2Z6IA 4ONVA 2NV2A 1SQ7A 3TC7A 2Y7GA 3G8RA 1WXJA 3HG5A 4LVFA 1H1YA 5BNKA 1EP1A 3S1WA 1AL7A 3PUOA 4HNNA 5AHNA 5FF4A 1GT8A 1FBAA 3W7MA 2J27A 3W1UA 1H7XA 3LRLA 3IGXA 3DFTA 3EEGA 4E0CA 1AW2A 1SO3A 3C2VA 4NZFA 2AGKA 3QPYA 3EWZA 1W1ZA 4DO4A 1ME7A 1H51A 3G0XA 1OFEA 3JS3A 2QDGA 3B03A 3BLEA 5HINA 1JQVA 1YPFA 1F5ZA 1OVDA 1VLIA 5EL1A 3W86A 4UTUA 4AWTA 4JTKA 1L6SA 4EIVA 3M16A 2QF7A 1D3GA 3GR7A 4MJZA 1VPXA 2RDTA 3UNDA 3KXQA 5EKYA 1SFJA 1QO2A 3W1XA 5D2TA 3PUDA 5TBOA 3NQGA 5K9DA 3TJLA 1GVOA 1KFKA 3QZEA 1KFLA 2V82A 5DBTA 1DV7A 1ZENA 2NXHA 5HUOA 4MY9A 1DVJA 3A9IA 1G6CA 3LLDA 3GKAA 1VC4A 1OK4A 4MYAA 2Y89A 1ICSA 4LWWA 4MZYA 3UWYA 1LROA 1NEYA 1TPB1 1XDMA 3TFCA 2AQWA 2ALDA 1ZNNA 5FEXA 5G2WA 4I9AA 3IVSA 1BKSA 2QCLA 4DF2A 4NX5A 3R12A 1IXOA 1PL9A 3PSWA 2H8XA 5C5YA 3USBA 1Q45A 2TRSA 3T40A 4R33A 3B0UX 4N4PA 2ZZ5A 1WBHA 2P10A 3UXAA 1QOPA 1NF0A 1D9EA 1K8YA 1PHQA 4TMCA 4RR4A 1DOSA 5CGQA 1JVNA 3TH6A 2FJKA 2TMDA 5DY2A 3GYEA 4IXXA 4I7UA 1I45A 1PS9A 3CWNA 3FFSA 3NQ8A 1GOXA 3W7QA 3R13A 4JN6A 3M41A 3FIGA 4JDBA 4BR1A 3GNDA 2HS6A 1R30A 3EXRA 3W7GA 5I3JA 5FF3A 1TO3A 1WX0A 2FPVA 5D32A 2V8ZA 1AMKA 5D09A 5DCDA 2RDWA 4LNYA 3GX9A 1HO4A 2OCZA 3G3DA 4AVFA 3TXVA 1MZHA 4N6EA 1N8FA 4DF1A 1FCVA 2ABBA 4Y8FA 5DCBA 2QAPA 1G69A 2ZFAA 4MOZA 3I65A 2CLFA 2V81A 2VENA 5T26A 4IPIA 3W1TA 5AOUA 2GQAA 3GVGA 3IIOA 3NO5A 4OE7A 3W9ZA 4AHOA 2YZRA 4K7YA 5K3VA 1EWDA 1H7WA 3IIVA 4MKNA 3CT7A 4JY8A 1F74A 5FEPA 3KFTA 3BO9A 3KVJA 3T4CA 3PM6A 4RZ5A 3S5OA 2OT0A 3EWUA 2CU0A 4AEOA 4GUGA 4UC5A 1TPEA 2X2GA 2ISWA 4RKAA 2PC4A 4FIRA 1MEIA 3E49A 2C15A 2CZDA 1WQ5A 1ONRA 2YSWA 2R14A 4XTDA 3O6DA 3HPXA 4EWND 4NJKA 3P61A 1VYRA 2Z1BA 4HN4A 4DEFA 3G24A 1TYGA 2ZRUA 4MY1A 4AWSA 1EP3A 4JX4A 1FY6A 3UWUA 1DBTA 3TA6A 3HOJA 1U5JA 1QOQA 5CPOA 5KTLA 5F2MA 3W1AA 3MO7A 1VCVA 2YXGA 1ML1A 5F1UA 2Y7DA 5AB3A 4FO4A 3I7QA 3LRMA 2WO5A 4R53A 3TE9A 3QC3A 1KV8A 3M5YA 3WJSA 4K36A 1FWTA 5ABTA 4PCFA 1KTNA 3W7KA 2VFDA 1TPDA 3HGSA 3E12A 4KFNA 2W6RA 4HPXA 2E5BA 1TTIA 2A5HA 3BW4A 1L9WA 4FF7A 1DQXA 3NL6A 4WY0B 4Y6GA 1SZNA 3W3OA 2V5BA 5CZSA 4UNLA 1Q6OA 1QDSA 5LNSA 3LERA 4BI7A 4A2RA 3QMRA 4JTFA 2JGQA 5FF7A 4BF9A 2YGYA 1X7FA 3LB0A 1P5BA 4EOUA 1RZMA 1RPXA 1M7OA 1FWSA 3SSJA 4PTNA 4ICNA 5AC8A 4AH7A 4H6KA 5DLCA 2WNQA 4RJEA 2WSQA 4YL2A 4FNPA 4PL2A 2VXNA 4UIOA 1JCNA 3S42A 4O54A 5CZ0A 2H90A 4XBSA 2RHGA 3CQ0A 3NQEA 5BMWA 5L9FA 4E2BA 4CQAA 2Q8ZA 1KLZA 1LBLA 1EIXA 3N9RA 4PEKA 1KBJA 1GEQA 3EX6A 1GG0A 1KTBA 2CLEA 1RV8A 2HS8A 4LW7A 5AYZA 3G1YA 4M6QA 3W23A 3IEBA 5J5DA 3ZS4A 2GVLA 4FNTA 3W22A 4PL1A 3PBYA 3A22A 1FDJA 3LHZA 2QCDB 3W7JA 1SZGA 4UTLA 3V75A 3OVRA 3W2JA 4FXSA 3O1NA 4Z1AA 1Q6LA 5G1TA 1W54A 3QPZA 5G1YA 5TQLA 1JCMP 3DFNA 3DKJA 4OGZA 3RMJA 1U83A 4CNPA 1VRDA 4IUOA 3O05A 4IMDA 3NQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BSL A;  3BGG A;  4GJJ A;  4WR3 A;  4V27 A;  3HO8 A;  4Q4S A;  1JDD A;  2WAN A;  4PMU A;  1JCX A;  5DXX A;  1G67 A;  4E4F A;  4PN2 A;  4Y90 A;  1H0I A;  1IGS A;  6A3H A;  1K8Z A;  3FV9 A;  1CIU A;  1VBJ A;  3OLI A;  3BG3 A;  1YTE A;  1RPK A;  1BTM A;  2ZA1 A;  1NDW A;  5D8Z A;  3GG1 A;  3N29 A;  4R7J A;  4J3T A;  5JBD A;  4LTS A;  2DZB A;  4KEM A;  4C65 A;  4Q8M A;  3VAV A;  2DSV A;  2DH3 A;  3WBY A;  2J75 A;  2WPG A;  1GTH A;  2IQD A;  3O0F A;  3FND A;  4JIQ A;  4D6D A;  4ATL A;  1WKY A;  2J8T A;  2JIW A;  5FKY A;  3RCN A;  4NG3 A;  4ZR8 A;  4QAI A;  2V3D A;  2FZN A;  1UR9 A;  4O13 A;  2DVT A;  3M47 A;  3S6O A;  3FEQ A;  4FOU A;  2OWX A;  2IMR A;  4QE4 A;  3L66 A;  3W4R A;  3EWB X;  4BF7 A;  3CQH A;  4XAZ A;  3SW6 A;  2A3A A;  4W86 A;  1BHG A;  3T1G A;  2DT3 A;  1IWP A;  1UCW A;  2I17 A;  3NOE A;  1FH7 A;  1DJI A;  2X40 A;  4U28 A;  4F8X A;  4TUF A;  4GK8 A;  1CI1 A;  2XG9 A;  1YAD A;  3A3W A;  2EO7 A;  5F2L A;  4O52 A;  5D38 A;  1XLE A;  5LIW X;  2YIH A;  1KFB A;  3KS5 A;  3UWV A;  3C0S A; 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