3GX9 | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	369
structure length	364
Chain Sequence	NPGLFTPLQLGSLSLPNRVIMAPLTRSRTPDSVPGRLQQIYYGQRASAGLIISEATNISPTARGYVYTPGIWTDAQEAGWKGVVEAVHAKGGRIALQLWHVGRVSHELVQPDGQQPVAPSALKAEGAECFVEFEDGTAGLHPTSTPRALETDEIPGIVEDYRQAAQRAKRAGFDMVEVHAAAACLPNQFLATGTNRRTDQYGGSIENRARFPLEVVDAVAEVFGPERVGIRLTPFLELFGLTDDEPEAMAFYLAGELDRRGLAYLHFNEPDITYPEGFREQMRQRFKGGLIYCGNYDAGRAQARLDDNTADAVAFGRPFIANPDLPERFRLGAALNEPDPSTFYGGAEVGYTDYPFLDNGHDRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__345762194831675__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__345762194831675__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3GX9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__345762194831675__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"345762194831675","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3GX9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__345762194831675__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff00d760a08faec23a6e05/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff00d760a08faec23a6e05/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff00d760a08faec23a6e05/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff00d760a08faec23a6e05/pdb.gz): 1174 ms

reading 364 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

364 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:363});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Parallel Pathways and Free-Energy Landscapes for Enzymatic Hydride Transfer Probed by Hydrostatic Pressure pubmed doi rcsb
molecule keywords	Morphinone reductase
total genus	134
structure length	364
sequence length	369
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-04-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gx9A00

3TU9A 2CW6A 1UB3A 1GZGA 3EX3A 3O6DA 3NQVA 3DH7A 4NUWA 3W84A 4BI6A 5AC7A 4GRSA 2ISWA 3DXIA 3TE9A 4EIVA 3M5YA 1SSGA 2W6RA 4FNRA 1H7NA 2CLEA 1KFJA 3FKRA 1LORA 4OBTA 3LERA 4XZ9A 2RKXA 4O17A 3W87A 4IMDA 4E2DA 2OCZA 1K7EA 3OVRA 1GT8A 3CWOX 1HG3A 3NPVA 3E9AA 1MZHA 1W5NA 4LT9A 2YZRA 4NNCA 1K8XA 1KM4A 3SGUA 3UPWA 1AG1O 1H50A 5D2VA 1VRDA 4AWTA 3NO5A 4NJIA 3L65A 4CQ9A 1OG0A 3W7EA 3FYOA 3QSRA 4GUHA 1XC4A 5TBOA 6TIMA 3BGGA 3EX2A 2ZBTA 3STEA 4N9BA 4DEFA 2R91A 3PB0A 4MPQA 5DY3A 4HPXA 1JQXA 1GVRA 5G1TA 1TRIA 5K4XA 1TO3A 1ME8A 4JD4A 5DN1A 3W7PA 1DL3A 3MW7A 2J6XA 5L9FA 1HL2A 3I68A 2V8ZA 3F4WA 4XKYA 1TIMA 2RH9A 2NUWA 3EWUA 4IOTA 4IXHA 4DO5A 1L6YA 2QF7A 3RK8A 4M6PA 3VI2A 2E1DA 2YYTA 1QWGA 2AAMA 3G8EA 3TXVA 5K9CA 3RNDA 1GYNA 3DAQA 4K7YA 3LHWA 2ZZ3A 2HS6A 4EWND 1MEWA 2ZFAA 1O4UA 3PR2A 3G1AA 1GTEA 5KZMA 2NWSA 4BK9A 3KVJA 1HUVA 1KLYA 2ZQ0A 1QPOA 2A5HA 4ALDA 2Q3RA 5HWNA 2NX3A 3VE9A 1A53A 3LOTA 2FQIA 4RZ4A 3HOJA 3I7QA 1VC4A 1TPUA 3PBYA 5EBUA 3DI1A 2CZEA 3N2XA 3L2IA 2E5BA 1H7WA 2TRSA 1T0OA 1TPEA 3NZRA 1AL7A 8TIMA 1N55A 4AB4A 2QKFA 4YCPA 5FEZA 1F74A 3IGSA 5IBXC 2V0TA 2QCLA 4LS2A 2JK2A 2P0OA 4O10A 3PSWA 4ZVJA 4C1KA 2VFIA 1Z44A 1HFBA 2W0UA 3H55A 1T99A 5DBTA 1GG1A 3P7YA 4M7SA 3NR0A 5CZ0A 2A1YA 1GVQA 3QF0A 3W1MA 1F7BA 2ZRXA 3GKAA 3TW6A 2CU0A 3BGJA 4XUGA 1VCVA 4MYXA 4PA8A 4AF0A 2C14A 4O1CA 1KBJA 1VJIA 3ABRA 4BWLC 1W8SA 3CWNA 1P4CA 2GVLA 3M1ZA 3QYQA 4Z1BA 2DU2A 4PC8A 2FPYA 3NL2A 3TFXA 4GXMA 2ZTKA 4HT3A 4UUIA 1NEYA 1G4PA 1Q3NA 2Z6JA 3CTLA 3KFTA 3L68A 4GWEA 1MO0A 3S5YA 4EF8A 3N9SA 1J4EA 3GDTA 4Z0JA 3P60A 2ZRVA 4O11A 3KVKA 2E68A 4TMCA 2O7SA 3LRMA 5K2ZA 3W85A 1LBLA 4QITA 1KM6A 4DO6A 3M44A 5C5YA 4JY9A 1A5AA 4HNVA 1KA9F 1EX5A 3Q94A 3W7QA 5HR6A 1UASA 1H1ZA 2C15A 4S2BA 4JTIA 3ZR4A 3FS2A 3W3OA 5LNWA 4AHQA 3GYEA 2CLOA 1VYRA 1FWWA 1GJPA 5CZTA 1A50A 3NQFA 1QDSA 1EP1A 2C0AA 1R2RA 3LV6A 4A29A 4DELA 4HNTA 2R8WA 1QNVA 1T96A 2YW3A 1UBSA 4XBSA 3M47A 3GLCA 1S5TA 2R14A 1K7XA 1PHWA 3K30A 4MZYA 3W7IA 2X16A 3HG5A 2GQ8A 3A22A 1PHQA 1C8VA 3U2OA 4ADTA 3NQAA 4ZQMA 3W7GA 1W3NA 5D2XA 4YMZA 5BMXA 5HWJA 5KSWA 5H91A 3TQVA 3GR7A 3C4UA 1YDOA 2E6FA 4KFPA 4K8HA 4MUZA 4MY9A 3W2LA 5LHEA 1G69A 1SZFA 1OFBA 4JIQA 5D2TA 3G24A 1FXQA 1TV8A 2CLMA 3V75A 1OYCA 1S5VA 2NV1A 5LNRA 1JUBA 5LKYA 4UTTA 2HS8A 1WX0A 2GUUA 1B4EA 2ZDRA 3KHJA 3N9RA 1VR6A 1QPRA 4HNUA 2ZZ7A 1IXQA 1LROA 1YTDA 1VLIA 3G1FA 3B0UX 4MOZA 3PB2A 2A21A 4UMCA 1VCFA 3P80A 3OEXA 3PBVA 5AHFA 1NF0A 3W9ZA 4AHOA 1SW7A 2ZRZA 2C1HA 3R2GA 4G1KA 5FI8A 1DORA 4LTSA 3O8AA 3C3NA 3Q2DA 1X1OA 1IF2A 5C2XA 1N7KA 3LXCA 1P1XA 3NEVA 3GX9A 2BTMA 4O52A 3W23A 4CQAA 4RV8A 4UFMA 2G95A 3MP5A 5DCEA 3W2NA 1OFPA 3BW2A 1V7YA 1ZNNA 4MY8A 2B7QA 3M41A 3W1TA 1J2WA 1U83A 3PG8A 4GUGA 4O57A 3BLIA 3RU6A 3LCGA 3W07A 4WX2A 2FFCA 3WJXA 2X30A 4FX7A 5DLCA 2Z2UA 3VE7A 4ZL1A 2F84A 3JS3A 3TCEA 5HJLA 3EB2A 3EX6A 4XQ6A 4Z1DA 2RFGA 2LLEA 3BLEA 3NQMA 4FXRA 2VEPA 5ABTA 1LTDA 2WV8A 3Q58A 3WJYA 4FX6M 4PTNA 4RCXA 2OZ0A 3W1UA 3QRHA 2J88A 4WY0A 4LU0A 4GE8A 3W7CA 3FLUA 2NX9A 3LCWA 4O1BA 5D33A 2X1UA 5D04C 1KV8A 3IRDA 1G7VA 3S0CA 3UXDA 1O5KA 2Q8ZA 1QOPA 4DF0A 4A3UA 3L66A 4DBDA 2YCEA 2NXIA 1XL9A 2ABAA 2E6YA 3AJXA 4E0CA 1DVJA 5E0KA 1Y0EA 4C1LA 1ADOA 1FWNA 3NPWA 2QEZA 3N3MA 1SZGA 2WQPA 3SSJA 3HB9A 5J5DA 5AYZA 3RLUA 1KV5A 3A24A 3TH6A 4JY8A 3IVTA 4YLWA 3W72A 3NL3A 1G4EA 3H53A 2Y88A 3NAVA 2VENA 3F4NA 3S8HA 2C13A 5TIMA 2DP3A 3HBLA 1PCKA 4KKXA 4RXFA 1H63A 4MLJA 4N9EA 2ABBA 3GR8A 2I9EA 4JTKA 4UR8A 4ADUA 3BO9A 4AAJA 3MYOA 2VOMA 3HF3A 3EWXA 3BG5A 1O95A 1TPVA 3HO8A 5T26A 2WJZA 3FEMA 3NDOA 2EKCA 2NXGA 5D30A 5LNVA 4IXXA 3T55A 4P2VA 1GVFA 5D2WA 3G1SA 3HGSA 4NQ1A 2E5CA 1ICQA 3CIXA 1OVDA 3UWYA 2QJGA 1JCYA 1TMHA 5EPDA 3WJZA 2YFOA 4LOCA 4WZHA 2A7RA 4NNBA 4BFAA 2QCNA 3CC1A 1RQBA 5I3KA 1GPWA 3L5MA 1XBVA 3MWAA 3LI0A 2GQAA 1JUKA 3R12A 3CQ0A 3T78A 1G67A 2H8ZA 3DFTA 3P67A 3QQ1A 4IWWA 3ZFHA 1OABA 1KW1A 5KITA 2WO5A 2PRHA 4RKAA 1NSJA 3PBWA 2FPTA 4IMGA 1A5CA 3UXAA 4R7JA 3O6YX 1SZEA 1PS9A 1FUYA 1L6SA 4U28A 3TSMA 1R30A 3A5FA 3T4CA 4IPJA 1QFEA 4HSOA 3USBA 1J5TA 3L9CA 2ATMA 2A7PA 2OT0A 2QR6A 3QZEA 3RLVA 1GG0A 4IQLA 4O18A 5FF4A 2DZPA 2VEIA 1YDVA 5DXYA 1F76A 3NPXA 3PVFA 4WY0F 2FB3A 2H8XA 1P0NA 2QCGA 3QFEA 4IUOA 4NX5A 4POCA 1G7UA 2QCDB 4O4WA 5CPOA 4GBUA 5DBUA 1PCWA 3NYZA 4LNYA 1NFBA 1LRNA 2B0MA 3MI3A 4MFEA 5I3GA 1QPQA 4GFSA 2A2IA 1U5JA 2QCMA 5AHLA 3OHIA 3IGUA 4LW7A 1L9WA 2PURA 1FCVA 1OFQA 4NJHA 3L67A 3W7MA 3W2JA 2ATSA 2EPHA 5D03A 3D0CA 3DBPA 3KAOA 2YR1A 3S5NA 4PCFA 4BI5A 3O63A 4UTJA 2TYSA 3PG9A 5KMYA 3HQ1A 3L5LA 4MFDA 3S42A 2ZRYA 4WD0A 4LV4A 1EPXA 1VYPX 3TC7A 5HWMA 4X9SA 3DENA 2Y7GA 1F6KA 4H6KA 1JVNA 3HIJA 1QCWA 4JEQA 3NQCA 3FOKA 3IV3A 1K3UA 3F03K 4M19A 3TV8A 1K02A 3S5OA 1F05A 1WAUA 4R53A 3LCFA 1RR2A 3E12A 1DQWA 4J9JA 3PAJA 1SFLA 4OV4A 4N6FA 5E93A 1TTPA 2IQTA 2OJPA 4Y90A 1MEHA 4FNTA 1AW5A 1C29A 4LUJA 1OFEA 5LGXA 1ZAHA 3I65A 4UTTC 3BW4A 4AEOA 1D9EA 1M7OA 2J27A 3IVSA 4WUIA 3OVPA 5LNUA 1VGAA 4MVAA 2AQWA 3JR2A 3OG3A 4UFIA 2E6AA 3G3DA 3IIPA 5G5IA 5FEWA 1G6CA 1IIGA 1X1ZA 3MP4A 3GXPA 4UIOA 3CPRA 3QC3A 3M16A 3W7HA 5DY2A 4O4VA 3EWBX 3TX9A 4DBEA 4O0ZA 1NVMA 3TMQA 5CG7A 3CU2A 5K9DA 3UY8A 4LVDA 2J9ZA 4NXKA 2Z0IA 2D73A 1TV7A 2RHGA 3THQA 2CWNA 4NT0A 4OHQA 4FXSA 2QDGA 3P5ZA 4JTEA 4IGHA 3TSBA 2DZUA 2X2GA 4UFKA 3R8RA 3TQ0A 4Y9AA 3BW3A 1R46A 5EA9A 2FTPA 5AFDA 1JRCA 2C16A 2NV2A 3ABOA 2V81A 4Y6GA 1KFBA 1LZOA 3NA8A 5F1VA 4KWWA 3I7RA 2OT1A 1FBAA 1ZALA 2A4AA 1PVNA 4GUFA 1JQVA 3Q37A 3L0NA 3P74A 2QUTA 2QDHA 3LBCA 2FLIA 4RLIA 3VFLA 4PODA 2ZZ2A 3M43A 1EIXA 3T44A 5CGQA 2C3ZA 2CLFA 3IIZA 4UR7A 1R2TA 5BNKA 1JCJA 3VCRA 3KVLA 3GKFA 4X22A 1YPIA 3HMJG 3TIMA 3O07A 1H7PA 2ALDA 3FKKA 3C6CA 4HKPA 2FIQA 1UUMA 2CLHA 1DHPA 2X1RA 4NX0A 1KTNA 1HTIA 2ZRWA 2EHHA 4FNPA 3B05A 4A2SA 4RX0A 1UJPA 4O16A 2H3DA 1I4NA 3UWVA 4I7WA 1SPQA 3DFNA 4K39A 3W1PA 2YXGA 2QUUA 3UWWA 4K6AA 1SO3A 1QO5A 5DCDA 5LHFA 1EA0A 3RF9A 5AHEA 1G4SA 3CT7A 3NQDA 4JX6A 1H1YA 2AGKA 5D05A 3NGJA 3N2MA 3NQ2A 1ONRA 2QUVA 1OYAA 4YXGA 3NQ7A 4CCCA 3GNDA 1Z42A 1DQXA 1K8YA 1W37A 3RMJA 1XM3A 3THAA 4ICNA 2JKEA 5D38A 3HJZA 5K7JA 1RV8A 2Q3OA 1I2PA 2YGYA 2QJIA 4MZ1A 3C52A 2EAWA 4UTHA 1DV7A 5AOUA 1OX4A 4NJKA 1ZY9A 3PM6A 2DZTA 1I2QA 3MHGA 4FIQA 4IPIA 4UTLA 4AMAA 2RDTA 3DGRA 3TJXA 5I3JA 1T8XA 4NZFA 3W88A 1F5ZA 3C2EA 3CHVA 1KM0A 7TIMA 2WKJA 4ONVA 1QMLA 3W22A 4JYDA 1EB3A 4GNJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GX9A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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