3GZ3 | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	312
structure length	299
Chain Sequence	MSLQVNLLNNTFANPFMNAAGVMCTTTEELVAMTESASGSLVSKSCTPALREGNPTPRYQALPLGSINSMGLPNNGFDFYLAYAAEQHDYGKKPLFLSMSGLSMRENVEMCKRLAAVATEKGVILELNLDFDAMRQCLTAVSEVYPHSFGVKMPPYFDFAHFDAAAEILNEFPKVQFITCINSIGNGLVIDAETESVVIKPKQGFGGLGGRYVLPTALANINAFYRRCPGKLIFGCGGVYTGEDAFLHVLAGASMVQVGTALQEEGPSIFERLTSELLGVMAKKRYQTLDEFRGKVRTL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5734901486671515__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5734901486671515__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3GZ3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5734901486671515__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5734901486671515","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3GZ3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5734901486671515__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Leishmania major
publication title	Leismania major dihydroorotate in complex with orotate rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase, putative
total genus	105
structure length	299
sequence length	312
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.3.1: Transferred entry: 1.3.98.1.
pdb deposition date	2009-04-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3gz3A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3gz3A01

1MSSA 1Q6LA 1TREA 5HJLA 4LRTA 2B4GA 4OU1A 4AB4A 1L9WA 1IXOA 4ZZ9A 3S8HA 4S2CA 3W22A 5G2WA 3V75A 2ZA1A 3SI9A 3BGJA 4HT3A 4FNRA 5FESA 3W1TA 1OX6A 4OV4A 2ZDRA 1SZFA 3UWUA 5IBXA 4KFPA 5C54A 4TX9A 3TCEA 3PUEA 1H5YA 1F76A 4JDYA 3NQEA 3G1AA 1W3IA 3DZ1A 2QCEA 4GUHA 1I2PA 3PAJA 3USBA 3PWAA 4UC5A 3HB9A 3L5AA 4PH6A 2X1TA 1N8FA 1KFEA 4HSNA 3QEZA 1OG0A 2EF9A 3RFAA 1JCNA 1I2QA 2QR6A 2CZ5A 2GQ9A 1KA9F 1I8JA 3U6WA 1YPFA 2X30A 1G4TA 3W7HA 4UNKA 1CW2A 3QH2A 3DAQA 3MYOA 3LB0A 3NPWA 5E93A 4JTEA 3RMJA 1E51A 3ABOA 3BW2A 4JTIA 1VQTA 3TR2A 3B0UX 3W85A 2ZZ5A 2E68A 1TPVA 1A5SA 1KV5A 5J5RA 4JIQA 3G22A 1JRCA 5I3JA 3TQ0A 6ALDA 1TV7A 3NXFA 3EXRA 1RVGA 4AHQA 2FB3A 5BNKA 5CSSA 3WJWA 2OZ0A 5K4XA 1QDSA 2QCLA 2Z6IA 5TBOA 1W0MA 3V1PA 4UTLA 4FO4A 1W37A 3HOJA 4PA8A 1P0KA 3TX9A 4ZQPA 4UIOA 2CLHA 5LZLA 5DELA 4O1BA 4Z0SA 1X1OA 1VYPX 4XUGA 1BWKA 3W1PA 3WJZA 1K7XA 4PL2A 3F03K 3LM7A 3PSWA 5AYZA 1RR2A 4UTWC 1Q3NA 2C15A 2FIQA 4UFJA 1MEIA 2NV1A 4OE7A 3DFSA 3TC7A 1SUXA 3P8JA 5K9XA 5EMUA 3GVGA 1YPIA 1AMKA 3S5NA 5CKSA 3ZWSA 4PC8A 3JS3A 5KINA 5LGZA 3T4CA 3MP5A 4UCGA 1I4NA 4HNTA 3E12A 3TFCA 5F2IA 1FCQA 5T26A 4YWIA 2VELA 2QCDB 3KOFA 3H55A 1ICSA 2QEZA 1ZALA 3DGRA 2YX0A 1ZAHA 4N2YA 2V2CA 4NJJA 4BI6A 2YR1A 2QDGA 3T7VA 4JNMA 4WZHA 3W7QA 4CLMA 1FX6A 4UTKA 4DPPA 5K9CA 4JTUA 3NQGA 2ZZ1A 5CZTA 1YYAA 4NNBA 1WA3A 5I3GA 5KZMA 3INPA 4FNQA 2A7NA 1HO1A 3QW3A 2ZRUA 3PR2A 1ML1A 4IXXA 3WK2A 1MEHA 4UTJA 1SO4A 4AXKA 4GRSA 4X22A 1DHPA 3KVJA 2LLEA 4ICNA 3HQ1A 4ZQCA 4ORIA 1TPDA 2GVLA 4IMEA 1S5TA 3O8AA 4O13A 4FX6M 4LWWA 1WQ5A 3CIWA 2JKPA 4ALDA 4DBEA 1LLWA 5ABTA 2B0MA 4CNPA 3QYQA 1QPNA 4GUFA 5C6MA 3MO7A 3TJXA 3W7EA 1KLZA 2Y7EA 2DZPA 5EA9A 4UTHA 4AEOA 3EX2A 5GVJA 2G97A 1H62A 1T99A 3W1QA 1P0NA 2CZFA 2GOUA 4ML9A 4UNLA 1IXNA 5F2LA 3TFXA 2ISVA 2BTMA 3W88A 4O14A 4ZQMA 1KFCA 3NAVA 2ZZ4A 1RV8A 3M5ZA 5DY3A 4AVFA 3EX3A 1SO3A 4BWLA 4XKYB 3HBLA 3QMTA 2X1RA 2I14A 3E49A 2GUUA 4MFDA 2YFOA 2ZTJA 5U4NA 1X8FA 1EA0A 2QUVA 4LOCA 3NQ2A 1UCWA 4M6PA 2FPVA 4JTTA 5I3FA 4BR1A 5I3KA 2C1HA 2BXVA 4OHQA 3LBMA 3KX6A 3MP3A 1B4KA 1OYBA 4PODA 1TIMA 3W7RA 1M7PA 3N9RA 4WY0F 4UFKA 4UTUA 3W2JA 2TMDA 4JYDA 3LXAA 4XWUA 3LGEA 3HIJA 4AHOA 3W84A 1F6PA 2WQPA 4N9DA 4WQ6A 3LRLA 4RXFA 4EF8A 2TYSA 2FQIA 1VYSX 4UFLA 1PHWA 3RNDA 2Z2UA 1F05A 2Q3RA 4CCCA 5D09A 3GXTA 4LW7A 3S1VA 3BPWA 3C2RA 3W7IA 1O4UA 3N34A 5KSWA 1DQWA 3SECA 5KZEA 1GTHA 1XUZA 3NNTA 3O16A 5FF7A 3EWWA 3CWNA 4LV9A 1Z48A 2CLFA 4Y6GA 3KAOA 4IMDA 4U4MA 3BLEA 4JTJA 5HUOA 4ADTA 3F1QA 4UR7A 5HINA 5CZSA 5HR7A 3W1AA 1JCMP 2JKAA 4Y96A 2WPBA 1EP2A 2FPTA 3L0KA 2QCNA 4FF7A 5J5DA 1FCUA 4HKPA 1G6CA 3L21A 3C0JA 2A1YA 4IX2A 4ZQOA 2VFDA 2RHGA 3PB0A 4LU0A 3B0VC 1EB3A 3O6DA 2WO5A 5HULA 3WK1A 3HPXA 3TSMA 4H3DA 1P1XA 1G69A 3FEMA 3TC6A 1S5VA 3W7OA 1VH7A 2XN2A 3HG2A 1ZAJA 3GXPA 3SW6A 1K3UA 4MKNA 3QRHA 1O5XA 4EWND 1R46A 4LVAA 3BG9A 2HS8A 3H54A 5HWNA 4O1AA 1VLIA 3QQ0A 3TJLA 3W87A 3BLIA 3TKFA 5DLCA 2QDHA 5LNVA 2BX7A 1KM4A 3LHWA 1FWSA 3P7YA 4C1KA 3DFNA 1DV7A 3C2EA 3KRSA 3L66A 3W74A 1JUEA 3UWQA 2E6AA 3O07A 5D2YA 1GYLA 1YXDA 5C5YA 3IVTA 3HPZA 2R91A 4NJIA 1I2OA 1AW5A 4O4WA 3MHUA 5DY2A 4NU7A 4Y90A 2QAPA 3MMTA 4TO8A 1DL3A 4K8EA 1TJRA 4IUOA 4HNVA 2OJPA 1NSJA 2QCMA 4HIBA 1NVMA 3IRDA 5AOUA 4ONVA 4LUJA 4RR4A 4LRSA 1OFQA 4FX8A 1EIXA 3G8RA 3LHVA 4MZ1A 1QAPA 1YDNA 3EKLA 5FF2A 1OJXA 4TMCA 2YXGA 4GUJA 3LLFA 3W23A 1XDMA 1THFD 5FEPA 3M6YA 2Y7FA 4LS2A 3IGUA 2IQTA 5FI8A 5AB3A 4A2RA 4A21A 5K7JA 3QMSA 2ZFAA 3NOEA 3FS2A 1CX9A 3NL2A 1LRNA 4CQ8A 1WBHA 5G4EA 4Z1CA 3CEPA 4LVDA 1WYIA 3GX9A 4MLJA 1GVFA 3I7SA 4QM1A 1YXYA 3FA5A 3OIXA 1K8XA 2GJLA 3PG9A 2JK2A 4LS0A 3STFA 3WJYA 4KFNA 5D38A 2ZA3A 4QNEA 4AWUA 2YDAA 4DELA 1JVNA 1K7EA 3R13A 3NQ8A 3HO8A 1F2JA 1XXXA 1OFRA 4O10A 4ORMA 1GYNA 4O52A 1SR9A 1TRDA 2XFWA 4UMAA 2ZA2A 3L2IA 4ADSA 1M5WA 2J9ZA 4QAIA 1DJNA 1GEQA 3MYPA 2CZEA 3T40A 1SO5A 3BG3A 2P0OA 4IPIA 5BRBA 1G7UA 4G1KA 3PC0A 3NQVA 3NQMA 1J5TA 3DFPA 2NWSA 3UWVA 4TIMA 4KFOA 1RZMA 4K7VA 4N9BA 1H63A 4MY1A 3PM6A 3KRZA 3LTSA 1VCFA 1DORA 4R53A 4UTTC 3N14A 4WUIA 1DQXA 2Y61A 1JUKA 2Q8LA 2P1FA 5LGXA 3EX1A 4IGHA 2ATSA 3N9SA 1FUYA 8TIMA 3G1VA 3PG8A 3W9ZA 3BLFA 1TQXA 4HNNA 1KM1A 3MP4A 4WJEA 1S5WA 5AC6A 1H1YA 2W79A 3TXVA 3P84A 2QJGA 4JTLA 1LZOA 3NR0A 3O06A 3W72A 3TXZA 1Q6RA 3M5VA 3BVJA 4OT7A 5D37A 3W76A 3HG3A 3UPBA 3DENA 4LV4A 4OGZA 4P2VA 1TPFA 1UJPA 3D0CA 2OCZA 1KFJA 3S1UA 1EEPA 1VPXA 1GVOA 2DZXA 3B0PA 3G1XA 1KLYA 2X2GA 4DBDA 3QQ1A 4E0CA 2A21A 2A0NA 5AC8A 4WOQA 3H53A 2H3BA 3W2MA 3VNDA 4AWSA 3N3MA 5AHMA 4P61A 5BOOA 2VKZG 3EKZA 4N6FA 2DZTA 1KFBA 3NQ6A 3G1HA 5EY5A 2QUUA 2A85A 1SZEA 3G18A 3SY5A 4XQ6A 4IMFA 1JUBA 3W1XA 2R14A 4M19A 4ZQRA 1XC4A 3MW7A 4JEQA 5CGQA 1ZJIA 2HTMA 1UUMA 5K2ZA 3IIZA 1LDCA 3GDMA 3B8DA 5A8GA 5D04C 4CCDA 3T55A 3G0UA 3CHVA 5BMWA 1NAL1 2EAWA 3SR7A 4IX0A 4O0KA 3TH6A 1CI1A 1VR6A 1KM6A 4JYFA 1G4SA 3CEUA 4EIVA 2E5DA 2V30A 3CQ0A 4DO4A 5LSMA 2WV8A 3GDTA 4JICA 2A7PA 4JTGA 4RZ4A 2V82A 1GT8A 4IQLA 3W1RA 3PBYA 4Q33A 1VRDA 5C2XA 4A22A 5HMSA 5G1TA 3HF3A 5DN1A 3GNNA 4DF1A 2VFGA 3A5FA 1W1ZA 2ZRVA 3STEA 2E6YA 4JN6A 4PTNA 2J24A 1A5CA 1YLVA 2HMCA 3E02A 5FEWA 1L2UA 1WV2A 4M5PA 3VCRA 5G4WA 4WY0A 3W6YA 1VLWA 2Y85A 2C3ZA 1XBXA 5AHNA 3SJ3A 3OG3A 3I7RA 1Y0EA 4HN4A 1HG3A 2YSWA 1B4EA 3S0CA 4YCPA 2R94A 1FWTA 4HHPA 1GVSA 1WAUA 2ALDA 1ZENA 3GXNA 5AHEA 1KM3A 3TAKA 5IBXC 3C61A 1LTDA 3DBPA 3LI0A 2H90A 1KFKA 3NL5A 2FPYA 3MHGA 4M6QA 1SW3A 4LC8A 3PUDA 2H6RA 4A29A 1PV8A 1OFOA 2VFEA 1XL9A 4LUIA 4MJZA 3NO5A 4JGDA 3TAOA 4L4LA 3WK3A 5CZJA 1D9EA 1EPXA 3RF9A 4N02A 4OWGA 1UBSA 1WBJA 4UTIA 3NDOA 1I2NA 4IMGA 3Q2DA 3GIYA 1TV5A 2QF7A 1KM5A 1LBMA 1XBZA 5FEZA 1FCVA 3LRMA 1OK6A 3HGSA 3EWUA 3G1SA 3NM3A 5H91A 1O5KA 2E77A 3MI6A 4O12A 1VCVA 3W07A 4A2SA 4N9CA 2E6FA 1M6JA 1TMHA 3B06A 3NZ1A 2WKJA 3I65A 4B5NA 4X9SA 3W7NA 1MZHA 1SQ7A 1ME8A 2TRSA 2YW3A 3T78A 3W2LA 5D33A 3S9YA 3LX9A 2CLOA 2FTPA 2ZZ6A 3L5MA 2Z1BA 3TIMA 4UR8A 3NGJA 5CPLA 2ZQ0A 1AK5A 5F4XA 3OHIA 1IXPA 3GAYA 1SFLA 3NA8A 3HG4A 3FKRA 1I2RA 3OVRA 3NPXA 1AL7A 2J9XA 1SW0A 4EVZA 1G4PA 3VKJA 4TMBA 2WSQA 1JULA 3LHUA 4O16A 1IGSA 2NXIA 2EKCA 1KM0A 5G1YA 3F4WA 1WDWA 4LVBA 3O63A 4YLWA 3TE9A 1VS1A 1R30A 1OYCA 3GDRA 3G3DA 5CG7A 2DZSA 3QSRA 1OX5A 3UY7A 4MZ8A 3LXBA 4QIUA 2Y63A 1MO0A 3QJAA 5D03A 5TQLA 3SIZA 3MI3A 2VC6A 1TCDA 4GUIA 3ANYA 5CZ0A 1W56A 2CZDA 2UV8G 2AQWA 1X1ZA 3G1FA 5L6UA 1N55A 5C55A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GZ3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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