3H4W | Genus

Total Genus 118

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	315
structure length	315
Chain Sequence	ATTYGTSTSVGVHNAYEKEKYRYFADALDSGAALLELDLWSNALGRSWRVSHSNPLGNNSNCEGAANASELRTKSRDQDFAGCLSDMRAWHDAHPGHRPILLKIEMKDGFNAKGGRGPAEFDALIRQKLGDAVYGPGDLTGGHATADEAVRAGGWPSRADLAGKFLFELIPGTVEEKNPFDKLWTDVEYAGHLKDLAAQGKLAQSTAFPAVHGAAPGDPRERYADPALRPWFVVFDGDAATYLNGSIDTSWYDTRHYLLIMTDAHNVPPVIDGTHPTEAEALARVRQLAAAHASFATADWYPLPSVLKTVVPRGA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1453466563012213__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1453466563012213__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3H4W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1453466563012213__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1453466563012213","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3H4W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1453466563012213__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces antibioticus
publication title	Crystal Structure of a Ca2+-dependent PI-PLC rcsb
molecule keywords	Phosphatidylinositol-specific phospholipase C1
total genus	118
structure length	315
sequence length	315
ec nomenclature	ec 3.1.4.11: Phosphoinositide phospholipase C.
pdb deposition date	2009-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16670	PI-PLC-C1	Phosphoinositide phospholipase C, Ca2+-dependent

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.190	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase	3h4wA00

2PZ0A 3PTDA 1GYMA 2PTDA 3V18A 4I9TA 3MZ2A 3H4WA 2OOGA 4R7OA 2O55A 1QATA 1QASA 3NO3A 4RW3A 1V8EA 2P76A 4GNKB 5PTDA 1DJWA 3EA2A 4F2BA 4QJ4B 3RLHA 4I90A 3EA1A 3KS6A 4F2UA 3V1HA 1DJHA 1DJYA 2PLCA 4F2TA 4Q6XA 1ZCCA 2ISDA 3V16A 4S3GA 3QR0A 6PTDA 1PTGA 1T6MA 1T8QA 4I9MA 3OHMB 5T9BG 1DJZA 4RV3A 4I8YA 2ZKMX 7PTDA 1VD6A 4PTDA 3QR1A 3RLGA 1O1ZA 3CH0A 3EA3A 3KS5A 1DJXA 2OR2A 5T9CE 2F9RA 3H4XA 3L12A 1AODA 1XX1A 4RW5A 2OTDA 2FJUB 1DJIA 3I10A 1DJGA 4QJ3B 1PTDA 1YDYA 5T91A 4OECA 4QJ5B 3QVQA 4I9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3B40A 2ZDSA 2QZRA 1VJSA 1FRBA 1RVKA 1TPEA 4N7QA 5IHSA 1QPNA 3GW3A 4RX0A 1P0EA 4FF5A 4UTTA 4ZFMA 3PBVA 5CPOA 3RG6A 2PDIA 2BOFX 3PWAA 2ATSA 2O9PA 1FWGC 4JQ4A 3TW6A 4AQLA 3UWVA 4Z1CA 3BJTA 2WWCA 1H1YA 3VNJA 2O92A 3PUEA 4HSOA 4QS6A 3DC0A 2BXVA 4LF1A 4QCEA 5EMJA 4FXJA 1X97A 5GNZA 4S2BA 3N4FA 3JW7A 1EIXA 4NJGA 5BWAA 3E2VA 4LUJA 2GK1B 4MB5A 5EFDA 5I3DA 3OVPA 4NJIA 1IIGA 2CZDA 4LX4A 3S9ZA 3P8IA 3PJUA 1VHNA 4H9VA 3EA3A 3NL6A 1GKQA 1OG6A 1UMLA 4PRTA 4US5A 4MDOA 3FA5A 3QR3A 4OE7A 1CXHA 1XDJA 5FAJA 3P81A 1F3XA 2JIEA 4W5UA 2H6RA 3CV1A 4MPQA 2E4TA 1OCBA 1P1MA 2EEXA 4RL3A 2R14A 2XIOA 4NXKA 1S3HA 3W7QA 4W7UA 3ALGA 1DL3A 1PZ2A 5HQEA 3UG4A 3FA4A 1LOSA 3TYBA 3VGHA 3P61A 1H7OA 3KLLA 4P7QA 4C5ZA 1NDYA 1AW2A 1JGMA 3MZ2A 2QGYA 4KCWA 1FFRA 4IG2B 3CV2A 3WBEA 1AG1O 4PA8A 4OFCA 1EPXA 4O15A 2WM0A 5FL0A 3TXZA 4B5UA 3SCRA 3K8MA 3H23A 3WY1A 3W2MA 3W9ZA 3S2LA 2I5QA 2RFGA 1LG2A 3CT7A 1YW1A 3NO5A 3RX2A 4YL2A 2AL2A 2PZNA 4TV5A 4O4WA 3TXVA 5HNTA 3LBMA 3JUGA 2DQXA 4A3HA 2Z29A 2ZVIA 3MI2A 3IGUA 5JMUA 3VINA 1NU5A 1GVIA 2HNEA 1FWWA 2W6RA 4RXGA 1TWWA 3W6MA 1NEYA 4DM2A 3NOEA 1W32A 2POTA 3RLGA 3DYOA 3C6CA 3WUEA 3MYOA 4R34A 3KWSA 2F6XA 1E6RA 5CCZA 4GUIA 1O4UA 1XYMA 4NI3A 3VTRA 4DWDA 5G2HA 2OTDA 2EBNA 1HJQA 1UA3A 4GY0A 1RJPA 3AXMA 4J2PA 3KHJA 4AWSA 3L2MA 3PZMA 1I0DA 2Z1BA 2O9TA 2AAMA 5KZDA 2BVYA 2GOUA 2WKGA 4LEFA 3B9OA 1JR1A 4I5RA 2EG7A 1VPYA 2NWRA 3TYZA 5DCBA 1I0BA 3LNMA 1A5UA 2G0WA 2GSEA 1TVPA 4R53A 3TE9A 1VEPA 2D0FA 2EPMX 3T44A 2J27A 3SUTA 1JYNA 2OCZA 2DZTA 1MI3A 2V2HA 3EDDA 3PUGA 3DENA 2E5BA 4K7VA 1E1FA 3HPXA 2GDUA 4ZR8A 1HIZA 3UWZA 5FJJA 4AD4A 4E3VA 3L4ZA 3KVLA 4A2RA 4DI8A 5F1UA 3GKAA 3KOYA 1R3QA 3VD7A 4QIUA 2E09A 2PURA 4KWVA 4QDMA 3QV8A 1ODUA 1KXHA 3FGCB 5M03A 1ZBCA 2WW5A 2XTKA 4BA0A 4M1BA 5JQ9A 3AU2A 1XIFA 1MSSA 3ALFA 2ZXDA 2CZFA 4FX6M 1JAEA 2XM1A 4H04A 2A3LA 3WLMA 1IZKA 2VM8A 4YNGA 3F7JA 1HG3A 4CVUA 3S1GA 3NQ2A 3UZXA 1JYXA 3AXKA 1R0MA 2XSAA 4X22A 2A3EA 1UR9A 1RAKA 5DT5A 3TAOA 3PZVA 2DVXA 3V3WA 1IXNA 3POCA 2Y6ZA 4I9TA 5I23A 3OG3A 2QT3A 4W8BA 2G3NA 2ZUTA 2FB3A 2Z4GA 4ZO7A 3TOPA 1ZP3A 3KVMA 3ARTA 1M6JA 3LG3A 4FF7A 4X2RA 1V6UA 3GUWA 2QCEA 3WDRA 3DFSA 3T2OA 3H26A 3TVAA 2QJHA 3N2BA 3IGSA 4B16A 1D7KA 1K77A 4PR4A 4WZHA 2FDSA 3N12A 1LLWA 5AVNA 3SFKA 4XAYA 1F6PA 2VCCA 3BANA 3NPWA 2GQ9A 2HTMA 5I06A 2NT1A 1XLFA 2OODA 1XG3A 1JZ7A 3IIPA 4IFKB 1BF2A 1IXPA 4LBSA 4TUFA 3RIKA 3UP8A 2J24A 3EDEA 1JNEA 1UWSA 2Q8XA 1I8JA 3WJYA 2CBUA 3AUOA 4A29A 4E8CA 1C3FA 4PRWA 1UWAA 2FTYA 3S0CA 3AS0A 1AQHA 4O14A 4EWND 1QPOA 3CJPA 3M41A 4KPLA 5HINA 3RPMA 3NQ6A 2XM2A 4I7UA 3WBAA 1RJQA 3LK6A 4EPEC 2PWEA 1XQLA 3VE7A 1GOOA 3W26A 1XUZA 2QUUA 2F6KA 3BV4A 3OG2A 5K3VA 3MCOA 2TAAA 3UERA 2PPGA 2WHJA 5D2YA 3VK5A 3E0IA 4FLSA 2X1IA 1RLDA 3IJ9A 5KEZA 1J4EA 5JH1A 3VDCA 4DNMA 4D6HA 3CBWA 4YN5A 4F79A 3W07A 3M0IA 2DU2A 4OBTA 1IWPA 4X9YA 5M1TA 1TQJA 5M17A 2ZRWA 3INPA 4KFNA 3ZSSA 4MFEA 5DF0A 1G5AA 3A5FA 3G77A 1R5YA 3MO4A 2QF7A 2P3EA 1EJRC 3KW3A 3LS9A 3LBOA 4NP7A 4Z08A 5BXRA 1Z8AA 3U7VA 4Z2KA 3ZM8A 1C8VA 4ML4A 2BXYA 5JBDA 3T7VA 3TNOA 1F4AA 5GVJA 1ICQA 1GVEA 4JTLA 5EMLA 2WZMA 2VT0A 3ORWA 3A4JA 5BRQA 1JZ6A 4FIRA 3K4WA 2E28A 5BROA 3SZ8A 4DJFA 4Z2IA 3OA5A 4GQQA 1P7TA 4S3CA 1OCQA 1BTCA 1XCFA 3IJIA 5DANA 3ZVIA 4QR6A 3A6OA 3HN3A 3IWPA 3VO0A 2E68A 1U5JA 2HEJA 3A4AA 2Y7GA 1Q45A 4HSNA 3QW4B 1YDVA 3C4UA 5FF7A 3JZUA 1ZB5A 1MNSA 4Z1BA 1SW3A 4ZB5A 3KTXA 4UZSA 1GK8A 1ONWA 4IGMA 1XYBA 1RA0A 5CJMA 3A64A 2P88A 3DGRA 1XV8A 2NZLA 2HNHA 2OZTA 2HK1A 1B5TA 4V15A 3M0KA 4QHRA 1I2RA 1XSIA 4K38A 4ZSTA 2PWDA 3GXTA 4X9SA 4IIGA 2VC6A 4AEEA 3MQTA 1DJWA 1OJXA 4MWAC 1NY1A 4HU8A 1XS2A 2VX7A 1PDZA 4XBJA 2PTZA 3OEXA 2BG5A 5DRIA 4Q4RA 4DZ5A 1MO0A 3LCLA 3BL3A 2NQ5A 5CG7A 1I2OA 1B9ZA 2ASHA 1K7XA 4O8AA 5DBUA 1ZCCA 3M0HA 1PKNA 2BFGA 4H9XA 5A8PA 5ENLA 1B54A 4N6EA 4YHGA 3S47A 2X1RA 1IEVA 2CXGA 3GXMA 1ME9A 2CLHA 5LIKX 1JXJA 1TPB1 3OBEA 1I4NA 1EHAA 4C90A 1U2YA 2OOFA 4ICCX 4QDWA 1Q6FA 2NWSA 3GD6A 3R11A 4OOZA 3KL0A 3L67A 4K3ZA 1OFDA 2HZGA 4D1JA 3T9PA 1KFKA 1Q6QA 3GZAA 4U5IA 4X61A 2YA1A 3MDUA 4JIQA 3PM6A 1L0PA 2J8GA 5LIXX 2VC5A 3F5LA 3ZR5A 2XZ9A 3NCOA 3HZ3A 3HPAA 4Y6GA 1E5JA 4Q4QA 4UQCA 5DEZA 4AZGA 2YR1A 4J27A 3Q45A 2E9MA 2FKPA 1YPFA 4KRZA 1H41A 1VFMA 1W9XA 3EXTA 4TVCA 1UR2A 4DN1A 2ZRZA 3SUVA 2XIJA 3VKBA 1SU5A 3LSCA 4MKNA 3DYPA 1TUXA 4IIHA 1Q6EA 1OG0A 1QCWA 5JUVA 4NHVA 1UJPA 4A6GA 1YADA 3ITXA 5AYYA 5BXPA 1DWGM 2YA2A 5EKYA 3OIXA 4IIDA 4ZQCA 3LX9A 3FXYA 3VNIA 4PMXA 2CU0A 4A05A 4IFRA 1DXFA 1OVDA 3PG9A 4K39A 2FB2A 3OO2A 3OLGA 5DX7A 2W0UA 3PTMA 4AVNA 4X63A 3WQ4A 1BVWA 1JUBA 3NAVA 2VOMA 4NVTA 3WF4A 4C1KA 4LRTA 4BEQA 4S3DA 1SGJA 3BCDA 4P8UA 4AAJA 2HXTA 2EKGA 3LN3A 4CEUC 4H7ZA 4JZ5A 3SJNA 3WH7A 1RK6A 4DJFC 2HRWA 3T2QA 3VD9A 1H7PA 1Q65A 3SRHA 1ISYA 4DZAA 2VEPA 4N4QA 5EA9A 4PCTA 3USZA 1ZNNA 3VNLA 1OF6A 2NSXA 1GOQA 4AMCA 3VA8A 4MYAA 4E8DA 4IPJA 2P53A 3W53A 4H6RA 1GTHA 3ERPA 2QJMA 3GWQA 1S2CA 4NZCA 2VMFA 1UOZA 3GR7A 4I90A 3TLQA 4IPNB 1ZJBA 2FZMA 1HKKA 1C29A 3W0KA 1PWLA 4G56A 1A4MA 1YXDA 4QTGA 3OLEA 4IH3A 2IMRA 4H6KA 4H83A 3WUFA 2AKZA 4GFIA 2DSZA 3TONA 4PB5A 3UY8A 4LFYA 2DT1A 3WF3A 5AC5A 3PBYA 4LW7A 4IL0A 3IIOA 4D8ZA 2X09A 4OVXA 1V6TA 2H9AA 4JFVA 4N6FA 4JYFA 1EDQA 4D71A 3KTSA 4JL1A 4EIVA 3AALA 3DFTA 3PBUA 3CK5A 4AXNA 2A4AA 2C16A 3W7KA 1CT5A 3W2LA 3W01A 1CCWB 3WNMA 5FA5A 3CZJA 3N17A 1J6PA 4W87A 4R27A 3URQA 2YSWA 3SCSA 3UW6A 4O57A 1E6NA 1M7OA 1UH4A 4KKXA 3L7RA 2QV4A 4HHHA 1UZDA 3AYTA 1KO0A 3CUGA 1UZHA 3QHNA 2OSWA 1KRMA 3BOLA 2D2GA 3URBA 4Y8FA 5IRPA 3EPOA 4HA3A 3AAMA 4XBSA 1DIEA 4W5ZA 1S2TA 5HMSA 3TU9A 3W02A 4DHGA 2Z1VA 4IM4A 1UZ4A 1F2JA 3TN3A 3N2XA 4E4UA 3NL2A 2JF7A 3QGKC 4TQTA 4JIHA 3SECA 1K8ZA 2Z1XA 2A3HA 3NSMA 4ROPA 1W3JA 3L5MA 3WLKX 2E8ZA 4QNEA 3SM0A 1ECQA 3GVVA 4I8YA 5CGQA 4DIAA 2I17A 3SGGA 1K4HA 1REQB 4HQVA 1AA1B 3R7MA 4B4HA 3CUIA 1TVNA 1T5AA 4NF7A 3T1GA 3ZQ9A 3SJ3A 1XCXA 1EP1A 4XIAA 4BY3A 3W7CA 5G4WA 3T2PA 3ARPA 3HG5A 1XC4A 1BVNP 4R5EA 3Q4DA 4IP5A 2BY3A 4FXRA 1QOQA 3T4WA 3KE0A 4L9YA 4HHMA 3W23A 2EQDA 4ERGA 4WXYA 3BH4A 1VCGA 1V4YA 2IKIA 3LB0A 1QOPA 3IACA 4CD7A 1Z41A 1XLJA 1DWHM 1WKEA 2GVLA 5CLWA 3MP5A 3C5QA 4GLEA 1DWAM 2VJXA 1XIDA 1UBSA 1YLVA 1QDSA 4HMDA 5GPRA 4HD5A 3KCOA 1J11A 2F2KA 2QIIA 1CZ1A 1S39A 2HV5A 3T40A 4IMAA 1VBHA 4JQ3A 3WD4A 4BK9A 4D6GA 4Q8PA 2ALDA 1Z7AA 4XZHA 4LVAA 4W7VA 4UQ9A 2PDNA 3EWCA 3KRZA 1TR9A 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3H4WA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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