3HF3 | Genus

Total Genus 131

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	ALLFTPLELGGLRLKNRLAMSPMCQYSATLEGEVTDWHLLHYPTRALGGVGLILVEATAVEPLGRISPYDLGIWSEDHLPGLKELARRIREAGAVPGIQLAHAGRKAGTARPWEGGKPLGWRVVGPSPIPFDEGYPVPEPLDEAGMERILQAFVEGARRALRAGFQVIELHMAHGYLLSSFLSPLSNQRTDAYGGSLENRMRFPLQVAQAVREVVPRELPLFVRVSATDWGEGGWSLEDTLAFARRLKELGVDLLDCSSGGVVLRVRIPLAPGFQVPFADAVRKRVGLRTGAVGLITTPEQAETLLQAGSADLVLLGRVLLRDPYFPLRAAKALGVAPEVPPQYQRGF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__915173089345199__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__915173089345199__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3HF3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__915173089345199__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"915173089345199","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3HF3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__915173089345199__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermus scotoductus
publication title	Crystal structure of a thermostable old yellow enzyme from Thermus scotoductus SA-01 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chromate reductase
total genus	131
structure length	348
sequence length	348
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2009-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hf3A00

1H7RA 2NV1A 1V7YA 2ZRVA 3T44A 4JTUA 3NQCA 2VKZG 2V8ZA 3NQAA 3NQMA 3CIWA 1KFJA 4P61A 4OBTA 2X1RA 1DQWA 5CZJA 4WY0B 2E77A 4NX5A 3QW4B 4U28A 4E2BA 2GQ9A 3B0UX 3C0JA 4JX5A 1JCYA 2E6FA 2Z6JA 4GUFA 3H55A 1PE1A 3T7VA 3M0ZA 2NUWA 3QRHA 3O63A 1D3GA 3F4WA 3OBKA 4N9EA 3A23A 4NZFA 5HWMA 3G1FA 4UIOA 3MP3A 2VEKA 2PRHA 4CNOA 3GDKA 3HBLA 1OVDA 2RDTA 4LV9A 2R14A 2YZRA 3NNTA 2FPYA 4UCGA 3MWAA 2VFEA 2FLIA 2JKAA 1EIXA 2GQAA 3F03K 3M1ZA 3S1WA 1QPRA 4HPXA 3FS2A 3S9YA 2QCMA 4PA8A 3ZFHA 4M6VA 2DORA 3W7RA 1RQEA 4LUIA 1SO3A 1AMKA 3TK7A 3N2MA 2XN0A 4MFEA 4R7JA 1VCFA 3BV4A 3N19B 3NPXA 1K8XA 1YYAA 2ZTKA 3THAA 4O57A 2FPTA 1KFLA 3TJXA 1OFRA 3QZEA 3ABSA 4JX4A 4X2RA 3W1XA 4ZQCA 1OF6A 1LROA 3BGJA 4MZ8A 3SZ8A 3Q58A 4AF0B 2X2GA 4O16A 4K38A 4O1AA 2ZCGA 3IV3A 1VYPX 2WSQA 3V75A 4RR4A 2J27A 2TYSA 2X1TA 2EF9A 1KM6A 5HMSA 3TQ0A 4FNTA 3O6YX 4CQ8A 2QCNA 5LHFA 4JICA 1ADOA 3TNOA 4IXXA 4Y6GA 3BLIA 4WD0A 5BMWA 2R8WA 1P0NA 3PS7A 1G4PA 1GYLA 3C2VA 4NNBA 4GBUA 2ZRZA 1TPDA 1VYRA 3UZ5A 1NF7A 3BW3A 4IPJA 3HGOA 4AAJA 2PE4A 1KLYA 4FX8A 2DZPA 3QMRA 1WAUA 3QMSA 2VELA 3T55A 3DBPA 2PURA 2NXIA 3BO9A 4K8EA 2J88A 3WFAA 4OT7A 1YDVA 4ALDA 1J4EA 2AAMA 3GXNA 3NQ8A 1N8FA 2ZA1A 3MP4A 3EWUA 3MMTA 2OT1A 2GPTA 4UFLA 3TFXA 3TMLA 4HT3A 1VYSX 1XDMA 3EXTA 3O07A 4DQWA 1FWWA 4EOUA 4JTGA 1Q6OA 4ZQOA 3NL3A 3VKJA 2R94A 4UUIA 2DZSA 3FOKA 5LHEA 1FWTA 2CZDA 2ZQ0A 3ABOA 4N4QA 3MW7A 4JTLA 3W75A 2UV8G 1RD5A 1JUEA 3RF9A 3S0CA 2Q3OA 1QWGA 4O17A 5AN7A 5I3FA 2NXGA 2Q8LA 3FLUA 1DKWA 3ABRA 3IIXA 4DF2A 1JRCA 2WJZA 5AB3A 6ALDA 5D03A 1W5NA 3I65A 3IRDA 3QM3A 2HSAA 1GWJA 5D30A 3TV8A 4M7SA 4LC6A 3NQ7A 3DFSA 4C1KA 5BW6A 4RK8A 1W5PA 1FXPA 1OK4A 2FFCA 4LVAA 3W7JA 3EWBX 1GPWA 2QCCA 3TKFA 3N34A 4RLIA 1PVNA 1SUXA 1H1YA 1TPC1 3L0KA 2CZEA 3LHZA 4EVZA 3IVTA 2QJIA 2YXGA 4MFDA 3EX4A 1EA0A 2NUXA 1IXNA 1YXCA 3GLCA 4NNCA 4M5PA 1KBIA 1FBAA 1MZHA 3DH7A 4O12A 2W79A 3DENA 1FXQA 2BWGA 3LERA 4S2CA 1OFPA 1P4CA 3MP5A 4TR9A 3LTYA 2EHHA 2I9EA 2O7SA 1F73A 3LXAA 3LGEA 1THFD 4A3UA 4PFMA 2WSRA 5CPLA 1TB3A 4N9DA 4NXSA 1JCJA 1V5XA 1K02A 3KRUA 3LRMA 1H51A 1JJKA 2BZNA 4FX7A 4UNKA 3T78A 1Q6RA 3HGSA 5SWUA 3T4CA 1R2TA 3TCEA 3HGRA 4RJEA 1LBMA 4UTWA 2Q8ZA 3DXIA 1SFLA 3MI6A 4MOZA 4LTSA 4LOCA 3E9AA 1VR6A 2FQIA 1DV7A 5G2IA 3LV6A 2JKPA 4R33A 4O4VA 2BLEA 4JGDA 3PUDA 1IXQA 4BWLA 4M6QA 4OQVA 3O1NA 2AGKA 1RPXA 2A7NA 2FTPA 2QF7A 3LBCA 4YWIA 3PBVA 2CFFA 3P8IA 4CCEA 2G95A 4GXMA 5LNWA 5LZLA 4MZYA 1X6UA 3W88A 2TRSA 3G1XA 5D38A 4WXZA 1JR1A 3S8HA 1KV8A 1YXDA 3D0CA 1JQXA 5D2WA 1DORA 4DPQA 1QO5A 4I9AA 4IJBA 1I8JA 1W5MA 2C0AA 5DBUA 3W71A 4Z1DA 4NNAA 4QM1A 4JD4A 2ALDA 3HPSA 5BOOA 2DZUA 4XKYA 1R46A 5AHMA 3NG3A 2WKJA 4PODA 2QR6A 1YPFA 4H6KA 5KTLA 4L4MA 1B3OA 1GVOA 5LNSA 3IGSA 2ISVA 4OU1A 4MYAA 5C55A 2J9YA 4R34A 4N6EA 3KXQA 4BI5A 2Z1BA 5TIMA 2Y61A 3GKFA 4GNJA 1GOXA 4A22A 3I7SA 1RVGA 1TSIA 4E2DA 2ISSA 4MVAA 4NVTA 1D3HA 2WNNA 3DGRA 4O10A 1CX9A 1ZAHA 2YYTA 2DU2A 4WOQA 1XBYA 1H62A 2BX7A 2YSWA 5BNKA 1CW2A 1UB3A 3M6YA 1XI3A 1AW2A 1SW0A 3GAKA 4A29A 1ZJIA 4ADTA 3R8RA 5KMYA 4LVFA 5AYYA 3IVUA 1AK5A 1TPUA 1UUMA 2QKFA 3THQA 1TPH1 3LOTA 3I6RA 1K8ZA 2X1UA 2P10A 1DL3A 3HO8A 2JBMA 2WPBA 1WV2A 4ONVA 2OMAA 4A2RA 4UTKA 3TXVA 5KZDA 5C54A 2A0NA 1K03A 3OVPA 1GJPA 3DFNA 3DKLA 1W5QA 4Y90A 4S1FA 4EWND 2EPHA 4G1KA 2Q3RA 2CLMA 2YGYA 4O54A 1SSGA 4UFJA 2FPVA 4DXVA 3B03A 3S5NA 3EWWA 1W3TA 1PL9A 3GR8A 4O19A 1L6WA 3G0UA 4X3ZA 5K9DA 1B57A 1K7XA 1OFOA 4TU1A 5AYZA 3G8RA 1I4NA 4HNNA 4CQ9A 4DPPA 1SO6A 1DJNA 3LCHA 5FEZA 5A5WA 4N2YA 4RZ5A 3L9CA 4X22A 5HULA 5IBXA 4MLRA 1F7BA 5EPDA 4XZ9A 3NA8A 1FDJA 2A6LA 4XTIA 4O1BA 4ICNA 2A21A 1DHPA 2H3BA 3IIOA 2Y70A 2B7PA 4LUJA 4KFNA 2YX0A 1KM1A 2A7RA 2WO5A 3DKJA 4NJHA 5LNUA 4UTWC 3L5MA 2PCQA 1TQXA 3GX9A 1KA9F 1KM0A 2NLIA 2ZDRA 1OX4A 3G0SA 1PHQA 2NUYA 2CLHA 1P0KA 3NL6A 3QPZA 1F5ZA 3TSBA 1W1ZA 2OZ0A 1EUNA 1ME9A 3EB2A 3S5ZA 5FESA 3WK3A 4NX0A 3FYPA 3C56A 4ZQMA 3MHFA 2VEMA 8TIMA 4HKPA 3W2LA 4IMFA 3Q94A 3W7MA 3E0IA 4IQLA 3N14A 3HF3A 1UUOA 5IM51 2ABBA 3CLMA 1WBHA 4LW7A 5AYXA 3P82A 5K7JA 1QMLA 1PHWA 2ZZ1A 3NQFA 1JQVA 1TREA 3G3MA 2LLEA 3QH2A 1IXPA 3GXPA 3OA3A 1G4SA 1ALDA 1MO0A 1W3IA 1IIHA 3ANYA 3OG3A 4CNNA 1ME8A 3N73A 5DCBA 1LOLA 1TV5A 1TPEA 1PS9A 1W0MA 3W73A 1OFAA 3S5YA 3UWYA 4K36A 3C8FA 1C29A 3IIVA 4ADSA 1W54A 2Y85A 4AMAA 5AFDA 2OT0A 1UJPA 1KM4A 3W76A 2ZBTA 3GK0A 3B04A 1ZAJA 3PM6A 3C6CA 3E96A 4O0ZA 1I2OA 5D32A 3DHFA 4RV8A 2V30A 2G97A 1F6KA 5E93A 4PTNA 3W87A 3O05A 4Z1CA 3SIZA 2C19A 3GIYA 1LLZA 4N9BA 3W2NA 1TJPA 2JKEA 1QNVA 3W23A 1KFKA 1TTPA 5D33A 3W7NA 4ORMA 1OK6A 1FWRA 3NYZA 1EWEA 1OFBA 4NZJA 5DXYA 4O50A 5AHNA 3W1RA 2DJLA 2KZHA 2QCHA 3S5OA 5C2XA 4YXGA 3PSWA 3A24A 3QFEA 4K39A 2BTMA 1VQTA 1OYCA 2R91A 3WK1A 1RQHA 3R2GA 3WJZA 2RH9A 1W5OA 2EGZA 4JNMA 2VEPA 2PRLA 1GT8A 4J9JA 3RU6A 1R30A 1TPWA 2QCDA 3MYPA 2NWSA 4O15A 1AG1O 1IXOA 3LCWA 3EEGA 3BLFA 1A5AA 1I2NA 4U4MA 3UXAA 4HNUA 1E51A 2VXNA 4K6AA 5LNRA 3STFA 3GKAA 3L66A 5EKYA 3UWWA 4M6PA 3GDTA 1B9BA 1VGAA 3W74A 4ZQPA 2Z6IA 3SR7A 4LS0A 1B4KA 3W9ZA 1ME7A 3M5YA 1BWKA 2GVGA 2Y7FA 3TQVA 3P8JA 4LY8A 5IBXC 2ATMA 4I7WA 1FWSA 3T40A 1H7NA 2J6XA 2YYUA 1RZMA 1N55A 3MBDA 5U4NA 3MJYA 2GVJA 4AWTA 4POCA 3MHUA 5F1UA 5FF7A 3HMJG 3P80A 5AC7A 1I2RA 3HIJA 3SJ3A 3U2OA 4O1DA 5D2TA 3EX6A 1FUYA 4XTDA 4KFOA 4RXGA 3CTLA 3PBYA 3PAJA 3AO0A 4BK9A 1TPB1 5K9CA 4HSOA 3R12A 4IX0A 2Y88A 4JR5A 4XBKA 1R2RA 2WNQA 4MJMA 4UFKA 4CCCA 1VH7A 2NZLA 4JYFA 3TFCA 1HUVA 2V5LA 1VLIA 3NEVA 5DCEA 1F2JA 1X1OA 2A85A 2DP3A 1H60A 3V1PA 1K3UA 4K7VA 5G4WA 3G22A 3CPRA 3BG3A 3AJXA 3JR2A 4BR1A 3N9SA 3TJLA 3O6CA 4JTKA 2GQ8A 4NJKA 1S5VA 2ZA3A 3ZS4A 3NXFA 4WXYA 4NJJA 2A7PA 2QCFA 5EL1A 3EWZA 4QNWA 3STCA 3L65A 4A2SA 2QEZA 4IMEA 4OV4A 3NR0A 4GUIA 3W7IA 4ZL1A 1TIMA 3TSDA 3VE9A 3M41A 3TAOA 1JUBA 3W22A 5F2GA 2I1OA 1VHNA 3Q37A 1HO4A 4ML9A 2B7OA 5AOUA 4JIQA 3TMQA 2E6DA 2Y7GA 2QUVA 4ZMGA 4WOZA 4O53A 3IVSA 1X1ZA 3W1UA 4LWWA 1QFEA 3LTSA 4RKAA 4XKYB 2H90A 1SO5A 4JTJA 4UTUA 3IGUA 3USBA 3C52A 4TMCA 1TCDA 1ICQA 1FCVA 1U5JA 3W2JA 4LC8A 4FNPA 4LRSA 1FWNA 1KM2A 3NQ2A 3NM3A 4MPQA 1G4EA 2HTMA 2VFIA 4JTIA 1TRIA 1YTKA 3NVTA 3GB6A 5I3HA 5HWNA 3W7PA 1GVFA 3C2RA 3LTPA 2OJPA 2A4AA 1YPIA 1TJRA 4MUZA 2FB2A 3WK0A 2QAFA 1LTDA 1UBSA 4BI6A 4HSNA 1LLWA 1L6SA 3DFOA 4LS1A 1EUAA 1YXYA 3H53A 3LHTA 2Y63A 4LS2A 5MHBA 1SZFA 1C9DA 2YPIA 1L2UA 3KFTA 5G2WA 1SR9A 4GWEA 4Z1BA 4HNTA 1T0OA 5K3VA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JTC A;  3LXB A;  2VOM A;  3R8G A;  4ZQN A;  1VJZ A;  2Q09 A;  1UWU A;  1BSI A;  1UD8 A;  3HU7 A;  5I2U A;  5LA2 A;  4FNQ A;  4J1O A;  4Y8F A;  2PDF A;  3QMT A;  3GG8 A;  4S2B A;  3GZA A;  4Y9A A;  1K9D A;  3VKA A;  1JCL A;  1Q7Q A;  3NTY A;  4GZJ A;  4B91 A;  2QCE A;  4KWU A;  1UA7 A;  1NQK A;  4XKM A;  1GOQ A;  1TPF A;  4YLW A;  1BWV A;  2FVK A;  3NQ6 A;  4XAG A;  5BWA A;  3GM8 A;  1Q6D A;  2ESC A;  3CGT A;  4YNG A;  2VWT A;  3LNM A;  4DBD A;  3IEB A;  4IT1 A;  2DQW A;  4UR7 A;  5LA0 A;  4PUN A;  2V3E A;  2Z1S A;  1CI1 A;  2MUC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3HF3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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