3HF3 | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	ALLFTPLELGGLRLKNRLAMSPMCQYSATLEGEVTDWHLLHYPTRALGGVGLILVEATAVEPLGRISPYDLGIWSEDHLPGLKELARRIREAGAVPGIQLAHAGRKAGTARPWEGGKPLGWRVVGPSPIPFDEGYPVPEPLDEAGMERILQAFVEGARRALRAGFQVIELHMAHGYLLSSFLSPLSNQRTDAYGGSLENRMRFPLQVAQAVREVVPRELPLFVRVSATDWGEGGWSLEDTLAFARRLKELGVDLLDCSSGGVVLRVRIPLAPGFQVPFADAVRKRVGLRTGAVGLITTPEQAETLLQAGSADLVLLGRVLLRDPYFPLRAAKALGVAPEVPPQYQRGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of a thermostable old yellow enzyme from Thermus scotoductus SA-01 pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermus scotoductus
molecule keywords	Chromate reductase
total genus	131
structure length	348
sequence length	348
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2009-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hf3A00

3CIXA 2ATSA 4HIBA 5LGZA 1B4KA 1AK5A 1L6YA 1WQ5A 3THAA 3TA6A 5LNSA 3WJXA 4LWWA 1ZAIA 1MEWA 3HO8A 1B3OA 2H90A 1TREA 3NQ8A 2FB3A 4IWWA 4UC5A 3WJZA 4JR5A 3M41A 2FPYA 4Y6GA 2A5HA 4ADUA 4JTUA 4HT3A 5DY3A 5D37A 4IXHA 1XL9A 1KM5A 3L0NA 4LT9A 1VCGA 3W07A 3E9AA 3TSMA 5I3KA 4N9BA 1QWGA 5MHBA 2ZTJA 2ZQ0A 2ZRYA 4K7YA 4UTKA 3QC3A 2IQTA 3HGSA 3LM7A 3SZ8A 2JKPA 3UXDA 2B7OA 3GLCA 3O6YX 1R47A 3SR7A 5HNRA 2R8WA 3STGA 3FFSA 1AG1O 4CNOA 4PC8A 3FKRA 1WBJA 4ZL1A 4K38A 5DLCA 4FB7A 4O11A 5AHIA 1R30A 5FF2A 2ZA2A 2Y63A 2DZUA 3NQMA 4DF1A 2J6XA 1I45A 1HL2A 2ZRVA 3Q58A 1LYXA 4IMDA 1LRTA 4NZFA 5LHEA 1KM0A 3B06A 1W5OA 3LRKA 4OGZA 4DBDA 1CW2A 2RH9A 4K36A 1OJXA 2E5BA 1OF8A 3VI2A 3CEUA 4RCXA 1H7WA 3RMJA 1I2NA 5DY2A 3CTLA 3FIGA 4ZQPA 5LNUA 4PA8A 4K7VA 3NQDA 5A8GA 1JCYA 3ATZA 1TPVA 4K37A 4MYAA 4AWTA 2AAMA 3NL3A 4TMBA 3MBDA 3EWUA 4HPXA 3UPBA 4KWVA 2RKXA 4CCEA 1B9BA 5DBTA 1TJRA 3B0PA 4UTUA 3L2IA 1TRDA 3NPUA 1FWTA 1G69A 5DN1A 2QCDB 1KTBA 4LS0A 5GVJA 4CNPA 1H7NA 1G4TA 1QO5A 3DFTA 3UWWA 1QO2A 3O16A 1QNVA 3PG8A 1OF6A 4O1CA 3SGUA 1W5PA 3HMJG 2C0AA 4O13A 4A29A 3MMTA 3G0UA 3TFXA 3W2NA 4GUIA 3CHVA 4HPJA 3KHJA 3DBPA 2NZLA 3QPZA 3PB0A 4POCA 5FF3A 4D2JA 1JCLA 2H6RA 3HGOA 1JR1A 3S1XA 2VFDA 1LOLA 2I14A 2EKCA 4OBTA 2HS8A 1OFPA 3TSBA 1VCVA 3BG9A 3LBCA 3TMQA 4EF9A 4FF7A 2R91A 3ABRA 2F84A 3H55A 3NDOA 2CFFA 3HPXA 4RV8A 1LRQA 4A2SA 2DU2A 4O53A 2VEKA 4O18A 1OX4A 4WD0A 3W7LA 3NEVA 4ORMA 1YYAA 3RNDA 4UFMA 4ADTA 4Z0SA 2Q3RA 3RLVA 2QCEA 1SW3A 2TYSA 1G4EA 3NQAA 2ALDA 1TB3A 1Z42A 1XI3A 5K3VA 4RZ5A 3TU9A 2VFIA 1N8FA 3ZR4A 1JQVA 5E0KA 3S0CA 3W7RA 1DVJA 4RKAA 3WK1A 3LCLA 3IV3A 1LBLA 2VEMA 4UR7A 3B0VC 3GX9A 1FDYA 1LCOA 1YPFA 4YMZA 4Z0JA 1NFBA 3E49A 3NYZA 4KFPA 3N9SA 1K8ZA 4KFOA 1A50A 4NJKA 1FBAA 3BW4A 4AF0A 3B8DA 3PY2A 4ZQRA 1JUKA 1D9EA 3QMSA 1GTEA 2X1UA 4XKYB 3U2OA 2WSRA 2PE4A 1KFBA 2ZDRA 3ATYA 1M6JA 2WKJA 3M7WA 3G18A 5LNWA 1TTPA 3I7SA 4DQWA 5HUPA 4QJ1A 3VNDA 3LI0A 1LDCA 3A9IA 3M43A 3NG3A 4IOTA 4WQ6A 4OQVA 5BOOA 3W73A 1TPB1 3A23A 5KZMA 1MSSA 1O60A 4Y96A 3M9YA 4WY0A 4N9EA 3LTPA 2YXGA 3LV6A 4O28A 5KSWA 2YZRA 4GNJA 3W1AA 2H3BA 5EMUA 1MO0A 4IGHA 3FA5A 1XKYA 2X1TA 1H63A 4X2RA 4JYFA 3G0SA 4IMFA 3P7YA 2V2CA 1Q6RA 3GDMA 5J5RA 2ZTKA 3OA3A 2A2IA 4JTSA 1EUAA 1HO1A 3MI3A 5AHNA 4FNTA 4UUIA 1HTIA 1W8SA 4JTFA 3UPWA 1ZFJA 1N7KA 4JNMA 1RR2A 4NJJA 3S9YA 3LRLA 5LSMA 3W83A 5BNKA 3LERA 1QDSA 2TRSA 4O4VA 4M6VA 4U4MA 3S5YA 5BMWA 5EL1A 1XFBA 1F6PA 1NF7A 5K9CA 2OCZA 1QPRA 2GPTA 2ZA3A 3M47A 2VELA 1YTDA 1IIHA 4LUIA 1LTDA 4ZQCA 1G7UA 3OEXA 1GOXA 4UIOA 3TX9A 3V1PA 3S5ZA 4FNRA 3P60A 5LGXA 2Y7EA 4Q33A 1LOSA 4NVTA 1F73A 3L68A 3PUOA 5FEZA 1QMLA 3LGEA 4MZ1A 1DL3A 5BMXA 1LP6A 3G1VA 4QAIA 4LVDA 1O5XA 1UB3A 4OV9A 1UUOA 1P1XA 3WK3A 1OX5A 2ZFAA 3Q2DA 2C3ZA 3T78A 4TIMA 2FQIA 1GQNA 3MJYA 3GDKA 2R14A 1JCNA 2HMCA 1K8YA 1H1YA 4LNYA 2A85A 4JY9A 5H91A 4GFSA 4WXZA 3KFTA 3TAKA 3BPWA 3W70A 3RFAA 2E5DA 1RV8A 3LCXA 4O10A 3MHUA 3V75A 3BG3A 2Y6ZA 2PRMA 4O57A 4ONVA 3CPRA 3NR0A 4NUWA 4JYEA 4LTSA 3HQ1A 3GAKA 3W7MA 1W54A 3KVJA 3STEA 5F1VA 4QISA 5F2LA 4EF8A 2QCCA 1L2UA 5I3IA 2P0OA 3ANYA 3VE9A 4J9JA 4BFAA 5DXYA 1VPXA 1O5KA 3N34A 1R2RA 3TFCA 4NJHA 3MP5A 2Y70A 2QEZA 4RZ6A 3GNDA 1AW1A 1TO3A 2PC4A 5I3FA 3TH6A 1TV5A 4TX9A 1KLYA 1GG0A 4LUJA 4MY9A 3LB0A 5TBOA 1OG0A 3G1AA 3HG2A 1FWNA 2FB2A 2E77A 4UFLA 3GK0A 3UZ5A 1W3IA 2CLKA 4MYXA 2EPHA 2X1RA 3T40A 2V5LA 3SJ3A 1I2PA 4K8EA 3BW3A 3KVKA 2GVGA 2CW6A 3P84A 3R13A 2J27A 2VEPA 2CLMA 2XN2A 2OJPA 1EIXA 3O8AA 3QQ1A 1FY6A 4ZQMA 1TPFA 1ZHAA 3O15A 5K4XA 1KBJA 3L9CA 4LVAA 5FEXA 1EA0A 1H7OA 2ISVA 2A6NA 1TPUA 1KM3A 3OHIA 3E02A 3DGRA 1OK4A 1G6CA 1KA9F 2ABAA 3KAOA 4DXVA 3OVRA 3S1UA 3GR8A 3KRZA 4AWSA 4ORIA 3LXAA 2QCGA 4JX4A 3G3DA 4GE8A 5FESA 3SFKA 4WX2A 4FIRA 1KV5A 2PURA 3P81A 4ICNA 4UTJA 3DHDA 2NX9A 1DJNA 3L0GA 2TSYA 2CZEA 1DKWA 1C8VA 3NZ1A 2A0NA 2HS6A 3LTYA 4Y9AA 1K3UA 3CEPA 1HO4A 2C14A 1K02A 5EBUA 5EYWA 4NX0A 1QPOA 3KX6A 1LRNA 3FYOA 3HIJA 3Q37A 1V5XA 4FX7A 1GWJA 4W9TA 4HNNA 3PULA 5D03A 1JULA 2JKEA 4GC4A 1OFRA 2QAFA 2V81A 4MVAA 2VKZG 4C1KA 4IPJA 1GZGA 3PUEA 1TTQA 3VCRA 1AL7A 5D2XA 3P80A 4ZVJA 4S1FA 2Q8LA 1BKSA 2V0TA 2PCQA 2H8ZA 1RQEA 5F1UA 1JQXA 1SFJA 3OVPA 1GG1A 4DPPA 3EWWA 2E09A 4WXYA 1A5SA 2J9XA 4YCOA 3EWZA 1FCBA 1ICQA 1GVRA 4AHQA 4UTWA 5AOUA 4JICA 4CQ9A 1TPC1 4YL2A 2NLIA 1OFOA 4E0CA 5AHLA 5CSRA 4FNPA 5KTLA 2ABBA 3GKFA 3E96A 1ADOA 4RLIA 2TPSA 3UD6A 2NV2A 1DHPA 3W71A 2ZRXA 3TXVA 1MXSA 3W1XA 1C29A 1EWEA 3RU6A 2EGZA 2WQPA 3W7NA 3F1QA 1QFEA 3HG4A 2ISWA 3LLFA 3L5AA 4N6FA 5AC8A 3SY5A 3AJXA 4N2YA 3STFA 1M5WA 1XM3A 3TV8A 3MUXA 1SO5A 1XBXA 1H7XA 5HINA 3GXPA 3VFLA 3GDTA 3A5FA 1KM4A 4QNEA 1MZHA 3C0JA 1KM6A 4AMAA 4LS1A 4ADSA 1EB3A 5I3GA 1SW0A 4K8HA 4LRSA 1OYAA 5D2TA 1YDVA 3WJSA 3FYPA 3NOEA 4JTKA 4UFIA 4OWGA 4BI6A 5DCDA 2GQ9A 4IMGA 2FPVA 4HNTA 3C4UA 3N19B 4UTHA 1X8FA 5J5DA 1OVDA 2OX1A 2A4AA 4AHPA 3UQNA 3W1TA 3MP4A 2Y7DA 3L5LA 3QZEA 1NVMA 2BSLA 5HR7A 4BI7A 5K2ZA 4TMCA 1FWRA 1H7RA 1NEYA 3GKAA 1LLZA 3C56A 4GBUA 5F4WA 2C6QA 3WJWA 1SPQA 2DZTA 4M7SA 1X7FA 2YX0A 3LCGA 4XBKA 3NQ2A 2FTPA 3BO9A 2NXGA 3BW2A 1OX6A 4NJGA 4QITA 3W74A 2QCHA 4AHOA 5EPDA 3MW7A 1LBMA 3BLFA 1X1OA 3NL5A 4LC6A 1CI1A 1ONRA 3U6WA 1WX0A 3C2EA 3EX1A 4HKPA 1PL9A 3GIYA 1F5ZA 4LRTA 4WY0F 5DCEA 4H3DA 3H54A 1XDMA 1JCXA 3ABQA 2E68A 2XFWA 3I7RA 2AGKA 1Q6OA 3P74A 1W31A 1KV8A 4UMAA 1T99A 1PHQA 1YPIA 1YDOA 1ME9A 2DZSA 2WSYA 1R46A 3C2FA 4TR9A 5HR6A 1YTKA 3JS3A 3KRSA 1SZFA 3LBMA 5F2IA 3T55A 2B4GA 3KVMA 3EKLA 4NXSA 3I65A 3NL6A 1TQJA 5AHMA 2W79A 4Z1CA 2ZZ1A 2RDWA 3TW7A 3LHTA 3VE7A 1XBYA 5A5WA 3BG5A 1TV8A 1PVNA 1LORA 4L4LA 3G24A 4A3UA 1KLZA 3O6DA 4Z08A 1FWSA 4G1KA 1RD5A 1G67A 3T7VA 1KBIA 1FXPA 3G1HA 5HWNA 3UY8A 2NUXA 4MZYA 5G2IA 1TCDA 4NU7A 1GJPA 3DZ1A 1I2QA 2UV8G 4E2DA 5LNRA 3R8RA 1GTHA 3LHVA 3R5EA 2Z6JA 3L21A 1L6SA 3IVTA 5CZSA 4JD4A 3L0KA 3ZWSA 4GUFA 1VCFA 3QPYA 1FCVA 4IPIA 1WA3A 1VLWA 2JKAA 3W2JA 3CWNA 3MP3A 5H2ZA 2QDHA 3UNDA 1ME8A 1N55A 3PUDA 4X9SA 2J88A 1GVFA 1VS1A 3S8HA 4WOQA 1K03A 3M0ZA 3UWQA 3W84A 3PBYA 4B5NA 2NUYA 3CWOX 3W86A 3W2LA 3TC7A 2F7FA 2O7QA 4YLWA 5K9DA 1PCKA 4LU0A 1B57A 2CLEA 2YW3A 1PIIA 3UYCA 4UTWC 1WV2A 2RDTA 1HFBA 1RZMA 3A21A 3CM4A 2BZNA 2YFNA 5CPMA 3S1WA 4IMEA 3IVUA 2B7PA 1X1ZA 1ME7A 3PG9A 3LX9A 3USBA 5G4WA 1A5BA 4HN4A 2ZRUA 3E0IA 3DH7A 2G95A 3M1ZA 2J24A 3W7EA 1EP3A 4U28A 1LZOA 4IQLA 1X6UA 4LVFA 3HG3A 3EWYA 3TQKA 4MFEA 1KM2A 3TDFA 4P2VA 4DO5A 5C2XA 4TU1A 1ZAJA 3L65A 3CT7A 4M7TA 5HWMA 1UJPA 2GJLA 5AYZA 1F7BA 4JGDA 4JTHA 3M6YA 3N3MA 1TV7A 4O19A 1C9DA 5CZJA 1MEHA 3R12A 4JTLA 2V8ZA 5BRBA 3KRUA 5I3JA 3P5YA 2GJNA 4OU1A 3W85A 2NWRA 1GPWA 3FOKA 3EXTA 3IRDA 3F4WA 4DPQA 4QQ3A 4FXRA 1VYSX 4TO8A 1JCMP 2PRHA 1W3TA 2ZA1A 2CZFA 1P0KA 3NVTA 3TUUA 1VH7A 2Z1BA 4S2CA 2CZ5A 2ZZ2A 4XUGA 3PF3A 1F6KA 3N14A 4O17A 4C1LA 4IX2A 4JTEA 2EF9A 1O94A 3GB6A 5C55A 3C2RA 4PODA 1SO3A 2QCDA 2QAPA 2V5BA 3SW6A 2Z6IA 3GXNA 4RX0A 3BVJA 5KZDA 5D30A 3QQ0A 2VEIA 3G3MA 5KITA 2VC6A 3NQ6A 2V2HA 2Y62A 1IXNA 2WPBA 4HHPA 2W0UA 4MLJA 1DJQA 3TW6A 2V82A 4JIPA 3QW4B 3W3OA 3G22A 3K30A 3THQA 4K6AA 2B0MA 3BGGA 2B7NA 2ZZ6A 4A21A 5BW6A 4JX6A 2G5WA 3PWAA 3NL2A 1T96A 1ML1A 3HGRA 2QDGA 3QW3A 4ZQOA 1OFEA 5FF4A 3C52A 4FEZA 1WOAA 4UMCA 4PH6A 4R34A 3W2MA 4MZ8A 1R2SA 4MPQA 5CG7A 2A6LA 1EWDA 1SQ7A 1GYNA 1LM1A 4FNQA 2A7PA 1H51A 4FNUA 3W1PA 4RZ4A 1QOQA 3ZFHA 3GZ3A 3TC6A 1GVSA 3EB2A 1F2JA 1I8JA 2WO5A 3A22A 3W1UA 4CQ8A 1WDWA 1IXOA 3PSWA 1ZAHA 1OABA 3B03A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HF3A

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