3HF3 | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	ALLFTPLELGGLRLKNRLAMSPMCQYSATLEGEVTDWHLLHYPTRALGGVGLILVEATAVEPLGRISPYDLGIWSEDHLPGLKELARRIREAGAVPGIQLAHAGRKAGTARPWEGGKPLGWRVVGPSPIPFDEGYPVPEPLDEAGMERILQAFVEGARRALRAGFQVIELHMAHGYLLSSFLSPLSNQRTDAYGGSLENRMRFPLQVAQAVREVVPRELPLFVRVSATDWGEGGWSLEDTLAFARRLKELGVDLLDCSSGGVVLRVRIPLAPGFQVPFADAVRKRVGLRTGAVGLITTPEQAETLLQAGSADLVLLGRVLLRDPYFPLRAAKALGVAPEVPPQYQRGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of a thermostable old yellow enzyme from Thermus scotoductus SA-01 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chromate reductase
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermus scotoductus
total genus	131
structure length	348
sequence length	348
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2009-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hf3A00

3EEGA 3P67A 2X1UA 1CW2A 1KTCA 5LNRA 1K8YA 4LNYA 3DH7A 3RFAA 1UUMA 2WNZA 3BVJA 3R5EA 1OK4A 4MIMA 5F2LA 3ZFHA 1YTDA 2RH9A 3M41A 3STCA 2QUTA 1DV7A 1I8JA 3OA3A 4AMAA 4CCDA 4O12A 4A2RA 1W5MA 3VFLA 3AO0A 1QO2A 3W83A 4UR7A 1XBXA 2VFFA 4O1BA 3UWWA 2Q8LA 4ZQNA 3VCRA 1X8FA 2PRLA 4R53A 2NX3A 2V30A 4LV4A 5F2GA 5MHBA 1EP2A 2EAWA 4RCXA 5K7JA 3FFSA 2I14A 3LB0A 2UV8G 3MP4A 1H50A 2G95A 3KVMA 1T0OA 4NX5A 4O14A 2Y61A 1O5XA 3P82A 3KFTA 4R33A 1LTDA 2CZFA 1KM3A 1LOQA 1NF7A 2NUYA 5I3GA 1S5TA 3BPWA 1AW1A 1Q6OA 1ZALA 5EY5A 3FJLA 4HN4A 3SY5A 3FYOA 4Z1BA 3M5YA 3CQ0A 1H63A 2X16A 3SZ8A 1F5ZA 1I4NA 1OF6A 3PG8A 2GPTA 4KFPA 2JK2A 3S1VA 3NM3A 4ML9A 2YXGA 4ADUA 3F4NA 1PV8A 4J9JA 1DBTA 4YMZA 1K7EA 1XFBA 3GX9A 2CZ5A 5HJLA 1ZNNA 2BSLA 4ORIA 5AYXA 3TDFA 2E68A 2JKEA 1R46A 1UBSA 1Z42A 4GUGA 4E38A 1GJPA 3LX9A 3QC3A 1TPB1 2C3ZA 3FS2A 2BXVA 5IM51 1F73A 3EWWA 2E6DA 4DO6A 3KRUA 3P81A 2B7PA 1FWNA 1KM6A 4Y8FA 3FEMA 3UNDA 5AC6A 1F6KA 2PRMA 2XFWA 1O95A 5U7SA 5F4WA 1VR6A 1WQ5A 2EF9A 3IIXA 4NZJA 2J9ZA 2Y63A 3W84A 5A8GA 2TYSA 2WOQA 3TMQA 5DCDA 1SZNA 2J9XA 4A2SA 4LVAA 4XBKA 3BG9A 2GQ9A 4LY8A 5CSRA 4CQAA 4FNTA 4JTSA 4ONVA 1QNVA 3L2IA 1ZFJA 3OEXA 2V5BA 3W2LA 4XKYA 3ZR4A 4RZ4A 5HWJA 3TX9A 4BI7A 1RZMA 3TXZA 4LU0A 3DFPA 3BGGA 3DAQA 1I2PA 3TQVA 3MP5A 3WJYA 4TIMA 2FPTA 2GJLA 3QPZA 4FNSA 1ZJIA 4WOQA 4NXKA 3W74A 3CWNA 3L21A 3WJSA 3OVPA 1RPXA 3NA8A 3MYOA 2OJPA 4YWIA 4PEKA 2VXNA 1RQBA 3WK1A 4UFIA 2ZZ3A 4JTKA 5I3HA 4JTUA 4Z1DA 1QPNA 1O60A 3LCHA 2HTMA 5FF2A 1QAPA 2ZYFA 3NL5A 3LCFA 4TMBA 2YSWA 2DJXA 5D2VA 5LNSA 4IQLA 1BEUA 4W9TA 1GYNA 5F4SA 5KTLA 2BZNA 5BW6A 3W88A 3IIOA 1UUOA 1I2NA 3E12A 1L2UA 3C2EA 3LLDA 3EWUA 1V5XA 4JDYA 1JCLA 4CNOA 3B05A 4C1KA 3TC6A 3S5NA 4MOZA 3UPWA 4I9AA 2CZDA 4E0CA 3WJZA 3E49A 4ADSA 4TO8A 1K8XA 2G97A 3S5YA 3F1QA 1GQNA 4DF2A 3IIVA 3S5OA 4O0KA 3EWXA 1TPH1 5FF7A 4AH7A 2C1HA 1F2JA 4IX0A 1NSJA 3LHWA 4WXZA 3HG4A 2G96A 5F2IA 5CZTA 1AL7A 1EA0A 4N2YA 4UTHA 3VE7A 3NGJA 2Z1BA 4UFKA 4MZ1A 4BWLC 2ZA3A 3EXRA 3O07A 1H7WA 1YADA 4LC6A 5D02A 3FOKA 3T7VA 4UTJA 3ATYA 1KM2A 6ALDA 4M5PA 4A3UA 3MI2A 1VCGA 1ZENA 3IGSA 5C5YA 3Q2DA 1TPDA 5G5IA 2V0TA 4OQVA 1ME9A 2WKJA 4NJGA 2ABAA 1DKWA 4NNCA 4RZ6A 3WFAA 3TW7A 1SR9A 3R8RA 1W8SA 2Q3RA 1Q6QA 2TMDA 4HNUA 4IPJA 4N9DA 2A4AA 3TSBA 4XQ6A 5FESA 3L0GA 3SGUA 2HMCA 1W37A 3PVFA 1JQXA 3JRKA 1H1YA 2ATMA 4O54A 1P5BA 1A5BA 5IBXA 1KV5A 4C1LA 2QAFA 3C56A 3MHFA 1FXPA 3SI9A 2ZZ6A 1KW1A 3TROA 4K37A 2O7SA 4LUIA 3BK0A 1TJPA 1NFBA 5FF3A 3LDVA 1KV8A 2W0UA 5K9XA 3PR2A 1P0NA 3DXIA 4O19A 2I9EA 2QCHA 4DPPA 3W1UA 2RDTA 4GUIA 2G5WA 3E9AA 1H7XA 1S5VA 1M5WA 3PWAA 3LHVA 1LRQA 1P4CA 4X9SA 4CNPA 1QMLA 3G8EA 3CPRA 3R12A 3CWOX 4IMFA 2A0NA 2Q3OA 1EUNA 1C29A 3S9YA 5AHLA 1TPVA 2VEKA 3LM7A 4LS2A 3O8AA 3PS7A 4DO4A 2C16A 4HNTA 4M6PA 4JYFA 2ABBA 1IF2A 1W31A 1Q45A 1KFJA 3UXAA 3PUDA 3MUXA 4MJMA 2ZZ7A 4K8HA 4FNUA 3JS3A 5CPOA 4GC4A 5D09A 2VFHA 3NL2A 1F76A 3QF0A 1ZHAA 4QIUA 1KLYA 1MEWA 3TJXA 3D0CA 5F4XA 2QEZA 1VC4A 2YFNA 1ZAJA 3EXSA 4JGDA 4WY0F 4TX9A 5DBTA 4X22A 3LRKA 4WY0A 1T96A 2NX9A 2QR6A 3GKAA 3BV4A 1JCJA 1ICSA 2DP3A 1QWGA 3CC1A 4UTWC 1B3OA 2A85A 4O0ZA 5G2WA 3GIYA 3R13A 1TREA 3PB2A 3QQ0A 3S1UA 5KZEA 1OF8A 2ZFAA 4R7JA 3NEVA 5AHMA 4AHPA 3HGJA 3PB0A 3S42A 2RKXA 5HWMA 4JTLA 2YCEA 4JTTA 4JYDA 2GQAA 2KZHA 2FB2A 5CPNA 2B7NA 3B0UX 3B0VC 3HG5A 2NXIA 1G7VA 2FB3A 3EKLA 5CZ0A 5LSMA 4IMCA 2H3BA 4R34A 3DFTA 3CLMA 2V81A 3NQFA 3USBA 1DQXA 1WYIA 5KITA 2ZZ5A 1YTEA 4UTWA 2NXHA 4GUJA 4O1AA 3HGRA 1UCWA 2A21A 5K4XA 3GXNA 1FDJA 1PHWA 1IXPA 4UXDA 4X3ZA 5EPDA 4O10A 2WNNA 3M6YA 2ATSA 2O7QA 2ZTJA 1WOAA 2F7FA 1R47A 4JIPA 3OVRA 2Y7GA 1BWKA 3UQNA 4Z0SA 3W7MA 1TB3A 4K39A 1SSDA 2FPVA 4ZQOA 3EX6A 3NPXA 1OFPA 1GVRA 3QH2A 4MUZA 3KHJA 2OZ0A 1VPXA 3S5ZA 5LNUA 3T40A 1TRDA 4FIRA 3MI6A 3C6CA 3V1PA 2QCLA 3C2RA 1F74A 1R30A 4CLMA 4NU7A 3MWAA 3IGXA 2CLIA 1FUYA 2J88A 5KZMA 3EX2A 1XI3A 2X1SA 3G18A 4HHPA 1YYAA 4RR4A 3M1ZA 2ISWA 5FEXA 3MP3A 4MFDA 5KMYA 3G3DA 3LCWA 4UMBA 3S1XA 1T99A 5AYYA 3KRZA 3LHUA 4FF7A 1G6CA 5LZLA 4OBTA 1T8XA 1VS1A 3TQ0A 3CEPA 3TV8A 3BW3A 4PL1A 8TIMA 1H61A 1OFOA 3QPYA 4FX7A 5DXYA 5AHIA 1SO5A 2GVGA 3RU6A 3M0ZA 3N9SA 1AW5A 2ZA2A 3LXCA 4UFJA 1OFDA 1OX6A 3KAOA 2DZWA 4ZQCA 4QAIA 2H90A 3L67A 1KTBA 4MYAA 2YYUA 3HBLA 1GOXA 1EX5A 3LCXA 4BK9A 4LS1A 4O57A 1OVDA 4N6FA 4M6QA 2Z6IA 3TW6A 4IMGA 2XN0A 1KM5A 3FYPA 3M7WA 3L5LA 3I7SA 4OT7A 4DBEA 1XBYA 1AW2A 3G0SA 3I6RA 2E5CA 3ABOA 3W7JA 3PUEA 2RFGA 3MJYA 3LHYA 4O16A 2NZLA 4ICNA 4K8EA 4P61A 3HGSA 2Y7FA 5K3VA 4N6EA 3U2OA 4RZ5A 3UWVA 1OYAA 3G1SA 1JUKA 3P80A 4AF0A 3QM3A 4CQ8A 1OX5A 1X7FA 1HUVA 2ALDA 2QUVA 2CLKA 3S1WA 3M5XA 1JCYA 3HOJA 1M6JA 3HQ1A 3GR7A 3NM1A 1DL3A 2ZBTA 3W1QA 1ME7A 4MJZA 3LTSA 3IV3A 3P62A 2VENA 4BI5A 4EF8A 3THQA 4UTIA 1GTHA 1WA3A 4A21A 1GWJA 4RLIA 1VHCA 1PIIA 2JKPA 3UPBA 2QCCA 4ZZ9A 1G4PA 3BW2A 3NQAA 1BTMA 3DENA 4AVFA 4UTMA 1OYCA 3W1RA 1KFKA 3IRDA 3RLVA 3TSDA 2ZZ2A 4L4MA 1IIHA 4UMAA 4E2DA 3HPSA 4DEFA 3IEBA 1GYLA 3HF3A 1OX4A 4AEOA 3PSWA 4JXCA 1HO1A 1MEIA 1LLWA 5I3FA 5L6UA 3NOEA 3GDTA 1D3HA 1GZGA 1CX9A 1KM4A 3I65A 1QPRA 1YDVA 1GEQA 1LDCA 2DZVA 1OFBA 1MZHA 4FX8A 3RK8A 1XDLA 2Y7DA 1LLZA 3UXDA 3QQ1A 3SIZA 4KFNA 4Y96A 4NXSA 2VEPA 5K2ZA 5D2TA 4BFAA 2B7OA 2FJKA 4AWUA 4Q33A 2GQ8A 3TKFA 3LLFA 4K36A 3L5MA 2JGQA 3DGRA 4I7VA 3STFA 5BNKA 4M6VA 1W3IA 4EWND 5D37A 4UC5A 2A7NA 3MMTA 3TA6A 2EHHA 1GPWA 2C13A 3OG3A 4M7SA 1RVGA 3MYPA 4MLRA 1F7BA 3P5ZA 3DKLA 4AXKA 5CZJA 4AHOA 4LVGA 2X1TA 1WXJA 4PODA 4OV9A 1B57A 2X30A 3L0NA 3O1NA 1AK5A 3G1YA 2ISSA 2V5LA 3NQ7A 3O06A 3PBYA 3QYQA 4MPQA 4ZMGA 2ZTKA 3TE9A 3W1MA 3DFQA 3EWBX 3QJAA 3MW7A 2NXGA 3DHFA 1RD5A 1LBFA 2VFEA 4UTTC 2Q8ZA 3NQGA 4LVBA 5AOUA 3UWUA 5CKSA 3L0KA 1K02A 1YDOA 1H62A 3W7CA 4QNWA 4YCOA 1EEPA 2Y89A 1C9DA 1O5KA 1V7YA 2E09A 4M7TA 4I7UA 3GNDA 3L9CA 4Q4KA 1LOSA 1ML1A 3QMTA 3SGZA 3PULA 3PUOA 3A21A 4JS3A 3NG3A 3ELFA 3CM4A 4XKYB 4FEZA 4NJHA 4YL2A 2QCDA 2CLLA 1SW0A 5DY3A 3G3MA 2LLEA 3PBVA 1WV2A 4WZHA 4Z1CA 4AHQA 1TTPA 2WQPA 3LI1A 2CZEA 3GDRA 5LHFA 1K7XA 3R89A 3W7PA 1HL2A 4UTTA 3IIZA 1QDSA 2NV2A 5EKYA 3NQ6A 1EP3A 1VLWA 3LRMA 4IXHA 2PRHA 3WK0A 5EBUA 3EWYA 3TUUA 5DY2A 1LYXA 3FLUA 3HPZA 4LVFA 4OWGA 1PVNA 2RHGA 1G69A 3UY7A 5K9CA 4XTIA 2QKFA 1KBJA 1SW3A 1FWTA 2A1YA 3W71A 1LBMA 3LBMA 3N2XA 2YX0A 3UZ5A 1Z41A 1AL8A 1NAL1 2VC6A 4ZL1A 3G8RA 5G4EA 3M5VA 4U28A 1ME8A 3DFNA 4IX2A 4PFMA 4JTEA 1NEYA 1QOPA 2ZZ1A 4S2CA 4BF9A 2E1DA 3SR7A 4ORMA 1KA9F 1TRIA 5L9FA 2C0AA 3E0IA 4Y90A 1DOSA 4AWTA 3P61A 2DZUA 3NVTA 3TU9A 4TU1A 2E6FA 3CEUA 3W7NA 2DZTA 4PA8A 4RV8A 1JR1A 3HB9A 2D73A 2QCNA 5FEZA 3N2MA 4S2BA 4NJKA 1EWDA 3OVQA 1QPQA 4O18A 3NQMA 2JGYA 1Z44A 2YPIA 3MBFA 3HG3A 2CU0A 4NUWA 3QW3A 3GDLA 3R2GA 3TXVA 3LBCA 3QSTA 2QDHA 3KRSA 3P74A 4D2JA 3GR8A 4K7VA 1L9WA 2JBMA 4Z0JA 3L65A 7TIMA 4O15A 3E96A 1EP1A 2YR1A 2CW6A 2CLEA 4BWLA 3S6DA 1W3TA 1YDNA 4IXXA 2BLEA 3IVSA 5EYWA 5H2ZA 3QW4B 3ABRA 1DQWA 5I3JA 1J4EA 3W86A 5G4WA 4WX2A 2V8ZA 3PSVA 5H91A 5DELA 3CHVA 2GUUA 1W54A 4LWWA 5FEWA 4JTGA 1SU5A 4N9EA 3C2FA 3NZRA 2QAPA 3NYZA 2A6NA 1OFQA 2GJNA 1H51A 2E5BA 2C14A 3P60A 3B04A 3EXTA 2XN1A 5G2HA 4QM1A 5FF4A 2GVJA 1TYGA 2BX7A 4O50A 1HTIA 5KSWA 1FBAA 1TCDA 2ZRYA 2QCMA 4GWEA 1PHQA 1ONRA 1W5OA 3P5YA 2H6RA 3CTLA 2YZRA 2VFIA 4KFOA 2H3DA 1XXXA 4K6AA 2R14A 2QCGA 3DKJA 2DZXA 1PE1A 3NAVA 1O4UA 3TFXA 1A5AA 3FKRA 4JTIA 1IIGA 4X2RA 1PCWA 1VJIA 4UIOA 3HGOA 3KVJA 5K9DA 5LKYA 4YLWA 5D32A 1KFBA 3GDKA 1DVJA 2WPBA 4P2VA 4LVDA 3W7KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HF3A

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