3HGRA

Crystal structure of tomato opr1 in complex with phb
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
VDKIPLMSPCKMGKFELCHRVVLAPLTRQRSYGYIPQPHAILHYSQRSTNGGLLIGEATVISETGIGYKDVPGIWTKEQVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNKDFQPNGEDPISCTDRGLTPQIMSNGIDIAHFTRPRRLTTDEIPQIVNEFRVAARNAIEAGFDGVEIHGAHGYLIDQFMKDQVNDRSDKYGGSLENRCRFALEIVEAVANEIGSDRVGIRISPFAHYNEAGDTNPTALGLYMVESLNKYDLAYCHVVEPRTESLVPMRKAYKGTFIVAGGYDREDGNRALIEDRADLVAYGRLFISNPDLPKRFELNAPLNKYNRDTFYTSDPIVGYTDYPFLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of substrate specificity of plant 12-oxophytodienoate reductases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 125
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2009-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3hgrA00
1GVQA 2AAMA 2NWSA 1B9BA 2V0TA 2X1SA 1OFQA 3KOFA 1J4EA 1KM2A 1N7KA 1LTDA 2PRHA 5G2WA 3WJSA 1FX6A 4R53A 4QNWA 5G4EA 1FWSA 3GB6A 3KHJA 1MO0A 4KWWA 3STCA 1U5JA 4K38A 1M6JA 4GNJA 4PEKA 2ZRWA 3P8JA 3W83A 3LTPA 1NF0A 1W3IA 4NNBA 5F2LA 1JCNA 1XBXA 3P81A 2C16A 3W22A 3G0UA 4R7JA 2W6RA 4EF8A 2NX3A 1FWRA 4FX6M 1OG0A 1AL7A 3PBYA 1P4CA 2YR1A 5A8GA 1X1ZA 3PF3A 3C56A 3M16A 1H7WA 3UXAA 1F76A 4S1FA 2AQWA 1YADA 3W71A 4N9DA 1ME8A 4MY9A 4O1DA 2F7FA 2WSYA 2ZFAA 1EP1A 3SIZA 4H6KA 1S5VA 5CPMA 1QDSA 4GRSA 5BW6A 1TTQA 3MUXA 1WDWA 2A2IA 3LCFA 5DCDA 3TV8A 3TXVA 5HR6A 2Y7FA 1Q6LA 1A50A 4Z1DA 3R89A 1XKYA 1OX4B 1FCVA 4PTNA 5LGXA 5CZTA 5CKSA 1DOSA 3T7VA 4TR9A 4RX0A 3W7GA 3CWNA 5BOOA 3UY7A 5DBUA 2WSRA 2TYSA 3FKRA 4JTLA 1KLYA 2HSAA 3Q58A 4LT9A 4JTIA 2YPIA 4Q33A 1GVRA 1WX0A 1YDNA 2NZLA 4MIMA 3W7PA 2P0OA 3JR2A 3DFTA 4AXKA 2CLFA 3SZ8A 4DF2A 5AB3A 1LBFA 1W54A 3W1XA 3P60A 1BWKA 4MZ1A 1VC4A 5DLCA 1RZMA 2HMCA 4EWND 2W79A 3BLIA 3E96A 5D32A 2V2DA 5CZ0A 4OE7A 2Y7EA 3EWWA 1DV7A 4LVFA 3UPBA 2EKCA 3W88A 4LTSA 2ZTJA 1VCGA 3LTSA 2ZZ2A 4KKXA 4JNMA 2C1HA 4CCEA 4WX2A 1JCJA 1VHCA 4JIPA 4QSHA 1Z41A 4BI6A 4UTTC 3KXQA 3PG9A 1QO2A 2ABBA 3W75A 1NVMA 2QDGA 4Z1AA 1KLZA 1FWNA 1QFEA 4Y6GA 4O52A 1I2RA 1W1ZA 3IV3A 2P10A 1BEUA 3BK0A 2BTMA 1P0NA 4LW7A 3WJZA 2DP3A 4IJBA 4PFMA 5C6MA 3R13A 5FF2A 1ZNNA 3WFAA 3EXSA 4BI5A 2DZTA 1JQVA 2H6RA 2ZA1A 4LRSA 1EP2A 4O4VA 1L6YA 4Z1CA 5EPDA 3QM3A 1I8JA 1EWDA 1Y0EA 1KFKA 2P1FA 3H53A 2EGZA 3L0KA 5DY3A 2J9ZA 4XBKA 2VEMA 3NYZA 4L4MA 4N2YA 4P2VA 3M47A 3GXNA 4LU0A 1DJQA 4Z1BA 4UXDA 2FJKA 3T78A 4IWWA 2G96A 2ZZ5A 4H3DA 4DPQA 1B57A 4UTLA 4JX6A 2PRLA 2B7NA 3W84A 2NLIA 3MW7A 4FHAA 4PL2A 3G0SA 3PSWA 1TPH1 3BG9A 3MP4A 4WQ6A 4HN4A 2QF7A 4JGDA 3CM4A 1ZAHA 4D2JA 2C13A 4O0KA 4Y8FA 2NV1A 3RU6A 1OF8A 3GZ3A 4RXGA 5D2XA 4DXVA 3TQKA 1LP6A 3DBPA 3QSRA 1F05A 5FF7A 1Z42A 4NZFA 4CCCA 2B4GA 1KFEA 3P82A 5H91A 3T55A 2QCCA 1YXDA 4M19A 4NZJA 3C3NA 4ZQNA 5G4WA 3S6DA 3CLMA 1N8FA 4JDBA 1TV7A 2ZRZA 3M6YA 4A22A 2ZA3A 4KFPA 2QR6A 4RV8A 1DJNA 3HPZA 3W7DA 4ML9A 2QAPA 2O7SA 3G24A 3N2XA 2VFHA 3GNNA 3HPSA 2YW3A 4QM1A 3U8GA 4O10A 4OT7A 3DZ1A 3W7HA 4JYFA 4DO6A 2A6LA 3IIPA 4FEZA 3S1WA 3NAVA 1VCVA 3LRLA 3R12A 4GUIA 4NX0A 3HG3A 4O50A 4PL1A 2Z0IA 1GPWA 4FB7A 4GUFA 5I3KA 3RFAA 5HR7A 3P62A 4N4PA 2FLIA 4AB4A 4AWTA 4AF0A 3B4UA 1B4EA 4MY1A 2FPTA 5E0KA 3NQ7A 1EEPA 3W85A 1GTEA 2VXNA 3USBA 5FESA 1TCDA 1TJRA 3WK0A 1OVDA 1LOSA 5EKYA 4O4WA 3TAOA 3LCHA 3NPVA 3TA6A 4RCXA 3CIWA 1QPNA 1RQHA 5HUOA 3L9CA 5DBTA 3BG3A 3SGZA 4AWSA 3W1RA 5F1VA 3W6YA 3JS3A 2YYUA 1IXPA 5SWUA 1ZHAA 4FNQA 3BLEA 4WY0A 4GUJA 3L21A 3I7QA 4ADUA 4RK8A 3L0NA 2C14A 1OFAA 1V7YA 3TSMA 1I2OA 2DORA 3G22A 5IM51 2ZQ0A 4JICA 1PVNA 1OX5A 1FXPA 3GAKA 3EX6A 1WAUA 1OFBA 1OK6A 2KZHA 4BWLA 4GWEA 1OYCA 2ZZ7A 1UUMA 3C2VA 1XFBA 1QWGA 2NX9A 3GKFA 3OVRA 3V75A 4QQ3A 1AK5A 2Z6JA 5J5DA 5KMYA 2Z1BA 2YFOA 2XFWA 3LCGA 1DL3A 1KFBA 2TRSA 4HT3A 4XQ6A 2DZVA 4RZ4A 4LRTA 3M43A 5AC7A 2WPBA 5C54A 1LBMA 3NZ1A 4DF0A 2NUYA 5HJLA 2E09A 3FYPA 4HIBA 2G97A 3PBVA 3ZFHA 1TPUA 1LBLA 1M7PA 2E5BA 3G8RA 2FB3A 2QJGA 4AF0B 2HS6A 1B3OA 5FF3A 2ZZ6A 4IMEA 3DFOA 3W2NA 3KAOA 5L9FA 5AHEA 4LUJA 1BKSA 3NVTA 3W1UA 4NNCA 3VI2A 2XN2A 1RV8A 1Q45A 4AVFA 3GK0A 2XN1A 1TPEA 3EEGA 4N6FA 3NQGA 3HIJA 4LY8A 1H50A 1K02A 1OHLA 3FJLA 5EYWA 3WK3A 2D73A 5DELA 2QCHA 3DFPA 1TV8A 1G4SA 3KVMA 3F1QA 3O06A 1KBJA 1H7NA 3SI9A 3A9IA 3I6RA 1SSGA 2RDUA 3ABOA 3HJZA 3LX9A 4UCGA 1RD5A 2E77A 3EB2A 2EPHA 3G0XA 4OGZA 1H7XA 5U7SA 1HO4A 1TPC1 1L9WA 2R8WA 1RQBA 3BPWA 2Y7DA 3UWYA 5KITA 2DZWA 1K3UA 3TMLA 1UBSA 3GX9A 4IPJA 4WY0B 4CLMA 3O6YX 5HULA 3TDFA 5CZSA 4E0CA 4X9SA 2VEPA 1VH7A 4CNNA 2X16A 1X8FA 3YPIA 1SW7A 1UUOA 3FOKA 5D37A 3RF9A 3W3OA 4AHPA 4JYEA 4MOZA 2V5LA 1ZAIA 1XUUA 2JGYA 4NJJA 1NF7A 3BVJA 4O0ZA 2OX1A 3EKZA 1JUBA 3IGUA 3PUOA 1T0OA 3O1NA 2W0UA 3SR7A 3ANYA 5LNUA 5EY5A 2DZPA 1VGAA 2ATMA 1I4NA 4O13A 5T26A 4UR8A 5LSMA 3WK2A 2EHHA 3BV4A 3U6WA 4IOTA 4CQAA 4OWGA 3QMSA 4JTKA 2V2CA 5E1QA 2ZRUA 3O16A 4Y9AA 4M7TA 3TMQA 2ISWA 1B4KA 3CHVA 1RQEA 5AHMA 3WJYA 1S5TA 3W73A 3KRSA 4XKYB 4ORIA 4IX2A 3BARA 1AMKA 3IIOA 4UTIA 3BG5A 3HGRA 2QCDA 3CPRA 3BW4A 4HSOA 3LHVA 1VCFA 5IBXA 1FUYA 2BLEA 1XL9A 2CLKA 3H54A 4X22A 2B7OA 2A85A 3SW6A 5G1TA 3O8AA 2ZBTA 3LV6A 1KA9F 2FQIA 3MHUA 1H51A 1OFDA 2R14A 3FYOA 5C2XA 4O28A 3GR7A 1UASA 3I7RA 3UXDA 1FDZA 2V9DA 3C2OA 4K39A 4PA8A 1PHWA 5D04C 2TPSA 3EXRA 3NA8A 2J27A 3N9SA 1YPFA 4JTJA 5BNKA 1FDYA 3NL3A 3W7NA 3NR0A 3INPA 2RDWA 1KM0A 1JQXA 2VEIA 2WNZA 3KVLA 3HMJG 4FO4A 3HQ1A 2FPVA 4UTMA 3G1VA 2CZ5A 5AHIA 1NAL1 2NUWA 3OHIA 3MBFA 3W1QA 3MP3A 3M5VA 1KFCA 1GYNA 3GAYA 3ABQA 4DF1A 4ZQCA 4YXGA 3W07A 3UWUA 4UFHA 1A5BA 4IMGA 4IMCA 3ZR4A 2WQPA 4DO4A 5LNVA 3S8HA 3NQEA 4CNOA 1VHNA 1A5CA 4JTSA 3P67A 3CWOX 3FEMA 5GVJA 2XN0A 1YXYA 1S3HA 3S1XA 4HNVA 2GUUA 1SO4A 3TJLA 3WJXA 4M7SA 3S5YA 3EWZA 1F6PA 1IGSA 3F4WA 1EUAA 1ADOA 2X2GA 4JXCA 3C0JA 3IIVA 1I2QA 3CEPA 4UTKA 2GVLA 2A1YA 5F1UA 2QCDB 4IXXA 4QJ1A 2QUVA 3DFSA 1YLVA 2OCZA 3CEUA 1ICPA 1JRBA 3TE9A 4BR1A 3TW6A 4O16A 1TPDA 2A0NA 3G8EA 2QCGA 2GQ9A 3B8DA 1AG1O 1QOQA 3HPXA 2QCMA 3G1YA 2EAWA 1YXCA 1SZFA 1K8ZA 1TPFA 3M5ZA 2J6XA 4K7VA 1LM1A 2OJPA 5AYZA 1YYAA 1R46A 1OFRA 5K4XA 4B5NA 4GXMA 3NG3A 1GZGA 1ZCOA 4ALDA 5EMUA 3DI1A 1OFPA 3STFA 1KFJA 4YWIA 2YCEA 2X1TA 4HPXA 2NXGA 4DO5A 1MZHA 5DCEA 4O17A 2HS8A 1R2SA 4FX7A 2RFGA 4DEFA 3IVSA 4JD4A 5TQLA 3QMTA 2YDAA 3NPWA 1HG3A 3W74A 3MI3A 2WKJA 3BGJA 3LBMA 4I7WA 3PUDA 3GNDA 4FIRA 1SW0A 3RLVA 3I7SA 5TIMA 4POCA 4N6EA 1PE1A 4N9CA 5HMSA 2ZZ1A 3C2FA 3LLDA 1QMLA 3RNDA 2ZZ3A 4LWWA 4GUGA 3O6DA 3A5VA 1K8YA 3KRUA 1QAPA 4RJEA 1OX6A 3BGGA 2QUUA 1DKWA 1F5ZA 3K30A 5BRBA 2Q8ZA 2DJXA 3P74A 1V5XA 1IXNA 4NQ1A 2FTPA 4UIOA 4AEOA 3P84A 3B0PA 5CSSA 3G3MA 1H60A 4JR5A 3KFTA 3G1SA 2Y7GA 2WV8A 3B03A 5F4SA 4AHQA 4RZ6A 3W23A 1VLWA 2A7RA 1ZENA 1I2NA 2V82A 3QW4B 5G2IA 1GYLA 2WOQA 1LDCA 4NXSA 1DHPA 3EKLA 3O05A 1C9DA 4NVTA 4K36A 3W1TA 2C19A 4JEQA 4PC8A 2H3DA 1W8SA 2ATSA 3HG2A 4ONVA 1O94A 3R2GA 3TQ0A 2BZNA 1ZFJA 2EF9A 3BO9A 1R2TA 3SJ3A 5LGZA 3GDTA 4ICNA 1ME9A 2WO5A 4UC5A 4ZQOA 2C18A 2H3BA 3VNDA 1JCYA 4L4LA 3W1NA 1PHQA 3KVJA 3LHYA 2GPTA 4WD0A 1ICSA 2HTMA 2OT0A 5AYXA 1LOLA 3W7QA 2OMAA 3QQ1A 1LORA 2GJNA 1WYIA 1BWLA 5KZEA 4MJZA 3TROA 1T96A 5EBUA 4FF7A 3DI0A 3NL5A 8TIMA 4RKAA 3QH2A 1W56A 4LVDA 1OYAA 3VE7A 3L66A 4IUOA 4NXKA 1LZOA 4CCDA 1N55A 3QPYA 4GBUA 3NQCA 3LBCA 4WUIA 3NQDA 3PM6A 4ZQRA 3W7MA 4C1KA 2A6NA 4LC6A 4U28A 2B7PA 3O6CA 1HO1A 3LLFA 4YCPA 4TIMA 5H2ZA 2ZCGA 4O18A 3CQ0A 3LRKA 3AO0A 1FCQA 1QPQA 3MHGA 2ZDRA 3L68A 4LVGA 1WXJA 2RHGA 1OF6A 1QO5A 1G4TA 4FXSA 1SFJA 3QYQA 1JULA 3PAJA 1NFBA 2VELA 3N3MA 3R8RA 3ATYA 3PB2A 3F4NA 3PR2A 2J9YA 3PBUA 4Z0JA 2Q3RA 3GDKA 2VFEA 3C6CA 1SPQA 3L0GA 1F74A 4UMBA 1OFEA 3STEA 1K7EA 1TTJA 4TO8A 4P61A 1G4PA 2A5HA 4J9JA 2Y85A 1LLZA 3W7LA 2YXGA 4LVBA 4HNNA 4DBDA 1DVJA 1XI3A 2CU0A 3EWYA 1SUXA 3V1PA 1NSJA 4O8RA 5K2ZA 3D0CA 4K8EA 1AW5A 3LCIA 4I7UA 4N4QA 2E6DA 3QW3A 2BSLA 1WA3A 1PL9A 5K4ZA 1SQ7A 2H8ZA 2VKZG 3DXIA 3QC3A 1ZALA 4EIVA 3TCEA 5D03A 3T40A 4A29A 2RDTA 3DGRA 5I3JA 1OABA 1D9EA 3E49A 4K7YA 1UJPA 2QCNA 1H61A 3W7CA 5G2HA 3QEZA 1FCBA 3VFLA 3N14A 4X3ZA 3HGOA 3HB9A 3E0IA 4MLRA 1KV5A 1XC4A 1FWTA 4RR4A 1SZNA 3S1VA 3HGSA 5C55A 4NJIA 1GTHA 1I45A 3UPWA 1S5WA 2ZYFA 5DN1A 4O15A 3N73A 4TMCA 4EF9A 3L67A 4HHPA 5F4XA 5G1YA 1L2UA 2RH9A 2V2HA 1VYSX 1MEWA 1ZJIA 3QMRA 3QRHA 3UWWA 3W1LA 5DY2A 2PURA 3EWUA 4NT0A 5HNRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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