3HGS | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	376
structure length	368
Chain Sequence	NPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRYVAYGQEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of substrate specificity of plant 12-oxophytodienoate reductases. pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Solanum lycopersicum
molecule keywords	12-oxophytodienoate reductase 3
total genus	134
structure length	368
sequence length	376
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date	2009-05-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hgsA00

8TIMA 3TAOA 3NQDA 4R34A 1OFQA 2C0AA 2F7FA 4OGZA 4DBEA 3OG3A 1M6JA 2X16A 3HGSA 4DQWA 2RKXA 2H3BA 2G97A 3N2XA 4O50A 1R47A 1WDWA 3P81A 4MYXA 4RXGA 3UYCA 5SWUA 1ADOA 4JYFA 1C8VA 1R30A 1X8FA 1OFRA 3QZEA 5C54A 4E2BA 1FDJA 4JDBA 3TKFA 4UTWA 1UB3A 4O13A 3L66A 1PVNA 5AN7A 3WJYA 3LX9A 2E6DA 3C56A 1JCXA 2R14A 4K38A 3UXDA 2BXVA 3W7GA 1LTDA 3HG5A 5D03A 3S42A 3KVKA 3AO0A 3G1SA 4UMBA 1KBJA 3TU9A 3UXAA 3NQEA 1B57A 1F76A 1ME8A 3PUDA 5LHFA 4OT7A 4AVFA 5DBUA 5FEXA 2QR6A 3M5YA 2ZTKA 5ABTA 3R8RA 3M1ZA 4UTHA 3NR0A 3QYQA 4FNSA 3W22A 3O05A 1MXSA 4I7UA 3R89A 3BG5A 1OK4A 4UNKA 2BZNA 2C3ZA 4PCFA 4WY0B 4N6EA 5MHBA 3LCFA 5F2MA 4RXFA 4UR7A 3A5FA 3LXAA 3FYOA 3LV5A 3HB9A 3LHUA 3DHDA 4LW7A 4GRSA 1RR2A 3M5ZA 4MJMA 4JTEA 1XDMA 3S1VA 3W7MA 3M0ZA 3L21A 3IEBA 2GJNA 5F4WA 3UY8A 3FFSA 3PY2A 3GDLA 3EXSA 4W9TA 4BFAA 2QCFA 4UMCA 1THFD 4MKNA 3CU2A 4G1KA 3W2UA 2QCCA 2ZA2A 5CSRA 3IIVA 3G1DA 2VC6A 1JRCA 5F2IA 2YFNA 1Q45A 3NQ6A 4R33A 1W0MA 3WJSA 2BSLA 2OMAA 4O17A 3ANYA 3Q94A 3N9RA 1X1OA 1NEYA 2DZTA 5DLCA 3EWYA 4LVFA 5FI8A 4RK8A 5LHEA 1L2UA 3PSWA 4NNAA 3PBVA 3W7CA 1DJNA 1WX0A 3INPA 5AFDA 4CNPA 4DO4A 5FEZA 4TR9A 5G4EA 1Q6RA 4HKPA 1SZNA 4LS2A 2LLEA 4OHQA 4S2CA 4CCDA 5I3IA 1H7PA 3NQ7A 1W37A 3G0SA 4UXDA 5EPDA 3O06A 1ME7A 1A5CA 3TMLA 3GYEA 3W1UA 3LI1A 5AC6A 1SO3A 5DY3A 1YDNA 3BGJA 3SFKA 4AF0A 1IXPA 1Y0EA 2D73A 3LCHA 4I7WA 2ATMA 4IMDA 4LS1A 2Y63A 4FXRA 3GB6A 4AHOA 4X2RA 5H91A 3A9IA 1WOBA 4R53A 3FJ6A 3QH2A 3KXQA 3E0IA 2CLIA 1FWTA 3BGGA 3UWWA 5H2ZA 1W1ZA 4TO8A 1GVQA 1A5SA 5E0KA 3HGRA 2V5BA 3LV6A 4PODA 1F74A 4K7YA 4ZQOA 1TRDA 3PS7A 1OX5A 5CSSA 3CHVA 2W6RA 1YDVA 3N14A 3W2LA 4A2SA 1KLZA 3W7QA 3E12A 2A0NA 3W75A 4JXCA 2CU0A 1SFLA 1SW7A 1O94A 3WK2A 3ABRA 1QFEA 3A5VA 5CZ0A 4KKXA 1JR1A 3I65A 3T7VA 1OF6A 4K6AA 4YXGA 3GAKA 1G4SA 1OABA 2QCGA 4JICA 4PTNA 3VI2A 4A21A 2YCEA 4LY8A 5K9DA 1RVGA 3W1PA 4WUIA 5I3JA 2FJKA 2A4AA 2EF9A 1ZFJA 3G3MA 3F1QA 2GQ8A 2C16A 1TPUA 1ZHAA 1GWJA 3HIJA 5G2HA 3QEZA 2CZDA 3N73A 3U6WA 4ORIA 3S5YA 3STFA 4GUHA 2HSAA 2HMCA 3RLVA 4PEKA 1W5MA 3F4WA 4TMBA 2V5LA 3AJXA 5FF7A 1Z42A 4UTTA 1KM4A 2VFEA 3LTSA 3NQFA 2V2DA 1FCUA 4O54A 4X9SA 4XQ6A 3JR2A 4P61A 1YXDA 3QFEA 1IF2A 3HG3A 4GXMA 3NZ1A 1C9DA 1JVNA 4OV9A 3O63A 1YTDA 3W1AA 4NX0A 4QSHA 3BG3A 3QW4B 4YCPA 1TTQA 4ADUA 1KM0A 3U8GA 1EB3A 5HWMA 3L5MA 3KRZA 2ZA1A 2VFGA 1P0NA 4RX0A 4LC6A 1X7FA 4FNUA 1GVOA 4U4MA 2XN0A 4N4QA 5TIMA 3LRLA 3TK7A 2G96A 1I45A 3MMTA 3S5ZA 4UFLA 2ZFAA 4NZJA 2R91A 5HR7A 1LOSA 1XI3A 3VE7A 4JTHA 2ZQ0A 1QNVA 1E51A 5DCEA 1G6CA 4ADSA 2C15A 4E2DA 4FX7A 1OYCA 2NXGA 3W1MA 3W7LA 4QM1A 5J5RA 3P84A 1BWLA 2WSRA 1FQ0A 4YLWA 4HPXA 1EUNA 3NQMA 3THQA 4AEOA 3WK0A 2C6QA 3CQ0A 4BK9A 1XL9A 4Y90A 1ICQA 1SO4A 5K2ZA 2Y7EA 1FX6A 4RCXA 3GDKA 5U4NA 1XUZA 1BKSA 2C19A 3NVTA 2GJLA 4N6FA 4Z1CA 2JKEA 5A5WA 4O14A 3CWNA 4O15A 3DZ1A 5FESA 4X3ZA 3EWWA 3O16A 2CLMA 1NF0A 1FUYA 3B05A 5BRBA 3P60A 1U83A 1TV8A 1KM1A 2A5HA 4N4PA 3S1XA 3FIGA 2CLKA 1QWGA 2B7OA 1EWEA 2A6NA 3HF3A 1WBJA 1RQEA 2YYTA 1KFKA 4PFMA 4N02A 3TSDA 5CPLA 2ZZ1A 3DFNA 4DO6A 3P5YA 3TNOA 4QNEA 1GPWA 3KVLA 2FLIA 3E9AA 3WJZA 2Y7DA 3LHVA 3W2MA 4XZ9A 2QCLA 1NSJA 3QPYA 5EYWA 3GXNA 1PS9A 1FXPA 3KRSA 1ONRA 2QJGA 1YADA 1GEQA 1JULA 4IX0A 2X30A 4QISA 3TC7A 5KINA 2J27A 5K9XA 4UFMA 4UFKA 4DXVA 3P67A 2JKPA 3EWZA 1TPC1 2GVGA 1XBZA 2V2HA 1LOQA 3LBMA 1H1ZA 4HSNA 4TX9A 3UZ5A 3LRMA 3DENA 4FIQA 3BLFA 3SGZA 4O16A 3PB2A 3MHUA 1H7RA 2PRHA 4XBKA 2VOMA 2AGKA 4UUIA 1AMKA 3O8AA 3PWAA 4FX8A 4FO4A 4M7TA 4ZQMA 1TPDA 4OQVA 5F1UA 4EF9A 3ELFA 3C61A 2QAPA 3N9SA 3P80A 1JCNA 2YW3A 1H50A 5HUOA 3P74A 1T0OA 2ZDRA 1F6KA 1A53A 3B03A 4WX2A 3G1YA 4IMGA 1O5KA 3N2MA 2NX3A 4NNCA 3MO7A 5D2YA 1MEWA 2HS8A 3NO5A 3W3OA 4LRTA 1JUKA 2A7NA 3KRUA 1J5TA 4OE7A 5KZDA 1XXXA 4NJIA 5G1TA 4QJ1A 3S9YA 2WV8A 3MHGA 3FJLA 2ISVA 3QSTA 5E93A 4ZVJA 1F2JA 3W1TA 1PCWA 3B0PA 2JGYA 3M5XA 2XN1A 3DFPA 1B4EA 2VELA 4O57A 3SIZA 2H8ZA 4LVGA 5I3GA 2HS6A 2ZRXA 1A5BA 4MY9A 2ZBTA 2CZFA 3TX9A 4NXSA 1MSSA 2AQWA 4NJGA 2JK2A 4K8HA 1KM2A 2YYUA 3MW7A 2R8WA 2YXGA 1TPH1 3BG9A 4JY9A 1M7PA 3LM7A 2E5BA 1S3HA 4UFJA 1TMHA 1NF7A 4O1CA 1DOSA 3L5LA 3G8EA 4AWSA 1KM6A 6TIMA 4Z1DA 4UFHA 1YTEA 3EXRA 2W0UA 4PC8A 2ZRZA 4X22A 4N9BA 1KW1A 1QPNA 1IXOA 4C1KA 1OX4A 5D38A 2VKZG 1H1YA 4MZ1A 1SQ7A 4K36A 2V2CA 2CLHA 3BW3A 2J24A 5DY2A 5HWNA 3GVGA 4MFEA 3LCGA 3NQCA 4ZQCA 4NZFA 2ZRUA 1QOPA 3ZWSA 4EIVA 3G0XA 4MUZA 1H62A 1XUUA 5FF2A 1UUMA 5HUPA 2NV1A 4IXXA 3C3NA 4O0ZA 3P82A 1G7UA 3G18A 5BMWA 3QW3A 5U7SA 4L4LA 3LCWA 4CCCA 2J88A 5LGXA 4UTWC 2E6AA 3G1FA 4UTJA 3THAA 1LOLA 3G24A 1N8FA 3STEA 3O07A 3L2IA 1LBFA 5BMXA 1G69A 3L68A 1VZWA 2GVLA 3DFQA 1XKYA 4HSOA 1VLWA 1YTKA 4M5PA 3S5OA 1EP2A 2QJHA 1FCBA 2FQIA 2Y88A 1SW3A 3MP5A 3GZ3A 4N9DA 1DJQA 1VR6A 3H53A 5GVJA 3I7QA 3B8DA 3EX1A 1K3UA 1O60A 2WPBA 2J9YA 4IQLA 1PL9A 2QCDB 1TV5A 3QQ0A 3FEMA 1LBLA 2RFGA 3M6YA 2NUXA 4EF8A 2X2GA 3EKLA 3S6DA 1GYNA 3LHYA 1DHPA 4YL2A 3NXFA 2A2IA 1IGSA 1H51A 3QSRA 2ZZ2A 3C0JA 3VCRA 5CGQA 3EXTA 1D3HA 3A23A 2E77A 1SZFA 3SZ8A 4O12A 2E6YA 4BI6A 2JKAA 3PSVA 2PC4A 2ISWA 1T99A 2H90A 3R5EA 2QUVA 2Y7FA 3DU0A 5D37A 4L4MA 2ABBA 3OEXA 3R2GA 3E02A 1TRIA 3EX6A 3IVTA 1O5XA 3FKRA 2A7RA 2V30A 2O7QA 4Q4KA 3UZJA 1DORA 2W79A 1QPQA 1AG1O 2FB2A 1LRTA 3M44A 3MP3A 2FPYA 2GOUA 3C8FA 3BVJA 3NAVA 4JNMA 2ISSA 3EKZA 3SY5A 3VFLA 1AW5A 3NL6A 5LKYA 5IBXA 4JTKA 1ZJIA 1TPVA 4M6VA 2VEMA 2YX0A 4JYEA 1KFCA 3IGXA 3STCA 2B0MA 4KWWA 3LCLA 1BEUA 4ZZ9A 1W54A 4HT3A 1WQ5A 1TYGA 4XKYA 3O6DA 3DI1A 4K37A 2Z6JA 4OV4A 5D2WA 1VYSX 1AK5A 4LNYA 2TMDA 3T55A 4JY8A 3I6RA 1GVSA 4QNWA 3W7EA 3W70A 2ZTJA 5G1YA 4NUWA 3NOEA 4A2RA 2G5WA 1V5XA 2E5DA 1UBSA 5G5IA 3W6YA 1I4NA 1X1ZA 3WFAA 3W73A 3W85A 3BW4A 1I8JA 2BTMA 2YFOA 2UV8G 4R7JA 2VFIA 1HO1A 3CT7A 2YPIA 3GNDA 3O1NA 2XN2A 2TPSA 1L6WA 2FFCA 3OHIA 3W7RA 1PV8A 3A21A 1W8SA 1WV2A 5BW6A 5D2TA 3HO8A 3QMTA 4M6QA 4DPPA 1UCWA 2EHHA 3B0UX 1ZNNA 4GFSA 3NPXA 5EMUA 2NX1A 3NDOA 2H3DA 2ZCGA 4QQ3A 1GTHA 3FLUA 1KTCA 3OBKA 1VCFA 4UNLA 3KVJA 2BWGA 5LZLA 3UWZA 1XDLA 4ORMA 3L0KA 1MEIA 1OG0A 3KOFA 2Z2UA 3TH6A 2X1SA 1K8YA 5EL1A 1PIIA 1ZAJA 4IMFA 3U2OA 3S1UA 1CX9A 1OYAA 2ATSA 3GXTA 5FF3A 3RNDA 1VYRA 3W7KA 4S1FA 2I1OA 3CC1A 4O52A 3QMRA 4MJZA 4BI7A 1YXCA 2C1HA 2NWSA 5D32A 4UTTC 4MPQA 1S5TA 1O95A 3O15A 3PR2A 1GT8A 3DFOA 3EX4A 1OHLA 3OIXA 4HPJA 1XM3A 2Q3OA 3VE9A 3FYPA 4MFDA 3QRHA 1EX5A 1JQXA 1JCMP 3DHFA 3EX3A 2B7QA 2WNZA 1KTNA 1VPXA 1N7KA 2GQ9A 3EWBX 1FY6A 3HGOA 3GK0A 3WJWA 1UJPA 3NA8A 1C29A 4DPQA 2VEKA 3C2EA 4AMAA 2FDSA 4BWLA 3S1WA 4O11A 3W2KA 2CW6A 3BLIA 3F4NA 1DVJA 3P5ZA 3W1NA 2NUYA 1I2PA 5LNVA 1KFJA 2V82A 2Y6ZA 3FKKA 4LUIA 3TA6A 4N2YA 1P0KA 3M43A 4GC4A 4JTLA 1Z44A 4O10A 4IGHA 2NX9A 3PG8A 4O0KA 2Z6IA 3UWVA 2GUUA 3W7JA 1EWDA 3GDRA 2NV2A 2FB3A 4O1DA 4I7VA 4MZ8A 1IIGA 1W5QA 2CLEA 4HNUA 3W84A 4D2JA 1UASA 3RFAA 2A6LA 1OFEA 2GPTA 3NL2A 2V8ZA 4HNVA 3UPBA 1JCJA 2Y85A 2A21A 1K7XA 3SECA 4TU1A 3W1XA 4JGDA 1OFOA 1G67A 1S5VA 1CI1A 1SFJA 5D02A 3HG2A 1AL8A 1W31A 3LOTA 3G8RA 4NJJA 3NYZA 4NJKA 5AHNA 1JRBA 2DORA 3B4UA 2J6XA 3BARA 4BR1A 4O28A 5F2LA 4CQ8A 1SR9A 3HJZA 1FDZA 4CNOA 3TQVA 2B7PA 4FX6M 1H5YA 2DZPA 3G1XA 3W86A 1OVDA 3N3MA 4AWTA 3LXCA 1ZCOA 5TBOA 2NZLA 2ZRVA 3KAOA 2QCNA 2Y61A 3TSBA 4O19A 1JJKA 3Q58A 5DBTA 2Y7GA 3V1PA 2VENA 3USBA 1JUBA 1GQNA 1J2WA 3QPZA 2NXHA 3Q2DA 3HG4A 3MJYA 3G3DA 3T44A 1U5JA 3HMJG 1Q6QA 1EUAA 5AHIA 3PC0A 3UQNA 4RV8A 3STGA 2ZZ3A 4MZYA 4DEFA 1GVFA 1L9WA 5F4SA 4EOUA 5AC7A 3H55A 2NUWA 4LV4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HGSA

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