3HGS | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	376
structure length	368
Chain Sequence	NPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRYVAYGQEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of substrate specificity of plant 12-oxophytodienoate reductases. pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Solanum lycopersicum
molecule keywords	12-oxophytodienoate reductase 3
total genus	134
structure length	368
sequence length	376
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date	2009-05-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hgsA00

4ZVJA 3SGZA 1NSJA 2DZTA 4BFAA 3W7HA 1FBAA 1UB3A 3GVGA 1DQXA 4IQLA 1VLIA 2JBMA 2BLEA 1LLWA 3V75A 2V8ZA 3W88A 2AQWA 5CSRA 4K38A 3IIOA 3S1WA 3GNDA 2QDGA 4TX9A 3TNOA 3LTYA 4BK9A 5HUOA 2QCLA 5AN7A 4LUJA 3KRZA 1VC4A 1KW1A 3C2EA 2B0MA 2WKJA 1SQ7A 2ZZ5A 3N19B 3GR7A 3W7JA 4LC6A 1EA0A 3HBLA 3V1PA 1OFEA 1VPXA 2CLMA 2I14A 4AXKA 4MUZA 3G0UA 3HPSA 3P5ZA 2Y63A 4JD4A 5E1QA 4LU0A 3QPZA 3SECA 2R14A 2WSRA 2WPBA 3G1YA 1NFBA 1B9BA 4PTNA 4UFLA 2QKFA 3PSWA 3CPRA 4A2SA 3NPUA 4AMAA 1JUEA 4WD0A 3DFTA 4NZJA 3W71A 3P81A 5AHIA 2Q8ZA 2F7FA 1SUXA 4LVAA 5BMXA 5FF3A 2ALDA 1YDVA 4JTLA 3BPWA 1H5YA 1HG3A 2V30A 1YADA 3T4CA 1JULA 3ATYA 1DOSA 1TPDA 3NPXA 2C0AA 5D2WA 3NQEA 3THQA 2RDUA 3QC3A 2DJXA 4R33A 3CWOX 1GYLA 1SZFA 2QUTA 3IRDA 4LNYA 1JRCA 4O11A 4NZFA 4Q33A 1OFAA 1WOBA 3NM3A 3MP3A 3L66A 3UWYA 3A23A 3L5LA 3W9ZA 3T44A 3P82A 4NJIA 4PA8A 1PL9A 4AB4A 1Q45A 4Y6GA 4NJHA 4O1BA 5CZSA 2Y70A 3C2RA 4H4IA 1LDCA 3BGJA 5K4ZA 2ZA3A 1FXPA 3S0CA 1R47A 2H8ZA 4UMBA 1KA9F 1WV2A 1VGAA 2FPTA 3GDTA 4HNUA 2BXVA 3W7RA 4H6KA 4UFIA 2ZZ1A 4U28A 2ZCGA 2B7PA 4JTSA 3TK7A 2J24A 1WBJA 1QFEA 2OCZA 1VLWA 2WJZA 1PCKA 3W1LA 4J9JA 1TQXA 1IF2A 1JUKA 1KTCA 4CQ9A 1OX4A 4ZZ9A 4UTUA 3TU9A 2NUYA 3GKFA 1L6SA 1K03A 5J5DA 3CWNA 5ABTA 3LHZA 5DELA 3N3MA 2G5WA 1RZMA 4AF0A 3KVLA 4XTIA 2TSYA 3SIZA 4BI7A 5LNWA 3GDLA 3DFOA 4K7VA 4ZQNA 1Q6OA 1ICSA 3RK8A 5K4XA 4Q4KA 3NZRA 2VFIA 2ISSA 4DO6A 4ICNA 3QRHA 3G0XA 3KOFA 4HNTA 2CLFA 1KLZA 1JCMP 3GXTA 3NA8A 3E9AA 2NWSA 3DFPA 5D32A 3TSBA 3VFLA 3DBPA 2G97A 2QJGA 2YXGA 5D04C 4AWSA 3HMJG 3FYPA 3DZ1A 1EUNA 1H7PA 1V5XA 2WQPA 3P62A 4K6AA 1O60A 1KM6A 5EA9A 3O15A 4FNQA 4DPPA 4EF8A 4Z0JA 1OYBA 4MLJA 1K7EA 3C56A 4JY9A 2Y7GA 1GVRA 3HG3A 3UWZA 4UTTA 5F2GA 3S1UA 5EY5A 2CFFA 3JRKA 3M9YA 4K8HA 1MSSA 1KM5A 3M5YA 1WDWA 2TPSA 1RQEA 1XBYA 3W7KA 2PC4A 2ISWA 2Y85A 3OBKA 3NL6A 2ZDRA 3RFAA 2WNNA 3C0JA 3W1XA 5DCBA 2QJIA 5TBOA 2X16A 2NXHA 4TMCA 1PIIA 3GDKA 3W7LA 1SZEA 1G4EA 1KV5A 1ADOA 5C6MA 3TW6A 4RXGA 2CZDA 3GX9A 3DFNA 1FY6A 3P80A 4KWVA 5TQLA 2WV8A 5FF0A 4Q32A 3A5VA 1U83A 2YCEA 1KFLA 1THFD 5D30A 3W7OA 5G5IA 3M1ZA 3G22A 3TC7A 3N34A 2I1OA 3NQ7A 5FF4A 1UUMA 4JIQA 3LV5A 3GYEA 3NQDA 4O0ZA 1DJNA 5AC7A 3PUDA 3W7MA 2H6RA 3W2MA 1PHQA 4QM1A 1JQXA 5HINA 1QPNA 2VENA 4A2RA 4UXDA 2QJHA 5G2HA 3QW3A 3GNNA 4RJEA 3W7QA 1RD5A 2EKCA 1HL2A 2X2GA 1O4UA 3I7QA 1YXDA 2NUWA 3GDRA 4QSHA 2CZFA 3B04A 3BLEA 2IQTA 1B4EA 5E93A 5CKSA 5F1VA 3LERA 5HWJA 3CIXA 5H2ZA 5DCEA 3UWUA 3TX9A 1E51A 1I2QA 2OZ0A 3NQMA 5L6UA 2HS8A 4E2BA 1A5BA 3EX1A 4UMCA 2V81A 2BZNA 1KFEA 2WSYA 3G0SA 2G95A 3MI2A 4TIMA 1DV7A 1YPIA 2C1HA 4OBTA 4OGZA 4UCGA 4CQ8A 1YLVA 1QAPA 2XN0A 4WXZA 5LGXA 1ML1A 4Y9AA 3EXSA 2C15A 5K9XA 3JS3A 3NPWA 2QCFA 4UFHA 3SW6A 4OU1A 4XUGA 3F4WA 3Q94A 3I6RA 4O54A 2J88A 5KZDA 2QCCA 3N2MA 3TXVA 4FB7A 4O17A 4IJBA 3WJSA 1S5TA 2E6YA 4FNTA 2YFNA 3LRLA 2V5BA 2W79A 1KM3A 3MJYA 4C1LA 5HUPA 3CC1A 3ZS4A 1TTPA 4JY8A 3W1PA 4DPQA 1W1ZA 2R91A 4O4WA 3MI6A 4UR7A 3C2OA 3KHJA 4MFDA 3MP5A 3W83A 1ZY9A 4LTSA 5D2TA 4ALDA 2Z6JA 3BG9A 5DY2A 1LP6A 3O6DA 4G1KA 2VOMA 3HF3A 1NAL1 8TIMA 4JGDA 3OEXA 1LLZA 1D3HA 2RHGA 4GUIA 4MY1A 4JNMA 1SSDA 6TIMA 1OHLA 3UNDA 3BG5A 3PUEA 4NXKA 1UUOA 3DKLA 3ANYA 3TJXA 1MEHA 1OJXA 4PODA 2VFEA 3O07A 1KM1A 2P0OA 4RK8A 4GJ1A 2PRLA 1AG1O 1H61A 4YCOA 5I3HA 1VH7A 1R2TA 3BG3A 3QH2A 1BKSA 3MP4A 4D2JA 4Z1AA 3A21A 1KM0A 1S3HA 4LRSA 3W7DA 1TPB1 1W3NA 5HR7A 3TROA 3TFCA 3SSJA 4IWWA 2JK2A 2ATMA 3S1VA 3JR2A 3DFQA 3TQKA 5KMYA 5G1TA 4FX6M 2VC6A 1Z41A 3ATZA 3PF3A 1JVNA 3FKRA 3UY8A 1TQJA 3R5EA 1TTQA 1OF8A 4CNNA 1ZALA 3H55A 1G69A 4WXYA 4O1CA 2Y6ZA 4IPIA 4YXGA 5FF7A 1WXJA 2ZFAA 2FIQA 3KAOA 1G4SA 3Q37A 1YDNA 3HGSA 4Y90A 3TUUA 4OWGA 2A85A 1LOQA 2OJPA 2GVGA 4ORMA 5DLCA 1SSGA 2ZZ2A 2GQAA 1YYAA 5AHNA 3TKFA 2Y7DA 1H63A 4HPXA 4JX4A 2WO5A 2HTMA 2OMAA 1XCFA 2H3DA 1GYNA 1HO4A 4I7UA 4A22A 1F2JA 4TO8A 3EKZA 1GZGA 3CIWA 4U4MA 1VCVA 2ZYFA 2ZZ4A 2Z0IA 3EWXA 2GVJA 1AK5A 4O8RA 4O13A 3M16A 2NXIA 3TSMA 5AB3A 4O14A 2XN1A 2QDHA 3H53A 1AW5A 4MZYA 4O10A 3S5YA 1OYCA 1W3TA 3NQGA 2JGYA 4X2RA 3TJLA 2GVLA 4A29A 3WFAA 2X30A 3CHVA 4P61A 5HQEA 5I3JA 1G7VA 3TCEA 5HWMA 2GJLA 3LXCA 4JTHA 4CQAA 1OVDA 3BW4A 4RKAA 3UZJA 1U5JA 4LRTA 3VE9A 4R34A 3H54A 3LTPA 2R8WA 3G1SA 4EF9A 3W70A 4Y8FA 3P60A 5G2IA 2Q3RA 4EOUA 4MY8A 2R94A 5AHFA 4YLWA 3C3NA 3NEVA 4GUJA 1GWJA 1J2WA 3NAVA 4FX8A 3P8IA 4N9DA 1XM3A 1Q3NA 3NQ8A 4KKXA 1KBJA 4DF1A 3FS2A 4DO4A 3HB9A 4HHPA 5DXYA 5F1UA 3R89A 1VCFA 3CT7A 3T7VA 3CU2A 1AL7A 2A2IA 1T99A 2QCDB 1BTMA 3ELFA 1O5KA 3KX6A 2QR6A 4N9EA 3MWAA 3QMRA 4FF7A 4BR1A 2QCMA 3NQ2A 3P8JA 5LGZA 5HJLA 3UXDA 3NM1A 1F6PA 4LWWA 3UPBA 3EWUA 4GUGA 3MI3A 3LCIA 3QPYA 5G4WA 1A5AA 3C2FA 1JR1A 4JDYA 2V2CA 4I7WA 3W1MA 1TREA 1W5MA 2BSLA 1MZHA 1F73A 2O7SA 2YYTA 3LBMA 3KRSA 4UTTC 2GJNA 4TR9A 5F2LA 3BLIA 2FPYA 4JYEA 1QWGA 1FCQA 2NZLA 3AJXA 3L2IA 4XKYA 3E96A 1FXQA 1I8JA 4JTTA 4YCPA 4N6EA 1S5VA 3LCFA 4DELA 4MOZA 5C5YA 3CEPA 1DORA 3ZR4A 3OA3A 1SW7A 2DZWA 1TPUA 2BTMA 1LOSA 3GZ3A 5AC6A 2VFDA 2NX1A 2FB2A 3B8DA 4FXSA 5D37A 1ZAJA 4Z1CA 5CPNA 1KM2A 5J5RA 4E0CA 4NNAA 2DZXA 3IIPA 4P2VA 2A6LA 3LB0A 1F5ZA 4XBKA 1SO5A 1QMLA 4IGHA 4FXRA 4HN4A 4UR8A 1LZOA 2ZA2A 3LHVA 3QSTA 4W9TA 2DU2A 3PULA 4N02A 3TC6A 2V2HA 1HFBA 4K36A 1O95A 3I65A 4QITA 2QAFA 3NL2A 4ZQCA 1H7NA 1P0NA 2NXGA 4PC8A 3TW7A 1FDYA 5D09A 2P1FA 1H7XA 3EB2A 1TTJA 1JCJA 4DO5A 1J5TA 1GT8A 2YFOA 1IXQA 1SW3A 2FTPA 3ABSA 3BGGA 3LCLA 5AFDA 3MUXA 2FPVA 1GPWA 2EGZA 3PM6A 3G24A 3QQ0A 3IVTA 4GNJA 4PL1A 1O5XA 3PSVA 1JCXA 2YX0A 3F4NA 4UIOA 3ZWTA 4ADUA 1K8YA 3W1UA 3BARA 1H7RA 5G2WA 2WOQA 3K30A 3G1AA 3M5VA 1XDMA 3W73A 3RMJA 3AO0A 4X22A 3INPA 3IGSA 2V0TA 4JIPA 5AHEA 4K7YA 1PVNA 1OFQA 3MO7A 3DH7A 3IIXA 4RR4A 1L6WA 3MMTA 2E1DA 4LY8A 1JJKA 4TMBA 2A21A 4JTUA 3M6YA 1ZHAA 4HIBA 1TV7A 5BOOA 3SY5A 1W5QA 2Z1BA 1QCWA 3WJWA 3LOTA 1OX4B 3CQ0A 3LHYA 3M7WA 2Z6IA 3NOEA 4O18A 1AMKA 3HGJA 1WYIA 3UD6A 3UPWA 3O16A 1ME7A 3LCWA 4FIQA 5CPOA 4R53A 5KTLA 3S1XA 3CM4A 1LBFA 3ABOA 1W54A 3THAA 4AF0B 3USBA 3ZFHA 1YPFA 4OT7A 5I3KA 1ZCOA 3LBCA 1BWLA 5KINA 4EIVA 4JTKA 3TR2A 3FA5A 3C8FA 4QISA 3MHGA 3B05A 1K7FA 3GIYA 1WA3A 3QEZA 3PBUA 1EEPA 1K8ZA 2E6AA 2TMDA 1J4EA 4IMFA 1HTIA 2E5DA 1I4NA 4KFPA 3QFEA 1TJPA 4CCCA 4JTJA 2QUUA 4X3ZA 1G67A 2Y7FA 3PBWA 3O6YX 1QOPA 2QCHA 4B5NA 3WJXA 1W0MA 5FF2A 1H50A 5EPDA 1OFPA 1T0OA 2YW4A 4MVAA 3EX6A 4KFOA 3S5NA 3WK2A 4HNNA 5D2YA 5LNUA 4M5PA 1G6CA 1TV8A 4LT9A 4MZ8A 3ABRA 4AAJA 3EWZA 4NT0A 3F03K 1GTEA 3LHTA 3O06A 4O12A 1GVFA 1K3UA 4NX5A 4BI5A 3L5AA 3DXIA 3W72A 3PY2A 3EX2A 3KRUA 1QO2A 1JUBA 4WOZA 3MYOA 4ZQMA 3W1RA 4UFMA 4UTKA 1AW1A 3A24A 3NZ1A 1OFRA 4UNKA 4Y96A 4L4LA 2FDSA 3R13A 1P4CA 4JDBA 3O8AA 5LNRA 1GTHA 1YTKA 3PS7A 3UWVA 2G96A 1F6KA 1UJPA 4UTWA 2Q8LA 5AHLA 4YMZA 4UTMA 3S5OA 1KFBA 5BW6A 3WK0A 3TDFA 2A6NA 4CNPA 1YXCA 2C19A 1Q6LA 1CX9A 1M7OA 1EPXA 4S2CA 1GOXA 2H3BA 1R2RA 2CLEA 1BWKA 4N9CA 3N2XA 1JCLA 5A8GA 5C54A 4JYDA 4ZQPA 1N8FA 3C6CA 2JKPA 2EHHA 1OABA 3FJLA 4Z1DA 3OVPA 3CTLA 3LHUA 4K37A 3STGA 3W3OA 3GXNA 1LORA 5U7SA 4FO4A 1SPQA 3DAQA 4XTDA 4NX0A 1M5WA 2VEPA 3EWWA 1DVJA 1TPVA 3PUOA 1FWSA 1A50A 3GKAA 3VNDA 1R2SA 1PS9A 3W2KA 1SR9A 1SO6A 1V7YA 1H1YA 1DL3A 2YYUA 4JEQA 3SFKA 3T55A 3TIMA 4RX0A 1UASA 1A53A 1TB3A 2QEZA 2NV1A 3P67A 1S5WA 1XBXA 4GWEA 2FLIA 3LLFA 3O1NA 4IMGA 3EXRA 1C9DA 4FHAA 3W23A 1WQ5A 1VS1A 2Y88A 4O1AA 1OK4A 3OVQA 1UCWA 4LV4A 3A22A 3NQAA 2QF7A 2YSWA 5HMSA 2E68A 1R30A 5IBXA 3N9RA 4QJ1A 1ZNNA 4MLRA 2DJLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3HGSA

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