3HGS | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	376
structure length	368
Chain Sequence	NPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPRYVAYGQEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of substrate specificity of plant 12-oxophytodienoate reductases. pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Solanum lycopersicum
molecule keywords	12-oxophytodienoate reductase 3
total genus	134
structure length	368
sequence length	376
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date	2009-05-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hgsA00

3EB2A 3DBPA 1T96A 3EX1A 1GG1A 3S1UA 2W79A 1IXNA 1OFPA 5F2MA 2NX9A 3MHFA 3T40A 1IXOA 1YXCA 3TXVA 1S3HA 5FESA 1W0MA 4RCXA 2YZRA 3NL2A 4IPIA 4IX2A 3W9ZA 2QCNA 3GX9A 2OCZA 5AC8A 3L0NA 1B9BA 4M6VA 1KTBA 3W70A 3WJYA 4RZ6A 3P8JA 2J9ZA 3NOEA 1EB3A 2QF7A 3G1SA 1I8JA 2E1DA 1AMKA 3LCWA 2JKAA 3O8AA 3UZJA 5LNVA 3PM6A 3TCEA 1TTJA 1FXQA 3UYCA 4FF7A 2ZRYA 3QMSA 1NF0A 3TQVA 1H61A 5G5IA 3GDLA 3DFPA 5KZMA 3HG2A 3M47A 4O1DA 1UUOA 1FQ0A 5DELA 3GR7A 4ONVA 2ZRZA 2FTPA 5LKYA 3DXIA 3O6YX 3TC7A 1GVOA 4O1BA 5KTLA 4FIQA 4DPQA 2AAMA 3GDMA 3SIZA 1Z42A 3R89A 4JYFA 3LTSA 3E9AA 4JIQA 4UIOA 3W87A 2QAFA 4I9AA 1J2WA 4JTGA 3C2RA 1G67A 3NGJA 3OVPA 3EKLA 1GYLA 3WFAA 1LLWA 1TMHA 1OFAA 1ZCOA 3M6YA 4JS3A 4IMFA 3P80A 2CLLA 5EY5A 2E68A 4LWWA 5FEPA 1KM6A 1VH7A 3RLVA 3QW3A 4XBSA 3G1DA 1FCQA 1VCGA 1H1ZA 4Y90A 3A9IA 2WPBA 3QF0A 3VCRA 2RDUA 4WZHA 2DZTA 3GNNA 5EA9A 5EL1A 4JX5A 4D2JA 5DN1A 4UNLA 4A22A 3W7LA 1TPFA 3M43A 2X30A 2XN1A 1AW5A 3O06A 1ME8A 3QPZA 5HUPA 1YXDA 2CLIA 2Z2UA 3ZR4A 4FIRA 3M5XA 2G5WA 5L9FA 4QM1A 4MZ8A 5AHLA 3C0JA 1ICPA 1FDYA 5LNSA 3SZ8A 4TR9A 4NXKA 3LHTA 1K03A 1VC4A 2Y89A 3D0CA 1FY6A 3GIYA 4OV9A 3TSBA 1QMLA 2CW6A 2VXNA 4AWTA 2FDSA 4ZZ9A 3TE9A 1A5CA 3S8HA 3LRLA 4K7VA 4FX6M 1VLWA 3N14A 3W1NA 4AWUA 3U6WA 5DCBA 2DZWA 3W7KA 1P0NA 3LDVA 1WA3A 2QKFA 5SWUA 4GUHA 2H90A 1JUKA 4R53A 4DQWA 1MSSA 1KM4A 4DO4A 1JQVA 5CZJA 2YFNA 4AHQA 2UV8G 1H50A 3MBDA 4WY0B 1PE1A 5AOUA 4QSHA 5CPMA 1FCUA 1TB3A 3OVRA 5HWMA 1I4NA 4JTHA 3VNDA 3DFTA 5C5YA 3U8GA 5DLCA 3DHFA 2ZA1A 3PWAA 2B7PA 3P5ZA 4JD4A 2E6FA 4C1KA 4RX0A 4H4IA 1PCKA 3LB0A 3WJWA 2PRHA 5FF4A 5D32A 3WK1A 1K7FA 4ML9A 1GZGA 2ZZ6A 3QQ1A 4UFKA 4LY8A 3BV4A 1JCYA 3SR7A 1Z44A 2G97A 4A3UA 3W85A 1L6YA 3F1QA 1I45A 3MI2A 4Y9AA 1K7EA 1R2TA 3WK2A 4AB4A 4AAJA 3ELFA 1FWNA 1VS1A 1HO1A 1TRDA 4CNPA 4XZ9A 5EBUA 2Z0IA 2Z1BA 4XKYB 4JTTA 2V2DA 1W3TA 1RPXA 1PCWA 3BK0A 4O52A 4CCCA 3W7QA 1FWTA 3HG5A 1H7XA 2B7QA 5K9DA 3G18A 2BXVA 1J4EA 1YDOA 5HR6A 1O5XA 4TU1A 1F6PA 5LGZA 1GOXA 4N9DA 2ATSA 1VJIA 1DBTA 4DF1A 3FOKA 5G4EA 4JX4A 4PC8A 4JTKA 2ABBA 4ORIA 3MO7A 4HN4A 3L5AA 1QOQA 1EP1A 3P74A 3L0KA 4UTMA 1TPDA 3HBLA 4K8HA 3STCA 3S42A 1C8VA 2ZZ7A 1UCWA 2QCMA 2GQAA 1KLYA 3TR2A 2E6AA 2OMAA 2PC4A 3FS2A 4UFJA 1JR1A 3N34A 4ADTA 1F5ZA 1G6CA 4O19A 3MW7A 2EGZA 4NQ1A 2P10A 3FLUA 4LS1A 1QNVA 5FF3A 3W07A 3JRKA 1V7YA 3W7NA 3G1HA 3EWYA 2W0UA 2EHHA 3VE7A 4UTWC 3L21A 3S1WA 4N9BA 3STGA 3W7GA 3RMJA 3SGUA 1TPC1 3NNTA 4U4MA 1UBSA 1QDSA 2HSAA 1R2RA 2A7PA 4TMBA 2VENA 5CZTA 1GEQA 4WQ6A 3NPVA 5FI8A 1I2NA 4Q32A 1W54A 2VFEA 1EX5A 1QCWA 1DHPA 1H63A 1HFBA 1KTCA 4N9CA 7TIMA 3FJ6A 2ZCGA 5K3VA 2VFGA 1SW3A 3CLMA 1G4PA 1B4KA 4LRTA 5BMWA 3W1AA 1NAL1 4GBUA 1O4UA 2QCGA 3TNOA 4YXGA 1F73A 1LOSA 1EUNA 3DKJA 1A50A 1YADA 3LBCA 1I2OA 1SFLA 1OX6A 3GDRA 1TJRA 3HG3A 5E93A 4GNJA 3NPUA 3CM4A 3LXCA 1OX5A 2VKZG 5D09A 4N9EA 1EWDA 3ABQA 4O15A 3GXPA 3A21A 3M41A 2DZVA 3A5VA 3B4UA 1RZMA 3FJLA 3WJXA 4Z08A 1BTMA 1EPXA 2V0TA 2HS8A 4O1CA 3B04A 3CU2A 3NAVA 3E0IA 3L65A 1A5AA 3ABOA 2C1HA 2LLEA 4DBEA 4JDBA 1GVSA 4E2BA 1V5XA 3MUXA 5AFDA 1JCLA 1HTIA 1GWJA 2FLIA 4IUOA 1PHQA 1QPRA 4AF0B 1OF6A 5G1TA 1AL7A 2A7NA 1Q6LA 2V9DA 3M9YA 4DXVA 3STFA 3NA8A 5HJLA 2QCEA 3HPXA 2GJNA 3VFLA 2WV8A 5BOOA 4E38A 1UUMA 3LRMA 3PUDA 4MY1A 1VYSX 3O07A 4J9JA 5G4WA 5DBUA 3CC1A 1DORA 2W6RA 1LBFA 3W7HA 4GWEA 2ZRVA 1FWRA 4O13A 3F03K 3W7EA 1Y0EA 1CX9A 3W7PA 2Y6ZA 1N55A 2C15A 2YGYA 4GE8A 4MVAA 5CGQA 2R91A 4EIVA 1G4SA 5DCEA 1W5OA 3W1UA 1U83A 3W74A 2YDAA 4HSNA 4BK9A 1FCBA 4JEQA 5C54A 1TV8A 4JDYA 2YYTA 1OX4B 3N2MA 1HG3A 4WJEA 3KX6A 1NEYA 1TO3A 1WDWA 3HGOA 5IM51 2P1FA 1UJPA 1KTNA 5A8GA 1JUEA 4BWLA 4GFSA 2DZSA 1G4TA 2V81A 4JTFA 3PG9A 4Z1CA 3UWZA 4UFLA 2WNNA 1LYXA 3B0UX 2E5CA 1KFCA 2BSLA 1HO4A 1I2QA 1M7OA 4FNUA 3EWZA 3P5YA 4HNTA 5CKSA 1WYIA 2QCDB 5G2HA 5U7SA 3W88A 3TJXA 5CSRA 2CZ5A 2ZYFA 1U5JA 3LCHA 1XDLA 4QISA 1EP2A 2A0NA 3G22A 3LCIA 1W5MA 3G8EA 3HGSA 2ZZ5A 3UPBA 1OK6A 1Q3NA 3CIXA 4MZ1A 3JR2A 1O60A 4GJ1A 5D03A 3M44A 1QAPA 1QPQA 3EX3A 3HOJA 3TFXA 1TYGA 4LVDA 4Y96A 3LGEA 4IQLA 1SZGA 1ADOA 1KM0A 1TREA 4JICA 3MI6A 1G7VA 3MHGA 5AN7A 4NZFA 3SGZA 1R2SA 3B0VC 2J27A 2NLIA 1KFKA 4XQ6A 5LNUA 1LP6A 1SSGA 4XUGA 4JY9A 3INPA 2GOUA 5EPDA 2CLFA 3AJXA 1QO2A 3TW6A 1EIXA 5K7JA 2IQTA 2Z6JA 3G1AA 1XDMA 1OFOA 4LW7A 4LC8A 4PCFA 3OG3A 3G8RA 2D73A 1SFJA 5AB3A 1MZHA 1EWEA 4Q33A 2ZZ4A 2Y7EA 3RK8A 3EX4A 3W76A 2E5DA 4FO4A 1MO0A 1W3IA 5CZ0A 1W3NA 3IGUA 4XTDA 2Q3RA 3FKKA 3NQ7A 1KFEA 1LROA 2B0MA 4KKXA 4Z1DA 3EWUA 2G95A 2NUXA 1TSIA 3TU9A 3PUEA 2HMCA 1NF7A 3M0ZA 1S5WA 3QPYA 3ZS4A 3O6DA 1YLVA 1TV7A 3DI1A 3LHYA 3Q2DA 1GVQA 3BGJA 4UCGA 1ZAIA 4HIBA 2OT0A 2A6NA 2QCFA 3A22A 4O50A 4MY9A 4CLMA 4LUIA 2A1YA 4MIMA 4OT7A 2VEMA 3M5VA 2ZDRA 3W7OA 3G1XA 1K8YA 2WSQA 1ZAJA 3GB6A 4UFMA 3W7CA 1RV8A 1YYAA 3UY8A 2BWGA 3ANYA 4IXXA 1SZNA 1NVMA 4EF8A 4Z0SA 3IVUA 1FX6A 1GVRA 2V2CA 2RDTA 2BTMA 1OYCA 5D30A 1VQTA 1IXPA 1VCFA 3I65A 3HB9A 1KW1A 3UWWA 1IIGA 3B05A 2QEZA 5U4NA 1XCFA 3PSVA 3BW2A 2H8XA 1N8FA 5D37A 1JJKA 3TA6A 5FEZA 4UTWA 2Z6IA 1H7RA 6ALDA 2TSYA 2FQIA 2Y85A 2H8ZA 2FPVA 4UR7A 4RR4A 2ZTJA 5K9CA 1XI3A 3U2OA 4UTKA 3WJSA 4JTJA 2ZZ1A 3NQ6A 1OFQA 1K8XA 4EVZA 3WK0A 1FDJA 1SUXA 4KFOA 1T0OA 2PE4A 1JUBA 4ZQMA 3GDKA 3P60A 2QCHA 4PL2A 5AYYA 2B7OA 1UASA 1YTKA 4MJMA 1FXPA 4OV4A 3W1RA 4CQ8A 3CEPA 3CB8A 3T4CA 2C18A 3BG5A 5TIMA 2BX7A 4O57A 5FEWA 1AL8A 3PSWA 3C56A 2R8WA 1EP3A 1OK4A 5F4WA 3FEMA 4JYEA 2NUWA 4BWLC 3TH6A 1S5TA 2F84A 2RFGA 3HQ1A 3H54A 3PBWA 3CWNA 5FF2A 4O11A 4ZQNA 1IGSA 3S1VA 1F2JA 1TV5A 2YSWA 1GJPA 5HNRA 1QPNA 1NSJA 4NJGA 3DENA 3HGRA 2JK2A 4O14A 4E2DA 4FNRA 2DP3A 4QJ1A 4A29A 2VFDA 1ZALA 4GRSA 3NR0A 3TXZA 4U28A 4KWWA 4N6EA 3PVFA 1JQXA 1W1ZA 2CLOA 3NO5A 2TPSA 1R47A 4P61A 2Q8ZA 4NX5A 3TQ0A 2PURA 4HT3A 4RZ4A 5CZSA 1LLZA 2NXIA 3PF3A 2Q3OA 3DZ1A 3LRKA 1PV8A 4IMEA 3HIJA 3S9YA 2RHGA 4EF9A 3QRHA 4PEKA 3RFAA 4K36A 1I2PA 3Q94A 1Q6QA 3W1PA 1VRDA 1MEIA 1DKWA 3E49A 5EKYA 3NM3A 1H51A 3P67A 3BGGA 4RXFA 3W2UA 4M19A 1YXYA 4TO8A 4AHOA 1TPVA 1FUYA 4UTTA 1B4EA 1VR6A 2QDGA 2QR6A 3TUUA 1JCJA 1F76A 4LC6A 5D2XA 3PY2A 5FF7A 5E0KA 3NQEA 1RVGA 4ZQRA 3KVMA 3W1MA 3OHIA 1ZY9A 3SECA 3MMTA 3QM3A 1FDZA 1K8ZA 1OYBA 3L67A 2OZ0A 2VELA 1OFDA 1LZOA 2V2HA 3GYEA 5LHFA 3TV8A 1RD5A 4CCEA 4FNTA 1BWKA 1QR7A 1XUUA 2YPIA 4LU0A 4AMAA 1D3GA 3KFTA 3LHUA 1LOQA 1XM3A 3W3OA 2NXGA 1H1YA 1A5SA 3UQNA 4MUZA 4MLJA 1GG0A 1GYNA 2GUUA 2GJLA 1RQBA 3BG3A 3IGXA 1F7BA 1A5BA 4UTJA 3TROA 5AHFA 3YPIA 4RXGA 4FNPA 5DXXA 3CHVA 1CW2A 5MHBA 3N19B 4DF0A 2R94A 5IBXA 3NQAA 2PCQA 1DJQA 2TMDA 4PA8A 3PBYA 3OVQA 3W1TA 1C9DA 3O6CA 5AHEA 2V8ZA 3G24A 3I7RA 2FB3A 4O4VA 3C61A 3TC6A 4DEFA 2OX1A 3QC3A 4YMZA 4AWSA 1N7KA 3LBMA 4NJKA 3KXQA 4IWWA 3VKJA 3LI1A 2ZRXA 3KOFA 4FNQA 3PBVA 2ATMA 3IVSA 4MFEA 2C14A 2A6LA 3W7IA 2Y62A 4XKYA 3N9SA 2QAPA 2WKJA 1XUZA 1VCVA 2ZQ0A 1EA0A 2QJHA 3W71A 1W8SA 1TPWA 2WOQA 3IIXA 3EXTA 4BR1A 3CTLA 3OA3A 3MI3A 1TQJA 4ADUA 3THQA 4HPXA 1W5PA 2X16A 3T7VA 3GXTA 6TIMA 4ZQOA 3HPSA 5DXYA 3PC0A 1PVNA 4Y8FA 1HL2A 3F4NA 2A21A 5C55A 1KA9F 3N9RA 3QMTA 3UNDA 3PS7A 2Y61A 3S5OA 5L6UA 1ZHAA 3IIZA 3R2GA 4PODA 3W23A 2P0OA 4HNNA 1WXJA 3VI2A 4YL2A 4O4WA 5DY2A 3QEZA 2WSRA 3QQ0A 2H6RA 2VEIA 3A5FA 3LXAA 1LDCA 3IIOA 1BEUA 1Q45A 3TK7A 3G3MA 2FIQA 3TFCA 2VFFA 1VYPX 2WSYA 4UFIA 1WOAA 3G0SA 4MZYA 4A2SA 1T99A 1XXXA 4IX0A 4N2YA 3LERA 1H7WA 3EEGA 1FBAA 5G2IA 2ZBTA 4M6PA 1JCXA 1OABA 3M5ZA 1LRTA 1W37A 1VGAA 2R14A 5K9XA 2WNQA 3RU6A 4CQAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HGSA

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Chord Diagram

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