3HOJ | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	PRYLKGWLKDVVQLSLRRPSFRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAGYDRKSPSGLDVERDPIEYSKFMERYAVGLSITTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMADFIVKESQIDDAYNLGADTVALIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIKINDENDLDIALRIGARFIGIVSADWETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVAAFGISERNEIEELRKLGVNAFSIHSSLMRNPEKIKEFIL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5977718069639577__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5977718069639577__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3HOJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5977718069639577__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5977718069639577","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3HOJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5977718069639577__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff119f735248256420b0fe/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff119f735248256420b0fe/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff119f735248256420b0fe/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff119f735248256420b0fe/pdb.gz): 805 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Artificial gene
publication title	De Novo Computational Design of Retro-Aldol Enzymes pubmed doi rcsb
molecule keywords	RETROALDOLASE-22
total genus	85
structure length	247
sequence length	247
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2009-06-02

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3hojA00

2V82A 1HFBA 3S1UA 4LS0A 2NUYA 4OGZA 1W5MA 3MHGA 1FBAA 2JKAA 3M1ZA 1KM0A 3M5VA 1K7EA 1VJIA 1MZHA 3VCRA 2OZ0A 3TW6A 3W1XA 5HJLA 3DXIA 3EKLA 3JRKA 5I3JA 1WYIA 4IUOA 2R94A 4M6PA 2YYUA 3TIMA 1GG1A 1OHLA 2CZDA 1X6UA 3PR2A 3MI2A 1WOBA 4KWVA 3G1VA 4E0CA 5E1QA 4N2YA 5H91A 3UZJA 3W7KA 4N6EA 1XCFA 1T0OA 1PCKA 3G1HA 3NQ8A 4UFHA 3B4UA 4HNVA 1XUZA 1EWDA 1OX4A 1X1ZA 3BVJA 3C8FA 1H7RA 4UFIA 4QQ3A 1L6YA 4ADSA 5F4SA 3B0PA 5K4ZA 4UR8A 3S6DA 1F7BA 3PY2A 3SGUA 3O8AA 2QF7A 1RQEA 5A5WA 5BRBA 2QUVA 4O12A 3HQ1A 2YGYA 4LS2A 4L4LA 4LTSA 3P8IA 2A6LA 2YDAA 3MBFA 2WPBA 3OVQA 1LLZA 3UYCA 3EEGA 3TAKA 4O0KA 1LZOA 4R34A 3QRHA 3PB2A 3DFPA 5AC7A 5IBXA 1RPXA 1K8ZA 1M6JA 4LUIA 4ADTA 1I4NA 2F7FA 3QPZA 2VEKA 2CLMA 1YYAA 3M0ZA 5HWMA 4ZVJA 3ABSA 4JICA 1LTDA 2A6NA 1KV8A 2ZZ6A 1UASA 4PH6A 1F5ZA 1KFBA 3A23A 3O6CA 3SFKA 3KRUA 3P80A 3RF9A 2CLFA 5E93A 4O18A 4ZQOA 1F6PA 1IIHA 4K8EA 4JYDA 1KW1A 2ZZ7A 3NYZA 4HPXA 2NZLA 3NM1A 1LOQA 4PL1A 3MYOA 2XN1A 2WV8A 2DZVA 4MYAA 3L0KA 3TAOA 5FF2A 4EOUA 1WBJA 4DBDA 1FCQA 3HO8A 3O07A 3S0CA 1FWWA 3T44A 1TTJA 1ME8A 3M9YA 4QIUA 1H5YA 3RMJA 4O8RA 1FWNA 4GFSA 4MUZA 4NQ1A 3QMSA 4RCXA 3FIGA 3V75A 4LV4A 5BNKA 4K7YA 3QZEA 3DKLA 3H55A 3W1LA 1S3HA 2DJXA 3RNDA 2ISWA 1KM3A 3S1WA 2QCDA 4YWIA 1YXDA 1Q45A 1VPXA 4AHOA 3CT7A 2WNNA 1V7YA 4JTIA 1FXPA 4TO8A 3P81A 1EPXA 3KXQA 4JTUA 3KVMA 3L0NA 1T8XA 4JTJA 1YTKA 4BR1A 1TTIA 1FUYA 2DZPA 2YX0A 3INPA 2FTPA 3TFCA 2FIQA 1XBXA 3W7EA 4FNTA 3OA3A 4O14A 2UV8G 1I2PA 2R91A 1NF0A 5F2LA 2Z1BA 4FIRA 4XWUA 5D2TA 1W5QA 5F2MA 1PHWA 1R47A 4HIBA 4G1KA 4UTTC 2DP3A 1W3NA 1Q6OA 4JXCA 3HIJA 5D2XA 2VOMA 4AVFA 2X30A 4UIOA 1HG3A 4GUHA 1JCJA 1GWJA 5K9DA 1TV7A 3LTPA 1P0KA 1VRDA 3DHDA 3LI0A 3RFAA 1OFQA 1TPFA 3G1SA 4IMCA 4BWLA 3GAKA 1ME7A 3BLFA 3I7QA 3QEZA 2EPHA 1OG0A 1OX5A 5DLCA 2OCZA 5K9CA 5D32A 1F74A 3HPSA 3CWOX 3CIXA 3P5YA 4QISA 3NO5A 1NEYA 4XQ6A 3W1TA 1W0MA 4JTTA 1N55A 5AHMA 1HTIA 3P7YA 5E0KA 3B0UX 5DBTA 1DV7A 2A4AA 3G8RA 4BI6A 1LORA 2B7NA 4HHPA 1C8VA 1I2OA 4O4VA 4C1KA 4NVTA 1AG1O 4YL2A 2CLIA 5D04C 4J9JA 4OU1A 5LNVA 2WNZA 3DBPA 3IGSA 2ABAA 3TQ0A 3QM3A 3P82A 1G7VA 2QDHA 4Z1CA 2V2CA 4UCGA 1SO5A 2CZEA 4HKPA 4O0ZA 1VYPX 3W74A 4XTDA 1TPEA 3QPYA 3L66A 2J9YA 2RDTA 4XKYB 1VQTA 1G7UA 4N9CA 4HN4A 2GVLA 4Z1DA 4YXGA 3W6YA 3R13A 3TJLA 1VCGA 1JR1A 1VLIA 3CEUA 3W1AA 4MPQA 1QCWA 2EAWA 3USBA 1DORA 1AL7A 2QJIA 3H54A 1A50A 3MJYA 4LNYA 3I7SA 5MHBA 4QITA 4LVAA 3NR0A 1VH7A 3G0SA 4K36A 3TX9A 2J9XA 2X1RA 1TV8A 1VLWA 4JTFA 3CHVA 4K7VA 2HSAA 3LHWA 3P62A 4O13A 3GVGA 4LVFA 5HR7A 5G4EA 1OX4B 3QSTA 4DF1A 3UPWA 3A21A 3ZFHA 4S2CA 5EPDA 4GBUA 1OFDA 3G8EA 1JULA 4JTSA 5KSWA 1GYLA 3BG3A 3PS7A 2HS8A 4P2VA 3M47A 1BEUA 1O60A 4NU7A 3TQKA 4O1DA 2QCFA 3ABRA 3ABOA 4UNLA 4IQLA 3C56A 3T40A 5DBUA 4PC8A 4UC5A 3EX6A 4NT0A 3BGJA 3HGSA 2JGYA 4CCCA 3T78A 2J27A 2NXGA 3L5AA 4AEOA 3O6DA 2V30A 4IMDA 4YLWA 3KX6A 4RV8A 3TKFA 4AHQA 3L5LA 2FB3A 1UCWA 1W31A 1SFJA 4OE7A 1LLWA 1PCWA 1H7PA 3P5ZA 1THFD 3GXPA 3THQA 3C52A 1H7NA 1W8SA 4CCDA 5G4WA 2ZFAA 3MWAA 2BWGA 1Z41A 3DFSA 4AWSA 5EMUA 2HMCA 4WY0B 1OFAA 3C0JA 4BWLC 4EVZA 3TK7A 1FCUA 3EX1A 3UWZA 2ZZ1A 3NL2A 3BK0A 1AW1A 3NVTA 4FXRA 5HINA 4WY0F 2BSLA 3NL3A 1H7XA 1G67A 3C61A 5LGXA 1KM1A 3G1DA 3WK3A 2ZBTA 2BLEA 1QAPA 3LCLA 4XUGA 1DKWA 3DI1A 5G5IA 1FWTA 2PCQA 4Y9AA 3NNTA 4FNUA 1F73A 1MSSA 2P10A 3CIWA 3LCXA 1QPRA 4JN6A 2ZA2A 3C3NA 5G2HA 3OG3A 3CEPA 1R2SA 3HF3A 3L65A 3STCA 1DOSA 2NV2A 2E09A 4O4WA 5EL1A 4N4QA 4MY1A 2J6XA 4GJ1A 2CLHA 3W22A 3UXAA 1I2NA 3A9IA 1BWLA 4N9DA 3ATYA 2ABBA 5HWNA 1P5BA 4N6FA 1ML1A 3NM3A 1D3GA 4FX6M 3W76A 1GPWA 1VYSX 2FDSA 2QCDB 1TPUA 1RVGA 3NEVA 3EXTA 3SI9A 5AHNA 5D2VA 4FX8A 4IOTA 4TR9A 3MUXA 4Z1AA 1FCBA 4JYFA 2C1HA 1G69A 2QKFA 1YLVA 3GAYA 3L2IA 3TXZA 5IM51 4LWWA 4JX4A 3RK8A 4UTWC 2ATSA 4JNMA 1MEHA 4ML9A 4I7VA 3TC7A 1YDNA 3HMJG 3DZ1A 4BFAA 3FOKA 1BTMA 5I3IA 4M7TA 4Y6GA 3PG8A 3PF3A 1OJXA 1OF6A 3GDTA 2E6DA 1QPQA 3UY7A 2O7SA 3FS2A 4NX5A 3SGZA 3NQCA 1SSDA 1LP6A 2QAPA 2G97A 3W2LA 1DBTA 2ZRXA 1HL2A 3A5VA 4GXMA 1VHCA 1TB3A 3CWNA 3T4CA 1SSGA 4N9EA 3NAVA 5D30A 4O10A 2J24A 1W1ZA 4MOZA 2JKEA 1L6SA 1TQJA 3B04A 1ALDA 3LXAA 3M16A 4AF0A 1P1XA 1TTPA 1OFOA 4IPIA 1FWRA 3NPXA 3IVSA 3Q58A 4CQ9A 4CQ8A 3EWZA 3STFA 1HO4A 3GDRA 4I9AA 4QNEA 5D37A 4LVBA 1WA3A 2A7PA 1JVNA 1QPOA 2QCMA 1OK4A 3LXBA 4A3UA 4MJZA 4AXKA 3SECA 3W88A 1KFEA 3TR2A 3GDMA 5D2YA 5I3KA 3GX9A 1PE1A 4MZYA 3BW2A 3PAJA 2LLEA 5AFDA 4UXDA 2CLKA 1QPNA 1KA9F 1JQVA 2NUXA 3M5ZA 4RJEA 2HTMA 4O57A 1Q6LA 2YPIA 4MFDA 1F6KA 1BKSA 3F03K 2I1OA 2Y7EA 3MHUA 3W73A 1ZENA 3HGRA 4GUGA 2GJLA 2YW4A 4DEFA 1QDSA 3TSBA 4N9BA 4E2BA 5LZLA 1H63A 3E02A 2Y7FA 4NJIA 1W3TA 2I14A 3MHFA 1G4EA 5EBUA 3STGA 4EIVA 3NL6A 3M7WA 1S5TA 3IV3A 5D2WA 2OJPA 2PRMA 3G0XA 5HWJA 4BI7A 5K3VA 3RLVA 2ZZ2A 3IIPA 1LOSA 4D2JA 1XBYA 1IIGA 3E49A 3PULA 5J5RA 1K03A 2QEZA 3M5YA 1EA0A 1A53A 3FJ6A 5DN1A 5K4XA 4DF0A 2A21A 1SO4A 5C54A 5DXXA 3TW7A 2DZXA 2OX1A 2JGQA 4ZZ9A 1PIIA 2GQ8A 3TROA 4WY0A 1XUUA 3W70A 3TUUA 3W83A 3M5XA 4JX5A 3KVKA 2GQAA 1GT8A 3MP5A 3PBYA 2YW3A 3MBDA 1U5JA 2ZRWA 4POCA 3N3MA 1JCXA 3B0VC 3NDOA 4JTHA 4PTNA 1OVDA 2C16A 3EWWA 3C2RA 4ORMA 3CQ0A 3QC3A 4ICNA 1JCMP 3BO9A 5G1TA 4FNQA 3T55A 3TSDA 3PUDA 1XDMA 1GQNA 1AW2A 4H6KA 4DBEA 3H53A 8TIMA 3CLMA 5K9XA 4MY8A 1LYXA 4OBTA 4A21A 2CU0A 1KFCA 4O28A 4FF7A 3SW6A 4Q4KA 5I3GA 1FDJA 3O06A 2W6RA 4JIPA 4RXGA 5U4NA 3VFLA 1QO2A 1OFPA 3Q37A 3EX3A 1WAUA 2EKCA 5KITA 1SZEA 3LCFA 5F4WA 2VELA 4UFJA 3NOEA 1TO3A 3O16A 4UTIA 3BW4A 1L6WA 3LXCA 3UPBA 2Q3OA 2R14A 3LBMA 4YMZA 4Y90A 4RK8A 1ZAIA 5T26A 1J2WA 1LRTA 3K30A 1TJRA 3LHVA 1OFBA 4IXHA 4GUJA 3MP4A 4CQAA 4MY9A 1P0NA 1ZY9A 4HPJA 1DHPA 4MVAA 1ZCOA 1KM5A 2E5CA 5CPMA 1UJPA 2QCCA 1ADOA 1H1YA 4LC6A 3NA8A 3W2NA 2DZTA 1A5SA 4IGHA 4O1CA 3GDKA 3TCEA 1HUVA 2Z2UA 4N02A 1OFRA 3TMLA 5G2WA 3NQEA 4TMBA 3DAQA 2C3ZA 5AYYA 2QCNA 1LBFA 2PC4A 4O15A 1G4PA 5CZSA 3GNDA 3QQ0A 4GUIA 3W23A 1JQXA 1R2TA 4UFMA 3P61A 2V0TA 4S2BA 3KOFA 1XKYA 2GVGA 1KM6A 2PRLA 3IIOA 5KTLA 3W86A 5EA9A 2EF9A 2EGZA 1OYBA 4WOZA 3HPXA 1EP1A 1LRQA 3B05A 3W1UA 3NPWA 3DHFA 3SY5A 3LRLA 5DELA 3UD6A 1GTEA 2FPYA 3YPIA 1JCNA 2D73A 3QW3A 4MLJA 4JGDA 4M6VA 3FA5A 5FF7A 5BMWA 5IBXC 1N7KA 4JS3A 1UBSA 3TC6A 1W5NA 2Q3RA 4FEZA 5DCBA 3W2KA 5AHEA 4CNPA 3C2OA 1K8XA 2JBMA 2YFNA 3W7PA 3OBKA 3EXSA 4A22A 4DO5A 3ATZA 1P4CA 3UWQA 3KVJA 1QNVA 3O6YX 4FO4A 4ZQCA 5KZMA 2J9ZA 4PFMA 3OIXA 3LGEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3HOJA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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