3I6R | Genus

Total Genus 149

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	149
sequence length	376
structure length	376
Chain Sequence	YNPEFFLYDIFLKFCLKYIDGEICHDLFLLLGKYNILPYDTSNDSIYACTNIKHLDFINPFGVAAGFDKNGVCIDSILKLGFSFIEIGTITPRGQTGNAKPRIFRDVESRSIINSCGFNNMGCDKVTENLILFRKRQEEDKLLSKHIVGVSIGKNKDTVNIVDDLKYCINKIGRYADYIAINVSSPNTPGLRDNQEAGKLKNIILSVKEEIDNLEKNNIMNDEFLWFNTTKKKPLVFVKLAPDLNQEQKKEIADVLLETNIDGMIISNTTTQINDIKSFENKKGGVSGAKLKDISTKFICEMYNYTNKQIPIIASGGIFSGLDALEKIEAGASVCQLYSCLVFNGMKSAVQIKRELNHLLYQRGYYNLKEAIGRKH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9950882270767876__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9950882270767876__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3I6R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9950882270767876__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9950882270767876","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3I6R/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9950882270767876__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff1eaee1d46e4518902ea7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff1eaee1d46e4518902ea7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff1eaee1d46e4518902ea7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff1eaee1d46e4518902ea7/pdb.gz): 1641 ms

reading 376 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

376 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:375});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Plasmodium falciparum 3d7
publication title	Structural plasticity of malaria dihydroorotate dehydrogenase allows selective binding of diverse chemical scaffolds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase homolog, mitochondrial
total genus	149
structure length	376
sequence length	376
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2009-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3i6rA00

3FEMA 4CCEA 4DQWA 1O95A 3MP4A 3LI0A 2C18A 2J6XA 3ABSA 3DFSA 1AL8A 2FTPA 4KFNA 3GXTA 3A5FA 3F1QA 3W87A 5SWUA 1I2QA 2Y7GA 4NJGA 5DCBA 2YYTA 1MXSA 4UIOA 1HO1A 2V8ZA 2QCNA 1TPH1 2VELA 1LBMA 3PG9A 5HUOA 1HO4A 3KAOA 5C5YA 2NWSA 1EUNA 1FXPA 3CM4A 5G1YA 5K3VA 1GVQA 3BLEA 3W2MA 4H4IA 1I4NA 2Y85A 1NEYA 3U2OA 4IJBA 3BARA 3EX4A 4WUIA 4P61A 2R91A 4IMCA 2Y63A 1LBLA 4ALDA 4LY8A 1B9BA 3PS7A 4WXZA 5CZJA 1GOXA 1SPQA 5AHLA 3DKJA 1QOQA 1RQEA 1IXOA 1DORA 1NVMA 1AL7A 3M5ZA 3BG5A 3D0CA 3OVQA 5C54A 1SSDA 3FYPA 3I7SA 1QAPA 4XQ6A 3U6WA 3GDKA 3MI6A 2JKAA 4UFIA 5MHBA 3DI0A 1EWDA 4WJEA 2A6LA 3EWYA 4MVAA 3TUUA 5G5IA 4AHPA 2NZLA 4R34A 4K39A 2ZQ0A 2YXGA 3R12A 5AYXA 5I3JA 4MYXA 3IIPA 1YDOA 2QJGA 3L66A 1LZOA 1ME8A 3LTSA 2Z1BA 5FEPA 1P1XA 3EWZA 1TSIA 4K7YA 4OE7A 3WJZA 1AMKA 1S5WA 3S5NA 1QO2A 2NX1A 2TRSA 1K3UA 1VYRA 1UUMA 3IIXA 3EKZA 4IXHA 4HNNA 1MEIA 1PV8A 1KFKA 3W1QA 1HFBA 3HGSA 3P60A 3MBFA 2YYUA 3W1NA 4BR1A 4QNWA 4JD4A 1QPQA 3UWUA 3G1SA 5AC8A 1H63A 3UXAA 1J4EA 2G97A 3IV3A 1XCFA 1VR6A 1GTEA 1TJRA 4S2BA 1OFOA 4UCGA 1IXPA 1YLVA 4MOZA 2V2CA 4FIRA 3BGJA 1Q3NA 3I6RA 5TIMA 5ABTA 2DZXA 2FB3A 4YCPA 4S1FA 3W2UA 1W37A 3N14A 2ZRZA 3M5VA 1TJPA 3IRDA 3NYZA 2X1SA 4EF8A 3TROA 3L0GA 5DLCA 1WX0A 3RLVA 1SUXA 3NQ6A 3TIMA 4YL2A 4ORMA 1UB3A 3P5YA 4LU0A 4AXKA 3GAYA 3L5LA 1XUZA 3L5MA 3KHJA 1DJQA 1QOPA 4J9JA 2Z6JA 2Q3RA 1L6WA 2B4GA 5FEXA 2B7PA 1H7OA 3M0ZA 4I7WA 2JGYA 4LVGA 3W71A 1WA3A 3CLMA 3Q94A 3SY5A 5KTLA 4MFDA 1EPXA 3DI1A 3BV4A 4ADUA 1M7PA 4FB7A 1D9EA 2RKXA 1F2JA 1AW5A 1OX4B 4EF9A 2PC4A 3MHUA 2YFNA 1QFEA 1H7RA 4LVAA 2FQIA 5EYWA 3TMQA 1OYCA 5TQLA 4JTTA 1VLWA 3QH2A 4BI7A 3BK0A 4AMAA 1O4UA 1XUUA 1IGSA 1ZENA 5A5WA 5A8GA 3ABRA 4IOTA 3W72A 3W22A 1OJXA 2RDUA 1J5TA 4ORIA 4IMFA 2WV8A 1ZAJA 4DO6A 1ICPA 1W1ZA 4A3UA 1SW0A 1I2OA 4PH6A 1F76A 3NEVA 2W6RA 2Q3OA 3QZEA 2A4AA 2VXNA 1A5SA 4Y96A 4MJMA 3NQ8A 2DORA 5F2LA 1R46A 2VC6A 2J27A 3M44A 4JTFA 5D2VA 1K8ZA 1KM3A 1KLZA 3F4WA 4NXSA 4RKAA 1SO4A 1G7VA 3M7WA 3ZWSA 2P1FA 4Y90A 1TB3A 3CQ0A 5CGQA 4UR7A 4WQ6A 2TYSA 3P61A 4UMCA 1NF0A 1TV7A 1OFBA 3IEBA 3TQKA 3NQMA 1A5CA 2QR6A 2ATSA 2ZRXA 2BX7A 4TR9A 4UTMA 3GLCA 2VKZG 1WDWA 2QJHA 4UFLA 4LV4A 1EA0A 1QO5A 5DBUA 2J88A 5KSWA 3B0PA 3F03K 1KFEA 4M19A 1H1YA 3N9SA 5EA9A 4O14A 3G1VA 4U28A 1P5BA 2QJIA 3UY7A 2CZ5A 4QISA 4NJJA 1KFJA 2JK2A 3STFA 1M7OA 1OFQA 3W7MA 6TIMA 4K7VA 1M6JA 3C2FA 4IWWA 3ANYA 1RVGA 3CB8A 3P8JA 2C16A 3DBPA 2OX1A 2H8XA 1H1ZA 4IPJA 2DZUA 1TTIA 4JNMA 1JQXA 4UTUA 1U5JA 2CLIA 3DXIA 1JUEA 2YR1A 1XM3A 2ZZ6A 2Y7FA 4MYAA 2JKEA 2CWNA 1W56A 3O1NA 3EXRA 1IIGA 3DKLA 1RZMA 3QEZA 4JTSA 1XFBA 3W70A 1XBXA 3WK0A 3R8RA 4JTJA 5D30A 3NQCA 2QCEA 3PY2A 3BW2A 4O57A 4XTIA 1LLZA 3MHGA 4XTDA 2WSRA 1VYPX 2BLEA 1KM6A 2CLLA 5KZDA 4CCCA 3ELFA 3KOFA 3PR2A 5D2WA 2QUTA 3LTPA 1H5YA 4K38A 4WY0A 1XDLA 4MZ1A 4EIVA 2CW6A 3PB0A 1SO5A 4WZHA 1W3IA 1QPRA 2ATMA 3W07A 3BGGA 4CQ8A 3GNDA 1L9WA 1W54A 3LLFA 3JRKA 2DZPA 3QQ1A 3VI2A 5DBTA 2C1HA 4UTTA 1F74A 3PSVA 5CZTA 5D02A 3DHDA 1EEPA 5G2WA 4NZJA 4N02A 1X7FA 3M5XA 5J5DA 2CLEA 1LRNA 3NM3A 4M7TA 3GNNA 4WOZA 1WV2A 2WKJA 3C2OA 4JXCA 2JBMA 2G5WA 3ABOA 2ZZ2A 3CIXA 2NXHA 2ZCGA 1I8JA 3TA6A 3LHVA 2J9ZA 1VHNA 1ONRA 3OBKA 1TQXA 2QDGA 2VENA 4NUWA 3NA8A 3W1UA 4E2DA 1TYGA 1PCKA 2E6FA 1JUBA 1BEUA 1SQ7A 3GVGA 4X3ZA 5K4XA 3QSTA 1LROA 1TV5A 2X1RA 3C61A 2I14A 1JJKA 2QAFA 2XN1A 5K9CA 2WO5A 2A6NA 4NQ1A 1K8YA 4HHPA 1ZY9A 3TW7A 2V81A 4NXKA 2CLHA 3BW3A 3FJLA 1R47A 4FF7A 3NL3A 4CLMA 2QEZA 3LXBA 4MZ8A 3H55A 1G69A 3FKRA 2NX3A 3RU6A 4GRSA 4LS1A 3A23A 1S5TA 4O53A 1QNVA 2ABAA 2E77A 4IXXA 4ADTA 1Q6RA 2GJLA 2H3BA 1D3HA 4M7SA 5HWMA 3STCA 1JULA 2DP3A 2E6YA 1BWKA 3PG8A 1OHLA 3W7JA 3HMJG 5D2XA 1VCVA 3B0VC 1PVNA 2EGZA 4O12A 3NPVA 1I2RA 4E0CA 1I2NA 2OMAA 5HMSA 4HT3A 4YXGA 3QFEA 1T0OA 3M43A 4TU1A 3SZ8A 2CZDA 2A85A 4GNJA 4ZL1A 4FIQA 4N9DA 3P82A 3BPWA 4A2RA 1DQWA 4UC5A 4WD0A 4LV9A 2VEPA 2HTMA 3O05A 1UBSA 2GVLA 3NVTA 4QAIA 4IX0A 2P10A 2RDTA 1SZNA 1WBJA 1YXDA 4HNUA 5AC7A 4AWUA 1KM5A 4CNPA 3BVJA 1H7WA 3RMJA 3L67A 4OV4A 3B8DA 3GR7A 5DELA 4FXRA 5FF2A 1H62A 1JUKA 4I9AA 1Z42A 3OA3A 4Z1AA 1LM1A 3CWOX 3Q37A 3R2GA 1TTQA 1VYSX 4JDBA 3W2NA 1PL9A 3M6YA 1WBHA 2YCEA 4UNLA 1PHQA 1Q45A 4JX4A 2XN0A 1XDMA 3N73A 4HN4A 1VJIA 4JTHA 4EWND 2XN2A 3STEA 2EHHA 5D32A 3LCXA 3P7YA 2DZVA 3THQA 5CSSA 2V5BA 1KA9F 1GZGA 5CKSA 3JS3A 3NQGA 5TBOA 2FIQA 3USBA 3LGEA 4A21A 4O17A 3UWQA 3C8FA 3NQVA 2NX9A 4RXGA 3S0CA 1C9DA 5G4EA 5D33A 1TIMA 2A21A 5D03A 7TIMA 2WOQA 2ISSA 1VZWA 1OYAA 5CZSA 1VGAA 5HINA 2ZFAA 2NWRA 4UMBA 3B4UA 5HNRA 2NUYA 4P2VA 3ZWTA 1KFLA 3OIXA 1EP2A 4WY0B 3G1FA 5CG7A 3MYPA 4BI6A 4UFJA 4NU7A 2GUUA 2NXIA 2Y6ZA 3MI2A 3NDOA 4AHQA 2C13A 4YLWA 2YW3A 1D3GA 5CPNA 3Q2DA 3NQAA 4LT9A 2C6QA 2JKPA 4EVZA 5CPOA 1GT8A 4FNPA 3SSJA 1TPWA 3W7IA 3O07A 2GOUA 3BW4A 5LNUA 3TMLA 3HF3A 3NL5A 3LRLA 3W1XA 1LP6A 4O8RA 4N4PA 2Z6IA 3I65A 3W7PA 3A9IA 3UWWA 3TFCA 4GFSA 1RPXA 1JCLA 3W7KA 4CNNA 1DBTA 4E38A 3GAKA 4NJKA 4UFMA 4JYFA 1QR7A 3O15A 3TQVA 3L68A 2H90A 4FX6M 1IF2A 1L2UA 1ZFJA 4RR4A 3VCRA 5KMYA 2QCLA 4JICA 1XBZA 5CPLA 3S6DA 1H7NA 3GYEA 4IX2A 5KZMA 1HL2A 1F6KA 1KLYA 4WOQA 3LCHA 4GUJA 3NR0A 2VEKA 2E09A 4OGZA 5FF4A 2DZTA 2WJZA 4XUGA 2ZRYA 5EPDA 5FEWA 1TPDA 3BLFA 1TPVA 3VFLA 4PTNA 4ADSA 1FX6A 1MO0A 3S5OA 2BWGA 4PODA 4W9TA 3B03A 3W7LA 3MMTA 4MFEA 3FOKA 1B3OA 1IXNA 3RNDA 3PBVA 3LV6A 1JRCA 4Y8FA 3MWAA 4OU1A 1Q6OA 3LXAA 4QSHA 3LHWA 1LOLA 4O19A 2R8WA 3KX6A 3LX9A 3SR7A 3ATYA 1LOQA 1A5AA 5LNRA 4IUOA 4NJIA 4Q32A 3NPUA 4RZ5A 3M1ZA 3DFQA 1WOAA 1K03A 3DH7A 1MZHA 2R94A 2PURA 3QPZA 4GE8A 4ONVA 1F7BA 1GG0A 2YGYA 4HNTA 4RXFA 1P0KA 2WNZA 3CTLA 1RV8A 4QJ1A 4MIMA 4B5NA 3S1UA 1W8SA 3C2VA 1OABA 3C0JA 4O28A 2X30A 4BFAA 3G8RA 2G95A 3MO7A 4UMAA 2UV8G 2Y89A 4UXDA 3DFNA 3L65A 3THAA 3HB9A 1AK5A 4KKXA 1WAUA 4RK8A 2E68A 3S1VA 2ZDRA 5DN1A 4YMZA 1W3TA 1YDVA 1QMLA 1WYIA 5HWNA 3QF0A 4NX5A 3KXQA 5C55A 4WXYA 1J2WA 4QITA 3W75A 3P74A 2D73A 1IXQA 1ML1A 3WK1A 1F73A 3O16A 3JR2A 1BWLA 1WOBA 4M6PA 4Y6GA 1EB3A 1RQBA 3W76A 1TPEA 2E6DA 2G96A 1ZAIA 1A5BA 3CHVA 3PBUA 1OFEA 3DZ1A 4O1CA 4NZFA 3G24A 5EY5A 1FDJA 1OFRA 4FX7A 2FPVA 1O60A 1X1OA 3MJYA 4PL2A 1ALDA 3GZ3A 1YYAA 5K9XA 4OT7A 4I7UA 2ZZ4A 1THFD 2LLEA 3R13A 4GJ1A 2FPYA 4GC4A 2QCDA 3LI1A 1XXXA 1F05A 4CQAA 4HSOA 2A1YA 3EXSA 3GDRA 4MPQA 2H6RA 4E2BA 3W1MA 1X8FA 2ZA2A 4TMCA 3DU0A 3QPYA 1T8XA 3FIGA 4GBUA 2VEMA 2B0MA 2A0NA 1UJPA 1OK6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3I6RA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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