3I7SA

Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site.
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIREATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How essential is the 'essential' active-site lysine in dihydrodipicolinate synthase?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 107
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2009-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3i7sA00
3GXTA 2WNQA 3W9ZA 4UFJA 1WQ5A 3DH7A 4KWVA 3ABOA 5G1YA 3TW7A 2QCMA 3N3MA 3PC0A 4ALDA 1IXNA 4IWWA 1ZCOA 3ELFA 4WOQA 4N6FA 2C19A 3LCLA 3NQAA 1BWLA 1AW2A 4MLJA 3LHTA 3MJYA 3BVJA 3SGUA 4UNLA 3IEBA 1GVRA 1W5NA 5KZDA 4MY8A 5AYXA 3HG3A 5DBTA 4HPJA 3NA8A 3WK3A 3O05A 2RHGA 2VOMA 3W83A 5L9FA 1IXQA 3G1YA 1W3TA 3NG3A 3B03A 3NDOA 2V0TA 1KW1A 3EEGA 3KVMA 1LRTA 2NUWA 3M7WA 3NPWA 1H61A 2C15A 4WJEA 4AHQA 1GT8A 4W9TA 1LBLA 5ABTA 4J9JA 3L66A 2H90A 2QUUA 4RJEA 1LOQA 4UTTA 2WNNA 1TPC1 3SZ8A 3Q94A 3NL2A 4H4IA 4UTIA 3ZWSA 3W7LA 4CCCA 2BWGA 3G3DA 4JX4A 5C54A 5K9CA 3HO8A 3C2RA 4EF9A 2ABAA 2QCLA 1EPXA 4RXGA 5F1UA 3C2VA 3QH2A 4K6AA 5EKYA 2J24A 1SFJA 3TQKA 5BOOA 4MFEA 3LHVA 5AHFA 1KFBA 2A7PA 1XXXA 1KM3A 1ML1A 1LM1A 4NJHA 4DBDA 4RX0A 1Q45A 3GYEA 1HO1A 1VR6A 1OF8A 2QCGA 1RQEA 2FLIA 4NX5A 4O53A 2NX3A 1GVFA 2QDGA 3HF3A 2CLHA 3EXTA 1UCWA 3BW3A 4JDBA 3W1NA 3T7VA 1F6PA 3QF0A 3TSDA 4UFHA 2C13A 4R53A 2ABBA 5C2XA 2JGYA 4E2BA 4KWWA 1SFLA 4QM1A 3PAJA 1ALDA 1M7OA 2H3DA 2BTMA 4QAIA 2VXNA 2GJLA 4YMZA 3IIVA 5TBOA 3G3MA 3IIXA 4WUIA 2J9XA 4MY9A 3WJWA 1H60A 4FNSA 3MYPA 3O06A 4LY8A 3P84A 4FX8A 3EXSA 1MEIA 4FXRA 3I68A 4ZQNA 2Y7DA 1OX6A 3KVJA 3ZS4A 4M6QA 3UXDA 4HNVA 5KMYA 1OFOA 3N9SA 1P5BA 3FEMA 5BMXA 3B04A 2PRMA 3C4UA 3TROA 3W7HA 4LNYA 2OZ0A 3CEUA 3W84A 4XZ9A 3LX9A 2ISSA 4PL2A 1PCKA 5CG7A 4FNQA 4Y8FA 1G4PA 3O15A 3TXZA 4K38A 3GR7A 3AJXA 4CLMA 1B9BA 1ME8A 3VCRA 3P8IA 2X30A 1W31A 4RXFA 4JIQA 5DCDA 2NXHA 4NJIA 4O52A 4JTEA 4MJMA 3UWYA 1KFJA 1JVNA 2ZTKA 2VENA 1UJPA 3N34A 4A2RA 3IIPA 3FLUA 1HG3A 3WJSA 1PE1A 3UY8A 3W07A 1QPOA 2X16A 3PF3A 1W5OA 1S3HA 4H6KA 3W7PA 3LV6A 1AK5A 4S1FA 4EOUA 3NQVA 3GLCA 2QR6A 4O1DA 1FCUA 3TFCA 4Z1AA 2ZCGA 3PUEA 1XM3A 2JK2A 1X8FA 4LVBA 1A53A 1I2QA 3MMTA 5TQLA 2FJKA 4IX2A 4OGZA 1PV8A 2YX0A 4FHAA 3F1QA 2QJIA 1LROA 4N4PA 4IJBA 1G6CA 3MP5A 4O13A 4O4WA 2JBMA 5AHEA 1X1OA 3NQ7A 1F2JA 1DOSA 1WV2A 1KLZA 2Q8ZA 3NOEA 4NU7A 4K8HA 3G0SA 3M44A 3BW2A 4R34A 1OF6A 3EKLA 2CLEA 3KFTA 1KA9F 1TTIA 2EHHA 3N19B 3STCA 1PHWA 3G22A 1DQXA 4GBUA 1R2TA 5F4XA 1JRCA 5I3KA 4YL2A 3S9YA 4MY1A 3STFA 5LNVA 3W7CA 1LRNA 2FTPA 1S5TA 4WX2A 4IX0A 4ZQOA 5CPOA 1TPEA 3EWXA 1GYLA 4PTNA 8TIMA 1YXDA 4NJJA 4GE8A 1VJIA 3W1QA 5D2WA 1H5YA 3EB2A 3NQEA 3VNDA 2QCDB 2ZZ6A 2NZLA 3G0UA 4PC8A 4ADUA 3NZ1A 3B8DA 5LNRA 1GTEA 4E38A 3GIYA 3O16A 1R47A 3HB9A 4R7JA 4JICA 5G1TA 1LZOA 1VCVA 5LNSA 2NUXA 4Z1BA 3S8HA 5G2WA 1JCNA 5HWJA 5AC8A 1PL9A 3LBCA 4JTJA 1UBSA 4LV9A 4I7VA 3CTLA 1KV8A 4LVGA 3GB6A 3LRLA 4O16A 1ADOA 2GJNA 2YR1A 1VQTA 2ZZ3A 5HR7A 2BSLA 1FCBA 3C56A 1QMLA 1D3HA 1YTEA 1LDCA 5AYZA 5CZTA 1KFCA 5HULA 3THAA 1WOBA 2FB2A 3TCEA 1I2PA 1GVQA 1Z48A 4LC8A 3KXQA 1TTJA 4QJ1A 4L4MA 2NXGA 4IMFA 3DI1A 3DXIA 1LRQA 1FUYA 4JY9A 4RKAA 2HS8A 4DPQA 2NX1A 4QIUA 1SW3A 5AB3A 5D02A 3F4WA 1FXQA 3C2EA 3ZWTA 2E6YA 1KTCA 4JYEA 4RR4A 1JJKA 3PS7A 3TMQA 5CZ0A 1M7PA 2ZA3A 4PH6A 1KM5A 1QO2A 3SW6A 2DORA 2FQIA 2ALDA 3M0ZA 1OHLA 3P61A 4XBSA 3WJZA 4K39A 5HUPA 3SECA 5HWMA 4DEFA 2Z0IA 4HHPA 2ZZ4A 3R89A 4UCGA 1GQNA 3S1UA 2DZUA 1W3NA 1ZALA 3IGUA 4GC4A 3LCXA 2G96A 3L68A 3L21A 1W0MA 3EX1A 1NAL1 4IPJA 5LZLA 1KM2A 4JTLA 3LCIA 2O7QA 4DO6A 3CIWA 2ZZ5A 3R13A 5FF2A 1KFLA 3CLMA 1TTPA 1BKSA 2WSYA 5IBXC 4FF7A 2C18A 3PUDA 1ZY9A 5EPDA 4DF2A 2Y7EA 3W23A 1YADA 3OA3A 1TPWA 2A5HA 1MZHA 3LTYA 1JQVA 5AYYA 4U28A 3B4UA 2B7PA 2NXIA 3BLEA 3TKFA 4NXSA 2FFCA 4JS3A 1L6WA 4MZ1A 1Q3NA 1TB3A 2WJZA 4IMEA 3S1XA 2EGZA 3PSWA 5C55A 3KX6A 3W75A 4LV4A 3NGJA 1EEPA 1N8FA 3W85A 3W70A 4IGHA 2C16A 3W1PA 1K7EA 2TSYA 2QDHA 4G1KA 1Q6OA 3I7RA 4A22A 1SUXA 4LU0A 5EA9A 1TQJA 3P60A 4UFLA 1WBHA 4C1LA 3LXCA 3LXBA 1O4UA 4X22A 1IF2A 5AHLA 4MKNA 1Z42A 4FXSA 3S6DA 2A6NA 4QNEA 3UWVA 4BI6A 4AWTA 5LNUA 1GEQA 2ZFAA 3O6YX 3LTSA 3Q58A 4ZQPA 2F7FA 3FS2A 4OWGA 2QCFA 2G95A 1OFDA 4RZ4A 1TMHA 3QPZA 2CZFA 4O1BA 3QC3A 5HMSA 5LHFA 3P62A 3LRKA 1TPH1 1X1ZA 1EWEA 3G1AA 3LERA 3W88A 1QCWA 1WXJA 2Q3RA 1I45A 3QSRA 3W7GA 3TJXA 2CW6A 4O54A 4HSNA 4O4VA 5J5RA 5HR6A 1LTDA 3OIXA 2ZYFA 1P0KA 4C1KA 3C3NA 3W87A 3GX9A 1FWRA 4K7VA 1FX6A 3ATZA 3R12A 3QW4B 2TRSA 1D9EA 5LGZA 1QWGA 3DKJA 5TIMA 2TYSA 5SWUA 4CNNA 3A21A 5EMUA 3M5YA 1P1XA 1AW1A 1G7UA 5LGXA 3E49A 3A9IA 1A5AA 1MEHA 5K2ZA 5C6MA 1OVDA 4IUOA 4OT7A 1ONRA 1QR7A 2EPHA 2Y63A 5K4ZA 3P5YA 4ORIA 2Z2UA 4UTKA 1A5SA 1JULA 3TK7A 3MUXA 3P81A 5U4NA 2VEMA 3W1XA 3GXPA 3MWAA 4L4LA 3UPBA 5DY2A 2DZPA 4NNAA 2CLLA 3L65A 1OJXA 3L0KA 3M5XA 4Q4KA 3QQ1A 4YCPA 1FDZA 4E0CA 4ONVA 3DKLA 5DCBA 4I9AA 5D37A 1WBJA 3IGXA 2V9DA 1FWSA 4GRSA 5DXYA 5F4WA 2E6AA 3CC1A 2YFNA 3RFAA 5D2TA 1W54A 3HPXA 3W1UA 3TQVA 3HMJG 3H55A 4O15A 1LLWA 2ZRZA 5F1VA 4NZJA 5DCEA 2Y7FA 2RKXA 4MPQA 2QEZA 3NL3A 2VKZG 5EBUA 1OFAA 3P82A 2C1HA 4BF9A 5LSMA 1LCOA 2I14A 2VEPA 3W2NA 4N4QA 4LVDA 3UWUA 1KLYA 2E6FA 4CQ8A 3TNOA 4AXKA 3A24A 3U6WA 1ME9A 1XI3A 3E12A 4BI5A 1YTKA 2ZQ0A 3NXFA 1SO4A 1W1ZA 3TX9A 5F2MA 3CPRA 1KM0A 1XDMA 2GPTA 3OVPA 5CGQA 3HBLA 4Z1DA 1LBMA 3LCGA 4AAJA 4EIVA 3MBFA 3FYOA 4LUIA 3M47A 4WZHA 1Y0EA 3W2KA 2FIQA 5I3IA 2V2HA 2E6DA 3F4NA 4OBTA 2QAFA 3L9CA 1ME7A 3PG8A 3T40A 3WK0A 1SW7A 3UZ5A 1YYAA 5J5DA 1VYPX 2Y70A 3CQ0A 3KVKA 4MZYA 3DU0A 1S5VA 1EB3A 1F74A 4P61A 1K8YA 4DF0A 3GAYA 2I1OA 5CKSA 2PE4A 3OHIA 5CPLA 3PBYA 2RDWA 4HIBA 4X2RA 5LNWA 1ZENA 5D04C 4FNRA 1YDVA 3PB2A 3M43A 3QEZA 4PA8A 2VFHA 3S5YA 3W76A 3T55A 3IVTA 2ZA1A 2OT1A 3R2GA 1UB3A 3UZJA 1I4NA 4GUHA 4N9DA 1LLZA 5AC7A 2NLIA 4BFAA 1RQHA 1M5WA 3KOFA 1GTHA 2QKFA 4TR9A 3W7RA 3G1XA 4OV9A 2ZRUA 4Z0SA 3CU2A 2C14A 1H7RA 2CZEA 4FX7A 3GNDA 3V75A 4Z08A 2ZRVA 2A2IA 3PBWA 1OFPA 3G0XA 4N9EA 1W8SA 4KFOA 4N9BA 1C8VA 4RZ6A 3NQ6A 2D73A 3DGRA 1I2NA 2P1FA 2EF9A 4JTHA 1IXOA 4AEOA 4JN6A 3UYCA 3P67A 4UXDA 3KVLA 3TJLA 1DORA 1HUVA 3GDKA 5KSWA 1KFKA 1O94A 4IMDA 1VLWA 4UTUA 3O63A 5D05A 4PL1A 5FF0A 1SSDA 2H6RA 3GVGA 5FEXA 3UY7A 5KZEA 1O5XA 3GDTA 3S0CA 1K03A 1H1YA 2B0MA 3W73A 3IGSA 4GNJA 4GUIA 3TR2A 5LHEA 1KTBA 4UTLA 1SZEA 3WK2A 3NL5A 2Z1BA 2ATSA 4DXVA 1PIIA 4HNTA 4DQWA 1JUBA 2ZDRA 4CCDA 2YW4A 3OBKA 1TSIA 3OVQA 2E09A 2DZTA 1ZHAA 2CLFA 1KFEA 1MO0A 1OX5A 4M6VA 4AHOA 1TPUA 1NF0A 2X1UA 2AQWA 3V1PA 4JTUA 4Q33A 1O5KA 1XFBA 1O95A 1WYIA 3N2XA 4M7TA 5HWNA 3GDLA 5IM51 1R2RA 3W1MA 3MW7A 4K36A 3HIJA 2E5DA 3USBA 3MI2A 2Y89A 2KZHA 1K8ZA 4U4MA 4CCEA 1T99A 3DZ1A 3DFQA 1LOSA 3TC7A 2ZRWA 1RPXA 4UFMA 1N55A 3G18A 1OK6A 4FB7A 3TAOA 3N9RA 1LOLA 1B3OA 1FWWA 3IIZA 4AF0A 4WY0F 2A7NA 2HMCA 1VGAA 2QCCA 1EP1A 2W0UA 4OU1A 5FEPA 4N6EA 4JD4A 3DFTA 3OVRA 3CWOX 3O8AA 2IQTA 3DI0A 4NT0A 1VPXA 4QISA 4RCXA 2FPVA 1HFBA 1THFD 1H50A 1H7PA 4O50A 4LUJA 1XUUA 1I2RA 1YPIA 3LCFA 4UR7A 5HINA 2QAPA 3S5NA 1ICQA 1XBYA 4AWUA 2GQAA 4GWEA 2PRHA 3E96A 2NV1A 3FJ6A 4JTKA 2A7RA 1QOPA 3L2IA 5D30A 4JXCA 2Q8LA 1O60A 4YLWA 2VELA 1GJPA 4RLIA 4ZQRA 2OCZA 5K9XA 1DQWA 1UASA 3VKJA 2CU0A 2QCDA 1J5TA 1DVJA 2C3ZA 3SGZA 3W7KA 3NPVA 4IPIA 3S1VA 1W5PA 1F73A 1LORA 1Q6RA 3TAKA 3NM1A 1L2UA 4NQ1A 3MP3A 4ICNA 3SY5A 1JQXA 4LTSA 4X3ZA 3NQGA 2Y88A 2VC6A 1FY6A 3GAKA 5H91A 1DHPA 2J9ZA 3N2MA 1ICPA 1R46A 5D2XA 4Y6GA 1RQBA 3G1FA 3LCHA 2H3BA 2P0OA 3L5AA 3PWAA 3IRDA 5H2ZA 3PB0A 1R2SA 2X1SA 2VEIA 3DFSA 1VCGA 4LS0A 7TIMA 3EX3A 3HJZA 3W7EA 3NZRA 4O57A 3TFXA 2CFFA 4EVZA 3K30A 2CZ5A 3N73A 4O10A 2Y85A 1B4EA 5CPNA 2YDAA 3LM7A 5IBXA 2ISWA 3S1WA 5AHIA 4M19A 1SW0A 1Z41A 1ZAJA 6TIMA 4WY0A 2OT0A 2WSQA 2V2CA 2WPBA 1VZWA 4UFIA 1JRBA 1AW5A 3KRUA 1V5XA 4QSHA 4GJ1A 4TIMA 1WOAA 2DZWA 2UV8G 4LRSA 1P0NA 1SPQA 2V30A 3W7QA 3C2FA 1TJPA 3P80A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZMR A;  1WQ5 A;  4MMW A;  1KRM A;  2PSN A;  3EDF A;  5G1Y A;  3IJI A;  2P8B A;  1IXN A;  1Q7Z A;  4R9O A;  4HJW A;  1V6Y A;  1ZCO A;  4ZCW A;  1Z8A A;  1UG6 A;  1QNR A;  3CL6 A;  3OLI A;  1POK A;  2OEK A;  4A8R A;  2HK0 A;  1UA7 A;  1CYG A;  3IEB A;  2Y5J A;  1W5N A;  5CAK A;  1HJX A;  3W4R A;  4HPJ A;  2XPK A;  1NY1 A;  2RHG A;  3UES A;  1IXQ A;  2NQH A;  3B03 A;  3NDO A;  1U22 A;  2V0T A;  3EEG A;  2VZU A;  5C0Q A;  2D3N A;  3M7W A;  3FX4 A;  3XIN A;  1CZ1 A;  1GON A;  2C15 A;  4AHQ A;  3UFY A;  1GT8 A;  5E0C A;  5ABT A;  1GOK A;  4ATD A;  4X2P A;  1LOQ A;  1W32 A;  2WNN A;  4C6L A;  4H4I A;  4CCC A;  1KRB C;  4JX4 A;  5K9C A;  1J0J A;  2ABA A;  2QCL A;  1EPX A;  1OCQ A;  3BJT A;  3MWC A;  1OSE A;  4W7W A;  4KEM A;  4A05 A;  4JTC A;  5F1U A;  4AIE A;  2WZT A;  3F2D A;  3WQ6 A;  1E4L A;  3OA5 A;  2G50 A;  3D6N A;  1RP8 A;  2WKL A;  3SCU A;  3K8M A;  1KFB A;  3VKK A;  1VFM A;  2DT0 A;  1K6A A;  4NJH A;  4DBD A;  1Q45 A;  4HMC A;  1VBR A;  3QOM A;  1C9W A;  4NX5 A;  3VIF A;  1YMY A;  1KGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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