3I7SA

Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a - with the substrate pyruvate bound in the active site.
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIREATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How essential is the 'essential' active-site lysine in dihydrodipicolinate synthase?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 107
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2009-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3i7sA00
1SFJA 1IXQA 3PB0A 4BR1A 5HQEA 2DU2A 3RF9A 2W6RA 1W3TA 4YMZA 3A24A 4S2BA 1A5BA 4B5NA 1F2JA 1H50A 4O16A 4OWGA 4CCCA 1J5TA 1VLIA 3G22A 1RD5A 1LOQA 1PS9A 5CGQA 3L9CA 1SO4A 4FNUA 1KV5A 3E9AA 4PODA 3WK2A 5LNWA 4MYXA 1B9BA 2VKZG 4O54A 1W0MA 3KXQA 5E1QA 3CEUA 1B3OA 1DQWA 4L4LA 3IIOA 1L6SA 3UD6A 3NG3A 3FFSA 1YDNA 4ADSA 3CU2A 1LYXA 4BI6A 4UMAA 1L6YA 3LI0A 1W1ZA 3D0CA 1W5PA 5CSSA 2RDWA 5MHBA 4MPQA 1I2RA 1KM6A 5LNVA 5AOUA 3ZWSA 3GDRA 4H6KA 2NXHA 4RJEA 4MYAA 4TMBA 1TPB1 1VZWA 4WY0F 1JUBA 1XUZA 2WPBA 3TJXA 2QF7A 2RHGA 3F4WA 1AL8A 4XQ6A 2J24A 4N9EA 4ZQPA 1N55A 2IQTA 2YSWA 3MP5A 1IIHA 3DGRA 1HG3A 3GDTA 3VNDA 3RMJA 3W7KA 1SU5A 4NX5A 1K8XA 1F6KA 3IGSA 1I2NA 4I7UA 1VJIA 3S1WA 1LRTA 2HS8A 4MZ1A 4GE8A 3CTLA 3EB2A 2C3ZA 3KRUA 4IGHA 3W1UA 2QCEA 4YCPA 3C6CA 4Z0SA 1JRBA 5I3HA 1PE1A 3TCEA 4IMCA 4NNBA 7TIMA 2CZFA 3HGJA 2DZWA 1OFPA 3P84A 4BI5A 1G7VA 3L65A 2X1SA 1LRNA 2A4AA 4EIVA 1XC4A 2ZZ4A 3DBPA 3OG3A 3PC0A 1VRDA 2C19A 2P10A 1O5KA 4IXHA 4QITA 2QCHA 1Q45A 3TE9A 1K8YA 1Z48A 4UFJA 2OX1A 1KM2A 4GUIA 4JY8A 4CQAA 4D2JA 5AN7A 1TMHA 1OK6A 1O95A 3W74A 1THFD 2JGYA 3QQ0A 4FX8A 2DJLA 3UWVA 1UCWA 4E2DA 4IPJA 3SY5A 4ALDA 4E38A 1QPQA 4FNQA 2Y7DA 4CCEA 1A53A 2V2HA 1XUUA 5G2IA 1TPVA 1DKWA 1RQEA 2I9EA 3I6RA 3TW7A 3SZ8A 6TIMA 3QW3A 3BO9A 2ZA1A 5EY5A 4GWEA 2JKPA 3M43A 3QMSA 1Z44A 3QRHA 2ZTKA 5E0KA 4JS3A 5FF3A 2VFHA 1ZAIA 3QF0A 3W2JA 3GNDA 1LZOA 2GQ9A 1GEQA 3CM4A 3PM6A 4JDBA 4LY8A 3NQ8A 2Y70A 1JR1A 1PVNA 4O12A 4IX0A 3W1AA 1ZAJA 4QJ1A 5DBUA 4Z1DA 4UTKA 3O6DA 2E5BA 2EHHA 5CZTA 5KITA 2DZTA 3IEBA 3M7WA 4U28A 2YW4A 1YTKA 1OG0A 1A50A 3ZS4A 3NPVA 3UZJA 3S42A 2V2DA 5D33A 2ZRVA 4GUHA 4RXFA 2NV1A 5CPOA 3T7VA 4CQ9A 1NFBA 3L0KA 3GB6A 1ICPA 2A7PA 5G4WA 4H3DA 1VHNA 1K7XA 1XM3A 3NL2A 1OVDA 3O06A 3C0JA 1TYGA 4S2CA 1Q3NA 4YL2A 3DFTA 3A22A 4DBDA 2YYUA 1E51A 3I7SA 3P7YA 1EP3A 3LHWA 5F4XA 3G1SA 3LLDA 2ZRYA 4MLJA 3CQ0A 4UTMA 3M9YA 4UFLA 2QDGA 4JTUA 3UNDA 1G7UA 4IMFA 5K9XA 2Z1BA 1AW1A 5HUPA 2ZZ5A 3YPIA 5LNUA 1ZNNA 2QAFA 5F1VA 2A7NA 5BMXA 2H8XA 1GZGA 3S5YA 1DQXA 4P61A 1H7XA 4GUFA 2QKFA 1UASA 3SJ3A 4O1DA 2OJPA 1TPUA 3E96A 5CPLA 3TH6A 3TFXA 3RLUA 2DP3A 4PA8A 1I2OA 3EX2A 1EWEA 5I3KA 4MZ8A 2E5DA 2G97A 3MYOA 3L0NA 2VENA 3EWYA 4FIQA 1H62A 4UR8A 3I65A 5K9DA 2QCGA 3DXIA 3O05A 3W7CA 1VR6A 3L5AA 4LVDA 1P5BA 2PRLA 3N2XA 6ALDA 4E2BA 1ADOA 3IVUA 2A6LA 1QMLA 3LX9A 4IMDA 1GTHA 4JTHA 5LGXA 1SZFA 1BTMA 4O10A 3TV8A 3ABQA 1H63A 1ONRA 3LI1A 3TSMA 4H4IA 1AG1O 3N14A 3OIXA 4UCGA 1QO2A 3LRKA 3BGJA 3TAKA 4FEZA 3LTYA 1R2SA 2DORA 2X2GA 1FWWA 3IIXA 1OX4A 4ICNA 3W1LA 3GDMA 5IM51 3W86A 3B05A 3THQA 3W2MA 3VI2A 5K2ZA 1XCFA 1GQNA 3MWAA 1ZCOA 2EF9A 4C1KA 4FNSA 1RV8A 4ZQNA 4LVBA 2O7QA 3WJYA 1FWTA 1OYBA 3NQAA 2C6QA 3PBWA 2Y62A 2C18A 3G1HA 3P74A 3W1PA 4A21A 3TKFA 1TJRA 2Y7EA 1GVQA 2AQWA 3W83A 4O14A 1W54A 3C61A 3CT7A 4DF2A 4JIQA 4HIBA 4A3UA 5DELA 3S1XA 2NX9A 3EX1A 5HULA 4GJ1A 3N19B 4PCFA 4C1LA 3KOFA 2J88A 2FLIA 2EPHA 2ZTJA 3PF3A 4AB4A 5J5RA 5BW6A 4NXSA 3DFNA 3PSVA 1DL3A 4WOQA 1OF8A 4XKYB 4AVFA 4S1FA 5D02A 4BF9A 3G8EA 2V82A 1W8SA 5D2VA 3WJSA 4KFNA 2B4GA 1W3NA 2Y88A 1SO3A 3G0XA 1R46A 2YFNA 3KRSA 2C13A 4UIOA 2QAPA 5C6MA 1VHCA 3PUOA 2QCFA 1DVJA 5D09A 1LP6A 3TXZA 1LOSA 3ELFA 3T55A 2WOQA 4ZL1A 2ZYFA 2PCQA 4K36A 2Q3RA 4XUGA 3MO7A 1KTCA 3C2EA 3M5YA 1TTPA 4Q32A 2A85A 4QAIA 4LU0A 3ABOA 3NPXA 1HO4A 3NAVA 1GVRA 2CLKA 3QSTA 4TIMA 1VCFA 3GIYA 3C2FA 1Q6OA 2WNNA 4WY0A 4UFIA 3SGUA 3HPXA 2GOUA 2JBMA 1H1ZA 4MUZA 1F7BA 2VEIA 5H91A 4HPXA 1O4UA 3HBLA 5D30A 1MO0A 2TRSA 3IVSA 4UC5A 3W7EA 3KVMA 3OA3A 3S0CA 4M5PA 1OK4A 2X30A 3EX4A 2BWGA 4O50A 4NT0A 2NV2A 3O6YX 2GJNA 5AHMA 4KFOA 3W7RA 3W7IA 5GVJA 5IBXC 1TTJA 4AAJA 1UJPA 2BXVA 1OABA 1R30A 1GPWA 4I9AA 3N2MA 4M6PA 3EXSA 4EF8A 2R8WA 4NQ1A 4M7TA 3CPRA 1GTEA 1L9WA 2QCLA 5C55A 2E6DA 2Y89A 4O0ZA 2RFGA 2CLEA 4AWUA 4O0KA 3LCGA 3W7LA 3F03K 2CLMA 1UB3A 2OT0A 5DY2A 4YCOA 1TPWA 4R53A 2CLHA 5EL1A 3TJLA 1W5MA 3W2KA 1BWLA 1O5XA 3IIPA 3IRDA 3M16A 4YLWA 2HMCA 1S5TA 3L66A 1JCXA 3GR8A 1F5ZA 3VKJA 1PV8A 4NUWA 2QR6A 1TPFA 4IWWA 2EKCA 5FF4A 4LV9A 3A23A 2JKAA 3O1NA 1GYLA 3DKLA 1FCUA 3GVGA 4TO8A 3FYPA 4WD0A 1SO5A 2YDAA 3W22A 3STFA 4JX6A 3TC6A 4EVZA 4DBEA 1TCDA 4XTDA 3TMLA 2UV8G 3TQKA 2YR1A 2Q3OA 1RVGA 3HQ1A 3JRKA 1EPXA 5D03A 4N9DA 3BV4A 1OFBA 1QOQA 1HO1A 3QJAA 2A1YA 4N4QA 1S5VA 3DZ1A 2TMDA 4N6EA 1H7PA 3FJLA 1OYAA 1UBSA 3GXNA 1GT8A 1WOAA 4A2RA 2HSAA 1DJQA 2PC4A 4WJEA 1LTDA 3QZEA 3NPUA 1VCGA 2CWNA 4JYEA 4QQ3A 1FCBA 3B0VC 3C52A 4UFKA 4FIRA 1F05A 1TRIA 1F6PA 4MFEA 4X2RA 4ZVJA 1FCVA 3O15A 4NU7A 1S5WA 3BW2A 4HSNA 1ZFJA 3LXCA 2E6YA 1SQ7A 4RZ6A 2ATSA 4ZQCA 2X1RA 1FCQA 4OBTA 1N8FA 3KVKA 1A5SA 1K8ZA 1EIXA 3P60A 5DXXA 2E68A 2YYTA 4LRSA 3CWOX 3W1QA 3LRLA 3FS2A 3P5YA 3W3OA 1D3GA 1M7PA 3O63A 3EXRA 5KTLA 3P61A 4R34A 3H54A 4CNOA 4IPIA 4J9JA 4BWLA 1P0KA 1HTIA 3L68A 4JD4A 1QAPA 5K7JA 3QMRA 3GXPA 4M6VA 3C56A 1NEYA 3UY7A 1QNVA 4PH6A 3G1YA 4NZFA 4FB7A 4K6AA 3TK7A 5CPMA 1TPH1 3GDKA 4DPQA 2CLFA 4MVAA 4FNPA 3R8RA 3G24A 3W1TA 2CZ5A 2ZRZA 1H7RA 1QOPA 2Z6JA 5AHLA 1CI1A 4UTTA 1W56A 4UMBA 2XN0A 3W70A 1G4TA 1QCWA 1W3IA 3LTPA 5AYYA 3TR2A 4JDYA 2DJXA 3RU6A 4PTNA 2E1DA 4A29A 4NNCA 1O60A 2BX7A 1X8FA 5CG7A 3UY8A 2GQ8A 3WK0A 2DZXA 1BKSA 1EUAA 4GFSA 4MOZA 1W5OA 2XN1A 3TUUA 2I1OA 3LBCA 4OQVA 2NX3A 1I4NA 1HFBA 3T78A 1KTBA 1UUOA 1YYAA 5D38A 3V1PA 1EP2A 1XBVA 2JKEA 1QPRA 3G1FA 4MY8A 5D05A 4TR9A 3EKLA 2QCDB 4EWND 2B7NA 5LHEA 3LLFA 3TMQA 1VC4A 2Q8ZA 3USBA 3AO0A 2A0NA 4CNNA 3W6YA 3A9IA 1YPIA 5D2TA 1WXJA 2H3BA 4TMCA 3CLMA 1VGAA 1AW5A 3H53A 3EWXA 3NOEA 3OBKA 1V7YA 3PULA 1B4EA 1PHWA 1LBFA 5BRBA 1PL9A 3LDVA 3R13A 1VCVA 2KZHA 3VE9A 2ZDRA 1FY6A 2ISSA 4UTUA 1TQXA 5T26A 2CZEA 3QYQA 4NJGA 4PEKA 1Z42A 2PE4A 4MIMA 3LHTA 1WDWA 3LXAA 3PBYA 5K9CA 4FNRA 1TREA 3KRZA 3HGRA 1TB3A 3L5MA 1L6WA 1R2TA 3A5VA 3BLFA 2NX1A 5D04C 3TFCA 5FESA 4LC6A 4Y8FA 3S5OA 2NXGA 1ICQA 2YZRA 4N2YA 3PVFA 2WNQA 2E5CA 2ZZ2A 3LCIA 2FB3A 1EWDA 2A6NA 1TPDA 1PHQA 4LVFA 2Y7FA 2NUWA 5AYXA 2ZA3A 2ZZ3A 3SIZA 2CU0A 3WJXA 2WJZA 3BW4A 4K7YA 1KFBA 5TBOA 2Y7GA 1B57A 2C1HA 1FXQA 1I2PA 3UWQA 3G3MA 3N3MA 4XWUA 4HNVA 5J5DA 3QH2A 4HSOA 4MZYA 1H5YA 1WX0A 2VFFA 4AHQA 2J9YA 1WBJA 2FJKA 5G1YA 1RQHA 3P81A 3EX6A 4JYFA 2FPVA 1JQVA 3NZRA 1OX5A 2JGQA 5E93A 5FEPA 4LOCA 1T96A 2OMAA 3MHGA 2QDHA 1G6CA 2WO5A 5EKYA 3UPBA 3E02A 1JUKA 4MJMA 1NF0A 1L2UA 3HPSA 4RLIA 5EA9A 3WK1A 3GAYA 4OU1A 1C29A 2WV8A 3B8DA 2YGYA 3STEA 1BEUA 2CLLA 4RK8A 3G1XA 4O1BA 4AWSA 4KKXA 4BWLC 3W7GA 1LOLA 3W7HA 4JTSA 3HJZA 5DCBA 2J27A 3M5VA 3NQEA 5AHEA 5D2YA 4DO5A 3T4CA 3KVJA 4Y9AA 1SSGA 2ISWA 2X1TA 4UTTC 2AAMA 5FF7A 4RR4A 1OFEA 4HHPA 3P62A 4Z1BA 5I3JA 1SR9A 3W87A 4E0CA 4GXMA 3GR7A 4IMGA 4TU1A 1OFAA 3W7DA 4OHQA 3GNNA 2OT1A 3L2IA 1F76A 4UFHA 3JS3A 4Z1AA 2J9XA 2CLIA 3NO5A 3ATYA 1T99A 3M47A 3SFKA 4XZ9A 1DHPA 4Z1CA 3PUDA 2WSYA 3HGOA 4L4MA 3R5EA 1W37A 3MI2A 4ZZ9A 2QCNA 1TPC1 2CW6A 2H8ZA 2QEZA 1TSIA 1LLZA 4O4VA 3MUXA 4ML9A 3NYZA 4ZQMA 4RZ4A 1MZHA 3TDFA 4OGZA 4RV8A 5A5WA 3MHFA 2GVLA 2QCDA 3HF3A 2ALDA 1KFEA 2RDUA 4JNMA 4JICA 2EGZA 5AHFA 3E49A 3B0PA 3UXDA 3QPYA 1C9DA 1OYCA 3BG3A 3W88A 1XDMA 3PB2A 4O52A 4R7JA 3W84A 3C2OA 1VH7A 1M6JA 5KMYA 4ZMGA 4QSHA 5LHFA 2A2IA 3UXAA 2BLEA 1TTQA 2Y85A 4WXYA 4QM1A 1XKYA 1J2WA 3FJ6A 4NJJA 4ZQRA 3M0ZA 2J9ZA 1R47A 3CIXA 2V30A 1KM4A 3C2RA 3HGSA 4PL2A 3PUEA 4Y6GA 3ZWTA 3M1ZA 4ZQOA 1I45A 2ZZ1A 3BG5A 1YTEA 1AL7A 1WV2A 5KSWA 1T0OA 1RR2A 4A22A 3W2UA 4CQ8A 2C16A 3W71A 5HJLA 2GVGA 3W2NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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