3IIVA

Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
AKRIDAALILKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPITVGGGIYDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGTKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKTEHFLEAFLAGADAAKADSVFHSREIDVRELKEYLKKHGVNVRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evolutionary Optimization of Computationally Designed Enzymes: Kemp Eliminases of the KE07 Series.
pubmed doi rcsb
molecule keywords KE7 KE7_R7_1/3H
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3iivA00
2C1HA 2XN0A 3BARA 3NL5A 2ABAA 3UWQA 1BWLA 3MWAA 3L68A 3U2OA 4WUIA 1JUEA 1OYAA 4A29A 5DN1A 3DXIA 5EY5A 1FWTA 1O5XA 4LW7A 3ANYA 3PF3A 1GWJA 1TV7A 4GUHA 3M5ZA 3TA6A 4DXVA 4BWLA 5G1TA 3UY7A 1A53A 5AFDA 4JTJA 4GBUA 2HMCA 3S0CA 4O8RA 1BEUA 1JUKA 2F84A 3W1MA 2QUVA 5C54A 3LHYA 1G67A 4HHPA 3IRDA 3KXQA 4O12A 1MEWA 4ADTA 1T99A 1H63A 5HULA 1H7PA 4KFNA 4K39A 4UFKA 1QPRA 1ZFJA 1FWRA 3NQ6A 1GVSA 1F6KA 1H62A 2CLIA 3W7EA 2OT0A 4HIBA 4PL1A 3TW6A 1YADA 3PSWA 1NEYA 4FNRA 4O14A 2RH9A 2JBMA 4JXCA 1QOPA 4WOQA 1MXSA 3S5NA 3SY5A 1DL3A 2R8WA 2VKZG 4OQVA 3B06A 1OFRA 3F4NA 4YMZA 1U83A 3G3DA 3LV6A 4MFDA 3P80A 2ISSA 3G1AA 5DLCA 1L6YA 4A2SA 1IXOA 1OG0A 1OX5A 2NUXA 4RV8A 4ZQMA 3NG3A 2V2HA 3FIGA 4Y9AA 1Q6LA 5D30A 1H7RA 2ISWA 1EIXA 3BW2A 2WJZA 2QUUA 3S1XA 3MHFA 1L9WA 2EF9A 3A23A 2Q3OA 5LNVA 2H6RA 3P84A 3GYEA 1THFD 3TQKA 2KZHA 3IIPA 5AN7A 3LTYA 4QISA 2ZA2A 4M6QA 3TKFA 2H90A 1GVFA 4AVFA 4WY0F 1KM3A 2QJGA 4JTHA 5HINA 4JX4A 2V30A 3CB8A 5DXYA 4N02A 1X8FA 4UXDA 5K2ZA 5BMWA 1KFKA 2C0AA 4JIQA 5D2VA 2Y85A 1OFAA 4DO5A 1S5VA 3P82A 3EKLA 2OJPA 2V0TA 4TIMA 4Z1CA 2FB3A 4L4LA 3G0UA 3BPWA 1J5TA 1VRDA 3WJSA 5IBXC 1PS9A 3GLCA 2B0MA 3LM7A 3GK0A 4Q4KA 1KTNA 5HQEA 1I2PA 1SZGA 3ATZA 3W2MA 2NUWA 1TPFA 5I3HA 2VENA 2E1DA 2ATSA 2VFEA 1Q6RA 4HN4A 4MLRA 3HG3A 2Z0IA 4UTMA 3HJZA 3NXFA 3R8RA 2YDAA 4GUFA 1D3GA 4JYDA 4JD4A 3LCFA 4TMCA 1AL8A 2FB2A 2XN2A 2EGZA 4TO8A 1G4TA 2ZQ0A 1E51A 1FCUA 1FCBA 1HUVA 3BGGA 1JCXA 3TR2A 3M5YA 3N19B 2I14A 3W2JA 3B4UA 3EKZA 2EPHA 1W8SA 1GYLA 1ONRA 2NXGA 4YL2A 2X2GA 3DU0A 1EPXA 2V5BA 3HQ1A 4IUOA 3WK2A 5G5IA 1ZALA 3EB2A 2Z1BA 1B4EA 1EEPA 3HGOA 4UR7A 3W73A 4DEFA 2G96A 4WY0B 2P10A 4WXZA 2CLHA 2ZRZA 3LTPA 3NEVA 1K03A 4UMBA 3OVPA 1VYSX 4WZHA 1SFJA 2VFFA 4IOTA 3W2UA 4E2DA 1G4SA 2GQ9A 5EL1A 2ZZ3A 5CZJA 2QAFA 2GQAA 3A5FA 5KZDA 1YTKA 2X1RA 4JX5A 4HKPA 1PCWA 2A21A 3LHTA 2CLMA 1F7BA 3QSTA 4NXSA 3RK8A 2J9XA 2FPYA 4RZ5A 3GNNA 3TNOA 1W37A 3OVQA 4CCDA 1QO2A 2WOQA 3STCA 3M0ZA 3G1FA 2DZSA 1L6WA 1TPEA 1JVNA 2A2IA 4CNNA 3G1DA 2J9ZA 2HS8A 3NGJA 4JTIA 3Q58A 1YPIA 2VEMA 3ZS4A 1G4PA 1OFDA 3LHVA 1NAL1 2E5DA 1UJPA 1W5QA 3DFTA 3HO8A 4UTHA 1GTHA 1VJIA 1VPXA 4KFPA 5HUOA 5KTLA 1TSIA 3PSVA 2RFGA 2OZ0A 1W3TA 3NPXA 4JTEA 3W2KA 2ALDA 1KFCA 1QFEA 3QW3A 4NNBA 5G4WA 2YYTA 4IMGA 1QWGA 2B7QA 4GXMA 3IGSA 2YW4A 4K7VA 5F2GA 2Y7EA 4LVAA 2CLLA 2B7NA 2ZTJA 3EX4A 3SECA 3PB0A 3W7OA 1WOBA 2E5CA 3LRMA 3Q37A 3NQ2A 1ZNNA 1AG1O 1C29A 2Y63A 3DKLA 1XC4A 2A85A 2YFNA 4HSOA 3C8FA 4NX0A 5LHEA 3MBDA 4IJBA 2OMAA 4ICNA 1K02A 4XKYB 3W86A 3LXCA 3C2FA 1O94A 3DI1A 3C4UA 4U4MA 3CEPA 3DGRA 2ZCGA 2R14A 3EWWA 3W7KA 3FKKA 1GTEA 1F05A 2JK2A 2FLIA 2QCCA 3W1NA 1DORA 3M5VA 3P8IA 1OX6A 3WK0A 4N9EA 4PL2A 4JN6A 4ADSA 4NXKA 3O06A 2VOMA 5HJLA 1ME7A 3NDOA 1XDMA 2DORA 3K30A 3W1LA 2DZXA 3M6YA 3DFSA 1JQXA 4I9AA 5LNSA 3QQ0A 1UCWA 4X2RA 2WNQA 1TPH1 1ALDA 1TTJA 1YDNA 4JTKA 4H6KA 3BK0A 4IMCA 4LNYA 3GR8A 3NPUA 3IIZA 2NX3A 5J5DA 5U4NA 3A22A 1TRDA 4B5NA 4O15A 1LROA 1IXNA 3L5AA 2CZDA 1OK4A 2CW6A 5I3FA 5D02A 2NV2A 1EUAA 4UTWA 1EWEA 3RFAA 3W23A 5FEPA 5J5RA 3F03K 4NZJA 2WSYA 4LT9A 4LOCA 3MMTA 4MJZA 1YXDA 2PRMA 1KFLA 4UTLA 1GT8A 4WQ6A 2ZA1A 3QW4B 3W7GA 5F4WA 2RKXA 1QO5A 3W7HA 3FYPA 4OU1A 2JKAA 1TMHA 1J4EA 2D73A 5CZTA 3GAKA 1H51A 1MEHA 2Z2UA 2V82A 1LRTA 4CNPA 2AQWA 1O4UA 4LVFA 3U8GA 5EMUA 2V81A 2YX0A 1EP2A 1OF6A 2VC6A 4O11A 4JTTA 2Y88A 5BRBA 1JCYA 5DCBA 3W70A 5GVJA 3W2NA 2NZLA 2CU0A 4E2BA 2Y7FA 3LRKA 4ONVA 4P2VA 4QJ1A 2FDSA 2VXNA 3KVLA 1VLIA 3STFA 4O1BA 4OBTA 4KFOA 1K7FA 4JIPA 2CZFA 1XUZA 4R33A 3TJLA 5I3IA 3N2MA 2QCGA 3O63A 1L2UA 1ZENA 2VFGA 1Z42A 1FXQA 1TTPA 4UCGA 5F1VA 5FF4A 3CWNA 3QRHA 1LOSA 4A3UA 1TYGA 4UMAA 3PY2A 2EAWA 4AF0A 4MFEA 2W0UA 2GVLA 1I2OA 4RXFA 4EF9A 5AYYA 4R53A 3E0IA 4TU1A 3P8JA 3CEUA 1KM2A 4CQ8A 1WOAA 3UWUA 1LORA 3L5LA 5FEZA 4MPQA 3BLEA 1V5XA 3C0JA 4DF1A 2PRLA 2H8ZA 3STEA 4LWWA 4Y6GA 3LHZA 1OYCA 3YPIA 1RQEA 3W22A 1W1ZA 5DBUA 1SO6A 2PCQA 3HGRA 2JGYA 2R91A 2DZVA 3W1QA 3NQ7A 5D37A 2C19A 1H7WA 1QOQA 1R2RA 1QNVA 5HWJA 5F1UA 1GVRA 3TW7A 5LKYA 1M7OA 3NQGA 3NR0A 3QC3A 1TV5A 2DU2A 2P1FA 1Q6QA 2X1UA 4ZMGA 2QCDA 1SO3A 3LCGA 3S5OA 2Y7DA 1IIGA 2QDGA 3HGJA 4WY0A 4OT7A 1C8VA 3G1HA 2DP3A 2C15A 5DCDA 4K6AA 3SR7A 3GR7A 2NV1A 2Z6JA 1FUYA 4NJJA 2BX7A 2DZUA 1H60A 2ZRXA 3W1PA 4GNJA 3W7QA 4JY9A 4LTSA 3M44A 1KM6A 4JTUA 2DZPA 4MIMA 4AH7A 4O17A 3QJAA 3TCEA 1PHQA 3UXDA 2J6XA 5G1YA 4MZ8A 4C1LA 3G0SA 2EHHA 1H5YA 4CCEA 1B57A 4JTFA 3N3MA 1I45A 4AMAA 3MYPA 3LCWA 3QM3A 4DPQA 2FFCA 3WJYA 3M7WA 5D05A 3LXAA 1PCKA 3C52A 5KINA 5LNWA 2J9YA 2J27A 1F74A 4N9BA 4FX8A 1LZOA 3UWWA 2ZA3A 1KM0A 5D32A 1JQVA 1WYIA 2V2CA 3IVSA 3GDKA 3B0VC 1FQ0A 1FCQA 4QQ3A 4Z0SA 2A5HA 4Z1BA 4Z1AA 5CSRA 4MY8A 3CIWA 1DJQA 3TQVA 5DY3A 2IQTA 1VC4A 3DAQA 1XBVA 3MP3A 4NX5A 5SWUA 4FIRA 4MLJA 4UTTA 4IQLA 1SU5A 4O4VA 3SIZA 2RDUA 1R46A 2VFDA 2NXIA 4MYXA 2O7SA 3AJXA 2E6YA 2WNNA 5TQLA 4IXXA 3R13A 3C3NA 1F76A 3DH7A 1DV7A 2QCNA 4O0ZA 5FEXA 5TIMA 5HWMA 2RDWA 2ZRUA 1GG1A 3R89A 3NQDA 3W71A 2F7FA 4Y96A 3W07A 4OGZA 5K7JA 3KRZA 3N9SA 3FKRA 5E1QA 3UZ5A 1TQJA 4NNCA 4XKYA 4AAJA 2WSRA 4JY8A 3SJ3A 1Q3NA 4AB4A 1YXCA 3CPRA 4DF0A 3RU6A 3W1XA 3DBPA 4IXHA 4RXGA 1YTEA 3FJLA 3FA5A 2A4AA 2C16A 3KAOA 1VYPX 5F2MA 4QITA 3W75A 1W3IA 3UYCA 4WX2A 3VE9A 1LLWA 3HPSA 1IGSA 1OFEA 1DKWA 4R34A 5C2XA 2YGYA 4M19A 5KMYA 3UXAA 2R94A 2YXGA 4JTSA 4DO4A 3S1VA 2BXVA 2OT1A 1EA0A 4M7SA 4XZ9A 4EWND 3P7YA 1KTBA 3LBMA 5C6MA 3R5EA 4O1CA 2J24A 5FF3A 1EUNA 3THQA 4FNUA 4NJGA 3RNDA 3NL3A 1R30A 3GNDA 1UBSA 5G4EA 3PC0A 2A6LA 1TO3A 4CQ9A 2GJLA 3TH6A 2ABBA 1VHCA 3QMSA 4AF0B 1H1ZA 3LV5A 4CCCA 2CZEA 3CIXA 2AGKA 1AL7A 3TMLA 3W74A 1TPWA 1PE1A 3QMTA 2GOUA 3TX9A 1OFOA 3S5ZA 3UY8A 1HFBA 4RLIA 1TCDA 4M6PA 2GVGA 5LNRA 2WNZA 5G2IA 4LV9A 1XBXA 2YSWA 5EKYA 3A5VA 3NM3A 1LYXA 4JX6A 4LVDA 3W7JA 1SZNA 3PG9A 3NA8A 4A21A 3VCRA 2QR6A 3BG3A 5LHFA 2PURA 1DQWA 2FTPA 3L65A 1IF2A 1EX5A 1LBMA 1HO4A 4UFLA 4GUIA 3E49A 3TDFA 4QNWA 4UTUA 4HPJA 3L5MA 3PBWA 4MJMA 3HB9A 3C2OA 1ZY9A 4O53A 3MI3A 3LXBA 5HR7A 1S3HA 2H3DA 4MY9A 4P61A 3THAA 2QCDB 3NQVA 1S5TA 4O1AA 2QCMA 3N73A 1KA9F 1KM1A 3LI0A 4IMFA 2OCZA 4IMEA 4NVTA 4JS3A 3C2RA 1FDJA 2ZYFA 4DELA 4W9TA 2QCLA 1VHNA 4M5PA 3BO9A 2TRSA 3PBYA 2A7PA 4FB7A 1BWKA 1QPQA 1GZGA 5CZSA 1KLZA 3MBFA 3W76A 3KVJA 4EOUA 2BZNA 2QCFA 1UUMA 3HPZA 3MP4A 3KFTA 3BLFA 4ORIA 2ZZ7A 1GVOA 2ZRWA 1T96A 3QSRA 1QPOA 3UWZA 3UQNA 1XI3A 5D33A 3G8EA 1TQXA 2NUYA 5CPOA 5LGXA 3HBLA 1NVMA 4E38A 1OFBA 3DI0A 4JGDA 4N4QA 5CPMA 2BLEA 3G1VA 2CLFA 3CWOX 3W1AA 2RDTA 3T44A 5AB3A 1SZEA 1XL9A 5FF2A 3EWUA 5G2HA 3DFOA 4WXYA 2CLKA 3OHIA 4CLMA 2ZZ6A 4JTGA 3G3MA 1W54A 1GQNA 3ATYA 3BLIA 3GXPA 4Y90A 4AHQA 1ME8A 1K8ZA 5K4XA 1X7FA 2HTMA 3TXZA 1X6UA 1SSDA 1WAUA 4HNTA 3ABQA 3I7SA 1D9EA 3C61A 5H2ZA 4IPJA 4OHQA 1OABA 4JYFA 4ADUA 2C14A 3R2GA 4AEOA 3M1ZA 3W7MA 1JUBA 5CSSA 5AYZA 1KFEA 3WFAA 4N6FA 3FOKA 2DZTA 3LI1A 1V7YA 4UFHA 3HG4A 2WSQA 4WJEA 5KZEA 1Z41A 4U28A 3EWZA 4Q32A 1F6PA 2A1YA 1QPNA 1GYNA 4HSNA 1LP6A 5IBXA 1JJKA 5AHMA 3TFXA 1NF0A 4GWEA 4FO4A 4UTIA 1TPB1 4XQ6A 2VFHA 3LCXA 5C55A 1XDLA 1W5NA 2ATMA 3P74A 3LCIA 3NQ8A 1H61A 5EA9A 3BG9A 1EP3A 1BKSA 4GUGA 3NQAA 3PAJA 4PFMA 2QDHA 3L21A 2I1OA 4YCOA 3C56A 3O15A 5H91A 5K9DA 3TC7A 4LRTA 5FESA 3NL6A 1IXPA 3R12A 4FIQA 1KV8A 3SSJA 2CWNA 3GDMA 3W7PA 4UC5A 4ZL1A 1AK5A 4NJHA 1W5OA 2YFOA 3N2XA 4RK8A 1TJRA 1L6SA 3NQFA 4RKAA 4RR4A 3G22A 4BR1A 5CG7A 3VI2A 4AHPA 2C3ZA 5CZ0A 5AYXA 1VH7A 3UPBA 3NOEA 1K8XA 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 3MI6 A;  1TV8 A;  4QNE A;  3TUU A;  3PS7 A;  4XUG A;  1W5M A;  2Y89 A;  4K36 A;  4O18 A;  5HNR A;  1VGA A;  4LY8 A;  2C6Q A;  3O6C A;  3RLV A;  2GJN A;  4C1K A;  1RQH A;  4NU7 A;  4EF8 A;  3LER A;  3MUX A;  2VEL A;  6ALD A;  3Q2D A;  2C13 A;  2TYS A;  2ZRV A;  3P62 A;  3NQM A;  3P5Y A;  3LTS A;  1OHL A;  5AC6 A;  1H50 A;  1QR7 A;  3PR2 A;  5MHB A;  4FNS A;  4L4M A;  3WK1 A;  3LX9 A;  2VEI A;  3M41 A;  1P4C A;  1Z44 A;  2YPI A;  1H7N A;  4K8E A;  3NNT A;  3PM6 A;  3W1T A;  2X1T A;  2GQ8 A;  2UV8 G;  4YCP A;  3CQ0 A;  4N9C A;  3TXV A;  3STG A;  3EX1 A;  3VKJ A;  2GPT A;  2E09 A;  2PE4 A;  3WK3 A;  1MEI A;  1X1O A;  3HG2 A;  3UWV A;  4FF7 A;  2WO5 A;  1SSG A;  3C6C A;  4PA8 A;  1VS1 A;  1W56 A;  1XXX A;  1WX0 A;  1LRQ A;  2CLO A;  3NZR A;  4K38 A;  4LRS A;  4LS2 A;  3G1X A;  4NZF A;  1FCV A;  5TBO A;  1LOQ A;  2WPB A;  3IIX A;  4H3D A;  3EXR A;  2QAP A;  1A50 A;  3E9A A;  3GDR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SFT A;  2PZ0 A;  3MWA A;  1ZTV A;  3VX0 A;  4LJ3 A;  4Z1Y A;  5DN1 A;  3TYD A;  3UVA A;  4AZ7 A;  3AU6 A;  1FWT A;  1GWJ A;  4PTX A;  4H9M A;  4GUH A;  2YXX A;  2IUZ A;  1R3Q A;  3FN9 A;  5BWA A;  4O8R A;  1CDG A;  2NSO A;  1JUK A;  2QUV A;  1G67 A;  1JXK A;  3ARY A;  4HHP A;  1UQY A;  1EBH A;  3B4Y A;  3R58 A;  3KBS A;  3S3G A;  2BY0 A;  4TVU A;  3D47 A;  4HMN A;  4AZB A;  4FR1 A;  4F0S A;  3SJN A;  3NQ6 A;  4I9T A;  3OZY A;  2CLI A;  4HB7 A;  1YAD A;  4KW2 A;  1E5N A;  1KCL A;  1NEY A;  2FTY A;  4FNR A;  1C9W A;  4LUT B;  2YCL A;  3WD4 A;  4WOQ A;  4D71 A;  1DL3 A;  2GVE A;  3R7M A;  5I5R A;  4HU3 A;  1CPU A;  2WVV B;  4A8R A;  1U83 A;  3LV6 A;  3TN6 A;  3OU8 A;  3BUV A;  1DJY A;  2HPM A;  3WH8 A;  4EE9 A;  1J10 A;  3UCQ A;  4M3P A;  4MSS A;  2C79 A;  3T1G A;  3ALG A;  2ISW A;  3S5S A;  2OOD A;  1GVE A;  1NEL A;  4FLS A;  2D0H A;  2EF9 A;  2IXV A;  2DZB A;  1VFO A;  3ISI X;  3WNL A;  1THF D;  3IIP A;  4R88 A;  3TKF A;  5CSU A;  2VZU A;  2ISF A;  3GH5 A;  3GBE A;  3SIM A;  4CD6 A;  3CB8 A; 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