3IIX | Genus

Total Genus 141

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	347
structure length	344
Chain Sequence	MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9538531185794943__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9538531185794943__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3IIX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9538531185794943__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9538531185794943","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3IIX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9538531185794943__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff2dcc04add4e4c9885821/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff2dcc04add4e4c9885821/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff2dcc04add4e4c9885821/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff2dcc04add4e4c9885821/pdb.gz): 67 ms

reading 344 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

344 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:343});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Adomet binding protein
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Unexpected electron transfer mechanism upon AdoMet cleavage in radical SAM proteins pubmed doi rcsb
molecule keywords	Biotin synthetase, putative
total genus	141
structure length	344
sequence length	347
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-08-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3iixA00

2V30A 5AHNA 3C2EA 1JCLA 3CPRA 1WA3A 1HUVA 1XBZA 3LXBA 4K39A 4JTSA 3UZ5A 1VLWA 4ADTA 3W7OA 5AYYA 2YYTA 2FPYA 4RZ4A 5F1VA 4O1DA 4NNAA 1MEHA 2P10A 5EBUA 5H2ZA 1BKSA 2QUTA 1BWKA 1TPFA 1G6CA 4OV4A 2XN2A 4S1FA 2QUUA 1G7UA 3QFEA 3PBVA 2CZDA 3W7HA 5AHEA 1V7YA 2CLLA 4WOZA 1K7FA 1EWDA 4DXVA 1AW2A 3DHFA 1KBIA 1T0OA 4A2RA 2YZRA 3NA8A 3LI1A 1F6PA 4EOUA 5D2TA 4QNEA 3P67A 4MY8A 2B7NA 2FB2A 5FEXA 1XBVA 4ORIA 3DFPA 3W1XA 3N73A 4RXGA 1KFLA 2Y7FA 2C16A 1P4CA 4HNNA 4BI6A 5FF7A 1EA0A 4RXFA 1FWNA 1FDJA 5DXYA 2GJLA 3TCEA 2FB3A 1YADA 3S42A 2Y70A 3PBYA 3W85A 5C2XA 4FNQA 1ZHAA 2E5CA 3Q37A 1H50A 3W7KA 3TSDA 2NZLA 4KWVA 1VPXA 4UNLA 4U28A 1SW0A 1H63A 1IXNA 1G67A 2AAMA 3DFTA 3O63A 1L6YA 4ZVJA 1JUBA 3L5LA 5DBUA 5HWJA 2A5HA 5FF4A 4JTHA 3GK0A 3G1HA 2Q8LA 3MMTA 3UWYA 1SO6A 2QAFA 5I3GA 4DPPA 2OT1A 4A2SA 5KMYA 2C15A 3IIVA 4KFNA 5BMXA 3CIXA 5TBOA 4UMBA 4UTWA 4XUGA 2HS6A 4AWUA 1H1ZA 3NQ8A 1TQXA 1LRNA 3T7VA 3W7JA 3NDOA 3MJYA 4HNUA 1W5PA 2NXIA 4LY8A 3G1FA 1GTHA 4GBUA 2CLIA 4J9JA 1H60A 2CW6A 3WK0A 1VCGA 1OJXA 1HTIA 3L66A 2J9YA 3C52A 1GEQA 4Z1AA 2FQIA 1S5TA 4AH7A 3N2XA 3BW4A 2Y63A 4FXRA 3NQMA 5I3HA 5K9DA 2TYSA 4KKXA 3IV3A 2OZ0A 4R33A 4M6PA 5D02A 3GDMA 5KITA 4ALDA 4C1KA 3S9YA 4LRTA 3EX6A 1TTPA 4MY1A 2H8ZA 3B05A 2A1YA 3M1ZA 5K9XA 4O53A 2NUYA 4QQ3A 2FIQA 2DZPA 1HO1A 1GJPA 1QPOA 4LS2A 1R2SA 2R14A 4BWLA 4R7JA 1KLZA 1WYIA 3A5VA 3MO7A 4AVFA 4NZJA 2OT0A 3MHGA 3NQGA 5C55A 5CSSA 4LW7A 5CZJA 1RPXA 3D0CA 1ZALA 2BXVA 4ZQOA 3THQA 3P60A 4A3UA 2VFDA 3FKRA 3IVSA 5J5DA 1ME9A 2DZWA 4LC8A 2O7SA 4FIRA 2WSQA 1JQXA 4LU0A 4H4IA 3W73A 3S1XA 1SZFA 3SGUA 3TFXA 1B57A 5D30A 3WK1A 1W31A 4RZ6A 3HG2A 1WX0A 4HKPA 3LRLA 3OHIA 4K6AA 4JDBA 1DJQA 1ALDA 1GVOA 1SR9A 1YDOA 1IXOA 1W5QA 1KM3A 4IXHA 1JUKA 2V0TA 4PH6A 3C4UA 5LGZA 1SO4A 4S2BA 3JS3A 1VRDA 1VHCA 4JTIA 2QCGA 2VFEA 1TTJA 3L9CA 3JR2A 1VCFA 3DHDA 1OK6A 4IGHA 4JEQA 2RDTA 2UV8G 5DELA 4WY0A 2VENA 1OFBA 1A53A 1KW1A 2VFGA 5LKYA 1QPQA 4HPXA 3DGRA 5HNRA 3MBFA 4K7YA 3PWAA 3TMLA 3W2MA 3CTLA 3UYCA 3LV5A 1VGAA 4FNUA 3B0PA 4IJBA 4N6FA 3IVUA 3P8JA 2QJIA 2Z6IA 4JGDA 4HN4A 5J5RA 1KFEA 4UUIA 3RK8A 3SSJA 3W7EA 1OHLA 4JR5A 4WZHA 4Q32A 3ABSA 3TC7A 1H61A 1ZCOA 5F2MA 3HO8A 3IGUA 4A21A 3W7RA 3HG3A 2QDGA 1OYBA 1YTDA 1LTDA 3BV4A 3M5VA 2A7RA 3BARA 4LS0A 2CLMA 3TDFA 1ZAIA 3R2GA 5I3FA 1BEUA 1FDZA 1M7PA 5I3JA 1ZAJA 3MWAA 3MHUA 1G4EA 5CGQA 1GZGA 5DN1A 3M43A 3M6YA 4FF7A 3LHYA 2RFGA 3P81A 1V5XA 4D2JA 1A5BA 3CHVA 3W7DA 4LRSA 2I14A 3O1NA 5D32A 1XKYA 1WOAA 1WXJA 5DBTA 3W7NA 4DF1A 3TA6A 3A22A 2FTPA 3LHTA 3TXVA 2DZVA 4N2YA 2GPTA 5U7SA 3HGRA 4PODA 3BW3A 3TH6A 1GVRA 3MI3A 3W7QA 1W5MA 3LGEA 2E09A 1TPC1 1AW1A 3TXZA 3LLFA 2ZDRA 1PHQA 3FKKA 3DKJA 5TQLA 3B4UA 3NZ1A 2VXNA 3NQ2A 3W1AA 2B7OA 3GYEA 4O28A 3VI2A 1TSIA 3HF3A 3L67A 1GQNA 3E96A 3NR0A 3OA3A 3SECA 2DJXA 1WQ5A 4GXMA 1KV5A 2ZZ6A 1LZOA 3M7WA 5DCEA 3P82A 1W5NA 1ZJIA 1I2RA 2GQ9A 3HG4A 5D09A 3H53A 1L9WA 3FS2A 3H55A 4WUIA 2GJNA 1SFLA 2YGYA 1FWTA 3GDKA 4UMCA 1MEIA 7TIMA 3TFCA 1H51A 3I7QA 3O15A 1DV7A 2ZZ1A 2WO5A 3PUEA 3NNTA 5HWMA 3IIPA 1FDYA 1O95A 5LHEA 3GNDA 2GVGA 2X16A 4LUJA 4O8RA 4O17A 5D2XA 3FJLA 5F4XA 3C3NA 3EX4A 1XDLA 5A8GA 3KVJA 5EKYA 2B0MA 4GUGA 3CU2A 3NYZA 2WOQA 3SZ8A 2YW4A 3M5XA 2W6RA 1LYXA 5K4XA 3QMTA 3PULA 1F5ZA 4ICNA 2ISSA 1TPEA 3W1PA 3BK0A 2G96A 1KLYA 3TX9A 5FEWA 2I1OA 3ZR4A 3WJZA 2CLFA 3G1XA 3NM3A 4HHPA 1VJIA 4GE8A 1WBHA 4JY9A 3DI0A 2YW3A 1X7FA 1QFEA 3M41A 2FFCA 3C0JA 3LCLA 2E6FA 2GQ8A 4GWEA 4K8EA 4O0KA 3QW4B 1FCBA 4I9AA 1A50A 1OYAA 3A9IA 4A29A 4ZQPA 1GTEA 1JCJA 4GUJA 3MYPA 3W1RA 5LSMA 3L5AA 1EX5A 5K7JA 3N9RA 5HQEA 3TAOA 3ZWTA 3UD6A 4NUWA 1GVSA 1TIMA 3THAA 2Y7EA 4FNRA 1HL2A 1YXYA 3P5ZA 2ZZ3A 4MPQA 4NJKA 2IQTA 3UWUA 1JCNA 3SFKA 3FYOA 5LZLA 3EWUA 1XI3A 3W83A 3TQKA 1M6JA 4AEOA 4HIBA 3SJ3A 1VS1A 1LOLA 2E6DA 2ZA2A 4Q4KA 1H7XA 1WBJA 4JYEA 4UTUA 1MSSA 3NPXA 3WJXA 4WOQA 5AYXA 5F2LA 1KM1A 2DORA 3M0ZA 4O57A 4EWND 3NOEA 4NNBA 1GT8A 2AQWA 1DL3A 1L6SA 3FJ6A 4AHPA 4N02A 4UFIA 3QEZA 1QMLA 4MFDA 4UFLA 4O1BA 3W87A 2J24A 1KM2A 1TO3A 1FWWA 3GR7A 4JTGA 1TPWA 2DZSA 4JIQA 1R2TA 4WX2A 1RQEA 3L0NA 3W22A 1EWEA 2A6NA 3CQ0A 1ME8A 5BOOA 5K2ZA 4RCXA 3TNOA 1RR2A 4TX9A 2ZRZA 1D3HA 1OFQA 4WQ6A 3FOKA 4DO4A 1W3TA 3BVJA 4O16A 3LXAA 3DENA 3UWVA 4AWSA 4O15A 1LCOA 3EX2A 4MFEA 2V2DA 5AC8A 4AMAA 4Y6GA 4TO8A 3W2UA 1CX9A 4RLIA 4ZQRA 1QWGA 2O7QA 1OX6A 2Y7GA 4MOZA 1RQHA 1NFBA 2NWRA 5D04C 4EF9A 1I2NA 4IMFA 3EXSA 3TROA 5DY2A 3R5EA 4Z08A 2WQPA 2WNNA 1L6WA 1XBXA 3CLMA 4IPIA 4MJZA 4LV9A 4WXYA 4JICA 1K3UA 1KM0A 4MZYA 4UFHA 3UPBA 4UNKA 1KM6A 1P0NA 3GIYA 5ABTA 2QCEA 3G3DA 3LCHA 4FX6M 3QF0A 4BF9A 2V82A 1G69A 5D38A 2VKZG 2H90A 2V8ZA 2J9XA 3M47A 3T55A 2OX1A 3LCFA 3QSTA 2Z2UA 3R13A 1RVGA 3F4NA 3T40A 1EEPA 2XFWA 1VYSX 3LCGA 4TR9A 2ATSA 3CT7A 4AF0B 1VH7A 1IXQA 2V9DA 4X3ZA 2FPTA 2PRLA 3OVPA 3BG3A 1YDVA 3R8RA 3PAJA 5C5YA 1LLWA 5FI8A 3ABOA 2QF7A 3W7GA 1WDWA 4L4LA 4JNMA 4Z1CA 4UTMA 3OEXA 4QITA 4LVBA 2Q3OA 2PRHA 3STCA 3KFTA 4BK9A 3W3OA 4ORMA 2A7NA 2GVLA 8TIMA 4NJIA 2YFNA 1JJKA 4X9SA 1EUNA 5K4ZA 3PUDA 3WJYA 2AGKA 3PG8A 5HR7A 3GDTA 1SFJA 3UY8A 1W1ZA 4DO5A 1O60A 4LNYA 2RH9A 2X2GA 3S1WA 4IPJA 3CWOX 4I7VA 4NVTA 3GAKA 2A7PA 3UY7A 2JKAA 1Z48A 1VYPX 2ZRUA 4O12A 2Z6JA 4Y90A 2A21A 3FEMA 3NL2A 4CCDA 1TPB1 5LNWA 3IRDA 1TJRA 1LP6A 4JY8A 1XBYA 3EEGA 1VQTA 2B4GA 3HPSA 4AF0A 4AXKA 2E5BA 3S5NA 4JX4A 5LNVA 1JRCA 3M5ZA 4NXKA 4R53A 5C54A 3GXPA 3CEUA 5AOUA 4E0CA 4B5NA 1F05A 3GZ3A 4K8HA 2RDUA 3W6YA 1OFPA 3OG3A 4AHOA 4ADUA 3NPVA 3W70A 3IEBA 4JYDA 2Y85A 1O5XA 4UTLA 4OWGA 2PC4A 4LUIA 3V75A 3P8IA 3TMQA 3P5YA 2C3ZA 2VOMA 4RV8A 1YPIA 3LDVA 3W1UA 3E02A 1TV7A 5AHFA 3A21A 1ZAHA 1GVFA 4N9EA 5D2VA 3L68A 1O94A 4GJ1A 2ABBA 4HT3A 3NQAA 2H6RA 2ZZ7A 5F4SA 3STGA 1GPWA 3B03A 3LTSA 4CQAA 5LNSA 2W0UA 3PB0A 3N19B 5G5IA 4GUIA 1S3HA 5CZTA 2YSWA 3W7PA 3G0UA 1UUMA 2QCLA 3G1YA 4UXDA 2TRSA 3TJLA 2G95A 1C29A 3LM7A 4YLWA 4WY0B 1OFRA 1EB3A 2EF9A 2DJLA 3P61A 5D2YA 2PRMA 3TC6A 3L5MA 4CNPA 5HUPA 3USBA 2TMDA 1QCWA 1W3NA 3EWWA 5HJLA 1G4PA 1W37A 1XFBA 1IXPA 2PCQA 3RNDA 4CQ9A 3M9YA 1R2RA 3QZEA 3EWYA 2ZA1A 3A5FA 4JTTA 3U6WA 4JIPA 2H8XA 4MLRA 4WJEA 1I8JA 4R34A 1AL7A 1AL8A 1Q6OA 3GB6A 2KZHA 1PS9A 2YR1A 4I7UA 5IM51 1DKWA 4MKNA 3P84A 3QQ1A 3STEA 1VLIA 3BGJA 1OG0A 3QRHA 3G24A 3WK2A 3NQ7A 1TPH1 1RZMA 1TQJA 2EHHA 1FCUA 4UIOA 1FCVA 2J27A 3O05A 3G8EA 1FUYA 3V1PA 4O19A 1AG1O 2CLEA 1TRDA 1FXQA 5DXXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3IIXA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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