3IRD | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	SIFKGSGVAIITPFTNTGVDFDKLSELIEWHIKSKTDAIIVCGTTGEATTMTETERKETIKFVIDKVNKRIPVIAGTGSNNTAASIAMSKWAESIGVDGLLVITPYYNKTTQKGLVKHFKAVSDAVSTPIIIYNVPGRTGLNITPGTLKELCEDKNIVAVKEASGNISQIAQIKALCGDKLDIYSGNDDQIIPILALGGIGVISVLANVIPEDVHNMCELYLNGKVNEALKIQLDSLALTNALFIETNPIPVKTAMNLMNMKVGDLRLPLCEMNENNLEILKKELKAYNLM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of Cbot-DHDPS rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Clostridium botulinum a str. hall
total genus	113
structure length	291
sequence length	291
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2009-08-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3irdA00

2QEZA 1LZOA 3LERA 3N2MA 3GDTA 5K2ZA 3EXSA 5K9XA 2RKXA 4D2JA 1OFOA 1ZENA 1K3UA 3TXVA 1TPC1 3DKLA 3N14A 1BWLA 1BKSA 1R47A 3CT7A 3CM4A 4O13A 1K03A 3GR7A 3VI2A 1JCNA 3ABQA 1LCOA 5LHEA 4ORMA 4ADUA 3TW6A 4JY9A 3PG9A 3L0GA 4C1KA 2ZCGA 3O6DA 3NDOA 3FS2A 2EHHA 4MY8A 3MJYA 3FFSA 1H1ZA 1H7WA 4CQ8A 3H55A 3UXDA 1DBTA 3RLVA 4NZJA 4ORIA 4RLIA 1FBAA 1LP6A 4FO4A 3BG9A 4HIBA 5K4XA 1OF6A 3VFLA 3DH7A 3S9YA 3M5VA 2BX7A 4KWWA 3ABRA 1GZGA 1GQNA 3D0CA 1ZALA 2QCGA 3R2GA 3Q94A 2VOMA 1JQVA 4UMCA 1OK6A 5LGXA 4OE7A 4HNTA 4KFPA 1M7OA 4ZMGA 1RPXA 4POCA 3R8RA 4YXGA 5E0KA 1NFBA 1SQ7A 1QWGA 4IPJA 5I3HA 1K02A 3TKFA 3W7HA 2QJGA 3GAYA 3PG8A 1FWTA 3NQFA 3TROA 5T26A 3TC6A 4R33A 1OFDA 3T44A 3W7KA 4JR5A 2KZHA 2V30A 3WK3A 1XL9A 5BMXA 5CPOA 4EVZA 1IGSA 2HTMA 4FEZA 4K6AA 3W23A 2ZTKA 4O4WA 4UFJA 3DU0A 2D73A 3S1XA 3MI6A 4OV4A 1K8YA 2E77A 2ZRVA 4FNTA 3MBFA 2B4GA 3W7EA 3RNDA 4M6PA 4ADSA 2CW6A 5H2ZA 2H6RA 4LS1A 3KVJA 1ADOA 2CLMA 5MHBA 2I14A 1NSJA 1DQXA 4UXDA 3P60A 4N9CA 3U6WA 3W7MA 2Y7FA 3ZS4A 3P62A 4MLRA 4FX7A 3MP5A 2BLEA 3GDMA 3S5OA 1R46A 3LXBA 3NPVA 4O54A 2QUUA 4WQ6A 3SW6A 1LRQA 4FF7A 3KOFA 3QQ1A 4IXXA 3UY7A 3W75A 4OV9A 3W2NA 1JCYA 1SFJA 1CW2A 4JYEA 3CQ0A 4UNLA 2Y61A 3M6YA 4O17A 1UB3A 3S42A 3STGA 3W2JA 3UZJA 3PS7A 3TQKA 1H51A 3WK0A 4JX5A 5AC8A 2X16A 4LC6A 3M9YA 4E2BA 2E6AA 1W5QA 3MW7A 3GX9A 2TYSA 2NUWA 1KFKA 1H7OA 2YR1A 3C8FA 4OWGA 4RXGA 3NL5A 1VCFA 2A1YA 2R8WA 4QJ1A 3QC3A 4M5PA 1LM1A 6TIMA 4OQVA 1MEHA 5LGZA 1G7VA 3LLDA 4JS3A 2DZXA 1LBFA 1EEPA 3E9AA 2PURA 1VCGA 1TYGA 3DFSA 1V7YA 1P5BA 5HR6A 2E5BA 1HUVA 1RD5A 1ZY9A 3VNDA 3QJAA 4A29A 2BZNA 1A5BA 2NWRA 3HO8A 3M5ZA 2FPVA 5G4WA 1OYCA 4GWEA 2AQWA 3SGUA 3DENA 2JBMA 4H6KA 4P2VA 1VPXA 2WNNA 3G1SA 2ZA3A 3W7CA 3RK8A 3W1TA 2C13A 3ELFA 4EIVA 2GOUA 4YMZA 3IGSA 5DELA 1TIMA 3B0UX 1QPOA 3O6YX 1K7XA 1TSIA 2VEIA 5FF7A 5C2XA 3TXZA 3UD6A 4EWND 3L5AA 5AFDA 1XCFA 1BWKA 1OFEA 3LGEA 3OIXA 2VEKA 4Z0JA 3QF0A 1OYBA 4M6VA 3HB9A 1XC4A 2NZLA 4WXYA 4P61A 3P7YA 1AL7A 1O94A 4FNSA 4N2YA 1UBSA 3QPYA 3SI9A 3HPZA 3I68A 1XUUA 1EP2A 3DHDA 4NXKA 5KZDA 1TTJA 1VLWA 2DORA 4NQ1A 3QW4B 3OBKA 2YYTA 1TPUA 4NJGA 1HL2A 5I3FA 1QPNA 1SW7A 3PSVA 2VENA 3W1QA 5DN1A 1H7NA 1VLIA 4LC8A 5BOOA 3CIWA 2XN0A 3NOEA 4UFLA 5D03A 4JDBA 3USBA 4CNOA 1XXXA 4MJZA 4LVAA 3TU9A 3CWNA 1TTPA 5DCBA 2OMAA 1YPFA 4IJBA 1H61A 3FYPA 1LBMA 3W1MA 1Q45A 3NGJA 4NZFA 1T8XA 3LCLA 1OX6A 2R94A 4OGZA 1DQWA 2QCHA 3FIGA 3QQ0A 4LY8A 3AJXA 3C61A 4M19A 5HINA 1TTQA 4GXMA 4K39A 3FKRA 3NQVA 1XBYA 3CEPA 2YPIA 3C2EA 5IM51 5AOUA 4MUZA 5EBUA 2QCDB 3PUOA 3NPUA 3W07A 4A3UA 1F6PA 5HWMA 1ICPA 3NQGA 2OT1A 1Q6LA 3CLMA 3TC7A 2E5CA 4OU1A 3PBYA 1LLZA 4GUHA 1R2RA 4X9SA 3NPWA 1AW1A 1UUMA 3TNOA 3LOTA 4FX8A 3NR0A 2X30A 1J2WA 3Q2DA 3LBMA 4FNQA 2QDGA 5EPDA 1JCMP 1YDOA 3G22A 4R34A 3BG5A 3W7OA 4A22A 3G24A 1EUAA 1F73A 3CHVA 4LU0A 2GQ8A 1R2SA 1HO1A 1O5KA 4O1CA 3HMJG 1CX9A 1TQXA 2C15A 5D2VA 2XN1A 4A2SA 5D04C 3W3OA 2QF7A 4MY1A 5LSMA 1QPRA 2YYUA 3IVUA 4ZQPA 5IBXA 1DKWA 1ZHAA 1VJIA 4XWUA 1SW0A 3N2XA 2Y63A 5D38A 3TFXA 4XTDA 1MEIA 3PVFA 2ISVA 3G0SA 3G0UA 3O05A 4XQ6A 1I8JA 3GXPA 1W5NA 4HT3A 3CEUA 2XN2A 4JTSA 4HPJA 2NUYA 3GR8A 2GJLA 2WPBA 1Y0EA 3UYCA 1RV8A 2QAFA 1YLVA 3VE7A 3MI3A 4BFAA 4LUJA 4O16A 1KFEA 2V5LA 3QRHA 2DU2A 2XFWA 1TPVA 1XDLA 3NQ2A 4FNPA 4GUIA 3MUXA 4CNPA 2EPHA 4HN4A 2CU0A 1GVOA 4DBDA 2B7OA 3QH2A 4N02A 1K8XA 3GK0A 5E93A 5EYWA 1XM3A 3IEBA 3W7JA 2ZZ3A 1XUZA 2FDSA 4NNBA 1ZFJA 1PS9A 3G3DA 5AC7A 3A21A 1FWWA 3CWOX 3PM6A 4A2RA 4DO6A 4UTWA 4QITA 3UPBA 1PVNA 1F2JA 3KXQA 2H3DA 5FF2A 2P1FA 1W31A 3HOJA 4KFNA 4AEOA 2RH9A 2VFGA 3W71A 1O95A 3M44A 1FDYA 3PF3A 1VR6A 5EKYA 1W5MA 5K9DA 2WJZA 3IIPA 4AF0B 3QSTA 2ZZ5A 4DELA 4LVDA 2Y85A 3K30A 3LB0A 3FOKA 3O63A 4IX0A 4O53A 4UC5A 2CLLA 3H53A 1NF7A 3OEXA 3PBUA 1FWRA 1AL8A 3DFOA 2E1DA 2QCDA 2Y7DA 5GVJA 1A5CA 2C14A 4PC8A 4QAIA 4IMEA 1I2RA 1JQXA 1FXPA 1ZAHA 2J24A 3P81A 5BMWA 3UNDA 3KVMA 4BF9A 5C55A 1SR9A 1H63A 1YYAA 4U4MA 2VELA 2WNZA 1EWDA 1LDCA 2EGZA 1KLYA 2O7QA 2CLFA 2AGKA 4ICNA 3W85A 2Q8LA 4ZQCA 2QKFA 1GT8A 3SSJA 3LHTA 4AH7A 5FF3A 4LNYA 3C52A 1YXYA 2Y89A 1G4PA 2CLKA 2DJXA 4K38A 4XTIA 3W7PA 1FDZA 6ALDA 1IIHA 3LXAA 2FQIA 2GVLA 4ZL1A 5FEZA 3PWAA 3ZWSA 3EEGA 1OK4A 4NU7A 5CZTA 1IXQA 5FI8A 3LTYA 1SUXA 2J9YA 4N9EA 4O11A 1LRNA 1O4UA 4JTJA 3TMLA 4IPIA 5CZ0A 4ZQOA 5AHEA 3MHGA 3HG4A 2A7PA 3NYZA 2CLOA 3U8GA 1A5SA 3SECA 3VCRA 5DXYA 4IMCA 1M5WA 3RFAA 1OF8A 3P61A 1KM4A 3GIYA 3CB8A 3G8RA 1OFAA 3HJZA 3N9RA 1GTHA 1HO4A 1AG1O 3LI1A 4Z1DA 5I3GA 5KSWA 2GQAA 1KBJA 2VFFA 1IXNA 4X22A 5FEXA 4RR4A 1UCWA 3L0NA 3QMRA 4JGDA 1PE1A 5FF0A 4W9TA 2NLIA 1TPEA 5SWUA 3STFA 3P8IA 2J9ZA 2YFOA 1G67A 4YL2A 3MMTA 1RQHA 5KINA 1S3HA 3O1NA 2B7QA 4ONVA 1OX5A 3LHZA 2A2IA 1SZEA 2VEPA 2J9XA 3V1PA 2C1HA 1YADA 2G5WA 3C2OA 5F2IA 1JCXA 5DXXA 4DF1A 3P82A 3LCWA 3QEZA 1ME8A 5F4WA 3NZ1A 1P4CA 1XDMA 3JS3A 1H7PA 3PBVA 2QCMA 3PUEA 3LCGA 3T40A 2YXGA 4JTTA 4AF0A 3EWWA 3BV4A 5CKSA 3CTLA 2QJIA 3N3MA 3WK2A 4HNUA 3LV5A 4S1FA 3IGUA 4ZQNA 5HJLA 5CZSA 4S2BA 1DOSA 5LNUA 3INPA 2YZRA 2FPYA 3ABOA 4IOTA 1FWSA 3PR2A 3PSWA 4Y90A 3HGRA 3W70A 4BR1A 5FF4A 2OX1A 2VFHA 3GXNA 4MZ8A 1LRTA 2B7NA 2QCCA 2EAWA 3P74A 4OT7A 4U28A 3VE9A 4UTTA 3SR7A 3E02A 4N9BA 3TUUA 3I7QA 3HF3A 3LV6A 4UFHA 1TO3A 5FEPA 1ICQA 1R30A 2V8ZA 3EX6A 2V2HA 2YFNA 4GUGA 4MFEA 4MYXA 1LOSA 1DVJA 1VYRA 3CU2A 4M7SA 1L6SA 3WJWA 2I1OA 4ZZ9A 3HGOA 3MWAA 2Q3RA 2C18A 3DFNA 1TRDA 1SZNA 4LWWA 3T55A 3S1WA 1VQTA 3IIOA 3W7GA 5LZLA 1WA3A 1N55A 4RX0A 4GJ1A 3G1HA 3LBCA 3PAJA 2RDUA 4FXSA 3E12A 2GPTA 1EP1A 4HHPA 3STCA 4JNMA 1RR2A 2X1TA 4XBSA 4YCPA 4KWVA 2Y6ZA 3CC1A 4R7JA 3BARA 5AC6A 4JX6A 3FA5A 3LDVA 3SIZA 5K4ZA 3UQNA 2JKPA 5KMYA 5L9FA 3M43A 3S1UA 1TPFA 2VKZG 3LHUA 3PY2A 3QW3A 5KZEA 3QMTA 2JGYA 1EPXA 3EWZA 3N73A 3L21A 4Q33A 4UTWC 3G1AA 5U7SA 3LHVA 5BRBA 4PL1A 2NXHA 3LTPA 3W7NA 4IMFA 5LNSA 3ZR4A 4WD0A 4JD4A 4CCDA 2ZRXA 3Q37A 2E5DA 2VFDA 2QUVA 4PFMA 2GQ9A 4RXFA 2WSQA 3B06A 3NG3A 4WZHA 4JTFA 2ABBA 2PRHA 5AHMA 5CPNA 4PA8A 4JTKA 1TV5A 4N6EA 1OFPA 5G5IA 3DGRA 3I65A 5CPMA 4DQWA 1G69A 1YXCA 1B4KA 1VC4A 3KVLA 2FTPA 1XI3A 3DFQA 3BVJA 4QM1A 3N34A 2CLEA 3LI0A 4N9DA 1K8ZA 4MLJA 1WBJA 3LCHA 4NX5A 2V9DA 2WO5A 1XKYA 2QCFA 1GYNA 2ALDA 1ONRA 2Y88A 2J27A 3RLUA 2GUUA 3DI1A 1N7KA 4O10A 5DCEA 4JX4A 1IF2A 4Y96A 1KFCA 2O7SA 1X7FA 5G1YA 1Z42A 4AWSA 3GNNA 3GB6A 2Z6IA 3UWWA 5K9CA 2G96A 4BWLA 3O6CA 3A9IA 3M47A 3W7LA 2E68A 3I7RA 1S5VA 1LROA 1W54A 4PODA 4DO5A 4PL2A 4MVAA 1MO0A 3BPWA 2DZUA 2PRLA 5C54A 2V0TA 1WV2A 4FX6M 2J88A 1ICSA 1NAL1 4O57A 2W0UA 1W1ZA 3BLEA 1VH7A 3MI2A 2ZDRA 1RQEA 1PIIA 1TV7A 2C16A 1F7BA 3E0IA 2X1UA 4LRTA 1E51A 1FWNA 4Z1AA 2QJHA 5I3KA 2EF9A 1KM3A 5AHNA 5D02A 3IVTA 3WJZA 2A7NA 4QQ3A 1DJNA 1CI1A 3LTSA 1LOQA 3S0CA 4I7UA 4AHOA 2YGYA 2WSRA 3W1AA 1FCUA 4JYFA 1KTBA 4NJHA 5EA9A 2GVGA 4AWTA 4FIQA 3LRMA 1KA9F 2ZRWA 2NV2A 3BGGA 3ZWTA 3GZ3A 2CLHA 1VRDA 1WAUA 2ZZ2A 3P80A 2YX0A 1GYLA 1D3GA 5D37A 3TR2A 1ZNNA 2ZRYA 3T4CA 3GKAA 1JVNA 2ZZ7A 4K7YA 4Z1BA 1GJPA 4RCXA 4RV8A 3ZFHA 1VS1A 4BK9A 3O16A 1W3NA 4PCFA 2CWNA 2ABAA 1GVRA 1H60A 3S5YA 1T0OA 4K36A 3L0KA 4ML9A 5A8GA 1AW5A 4GNJA 2H3BA 1GVQA 1PCKA 1NVMA 5D32A 1HTIA 2DZSA 3W76A 8TIMA 1KM2A 3F4WA 4I7WA 2V5BA 3P5YA 3EWUA 3NO5A 3DBPA 4UTIA 3PUDA 5HULA 1KLZA 3E49A 4HNNA 5AHIA 4O0ZA 2H8ZA 3KRSA 1EWEA 1GEQA 3DHFA 2A5HA 3DFTA 3NQ7A 3KHJA 2BTMA 4DPQA 3G1FA 5AB3A 1ZAJA 3BLFA 2F84A 1VYSX 3M1ZA 4LOCA 4TX9A 2NV1A 5AN7A 4JTGA 3P5ZA 1KM0A 1DHPA 2A0NA 2E6DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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