3IVS | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	381
structure length	364
Chain Sequence	NPSDFLSRVNNFSIIESTLREGEQFANAFFDTEKKIQIAKALDNFGVDYIELTSPVASEQSRQDCEAICKLGLKCKILTHIRCHMDDARVAVETGVDGVDVVIGTTYIIDSATEVINFVKSKGIEVRFSSEDSFRSDLVDLLSLYKAVDKIGVNRVGIADTVGCATPRQVYDLIRTLRGVVSCDIECHFHNDTGMAIANAYCALEAGATHIDTSILGIGERNGITPLGALLARMYVTDREYITHKYKLNQLRELENLVADAVEVQIPFNNYITGMCAFTHKAGIHAKAILANPSTYEILKPEDFGMSRYVHVGSRLTGWNAIKSRAEQLNLHLQAKELTVRIKKLAVRTLAMDDVDRVLREYHA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure and functional analysis of homocitrate synthase, an essential enzyme in lysine biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Homocitrate synthase, mitochondrial
molecule tags	Transferase
source organism	Schizosaccharomyces pombe
total genus	131
structure length	364
sequence length	381
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.3.3.14: Homocitrate synthase.
pdb deposition date	2009-09-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3ivsA01

3P61A 2VEIA 1G4SA 1E51A 1F76A 1RZMA 1K7FA 2GOUA 4XKYA 1YADA 1A5BA 1TSIA 4JYDA 2CLFA 1OFAA 3TW7A 2JBMA 2CLKA 4JIPA 3W1AA 3NL5A 2C13A 4IJBA 4RK8A 3G1DA 4IMCA 2CZEA 3QJAA 3TQ0A 2V30A 1TREA 3R2GA 1O94A 3B0VC 1JCMP 2PRHA 3L5LA 3LV6A 2E6AA 4PFMA 1LRNA 1JRCA 5BOOA 3EWBX 2ZA1A 2B7NA 4LWWA 1I2RA 2QEZA 1H7PA 2EKCA 5LGXA 2FB3A 1KFCA 3UNDA 2VKZG 4OU1A 3PSVA 1IGSA 1TTIA 1FCVA 2PURA 2NWSA 4PL1A 4LTSA 3C61A 3CWOX 3HBLA 5I3IA 3HQ1A 2DU2A 3NGJA 5LNVA 4K38A 4A2SA 3PUOA 1WOAA 1SO3A 3A23A 1UUOA 3LXBA 3FKRA 1FXQA 1JUKA 3E49A 1QMLA 4JIQA 1SW0A 2RDWA 4W9TA 3G8EA 3M5YA 2NX9A 3RLUA 1UCWA 3PY2A 5CSSA 5G4WA 3O6DA 4N9BA 4WQ6A 1KLYA 2NUXA 4LC6A 4BR1A 4IMDA 4RLIA 5D32A 5FF4A 3VE7A 4MY8A 3SY5A 5D30A 4GUFA 2NLIA 3TFXA 4X3ZA 2TMDA 5DCEA 4FNRA 4JXCA 2AGKA 5F4WA 3GDTA 2DZWA 3B0UX 1F7BA 3NA8A 4K36A 5T26A 1FWNA 1TV5A 3TFCA 6ALDA 4UNKA 4PA8A 5CSRA 3BG3A 1KBIA 1KLZA 3PR2A 4NNCA 3HPSA 3EX6A 4AF0A 3I7RA 2PCQA 2XN0A 1LM1A 3SGZA 3SFKA 5L6UA 5AYZA 4IOTA 4DO6A 3FOKA 1MEWA 2Y7DA 3S9YA 4GUGA 3MHUA 4LOCA 2CW6A 1GG0A 1DJNA 4FIQA 3T78A 2JGQA 1VPXA 3O6CA 2QCMA 3TSMA 3HJZA 3LERA 3QZEA 3W70A 3LHUA 3LHTA 2HMCA 1LLZA 3LLDA 1D3GA 3W83A 4RV8A 3GR8A 2A0NA 3FKKA 4P2VA 4WXZA 3EX4A 3G0XA 1YXYA 3TH6A 4UFLA 1DQXA 1KM4A 3WK2A 3H54A 5D04C 4JTJA 3W1RA 1KFEA 2VC6A 2C16A 4LNYA 1QPNA 4NX5A 5FEPA 1PV8A 1VCGA 3S5OA 1H50A 4N2YA 2A7RA 1LORA 2WOQA 3LOTA 4UTHA 5MHBA 2GVLA 3MUXA 1WV2A 2EGZA 1M7PA 1JCNA 1BKSA 3TW6A 4R53A 3DGRA 1YTKA 3PBWA 4PH6A 1TPC1 3W23A 1A5SA 4MZ1A 3AJXA 5DLCA 4EF9A 4N9EA 3EX1A 1G4TA 3ABQA 4OE7A 3S8HA 3STCA 2I1OA 3GNDA 2C6QA 1B4KA 3O1NA 3HGSA 1EEPA 2V8ZA 3CHVA 2BX7A 3W85A 4MYAA 1Z44A 2RDTA 2GQAA 3HOJA 3ZWSA 2XFWA 5BRBA 8TIMA 3G18A 5DCDA 1D3HA 4HNUA 4Y8FA 3V1PA 5U4NA 3L5MA 5A8GA 2QR6A 4O54A 3DFNA 3NL2A 3PULA 4IMEA 3LGEA 4O52A 1GQNA 3ATYA 1W3NA 3CIXA 3USBA 1K03A 3GX9A 1XUZA 4QSHA 5E1QA 4ALDA 3MP5A 4YL2A 5CPMA 3A5VA 3O06A 2VEMA 1AL7A 1V7YA 2A5HA 3B04A 1WXJA 1XBXA 1F5ZA 3DFPA 4UFIA 4QISA 4DF0A 1OX4B 5LGZA 3LBCA 2OZ0A 2J6XA 2WSQA 4UIOA 4CNOA 3EXSA 2Z1BA 3PS7A 3UPWA 1FUYA 3CQ0A 1L2UA 4MKNA 4DBEA 3OHIA 3IVUA 2E5CA 2J9ZA 1EB3A 4JX4A 3CWNA 2YYTA 4FNUA 2ZQ0A 1X8FA 1GG1A 4UTTA 1DKWA 2VXNA 4E2BA 2DZXA 2E6DA 1PL9A 2X16A 4FEZA 5K7JA 4EOUA 2CLHA 3W1TA 3HGRA 5AN7A 3LHWA 4S2BA 3EKLA 4O1AA 3STFA 4X9SA 2WNNA 1JCJA 3M43A 2TSYA 2J27A 2ABAA 2P0OA 2ZZ6A 4O13A 2EAWA 3SW6A 5CPOA 2FPVA 1IXQA 1LRTA 2YPIA 1H63A 2YSWA 3WK1A 2ZDRA 2ZRWA 2GQ9A 4A22A 3NQ2A 3STEA 4GC4A 4QNWA 4LVBA 5D38A 5K4XA 3E12A 3MI3A 2NXHA 4JD4A 4LVGA 3MJYA 1FDZA 1SSGA 1O5KA 1TPH1 4QNEA 1I8JA 4MZ8A 1TJRA 3TR2A 3W7GA 2C0AA 1EP1A 2F7FA 2R14A 3PBYA 3INPA 3IGXA 2GJNA 4BI5A 1KFLA 1VLWA 1ICQA 2FQIA 2R94A 1P1XA 5HWMA 2B4GA 3QEZA 3BW4A 3M5ZA 3EXRA 3FFSA 3N2MA 3MHGA 1K3UA 3EWXA 1PHWA 4FX7A 1QR7A 2Z0IA 3MMTA 5CGQA 3EB2A 5KZMA 4WX2A 3ABOA 3M47A 4N6FA 3QPYA 5CZJA 3QQ0A 3KRZA 1LOLA 3GDMA 1K8XA 4S1FA 3WFAA 1KM2A 3MHFA 4UR7A 4O12A 3NO5A 4UTTC 1SU5A 1B3OA 3A9IA 1Q6QA 2Y62A 3ABRA 4HPJA 4ONVA 2QUUA 3LXCA 2X2GA 4O15A 2GVJA 4Z1AA 3NPXA 3UD6A 2WV8A 3B05A 3GB6A 2BLEA 5HWJA 1MZHA 4NUWA 1X1OA 3L0GA 3LCLA 2QCDB 2J9XA 4D2JA 4Y6GA 1TRDA 3FYPA 1JULA 1W56A 3NQMA 5AC8A 4X2RA 1EWEA 4O14A 4RZ6A 1IXOA 4N02A 3FIGA 2QAFA 3TQVA 1TB3A 1IIGA 2QCNA 3GR7A 1F6PA 5EMUA 3VFLA 3BGGA 1P4CA 1P0KA 5AHNA 3CPRA 2VFGA 3GK0A 1FQ0A 4R34A 1CX9A 3DXIA 1FBAA 1OABA 1X1ZA 2D73A 1X6UA 3M5VA 4JYEA 1SO4A 4HKPA 1W3TA 2Y7GA 3UYCA 4MY1A 3DFSA 5AYXA 3PC0A 1DOSA 3W1MA 3QW4B 1Q3NA 3UZ5A 3NQ6A 1LBMA 1NEYA 2ABBA 3M9YA 3S5ZA 3QW3A 3TJXA 4WJEA 2TPSA 4ADSA 3BPWA 3MBFA 4NXSA 1H61A 3SSJA 4A3UA 3I6RA 4JY9A 4O19A 3EWWA 4UTUA 5LHFA 2I9EA 1M6JA 1JCYA 1OFQA 1F74A 4UTWA 1R2RA 3LRKA 4TX9A 5AHIA 3P67A 3W2MA 4XQ6A 3S6DA 5AHFA 3NAVA 1KM5A 4N6EA 4QJ1A 1GYLA 2J9YA 4E0CA 1WQ5A 1OHLA 3QMTA 5KITA 3LCIA 2FTPA 4HNNA 1C8VA 2DJLA 2Z6IA 5G2HA 5G2WA 2DJXA 3UWWA 4O1DA 3UPBA 3NQVA 3PB0A 5HQEA 2Y7FA 2C14A 1TPEA 3L2IA 3HG3A 3FEMA 2C19A 2Q8LA 5BNKA 4NQ1A 3A5FA 1U83A 2V2HA 1IIHA 2E5DA 4N9CA 2FDSA 4CLMA 5DBUA 2Q3OA 3GLCA 1VCVA 1F2JA 2EHHA 4CNNA 1OF6A 3E96A 3PUDA 2WNZA 3NQ8A 1SPQA 3WJXA 4OHQA 2VFIA 3BVJA 2QCLA 2G96A 1O4UA 4FX6M 4QQ3A 2QCCA 2YDAA 3PWAA 3HO8A 4O16A 1K7EA 2CZFA 3NPWA 2ATSA 3N34A 1ML1A 1CW2A 3G1SA 4IX2A 1VCFA 4HN4A 3HGJA 4BI7A 5I3GA 1QOPA 3LBMA 5F1UA 2ZTKA 2QCHA 3IIPA 1W0MA 1AW5A 2Y6ZA 5D2WA 1QWGA 5AC7A 2WJZA 2YFOA 3CT7A 1LCOA 4JTIA 1ADOA 3GXNA 4ZQCA 1M7OA 2QKFA 5IBXA 3MBDA 1GWJA 1HTIA 1KM6A 2E1DA 4WY0A 3BV4A 3O16A 2NXIA 3W1NA 2FPYA 4A29A 1DORA 2AQWA 4OBTA 1GEQA 5HR7A 3RU6A 5KSWA 1ZHAA 1H7RA 4NJGA 5IM51 3GVGA 4FXSA 1EUNA 4MFEA 3W7NA 2FJKA 4RZ5A 3N2XA 3BW2A 4JR5A 3CLMA 5EPDA 3UZJA 4FNTA 1U5JA 2GQ8A 2CLIA 1UASA 4EIVA 3W7EA 3S1WA 5FEXA 1EA0A 3JS3A 5D2XA 3RK8A 4ZQRA 4NVTA 5D37A 2AAMA 3KXQA 3W76A 3K30A 4I9AA 2QF7A 1SZGA 1EP3A 4RZ4A 3ABSA 4HNTA 1S5WA 3Q37A 2QCDA 2Y70A 1WDWA 3LRLA 2CLLA 1UUMA 2ZZ4A 2YR1A 1RD5A 3G1YA 3ELFA 3EX3A 1R30A 1OYBA 4MJZA 5K3VA 4O53A 4O1CA 1GT8A 2ZZ2A 1I4NA 5AYYA 4I7UA 3NZ1A 1FCUA 4M6VA 5D03A 2BWGA 3A22A 5AHMA 4HHPA 4R33A 1W54A 1ONRA 2FLIA 2G97A 5U7SA 2J24A 1FCQA 3W7KA 2Y7EA 4GXMA 3NM1A 2NUWA 3F4NA 5KINA 2QCGA 3C2VA 3LI0A 2YCEA 5IBXC 3M0ZA 3TMQA 4YWIA 5SWUA 4JN6A 1H7XA 4UC5A 1ME7A 4LV9A 3HG5A 1KTNA 3DZ1A 3DFQA 3GAYA 1QOQA 1D9EA 4K7VA 3S1UA 3LCWA 5DELA 1NAL1 2ZA2A 3KHJA 4NZFA 1BTMA 3R12A 3P5ZA 3NPUA 3N3MA 2QJGA 3TAOA 3N19B 3C4UA 5D02A 3MP3A 4H4IA 5I3HA 1TV7A 2WKJA 3THAA 1PCWA 4WY0F 1TPDA 3W88A 3UWZA 1G4EA 2DZSA 1TRIA 2VFHA 4MUZA 2TYSA 3W07A 1VC4A 3UWYA 2QJIA 3W72A 3L9CA 1QCWA 1VGAA 2BZNA 3WK3A 5K4ZA 1LTDA 2NZLA 1MXSA 2A2IA 2ZBTA 4IPJA 4LVDA 2HTMA 5J5RA 1SZNA 5EA9A 1JUEA 1OYAA 1TQXA 1RPXA 3GAKA 1MEIA 3NG3A 3TQKA 3C56A 3CEPA 4AB4A 1LOQA 2QAPA 3D0CA 1XBVA 2Q3RA 3A24A 3LI1A 4JTLA 2H90A 4TIMA 4M6PA 3IVTA 1GVQA 2XN2A 4QM1A 4GUHA 3JRKA 1H7WA 3L66A 3NQDA 1XKYA 1M5WA 4KFPA 4PC8A 1FX6A 1S3HA 1ALDA 1ZY9A 1R2TA 2FPTA 3FJLA 1AW1A 2H3BA 3PM6A 3VKJA 3KOFA 3MP4A 4HT3A 5DN1A 3Q58A 1EUAA 4BWLA 5F1VA 3NOEA 2OMAA 3OVPA 1TTPA 3MW7A 3W2JA 4EWND 3ZWTA 1H7NA 3B0PA 4AXKA 4K8EA 5HINA 1Z42A 2Y88A 3QF0A 3MI2A 1IXNA 4LY8A 3B06A 3GXTA 4P61A 1TTJA 3DKJA 4WOQA 3W1UA 3TIMA 1PCKA 1WBHA 2X1SA 1DQWA 4XUGA 4LUIA 5AFDA 1FY6A 5F2GA 4LS2A 1JCXA 4R7JA 4ZMGA 3F4WA 5CZSA 4H6KA 3LM7A 1O95A 4K6AA 5LNRA 3KRSA 5FF0A 2W79A 2PC4A 2YZRA 4J9JA 3TE9A 3IGUA 3O6YX 1OJXA 3W2LA 2HSAA 4UMAA 2RH9A 4LVFA 1EX5A 3L67A 3M44A 2CLMA 4LS1A 3LDVA 4UUIA 2YW4A 4WXYA 5CPNA 4KWVA 4K37A 2WSRA 4JTGA 4M7SA 3W1LA 3WJSA 2JK2A 4HNVA 1EPXA 3TCEA 3O63A 1VYRA 4AWUA 1YDVA 5FEWA 2DZVA 3G24A 5BW6A 2V81A 2V2DA 1TMHA 4BWLC 1PE1A 5LZLA 3S0CA 1WAUA 2VFEA 1A5AA 1Q45A 1W5QA 3W7CA 4O17A 5LSMA 3QRHA 1ICSA 1OFEA 1KTBA 1XBYA 2X30A 2BSLA 1KA9F 5G1YA 3I7SA 3W2UA 1JUBA 3DI1A 1C9DA 2OT0A 3CEUA 1KM1A 4Q32A 1B9BA 5KZDA 3IIOA 4O4VA 4WD0A 4XTDA 3RMJA 2NUYA 5J5DA 1OF8A 3Q2DA 5TIMA 3S5NA 3W2KA 3WJZA 5C54A 1I45A 5EBUA 2OJPA 1ZENA 2QDGA 3W3OA 4EVZA 2VFFA 2O7SA 3E0IA 1OK4A 3HF3A 2W6RA 1LLWA 5HJLA 4FO4A 1YXCA 3SECA 4K39A 4AVFA 3UWQA 4JNMA 2A85A 3JR2A 5LKYA 3M5XA 1G4PA 5D2VA 2FIQA 4AWSA 3W7JA 3HMJG 4U28A 1AW2A 4CQ9A 1EWDA 1H5YA 1QAPA 1QNVA 1TYGA 4JTTA 1YXDA 3G1XA 3TSDA 2GJLA 1NSJA 4UFJA 4UR8A 4GFSA 3QC3A 2C18A 3LCFA 5FI8A 2I14A 4GNJA 3UXAA 5CZ0A 5AC6A 1HG3A 2ZFAA 3M6YA 1KFKA 3B03A 5TQLA 1FWSA 2E77A 3QSRA 1MEHA 3L5AA 3L21A 1KFBA 1Z41A 1JVNA 2RKXA 3NQFA 2VFDA 1R2SA 5I3KA 4JTKA 3NNTA 4ZL1A 2YXGA 3FJ6A 5CZTA 3L68A 4ZQOA 3LTYA 3NM3A 1UB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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