3IVUA

Homocitrate synthase lys4 bound to 2-og
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
401
structure length
386
Chain Sequence
SEANGTETIKPPPYGPNPSDFLSRVNNFSIIESTLREGEQFANAFFDTEKKIQIAKALDNFGVDYIELTSPVASEQSRQDCEAICKLGLKCKILTHIRCHMDDARVAVETGVDGVDVVIGTSQYLRKYSHDMTYIIDSATEVINFVKSKGIEVRFSSEDSFRSDLVDLLSLYKAVDKIGVNRVGIADTVGCATPRQVYDLIRTLRGVVSCDIECHFHNDTGMAIANAYCALEAGATHIDTSILGIGERNGITPLGALLARMYVTDREYITHKYKLNQLRELENLVADAVEVQIPFNNYITGMCAFTHKAGISTYEILKPEDFGMSRYVHVGSRLTGWNAIKSRAEQLNLHLTDAQAKELTVRIKKLADVRTLAMDDVDRVLREYHA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and functional analysis of homocitrate synthase, an essential enzyme in lysine biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Homocitrate synthase, mitochondrial
molecule tags Transferase
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 133
structure length 386
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.3.14: Homocitrate synthase.
pdb deposition date 2009-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ivuA01
1LOQA 4MY9A 5D03A 3DHDA 4ZQOA 4M6PA 3QQ0A 5EL1A 2LLEA 3E0IA 3NYZA 4GRSA 3PUEA 3C2EA 3UWYA 3LOTA 4AH7A 2EAWA 2X2GA 1XBYA 3LCFA 2QAFA 3KXQA 4UUIA 3UNDA 5C6MA 2GJNA 3DHFA 4LVAA 4MZYA 3P67A 4M5PA 2VFFA 3UPWA 3NZ1A 2H3BA 4S2BA 3FJLA 1YLVA 1GVSA 3TC7A 3MI2A 3RNDA 4AWUA 4B5NA 3S0CA 1IXPA 1SZNA 3PY2A 3W7RA 5LSMA 3A9IA 3NPUA 2GQAA 3NEVA 4ORMA 1OFPA 1H51A 4K37A 1EP3A 3CTLA 3EX4A 5FEXA 3WK1A 3PG8A 3RF9A 2HS8A 3TJLA 1SFJA 4AB4A 4Z1CA 1LRNA 2WKJA 3I7QA 2YW4A 4RZ4A 4XQ6A 2ZZ3A 1XBXA 3LTSA 1JQVA 4MKNA 1ADOA 5C55A 4WY0B 4FHAA 2BZNA 4GNJA 3S5OA 3LM7A 3PBWA 4UTIA 1HUVA 1X7FA 5F4SA 2Q8ZA 5D02A 1W0MA 4NJGA 1BWLA 2CLFA 2WSYA 3TAOA 5GVJA 3OVQA 2ZBTA 4U28A 3G8RA 3LHTA 5F2GA 3BARA 3QH2A 1VCVA 2BTMA 5EKYA 3MHUA 5H91A 3KHJA 1WV2A 1J5TA 2C15A 3NQMA 3JR2A 1UJPA 2J27A 5BMWA 4O11A 2NV1A 5K2ZA 3NQDA 2KZHA 3CU2A 1TTQA 3LHZA 5HR6A 2QUUA 5CZSA 3QRHA 3I7RA 3LTPA 4X2RA 2Z6JA 1TYGA 1KM0A 3QC3A 1W37A 1XCFA 4GBUA 3N14A 3G0SA 1H1ZA 3DFTA 3CIXA 1FWNA 2CZDA 2NX3A 4XTIA 3AJXA 3RLUA 5EPDA 3S5NA 5D33A 3G24A 3UZJA 4UMCA 4H3DA 3W2KA 1T96A 2VEPA 4LOCA 1SW7A 3BW4A 5F2LA 4AMAA 3DBPA 4RCXA 1G6CA 4OV9A 3MJYA 3M44A 4OT7A 4MLJA 4TU1A 1W8SA 1F73A 1IIHA 3HPZA 3PUDA 2ZA2A 4G1KA 3RLVA 2EHHA 1W5OA 3NNTA 2QF7A 1PV8A 3L0KA 4LS2A 1GYNA 1JRCA 3C2RA 4K8HA 3MHGA 1K8ZA 4YWIA 2TMDA 4Z0JA 5DELA 3W1NA 1DKWA 1BKSA 1QR7A 2YCEA 3CQ0A 3MP3A 2RDUA 3UYCA 3FA5A 3KVMA 3LTYA 3PUOA 2Y7FA 3FYPA 5C5YA 3IGXA 1W1ZA 3A24A 3G3MA 2EKCA 1EEPA 3TQKA 5D2TA 5AOUA 4MFEA 2E6AA 5TIMA 1Z48A 2VEMA 1FWRA 2QJIA 3S5YA 3QQ1A 3U6WA 3GDLA 1J2WA 2RH9A 4E38A 1FCBA 2QCMA 3BGJA 1MO0A 5TBOA 3THQA 2V82A 3W7MA 1TPFA 3MP5A 2VEIA 4FB7A 3KVLA 2W79A 4WD0A 2ZFAA 1GOXA 2V2HA 2OZ0A 4QIUA 5AHEA 1OX4A 1D3HA 3EXTA 4WXZA 3ABOA 2J88A 5CZJA 1R30A 2WOQA 3W2MA 3QSRA 1X1ZA 5EA9A 1F74A 4XWUA 3PAJA 1RZMA 5D2WA 2X30A 3DFNA 5K4XA 2Q3RA 1UBSA 1FWSA 5A5WA 1F76A 2VFEA 2V0TA 4NXSA 4UTJA 2X1SA 4X3ZA 3TMLA 1OABA 3OHIA 1EPXA 4QM1A 4HSNA 2YFOA 4Q4KA 5DXXA 5G4EA 3KFTA 4O14A 3LXBA 2P10A 3I6RA 4CLMA 3NG3A 4JTGA 3HGJA 1XKYA 2ZZ6A 3E49A 1L6WA 5F2IA 4IPIA 1L6SA 1Q45A 4R53A 1FXQA 2P0OA 3NZRA 5FF0A 1H1YA 5ABTA 1LP6A 5LGZA 5G4WA 2E77A 1TQXA 3BG3A 3STFA 3EX1A 4NU7A 1KLZA 1G4EA 4O4VA 4ZQCA 1THFD 3TFCA 4O57A 3S42A 3IEBA 1PCKA 1Z44A 1TCDA 5KMYA 2VKZG 4WOQA 1LROA 1JUKA 1QOPA 3T4CA 2A6LA 4Y9AA 4WUIA 4EIVA 2C19A 4MVAA 3P61A 3CEPA 2JKEA 3QW3A 3KOFA 3FS2A 2FB2A 2V2DA 2FPVA 3OIXA 3BVJA 1K7EA 4ZQPA 1SO5A 3UWQA 1OX5A 2NZLA 3PSVA 2H3DA 4LS0A 1YXYA 2XN2A 3PR2A 1OK4A 3T7VA 2AQWA 3UPBA 3AO0A 4IWWA 4LUIA 3NQ8A 4KFPA 1VYPX 3PBVA 3GDMA 3IVSA 4K6AA 1JJKA 4BWLC 1N7KA 4Z08A 2QCCA 4BWLA 3M47A 2WPBA 3UZ5A 2ZRUA 4JTIA 1SR9A 3HPSA 4N2YA 3S6DA 3W7IA 1MSSA 3GB6A 1P4CA 5D37A 5FF7A 1KM3A 1JCMP 4BK9A 2J9ZA 4JTHA 3W70A 2HMCA 5D32A 3W7KA 1SZEA 1GTHA 4ZVJA 1EIXA 4YLWA 1LLWA 5T26A 1V7YA 2FLIA 3EXSA 4QNEA 5IM51 3NQAA 1H7RA 1TRDA 2QJHA 3A5FA 3P82A 4JTJA 1WOBA 1F5ZA 2FQIA 2WNZA 2OT1A 4L4MA 2ZRXA 4I7WA 1PE1A 1XDMA 3R5EA 1YPIA 3QPZA 1ZAIA 1ZJIA 4FIQA 5K9DA 4LVFA 1DOSA 3N19B 1OFQA 2A2IA 5HULA 1A53A 4HNVA 4JX4A 2XFWA 7TIMA 1Q6OA 3F1QA 1H5YA 1VRDA 2RKXA 3LHYA 2CFFA 3TXVA 1A5AA 3QYQA 3LCHA 4FNUA 1LCOA 1SU5A 1LYXA 1B9BA 3W9ZA 4UCGA 3NL6A 1KM5A 1N8FA 1UASA 3WJSA 1RVGA 2ZA3A 3FKRA 4HNTA 3MBFA 1F7BA 3TSMA 3K30A 1TV8A 3W7HA 1PIIA 3MW7A 4OBTA 4BF9A 1I2RA 3IGSA 3B06A 3G22A 5CSSA 4AWSA 5C54A 1ICPA 3TSBA 2DJLA 4PODA 2PCQA 4TX9A 2RFGA 4O1AA 2DZTA 4WX2A 4TMBA 1H7PA 1QNVA 1ME8A 3DAQA 3EEGA 3IIVA 4UTTA 2FB3A 1KM4A 3EKZA 5CGQA 3NQ2A 4NQ1A 3FIGA 3LHVA 3TR2A 4LW7A 2E6YA 4IUOA 4H6KA 4M19A 1JCXA 4CNPA 3SW6A 2ZA1A 1PS9A 1FDYA 3L67A 4P2VA 3QF0A 3G1DA 3LXCA 3I65A 1EWDA 4I9AA 5AFDA 4MYXA 4RKAA 4QNWA 2BXVA 1ME7A 3HG4A 3SFKA 1WBHA 3OVPA 4HN4A 4JTKA 1JCNA 3IV3A 1VPXA 2RHGA 2GVGA 4AAJA 1KTNA 1HO1A 2CU0A 4FIRA 5HINA 3OA3A 4QSHA 2B7NA 3W2UA 3VI2A 1X6UA 3EKLA 4O4WA 4PH6A 4JIQA 1VZWA 1TSIA 5LNUA 1OX4B 3LHWA 1U5JA 2DP3A 4CCEA 3O16A 2YR1A 3M5YA 2DU2A 2Y70A 2CLHA 4LV9A 4E2BA 4MJZA 5K9CA 1FUYA 4JX6A 2QAPA 3TA6A 2Y6ZA 3L21A 1ZNNA 5BNKA 1JQXA 4MZ8A 1OX6A 4TO8A 3GK0A 3HG3A 2ZZ7A 4O0ZA 5EYWA 4JYFA 4O16A 1L2UA 1VGAA 5F4WA 4Q32A 4IX0A 3PULA 3STCA 5AHMA 3UY8A 2X1UA 1BTMA 3G1FA 5AYXA 3HQ1A 3W3OA 2C18A 3LBCA 2B7OA 3TW7A 4Q33A 1IXNA 1QDSA 4KWWA 1KFJA 4WXYA 5F4XA 1M5WA 2HTMA 1TV7A 2ABBA 3M43A 3M1ZA 1G4SA 1R47A 1R2SA 1RR2A 3TX9A 3S1UA 3M41A 2E6FA 3O6CA 3MUXA 4M6QA 2R91A 2FDSA 3NR0A 1O60A 4IX2A 4N4QA 2HSAA 1XFBA 4NJKA 3OVRA 4JTFA 4DO4A 1DQXA 3B4UA 3FOKA 1SW0A 3TXZA 3RK8A 1UUMA 4QITA 3W1MA 2JKPA 2ZTKA 3LLFA 5AHNA 1LLZA 3LCIA 4GXMA 4N4PA 5AC8A 4OE7A 3ZFHA 5HNRA 4FNQA 3P80A 1EP1A 3MO7A 4O1BA 3SSJA 4IPJA 3U8GA 3W22A 5LNVA 1AG1O 2V2CA 3O15A 4HKPA 3SI9A 3P74A 1VR6A 4XBKA 4NVTA 3NL3A 1TO3A 1YYAA 5EBUA 1H62A 1VJIA 1P0NA 5EY5A 1KM2A 1NFBA 1NSJA 4JS3A 3BLEA 3NXFA 1IXOA 3H53A 2YX0A 4EOUA 4NX0A 5LZLA 1PHQA 2FPTA 3BV4A 3W7CA 1ZHAA 3P60A 1H7XA 1OFAA 3NVTA 2QJGA 4XZ9A 3TQVA 3HG2A 3EWBX 1KM6A 1OFOA 4K7VA 3VFLA 2A6NA 3L66A 1LBLA 3YPIA 1NF0A 1O5KA 5AC6A 3TK7A 1JVNA 1OYBA 4P61A 3WJZA 1Z42A 3HJZA 4YXGA 1LDCA 3N34A 4MY1A 3EB2A 3UWZA 3W1RA 1HG3A 3GYEA 1W56A 4RZ6A 3CHVA 4MLRA 1YTDA 2NX9A 3W1AA 3Q37A 4XTDA 5K9XA 4DXVA 4D2JA 3IIXA 4O10A 4UNLA 3RMJA 3NPXA 3DENA 3W85A 4FX7A 1RQBA 3T55A 5CSRA 1AL8A 1TMHA 5LNSA 2NWRA 3USBA 1KTCA 1S5VA 4HPXA 1DVJA 3EWYA 1LRQA 4I7VA 4BR1A 3GXNA 2RDWA 1QPOA 1ICQA 4JR5A 3GAYA 3Q94A 3QFEA 4MIMA 1GPWA 2NXGA 1H61A 4LU0A 4AHPA 1QPRA 3H55A 4MZ1A 4OV4A 5U4NA 1XDLA 2RDTA 3KAOA 4PC8A 4RXGA 3S8HA 3EWUA 5LNRA 3GDKA 1W31A 2FIQA 2JBMA 4UTHA 1ONRA 3NQEA 2OMAA 3HGOA 3M5XA 3GKFA 4GWEA 4WQ6A 3N73A 1SO3A 3ZR4A 1H7WA 2PRMA 3HO8A 1ZY9A 2I1OA 2Y61A 3GXPA 5HUPA 4NT0A 4UR7A 1X8FA 3B0UX 2OT0A 1G7VA 1O95A 3IRDA 1Q6RA 3HIJA 5K7JA 1TPVA 3UY7A 2H8XA 3B0VC 2XN1A 3GKAA 3UWVA 2C16A 2ZQ0A 5A8GA 3R8RA 1PHWA 4A22A 1B57A 4O50A 4E0CA 1DJQA 3G0UA 3L2IA 2Y7GA 1H60A 2R94A 1W3IA 1PCWA 3NA8A 1SQ7A 3B03A 4ORIA 3QMTA 3W83A 1EWEA 5G2HA 3GR7A 3W73A 1GTEA 1XL9A 3IIPA 1JCYA 5J5DA 3EWZA 3WJXA 2EPHA 5HQEA 3G8EA 3UQNA 2AAMA 1IGSA 3IIZA 4BI6A 1C8VA 3LLDA 2ZTJA 2CLOA 3NGJA 1Q6LA 4FO4A 1CI1A 2O7QA 4LV4A 1EP2A 1ZAJA 2TPSA 5HUOA 3CB8A 2PRHA 2X1TA 3CLMA 1NF7A 3N3MA 3W75A 4RK8A 4DO6A 2A7RA 5D05A 4Y6GA 1H50A 4GUGA 1XXXA 5DN1A 1WOAA 1F6PA 2G5WA 3O05A 2YDAA 1A5SA 2XN0A 3DKLA 2Y7DA 3QZEA 2CLEA 2PURA 2V30A 1RQHA 3VKJA 1KBIA 5CPNA 5DLCA 1OFBA 4RX0A 3VE9A 1ME9A 3CWOX 6TIMA 1JUEA 2CZFA 2QCNA 3W1QA 2PE4A 5D09A 3SGZA 3B8DA 1GG1A 3CT7A 2WSQA 2FFCA 2H90A 2G96A 4ALDA 4DELA 1FCUA 3KRUA 5CG7A 3TQ0A 2QCEA 4IOTA 1I2OA 4BI7A 2JGQA 2E6DA 3MYOA 3G1XA 3C52A 4CQ9A 1XBVA 4POCA 3TROA 3F03K 3W1TA 5F1UA 1SZFA 3W7QA 5CPOA 3I7SA 4JYDA 5DBUA 3DZ1A 5G1YA 4EWND 3P7YA 2CW6A 1W5MA 1DHPA 3G1SA 4M7SA 4UFMA 1I2PA 2BWGA 1OG0A 1KTBA 1C9DA 3N2MA 1BWKA 2ATSA 4NNAA 5HWNA 2YYTA 1SSDA 3P5ZA 5HWMA 1SFLA 4FXSA 3TMQA 4MYAA 1RV8A 3W87A 2BSLA 4O8RA 2QR6A 1F05A 1ZCOA 3VCRA 4PTNA 1YDOA 2C0AA 3W07A 2EGZA 4PL2A 4UMAA 4L4LA 3KX6A 5AN7A 2QEZA 2CLLA 3TE9A 3CEUA 3QEZA 5CPLA 5HWJA 2VENA 1RD5A 3NM3A 4CNNA 5I3FA 5FF2A 1GVQA 2NUXA 4C1KA 3LB0A 4JTEA 3L5LA 3MMTA 4QJ1A 2GVLA 3W86A 2TSYA 5CPMA 2Z6IA 4HHPA 1SSGA 3WJYA 1K8YA 4NNBA 5AYZA 2DZVA 1TREA 4U4MA 3DKJA 1JUBA 3DFPA 3TC6A 2QCDB 1IF2A 3W71A 2JK2A 1UCWA 3NL5A 5FEWA 2R14A 4LS1A 3LBMA 1GVOA 3KVJA 3BO9A 1OYAA 3NQFA 3LRMA 4FNTA 2A0NA 2H8ZA 1GG0A 2E1DA 5AHIA 1QMLA 4FF7A 2ZYFA 4DPQA 1KV5A 3STGA 3TIMA 4TIMA 2ZDRA 1FQ0A 1QFEA 4LRSA 3E02A 4CCDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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