3JR2A

X-ray crystal structure of the mg-bound 3-keto-l-gulonate-6-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar el tor str. n16961
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
TKPMIQIALDQTNLTDAVAVASNVASYVDVIEVGTILAFAEGMKAVSTLRHNHPNHILVCDMKTTDGGAILSRMAFEAGADWITVSAAAHIATIAACKKVADELNGEIQIEIYGNWTMQDAKAWVDLGITQAIYHRSRDAELAGIGWTTDDLDKMRQLSALGIELSITGGIVPEDIYLFEGIKTKTFIAGRALAGAEGQQTAAALREQIDRFW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the Mg-bound 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
rcsb
molecule keywords Hexulose-6-phosphate synthase SgbH
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Vibrio cholerae
total genus 76
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3jr2A00
4MZYA 2ZDRA 4HPXA 4JTUA 4A2SA 1B57A 3TXVA 1A5CA 3HJZA 1TPWA 1UJPA 1YADA 4GUJA 3LCXA 1W5PA 1BWLA 1OJXA 4PL1A 3C2OA 1X6UA 1SFJA 3C61A 1AW1A 1QO2A 1RV8A 1TTQA 5AFDA 4K39A 3QZEA 3BG9A 4O54A 1DJQA 1VJIA 1KBIA 2GJLA 1LOSA 3OVRA 2CLMA 3RU6A 1KM2A 5LGXA 1L9WA 2PC4A 4I7VA 4FX6M 5D04C 1ZAJA 4MY1A 5LNSA 4OGZA 1ONRA 1QPRA 2R8WA 3SIZA 1I2RA 1T0OA 5BNKA 3M5VA 2G5WA 5DY3A 1LRNA 3F1QA 1ZALA 1PHWA 1H60A 3W1QA 3W23A 1C8VA 2QCFA 1QR7A 4NT0A 1G6CA 2C15A 2XN1A 4UUIA 2Y89A 3VCRA 3JS3A 1OFQA 3BG3A 3W1PA 4Z1AA 1DV7A 3CHVA 4A22A 5LNUA 3KVMA 4AAJA 3SSJA 4ZZ9A 1P4CA 4LC6A 3W1RA 3KOFA 3PBVA 3TE9A 1L2UA 1N55A 1R46A 2DZWA 3CQ0A 3IIVA 4IOTA 4RXGA 5L9FA 1TRIA 3W71A 4G1KA 2ZRVA 1SUXA 3W75A 4FXSA 1TIMA 4ORMA 4JTGA 4P61A 4LUIA 4LVBA 1XBZA 3UY8A 1OYCA 3IVSA 1QPOA 2GQ9A 2ZZ7A 4RXFA 1Z48A 2JGQA 4NXKA 2I9EA 3MHGA 4UMBA 3LHYA 1QO5A 5F1VA 3PBYA 1G4EA 4QISA 5D33A 1TPDA 2H8XA 3D0CA 3NQVA 1KLYA 4UTJA 3I65A 1G7UA 4AVFA 1OFAA 3BV4A 1SW3A 4YXGA 5C54A 3LBMA 5HWMA 2CZDA 1GYNA 3KFTA 3VFLA 3RLVA 5KTLA 4WQ6A 3PULA 3LERA 3SFKA 1MEHA 3H54A 1TMHA 4KKXA 1IGSA 1S5TA 1RZMA 5D2YA 5D37A 4GXMA 2CZEA 1IIGA 5EYWA 3GDKA 4QQ3A 4BFAA 4QNEA 4LRTA 3G1HA 3NO5A 1LRTA 1ML1A 2Y7FA 5FF4A 3A22A 4MY9A 2GJNA 5AHLA 1VR6A 3EX4A 3DFOA 2DZSA 1VQTA 6TIMA 2X1RA 1EEPA 3KXQA 1SZNA 1NVMA 4LRSA 4NNCA 2NXHA 5D03A 3ZFHA 3FIGA 5EMUA 2FLIA 5HINA 2BLEA 2WO5A 4XUGA 2H90A 3NQAA 3NQMA 2CLFA 5K3VA 2ISSA 5IBXC 5DXXA 1VZWA 2QDGA 1GTHA 3W2KA 4HNVA 4JX6A 3O63A 2NUXA 3G0XA 2NZLA 3P67A 4HSOA 3LHUA 4L4MA 5ABTA 1GVRA 2QCGA 1JCNA 5AB3A 1PL9A 2CWNA 3EWBX 5FF2A 2EGZA 1YXYA 2IQTA 1X8FA 4ZVJA 3MI2A 3OVPA 2VEMA 2QCDB 2QAFA 3E9AA 4Q33A 2FQIA 4JTTA 2P10A 2E5DA 2VC6A 3F4WA 4TMBA 4R34A 4MZ1A 3NYZA 2ZA3A 4N4QA 1RPXA 2RH9A 2E6DA 4AF0B 3UZJA 5HNRA 4YCPA 4CLMA 5D2TA 1O4UA 1RR2A 4PCFA 4N2YA 5FI8A 1D3GA 2FFCA 2E77A 6ALDA 3HGRA 4FNSA 1XCFA 3FKRA 5AOUA 3W9ZA 2TSYA 4XQ6A 3L2IA 5AC8A 3SECA 2GUUA 3LTYA 4K7YA 3TAKA 4FEZA 1F73A 4LY8A 1KBJA 3BW4A 4WY0F 2C1HA 1YPFA 3I7RA 1R2TA 5K4ZA 3U6WA 2CW6A 4YLWA 3C56A 3HIJA 4MLJA 3EX6A 3IGXA 2ZTKA 4ZQRA 4JTFA 1HG3A 4PEKA 1ME7A 1VS1A 4FNQA 1OX5A 1G69A 3N3MA 4ADUA 1HTIA 3GXPA 1BKSA 4MUZA 1KLZA 3A24A 4FIQA 1YTKA 3DENA 4O19A 4AH7A 5LNWA 2ZBTA 3KRZA 4EIVA 3M0ZA 3SY5A 4JX5A 5HWJA 1OFPA 4LTSA 1XBXA 2HS8A 2CZFA 3ANYA 1PVNA 4K37A 4M7SA 3U8GA 3A5VA 4K38A 4LVDA 3NAVA 3NR0A 3W83A 4S1FA 1O95A 3TQVA 4TIMA 3UXDA 2E6AA 4O1DA 2ZZ6A 4DO4A 3H55A 4NXSA 4JTKA 4UFHA 4OWGA 4IPJA 4JD4A 4UTIA 4HIBA 4NVTA 4GRSA 3TW6A 4R53A 4XBKA 1JULA 1XC4A 3W6YA 4FNPA 2Y7DA 1R30A 1YDNA 1TPFA 1SW7A 4IGHA 1Q6LA 4DF0A 4XTDA 3C3NA 5I3IA 1EX5A 4XWUA 2QCMA 3W7EA 4BK9A 5K9CA 4OT7A 3S5ZA 5FF3A 2EF9A 3CIXA 4O12A 4UR7A 4MJMA 2WKJA 4JYDA 4ADTA 3W22A 3SR7A 4M6VA 3RFAA 2FJKA 3ABQA 3M5XA 1Z44A 4UR8A 1T99A 4LNYA 2QUUA 4JTJA 2A6LA 4RJEA 3TC7A 3R13A 1G7VA 4UFMA 2CLOA 1FWSA 2QUVA 3NQ7A 5AHIA 2CLHA 3HGSA 3W73A 2NX1A 3KRSA 1KM3A 2QJIA 4UNKA 3KVJA 3SGZA 1TJPA 1KM0A 3W1MA 3C4UA 3W86A 4KFPA 3L68A 3A9IA 4LU0A 3IV3A 4Y8FA 2V5BA 2VFEA 2V30A 4AWSA 2Z6IA 1OFEA 3MBFA 2QEZA 4Z1DA 3S1VA 4LS2A 1F76A 3QM3A 1K7FA 5CPNA 1TPB1 4O52A 3EX3A 3STEA 4GUHA 1W54A 3TU9A 2ZTJA 2E6YA 1NF7A 1GVFA 1ADOA 2ISVA 5BRBA 3EKZA 5DELA 2EPHA 2YX0A 5AN7A 4OE7A 1TV8A 5LNVA 4NJIA 1I2PA 1K7XA 3RMJA 4ZMGA 5LKYA 4ADSA 3Q94A 4WOQA 3T44A 4MIMA 3FS2A 3BPWA 5KSWA 1KM6A 1C9DA 3W07A 1G4SA 3LBCA 3P60A 3W88A 4BI5A 3MI6A 3GKFA 1FBAA 3MYPA 2Q3OA 1QCWA 5KITA 4MZ8A 8TIMA 1ICPA 2NV1A 4I7WA 1OG0A 5I3HA 1OFBA 3PB2A 1M7OA 4NNBA 3CC1A 1L6WA 1GVOA 1EP1A 4LC8A 1TCDA 1LCOA 2GOUA 3LCIA 1IF2A 1JRCA 3PSVA 4LVGA 3AJXA 3LTPA 1LTDA 3ABRA 4DBDA 4ZQPA 4XTIA 1TV7A 2V82A 1Q6RA 1QPQA 3LRKA 4CNOA 4IX2A 5HUOA 2DJLA 1MSSA 1G4TA 2QF7A 1W3IA 1ICSA 4UC5A 3EXSA 3MMTA 1XUZA 1DOSA 2J24A 1SFLA 4W9TA 3WK0A 3KX6A 2QR6A 4X9SA 3GAKA 2F84A 1R2SA 3BGJA 4JDBA 2LLEA 1RQEA 1W5OA 2BXVA 1OX6A 2J9ZA 4UTHA 3R8RA 3GK0A 4NJHA 2I14A 3NL2A 4CCEA 4HNUA 5LSMA 1BWKA 3DFPA 4NNAA 2GQ8A 2KZHA 3UWWA 3MYOA 1KFKA 2FB2A 2DZVA 1LOLA 3S5YA 4GUGA 2YW4A 1VLWA 1QAPA 2CFFA 1PCKA 4WOZA 5DCEA 2QCNA 1K03A 4WZHA 3MUXA 3W84A 3U2OA 3W7GA 3LI1A 3DFSA 3W2JA 3WJXA 2GQAA 5F4XA 3SGUA 5G2WA 4DO5A 1T8XA 3ATYA 4UFJA 5D2XA 3UXAA 1KTBA 1SW0A 3UWUA 4LV9A 4ICNA 3PC0A 1Y0EA 4OBTA 4AMAA 5HR7A 2GPTA 3P80A 3HPXA 3ZR4A 4EF9A 5FESA 5HJLA 1OF6A 2EAWA 3O16A 3FJ6A 4NJGA 4UTMA 3QJAA 3BLFA 3TUUA 3R12A 5AHMA 5AHFA 4X2RA 1O60A 2FTPA 4IWWA 1H62A 3CEPA 3G24A 3P8JA 3HG4A 1K8YA 2PRLA 1EPXA 1E51A 4Z1BA 4JIQA 3HQ1A 4UFKA 4QJ1A 1JR1A 1R47A 3LCGA 2E5BA 3MBDA 5CGQA 3PSWA 3B0VC 4UMAA 5CPMA 4HPJA 1NSJA 1OX4A 1HO1A 1LYXA 3NA8A 3P7YA 1VYSX 3G18A 5SWUA 3WK2A 1H50A 3GLCA 4BR1A 1WAUA 3TX9A 4HNTA 2Y62A 1XL9A 1QDSA 4Z1CA 3L5AA 4JTHA 5BOOA 3THAA 1HO4A 1WQ5A 1WOBA 1LROA 5D32A 3FKKA 3NZRA 4UXDA 4BF9A 4MOZA 2XN2A 3DFQA 1BTMA 1XBVA 3FJLA 1QPNA 3NGJA 2HSAA 3NPWA 2NX9A 2B7QA 3BARA 3DI1A 3OHIA 2NXIA 3GYEA 4LWWA 3LRMA 2P1FA 1UBSA 3A21A 1M6JA 3I68A 2ZZ3A 3CM4A 2FB3A 7TIMA 4JN6A 5CSRA 3IIZA 1XDLA 1X7FA 3Q37A 3WJWA 3B0PA 4O8RA 2A85A 4X3ZA 2YFNA 1W5QA 4RLIA 2BTMA 4PL2A 3B4UA 4GNJA 2W79A 2J9YA 3QQ1A 4UTKA 3B06A 4HSNA 4UFLA 3UWVA 1QOQA 5E0KA 3C52A 3IRDA 1THFD 5DXYA 1PIIA 5AC6A 5F4SA 1DHPA 3M5YA 4JY9A 4UMCA 2B7NA 2V0TA 5CPOA 1OF8A 1SSDA 4Z08A 3OG3A 1K8ZA 1EWDA 1FCVA 4M6PA 2OX1A 3GDMA 1DQXA 3MHUA 2TYSA 3TSDA 1JUBA 4R7JA 1S5WA 2G96A 3M41A 1MEWA 5DLCA 2B7OA 3NNTA 4ZQCA 4IX0A 3NQ8A 3HG5A 1RD5A 1D3HA 3GDRA 3OIXA 3UWQA 3W2NA 3GDLA 3THQA 4UIOA 1AW2A 1HL2A 5TBOA 3TSBA 2ZFAA 3M47A 3LV5A 5G2IA 4FO4A 3NPVA 1N7KA 1LZOA 3WK3A 3BW3A 3DI0A 3B04A 3G22A 5LHEA 1H7PA 3EXRA 2R94A 2VFGA 3RF9A 2J27A 3W7QA 1LLWA 2RDUA 1GOXA 2V81A 3O05A 1OK6A 3NM1A 3SW6A 4TX9A 3IGSA 5DCBA 5CG7A 3VI2A 3BW2A 1KM5A 1XBYA 3P81A 4JYEA 1EB3A 2GVJA 1TTJA 4DQWA 3S1XA 5D05A 1SPQA 1VHNA 3GX9A 3BVJA 4O16A 3W1UA 3LCWA 4AEOA 5F4WA 1X1ZA 4JEQA 4ZL1A 3O6CA 1TPH1 2C0AA 4WD0A 2EKCA 1QMLA 4O1AA 4O0ZA 2B0MA 1YDVA 1W3NA 3E12A 3MO7A 3MWAA 3QH2A 1JCMP 2QUTA 3FLUA 3TXZA 1VYPX 1EP3A 3DHDA 2NX3A 4O11A 3JRKA 5AHNA 4K7VA 1BEUA 2YYTA 3W87A 3CTLA 3G3MA 4LT9A 2FDSA 4CQAA 4I9AA 1B4EA 4LS0A 1SZFA 3S0CA 4ZQOA 1XXXA 2C18A 2TMDA 1L6SA 2YW3A 3TNOA 3PVFA 2E6FA 4FX7A 3V75A 4FNUA 4DEFA 1JVNA 4O50A 1IXOA 2WNNA 3P82A 2X16A 1TPVA 2OT0A 4DPPA 3N2XA 3TQ0A 1TV5A 3TQKA 1IXNA 1Q45A 2ZRZA 4DBEA 4Z0JA 3MJYA 2QCLA 4E38A 4S2CA 1LBMA 3O6DA 1YXCA 1OK4A 4DF1A 1A53A 1W3TA 3IVUA 3FFSA 1SU5A 2ABAA 3M43A 4OHQA 4O18A 3PG8A 3QSTA 1M5WA 4N9BA 4NZJA 2QKFA 1A5AA 3IEBA 4MVAA 4QM1A 5I3JA 4QIUA 3HBLA 1W56A 3VNDA 3NL6A 3G0UA 1FXPA 2ALDA 3IGUA 1KM1A 2OCZA 3L0GA 1DKWA 4AHOA 1B3OA 4OQVA 1H7OA 3DXIA 3QSRA 1TYGA 3WFAA 3M1ZA 5G2HA 2NUWA 2WSQA 3HG3A 4UNLA 3MP5A 1KFJA 5D02A 1IXQA 1KA9F 5D2WA 2E1DA 4ALDA 3M9YA 2WPBA 2ZRUA 2Y70A 1H7NA 1GT8A 2RFGA 3P62A 4LUJA 3LXCA 1FWNA 1GQNA 3PUOA 4ZQMA 1JCXA 1LP6A 1F7BA 3QC3A 1PS9A 2WNZA 3EWZA 3G0SA 5FF7A 3NG3A 3TA6A 3OVQA 1S3HA 1FDZA 2VENA 3NPXA 3UQNA 2A6NA 3TK7A 1FCUA 2E09A 1T96A 2RKXA 4RKAA 3EWXA 1A5BA 3HOJA 3PWAA 3TFCA 3I6RA 4YMZA 5EY5A 1EIXA 1I45A 2DP3A 2WJZA 3TC6A 1FDYA 4X22A 4MYXA 3UPBA 4WXYA 2ABBA 3BK0A 2X1SA 5CSSA 3FEMA 3NXFA 3ZWTA 1J4EA 2AQWA 5F2LA 4R33A 1UB3A 1EP2A 3B03A 1VH7A 1GWJA 3DKJA 3L0NA 4GWEA 2DORA 1I8JA 1OX4B 3S9YA 3EX2A 2ZRWA 3F4NA 1L6YA 4JYFA 1ICQA 3VE9A 2NWSA 4NZFA 1F6KA 1RQBA 3WJZA 5F2MA 3DKLA 3CWNA 1JRBA 3T40A 1WV2A 2BX7A 2YZRA 4FNTA 5FF0A 4UTTA 5DN1A 1VC4A 2P0OA 1WBHA 2XFWA 3BLIA 3NQEA 4Y6GA 1FWWA 4JTSA 3G1FA 4FX8A 1EUAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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