3JR2A

X-ray crystal structure of the mg-bound 3-keto-l-gulonate-6-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar el tor str. n16961
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
TKPMIQIALDQTNLTDAVAVASNVASYVDVIEVGTILAFAEGMKAVSTLRHNHPNHILVCDMKTTDGGAILSRMAFEAGADWITVSAAAHIATIAACKKVADELNGEIQIEIYGNWTMQDAKAWVDLGITQAIYHRSRDAELAGIGWTTDDLDKMRQLSALGIELSITGGIVPEDIYLFEGIKTKTFIAGRALAGAEGQQTAAALREQIDRFW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the Mg-bound 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Vibrio cholerae
molecule keywords Hexulose-6-phosphate synthase SgbH
total genus 76
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3jr2A00
1JQVA 2E09A 1ZY9A 1DQWA 2Q3OA 3R89A 3O8AA 1JCMP 1VCFA 3EXTA 3W07A 1VS1A 1QNVA 2CZDA 3MYPA 2TSYA 5TQLA 3HGRA 4YWIA 2ZRXA 1R47A 3W84A 3L0NA 4NZFA 1A53A 3HGJA 4HNTA 3TE9A 1I45A 3ZS4A 2GQ9A 3WFAA 4H6KA 5HUOA 3TSBA 4RLIA 1SSGA 1P1XA 3QYQA 5FF2A 1TPDA 2WQPA 1XUZA 1I4NA 1IF2A 3IV3A 4AWTA 3TU9A 5D2VA 2C0AA 4NNCA 1F05A 5AC6A 2O7SA 5CZTA 2ZCGA 3RFAA 3JRKA 3MI2A 3T78A 3HG2A 2WV8A 1L2UA 3LXCA 1YDVA 3M5ZA 1FDZA 3BW2A 1NF0A 1C29A 1OABA 1PCWA 1LZOA 3E02A 3Q2DA 4IPJA 1KA9F 5U4NA 2OT0A 1JCYA 1HG3A 3C2RA 1LBMA 1KLYA 2ISSA 4GXMA 3BO9A 1LBLA 3W2KA 2DZSA 2E68A 3W1AA 1ALDA 3ZR4A 3W1TA 1I2QA 4IX0A 5C55A 4AF0B 3R8RA 1AG1O 4UR8A 3UY7A 3LCXA 4GRSA 4LS2A 4E2DA 1VQTA 3VNDA 1ME7A 1ME9A 1NFBA 4O4VA 2NZLA 1RVGA 2FPTA 3CLMA 5CPLA 5J5RA 1WYIA 4QSHA 3QZEA 3G8EA 2A1YA 4ALDA 2WOQA 3M9YA 4A29A 4XKYA 1F73A 3S5YA 4RJEA 3ZFHA 1KFBA 5D03A 2Y70A 4UTWA 1J4EA 4K37A 5H91A 4OV4A 4JTSA 1F6KA 1TYGA 1H61A 1EP2A 4CLMA 4AWUA 2YZRA 5K2ZA 3S8HA 4KWWA 4FB7A 3MWAA 5U7SA 2Y6ZA 2YXGA 4Z0SA 4O57A 4UTIA 2FFCA 4M5PA 3NEVA 4AH7A 4MZ8A 5K4XA 4NJHA 1JRCA 2FTPA 1DKWA 4JTKA 1R2SA 5CPNA 2NLIA 2RHGA 2AAMA 2ZRVA 1U5JA 1HO1A 1QWGA 4JN6A 4ZVJA 4O17A 2YYTA 3QC3A 4WOZA 5DN1A 1P5BA 1EEPA 2ZZ1A 3E9AA 4JTHA 5AHEA 1VZWA 1TB3A 4ML9A 2FPYA 3BARA 3LCLA 3EWWA 2QCLA 1R2TA 1VPXA 3MBDA 1Z42A 5D30A 1K7XA 1O94A 4FX6M 3F1QA 2QF7A 3BLEA 5CZ0A 5C54A 1JQXA 4GUIA 4FO4A 1QO2A 3G0XA 1L6YA 3P8JA 3THQA 3W1PA 1TTPA 2VEKA 3LLDA 4A22A 3EX6A 4TR9A 3L67A 4PH6A 1RV8A 3UD6A 1ICPA 2GQAA 3CTLA 1SFJA 1LOQA 4ZQNA 1W5OA 1MZHA 1OHLA 3HG5A 5LKYA 2V30A 5F4SA 2J9YA 5HWNA 1OYBA 2NV2A 1O60A 4JDBA 4Z1CA 3TX9A 1OX4B 5KZEA 4GC4A 4MKNA 1KM6A 1SQ7A 2Y63A 1KM5A 4ADSA 4S2CA 2V2DA 5HMSA 2QCGA 3UWQA 4IJBA 5LGXA 1NF7A 3N14A 2HMCA 2B7PA 2UV8G 3OEXA 4IQLA 4WXZA 1AL8A 5FEXA 4O1AA 1OFEA 4K7YA 1LTDA 2FIQA 3W2NA 1QFEA 1D3HA 4S1FA 1G4EA 4HNVA 3HJZA 2ZZ7A 3WJXA 1TSIA 3FJ6A 4AHOA 4CNOA 3GZ3A 4HIBA 4MOZA 4NVTA 4EVZA 2RDUA 1OVDA 3CM4A 4N9CA 2PRMA 3WK1A 2VELA 3NQMA 3C2OA 4H4IA 3RNDA 3TUUA 3BG9A 3FFSA 1SZNA 3TMLA 3BPWA 2V81A 4FNUA 3INPA 1IIGA 1EPXA 5CZSA 3LLFA 4UXDA 1LRTA 4M6QA 3M0ZA 4PODA 2ZRWA 3GYEA 2HS8A 3EX3A 1CI1A 1KBIA 2O7QA 2VC6A 2YX0A 3CB8A 3FA5A 3HG3A 3TCEA 3PM6A 3NQ6A 4MUZA 2ZZ3A 3WJSA 4CQ9A 4DPQA 1XBZA 2Y88A 3NXFA 5EBUA 1JJKA 4Z08A 4DEFA 5MHBA 4ZQPA 1OJXA 1VCVA 3B03A 1FWRA 3G1HA 4AMAA 1SZEA 2NX1A 5K4ZA 3S1XA 1T96A 3NQDA 2X2GA 4UTKA 3EX4A 3NVTA 1AL7A 3S42A 1YTDA 4PC8A 1KLZA 4UTJA 5I3JA 3B06A 4UR7A 1T0OA 3PB2A 3KRUA 1Q6QA 3USBA 4R53A 1W56A 5G2IA 3NNTA 5I3IA 4MJMA 5FF4A 3GAYA 2JKAA 1VLWA 1TMHA 1JCXA 1MEHA 2XN0A 2C18A 2Z2UA 3MHFA 4LWWA 4N4PA 4U28A 3CIXA 3HO8A 5DXXA 4O0KA 5E93A 5D37A 1F5ZA 1BTMA 3TR2A 5I3HA 1VYPX 3W7MA 5AFDA 1GTEA 3MYOA 4O16A 3TROA 4P2VA 2ZRYA 1VHCA 1N7KA 3N2XA 2LLEA 2QJGA 4CNNA 3CQ0A 1GT8A 3MP4A 3HPXA 4TU1A 3P74A 4FNSA 1GTHA 2AGKA 1I2OA 2C6QA 1SO5A 1H7RA 2QDGA 4N6EA 2GPTA 2YSWA 3P61A 2GVLA 3MUXA 3SJ3A 2QUUA 4WOQA 4ZQRA 5A8GA 2W0UA 3L65A 5L6UA 4JS3A 4A21A 2NX9A 5LSMA 4K8HA 3A9IA 4WUIA 1GYLA 4OU1A 4W9TA 3QEZA 5BW6A 1WX0A 4JNMA 2WO5A 1ICSA 4LC6A 4UMAA 3QMSA 5KTLA 4UFLA 2X30A 3TMQA 1LCOA 1KFEA 5GVJA 4LUIA 4X3ZA 2ZZ5A 1SW0A 3W7DA 5AHLA 1DV7A 3OHIA 1F7BA 4LUJA 3S5NA 5F4XA 2GUUA 3T40A 1LRQA 1TJRA 2CLEA 5AYZA 1KFJA 3NYZA 3W83A 4PL1A 3LCIA 2I9EA 1O5XA 3TW6A 3EWYA 1XBYA 1XDMA 3MMTA 1CW2A 4Y9AA 4AHPA 4O53A 3QQ1A 3Q37A 1TRDA 1QMLA 3L0KA 4XQ6A 1PL9A 4M6VA 3V1PA 3UWYA 2A6NA 4UMBA 2Y62A 3B04A 4O18A 1HTIA 1NSJA 3LB0A 2Y7GA 1H60A 1PHQA 1K8XA 4PA8A 1A5BA 3P80A 4JYFA 4ORMA 5AN7A 1WAUA 3O06A 4JY9A 1AW1A 3W73A 2ZRUA 1A50A 1YADA 1PCKA 3SW6A 1EP3A 5LNUA 1OK6A 4NJIA 4P61A 1LOLA 4M6PA 3TW7A 4NJJA 1XKYA 4LVGA 2HSAA 5EYWA 4WQ6A 1SO3A 5LHFA 3GDTA 2V5LA 1FXPA 4K7VA 3C2VA 2B7OA 3HF3A 3MW7A 2G95A 1YTKA 2NWRA 3EB2A 4LS1A 2GJLA 1ZJIA 4GUFA 3GXNA 3EKZA 4MY9A 2QUTA 1X1OA 4IXXA 4O4WA 7TIMA 3FKKA 4HHPA 5D38A 1GPWA 3PBUA 1YXDA 1BWLA 2A21A 4AWSA 1L9WA 3P60A 3T4CA 2ZA3A 4I9AA 3S6DA 4PEKA 3G3DA 5D32A 2BLEA 3N9SA 3G1VA 3S1VA 4QAIA 2QAFA 4O1BA 1XXXA 1OFPA 2ZZ4A 2B4GA 3MHUA 2EHHA 1VYRA 1KV8A 2QUVA 1RQEA 4DXVA 3EKLA 2FQIA 5TIMA 1EWEA 4Q33A 2KZHA 4NU7A 3KFTA 3DKLA 1LM1A 1VGAA 4O14A 4XBKA 1FCQA 1FWWA 4KFOA 1VLIA 3W75A 4DF1A 2QCCA 1B57A 2A85A 4N6FA 4BFAA 2J6XA 2A7NA 3STEA 1IIHA 4GUJA 2OCZA 2XN2A 1Q6LA 4K8EA 3STGA 3DGRA 3TSDA 2E5CA 3G1FA 1WXJA 2Y89A 3U2OA 5EY5A 3LCFA 3NZRA 3QJAA 2ZZ6A 3QSTA 3MI3A 3LRMA 3T55A 1O95A 3KHJA 4OV9A 1EA0A 4WY0B 1YXYA 3Q58A 4HKPA 3WJZA 2C16A 3HIJA 3SGZA 1OFRA 4UTTA 2Q8LA 5KSWA 1FWSA 1SZGA 5KITA 4O52A 1V7YA 2YFNA 4DF0A 5IBXC 5TBOA 2BXVA 2X1TA 3NQEA 1W5MA 3NL3A 3TAOA 3MJYA 2GQ8A 3NQVA 4NX0A 2TYSA 3NL6A 3WK0A 5FF7A 3NM3A 2DORA 5T26A 1KV5A 1H63A 5CZJA 3UWWA 1G4PA 4B5NA 4IMEA 3GVGA 3NQFA 2JKEA 1D9EA 3W23A 4ONVA 3TQVA 3M5VA 2E6YA 1P0NA 1Y0EA 1B4EA 1E51A 4PCFA 4Y90A 1EB3A 2P1FA 1IXPA 2ALDA 1VHNA 1W1ZA 1JUEA 3PSVA 2JKPA 1DJQA 1G69A 1ML1A 4A3UA 3LHYA 4OWGA 4XTDA 1QO5A 3C2EA 3NA8A 2G5WA 1FBAA 1QPQA 4O54A 2V5BA 2J9ZA 1NVMA 3R12A 2VFHA 1FX6A 4TIMA 3BLFA 3FLUA 4OE7A 1GZGA 4O11A 3NPUA 2DJXA 4JIQA 5G2WA 1LORA 1B9BA 1UUOA 2JK2A 1EUNA 2QR6A 4LS0A 5F2IA 3W85A 1H7PA 1KFKA 1ME8A 3DU0A 2Y7EA 4JX6A 4FHAA 3G1XA 2C3ZA 5C5YA 3UQNA 3O16A 5AYXA 2J24A 3C4UA 2CZ5A 4MPQA 4HN4A 3UXAA 2NXHA 3TKFA 3LI1A 3LHVA 5HUPA 3RMJA 1GG0A 3MI6A 3DFQA 1XBXA 3C8FA 1TRIA 6TIMA 5C6MA 1KFCA 2NXIA 3LOTA 1BWKA 4MFEA 4EOUA 2RDWA 3L66A 4JGDA 3PR2A 1OYCA 3M16A 3NQ7A 1TPEA 4R33A 4ZZ9A 1GVSA 3PG9A 3GXPA 2AQWA 3TJXA 5CKSA 4NXKA 4IPIA 3CT7A 1O4UA 5K3VA 3BLIA 5DXYA 1FQ0A 3TDFA 3EX2A 3AO0A 3CWNA 3B05A 2FDSA 2Y7DA 4Z1DA 5D05A 5HQEA 3GLCA 3UYCA 5D09A 5FF3A 4LRSA 3ABQA 4R34A 5G5IA 5K9CA 4N9EA 2QCFA 1WA3A 2YFOA 3SSJA 1A5AA 4C1LA 3W7CA 1R30A 2FB2A 3W1XA 3SR7A 2D73A 3C52A 3UWVA 1EWDA 3IVTA 3C0JA 2RDTA 1O5KA 1OFQA 4KFPA 3UXDA 2QCDB 2EF9A 1OX5A 1XL9A 2X16A 5A5WA 5I3KA 3PBVA 2YR1A 1JRBA 2BWGA 3EEGA 4Y6GA 4UTWC 2DJLA 4QISA 1MSSA 3W71A 4OHQA 1OX4A 2ISWA 3F4WA 3G22A 2ZA2A 3GDMA 4GNJA 5D2TA 2E5BA 1BKSA 4XWUA 3IIXA 3N3MA 1WBHA 4NJKA 3IIPA 4CQAA 3N19B 5G4WA 1PE1A 3W1UA 1I2PA 3LBCA 5HULA 4X2RA 1AK5A 3NO5A 3QH2A 3SFKA 4O12A 2A5HA 5LNWA 1W5NA 2CLKA 3MP5A 3ELFA 3LCHA 4HNUA 1VH7A 2P10A 4N02A 3OG3A 2DZXA 4QJ1A 1FCUA 1FXQA 1W5QA 1LP6A 4AAJA 4QNEA 2J9XA 1JR1A 2GVGA 3U6WA 1S3HA 1UUMA 1G4SA 2YW3A 3UPBA 4OQVA 4GBUA 4FX8A 3DENA 1QCWA 3KRSA 2Q3RA 4GUGA 4O19A 1GVRA 3LHZA 1IGSA 3VI2A 1ZHAA 3B4UA 2YDAA 2Z1BA 4L4LA 3IGUA 1ZAHA 1JCJA 4IMGA 2WSRA 3L5AA 3EWZA 4JYEA 5CSSA 2VENA 1K03A 4DO4A 3OVRA 3BV4A 3L5LA 1Z41A 1FCVA 3G8RA 4ZQOA 3W74A 2NX3A 1H7XA 4AB4A 3IGSA 5AYYA 4RZ6A 5LZLA 1DBTA 3DI0A 3GK0A 1G6CA 1LBFA 3KVLA 4RCXA 2C19A 3CPRA 1AW5A 1FCBA 3WK2A 1VR6A 2CU0A 3LERA 5FEPA 3BG3A 3LM7A 3TC7A 3PUOA 4BI5A 4RX0A 4WXYA 3TFCA 1TV7A 1WOAA 2V8ZA 4BWLA 3W9ZA 4QQ3A 1TPH1 3GDLA 2YW4A 4GUHA 1ZNNA 1QAPA 2DZVA 4NJGA 2WSQA 3BW3A 4LOCA 3JS3A 4TO8A 2I1OA 3C2FA 3L0GA 4LTSA 2NXGA 4FIRA 4NNAA 4NX5A 4UFIA 4JTFA 1B4KA 2F84A 2A7RA 2E5DA 2NV1A 4LV4A 1YPIA 3VFLA 2TMDA 3BW4A 3LHUA 1JCLA 3O05A 1QDSA 4IUOA 3B8DA 4LT9A 3LHTA 3W22A 4OBTA 1JUBA 4LVFA 4MLRA 3PS7A 3QQ0A 3NQCA 5DBUA 4RKAA 3RLVA 1V5XA 5AHFA 3N34A 3O1NA 2Z6IA 1A5CA 4QM1A 4Y96A 3UNDA 3PF3A 2GJNA 1VJIA 3W76A 1Z48A 3KVKA 3BGJA 1OFAA 1OFOA 1SSDA 1YDOA 2VFGA 5BNKA 3LXAA 2BZNA 2V2HA 3CHVA 1DJNA 4UMCA 4UTHA 3M41A 1SZFA 3GR8A 2H6RA 3OA3A 2WNZA 3CEPA 4GWEA 2B7NA 3W88A 1KTBA 4UFKA 3W6YA 3TQKA 2J27A 3TC6A 1HFBA 3I7QA 1MO0A 1W3TA 3IVSA 4ICNA 1TTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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