3JS3A

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent reaction intermediate
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
MKRKVQVKNITIGEGRPKICVPIIGKNKKDIIKEAKELKDACLDIIEWRVDFFENVENIKEVKEVLYELRSYIHDIPLLFTFRSVVEGGEKLISRDYYTTLNKEISNTGLVDLIDVELFMGDEVIDEVVNFAHKKEVKVIISNHDFNKTPKKEEIVSRLCRMQELGADLPKIAVMPQNEKDVLVLLEATNEMFKIYADRPIITMSMSGMGVISRLCGEIFGSALTFGAAKSVSAPGQISFKELNSVLNLLHKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Clostridium difficile
total genus 92
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3js3A00
3DFNA 4O14A 1IIGA 3PY2A 2RDTA 5F2IA 3MI2A 3R89A 3IGXA 1WBHA 5I3IA 4WY0A 4UFJA 1UJPA 3M5ZA 4JXCA 3ANYA 5D38A 5EL1A 2Y63A 2ZDRA 3FLUA 5AYZA 1FDJA 3W7IA 3W7MA 2WNNA 4IXXA 1LTDA 2PRLA 4ZQPA 1EA0A 4NNBA 4Z0JA 3M9YA 4XQ6A 2G95A 2P0OA 1XUUA 4HKPA 3DKJA 1W3TA 3L5MA 2FIQA 1F73A 1U5JA 3W7RA 4JYFA 3R12A 2GUUA 5K9XA 2D73A 5HINA 3IIVA 2Z6IA 1GVFA 1O4UA 1OX4A 4QIUA 2QCCA 1YPFA 2EAWA 1S3HA 2HS6A 1C29A 3ELFA 1AL7A 1IXPA 4R7JA 4NX5A 2ABBA 5G1TA 4KKXA 3G1DA 4EIVA 1H1YA 1FDZA 2FTPA 1GYLA 1VCVA 3IGSA 1WOBA 2OT0A 4QJ1A 4RZ5A 2E6FA 3BV4A 3P67A 1G69A 2VXNA 4MY1A 3FJ6A 2WNZA 5D33A 1QOQA 1A5CA 1ZJIA 4M6QA 4LC8A 3NL3A 4O1BA 3MP4A 2YW3A 3IIZA 3FFSA 1ICPA 2VENA 1GTEA 1DJQA 3PUOA 4JTLA 2H3BA 4DPPA 1TB3A 3E0IA 1EUNA 1G67A 1GG1A 4AH7A 3L0NA 2W0UA 3K30A 4N4QA 4FEZA 4HSOA 3RNDA 2ATSA 3G0SA 4EVZA 3IEBA 4NVTA 1EP2A 5CZTA 1TPFA 1KA9F 3RLUA 2WSQA 1A50A 5EPDA 1VR6A 2EKCA 2I1OA 1LZOA 1LBFA 3S1XA 3DXIA 1SSDA 4DBEA 3GLCA 3TW6A 5C5YA 4Z1DA 3P8IA 4O16A 4HPXA 1Q3NA 3VI2A 2ZTKA 2ZRVA 3P82A 1Z41A 1Z48A 1GJPA 4NUWA 1SUXA 1SZNA 4P61A 3LCFA 3DKLA 2Y85A 4WQ6A 1OFAA 5C6MA 3P5ZA 3W1MA 2VELA 4BR1A 1BEUA 4ONVA 2CLMA 3SW6A 2XN0A 3H53A 2FLIA 4FF7A 4UFLA 1GZGA 2V82A 3S42A 1PCWA 3M5XA 3DFOA 3B4UA 1K7FA 4O18A 2VEIA 4FX6M 1KFBA 3GDTA 2PE4A 1XBZA 4QQ3A 1AW5A 2CLEA 2I9EA 3GXPA 1XCFA 1KFCA 3THAA 3LGEA 3KRUA 1ZAHA 3GAYA 3LHZA 4JNMA 2VEMA 2WKJA 1PV8A 3IVUA 3GDLA 3LXCA 2RH9A 4JX5A 4UFMA 3MP5A 4MIMA 3S5YA 4Q32A 5D2VA 5IBXA 3TA6A 4FIRA 3LI0A 1OYBA 3W76A 4O54A 2VFGA 1HO1A 1K8ZA 5D32A 2A1YA 2B4GA 3VCRA 1LOSA 3VNDA 1RZMA 1W3IA 1HFBA 1A53A 2E77A 2AQWA 1KFKA 1W31A 5LNWA 2R91A 4JGDA 3F4NA 3LCIA 1FXPA 1JCMP 3EX3A 3PWAA 4AAJA 1DQWA 3KVLA 1L6WA 3QZEA 3W1TA 3KVMA 5I3FA 1WQ5A 3HG5A 4MJZA 3LCGA 3WJYA 3DHDA 2E6AA 3G1FA 4KWVA 3GR8A 3MYOA 1EIXA 3P81A 5AHMA 4IMEA 2JGQA 1EP3A 4GUJA 1FWRA 4FIQA 1K7XA 4ZQMA 1XBYA 3MP3A 2ZZ3A 4Y8FA 4PL2A 2A7PA 4JY8A 1O94A 1R47A 1Q45A 3QSTA 4UR7A 2DZVA 3WK2A 5A5WA 3W88A 3W2JA 2A6LA 2VEKA 4IQLA 2RHGA 1SW0A 4QSHA 1R2SA 4KFNA 5KITA 1JCJA 1S5TA 1W3NA 1M5WA 3CIXA 1PVNA 3HPSA 3MI6A 1FWWA 3BARA 3B05A 1PS9A 5EA9A 1MXSA 2CLKA 3O15A 2C6QA 2Z0IA 3N2MA 5EMUA 1O95A 3NQ6A 1UCWA 3FS2A 4OGZA 3LM7A 1XKYA 2QUUA 1TRDA 2R8WA 2VEPA 4BK9A 3BLIA 1ZCOA 4R33A 3UZ5A 4ML9A 4RK8A 1DVJA 1OG0A 1QPQA 5U7SA 4LTSA 1W37A 4LWWA 4N9CA 1B4KA 3O6YX 3W07A 3DFSA 3O6DA 3SZ8A 5CPOA 4OWGA 1TIMA 1Y0EA 3BGGA 3W2KA 2QUTA 3AJXA 1F5ZA 1K8YA 3O63A 4FNRA 4FO4A 3B04A 1W5OA 4RLIA 1TQXA 4YCOA 3TE9A 3CT7A 3NQCA 5DBUA 3R8RA 2Y7EA 3F1QA 2F84A 4FNTA 3TJLA 2FPVA 3IVTA 3UQNA 4L4MA 3NYZA 1OFOA 3M16A 3LHWA 1X1OA 2VFEA 1F74A 2EPHA 4XUGA 3JR2A 3T55A 5LNSA 2WPBA 3KVKA 5G2IA 1VYPX 3S1UA 1RPXA 2R14A 1KLYA 1G4SA 3NDOA 3PG9A 2E5BA 4UXDA 4JTSA 1L6SA 1CW2A 3C56A 1FCVA 5G5IA 1GQNA 2YW4A 1TRIA 3TX9A 1JJKA 2YX0A 1K8XA 4N9DA 5LZLA 2YFOA 3CQ0A 1L9WA 3WJZA 4CCCA 4GUFA 4FNUA 1O60A 2A7RA 4PCFA 2CZFA 2QKFA 2ATMA 2QDGA 3C2EA 1WOAA 3GDKA 1FDYA 4ZQOA 4DO4A 3EX6A 1YXDA 1XI3A 1RQHA 2CZDA 3WFAA 1F05A 5D37A 1KM0A 3R5EA 4J9JA 3USBA 1EPXA 4RZ4A 1XDMA 1GVOA 3BG5A 2QF7A 4CQAA 3UNDA 4PL1A 5C2XA 5DY2A 1PCKA 1TV7A 4Q4KA 4AVFA 5TQLA 3QEZA 3F03K 3W72A 2PRHA 1O5XA 2QCGA 4ZQRA 2NXGA 4K8EA 3M6YA 4LOCA 5D09A 5FF4A 4YMZA 4EOUA 2J9ZA 1KTNA 5CZ0A 3L5LA 3MYPA 1OX6A 4NQ1A 2ZZ6A 4RXFA 1FWSA 3E12A 5AHEA 5FF7A 3V1PA 3T40A 1YTEA 4PC8A 2NZLA 4KFPA 2OX1A 2A4AA 4OV9A 3NO5A 2O7SA 4O12A 4FNSA 4RJEA 3S5OA 3TV8A 1TPDA 4MKNA 1Z44A 1GVQA 3C52A 4NX0A 2QAPA 1G7UA 5DCBA 4LVBA 1H7XA 3A22A 5E0KA 5FF0A 5K4XA 4R53A 4K7VA 1VGAA 3E02A 1ME9A 2DZWA 4CNPA 5CPNA 1OHLA 2QEZA 2TYSA 4OV4A 2NX1A 1ADOA 1XL9A 3BG9A 3CWOX 3TSMA 1K02A 1VCGA 2DP3A 4X9SA 4MZ1A 4UTTA 4NJIA 4AHQA 2ZZ5A 4A2RA 4XZ9A 3UD6A 3OG3A 3W2NA 5IBXC 1Q6OA 3GR7A 1QFEA 3NPVA 5D2TA 1ZAIA 3G8RA 4TR9A 2E6YA 2Y62A 3P8JA 1QPOA 5TIMA 3NQVA 2ZBTA 5TBOA 1T99A 3PB0A 1VHCA 4BI7A 1XC4A 3MBFA 1JR1A 5T26A 1WV2A 3LB0A 1OFEA 5BRBA 3T4CA 2TMDA 4I7UA 5HR6A 2YXGA 4MYXA 1VJIA 3GAKA 3I6RA 3N2XA 4AWSA 1OFBA 4O13A 4UTKA 5E1QA 3QW4B 2J27A 4YXGA 4JTKA 3DFQA 1XBXA 4ADUA 3TW7A 3PVFA 3CEUA 3CM4A 4N6EA 2B0MA 1TTIA 4HIBA 4CQ9A 3I65A 1I2NA 1UUOA 5HWJA 2XFWA 2DZPA 4PFMA 2W79A 2WQPA 4JD4A 4G1KA 4S1FA 3MO7A 3VFLA 1IXQA 1T96A 2RDUA 4EF9A 3W7LA 4AF0B 4QISA 4ORIA 2X30A 5D03A 5FEXA 4O53A 3QMTA 1TJPA 3H55A 4MJMA 3A24A 3W85A 1TPUA 3P84A 1HTIA 3NVTA 1EWDA 1R46A 1RV8A 1W8SA 5FEWA 4LVAA 2G96A 1A5BA 3ABQA 4LVDA 5AFDA 2A85A 1D3GA 3STFA 3Q37A 3NA8A 3MHFA 3NL5A 1SR9A 1J5TA 1LM1A 3NQFA 3CHVA 1Q6LA 1YYAA 3LTPA 1W5MA 4FXRA 3I7QA 3NQGA 4LUIA 1GTHA 3BK0A 1H62A 1H51A 4PH6A 1WBJA 3BLFA 4RX0A 2YSWA 2DZSA 3O05A 1AW2A 1OABA 2QJGA 3EX2A 4K38A 4X22A 4FB7A 3NGJA 5E93A 3DI0A 5K7JA 3TU9A 2GVLA 1NAL1 4O11A 1Q6QA 3LHUA 3S1WA 3W7PA 3E96A 2JBMA 3LCLA 4UUIA 1LROA 3BVJA 4W9TA 3CC1A 4K37A 1UASA 3QH2A 2ISSA 4N9EA 1DQXA 3OHIA 1OX5A 1BWKA 1P5BA 2QAFA 1DBTA 1KM1A 3G8EA 1DHPA 3M41A 1H60A 3N73A 4MY8A 4RCXA 2QR6A 1LRTA 4IMDA 1ICSA 4PODA 1FQ0A 3C6CA 1VQTA 2Q8LA 3B0VC 4E0CA 5ABTA 1SZEA 4IUOA 3LERA 4ZQCA 1RQEA 1PHWA 1KLZA 4NXKA 3W71A 3C8FA 4NJKA 3MHGA 5FF3A 4OU1A 4ZMGA 1T8XA 2Y88A 3Q2DA 3O6CA 3TXZA 1OFDA 1WDWA 4N2YA 1H50A 4PA8A 3KAOA 3FOKA 4ZL1A 1SFLA 3NPXA 3L9CA 4WD0A 1EP1A 3PB2A 1ICQA 3NQDA 3LV5A 4IPJA 4PTNA 3W1NA 2H8ZA 3C2RA 5D2WA 4JIQA 3TK7A 1YLVA 3TAOA 3UY8A 2NLIA 1HG3A 3TCEA 3W1LA 1TREA 4OE7A 2A0NA 3MW7A 4LS0A 1TSIA 3NPWA 1YDOA 4HNUA 2CFFA 4O0KA 3GZ3A 2WJZA 3W75A 2V81A 1KFJA 3OVRA 2PRMA 1DJNA 5LNRA 1B4EA 3R2GA 4MZYA 2TPSA 2GQ9A 3G1AA 4ZVJA 1IF2A 3CWNA 1TPC1 4UMAA 3LTSA 2BWGA 4N02A 3LOTA 4EWND 4JYDA 3V75A 3NXFA 3SGZA 3INPA 3IRDA 4WY0B 3ZFHA 1YDNA 4DO5A 4FHAA 4DF1A 3W7DA 2NV1A 5KINA 3W7HA 3RFAA 1X7FA 2CLLA 1I4NA 4P2VA 1R2RA 3FA5A 4JY9A 2YFNA 1W0MA 3P5YA 4E2DA 3OBKA 3D0CA 3DENA 1I8JA 5AB3A 4GRSA 1XFBA 4OBTA 5BMWA 3EWWA 2Y7GA 3LV6A 4MFEA 3G1XA 4MPQA 3W74A 2OZ0A 3HBLA 2WO5A 4GBUA 1FCUA 1EX5A 2QJHA 3N3MA 3PSVA 5AC7A 1TQJA 3L67A 3A5VA 1VPXA 3NQMA 4ADTA 3HMJG 4BI6A 4UCGA 3SJ3A 4LY8A 3UXAA 4H4IA 3ABSA 2X1TA 4M7SA 2AAMA 2EGZA 1OX4B 3TQ0A 4A2SA 2RDWA 3HF3A 1QR7A 2JGYA 1KFLA 3LXBA 3QW3A 1GWJA 1SO6A 5HWMA 3MWAA 4ZZ9A 1H7RA 2V8ZA 3GKAA 1S5WA 5CSRA 3C2VA 5K9CA 3OA3A 4FNQA 2H3DA 4ORMA 5D05A 2CWNA 2ZZ2A 4JDBA 2NX9A 1LYXA 4BFAA 3W9ZA 1UB3A 1DV7A 5D30A 3B06A 1ZHAA 1ME7A 3O16A 1B3OA 4UNLA 4UTWA 5HUPA 3NG3A 5F2LA 3PBWA 1JUKA 3M1ZA 2YYUA 3Q94A 5H91A 4I9AA 1JULA 3P61A 3PAJA 2BX7A 1XUZA 1SFJA 4CQ8A 4K6AA 3NR0A 4AEOA 3W23A 4JX6A 3TIMA 3HG4A 4UTJA 5CGQA 2YCEA 4JICA 4HNTA 4M6VA 1LP6A 4AMAA 4WXYA 1NF7A 3M7WA 1I45A 1U83A 3THQA 4A21A 5C54A 1JVNA 2ZA2A 5GVJA 3S6DA 1MEHA 4HNVA 1UUMA 5C55A 3UYCA 5I3JA 3STEA 2V5BA 3STCA 4C1KA 4LVFA 4TIMA 5G2HA 2DU2A 1LRNA 2UV8G 1Z42A 2QCLA 1AK5A 4Y96A 3NQEA 1H1ZA 3W7OA 1F6PA 3FKRA 2HMCA 3L0GA 4CNOA 3DFPA 1A5AA 1F2JA 2EHHA 3GX9A 4GE8A 3NL6A 3KFTA 5K2ZA 3QRHA 1LOLA 3PBVA 2H90A 5LKYA 2RFGA 3UXDA 4NXSA 5AYXA 5K4ZA 1ZFJA 3NL2A 1SO3A 3UPBA 3L5AA 1FY6A 4Q33A 3B0UX 1MEIA 3QMSA 4WXZA 2FB3A 4XTDA 1VS1A 3A5FA 3W7GA 2ZZ1A 1VYRA 4GUHA 3G1VA 3SR7A 3LHTA 4JN6A 1FBAA 2YGYA 1H61A 5LNVA 3UWVA 1NVMA 4IOTA 4XKYA 4K7YA 3HO8A 5L9FA 4QAIA 3PR2A 4Y6GA 3EB2A 3DU0A 1J2WA 1FXQA 4UTLA 3PS7A 1M7OA 4O50A 2B7OA 1SO5A 4LS2A 3IV3A 1ZAJA 4NJGA 5CG7A 3T44A 4MZ8A 4UIOA 4YLWA 3CTLA 2W6RA 3W6YA 3HG3A 1F6KA 2FDSA 5CKSA 1JCXA 3TUUA 1LOQA 1JRBA 2DZXA 2QCNA 1LRQA 1XBVA 1VHNA 2V2CA 3HB9A 3ABRA 2WSYA 3P80A 5AHFA 2WOQA 4TU1A 4DQWA 4UNKA 3EX4A 3I68A 5KTLA 1W1ZA 4I7WA 5J5RA 3MHUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4O14 A;  3PY2 A;  4H8N A;  1V7A A;  3F4V A;  4PMV A;  1UBP C;  4MNJ A;  5AYI A;  5C9W A;  5I3I A;  3W27 A;  1UJP A;  3M5Z A;  5D38 A;  3WLR A;  1YE4 A;  4JIR A;  1ZGD A;  2CZV A;  4IUG A;  1VB9 A;  4BF5 A;  3LD5 A;  1TJ0 A;  1BGA A;  4ZST A;  3W7M A;  2WNN A;  2DUA A;  1LTD A;  5BWA A;  2HWG A;  1C7T A;  1EA0 A;  2GJX A;  4NNB A;  2VOT A;  1UG6 A;  3M9Y A;  1XUU A;  3WD3 A;  4DZA A;  4IP4 A;  3BJT A;  3R12 A;  4BKN A;  1JXK A;  5AC5 A;  5DRC A;  5HIN A;  5JMU A;  3IIV A;  2ACS A;  3IJ8 A;  1YPF A;  1BVZ A;  1S3H A;  3ARQ A;  3ELF A;  1AL7 A;  4D1J A;  5HPC A;  4KKX A;  1V93 A;  2RJG A;  1H1Y A;  2BMB A;  1FDZ A;  1CGW A;  1GYL A;  1MNZ A;  3IGS A;  2O9O A;  2OT0 A;  3CUJ A;  4QJ1 A;  5LA1 A;  2OEJ A;  1DIE A;  3KCL A;  2Z29 A;  1A5C A;  2VD8 A;  3E3H A;  4LC8 A;  4PGL A;  3PFM A;  4UTF A;  2XII A;  5FAG A;  4Y7E A;  4K2S A;  2FMN A;  3CQJ A;  3DG6 A;  1GTE A;  1DJQ A;  3AZT A;  2UBP C;  2H3B A;  3TYA A;  2VJX A;  1GG1 A;  1TX0 A;  3L0N A;  3LMZ A;  3K30 A;  4OBR A;  2XSA A;  1E9I A;  4GX9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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