3JS3A

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent reaction intermediate
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
MKRKVQVKNITIGEGRPKICVPIIGKNKKDIIKEAKELKDACLDIIEWRVDFFENVENIKEVKEVLYELRSYIHDIPLLFTFRSVVEGGEKLISRDYYTTLNKEISNTGLVDLIDVELFMGDEVIDEVVNFAHKKEVKVIISNHDFNKTPKKEEIVSRLCRMQELGADLPKIAVMPQNEKDVLVLLEATNEMFKIYADRPIITMSMSGMGVISRLCGEIFGSALTFGAAKSVSAPGQISFKELNSVLNLLHKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Clostridium difficile
total genus 92
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3js3A00
3PBUA 3SGZA 1LM1A 3I6RA 1L6SA 4A29A 2NWSA 1V7YA 5HJLA 4JTUA 1FCQA 4K38A 3GDRA 1KTNA 3UY8A 2WNNA 1P0KA 4Y90A 1MEHA 2V0TA 3OEXA 3S8HA 3LI0A 3UZJA 4LWWA 5K2ZA 2ZA2A 2O7QA 4YLWA 1GVOA 3QPZA 1JCMP 4MY9A 5IBXA 3A22A 3TFCA 4JY8A 2J9YA 5BOOA 4O15A 3M16A 5D30A 3UWUA 3MI3A 2B0MA 3ABQA 1VGAA 1B4KA 2ISSA 4JX6A 3WJZA 2E5BA 4TR9A 2WNQA 4H3DA 1TCDA 3T78A 5C55A 1JRCA 3DFNA 5CPMA 1FWTA 3L67A 3TV8A 2BZNA 2FPVA 3G8RA 3EX2A 3P60A 4N4PA 3ELFA 3TAOA 3VFLA 2A7NA 1MSSA 1W5OA 4ZVJA 4AVFA 4HPJA 2CLLA 3W7NA 3VE9A 2H6RA 3AO0A 4UTJA 4DO4A 1QDSA 2TRSA 2X1SA 3NQGA 2DZUA 3HG2A 1RQEA 3S6DA 3UPBA 2C16A 1ME7A 3G1XA 3M6YA 1VZWA 2E09A 5MHBA 2ZZ4A 1F74A 3SR7A 2GVJA 3MP3A 5CGQA 3NXFA 4O14A 3W7PA 1SW7A 4CCDA 4DXVA 4TO8A 2B7QA 3T4CA 4HT3A 1K02A 2E5CA 4A2RA 2ZRUA 3UWVA 3LCFA 2ABBA 3P80A 5AC6A 2QCMA 4GE8A 3L68A 4PC8A 4CCCA 1H63A 4OGZA 4YL2A 4W9TA 1O5KA 1SZEA 4FEZA 1WQ5A 1H1ZA 2V9DA 4CNNA 1G7UA 1XBYA 1I4NA 2Y70A 4S2CA 3W1LA 1GVQA 1HTIA 1FDZA 4IWWA 3LHZA 4POCA 1H50A 2TMDA 4XUGA 2Y62A 3UQNA 3BG5A 2PRHA 5A8GA 4NT0A 3T44A 4MKNA 3JS3A 5SWUA 1TSIA 4CQ8A 1NFBA 3GK0A 4RXGA 1SZNA 5I3JA 2ZZ7A 4M7SA 3OHIA 5AYXA 3TAKA 2E6AA 1W37A 2C6QA 3N9SA 2HS8A 1FCVA 3C0JA 3W7EA 3TUUA 3W2LA 5G4WA 5LNSA 3W76A 3PG9A 2OX1A 5DBTA 3W73A 2E6DA 4K37A 1W3NA 3G3MA 3C2VA 4N9DA 4FHAA 1EA0A 4NQ1A 4WOZA 3PBWA 1LOQA 1TPDA 1CI1A 3KX6A 2I1OA 3HGJA 3WK3A 3HJZA 1NF7A 1OX6A 3GDLA 5L9FA 3QJAA 1G69A 1TB3A 5LNWA 3R12A 3UYCA 1ZJIA 2PURA 5DELA 2Y89A 5D37A 3BVJA 2ZZ6A 4NJGA 4LW7A 3IGUA 3W83A 2ZFAA 1H7OA 3TSBA 3QSRA 3C2OA 4LS0A 1R46A 4O17A 1SO6A 3PUOA 1DBTA 1ZENA 5D02A 1KA9F 5HWNA 3NQMA 3TR2A 4E38A 1L2UA 3TC6A 5I3FA 3W7QA 4XKYB 4O10A 1QO2A 4ZZ9A 1VH7A 1KFLA 2YFOA 3Q58A 3BO9A 1GTEA 1F7BA 3KRSA 3PAJA 4N9EA 3OA3A 5HUOA 2RDWA 3PB2A 3IEBA 1JCYA 3TK7A 5LHFA 2RH9A 1Q6RA 3W1QA 1TTPA 1VR6A 2I9EA 1EX5A 2QUVA 1VS1A 3HIJA 5FF4A 2YSWA 3NQ8A 3O6CA 1VJIA 1EP3A 1SZFA 1KM1A 4RR4A 5C5YA 4KFOA 2GUUA 4LY8A 4MY8A 1ML1A 3OVRA 3WK0A 4JXCA 4UTWC 5CPOA 3G24A 3UZ5A 4O50A 5L6UA 1T99A 4MFEA 3TQVA 1J4EA 3ABOA 1YPFA 3PY2A 2V5BA 3GVGA 4QQ3A 2OJPA 3NDOA 4CQ9A 3IGXA 4OE7A 3O6YX 4KWWA 2P1FA 3PG8A 4FXSA 4XBKA 1LBFA 4M6QA 2QCGA 3PF3A 2A7PA 4UFJA 1W5MA 1XXXA 4RK8A 3U6WA 4JYEA 3HF3A 5E1QA 1AW5A 2EGZA 1AL7A 5A5WA 2ZYFA 1YXDA 1YXYA 1D3GA 3DAQA 1LORA 3E12A 4AAJA 3SGUA 3NQ2A 3M0ZA 1OFEA 3FEMA 3TJLA 3F4NA 5KSWA 1GYLA 3MI2A 4WXYA 3A5FA 2R8WA 2X1UA 3KRZA 1K7FA 1OVDA 4ZQCA 4UTTC 2RHGA 3GDTA 2H3DA 5H91A 5E0KA 2CZFA 4ZQMA 1OFOA 2VFHA 3WJXA 4PA8A 5CZSA 4Q32A 1SPQA 4HSNA 5EY5A 4ZQPA 4S2BA 1PHWA 1GZGA 1FX6A 3NG3A 2R94A 4YXGA 1BEUA 4FO4A 3I7SA 4Y9AA 5K9CA 3P81A 3DKLA 2QCDA 3HB9A 2XN0A 3O15A 3VKJA 3NZ1A 3L21A 3W7LA 1OFQA 2JBMA 1G4PA 3QMTA 3W71A 3W7HA 5I3GA 1DKWA 3W1XA 4IMDA 2ZA3A 3IIPA 3L0KA 3C61A 2WQPA 1IGSA 1KM2A 2G97A 3QQ0A 1W56A 1PV8A 3I7QA 4RZ4A 1TPUA 3G0XA 1W31A 4Z0JA 2NUWA 3MUXA 4LT9A 3TA6A 5CPLA 2VFIA 1FWNA 3VI2A 3EX4A 5BMWA 1QR7A 3GKAA 1OHLA 1TO3A 3TFXA 2PRLA 4EIVA 4JD4A 3GXTA 5LNRA 2YDAA 1TRDA 2ATMA 4FB7A 3UPWA 3QMRA 1MO0A 1X7FA 3S9YA 2BWGA 3QEZA 2D73A 3LTSA 1JCJA 2TYSA 4BWLC 3U2OA 2DZTA 4JTSA 4YWIA 3MHFA 4O1DA 2GOUA 2QEZA 1FDJA 3TIMA 1IF2A 3KHJA 3P61A 3W7OA 4WY0A 2QJHA 5I3KA 5DCEA 3AJXA 4IMGA 4X3ZA 1MXSA 3W3OA 1TPVA 3DH7A 2YYTA 1FUYA 2OT0A 1SW0A 3G0SA 5DXXA 2V2DA 5EYWA 1ICSA 2CZ5A 3NL2A 3E02A 3ABSA 1UJPA 3UXDA 3A24A 3KVLA 1FWSA 3B0PA 3PSWA 1TJPA 4GWEA 2H8XA 3GXNA 3NVTA 3GAYA 2YGYA 3WJYA 3HQ1A 4FF7A 1DORA 4IMCA 4B5NA 3O63A 1ADOA 1AL8A 1RV8A 3STGA 2NXHA 3DENA 4GUIA 2ZZ5A 4NZFA 1VPXA 1M7OA 2O7SA 2WSQA 3NO5A 3MBFA 4KFNA 4CNOA 3LBCA 1G4SA 1K8XA 3W1PA 2IQTA 3M43A 4JR5A 2E6FA 3N9RA 1FBAA 4RCXA 5K7JA 3DU0A 2FFCA 4UR7A 3P67A 2CLFA 1TTIA 3TQ0A 5AYYA 2QCEA 4WD0A 2A5HA 4NJKA 4OWGA 3ANYA 3W87A 4UNKA 3H55A 1OJXA 4NVTA 1W1ZA 5D32A 2DZSA 3BLIA 1K7EA 3OVQA 3QRHA 3G1HA 1WAUA 3QYQA 3Q37A 4AB4A 3NQ7A 1TPB1 4MLJA 1TTQA 1RQBA 5DLCA 5HQEA 4JTHA 1G4TA 1SFLA 3LOTA 2VELA 3YPIA 1JQVA 3LXCA 3UWQA 3GNNA 4IGHA 5LKYA 1P1XA 5TQLA 5HR6A 4C1LA 5LHEA 5AYZA 3TW7A 2J6XA 1R2RA 3CU2A 3LLDA 4DBDA 3KVMA 4AWSA 3S1WA 3PSVA 3B4UA 1ICPA 1I2NA 3L9CA 4NXKA 1Q6LA 3HO8A 1GVFA 4U4MA 1DQWA 4TU1A 2QAPA 4Z1BA 1HO4A 1JCXA 4MOZA 4HNTA 1MZHA 3G1VA 4OBTA 1OYBA 2J9ZA 5HNRA 5LNVA 1J5TA 3QSTA 3CT7A 2NV1A 5T26A 4LVAA 2YW3A 2Z6IA 3MJYA 1FCUA 3W7GA 2BTMA 4LRTA 4AWUA 4OV9A 1SZGA 2X1RA 1PCWA 5BW6A 5G4EA 3ZS4A 3HBLA 1TTJA 4GUJA 1ZFJA 1JJKA 1ZY9A 1ZAHA 1TQXA 2WOQA 4LVGA 1O4UA 3IVSA 3DZ1A 4ADUA 3CIWA 2P10A 3M44A 3CM4A 1TREA 1OABA 4EWND 1R47A 4AXKA 2DP3A 2NXGA 2ATSA 4RJEA 2V82A 1LRTA 2HS6A 3EB2A 1Q3NA 4K36A 1AK5A 4JEQA 1LROA 5D2WA 3G1YA 4CQAA 1I2PA 2RDUA 1U83A 1K03A 1AW1A 1KFKA 2FQIA 1TQJA 2YFNA 1QAPA 3F4WA 4AHQA 1F2JA 1SO5A 2ZRXA 3O16A 3R89A 1FDYA 3O06A 3EWUA 1ZAIA 4MY1A 3NEVA 1ZNNA 4Y8FA 3BLFA 1W3TA 3STEA 1ONRA 2WJZA 4BI6A 1ME9A 4UTHA 1BKSA 3LHUA 3NPVA 3EWBX 1GT8A 2OT1A 4WY0F 4QITA 1XUZA 5G2HA 2AQWA 1YYAA 4NJHA 5AHNA 3M5XA 4NJJA 3DFPA 4LC6A 1YTDA 5D05A 1VHNA 4HNUA 4WY0B 3PB0A 3GDMA 1S3HA 3BLEA 1MEWA 1WOBA 3NPWA 5DBUA 3G1FA 4Q33A 1F6KA 4UFHA 2AAMA 3STCA 4PODA 4QNWA 1WV2A 1X8FA 1ZAJA 2WV8A 2A0NA 1QOPA 1EPXA 4UTIA 5KZDA 2PRMA 4O18A 2ZQ0A 3S1UA 4O1AA 3L5AA 3T7VA 3DI0A 3PVFA 4YMZA 2DZXA 4O19A 1EP2A 4IQLA 3L0NA 1XFBA 2YZRA 1FXPA 3PWAA 2F84A 1I2RA 1YTKA 3W07A 1B9BA 2QCLA 4D2JA 3TJXA 2W6RA 4NXSA 1VC4A 4OU1A 1XDMA 5D2XA 5K9DA 4NJIA 3WK2A 2C18A 3KVJA 3KFTA 3WK1A 4M6PA 4DO6A 5D38A 5CZJA 2YR1A 5CPNA 1G67A 3SY5A 2V8ZA 4FX6M 2QCFA 2RKXA 2QCNA 4QM1A 5BRBA 1QOQA 2CLOA 4R33A 3MYOA 1FCBA 1LZOA 5KTLA 2ISVA 4QSHA 2ZTJA 3CEUA 4DQWA 3O07A 2QUUA 3CQ0A 3TQKA 3KOFA 4JTKA 5G2WA 1D9EA 1QCWA 4N02A 3HG5A 4RV8A 2TSYA 2X2GA 3TW6A 3M47A 4WOQA 1YDVA 4O12A 1KLYA 3EWWA 3NL6A 2DU2A 4O57A 3ZWSA 1DJNA 1QMLA 5AB3A 4UCGA 5E93A 1OYCA 1W5QA 3B05A 4O0KA 3ATYA 2LLEA 2NUXA 3C4UA 5I3HA 4K8EA 3HGSA 1U5JA 1HG3A 3DFQA 2X1TA 1UCWA 4NNCA 3KXQA 3QMSA 3QZEA 5D2TA 3WJSA 2J27A 3W72A 5HWJA 3DI1A 4E0CA 3W7MA 3HOJA 4JDBA 4AF0A 4R7JA 3A9IA 1EEPA 1B4EA 3KRUA 3G0UA 3STFA 5IBXC 4J9JA 1VCFA 2CLHA 2V2CA 5AFDA 4E2DA 1I45A 1P0NA 4QISA 3QFEA 4WXZA 1LP6A 3N19B 3LHVA 4NX5A 4UXDA 1TV5A 4ADTA 3LRKA 3W7CA 2DJXA 2V2HA 2A4AA 2VFFA 4PL2A 4KWVA 1F05A 4EOUA 1TIMA 5EBUA 1JVNA 3BARA 4RXFA 1TPC1 2QUTA 3INPA 2BLEA 3NYZA 3E96A 3TDFA 2GVGA 1A5SA 1PHQA 2AGKA 3DGRA 2C14A 4JYDA 1WBHA 3TMLA 1RQHA 1KM6A 3LGEA 2YX0A 4WZHA 5AC7A 1SQ7A 1YLVA 4Y96A 1LTDA 3MW7A 1VLWA 4RKAA 4JTTA 2PE4A 1S5WA 2G95A 4Z1CA 4PL1A 3P84A 1Q6QA 1EWDA 5K9XA 4RLIA 2ZTKA 1SW3A 4NU7A 1QFEA 5D03A 5G1YA 4LS1A 2CLKA 4RZ6A 1IIGA 2B7PA 3NQEA 3IVTA 4CNPA 3N73A 4JTGA 3I68A 3R5EA 4QNEA 5AHEA 2DJLA 2ZZ3A 4NNAA 4ORMA 2CFFA 5DCBA 4UTLA 1KM5A 3M9YA 3RFAA 2FLIA 1TMHA 4IMFA 3ABRA 5BMXA 3GKFA 5AHIA 2WNZA 2NX1A 1LOSA 2VEKA 2WPBA 1GVRA 3JR2A 4MZ1A 2YXGA 3H54A 4LTSA 3ZWTA 4O1BA 3W22A 1FQ0A 3L5LA 5FEZA 4DF0A 1JCLA 3W2JA 2QF7A 4XTDA 2JGQA 5G5IA 2C1HA 4MJMA 5F4XA 1LRQA 1H7RA 5G1TA 3EEGA 2C3ZA 3W1UA 4MUZA 2E1DA 3M41A 1W5PA 3NNTA 3IIOA 1QO5A 4FNQA 5K4ZA 1W5NA 1TPFA 3FYPA 3BG3A 4LNYA 5C54A 2FDSA 1J2WA 1UASA 5LGZA 4C1KA 2TPSA 3MP5A 1TJRA 3SJ3A 4JYFA 1Y0EA 3TKFA 4KFPA 2ISWA 1O5XA 4PFMA 1QWGA 3NZRA 3CB8A 1TPEA 5F2LA 1P4CA 4LVFA 1UBSA 4UNLA 4UFMA 3GIYA 5KZEA 2Z1BA 1LLWA 4BI7A 5FF0A 4R34A 4O13A 3CPRA 4TMBA 2YCEA 1EUAA 2RFGA 4UTUA 3THQA 3LV5A 2Y7EA 3CTLA 2G5WA 5DCDA 2ALDA 3ZFHA 5HMSA 3NAVA 3DFOA 3R8RA 3MBDA 3EX1A 4JX5A 5AC8A 4HNVA 2NZLA 4NX0A 3GX9A 3B03A 2JK2A 3BPWA 2V30A 3BW2A 3NA8A 3W1NA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EWE A;  1EUN A;  1LCO A;  1W3I A;  2C0A A;  2P0O A;  5KIN A;  4PCF A;  3MWA A;  1WYI A;  4OHQ A;  2YYU A;  1JRB A;  4K7V A;  4O11 A;  3S0C A;  4KKX A;  2BSL A;  2X16 A;  3S5O A;  3EWX A;  1K8Y A;  3SW6 A;  5FF7 A;  4HNN A;  3OBK A;  3W2K A;  4FXR A;  3G18 A;  4CCE A;  4MFD A;  1W8S A;  3SZ8 A;  4P61 A;  1LOL A;  2FTP A;  1I8J A;  3Q94 A;  2Y61 A;  2HTM A;  4H4I A;  4A21 A;  3IIZ A;  4IJB A;  4L4M A;  5HIN A;  5HUL A;  5KMY A;  3A23 A;  1XCF A;  1QPR A;  4AEO A;  1OX4 A;  2DZP A;  3W1M A;  3GR7 A;  1C9D A;  2H8Z A;  2B4G A;  2W0U A;  5CKS A;  1TV8 A;  2XN2 A;  5FEW A;  3M1Z A;  2QCD B;  4MYX A;  3B06 A;  2C19 A;  2GJL A;  3NQA A;  4XKY A;  3RF9 A;  3MHU A;  2Y6Z A;  4FNR A;  1F5Z A;  3R13 A;  3G1A A;  3FYO A;  4ZL1 A;  1NF0 A;  5DN1 A;  3KVK A;  3K30 A;  3PM6 A;  3IRD A;  1CW2 A;  1K7X A;  3BGJ A;  4IOT A;  3I7R A;  2UV8 G;  4AH7 A;  3F1Q A;  2XFW A;  4I7W A;  2HMC A;  1SO3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PBU A;  3SGZ A;  1LM1 A;  2NQ9 A;  3CUZ A;  1ISW A;  1TWS A;  2V0T A;  3EWC A;  1E40 A;  2PU1 A;  3PNZ A;  4LYK A;  1W2V A;  1JG9 A;  2OQY A;  4GIR A;  2VNC A;  2ZA2 A;  1OZQ A;  3CO4 A;  2HE5 A;  3VIJ A;  3HZ3 A;  3WBE A;  4JY8 A;  1CLK A;  2YCL A;  4O15 A;  1K9D A;  2ICS A;  4X0N A;  2E5B A;  2WNQ A;  3BAI A;  5C7H A;  7TAA A;  2BOF X;  1NQ6 A;  5FA5 A;  1TCD A;  5C55 A;  3FSU A;  3TV8 A;  3KS6 A;  2FPV A;  3G8R A;  3EX2 A;  4GG9 A;  3BGA A;  1MSS A;  2FHC A;  4ERI A;  3AHT A;  3W28 A;  2H6R A;  3AO0 A;  4HZM A;  4WRH A;  4HVX A;  1I1W A;  3QXB A;  2TRS A;  2VL4 A;  1AQM A;  2X1S A;  2DZU A;  4GX9 A;  2HRW A;  3O0K A;  1DHK A;  1VZW A;  5MHB A;  3GIP A;  2W3Z A;  2GVJ A;  4S23 A;  1XYM A;  2QUM A;  1UR3 M;  4O14 A;  3D3A A;  1SW7 A;  5EMJ A;  1E1E A;  2E5C A;  2ZRU A;  1OC6 A;  3UWV A;  4I3G A;  4B3L A;  3P80 A;  5AC6 A;  4GE8 A;  1YEY A;  1V0M A;  4HQV A;  1O5K A;  1E9L A;  2V9D A;  4E4U A;  1XH2 A;  3T0A A;  3VMN A;  3UES A;  1Q7Z A;  1IR1 A;  3LHZ A;  4I8D A;  4POC A;  4W7W A;  1H50 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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