3KZPA

Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase from listaria monocytigenes
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
KFQLFIQPKLDVLQGNIVEYEILLRDDSAVPRFPLSELEAVLADEELYLAFSEWFSEAFLDVLKKYPNDRFAINIAPQQLFYIETLHWLDKLKSESHRITVEMTEDIFDVPGHKRHLNANDKNAFILNKIKVIHGLGYHIAIDDVSCGLNSLERVMSYLPYIIEIKFSLIHFKNIPLEDLLLFIKAWANFAQKNKLDFVVEGIETKETMTLLESHGVSIFQGYLVNKPFPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase from Listaria monocytigenes
rcsb
molecule keywords Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Listeria monocytogenes
total genus 78
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 3kzpA00
5MF5A 4Q6JA 4RNJA 4HJFA 3KZPA 4F48A 3PJUA 4LJ3A 3TLQA 3S83A 4HU3A 3PFMA 4Y9MA 4F3HA 4Y9PA 4HU4A 3PJTA 2R6OA 5M1TA 4ES4A 3N3TA 3PJXA 4Y9NA 4RNFA 5MKGB 3HV8A 3PJWA 3U2EA 2W27A 3HV9A 4RNHA 3GFXA 4KIEA 4AG0A 4RNIA 4J40A 5MKGA 4AFYA 4Y9OA 2BASA 3GFYA 3SY8A 4FOKA 4Y8EA 4FOUA 3GG1A 3GG0A 4FOJA 4LYKA 3GFZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JQXA 3UERA 3DFYA 3TAKA 1OFQA 3EX4A 2BB0A 3E2QA 3W7HA 1AQFA 4H8VA 1HL2A 3GR8A 4UTHA 5EMMA 4B3ZA 3HURA 3W7QA 3VGEA 1F8IA 2ZXQA 1WYIA 4KKXA 4RDZA 4KEUA 4L6HA 4O19A 4C6QA 2DUZA 3NQCA 3L4ZA 2V3DA 1BSIA 3E0FA 2DUAA 2OQLA 4WJEA 1NWUA 4NAFA 2HTMA 3KRSA 4Q7BA 3VD5A 2PE4A 4L7ZA 1XLDA 3BMXA 2H3BA 1QNOA 4A3UA 4UZSA 4GGHA 3WJYA 5IFPA 1CGVA 4G2DA 3EB3A 5GNZA 3NZPA 4O52A 3EYPA 4XZBA 2ZTKA 3PG8A 3QVQA 3TH6A 1E73M 1UPMB 4CNUA 4CNNA 3P7YA 1QW9A 5A8OA 1KCLA 2VP8A 5BYWA 3SIZA 1UP0A 2VX7A 2Z1WA 4DLFA 3EZ4A 4WZHA 1B9ZA 1NEYA 3AIRA 3DCPA 1UWTA 4E5TA 3TN3A 4C90A 3V1PA 3VOCA 3GU2A 3Q37A 2HVNA 2X0HA 2VI0A 2BY2A 4OZOA 3RJYA 5FF7A 3B4YA 1VBUA 1XBXA 1FWNA 3R7MA 1HT6A 2QLYA 3PPGA 3W2MA 5A94A 1GOKA 1I8JA 1VFOA 1BYCA 5AC4A 2A3EA 4EAMA 4NF7A 5HJLA 1D3CA 5EMYA 2Z2AA 3S9YA 3UEQA 4D6FA 4QJ1A 4ZOEA 1EJ7L 3PZMA 4MWAD 3NOEA 4IMFA 4K37A 3PZGA 1IZCA 5HXMA 1YW1A 3EA1A 3EWCA 1OC7A 4JHMA 2VRJA 2Y70A 2YFOA 1QK0A 1VF8A 2FZBA 5AN7A 1FHVA 4GC4A 4PMNA 1JD9A 2V63A 4W7UA 4B9ZA 2VZUA 4O8AA 3OLEA 4M6VA 2EF9A 4MKNA 4NZ4A 4Y9MA 3EDEA 3H2MA 5AZ0A 3VC5A 2OWWA 1XXXA 3QQWA 2RDWA 1ZP3A 4UTUA 2WZMA 3E96A 5FJIA 4BEQA 4TQTA 5GVJA 3GG1A 4AW7A 1ZCCA 3VKJA 3IJQA 4G56A 7TAAA 3ZT7A 1SMDA 2YCLA 1IT0A 3THDA 4GYKA 3KLLA 4ORMA 2VRQA 3DHFA 2E9LA 5EY5A 1K8ZA 3UT0A 4MM1A 1BPLB 3N4EA 1QI0A 3VAVA 1U1UA 3U3HA 1LYXA 1WV2A 1JPMA 2FZ9A 4PMUA 1EQCA 1ZJBA 4LV4A 4O18A 4TTGA 3BXWA 1A5MC 3BOXA 1V93A 5AZ1A 2CWXA 2P1FA 1HFBA 3LNMA 4GHRA 2VL4A 3MP3A 4M6UA 3UPWA 1RCQA 4BQ2A 5T8GA 2GFTA 1HQTA 3CWNA 3DFTA 3U2ZA 1VR6A 2MNRA 4AIEA 1M7OA 4GUHA 4XUGA 1E15A 1FWFC 2GVJA 1VCFA 3MA8A 1UR3M 1PDYA 2BOEX 3QMTA 4KCTA 2WBGA 1DJZA 4HYWA 2W61A 5AC5A 3DC0A 3C8NA 2DT3A 2E6AA 6ALDA 1EO5A 3W1RA 3CAQA 2QDDA 1TV7A 1E9YB 1E9LA 3OGRA 1TE6A 1K6WA 4XKYA 4ACZB 5E0CA 3SY5A 3NQ6A 4RV3A 1C91A 4O4VA 4D72A 2Y5SA 4FF5A 4C7DA 4OV4A 3MWCA 3TWBA 2XVNA 1LG1A 5EA9A 4DXKA 3BOLA 1MQPA 2J88A 4C60A 3LOTA 3RMJA 2PP0A 4LS1A 5ECUA 5CCZA 3OLGA 2I16A 5M17A 2CBUA 4AIOA 2QMJA 8XIMA 3V3WA 4UBPC 5C2XA 4O16A 3P0WA 2FZ8A 1FX6A 1H3GA 5JH2A 2VGBA 3W2JA 2JF6A 1JGMA 1KO0A 4EANA 3UF9A 5I3FA 5F1UA 4NJIA 3P8JA 4FMVA 1AD1A 4YVXA 2YW4A 5BXTA 1KRCC 4A4AA 2OOFA 3E1F1 1OVDA 2W0UA 5HR6A 2WZTA 1VQTA 2VZSA 1M7PA 5LA0A 4PCSA 4DY1A 3WLTA 3VPLA 1CECA 1ZTVA 1VCVA 5A2CA 3BGJA 3P2VA 1W1VA 2G4FA 3WUEA 4HSNA 2FVMA 5FSEC 3M5XA 3VVGA 1H5VA 2PDXA 4OKDA 1REQA 3VD3A 4U4MA 3LLXA 4QJ4B 2J7EA 3SN4A 2DZTA 4AEFA 3SRHA 1MVYA 3DHUA 3REQA 1ZJHA 3PHAA 3O9NA 3TNBA 1SJDA 5C55A 5I00A 1E5NA 4WQ6A 4J4KA 4NI8A 3PNUA 1GOMA 1Y5WA 2ALDA 1S2VA 3ITTA 5IFTA 1QPRA 3FN9A 3W81A 5BXPA 4JFVA 1UC4A 4UFMA 4JD4A 1SSGA 1UW9A 1VHNA 4DJDD 4U33A 4L1GA 5I3GA 3LPPA 1P1MA 3W3OA 3WD1A 4US5A 1LWIA 3WELA 2I7GA 1LBMA 4WGHA 4V27A 1VYPX 5EGRA 1WZKA 1LCOA 4RPQA 1ZP4A 4E3TA 1KRAC 3WQ4A 4B2DA 4RXGA 5FIPA 4L6DA 3VUSA 3UXDA 1PS9A 5CBJA 4RZ5A 2FB3A 1XPGA 2WLZA 2CNCA 1XWYA 2BHZA 4WY0F 1WDQA 4IFRA 4O10A 1OZMA 1V8EA 2GDUA 1UR1A 4HA1A 3TWAA 1A3XA 3TJXA 3MS8A 4IPPA 1K7XA 3F2BA 2VR4A 1GYLA 1IEIA 3OG3A 5FF0A 1D8CA 3TA9A 1JNDA 3W53A 1BXCA 3JS3A 3P84A 3WD2A 4ICCX 5CEWA 1OFAA 3WJXA 4W5ZA 1G94A 3ABQA 4OIFA 4IZGA 4A3YA 5LIWX 2X2GA 2EPNA 2QNEA 1IR2A 3QGKC 3LHUA 3K1DA 1KTBA 2FVKA 3LEPA 4GQ0A 3LU2A 5DMNA 6TAAA 2BX7A 3PPHA 3CU2A 4UFIA 4G7EB 1MXGA 4IX2A 5C9WA 3MUCA 3AHXA 3EDFA 1ZALA 6REQA 1MQRA 4KS0A 4O4WA 3VZXA 4BCEA 3U2OA 3EOLA 2VWSA 2QJGA 2WHMA 1TYGA 1HKIA 1PKYA 3W88A 1VP5A 4KRZA 4LV9A 1QASA 1X7FA 1UH4A 1HKKA 4XZIA 4YL2A 3K4DA 1F3XA 3F7JA 2NQJA 5DXYA 9XIAA 3HMCA 4QLLA 1OK4A 4FEZA 4MDOA 4DWDA 2CW6A 5LSMA 2A79A 4B4HA 2CYGA 3BVJA 2XVKA 1DWIM 1PYMA 2ZA3A 3OEXA 2W6RA 1F4AA 3N25A 2J75A 1IGWA 1JD7A 4TOQA 4JPGA 1QWKA 3HM7A 4UTMA 3C0QA 3TOPA 4EACA 1UD4A 5KZEA 3HFYA 5D9OA 1AL7A 4I8YA 1GZJA 1XPYA 2Q8XA 1IT8A 3AHYA 1TX0A 5TBOA 5J04A 2FGZA 4FR1A 1DWAM 5IBXA 2QF8A 3B0XA 3PUDA 1A5SA 3LK6A 3L5LA 3QY6A 2GWNA 3RHGA 4RPPA 1SO5A 4JTJA 1IXNA 3FKRA 2FFIA 2WMJA 1CGTA 1EDTA 1MXSA 3U7VA 1LQ0A 1W0MA 3QKEA 1EXPA 4HU4A 1PZ3A 1UB3A 3W85A 9RUBA 2CKRA 2REQB 1KRBC 3M0VA 1UYQA 2C1HA 1PDZA 1FWRA 2ZZ2A 2XFRA 3SM0A 4WSHA 1CXHA 2PWHA 4UNLA 1O66A 1A80A 3ONCA 4UFLA 2V3GA 4ERIA 3QXBA 1NARA 3W74A 4XX6A 3A4AA 2NX3A 2BNJA 4RE0A 5A6MA 4H6RA 4TX8A 1WNOA 3I68A 1KBJA 2INEA 5GJMA 3GW3A 4IGNA 4LC8A 4HNTA 3QBUA 4V2XA 1GOXA 5EYWA 3TW7A 1DP0A 1S5TA 5HUPA 3ALFA 5T9CE 1QR7A 5H1WA 2OMAA 3DFSA 3DFQA 2GGGA 3GZAA 4X60A 4MPQA 2TODA 5A6BA 2QJMA 1SJCA 3O06A 4BZYA 1HW6A 1ITXA 4P8VA 4GO8A 2OJPA 2OX4A 4WY0B 3VCRA 4JNYA 4AYGA 2VO5A 1KFEA 4EWND 4UTJA 4KPLA 2CKSA 1VAHA 4FK9A 3ZVHA 3CTTA 4TXEA 1OYCA 3QC0A 4GQBA 4AYSA 4NILA 1KV8A 3OA3A 1W3JA 1E6QM 3AIUA 3W1UA 3W7PA 3G1HA 3LBMA 3N29A 4L56A 3LV6A 4LNYA 5KZMA 4K3ZA 3VMPA 1ALDA 2WJDA 3B8DA 4UTFA 1W1A1 3NQDA 2QCGA 3NQBA 4AHQA 1XUZA 1E1CA 4HN4A 1XYLA 4JNZA 1GGOA 2XSXA 4W7VA 3KRBA 1M65A 1LUCB 3BCFA 1E3ZA 1Q6EA 2EAWA 1G6CA 3CUHA 2GLKA 5E9XA 4PMVA 5E6YA 1O68A 3BLEA 1TWSA 3F4WA 1X38A 3MBDA 1I60A 3BH4A 4GY1A 3SADA 3WSUA 1ISYA 2PTWA 4MGGA 4HCHA 4REQB 2C8NA 1WP6A 3VM5A 3W01A 3ZS4A 4JTRA 4FALA 1Q2SA 2EXOA 2Z27A 4H19A 3GUGA 3COTA 4QQ3A 4HK7A 1XIGA 3QSTA 5CJNA 3WQ5A 4CD7A 4JL2A 4TVUA 4UNIA 1LOLA 4KWWA 2F84A 3MUIA 3M0ZA 4IGSA 3ALGA 4QSHA 2GUYA 4PUDA 2YDAA 1CI1A 5A1AA 3L66A 2ZC1A 1W17A 2I17A 1GHRA 1XD1A 4EXQA 3AS1A 1OIMA 4X61A 5KZDA 3UR8A 1YPFA 4GI9A 1WA3A 1GZGA 1BVNP 4PUMA 5PTDA 3UJ2A 3NQ2A 4LUIA 7REQB 1A5CA 4LUYA 3TC7A 2JIWA 1I2PA 1WDPA 1FHLA 4GFIA 4DYKA 3Q2DA 2GK1B 4GC3A 1X8FA 3WF2A 2QXWA 1KLYA 2W66A 1GKPA 2F8QA 5AY7A 2PGFA 4AZ7A 2ZZ1A 3UNDA 1S5MA 1F5ZA 3PB2A 4H6KA 3U8GA 3TMQA 5HMSA 4HA4A 1MMFA 3S1WA 3EWUA 5I07A 2F61A 4FLSA 4OTKA 3S1UA 1NSJA 2GGIA 1I4NA 3AMLA 1ZGDA 4AWUA 1VPXA 2PTYA 4PUJA 3CV7A 4IPNB 4LF1A 2XJ7A 5EMUA 3LXAA 4O1AA 4L64A 5A8MA 3IVUA 5EB8A 1DV7A 2BXVA 1J18A 5TQLA 4UCFA 5C0QA 3VIKA 1H7NA 4O11A 3Q45A 1VLWA 3LHVA 4JFWA 1I1XA 3THCA 3EKZA 1DWHM 3N4FA 2F7FA 2PAJA 3GBEA 2DSUA 4JGDA 1C7TA 1U22A 4IG2B 1V7AA 3B8UA 3S2JA 3VCCA 3G1RA 1H7PA 3M1ZA 3S9IA 2C18A 2J6VA 2Y24A 2PDQA 4JOMA 5E0FA 5H8UA 1AD4A 1I1WA 4ZCWA 5HK4A 4QAIA 1GZ1A 3PR2A 1JDCA 3W1LA 7ENLA 5D9PA 3H4GA 3P5YA 2VEPA 3VNYA 2EPHA 1QNVA 2ZICA 3S2LA 2VCAA 4QLKA 4ZO9A 5HDRA 3GTHA 4JBRA 2R91A 1JFXA 3P60A 1AW5A 4NYYA 4GKTA 3GC4A 1VC4A 2GJXA 2QW5A 4C6MA 1IEXA 2OODA 4DYEA 3B3DA 3NQMA 4FNQA 3RX2A 3B9DA 1O5QA 1XYFA 3R94A 3PULA 3LPFA 1J96A 3DG3A 1DJXA 2PWUA 4C6IA 2Y7DA 4GE8A 1L8NA 3DFPA 3ONBA 2X1IA 5I78A 3RLHA 1QOQA 8TIMA 5AYYA 3T2OA 4W5UA 1CT5A 1TMHA 2PF8A 3SCQA 2D2JA 3QGAC 3CTLA 2DZBA 4HHPA 1ZBWA 3S46A 1E0TA 1G4SA 1RPKA 1UR2A 4NQ1A 2YLAA 4WIWA 1L2UA 3UA3A 5M03A 3MBFA 1TA3B 3W7CA 3VM7A 5HPCA 3SY1A 5FOOA 4ZB5A 1W2PA 3SIMA 1Q6FA 4XD4A 1WX0A 1W31A 3K2GA 3AMGA 4YTQA 1X1ZA 4AZIA 5TIMA 2Y89A 4HNCA 4DUXA 4IICA 4EPEC 3EEGA 4QR6A 4OUEA 3UWUA 1XFCA 4IF2A 3W6LA 3SW6A 5C5YA 2J7HA 3R8HA 3OHIA 3QTPA 3W70A 3GC2A 1PAMA 1TWDA 3VK5A 3PBUA 3LLFA 1EBGA 1UKOA 5CLTA 3GC5A 4CNTA 2CPUA 1GVIA 1J8VA 4GUFA 3RLVA 7CGTA 3DECA 4O13A 4S3KA 4DWSC 5A2BA 5A3HA 2Y8VA 6ENLA 3RNDA 4NNAA 4BQ5A 3MO7A 3NEHA 5IDZA 2PCQA 2ONEA 2WSRA 5G4EA 3STCA 4MJMA 1MZHA 3GXFA 3PBWA 3A5VA 3CZ8A 4H9MA 1G67A 2PDIA 4FLQA 2BMBA 2XGZA 1OGGA 1OBAA 2QCMA 4FHAA 2IS7A 3WBXA 2BGNE 1OF8A 2WSKA 1PCKA 3W9ZA 4W7WA 3VMOA 3EGJA 4AG0A 1RPXA 2XDFA 5D38A 3NPXA 1CGYA 4M19A 3URQA 3PNZA 2AL1A 4L80A 3KDOA 3IUHA 4WJXA 4IOTA 3UWZA 2XU2A 3UZWA 2WSYA 4IJCA 4QEEA 3LPOA 4AU0A 1QDSA 3CAWA 2ACSA 2DZSA 5AVNA 1A47A 4RZ6A 5FJOA 5D9NA 2R82A 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