3KZSA

Crystal structure of glycosyl hydrolase family 5 (np_809925.1) from bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482 at 2.10 a resolution
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
457
structure length
457
Chain Sequence
QKTYIPWSNGKLVVSEEGRYLKHENGTPFFWLGETGWLLPERLNRDEAEYYLEQCKRRGYNVIQVQTLNNVPSMNIYGQYSMTDGYNFKNINQKGVYGYWDHMDYIIRTAAKKGLYIGMVCIWGSPVSHGEMNVDQAKAYGKFLAERYKDEPNIIWFIGGDIRGDVKTAEWEALATSIKAIDKNHLMTFHPRGRTTSATWFNNAPWLDFNMFQSGHRRYGQRFGDGDYPIEENTEEDNWRFVERSMAMKPMKPVIDGEPIYEEIPHGLHDENELLWKDYDVRRYAYWSVFAGSFGHTYGHNSIMQFIKPGVGGAYGAKKPWYDALNDPGYNQMKYLKNLMLTFPFFERVPDQSVIAGQNGERYDRAIATRGNDYLMVYNYTGRPMEVDFSKISGAKKNAWWYTTKDGKLEYIGEFDNGVHKFQHDSGYSSGNDHVLIVVDSSKDYVKKDCYQIDTHE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of glycosyl hydrolase family 5 (NP_809925.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution
rcsb
molecule keywords glycosyl hydrolase family 5
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 156
structure length 457
sequence length 457
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12904 Collagen_bind_2 Putative collagen-binding domain of a collagenase
A PF13204 DUF4038 Protein of unknown function (DUF4038)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3kzsA01
3I3EA 2EPLX 2FH8A 2JALA 3VIHA 1EGZA 5BRPA 2V5DA 5I79A 5BCAA 3VIKA 2Y4SA 4PUEA 3MV11 4JHZA 4B9YA 3WENA 1V03A 1E4NA 4IPLA 4M29A 4NZCA 1N82A 3KWXA 3T0DA 5EB8A 4P8VA 3ZIZA 3AMKA 3MMDA 4CGTA 1ZS2A 1TZ7A 1JIBA 2XVLA 5A8NA 4BQ2A 3VD4A 2J7DA 1W1PA 3A4XA 4D1IA 5AC5A 3RJXA 2W62A 3WD4A 2YIHA 1FHLA 2X8RA 3JUGA 3N9KA 4L4PA 3M46A 3BGAA 3FNDA 1UKQA 4ACYA 4Q7NA 2G3JA 4A4AA 3IJ7A 4ML4A 2WVVB 1GQIA 3K8MA 4E4PA 1ZJBA 3AOFA 3N11A 1JF5A 3QOMA 3OZPA 3EYPA 1UKOA 4CN4A 1QOXA 2WYSA 3AMLA 2PWEA 3WDQA 4DWSB 1SMAA 4NI3A 2Y24A 1BYDA 1LWJA 5DF0A 2CNCA 1RD6A 2XIBA 5C71A 3OLDA 1BG9A 4W93A 1JDCA 1F4AA 3LPOA 1UWSA 5I6SA 3PZNA 4OZOA 4BS0A 5CGTA 1TVNA 4URIA 3T2OA 4KGLA 1V3JA 2BY2A 1Z32X 4P8UA 3PBGA 5E0CA 1NOUA 3TTOA 3KZSA 3S6TA 4AIOA 5BYWA 1LL7A 2WM0A 4M8UA 4GO9A 3NDYA 1GONA 4ZE4A 3VM7A 2VI0A 4W8BA 4EE9A 4W8LA 1HNYA 1Q6EA 3CZGA 1XYFA 1XD0A 4U2YA 1EA9C 2EQDA 4HOXA 4J3TA 4CCCA 1H49A 3U7BA 1MFVA 3EDEA 4JCMA 4ATWA 3PTMA 3AMDA 5BWFA 3W28A 4MDOA 1BGGA 4V27A 4Z2IA 3L4UA 3LPFA 2DIJA 4F79A 3A4WA 4KH2A 1JD7A 3PTKA 3UR8A 2PC8A 2Q8XA 2QHAA 1J0HA 2EPOA 3K1DA 1CXLA 2YL8A 1E71M 3UCQA 2D0HA 2DSKA 2DQXA 3U7VA 1EHAA 5FL0A 1HJXA 4W87A 4GINA 5FIPA 3MUAA 4BCEA 2CETA 3ZSTA 1KWKA 2GDVA 3SCWA 2CXGA 4H7VA 5CJ5A 1V6UA 2EXOA 4WK9A 1OT2A 5M17A 1H3GA 2W4XA 2ZXDA 1E43A 1U30A 4PMQA 4IISA 4WSJA 2XPKA 1BYCA 4FMVA 1GPFA 6A3HA 5E70A 1QPKA 4UCFA 4F9JA 2YA2A 4MB1A 3ZJ7A 1HKJA 1NP0A 2WVSA 2PWFA 4LYRA 3F5LA 1V6XA 5HPCA 2J78A 2DGAA 5FOOA 1BFNA 2WNWA 4UQBA 1E0VA 3MUIA 1J0IA 1XSIA 4UOZA 5CGMA 1AQHA 1JAEA 1RP8A 3W29A 5IHRA 2XFFA 1ISYA 1CLXA 4TX8A 2CHNA 3SCPA 2VZVA 1W2PA 1W1YA 1JXKA 3WQ4A 1JNEA 3WIJA 1ZBVA 4FLOA 3N12A 3NSMA 4Z2HA 3ARWA 1MFUA 2W5FA 3DYMA 2NW0A 2IUZA 2OSXA 1ZBCA 1BQCA 3BCDA 4Z2KA 3W37A 1CXIA 2WC3A 4AZ5A 2OLHA 4CCEA 3VIOA 1WKYA 1CTNA 2BY3A 5CPTA 3KL5A 3VX1A 1L8NA 4PRWA 2VZTA 3O2LA 4MTVA 2PBOA 4KRTA 4RE3A 1HJQA 4PMYA 1CYGA 2CESA 2QPSA 3W26A 2XSAA 2X2YA 4BA0A 3VU2A 3VIPA 3NSNA 1QW8A 4MJ4A 5DEZA 4J3XA 4OBRA 2QMKA 5CG0A 4P8WA 3BLKA 1UZ1A 2FHCA 3WL0A 1UD6A 1BYAA 4LGXA 3WH8A 4U2ZA 2WWDA 4YPJA 3WBEA 5A6BD 4H8UA 3GXDA 5ABHA 3G6MA 3VD9A 4GI8A 1W91A 1KCLA 1GJWA 2ZE0A 1OD0A 3KL0A 1EQPA 3SCQA 3QR3A 3WEMA 4CVWA 1CEOA 3CO4A 3DYOA 4ACZA 1EIBA 1R86A 4PMZA 2D24A 3WUGA 4MAZA 4UFMA 3CHDA 3ZO9A 2E8YA 1FFRA 2WMHA 3WUEA 3CHEA 4C7GA 1QNRA 3KE0A 4JFVA 2WC7A 3RJYA 3MMUA 5A6KA 1OGGA 3ARZA 3RO8A 1GUVA 4AZBA 4S3KA 1GW1A 2VQTA 2FGZA 1QI5A 3KL3A 3W0KA 1JAKA 3FAXA 5A3HA 3BAWA 2ZIDA 2OWWA 2UWFA 2G8ZA 5CQ1A 4KRUA 1GOIA 3VGEA 4CUCA 4PBGA 2VR4A 4P7QA 1XV8A 4J3WA 4C7FA 4WSKA 4WKAA 3PZUA 1E6PA 1V6WA 1MW3A 1HT6A 2J7HA 1NOFA 1PX3A 2GK1A 1D2KA 5A6LA 1PPIA 2ZX9A 1KGXA 1TCMA 2VO5A 3N18A 3SCSA 3ZMRA 1MW0A 3L4ZA 3CZKA 3VGBA 1K9EA 5AC4A 2PB1A 2ZICA 1NOWA 3BC9A 1H1NA 3PZOA 2CHOA 3T08A 3WNPA 5I23A 3CZLA 4D6DA 1W32A 2ZX8A 4D6HA 1B90A 3OLGA 5HDRA 4JFTA 4W5ZA 3VDBA 2HISA 1W9DM 3ZSSA 2XIIA 2EO7A 2E9BA 3DHUA 1XCXA 1CLVA 3EDKA 2DH3A 2BHYA 3VIFA 2CEQA 1HL8A 4TUFA 2WMKA 1QNSA 1FH8A 5KZ6A 2E4TA 5CZKA 4UQCA 5C70A 2X1IA 4NRSA 3CZJA 1Q4NX 1BAGA 1HP5A 1XH0A 3UETA 3ZT7A 1FP8A 3VMOA 3AS2A 3N04A 5E0FA 1Q6DA 2OSYA 3PZTA 1M53A 1E56A 5A2AA 4TOQA 4GKLA 3AZRA 4F66A 2UY3A 2WSKA 2WKGA 2F8QA 3BLPX 3AIRA 2VZOA 3SIMA 1K9FA 1KQYA 1WZLA 3GNPA 1AVAA 4AYSA 4XV0A 4ZFMA 3GM8A 3UESA 4B16A 4D1JA 2V5CA 4D6GA 2QF8A 1KXVA 1ZJAA 2GJRA 2V3DA 2VR5A 2EEXA 7TAAA 4BF7A 3BSGA 1UD5A 1TVPA 3BCFA 4PMOA 3SCNA 3FY1A 1X6LA 8A3HA 1UOKA 2W61A 2CCRA 3T0BA 1US2A 1MQRA 2WMFA 3VOCA 1E70M 4AD4A 1NM9A 1JZ2A 3CLWA 3ZJ8A 5A1AA 3RDKA 2VVSA 4UFJA 3WBAA 2D0FA 4PTWA 5E6ZA 1B1YA 3CMJA 4B3LA 1EO5A 5HNNA 4U3AA 4TTUA 2MANA 3OZOA 3DECA 4D72A 3ZT5A 5I3DA 3VGHA 1WDRA 4QLJA 3AS1A 4AZ6A 2JE8A 3K46A 3ZR5A 2E0PA 4D6CA 3RIKA 1VFMA 3AXXA 2VRJA 3VILA 1MW2A 1PIGA 4PMUA 4MB4A 5CXPA 2Z1SA 1LJYA 1R7AA 2Z1KA 1CECA 3CIVA 3MV01 2XYLA 1FH9A 1VBUA 4IUGA 2DEPA 1E6ZA 1SR0A 5D9MA 3LMYA 3L2MA 3AMGA 3WF3A 1RP9A 1B3ZA 1NP2A 3BMWA 1CGXA 3BAYA 4H8HA 4NF7A 2EPNA 1C8XA 3AJ7A 1E73M 2JEPA 1HKMA 3W24A 4XX6A 1RH9A 4AZIA 4IPNB 3GXFA 2FGLA 3WNLA 3MKKA 3EDFA 1DWFM 2ZXBA 3WH9A 1VIWA 4UFKA 4OUEA 2RGLA 3B9EA 1UR1A 2VCCA 3WF1A 4U5IA 1JYXA 1BSIA 1HKIA 1V6YA 4W7WA 2A3HA 1JDDA 1ISZA 3OBAA 2JIWA 1KR0A 3UEQA 4W5UA 1BLIA 3CMGA 4R27A 2XUCA 2DPEA 4EK7A 2D22A 4PCTA 1PEZA 1ITXA 3SCTA 4F8XA 5ABFA 4UFIA 3ALFA 2E8ZA 3WF4A 5A2CA 3NJ3A 1S46A 4AY1A 4XB3A 1FP9A 2QPUA 4AW7A 1OGSA 1PX8A 2DSWA 4M24A 4XZBA 2XVPA 4UOJA 5EFDA 1E5JA 3PZ9A 1QW9A 2YLLA 4WKHA 3WDHA 2VQUA 1JZ7A 1GVIA 1K9TA 4RE4A 1V02A 2BNJA 2WXDM 1UWIA 2IXUA 4U5KA 5I0DA 3J7HA 3ZJKA 4LXFA 3AHTA 3WEOA 1GQLA 4PMDA 1NWUA 4DUWA 2YDSA 2CITA 1HVQA 1BVZA 2XG9A 3CH9A 4M56A 4HU8A 2BHZA 4QCEA 2ZX5A 1V3LA 5DT7A 2AOSA 1V3HA 3NIYA 2WMGA 5JIWA 1M03A 2V3FA 2WW5A 1V02E 1HKKA 1CXHA 5CLTA 1KQZA 1VEMA 4GIAA 1CWYA 2CBVA 3MUZ1 1ZL1A 3I3DA 1W3KA 1CGVA 1W9PA 3F5KA 3WNKA 1DWAM 2ESCA 2WVVA 1BTCA 1V0LA 4D71A 3K8LA 3VGGA 5D4YA 1R7OA 5A8PA 1UA7A 3DHPA 3SUWA 3M07A 1HJVA 4GO8A 2UY5A 5FCZA 4H8VA 4DWSA 1E0XA 3EBVA 3WN6A 4JIEA 3WH6A 3VGFA 1HP4A 1CGTA 3GDBA 4LYQA 1KCKA 2QLYA 5LA2A 4QLKA 4E8CA 1GHRA 2DT1A 4PN2A 2WCGA 1PZ2A 5AY7A 1OWQA 1TA3B 3WF0A 4JKMA 3AZSA 2VX7A 1CXEA 3CZEA 1R85A 1EH9A 1NWSA 1B3YA 1FA2A 1TUXA 3AIUA 4P7LA 1JI2A 2YBUA 1UR4A 2O92A 4HPHA 3OGVA 3WDRA 4PUDA 4EANA 1LL6A 4P7OA 1OT1A 2WCSA 2EPKX 1W1VA 4BQ4A 2VVNA 4J3UA 3W25A 1QI0A 1UR8A 3DYPA 3GTNA 2D23A 1QHZA 5BXPA 4MPKA 3VIIA 3POHA 1JZ8A 3OG2A 4HA4A 4H41A 3WD3A 4GXPA 2WHJA 3WELA 1KFWA 1A3HA 1BF2A 3WH7A 3VVGA 4AZCB 3G6LA 1E15A 1KXQA 2PWHA 4JL1A 1E6QM 4HP5A 1SYTA 1BVNP 2VC9A 4QLLA 4N42A 4HA3A 3AMCA 2J4GA 4B9ZA 4V2XA 2VNCA 2CIPA 1ZBWA 4PTMA 1CXFA 1WB0A 1HJSA 1F4HA 1E6NA 4HU0A 3OIHA 1EO7A 1HF6A 2DSVA 1UKSA 1GQKA 2A3CA 4V28A 3CBWA 1J10A 3WFLA 2JIEA 5E09A 2BV9A 1UQZA 2E40A 1G1YA 2GUYA 3MSDA 5BRQA 1EQCA 5BXRA 2D3LA 3AFBA 5A6AA 2GJXB 1JZ6A 4MAVA 4GQQA 2XVNA 3AS0A 3T09A 2GVYA 2WK2A 2XGIA 3WH5A 3D5HA 4M82A 4UQEA 2AMGA 4ZENA 3BAXA 1O6IA 3W38A 4PMXA 3WQVA 1OCQA 2WVTA 4TTGA 2A3AA 5BXTA 2DT0A 2D0GA 1JDAA 2QV4A 4OJYA 2YA1A 4HMEA 1E1FA 3MSGA 2J79A 2YJQA 4LQ1A 4UZUA 4WLCA 3ARPA 3MO4A 4E2OA 2WMJA 2J25A 1DWGM 4NSBA 5DT5A 3AZTA 4A3HA 3L4XA 1H09A 5EMYA 1WO2A 5JBFA 2VZUA 1G9HA 3GH5A 3S2CA 3MMWA 2JEQA 1H4PA 2WANA 4EKJA 4W85A 1UWUA 2CKRA 4TVDA 1JFXA 3HU7A 1JG9A 3UR7A 1HIZA 3GH7A 1E3ZA 2J8FA 2GSJA 4RE2A 1LG2A 2BS9A 4S3JA 3VNZA 1LF1A 2J7CA 4ZEPA 3AYRA 4JKLA 3N15A 2XFRA 3ZR6A 4W86A 3M7SA 1UZ4A 4QP0A 1VFUA 3VX0A 3NSXA 2VT0A 1UD3A 3QOKA 4D6JA 1Q6CA 1BGAA 1B3VA 3NDZA 1W9BM 4UFHA 1W3HA 5GQBA 1H41A 3NCOA 4AIEA 1KBKA 2WAGA 2VCAA 3SUTA 3BAIA 1WZKA 1U33A 3MU7A 2CPUA 1DEDA 2BVDA 4CD7A 3OGRA 3WD0A 4OBSA 3VM5A 3FAWA 2BVYA 1CGUA 2WZIA 3TTSA 4DWSC 2WB5A 5BXSA 4PSRA 5CLWA 3BH4A 1XGZA 3WUBA 1WDPA 3AIWA 2DT2A 1OD8A 1J11A 2DH2A 2V3GA 3ZJ6A 1J0KA 1XYZA 2VX6A 2JFEX 1JZ5A 1UWQA 3VNYA 2WVUA 5F7UA 1V3MA 1WPCA 1CIUA 3WMBA 1KR1A 1X1NA 2F61A 1B3XA 4L4OA 1QBBA 1ZU8A 2XWDA 5LA1A 2VZSA 3VD3A 1E40A 3CUGA 1AQMA 2WMIB 1WE5A 2O9PA 1JZ3A 3VO0A 2CBJA 1QI2A 1CDGA 1LL4A 5IFTA 4A3YA 4JFWA 3VTRA 3SEPA 2A3EA 1PBGA 3AHVA 3AICA 4CN6A 4D6FA 1V0MA 2J47A 3MS8A 1GOWA 2ZWYA 1GNXA 4JHOA 4UOQA 4M80A 4WKFA 4UR9A 1XHGA 4P7RA 1C8YA 1V08A 5GNYA 1MQQA 1CGWA 3II1A 5A2BA 1FOBA 3K4DA 2OYKA 5D8ZA 1IV8A 4FF5A 4MB3A 4K68A 2XVKA 1EOKA 2VJXA 3EDJA 2IXVA 2D1ZA 1QNOA 1I75A 1SFSA 2J7GA 4W7UA 5LA0A 3PHAA 3WY1A 3AIQA 3UG4A 2O9OA 5GPRA 4AZGA 1BYBA 1W3LA 5D9NA 5GNXA 3GH4A 3AHXA 2J8GA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I3E A;  2EPL X;  2FH8 A;  2JAL A;  3VIH A;  1EGZ A;  5BRP A;  2V5D A;  5I79 A;  5BCA A;  3VIK A;  2Y4S A;  4PUE A;  3MV1 1;  4JHZ A;  4B9Y A;  3WEN A;  1V03 A;  1E4N A;  4IPL A;  4M29 A;  4NZC A;  1N82 A;  3KWX A;  3T0D A;  5EB8 A;  4P8V A;  3ZIZ A;  3AMK A;  3MMD A;  4CGT A;  1ZS2 A;  1TZ7 A;  1JIB A;  2XVL A;  5A8N A;  4BQ2 A;  3VD4 A;  2J7D A;  1W1P A;  3A4X A;  4D1I A;  5AC5 A;  3RJX A;  2W62 A;  3WD4 A;  2YIH A;  1FHL A;  2X8R A;  3JUG A;  3N9K A;  4L4P A;  3M46 A;  3BGA A;  3FND A;  1UKQ A;  4ACY A;  4Q7N A;  2G3J A;  4A4A A;  3IJ7 A;  4ML4 A;  2WVV B;  1GQI A;  3K8M A;  4E4P A;  1ZJB A;  3AOF A;  3N11 A;  1JF5 A;  3QOM A;  3OZP A;  3EYP A;  1UKO A;  4CN4 A;  1QOX A;  2WYS A;  3AML A;  2PWE A;  3WDQ A;  4DWS B;  1SMA A;  4NI3 A;  2Y24 A;  1BYD A;  1LWJ A;  5DF0 A;  2CNC A;  1RD6 A;  2XIB A;  5C71 A;  3OLD A;  1BG9 A;  4W93 A;  1JDC A;  1F4A A;  3LPO A;  1UWS A;  5I6S A;  3PZN A;  4OZO A;  4BS0 A;  5CGT A;  1TVN A;  4URI A;  3T2O A;  4KGL A;  1V3J A;  2BY2 A;  1Z32 X;  4P8U A;  3PBG A; 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 4LYR A;  3F5L A;  1V6X A;  5HPC A;  2J78 A;  2DGA A;  5FOO A;  1BFN A;  2WNW A;  4UQB A;  1E0V A;  3MUI A;  1J0I A;  1XSI A;  4UOZ A;  5CGM A;  1AQH A;  1JAE A;  1RP8 A;  3W29 A;  5IHR A;  2XFF A;  1ISY A;  1CLX A;  4TX8 A;  2CHN A;  3SCP A;  2VZV A;  1W2P A;  1W1Y A;  1JXK A;  3WQ4 A;  1JNE A;  3WIJ A;  1ZBV A;  4FLO A;  3N12 A;  3NSM A;  4Z2H A;  3ARW A;  1MFU A;  2W5F A;  3DYM A;  2NW0 A;  2IUZ A;  2OSX A;  1ZBC A;  1BQC A;  3BCD A;  4Z2K A;  3W37 A;  1CXI A;  2WC3 A;  4AZ5 A;  2OLH A;  4CCE A;  3VIO A;  1WKY A;  1CTN A;  2BY3 A;  5CPT A;  3KL5 A;  3VX1 A;  1L8N A;  4PRW A;  2VZT A;  3O2L A;  4MTV A;  2PBO A;  4KRT A;  4RE3 A;  1HJQ A;  4PMY A;  1CYG A;  2CES A;  2QPS A;  3W26 A;  2XSA A;  2X2Y A;  4BA0 A;  3VU2 A;  3VIP A;  3NSN A;  1QW8 A;  4MJ4 A;  5DEZ A;  4J3X A;  4OBR A;  2QMK A;  5CG0 A;  4P8W A;  3BLK A;  1UZ1 A;  2FHC A;  3WL0 A;  1UD6 A;  1BYA A;  4LGX A;  3WH8 A;  4U2Z A;  2WWD A;  4YPJ A;  3WBE A;  5A6B D;  4H8U A;  3GXD A;  5ABH A;  3G6M A;  3VD9 A;  4GI8 A;  1W91 A;  1KCL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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