3L2IA

1.85 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
259
structure length
256
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A conserved surface loop in type I dehydroquinate dehydratases positions an active site arginine and functions in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 89
structure length 256
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3l2iA00
4N9DA 4OU1A 4UUIA 1BKSA 4IPJA 3B0UX 4PEKA 4ML9A 3H54A 4WUIA 4WZHA 5DY2A 5G2IA 3I7RA 2X16A 4K7YA 1K8XA 5C5YA 3RMJA 1XM3A 1F5ZA 4QIUA 3YPIA 1GG0A 4Y90A 2J9ZA 4N4PA 1LM1A 2ZRYA 4HN4A 3KAOA 3TIMA 4GE8A 1OX5A 4XTDA 1PCWA 4JN6A 1OX4A 4CQ8A 1N55A 1TTQA 1GVSA 3L2IA 1Q6LA 4QJ1A 1FY6A 3GKAA 3PG8A 5FF3A 2NXIA 1JUKA 2CLKA 1P5BA 3LTPA 2Q8LA 3PB0A 4IWWA 3F1QA 4CNPA 2DP3A 2X2GA 4TX9A 1TV5A 1FUYA 3SSJA 3QQ0A 4LVFA 2YCEA 3S1VA 1UUMA 3LCFA 3UNDA 4NJJA 5FI8A 4O13A 1H63A 1V7YA 3E0IA 3MYPA 3NL3A 1XDLA 4YCOA 5I3FA 3DFQA 1R30A 5HINA 2Y62A 1OABA 4MY9A 3CIWA 3LV6A 2J9YA 5D33A 2HMCA 2B7QA 4OV9A 1KBJA 2DZUA 4GUIA 4XKYB 4BFAA 3KFTA 3LLFA 2XFWA 2HSAA 3WJZA 3OVRA 3L68A 2QJGA 1IXPA 4I9AA 4RV8A 1YADA 3TDFA 2J6XA 5D2TA 1C9DA 2YX0A 4DBDA 1KV8A 4N2YA 4JDYA 3VNDA 3HBLA 3LLDA 3PVFA 4RLIA 1LBMA 1GG1A 5CPNA 3W2MA 3G0XA 1TQJA 4PTNA 1IIHA 1VLIA 3CWOX 1OFBA 4Z1CA 3EX1A 2V0TA 3SFKA 2BZNA 2NWSA 4UR8A 2WKJA 3NO5A 1GTHA 1QOPA 1KTNA 4TR9A 2WNZA 3LOTA 4LUIA 1I4NA 3L5LA 2C1HA 3W7DA 3TJXA 3P62A 1EP1A 1JCJA 4Q4KA 1OF6A 3S0CA 4B5NA 2C6QA 4NXKA 2ATMA 4UFLA 3G8EA 3RFAA 3IGSA 2FB3A 4MYXA 4NU7A 1QAPA 1JRCA 2DZSA 5DCDA 1VQTA 3BPWA 3IVUA 1M6JA 3GZ3A 1I2NA 3BLFA 1XL9A 2CLOA 1SSGA 1K03A 3ZWSA 2YXGA 4O52A 2Y70A 1FBAA 1FCBA 4AVFA 4WOQA 3UPWA 3M5XA 1TPEA 3NQAA 4RCXA 2V81A 3W7EA 4ZQNA 2QCCA 2VEMA 3QC3A 1FXQA 3V75A 5CSSA 3PM6A 4JTJA 5LHEA 1ZHAA 3PS7A 3M5YA 1XBXA 1QMLA 3E96A 1QOQA 2V2CA 2ZYFA 4NXSA 1JJKA 2WQPA 3C8FA 3N73A 1A5AA 3L0NA 4MYAA 5KMYA 3UWWA 3Q58A 1LCOA 2DJLA 4L4LA 1FWWA 3DZ1A 4XWUA 1FXPA 1SSDA 1VCFA 4LVAA 3O8AA 4AWUA 1OYBA 3OA3A 3BW3A 1A5BA 4J9JA 1FQ0A 5I3GA 3P61A 3LM7A 2RDUA 3GR7A 2VC6A 3O16A 1KBIA 1QWGA 4MZYA 3LRLA 3G3DA 3PBWA 4MUZA 5C2XA 1XBVA 1AK5A 1JULA 4ZQPA 1O4UA 1RD5A 4WJEA 5FEZA 4GXMA 5HUPA 4MIMA 1LP6A 3N19B 3NVTA 1XI3A 4CCCA 3W84A 3QW4B 2H8XA 2ALDA 3TFCA 5U4NA 4IMGA 1EP3A 1GVOA 4HNTA 5I3KA 1KM5A 2QCDA 1HL2A 2NWRA 4O18A 2Y7EA 2WOQA 5AHFA 5KTLA 2GQ8A 5FF2A 2G95A 2VFFA 3PBYA 3A9IA 4O1CA 1YLVA 5KZMA 4GUGA 4TU1A 1WDWA 4UXDA 3PY2A 3DI0A 5BMXA 3QEZA 4XTIA 4Z1AA 1G7UA 1RV8A 1F05A 2PRLA 4TIMA 1H60A 3W1LA 4MPQA 2Y61A 5E0KA 4A22A 1JCLA 4I7VA 4Z0SA 2OX1A 1I2OA 2Q8ZA 3B04A 4IMDA 2VEIA 3MI6A 4Q32A 2YYUA 1LLWA 3UWVA 8TIMA 1W3IA 3EX4A 4UTHA 3Q2DA 4MJZA 2E6AA 1R47A 1TYGA 5CZ0A 3HPSA 3M0ZA 4CQAA 5IBXC 1TPUA 1Q6OA 1B9BA 2W0UA 3UZJA 1KLZA 4R34A 3EKLA 2V2DA 2VEPA 4WOZA 5K3VA 3TR2A 4FO4A 2TPSA 2WNNA 1P4CA 2CZEA 3BARA 1HFBA 1H51A 3C2VA 4AWSA 4LRTA 4O19A 3ZS4A 3U8GA 3ABQA 4WXZA 4MZ1A 5L6UA 3W86A 5FEWA 1LOQA 3TC6A 3W1NA 4LV4A 3NGJA 2Z6IA 2H3DA 3NZ1A 4R33A 2VXNA 1FCQA 3MP5A 3WK0A 4ADUA 3L67A 4E2DA 4YLWA 4Y8FA 1F6PA 3NQVA 4YXGA 4AHOA 2E77A 4S2BA 5AB3A 4MLJA 3L0KA 2EPHA 3BLIA 3ATZA 2A7RA 4DO6A 4EF9A 4FF7A 2CLFA 4W9TA 3TKFA 3BLEA 3IIXA 3L21A 3CEUA 4MY8A 3F4NA 5FEPA 4JTLA 1KFBA 3BW2A 3S6DA 1RR2A 1LYXA 5D09A 1QPOA 1H7PA 4O15A 4HNNA 2F7FA 3IVTA 4PFMA 1WOAA 3GR8A 3GDTA 1N7KA 3P84A 4AEOA 4ONVA 1TPH1 1X8FA 1TJRA 4DBEA 4IQLA 5SWUA 4OGZA 1GZGA 2C19A 3FLUA 1H5YA 1KTBA 3T78A 1G4SA 1JCNA 1SO5A 3PWAA 2FPYA 3N3MA 4OE7A 3DHDA 4FX6M 5D2XA 1FDZA 2FPTA 3FYPA 3EB2A 3N34A 1EWEA 4O11A 4FXRA 5HWMA 4H6KA 4UCGA 1ZJIA 2V82A 3STEA 1ZAIA 5ABTA 3S1XA 3UWYA 1O95A 4MJMA 5AN7A 3MHUA 3W74A 4DQWA 1MO0A 3HB9A 1THFD 1WXJA 4LU0A 1QDSA 4M7TA 3W83A 4E0CA 3TMQA 3LX9A 4UTKA 4JYDA 1ZNNA 1DKWA 1AW1A 2PCQA 4O1AA 1I45A 1WQ5A 3MHFA 3WJYA 3W2LA 5D2YA 3MI2A 1KM0A 1KV5A 4JTTA 1OYCA 2XN2A 1H61A 3EX3A 3TH6A 3JS3A 4O0KA 2QAPA 4RKAA 3VE9A 3L5MA 4DEFA 2A1YA 5HNRA 3GYEA 3RNDA 2GPTA 3THAA 3A5VA 3ABSA 3NDOA 4HPJA 3W70A 4UTMA 4O28A 2ZRUA 5AHLA 1YXDA 4POCA 3LRKA 3LTSA 4IPIA 3SIZA 3MBDA 2YPIA 2YFOA 3TC7A 2E6DA 4U28A 3BV4A 3T7VA 3IGXA 1QPNA 2FLIA 1O60A 4P61A 4IMEA 4CCDA 2UV8G 2H6RA 4PL1A 3W7JA 3GIYA 1TPDA 5CSRA 1RQHA 2CLMA 1OFOA 4DELA 5T26A 4P2VA 5AHMA 1B57A 3UY8A 1TPB1 3T40A 4KFPA 3PBVA 2JBMA 2GVLA 3TAKA 2PC4A 3W7IA 2CLLA 5CPLA 4N9BA 3C52A 4Y6GA 1XBZA 2Y89A 4FIRA 4K37A 4JX4A 3NQ8A 2BLEA 2ZQ0A 1DHPA 4XQ6A 5EL1A 4MZ8A 3KVMA 1VYSX 2AGKA 3NQGA 5DLCA 3GXTA 2FJKA 3LCXA 1XXXA 2OMAA 5F2GA 4LRSA 5D30A 1H7XA 3STFA 3HG2A 3C2FA 4O4VA 1SW3A 5CPMA 2LLEA 2DJXA 4FNQA 3MBFA 3LHYA 3NPXA 1D9EA 2H3BA 1BEUA 2C15A 3W87A 1L6WA 4JIQA 2ZZ5A 4Y9AA 4TMCA 1H7OA 3T55A 1W5NA 2V8ZA 1Z48A 4JGDA 1KA9F 3LGEA 4GWEA 4X9SA 1GPWA 4RJEA 5G1YA 2QUTA 3GLCA 4NVTA 1OFAA 3TSMA 2VELA 6ALDA 4Z08A 1GVFA 1IF2A 3TXVA 3P74A 3PSVA 1H1YA 3GB6A 3O6YX 3S5YA 4S2CA 3MO7A 4QM1A 2I1OA 1EB3A 1K3UA 3USBA 3ZR4A 3R89A 2C16A 3NQFA 1KFCA 3NQDA 2H8ZA 3TE9A 1DJQA 2E68A 3NL5A 3RLUA 4JTHA 1LOLA 2YYTA 3BG3A 3AJXA 5I3HA 4XKYA 1JQVA 2Z0IA 4YWIA 1YDOA 3HGJA 2C18A 3IIPA 3TAOA 3NL2A 2Q3OA 4ORMA 3TK7A 2A5HA 3N9SA 2WO5A 4H3DA 1WAUA 4RR4A 4Z1DA 3S1WA 3FKRA 1N8FA 4K39A 2WV8A 3F4WA 3GNDA 2B0MA 2CFFA 2QF7A 3WK2A 1PHQA 4DF2A 3T44A 3DXIA 3LHTA 5DELA 1GOXA 1T0OA 3M41A 3QF0A 3P8JA 1LRNA 4WY0B 1VC4A 1AMKA 2O7SA 4LVDA 2JKAA 3PUOA 4OT7A 2NX3A 4RX0A 3A5FA 5LGZA 3EEGA 1J5TA 4FNUA 4I7UA 4IMFA 3Q94A 4JTKA 3RK8A 3GDMA 2FPVA 1VCGA 1ONRA 5LNRA 4BK9A 1MEIA 2ZFAA 3LXBA 1YDNA 2A21A 1X1OA 1VJIA 3IIVA 5A8GA 5CZJA 5C6MA 2E1DA 1JUBA 2Q3RA 4O1DA 1HO1A 2R14A 4N02A 2RKXA 4UMBA 3MW7A 3DFOA 1VHNA 4ALDA 3DBPA 3NQ2A 2XN0A 3R8RA 3U2OA 5K7JA 3DFTA 4IUOA 2JGQA 3EWWA 3P8IA 3TX9A 3QPZA 5BRBA 1ICSA 2V5BA 4NNAA 1U5JA 4UNLA 4WQ6A 5E93A 3ANYA 1TTPA 4LWWA 5DXXA 3W7RA 3EKZA 1SR9A 4AWTA 1BWKA 1NEYA 2A7NA 3W1AA 3MUXA 2NUXA 3SW6A 3N2XA 3W3OA 1LORA 3TROA 1O5KA 3NYZA 2DU2A 4FHAA 3QQ1A 2YR1A 5DN1A 3R2GA 1K02A 2OT1A 2E5CA 4NZFA 3TU9A 5AYZA 2E6YA 2QCFA 5LKYA 3CC1A 1TSIA 2GQ9A 1HO4A 3G1DA 4DO4A 3AO0A 3THQA 1DQXA 1W3TA 1BWLA 4KWVA 4M6VA 1R46A 3G1SA 4C1KA 2H90A 3G18A 1I2PA 3BG9A 4JNMA 4UFMA 1KFLA 5G5IA 3QMTA 1W31A 3DU0A 4O1BA 1XDMA 3RLVA 4BR1A 1BTMA 2C3ZA 2B7OA 4FB7A 4JX5A 2BTMA 3FIGA 1X6UA 1J2WA 4JYFA 1G4TA 3LERA 5IM51 3WFAA 1CI1A 1DOSA 1GWJA 3DAQA 4O0ZA 1B4EA 3KOFA 4R7JA 3TV8A 5K9DA 3UWZA 5F2MA 1SW7A 2OCZA 5EKYA 4C1LA 4X2RA 4NJHA 5EMUA 5EYWA 1JR1A 2EF9A 2Z2UA 3EXRA 3LRMA 1L2UA 3MI3A 3VCRA 1Q3NA 2VFEA 3TXZA 2ZDRA 3N2MA 3SECA 1OJXA 1GJPA 1K7EA 3D0CA 5LNUA 2Z6JA 3I6RA 2X1UA 4NZJA 4ORIA 1FWNA 4S1FA 4GJ1A 3FEMA 3GXNA 2B7NA 4DXVA 3C4UA 4UFIA 2NV2A 4LNYA 1G69A 2FTPA 3ABRA 3QM3A 3W7MA 3TW7A 5AC7A 3W73A 1GTEA 5LNVA 4JIPA 2ZZ2A 4UR7A 3I68A 5CZTA 1TB3A 3P81A 4LY8A 5FF0A 3HO8A 4D2JA 2VOMA 3DHFA 5DBUA 2X1TA 5J5RA 1F6KA 4AB4A 4NJIA 1FX6A 4Z1BA 4AF0B 1F73A 3L0GA 3RU6A 1MZHA 2VENA 2RHGA 5TBOA 3HGRA 4HNVA 4LVBA 4O4WA 1J4EA 1EUAA 2YW3A 5TIMA 1TRDA 2NUWA 1KM1A 1MSSA 3A21A 4FXSA 4LVGA 3W1QA 4ZQRA 4CNOA 4KKXA 4XUGA 4O16A 2YGYA 1I2QA 4O12A 4JS3A 4HNUA 3ELFA 3CT7A 1T96A 3E12A 1G4PA 3W7NA 1XCFA 4IXXA 1G6CA 1KTCA 4FX8A 1GT8A 3TCEA 4HSOA 2FDSA 3LBCA 3NQEA 3FJLA 1EEPA 5D02A 1YXYA 1K8ZA 2ISWA 4PH6A 2Y7GA 2YZRA 3I7QA 3TMLA 4E38A 2WJZA 3S5OA 5HWJA 3QW3A 1LBLA 3M1ZA 3EXSA 1VLWA 3W9ZA 3ABOA 5AC8A 2ZA3A 4BWLA 3HG3A 1OF8A 1LZOA 2HS8A 1H50A 1OFPA 5HR7A 3EWXA 1OK6A 1X1ZA 2ZCGA 3S9YA 4UFJA 2OT0A 4UNKA 4BF9A 4YCPA 1Z42A 2QCGA 1SZEA 1FCUA 5BNKA 5DBTA 5DCEA 1OK4A 4O14A 1KLYA 1KM3A 5E1QA 4JDBA 4UFHA 4ZQOA 4TMBA 3NZRA 4NQ1A 2BSLA 3P82A 2QCDB 3W1RA 3W88A 3G0UA 4IGHA 2NX1A 3DFNA 4O8RA 4YL2A 4PODA 3PB2A 3L65A 2CU0A 5HQEA 3BO9A 3TNOA 4GC4A 5K4XA 5K2ZA 3INPA 3LHWA 2QCEA 4KFNA 5G2WA 1XFBA 3I7SA 2QUVA 3FYOA 4RZ6A 3VE7A 2NX9A 2Y7DA 5CGQA 1ZCOA 3TFXA 2W6RA 1SFJA 3NAVA 4HSNA 2ZZ1A 4KFOA 3S5ZA 2CLHA 3LCGA 5K9CA 4GRSA 1UASA 2CWNA 1OG0A 5GVJA 1V5XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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