3L2IA

1.85 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2.
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
259
structure length
256
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A conserved surface loop in type I dehydroquinate dehydratases positions an active site arginine and functions in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 89
structure length 256
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3l2iA00
4PA8A 3G1XA 3RK8A 2ZCGA 2GUUA 3IGXA 4LC8A 4RJEA 2QDHA 1YTKA 1JRBA 2FQIA 3SZ8A 2FPVA 1H60A 2Q3RA 2FLIA 1XBYA 2CLIA 3DFPA 3S1XA 3BO9A 4XTDA 2ZZ4A 1FXPA 3SFKA 2FFCA 3UD6A 1A53A 3N9SA 1W1ZA 1HO1A 3KRZA 4Y6GA 3PF3A 3AJXA 4U28A 5LGXA 3A23A 4BI5A 5I3HA 4TO8A 5HR7A 3M47A 1I2QA 3W87A 2W79A 3L66A 2V82A 1F2JA 3UYCA 2VFFA 3RLVA 3MYPA 1KFCA 3JRKA 4JTGA 4JXCA 2A6NA 4N2YA 5FF2A 3LXBA 3UXAA 4M7SA 4ADUA 1H61A 1WOAA 3N73A 4UTUA 5K9XA 4UFHA 3OVPA 1OFAA 3MYOA 4JYFA 2NLIA 7TIMA 5BRBA 2QAPA 3L67A 5EA9A 2VEKA 1KBIA 5D04C 5DN1A 3T44A 4GXMA 5FEPA 2YGYA 1U83A 3E0IA 4FX6M 4Z1BA 1TQXA 5G5IA 3CU2A 3TMLA 3A21A 4JDBA 2E6FA 2VFHA 2WNZA 1B4EA 1YXDA 3QPYA 1QOPA 2TRSA 3VCRA 5HWNA 4WY0A 3TW7A 1RZMA 4AH7A 2CLMA 3V1PA 1C8VA 5I3FA 5CZ0A 5MHBA 5CKSA 4JTIA 2Y7GA 2RDTA 3F4WA 3Q37A 1M7OA 3RLUA 2E6DA 1TPEA 3EWZA 5ABTA 4O52A 1OX6A 2ZRUA 2YZRA 5DCEA 1EUAA 1TMHA 2A85A 5FF7A 5A8GA 4DQWA 1LROA 1XL9A 3TUUA 3PBWA 1H7NA 5DELA 3T40A 1VJIA 4ZQMA 1JQXA 3W2UA 2QUVA 3S5ZA 2ZZ5A 4JTSA 3LCGA 4LVFA 4UTTA 4FIQA 1I2RA 3QPZA 4GWEA 4IXXA 2EAWA 3HG5A 4TX9A 1ZAIA 3W2NA 5HNRA 4LV4A 1AL7A 3GB6A 1G4TA 2BWGA 5G4WA 3MP3A 3I7SA 4YXGA 3CIXA 3O8AA 3W1PA 3KOFA 1ZY9A 2CZDA 4ALDA 3LOTA 1LZOA 3Q58A 3QFEA 4NJIA 2CLLA 1TYGA 2R14A 1BWLA 5DCDA 2P1FA 4MIMA 3TJXA 1F5ZA 3O07A 1I4NA 2QCHA 2YYUA 3W7QA 4DBDA 1VGAA 4OBTA 5E0KA 4HNTA 2ATMA 5L6UA 3EX2A 3W1QA 3W1UA 3NPUA 1THFD 5D2WA 2E09A 1EEPA 1O94A 2ZRXA 5AYYA 5LZLA 1R2SA 1XM3A 1UB3A 3GDKA 2OMAA 1BKSA 3G8EA 4UR7A 4FIRA 4ZQNA 3W6YA 3EEGA 1VHCA 4DO6A 3NO5A 4AXKA 3L5AA 1ME8A 5F2GA 2WOQA 3ATZA 3O15A 1TRDA 3W7EA 3E12A 4FEZA 1JCLA 2Y85A 1KA9F 1H62A 5FF4A 3LHWA 3NDOA 1KM6A 1KFEA 4L4LA 3QH2A 4DEFA 2AQWA 3L21A 3GDTA 5CPLA 3C56A 1TV5A 1OF8A 3BLFA 5HUPA 1JVNA 2Z0IA 2JGQA 2QCCA 4EOUA 3W74A 1BTMA 2WO5A 3C3NA 1W5OA 2A0NA 2FTPA 2WPBA 3GK0A 4XKYA 1I2NA 2ZZ3A 2W6RA 1I45A 3KX6A 2IQTA 2XN1A 2V0TA 3HPXA 3M41A 4JX4A 5E93A 3G0SA 4OT7A 3T7VA 5CGQA 2DZTA 2J6XA 3CC1A 3L0KA 5LNUA 4UIOA 3HF3A 3W2KA 4NU7A 4JNMA 3UWWA 1VLIA 2Y88A 2CLKA 1UASA 3CM4A 3I6RA 3QMSA 3G0UA 2DU2A 1LM1A 1LYXA 3HGOA 1PVNA 3DFSA 4YWIA 1NVMA 1G4EA 3W7IA 2VFEA 4OV9A 3ANYA 4QQ3A 5FEZA 4LVAA 4Y8FA 3G1YA 5DBUA 2Q8ZA 4A22A 3DENA 3A5FA 3KVJA 1LRNA 3TDFA 3TCEA 5TBOA 1W5MA 2X2GA 1QPQA 1SU5A 3DKLA 4WD0A 5KMYA 3QM3A 1NEYA 1Z44A 2G97A 3C61A 4RZ6A 4DPPA 3C0JA 1MO0A 3L2IA 2G5WA 3B4UA 4WY0B 4IQLA 3BGGA 4OGZA 5HINA 1R30A 1XBVA 3DH7A 4FB7A 1DJQA 1Q6LA 2J9XA 1VCFA 4QNWA 1O5KA 5K9DA 4I9AA 2JKEA 1TV8A 4K7VA 1VC4A 4LVGA 4DXVA 3SGUA 1SW3A 2CLFA 2Z6JA 3DGRA 4GUJA 2QCDA 4DO5A 4ZVJA 5IM51 1H51A 3CPRA 5EKYA 4MY9A 2A7RA 2NWRA 3B03A 5D37A 4O16A 3DFTA 1TPB1 1X8FA 1PCKA 2NUXA 3FJ6A 4PCFA 3EWBX 4MY8A 2H90A 2Y70A 1VS1A 1JJKA 1GVOA 1RV8A 3GDLA 4MLJA 3N19B 4AHPA 4ORIA 1EX5A 3ABSA 1W5QA 1H1YA 1DOSA 5CPMA 5K4ZA 4UMBA 3HG2A 3NR0A 4JYDA 3S0CA 4WX2A 3SECA 4WY0F 3HG4A 1H5YA 3UY8A 4UTHA 1KM2A 5HJLA 5F2LA 4YLWA 1LORA 3GDRA 1S5VA 1OFBA 3MUXA 3TFCA 1W3TA 3MHUA 3W7LA 3QZEA 5F2MA 1LOLA 3TMQA 4A21A 4KFPA 1Z42A 3C2EA 3R89A 1KM0A 3W76A 4AB4A 5I3KA 4HPJA 1GVFA 2G95A 4LU0A 3B0VC 3U8GA 4ZMGA 3NQDA 1OFQA 3G1SA 2YR1A 4GC4A 3QMRA 2Y7DA 3ABRA 2H3DA 1WQ5A 3NQVA 2ZA2A 2WV8A 2YPIA 4JX6A 2DZUA 1CX9A 3LHUA 3NQEA 3BG3A 4OQVA 3S5YA 3P62A 3P5ZA 2B7PA 3P8IA 3M9YA 3BLEA 1X1ZA 4I7WA 3ZWSA 3TA6A 1DQXA 1I8JA 3IEBA 2OX1A 2J24A 1FWSA 3W88A 1SZGA 4MYAA 3PB2A 2C14A 1T96A 4LOCA 4O57A 2W0UA 3B0UX 4CNNA 4JTKA 5AC6A 3PUDA 3EX1A 4N4PA 3OHIA 3TW6A 5EMUA 3NNTA 5CZTA 4FF7A 3LB0A 1W37A 1UUMA 3QSTA 1L9WA 1K8XA 1KFBA 5D32A 3UQNA 1M5WA 5LSMA 4DO4A 3MP4A 1DL3A 1SSGA 2EF9A 3MP5A 1DHPA 3EB2A 3R5EA 1W0MA 3GX9A 4WOQA 4AVFA 5LNWA 3CWNA 1SO4A 2QCGA 4IMDA 2ABBA 4XKYB 3FLUA 4LRTA 4HHPA 1FCBA 1ML1A 2GVJA 3LRLA 1ALDA 3LBCA 1SFJA 5C5YA 2RKXA 3PG8A 4ML9A 2V30A 3C6CA 1KBJA 1GVSA 4HNNA 3W9ZA 1ME7A 2EKCA 1KM3A 2TYSA 2J88A 4NNBA 3C2OA 1JCYA 1QFEA 2NUWA 2PCQA 2YX0A 2NXGA 3E96A 2I9EA 5LNSA 1G4SA 4XBKA 1QCWA 3KRSA 3NOEA 3BW3A 3AO0A 3LBMA 4QISA 3FKKA 1UJPA 1LCOA 4FNRA 3HB9A 5AFDA 2F7FA 5SWUA 2XN0A 3DFOA 2Y89A 4HN4A 1TJPA 4O4VA 3WFAA 1G7VA 3W7OA 1K7XA 4MJZA 1Y0EA 1ICQA 4Z0SA 1TCDA 4K36A 2VENA 3MHFA 3BW2A 1LBFA 4TMCA 1O95A 2RHGA 4MZYA 3MI2A 3MW7A 1OHLA 3S9YA 4WJEA 3TH6A 3O6CA 2J9ZA 5DBTA 1RPXA 3PBUA 1DJNA 3EXRA 3N3MA 2PE4A 4N9CA 5F4WA 2ZFAA 2A1YA 1WAUA 3TU9A 1W56A 3UWQA 2XN2A 5F2IA 1JCXA 1M7PA 3PC0A 3FYOA 4N6EA 1YYAA 4LS1A 3BW4A 3STEA 1G7UA 1X1OA 3GVGA 3S6DA 5K7JA 5H2ZA 5C2XA 4FXSA 4WQ6A 3ZFHA 3TE9A 4JIPA 1XFBA 4HNUA 1KM1A 3W7PA 4UMCA 1EUNA 5AYZA 1H7WA 1A5CA 3E49A 1G4PA 3F1QA 1H7OA 4NXSA 5AYXA 3QW4B 4FNQA 2QKFA 4M6VA 5LHEA 1KTBA 4UFLA 3BG9A 3STFA 4ZL1A 3N2XA 1F76A 5I3IA 4A2RA 3BV4A 3ZR4A 1K03A 2I14A 4Q4KA 1KM4A 1O5XA 4IX2A 4N9BA 4NNCA 3G1VA 4ZQCA 1VYSX 4ADTA 4XWUA 2VOMA 3LLDA 4JGDA 4NVTA 3LRMA 5KZEA 3QSRA 1GEQA 1HO4A 3OBKA 2C13A 4IMEA 2ZRZA 4O13A 1X6UA 4Z1AA 4MOZA 2QJGA 3MI3A 4WXZA 3G3DA 3LI1A 2GVGA 3LXAA 3IVUA 3SR7A 4IMGA 4LC6A 5C55A 3UWVA 2WKJA 1XDLA 2B7NA 1TTQA 3W73A 2Z2UA 2RFGA 1HUVA 4JY8A 4QM1A 2ZTJA 3STGA 4UCGA 3KVMA 1JRCA 4MJMA 4X22A 3IIXA 2V81A 3LCIA 1LTDA 5CPNA 2A6LA 5AN7A 2Y7EA 1VYPX 3USBA 4I7VA 3DI1A 4O53A 5G2HA 3PBVA 4NQ1A 3A22A 1EP1A 1ZAJA 4E2DA 2GOUA 2ZZ1A 1VRDA 4EF8A 4WZHA 5LGZA 3O1NA 1ZCOA 4S1FA 4K7YA 3R2GA 2PRLA 5U7SA 1LBMA 4M7TA 1E51A 4GRSA 4C1KA 5C54A 2NX9A 4HIBA 1KW1A 3WJXA 3IIVA 4O0ZA 1EP2A 3PSVA 5J5DA 3LCLA 3LM7A 5LHFA 1EWDA 3W85A 4RCXA 3M5YA 3P80A 2C15A 3IVSA 3NVTA 3S5OA 4BK9A 4XBSA 4FXRA 3QJAA 2A7NA 3U6WA 3L65A 3QRHA 4A29A 4M19A 1H50A 4AEOA 2QCEA 5K2ZA 3LGEA 4IPIA 4TMBA 1XBZA 4PH6A 4D2JA 1LBLA 1NSJA 3CWOX 1OF6A 4EIVA 1DKWA 3SY5A 4PL2A 4DF0A 1OFOA 1OFPA 1FWNA 4JR5A 2C18A 4HSOA 4NJJA 3L9CA 1KLYA 1FCQA 3HIJA 3LI0A 3VKJA 3IIZA 1TPDA 1FWTA 2NV1A 1VZWA 3UZ5A 4BI7A 2P0OA 4N9DA 2ABAA 2QEZA 3M0ZA 3NQFA 4AHOA 1MEIA 1HL2A 1YPIA 2VC6A 4N4QA 4O17A 1W3NA 1HG3A 3CHVA 4JIQA 3KRUA 4CNPA 5EY5A 3EWWA 1FWRA 5LNVA 1EP3A 4O1AA 1J5TA 2ISSA 3W1TA 5AHIA 2D73A 1TTJA 4MYXA 4LUIA 3PWAA 3SGZA 3W1XA 4ZZ9A 3M1ZA 4BFAA 5HWJA 3FFSA 4E2BA 1P1XA 4HKPA 3T78A 5CSSA 2V5BA 1PL9A 3E9AA 4R33A 6TIMA 3SJ3A 5D05A 4QSHA 3NPWA 2BSLA 4UTIA 1ZFJA 2VFDA 1H7RA 3O6YX 3UWYA 2E5CA 5HWMA 1A50A 4GUHA 4IPJA 1QNVA 3MBDA 1VH7A 2C0AA 1LP6A 6ALDA 2DJXA 2B4GA 1ONRA 3PS7A 5I3JA 2H6RA 2UV8G 3WK0A 5CZSA 2H3BA 4LW7A 1WYIA 4HPXA 2BX7A 2FIQA 3TROA 3ELFA 3QYQA 2Z1BA 1SSDA 3C2FA 3CB8A 4O15A 3EXTA 1FQ0A 2ALDA 2TMDA 4H6KA 5G4EA 3OIXA 1J4EA 4UTWA 3EWUA 2FPYA 4UTMA 1ZALA 1WBHA 1WOBA 3I7QA 1G67A 5BOOA 3U2OA 4GNJA 3W2MA 1T8XA 1ZHAA 2E1DA 2LLEA 5G1TA 3UWUA 1J2WA 4XQ6A 2R94A 3IIOA 4P61A 4IXHA 3I65A 1PHWA 1TPFA 3DFQA 3LERA 4O1DA 3UY7A 1PIIA 5AHEA 3R13A 3NL2A 1I2PA 4R7JA 3PB0A 3F03K 1PCWA 2CLOA 1XBXA 1JCNA 3WJSA 1EWEA 4H4IA 3WK2A 4ORMA 1YDNA 4CQAA 2ATSA 3IGSA 2GJNA 3LV5A 3K30A 3LTSA 2WNNA 3C2RA 3QW3A 4PL1A 5BNKA 2VXNA 4JS3A 1JUEA 3A5VA 3FEMA 3W7MA 1SO5A 1FWWA 1YADA 1CW2A 2CU0A 4JY9A 1F6PA 3GXNA 1KLZA 3W1LA 2RDWA 4LUJA 3NQCA 3O63A 3RFAA 4NXKA 1GTEA 1YXCA 3STCA 4JX5A 1OX4A 3EWXA 1IIGA 4HT3A 2V5LA 3OVRA 4LV9A 5HQEA 5KINA 2QCLA 1ZAHA 4POCA 1R2TA 2WJZA 1YTDA 3NZRA 2NV2A 3FYPA 4L4MA 1GG1A 2V2HA 4NX0A 2PRHA 1PHQA 3M5XA 3B06A 1EPXA 3FA5A 4UFMA 4DF2A 4RKAA 1H63A 4MFEA 1S5WA 1YTEA 4MZ1A 1WBJA 1F7BA 2F84A 2VKZG 4Z1CA 3LXCA 3GR7A 3HQ1A 3B0PA 4XZ9A 4JTFA 4BWLC 1S5TA 4HSNA 5KTLA 3C2VA 5D09A 4UMAA 1XXXA 3UWZA 1TPC1 3P5YA 3MO7A 2V8ZA 4UTJA 3N9RA 3PBYA 3PY2A 3ABOA 1TREA 1RD5A 1WDWA 3GR8A 1Q3NA 3EKZA 1VQTA 5L9FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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