3L68 | Genus

Total Genus 127

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	358
structure length	358
Chain Sequence	ALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMSQYMAEDGMINDWHHVHLAGLARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQAFVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIAADDTRGWETIAPSAIAFGAHLPKVPREMTLDDIARVKQDFVDAARRARDAGFEWIELHFAHGYLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQTLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPDTNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVSVGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__549266129498246__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__549266129498246__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3L68/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__549266129498246__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"549266129498246","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3L68/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__549266129498246__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Cysteine as a modulator residue in the active site of xenobiotic reductase A: a structural, thermodynamic and kinetic study pubmed doi rcsb
molecule keywords	Xenobiotic reductase A
total genus	127
structure length	358
sequence length	358
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2009-12-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3l68A00

3O6CA 3H53A 4UR8A 4LTSA 4O52A 1A5CA 3V1PA 1KLYA 2NWSA 3Q58A 3S1UA 4BF9A 2C18A 1OK4A 3G22A 5FEWA 4OU1A 1VGAA 2TMDA 2TYSA 3LM7A 3GX9A 4GBUA 4ADTA 2X30A 3EX2A 4J9JA 1LM1A 4AWUA 1G4SA 1GVRA 1VYRA 4AWSA 3CIWA 4MYAA 4E38A 3NQ2A 3A5VA 1OFAA 3SGZA 1BKSA 2V5BA 1H50A 3M47A 3W1XA 5KZEA 1HL2A 3N9RA 2C15A 1SZEA 4JTLA 3NPUA 3G0SA 4POCA 3OEXA 2JBMA 4IMDA 1H63A 3C3NA 3DFSA 3UY8A 3G3MA 1MEWA 1UASA 1H7XA 1FCVA 4UCGA 3RNDA 2PE4A 2ZDRA 5AB3A 4TMCA 3TR2A 4P61A 3EX6A 1WOAA 4ORIA 4FIQA 1RQBA 4PL1A 4K38A 4JTSA 4GRSA 5TQLA 4DO4A 3I7SA 3ZR4A 2ZRZA 2Y7EA 4ICNA 2ZQ0A 3MUXA 4GFSA 1DORA 2E68A 3TQKA 5U7SA 2WV8A 3FA5A 3DKLA 2KZHA 4ORMA 3CEPA 3NQAA 5FF0A 2GOUA 3VNDA 3QYQA 2QR6A 1LLZA 2YR1A 3P84A 4IMGA 5CZTA 4M19A 1W5QA 3LRMA 2YGYA 2H8XA 4N9CA 3PB2A 4PL2A 1TTIA 3EKZA 2CFFA 4O12A 1G4PA 3P74A 4FEZA 4UUIA 2CLKA 3MYOA 1DJQA 3UWVA 2VXNA 2ZA2A 4N2YA 5SWUA 3QPYA 7TIMA 2ZCGA 2VFGA 5L9FA 2E5BA 1KV5A 2E5DA 1K02A 3M5YA 4JD4A 3KOFA 3O06A 3TNOA 4K7VA 3FKKA 5AC6A 5K9DA 3KRSA 2TSYA 4UC5A 3C2VA 1K8ZA 3BLIA 3G1FA 4PC8A 4FNTA 3SSJA 2P0OA 3EX1A 2ZFAA 1TPEA 4K8HA 5G2HA 1XDMA 4JTIA 2A4AA 4RZ5A 4DQWA 4NX5A 1SO6A 4EF9A 3N9SA 3O15A 3IGXA 4YXGA 1QAPA 2QCFA 4EVZA 3GDRA 2GJNA 4QNEA 1KFEA 1VYSX 1Q6OA 3TAKA 3L0GA 3SFKA 1LBMA 3NG3A 2NWRA 5K9XA 5AYZA 4OV4A 1B4KA 3KXQA 5D2TA 1H51A 1PCKA 1LRQA 3NO5A 1A50A 2ZTKA 4E0CA 3HQ1A 3LI0A 3GNDA 4FX8A 3NNTA 4HPJA 3W2KA 3TA6A 3M9YA 1W3TA 3LBCA 2VEIA 4MPQA 3U2OA 4WOZA 4ZQOA 5I3GA 2Y63A 5LHFA 3W7IA 3S9YA 4K36A 2ZZ5A 2YZRA 3L0NA 2DZSA 3TW6A 1OX4B 2DZXA 4O13A 3BO9A 3LHYA 4Q32A 2NV2A 4LVDA 1TTJA 2WJZA 5HWMA 1W54A 5DCBA 5KZMA 3INPA 3UWQA 4HNNA 3C56A 1GT8A 2BTMA 2F7FA 2YFOA 4JTEA 5I3HA 3TKFA 5AHNA 3PSWA 2ZYFA 3LHUA 1M7PA 2J6XA 5HWNA 1ZAIA 3A9IA 4JXCA 4Y96A 4UTWC 3W7QA 1LOLA 3BV4A 4MZ8A 1O95A 5KZDA 1VHCA 3KFTA 3FYOA 1W37A 2VFHA 1R2SA 4O4WA 4UTKA 1K8XA 3ABQA 4R7JA 2YPIA 3LCWA 1D9EA 2CLEA 3THAA 1SSDA 1SW0A 2BLEA 1JCYA 1VH7A 2QDGA 2ZRUA 3LCGA 1TCDA 3W1QA 4FX6M 2GQ8A 3LXAA 1LTDA 5LZLA 2HS6A 1TV7A 3N2XA 1AW1A 4JX4A 3STGA 3DI0A 1WX0A 1EP2A 2WOQA 1YADA 3S5YA 5TIMA 2I1OA 2V2DA 3E49A 2Y61A 4XTIA 2F84A 3TSMA 4ZQCA 2CZFA 5IM51 3TAOA 1GVOA 1TRDA 4AB4A 4HN4A 3NGJA 2BXVA 1RR2A 4Z1AA 2PRMA 3C2FA 3C61A 3TSBA 2FJKA 1WA3A 1J4EA 1JVNA 3W2MA 1TMHA 3ZS4A 1O5XA 1SFLA 1J2WA 3A24A 3OVRA 4ZQPA 3ZWTA 1KTNA 4O0ZA 2FB3A 1D3HA 3G18A 1F76A 1L2UA 2QCCA 4HSOA 4JDBA 4QSHA 5EYWA 1W31A 2Z6JA 4XBSA 5C6MA 4UFJA 1OYBA 1GQNA 5LNVA 1LRTA 2QJGA 1W5OA 3UWYA 3NL3A 4C1LA 3OVQA 1FWNA 4HHPA 3UXAA 5BMXA 1IXNA 4GC4A 2YFNA 2OMAA 2A6NA 1TQJA 5DXYA 4FXSA 4WX2A 2R94A 2C14A 3U8GA 4Z0SA 1TREA 3W83A 2VOMA 4Z1BA 3BK0A 1F73A 3PG8A 1WQ5A 3MWAA 1KFLA 1VPXA 1TTQA 5EY5A 3BW3A 1PHQA 4KFNA 1K7XA 1KA9F 2A7RA 2ZTJA 3ELFA 4WOQA 3IVSA 3QQ0A 5KTLA 3LB0A 3B0UX 2BSLA 4WJEA 4O1CA 3HG3A 3W1TA 1RQEA 2XN0A 2JKEA 1ME8A 1K7FA 3QF0A 3PBUA 3W7NA 1DJNA 3DFQA 5FF2A 1GG1A 2W0UA 2QAPA 1WV2A 3PUEA 1BEUA 3E02A 2YYUA 2E1DA 1JRBA 2QCEA 4TMBA 4UNLA 3W73A 4RXFA 2GJLA 1JR1A 3HGRA 4NZJA 3BLEA 1LROA 2WQPA 3KVLA 5GVJA 1OYCA 1PE1A 4DO6A 5K4XA 1KM5A 3BVJA 2UV8G 4AHQA 1V7YA 2NX1A 4QQ3A 2OZ0A 4ZQMA 5FF4A 3C6CA 4MY1A 3S5OA 3TUUA 1QO5A 3F03K 4B5NA 4NZFA 3S8HA 3EXSA 3W7KA 3HO8A 4LV9A 2ZZ4A 3LRKA 3CPRA 3LTPA 3QH2A 1F74A 2I9EA 3UZ5A 4KWVA 1Q6QA 2NXGA 3KVKA 3V75A 2WPBA 2V9DA 1QPOA 3PUDA 5EBUA 2V8ZA 3G1DA 3O63A 3UYCA 3L67A 1YTEA 4LV4A 3W75A 1XFBA 3G8RA 1I2QA 4AF0A 4H3DA 3PBVA 3P5YA 2GUUA 1OYAA 5LHEA 4MUZA 1ZAJA 5EKYA 2VEMA 4UMCA 3NOEA 2AGKA 3ABOA 4LWWA 3VE9A 5D30A 6TIMA 2PURA 3PSVA 2GVLA 1KFCA 3LGEA 2QCMA 4FB7A 5A5WA 1LBLA 4NJKA 2NX9A 2YXGA 1XL9A 3PR2A 3R8RA 2A0NA 3W7LA 3T7VA 3MMTA 4OE7A 5CGQA 4C1KA 1EPXA 2WSYA 2O7QA 1LYXA 1D3GA 3HPSA 2DP3A 2RKXA 4LVBA 4PODA 4JICA 1NF7A 3MP3A 3FOKA 1RPXA 3TJXA 3W86A 3PS7A 3E0IA 1ZHAA 1L9WA 3RF9A 2YYTA 5BRBA 1WOBA 3GKFA 1XXXA 1RVGA 3RMJA 4CNOA 3I7QA 2V30A 4E2BA 1QCWA 3DFPA 1OFBA 4MVAA 5FEXA 2FTPA 1QOQA 3N19B 4BWLA 5D37A 4KFPA 1W0MA 1AW2A 3IEBA 1EUNA 4ONVA 2DZUA 1H7OA 4LS2A 3QSTA 3CTLA 2YW3A 1TYGA 1I4NA 2QCDB 4DXVA 2E6YA 1N8FA 4DELA 1IGSA 4OBTA 1ME7A 2OT1A 1IXQA 3S42A 3GAKA 1TPDA 3CIXA 4RJEA 3EEGA 1FWSA 4A21A 5AN7A 3ATYA 4IOTA 3GR8A 4FNSA 3TQ0A 3HOJA 5IBXA 4HPXA 1YTKA 3NR0A 5D09A 1VCFA 2E6FA 2W79A 4UR7A 4WY0B 3UQNA 2E5CA 2WNNA 1QOPA 1X6UA 1KV8A 2PC4A 3W22A 2V81A 1WBHA 3C4UA 1YXYA 3LHZA 3QW3A 3NL6A 2V0TA 5I3JA 4A3UA 3HIJA 3MI2A 1MO0A 1YDNA 4MFEA 3UWUA 1PL9A 3PVFA 5T26A 4NNCA 1QNVA 3W7MA 4I7UA 5C55A 1Q6RA 1FWTA 4I7VA 3WJZA 3NQCA 1CI1A 4OV9A 1VLWA 4IPJA 2H8ZA 4JTUA 4S2CA 3LLDA 1OHLA 1QMLA 4OHQA 4TU1A 5F2LA 1UUOA 3W7PA 2J27A 1KM1A 2QCHA 2Q3RA 3O6DA 5HMSA 4Z1DA 1FCBA 1G69A 2J88A 3NXFA 4DO5A 1NF0A 3NPWA 2DZPA 1AL8A 4LVGA 4HIBA 4IPIA 3VCRA 4LUJA 4BR1A 2Y85A 4ML9A 1FY6A 1T99A 3TC7A 1KW1A 1BTMA 3S1WA 1VLIA 2NZLA 3E9AA 1I2NA 3CEUA 1TB3A 2Z0IA 4O18A 3NL2A 3CLMA 3QMRA 1GOXA 3L9CA 3STFA 4DF1A 5F4XA 3I68A 1N7KA 3W6YA 3W7OA 1TPUA 5LGZA 4NQ1A 4RZ4A 4JN6A 3BG5A 2ZZ3A 3KHJA 4N9DA 5K7JA 2NXHA 4LU0A 4BK9A 3W74A 5DXXA 2QCLA 3JRKA 1ML1A 3QRHA 3IVUA 3ABSA 4XTDA 3GDLA 1OF6A 4CQAA 4Q33A 1UB3A 5DELA 2NLIA 2CZ5A 4DPPA 5D2YA 2VELA 1DOSA 3A23A 1KM6A 2H3DA 3EX3A 2WSQA 2A6LA 3C0JA 4BI5A 1THFD 4DBEA 1KLZA 1R46A 3MP4A 3E12A 3LRLA 3M6YA 3LTYA 2R8WA 5DY3A 8TIMA 3P80A 1EP1A 1EWEA 3EWZA 3EWWA 5TBOA 3FS2A 4JIPA 3RFAA 2RHGA 3MI3A 4HNVA 1ZAHA 3W7JA 2VFDA 4M6QA 1ICPA 4WQ6A 3HMJG 1O5KA 2R14A 1RQHA 2A7NA 2YDAA 3L5LA 3N14A 1ZNNA 4JX5A 4O1BA 3TJLA 4RCXA 2AAMA 2DJLA 1QWGA 4GUJA 1FDYA 5F2IA 1ZALA 4QAIA 1ALDA 1F6PA 1TSIA 2FDSA 4LUIA 4K7YA 5DY2A 2HTMA 2QAFA 1XM3A 4M7TA 3HGOA 3C8FA 1UBSA 1IIHA 2C16A 4RK8A 4UTJA 1UCWA 3BGJA 2DZTA 4GE8A 1VHNA 3MJYA 4YWIA 4RLIA 3I65A 2FPVA 1OX4A 1S3HA 3HGJA 1JQVA 3GDKA 5HUPA 2CLHA 3R5EA 3IVTA 2VFEA 3MP5A 1GTEA 2B7QA 1KTCA 2RDWA 2V5LA 1Y0EA 1ZENA 1P0NA 2Q3OA 3OVPA 3STCA 5AFDA 1DQWA 2ZZ7A 1FQ0A 2JKAA 1SZNA 5KMYA 1QPRA 1A5BA 5D2VA 2ISWA 5H91A 2C1HA 4JY9A 1F2JA 1ZJIA 3HPZA 4AXKA 2NUXA 1U83A 5CPOA 4ZVJA 1F05A 1YYAA 5FI8A 4PH6A 3CB8A 5EA9A 4CCCA 1S5WA 3W2NA 1NSJA 2X1RA 1SUXA 1GWJA 2ATSA 3HF3A 1I45A 3I7RA 4S1FA 2OX1A 3WJYA 4M6VA 1W5PA 3OBKA 3W1NA 3W07A 1MEIA 3HG4A 3UY7A 2V2HA 3G1SA 3DENA 2Y89A 5CPNA 4A22A 1OK6A 4IX0A 4X2RA 1KM2A 3TK7A 1JCNA 4KWWA 1KM0A 5LNUA 1LCOA 1H5YA 3GYEA 3OA3A 2CW6A 4ADUA 3LX9A 4TR9A 4O1AA 5D05A 3FIGA 2H6RA 5HNRA 4GUIA 4PEKA 4JIQA 1CX9A 4A29A 2IQTA 3WK1A 4LY8A 1J5TA 4BFAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PS2 A;  4GY7 A;  4XZL X;  4EXB A;  2BZN A;  1QI0 A;  3IJD A;  4HQV A;  3PNZ A;  3EWC A;  1XQL A;  4DN1 A;  4U2Y A;  4ZB0 A;  3TRO A;  2GQ3 A;  3WLN A;  2QV5 A;  4WGH A;  3SZ8 A;  1P5B A;  2XII A;  4EPB C;  2ZUM A;  4S3A A;  3LNM A;  4C6L A;  1V79 A;  3TFX A;  2D0G A;  1ISZ A;  4R27 A;  3VNL A;  4YHG A;  1L6W A;  1OZM A;  1Z3N A;  1FWH C;  3VIP A;  3WJS A;  4C7G A;  3WBE A;  4KCU A;  2Y7F A;  1QAS A;  1FP9 A;  4HJW A;  4PCF A;  1TV2 A;  4CNN A;  1K3U A;  4UTT C;  1E5J A;  4UFH A;  2X1S A;  3WFZ A;  3KCL A;  4IGH A;  4RE2 A;  1ZCO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3L68A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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