3LB0A

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with citrate bound to the active site.
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Citrate Bound to the Active Site.
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 98
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lb0A00
4FEZA 3C8FA 3SI9A 1ICSA 4LVFA 1Z41A 1JCJA 1DKWA 3E49A 3DENA 5FI8A 3DU0A 3BLFA 4BR1A 4MJMA 2LLEA 3NPWA 2FDSA 4Y90A 4O0ZA 1Q6OA 2R94A 1H7RA 5CZSA 5F4SA 3EXSA 4P61A 4FNSA 4H4IA 3LCLA 1J4EA 4NUWA 1OHLA 3WK3A 3UWUA 3WK0A 1SQ7A 3QRHA 1P4CA 3OVQA 2OMAA 3NEVA 4FX7A 5U4NA 2QJHA 4MY8A 3TSBA 2Y61A 5TBOA 3V75A 4AF0B 1FY6A 4UR7A 5KZEA 1K8ZA 2W6RA 1RQBA 1OFOA 4K38A 3M7WA 1H7PA 3ABQA 4E2DA 1W5PA 5AHFA 3NYZA 3I6RA 1B9BA 4ONVA 1GG1A 3FOKA 3W7KA 2ZQ0A 5A5WA 1ICPA 5F2GA 3UXAA 3F4WA 3ABOA 3KRSA 4DBEA 2X1RA 5EYWA 1TV5A 4EF8A 1THFD 3NQGA 3P74A 3CM4A 3G22A 4GXMA 4AHPA 4GUIA 2E5BA 1SW3A 3L67A 2VKZG 1H5YA 2QCNA 4K8HA 3G3MA 3DI0A 2YXGA 1FQ0A 4XBKA 3CPRA 4CQAA 1MZHA 1LORA 5DBTA 1F05A 3I65A 3TXVA 1VYRA 5ABTA 3TJXA 1VLWA 3FJLA 3R8RA 3KAOA 2PURA 4ZZ9A 4QNEA 2E1DA 2ZA2A 3BW2A 2DJLA 1OK6A 5LNWA 4Z1AA 1WBHA 4QM1A 4N4PA 3NQ8A 3TV8A 3NZ1A 5F2IA 1NF0A 5D02A 4UTWA 3TQKA 5A8GA 1DL3A 4JDBA 2EHHA 2C6QA 5KSWA 1FCQA 5D37A 1QFEA 1EIXA 2ZRVA 1W5OA 3OIXA 7TIMA 1FCUA 2JGYA 2WSRA 1ZFJA 3NQAA 3A22A 3TC6A 4CCDA 4AHQA 4HNVA 5CGQA 1FWTA 1HTIA 2E68A 1NSJA 2V8ZA 4ZQOA 3LCFA 4Y8FA 3HO8A 4JS3A 1QNVA 3G1SA 2WNQA 2Y7GA 2EPHA 2F7FA 4CQ9A 4RXFA 2CLIA 1Q45A 4IMCA 1PVNA 1G4TA 3MI6A 3W7EA 3LB0A 1K7XA 1LRNA 5KTLA 4K39A 1OABA 4S2CA 1TSIA 4HIBA 5C5YA 4I9AA 1QMLA 3NNTA 1TPC1 5CSSA 4IQLA 1FWSA 1J5TA 3GK0A 4UTIA 3LXCA 4Z0JA 1XUUA 5BMXA 1TPB1 1XBYA 4PODA 2DZTA 2P10A 3S1VA 3GX9A 1B4EA 1XXXA 2JKPA 4IX2A 1Q6RA 3NL6A 3S5NA 4JTTA 1XC4A 3HG5A 1MSSA 4RZ4A 4XZ9A 4LUJA 4N4QA 1IGSA 3BLEA 3UWVA 3HGOA 3P60A 1P1XA 1EEPA 1KLZA 1LCOA 1TMHA 2C16A 1W54A 4UTHA 1ZNNA 1DVJA 2GVJA 4ALDA 3VNDA 2E6FA 3CHVA 3DFNA 2ZZ4A 3NQ6A 3NQMA 4UFMA 3C2VA 1W3TA 3LDVA 3QW3A 1JR1A 1KBJA 4LC6A 3GXNA 4ZQRA 4FF7A 2Y89A 3G1VA 3QM3A 5FEWA 4NJIA 2VFGA 2GUUA 1KFJA 4S1FA 4LRTA 2RFGA 1R2TA 2P1FA 1O5XA 3PUOA 3NPUA 3ATYA 4NX0A 1TPVA 3S5YA 2G95A 1UCWA 1FDJA 3L68A 1TPDA 1K7FA 4O0KA 2VEPA 3KFTA 4FXRA 3SY5A 1T96A 1UUOA 1I2RA 4LVDA 4IUOA 1C8VA 3TE9A 3INPA 2Y85A 5HULA 3MP5A 2A21A 2GPTA 1H51A 1LYXA 1OFQA 3HIJA 4O53A 5AYXA 2QAPA 3G24A 4UTTA 1GYNA 2VELA 2G97A 5AHLA 2Z2UA 2RH9A 1SO6A 2B0MA 3W2LA 1XKYA 4N2YA 2YR1A 1SZFA 4O4WA 2EAWA 1Y0EA 3N34A 4QJ1A 2VFFA 4CCEA 2YYUA 3NOEA 3CB8A 3UQNA 3L9CA 2NWSA 3PBYA 1WXJA 1EP2A 1WQ5A 2QUUA 3O6CA 2WOQA 4HT3A 5C2XA 1JCNA 3G18A 1GYLA 2Z0IA 1WBJA 3EWXA 5FF2A 3LGEA 4YMZA 2ZRXA 3S1WA 1HG3A 2DZVA 1TREA 4AVFA 2E6DA 1SFLA 3JS3A 4JX6A 3USBA 5HUOA 3TSDA 3TA6A 2OJPA 1YDNA 4H3DA 4O14A 2V81A 1BTMA 2QCEA 2C0AA 3BARA 3W1QA 1ICQA 4J9JA 3B0UX 3M6YA 2DJXA 3EWBX 2WV8A 1JUBA 3M43A 3TDFA 5T26A 2A2IA 6TIMA 3BLIA 5CZJA 1WYIA 4DXVA 1H63A 3O15A 1G4EA 1OFAA 1TPH1 3EXTA 3W23A 5AC8A 4BI5A 3A23A 1LDCA 1MEIA 1LBMA 4TMCA 1ME7A 2VFIA 5EY5A 3NVTA 3OHIA 1S3HA 3PWAA 3UYCA 3LRKA 3L0GA 3I7RA 3HQ1A 2JKEA 2TPSA 1VQTA 3W1XA 4TIMA 2QCCA 3PBUA 1LM1A 3LCGA 3KVLA 4MYXA 3DKLA 4PA8A 3LHWA 1ZAJA 5HQEA 5CPOA 3ZS4A 3C0JA 3DFPA 4G1KA 3GXPA 1GVFA 2GQ8A 1SSGA 3K30A 1Q6QA 4MFEA 4M6VA 1AG1O 4JDYA 1OX5A 1JVNA 1DQWA 2X2GA 2ZFAA 1G67A 2ISWA 5HUPA 3THAA 1X7FA 4RLIA 2J9XA 3EEGA 5K9CA 1A5SA 1P5BA 4O15A 5D05A 3W2KA 1ONRA 1AL7A 4JTSA 3PG9A 3S8HA 3O06A 3M5YA 5D2WA 4UCGA 4UXDA 1EWDA 5J5RA 1KM6A 1SO5A 2NXIA 1PIIA 3G1DA 3PSVA 1FCBA 5HWJA 1KA9F 3TIMA 3C2EA 2GJNA 1O95A 3QW4B 4X22A 1Q3NA 4WOZA 2XN2A 3Q2DA 4KWVA 3P67A 4LRSA 1I2OA 3WJXA 3DI1A 3W7HA 2Z6IA 5AYYA 4DELA 1KFKA 2QDGA 1TTJA 3NG3A 1KFEA 1GVRA 1TJPA 2R14A 4GUGA 4Z08A 4RKAA 5FEXA 3DHDA 3O6DA 3S9YA 4JN6A 1UUMA 3MWAA 4MUZA 3M5XA 4JTEA 3QQ1A 1VHNA 5D09A 2QCGA 1FWWA 2X30A 3UWZA 3LRMA 2OZ0A 1M6JA 1DORA 1I2QA 1QAPA 3LBCA 5KMYA 4FO4A 4O54A 1ALDA 3CIWA 3FA5A 1XBXA 4FIRA 3M47A 1F6PA 1JQXA 3VE9A 3I7QA 2OT1A 1ME8A 1OX6A 1TO3A 3HOJA 1VHCA 1LOQA 4RZ5A 4Q33A 4UTLA 4OT7A 3M44A 2ZZ5A 4AH7A 3WJWA 3TQ0A 4FNPA 5BMWA 2I9EA 2IQTA 3CTLA 4HSNA 5HR6A 4Q4KA 4MKNA 3P61A 1K02A 3TROA 4GUHA 2DZUA 3BV4A 4QIUA 3U2OA 2E6YA 4QAIA 2A7RA 5AN7A 2NZLA 2YPIA 1TYGA 3C2FA 4JEQA 5K4XA 1T0OA 2VEMA 3SGZA 1VGAA 2V2HA 3ZR4A 3U8GA 5H91A 1NFBA 2NXGA 2FPYA 3UZJA 2NV2A 3IIXA 2B4GA 3IGUA 4UC5A 2OX1A 3G8RA 4MOZA 1O94A 3EX4A 1KV8A 1W37A 4O18A 2H90A 3G3DA 3MBFA 1AW2A 2I1OA 4HPJA 2QUTA 3TNOA 1KTCA 3PR2A 1S5TA 1A5BA 1KM4A 4S2BA 5D2TA 3W71A 4YCPA 4ADTA 3TFCA 2VXNA 5LNSA 3LCIA 1KBIA 4AHOA 4IJBA 4UMCA 1CX9A 3Q58A 1A5CA 3EKZA 1CW2A 3I68A 3LCHA 4CNNA 5G1YA 1DHPA 3W7LA 2YW4A 1BWLA 1RR2A 4OV4A 3L65A 1ME9A 4QQ3A 4ZVJA 1YDVA 3I7SA 4PTNA 3HG4A 2EKCA 2YFNA 3P82A 3HMJG 1MO0A 3L2IA 4MZ8A 3BGJA 3G8EA 1JUKA 5D2VA 4AMAA 2ZTKA 3M5ZA 3AO0A 3EX2A 3G0SA 1LLZA 1O5KA 2BXVA 4LVAA 2VOMA 5AHNA 4LVGA 4WQ6A 4JX5A 4WX2A 2QAFA 4A29A 1L2UA 3CU2A 4OWGA 2YZRA 1XCFA 4Y9AA 1VRDA 1VYPX 1G7VA 4FX8A 2A7PA 1R2SA 1B57A 3RFAA 2Y62A 4K7VA 3NAVA 1RVGA 3NL5A 4HKPA 3EX1A 1YPIA 3RNDA 2ZA3A 4OQVA 1SPQA 3NPVA 3SFKA 4UMBA 2NUWA 3PM6A 3HGRA 4WXZA 3OVPA 3IV3A 1W5QA 1OFPA 2VC6A 2QJIA 4O57A 4POCA 2D73A 3UNDA 2NV1A 3G1XA 3QJAA 1I4NA 1IXQA 4O1DA 1TIMA 3B06A 1RD5A 1M5WA 2QCDB 3TAOA 4JY8A 1T8XA 4R33A 3NM1A 4K37A 2OCZA 4AWUA 4UFIA 2FFCA 5FEPA 5LKYA 1K03A 1JCXA 5F1UA 4C1KA 2X1UA 1G4SA 5D32A 4DO6A 1TTPA 4RZ6A 3BPWA 3N2XA 3VI2A 1G69A 1QPOA 1IXPA 1QOQA 3CWNA 3W9ZA 2QEZA 4WY0B 4ZQNA 1VPXA 2PC4A 4FNRA 3R12A 1LRQA 1H62A 4N9BA 2C18A 3A5FA 3OG3A 3Q37A 4KFOA 1OFDA 3P7YA 3P8IA 4GJ1A 1KM0A 5DBUA 3EX6A 3RLVA 2WKJA 4O12A 4DQWA 4DPQA 3FFSA 1YADA 4JTJA 3F03K 3GDTA 2DZPA 4FB7A 1YLVA 1WOBA 2BWGA 4L4MA 3NGJA 4M19A 3W1AA 3QFEA 2YX0A 3EB2A 1D3HA 4GC4A 1S5WA 3VKJA 5TQLA 4O17A 4LV4A 2GJLA 2WPBA 3W7MA 3BG5A 2I14A 2AGKA 4DF0A 3QPZA 4JYDA 3B04A 3RF9A 3N19B 3GAKA 3IIPA 3SGUA 4IX0A 2EGZA 5K3VA 4LU0A 3C61A 5KITA 3C56A 4XTDA 1N7KA 2FB2A 2Y70A 3QMTA 3SW6A 3P84A 3S1XA 5CG7A 3FYOA 1U5JA 2O7SA 4MY9A 4K36A 1ZJIA 2Y7DA 4JD4A 3W85A 4ICNA 3CQ0A 1RV8A 3MW7A 1I2NA 2CLOA 4IPIA 3HGSA 5FF3A 3T78A 3U6WA 1QCWA 3W88A 4EVZA 2HMCA 1F73A 3PUDA 4MVAA 2ATSA 3HG2A 4GUJA 3ZWSA 4UFLA 2TRSA 1SZNA 4XQ6A 2CZDA 4OGZA 2NLIA 5DY3A 1HL2A 1B3OA 3SZ8A 4JTUA 4OE7A 2A0NA 1EX5A 3W73A 3BG3A 4QITA 1OX4A 1O60A 5IM51 1XI3A 4JY9A 1TRDA 1F2JA 1IIGA 1SW0A 1W3IA 2ZZ3A 1K7EA 4RR4A 3EXRA 3A21A 4XUGA 4JXCA 4I7VA 4QNWA 3BO9A 1GJPA 4UFKA 2FLIA 4ORIA 3E0IA 3LLFA 3DAQA 3MUXA 2JGQA 5FESA 3F4NA 4JTHA 4O4VA 3P80A 2BX7A 1OFEA 2BZNA 1X1OA 3GNDA 4YCOA 2Z1BA 2FPTA 5IBXA 3FYPA 4LW7A 3STEA 4R34A 2H6RA 3FIGA 3HGJA 4EWND 3D0CA 3DFTA 3LXBA 1TV7A 1RQHA 4RK8A 3W1UA 4JX4A 1SZEA 1AMKA 2ISVA 3LHYA 3DFOA 5E93A 3O63A 4I7UA 3W7DA 4E2BA 1YYAA 1VYSX 1TPUA 3KRZA 1TRIA 3MO7A 3HF3A 4FIQA 3PVFA 4LNYA 4U28A 1RZMA 1TV8A 3PS7A 3V1PA 3GDMA 3OBKA 5L6UA 4XKYB 1BKSA 1K8YA 1VLIA 2J6XA 3BGGA 4LY8A 2PRLA 4E0CA 4KKXA 1LRTA 1PCKA 5DCEA 4LS0A 2QCMA 3OEXA 5F4WA 5LNUA 2J24A 3WFAA 4PFMA 2CU0A 5L9FA 3GB6A 1W0MA 3IVTA 5DELA 4O1AA 3DBPA 3GNNA 4M6QA 3BVJA 1LP6A 3M5VA 3MHFA 4LOCA 4UNKA 5LGXA 4CQ8A 3L5AA 3W1NA 2ZTJA 3T4CA 1N55A 3UD6A 3TCEA 3G1YA 2A1YA 1H50A 4UTKA 4A3UA 2X16A 2G96A 5CKSA 3S5OA 5LHEA 1W8SA 4LTSA 3LI1A 2ZRWA 3ABSA 2GVLA 5FF4A 1LOLA 4O1BA 5H2ZA 2C19A 5F2MA 4MFDA 3DGRA 5AHEA 5HNRA 1SO4A 3NQ2A 3NQDA 3JR2A 1ZAIA 5G2WA 3WJSA 3A9IA 3RLUA 1VCFA 2W0UA 4PC8A 1OFBA 3MI2A 3F1QA 3DFSA 1DOSA 3GIYA 3LERA 3R89A 3W2NA 3N73A 4Z1BA 3TUUA 3IRDA 3E12A 1SSDA 2NX9A 3NQ7A 3NQCA 4AAJA 5GVJA 4L4LA 2CLFA 4AF0A 2Y63A 4GFSA 1JCMP 2E5DA 1C9DA 3W83A 4UTTC 2PCQA 4IOTA 3O1NA 1HFBA 1A50A 2CW6A 3O6YX 1EUNA 3W6YA 1H7NA 2CZEA 3DXIA 3PB0A 4HNTA 4UFHA 1J2WA 2ZDRA 3HJZA 3ANYA 3GAYA 2GVGA 1M7OA 5I3HA 2J9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MMW A;  2Z1K A;  4FEZ A;  4W7W A;  2J74 A;  3KBV A;  3UGV A;  3URA A;  2ODO A;  3AWN A;  3N6H A;  3BLF A;  4BR1 A;  3NPW A;  3OA5 A;  2FDS A;  1DHK A;  3HV8 A;  4O0Z A;  1Q6O A;  4GY0 A;  2CEQ A;  3BAY A;  4FNS A;  3LCL A;  2WC3 A;  3TR9 A;  1HNY A;  4UOZ A;  3R8H A;  3UWU A;  1QNR A;  3L2M A;  4DJE C;  3N2B A;  3OVQ A;  3WUG A;  1M03 A;  4FX7 A;  4KRU A;  1FKX A;  2HNE A;  4H8H A;  4MMW A;  4UR7 A;  3HJE A;  2XDF A;  3T8Q A;  4HPN A;  4E6M A;  3DHP A;  1HL8 A;  2ZQ0 A;  3DHU A;  3BLP X;  1W3K A;  4RNH A;  5LXE A;  3WBW A;  2X1R A;  3C8N A;  2PF0 A;  3E5P A;  3NQG A;  3P74 A;  2DSW A;  1FFQ A;  1CGT A;  1SW3 A;  1TWW A;  1ZBW A;  1RJP A;  3G3M A;  3DI0 A;  4XBK A;  1NAR A;  3CPR A;  1QW7 A;  3IUD A;  3VGB A;  1F05 A;  1VYR A;  5CC3 A;  4ZZ9 A;  1MQR A;  2E1D A;  3BW2 A;  2DJL A;  5FIP A;  4U3C A;  1YKW A;  5LNW A;  5HQM A;  1WBH A;  7PTD A;  3K13 A;  4TVD A;  3NQ8 A;  3TV8 A;  1UA7 A;  1S5N A;  5F2I A;  1T41 A;  5I02 A;  1NF0 A;  3GU2 A;  4UTW A;  3WDJ A;  5BCA A;  5A8G A;  1VFM A;  2GYI A; 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