3LBC | Genus

Total Genus 123

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__083898705086208__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__083898705086208__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3LBC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__083898705086208__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"083898705086208","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3LBC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__083898705086208__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
total genus	123
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lbcA00

3G0SA 2V9DA 1D9EA 1GVFA 4LT9A 3O16A 4I7UA 1K7EA 1SFLA 3BVJA 4LY8A 1TTIA 3A22A 4UFMA 5AHEA 1MSSA 3KFTA 2Y7EA 2P10A 5E0KA 3C3NA 1QWGA 3TC6A 4XBSA 2YZRA 1J5TA 3BG3A 3NL2A 1VGAA 1SO6A 3BGJA 1AW1A 3GKFA 1TCDA 4MKNA 2X2GA 4UTWC 2Z0IA 1GG1A 4LVFA 1HO4A 2EAWA 3W7KA 1XI3A 4OT7A 4IMEA 3TW6A 3TMQA 4NQ1A 4LUIA 3IVUA 4JX4A 3MWAA 4UTTC 4K7YA 3IGXA 2HS6A 1FCVA 1ZAHA 3N2MA 3W2UA 1TTJA 1R2SA 1TRIA 4DPQA 3GB6A 2ZZ6A 1O5XA 4O1CA 3DAQA 1IIHA 3LCIA 1FWTA 2RDUA 1X7FA 4G1KA 3PBVA 1OFQA 3HGOA 4Y6GA 4DEFA 3I7QA 2H3BA 3N9SA 4PL1A 1B9BA 2CLLA 4N9BA 3FKKA 3LXCA 1JCXA 3L5LA 4UR7A 4MPQA 1BTMA 1XL9A 4ZQNA 5LZLA 1XXXA 2Y6ZA 2TYSA 2YPIA 4DO4A 4O10A 4L4MA 4UTLA 1S5WA 2NUXA 2VFHA 1OF8A 1SO3A 3C2EA 1OF6A 4WUIA 4MZYA 2DORA 2LLEA 3EXRA 3LM7A 4UTUA 2GJLA 4FXRA 3NQCA 1LRNA 1KFJA 4ADSA 5F1VA 2NLIA 1F05A 2R94A 3QMSA 3M9YA 3W1XA 2DZSA 2NUWA 4AHPA 4CNOA 3BK0A 4FO4A 3F03K 3UNDA 4D2JA 3N19B 1LORA 1TV5A 4YMZA 3NQMA 4ONVA 3TAKA 3GR8A 2WOQA 3TSBA 3UWWA 2GQ9A 3WFAA 4MOZA 5D02A 4TR9A 1GJPA 3IIXA 1PIIA 1QAPA 3DBPA 5CPNA 3RK8A 3TQ0A 3Q58A 3TU9A 4HSOA 3HGJA 4WQ6A 2GVLA 5SWUA 5AHLA 1PVNA 1XBZA 2W79A 3S8HA 4CCEA 5CG7A 2QEZA 1TRDA 1MXSA 4LU0A 1TJRA 4JTIA 4KFPA 4QNWA 3DFTA 1EWEA 1W8SA 2QCEA 2QCDB 3WJSA 3LTYA 4AVFA 4JTSA 2E6YA 5D2YA 4AWTA 4EIVA 3W7HA 1T96A 4WY0A 5DBTA 4GUJA 4IOTA 2FQIA 5AN7A 4LTSA 3W1NA 3S9YA 4JTEA 3QPYA 2VFDA 1K7FA 2FJKA 2CLKA 3QH2A 3RU6A 3L21A 2CZDA 1D3GA 2PRHA 3WJXA 4AHQA 5AHNA 4ZQCA 1Q6RA 1EP1A 4NNAA 3UPBA 2VFIA 4HT3A 1AW5A 3LERA 4JEQA 1ICPA 3M43A 4FIRA 4AH7A 4A2RA 1E51A 1FXQA 2RDTA 1ZHAA 2ISVA 4HIBA 2A6NA 4Q32A 1TSIA 5IBXC 4IQLA 3LV6A 4JR5A 5D04C 5EMUA 3LCHA 3KHJA 5D2TA 2NWSA 1PHQA 4M6QA 2Z1BA 1M7OA 3LBCA 1JUBA 5FEXA 4MJMA 4BWLC 2TRSA 2A7RA 3KRSA 5C55A 5HQEA 1PL9A 4GUGA 1GTHA 3HJZA 2FIQA 3L68A 4XKYA 3W85A 4HSNA 3GLCA 3NNTA 4LV9A 4RXGA 5F4XA 3LRKA 3ABRA 3CHVA 3P84A 2DU2A 3PG8A 3SI9A 3UWYA 3P5ZA 4HHPA 3NEVA 4BI6A 3ZFHA 1GEQA 4A22A 3PUEA 4PCFA 4UUIA 4MY9A 3YPIA 3USBA 4O15A 4TU1A 3W76A 2FPYA 2CLFA 1H7RA 1ZY9A 2G97A 3ZWSA 2RKXA 1A5SA 3E96A 3VE7A 2OMAA 3TX9A 5EL1A 3SW6A 3TQVA 3GVGA 6TIMA 2FFCA 1S5TA 1AL7A 4JYDA 2VXNA 1GVQA 1LOSA 2V30A 4BF9A 1JVNA 4OWGA 3B8DA 3LHTA 1W31A 4UC5A 3P5YA 4O0ZA 1LBFA 1EUAA 3IRDA 3PY2A 2QCMA 3W7PA 3FYOA 1GZGA 2A2IA 2WQPA 5D05A 3S1VA 2H6RA 1GPWA 3LHVA 1OFBA 1KLYA 1H1YA 4MFEA 3P8JA 3HGSA 4HN4A 3W2NA 4CQAA 5ABTA 1TO3A 3SR7A 2E68A 5BW6A 4E38A 1NF0A 3CT7A 3DHFA 4R7JA 3W1UA 3LHYA 3HF3A 4O54A 4QSHA 1HG3A 3TW7A 4DO6A 2C15A 5GVJA 1HL2A 1EB3A 3G1XA 1X6UA 2QF7A 2ZZ2A 4S2BA 2J24A 3RF9A 1ZAIA 1EX5A 2J6XA 3HG4A 4EOUA 3QQ0A 5C2XA 5LHEA 3TIMA 5EPDA 4LVAA 2XN2A 2QR6A 1VC4A 1JQVA 3C56A 4O57A 3EX4A 4RK8A 1OFAA 2PC4A 3GXNA 2NWRA 1LP6A 1SW3A 4EF9A 3BG5A 4JD4A 1X1OA 1I2QA 1PE1A 4LW7A 2ZCGA 2RHGA 2YX0A 2QCGA 2ZRVA 4BR1A 4N4PA 3DKLA 1KFEA 3O6DA 4RZ6A 2QKFA 1TYGA 4AXKA 3N9RA 3G8RA 4LWWA 4A21A 3TXVA 1CW2A 4U28A 1LRTA 4FHAA 3E12A 2PRMA 3F4WA 3WK0A 5BOOA 4OE7A 3L66A 4MIMA 4WZHA 4AMAA 1AG1O 1SUXA 2JBMA 5FF3A 3OVPA 1TPFA 1KBJA 3L0NA 1FBAA 3LHZA 3S5OA 3DFSA 2CWNA 3T55A 1XM3A 2ZZ5A 2CLEA 4KWVA 3MI2A 5AC8A 1Q45A 3FLUA 3TMLA 2RDWA 3QQ1A 3CLMA 5D30A 3W9ZA 2VFEA 3FYPA 2QJGA 1B4KA 5CSRA 2X1TA 5C6MA 1RPXA 5D2WA 4GXMA 3H53A 3KVKA 2WNZA 4K7VA 2AGKA 2ATMA 4IJBA 4JY9A 3FFSA 1H5YA 4GRSA 3TV8A 1OYBA 1W0MA 1WBHA 3TJXA 3HMJG 4W9TA 1O5KA 4JTLA 2GPTA 1OX6A 4TX9A 5KZEA 4LNYA 3KVJA 5T26A 2ZA2A 2I1OA 1TB3A 1OFRA 4R34A 3LBMA 3C6CA 3NA8A 3NZ1A 3E02A 1UASA 4UTWA 2V81A 3KRUA 2XN0A 4MY1A 3THQA 4N4QA 3WK2A 3NQ8A 4Z0SA 3W1AA 4Y90A 3GDLA 3LX9A 3EX3A 3W07A 4GBUA 1XBXA 1Z48A 3O6CA 3S1UA 4UTTA 1V7YA 5LNVA 3G1DA 3L2IA 1MZHA 3HBLA 3U2OA 5G1TA 5I3IA 3L5MA 1DL3A 3ELFA 4Y9AA 1Z41A 2E5CA 3W6YA 1WA3A 5CZ0A 1H61A 1SW0A 3GDTA 5HR6A 5LNSA 4NZJA 4X3ZA 3OEXA 4O16A 3C2RA 5LGXA 4MFDA 4CNNA 1VLIA 3LRMA 3PWAA 2F84A 1SO5A 1Q6QA 1I2PA 1I2RA 3GDMA 4R33A 5D03A 4NT0A 1KM2A 4DBEA 4O11A 1P5BA 2V2HA 3R2GA 4O14A 1EA0A 3QPZA 3NQAA 4ZMGA 1C9DA 3GXTA 1YDVA 3HPZA 4QIUA 4CQ8A 3W7CA 5LNWA 3W2LA 1LBLA 7TIMA 4HNNA 5FI8A 1VYPX 3SFKA 3B04A 3RLVA 1JCJA 1F6PA 1H51A 3GNNA 4IX2A 4HNUA 2YW3A 2BX7A 3N2XA 3M0ZA 1LLZA 3A5FA 4O1AA 3B0VC 1YTEA 2Y85A 4JTFA 3O63A 2E77A 1C8VA 3CWOX 3MHFA 2HSAA 1SSDA 1ZAJA 2WKJA 2NZLA 4NUWA 1R2RA 3T78A 5AOUA 8TIMA 1H50A 1LOQA 3TUUA 4RJEA 4AHOA 2GOUA 1OK4A 4LV4A 3GYEA 1OJXA 4O0KA 2EHHA 5K7JA 3I7RA 2GQ8A 1YXDA 2NXHA 3ABSA 1LRQA 2UV8G 3TSDA 2YW4A 2B7PA 3UD6A 3UYCA 1QPQA 4Z1CA 1QO5A 2B7OA 4MYAA 1TV7A 4M6VA 1AMKA 1GWJA 5MHBA 3A5VA 1JCMP 1I45A 1QPRA 3P8IA 1TIMA 3EWXA 3L0KA 4XQ6A 1P1XA 3G18A 1SPQA 3W23A 1JCYA 3EWWA 1OFEA 4M7TA 1Y0EA 3QMTA 3T7VA 2VEIA 3W72A 2CLOA 2A0NA 2GQAA 2Z2UA 2NV2A 3AJXA 4QNEA 5HWMA 3TK7A 1ZJIA 2Z6IA 3W3OA 4WD0A 1KM5A 1K8YA 3TFXA 3GNDA 2NX1A 3EWBX 4YLWA 3HB9A 2B0MA 1MO0A 3GAYA 3TC7A 1FWWA 2ABAA 4UTHA 1EUNA 2YGYA 1K8ZA 3MYOA 5AHIA 2B7NA 1A53A 1W56A 1ZCOA 2OCZA 4XTIA 3LTPA 1A50A 4JTGA 1LZOA 5FEPA 3W7QA 5K2ZA 4JIQA 2CLMA 2Y7FA 2X1RA 4XKYB 4MYXA 3PULA 4IMGA 1SO4A 3VFLA 1MEWA 5AFDA 3W2KA 4BFAA 3TA6A 4GUHA 3ABOA 5DXXA 2YCEA 3WJZA 1K03A 3I7SA 1I8JA 3U6WA 1P0NA 3H55A 4OBTA 2CZEA 3S42A 3LHWA 4O8RA 1FY6A 3EX1A 3STEA 1KM3A 3B4UA 2GVJA 1UCWA 1ICSA 1N8FA 4K8EA 3NQ2A 1QR7A 3LRLA 4GE8A 1JQXA 4PEKA 1DVJA 1ME9A 1U83A 3LCWA 5CZTA 3K30A 3FJ6A 2GJNA 3JR2A 2WSRA 2O7QA 2V8ZA 5TQLA 4UMBA 3UXAA 2CW6A 5J5RA 4IGHA 4LS2A 3S5NA 3SIZA 4Z0JA 3VCRA 3MYPA 1I4NA 3N3MA 1G4EA 1GG0A 3RMJA 3H54A 4WXYA 3O15A 2P1FA 3M6YA 2B4GA 4LC8A 4JTTA 3CU2A 2A85A 4JDBA 1TMHA 2E1DA 3P81A 4KFNA 5FF0A 3IIPA 4DPPA 4FB7A 3G1AA 3OA3A 1KTBA 1DJQA 1M6JA 3MP4A 5C54A 1FQ0A 3OVQA 1T0OA 1G4TA 3KVLA 3G0UA 1R30A 1JRBA 4M5PA 5AHMA 2XN1A 1XDLA 4PTNA 3M47A 1H63A 2VFFA 3LCLA 3BGGA 5LSMA 3L5AA 1GT8A 1ME7A 4IXXA 1IXPA 5F4WA 1R46A 4PC8A 4OGZA 4OHQA 3TSMA 5CPMA 4NVTA 1VH7A 1D3HA 3UZ5A 3IVTA 1X8FA 3Q94A 3KXQA 1Z42A 3L0GA 4JYFA 5U4NA 1VS1A 4AWUA 2ZRZA 3TXZA 4NU7A 1QPNA 5G5IA 2I9EA 5DCEA 2H8ZA 4K6AA 1PS9A 2C19A 3G24A 3NAVA 5AB3A 3E9AA 4O4VA 4AAJA 5KINA 1OX4A 4DF1A 2NV1A 3TROA 3AO0A 1BKSA 1K02A 3S5ZA 4LVBA 4JGDA 4E2BA 2AQWA 4O28A 3W1TA 1IF2A 3A21A 4IX0A 4ORIA 2DJLA 4A3UA 3LCGA 3C2VA 3M5ZA 4ALDA 1RZMA 3QW4B 4IUOA 3WK1A 3PC0A 1H7WA 1XKYA 1QNVA 5D33A 4X9SA 2Q3OA 1DHPA 5KZMA 1IXNA 1DBTA 4FX8A 3SSJA 4JIPA 3OVRA 1BEUA 3I68A 4Z1BA 1WQ5A 4ZQMA 3M16A 4BK9A 3HGRA 4PA8A 2ZBTA 5K9XA 2Y7GA 3W75A 4XTDA 2ABBA 3G1VA 5I3GA 2BLEA 1GVSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3U8G A;  2HRO A;  3IK4 A;  3VZY A;  7ENL A;  5CJ5 A;  3S1G A;  3ID7 A;  2J8F A;  1FHV A;  4G7E B;  4KGJ A;  4AEF A;  2BGN E;  1YBQ B;  1SQ7 A;  3SUV A;  3ZLF A;  1JRC A;  3VIK A;  4LAZ A;  4I5X A;  1TPW A;  1OFP A;  8RUC A;  3VOC A;  3GE7 A;  3ZQ9 A;  5JH2 A;  2DIK A;  1UW9 A;  3CH9 A;  4DXV A;  4AZH A;  3W1R A;  5A8M A;  3PPG A;  4F0S A;  4BQ4 A;  2R9R A;  1K7X A;  4J9J A;  1GVY A;  3IPW A;  1Q7Q A;  3WDQ A;  1XIC A;  2VRQ A;  2ZDR A;  3L4Z A;  2WYS A;  5DEL A;  2WVT A;  2ON3 A;  1T8X A;  1XGZ A;  3SZ8 A;  2XDF A;  1LRO A;  3V5F A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LBCA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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