3LCGA

The d-sialic acid aldolase mutant v251l
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGLFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 122
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lcgA00
3MBDA 4CLMA 2F84A 4GNJA 3FEMA 3NOEA 5C55A 3NQ6A 1VYRA 3WK1A 2V0TA 1C8VA 4JDBA 1OFQA 2DZUA 1DQXA 1KTBA 3JR2A 3LTPA 3GVGA 1M7PA 2GQAA 3VCRA 3LBMA 2FJKA 4O54A 2Y6ZA 5BNKA 3BK0A 3EWWA 1SO4A 4BFAA 3I7RA 4NNAA 4CNNA 4GRSA 1I2NA 1R46A 1TPDA 2QCEA 2ZRXA 2Y7DA 4WOZA 3IIVA 3A5VA 1KA9F 4UFLA 5HUPA 4HPXA 3GDLA 3NVTA 2BXVA 4NJIA 3KAOA 1GQNA 1EWDA 2OMAA 4LS1A 4HHPA 1AG1O 5CPNA 3W88A 4RLIA 5G5IA 3G8EA 2WSQA 4O50A 4O28A 4FXSA 1N7KA 1YTEA 5ABTA 4IUOA 2CLOA 4CQAA 4KFOA 3EWZA 2CZDA 1H7XA 4JY9A 5D02A 1WV2A 2X1TA 3I7QA 5AN7A 3W1QA 3PULA 3G1XA 2DORA 1F6KA 2FFCA 1W5QA 3GDRA 5F4XA 3EB2A 1UUMA 2Z6IA 4WD0A 1DBTA 1OFDA 2PRHA 4O4VA 5KINA 2V2HA 4I7VA 4K37A 3TW6A 1G4EA 4JX4A 1BWLA 2ZRZA 1DVJA 3NEVA 4GUGA 5BMXA 3GYEA 4O52A 3MI2A 4U4MA 5D38A 3IGUA 2NWRA 3PSWA 2QJIA 1HFBA 3MP5A 1TV5A 2DZSA 5CPOA 4O10A 1GPWA 3BLEA 4O16A 2NX1A 4LTSA 4WZHA 5DY3A 4DQWA 1H50A 2PRLA 1A50A 3TQKA 1TIMA 4JTUA 3NYZA 4M6PA 3W1MA 4GE8A 4JY8A 4DBDA 4IMFA 2CZ5A 2PRMA 5D05A 3I6RA 3ZWTA 1TPWA 4ZL1A 3N73A 2ZRUA 2WKJA 1NF7A 4ML9A 3LXAA 3HJZA 3VE9A 4Q32A 4UCGA 3QMTA 4O1CA 3IGXA 1KM5A 2C1HA 3LRKA 2FB3A 4UTLA 5H2ZA 1Q6QA 1AW1A 3OBKA 4OE7A 4WQ6A 3MYOA 4ZQMA 1FCUA 3GDMA 1M6JA 4O17A 3TAKA 3W7QA 4UMCA 3RLUA 4AMAA 1PHWA 8TIMA 3G3DA 3W7JA 5HWJA 1ZY9A 1VCVA 3O06A 2Z1BA 3E96A 2I14A 3EWUA 3IVUA 1IXQA 3WJSA 2EF9A 4JTGA 2ZRWA 3EX2A 2C6QA 2R14A 4N9CA 3TA6A 5SWUA 3M0ZA 1X8FA 1AW2A 5FESA 1NF0A 3O6YX 3KVMA 4UTHA 1ALDA 2A7NA 2J9YA 5I3FA 3P74A 4KFPA 2WO5A 4LU0A 1H7RA 4Z1BA 1H63A 4BWLA 5T26A 4WOQA 1Q6LA 2QAFA 2Z6JA 2YFNA 1GJPA 4Z1DA 1DHPA 4TU1A 3E02A 3W73A 2A21A 2CLFA 3PG9A 4WUIA 3M9YA 2Y7GA 3A24A 3A21A 3EWXA 2Q8ZA 3I7SA 3PBVA 1QAPA 3TU9A 1R2RA 4JGDA 1TPVA 4DEFA 3G0UA 1I4NA 3NM1A 3L21A 3N9RA 1OFBA 2A6LA 1W3NA 3Q94A 1UUOA 2V5BA 3NG3A 1ICQA 2JGQA 2NXGA 3TE9A 3NPUA 1TTQA 4LWWA 1N8FA 5C54A 4K8HA 1VLIA 3U8GA 4LRSA 3SJ3A 1WAUA 3C52A 2E1DA 3M7WA 2NZLA 3LV5A 3BG9A 4N4QA 3CIXA 4IMDA 2YW4A 3DGRA 4IQLA 4WY0F 2A7PA 3MUXA 3EX3A 1PV8A 3L5MA 4DF0A 4D2JA 3TCEA 1VQTA 1DJQA 3C2VA 3GXNA 1TJPA 1WX0A 3UWUA 2WNZA 1FCVA 1FWTA 4LVAA 3AJXA 4GXMA 4MYXA 5F4SA 3UNDA 3TFCA 1DQWA 2ABBA 5D09A 2NXHA 2QJGA 3M5YA 3LI0A 2ATSA 4OV9A 3NQ8A 3NPWA 1V7YA 1IF2A 1EWEA 4MOZA 3NL3A 1K7XA 3LGEA 3W7HA 1LYXA 2RDWA 4QSHA 3RU6A 3AO0A 1TREA 3W1XA 4N9BA 3CEPA 4AF0A 1EP2A 1JULA 2H3BA 4N6FA 4JN6A 1DOSA 1M5WA 1AMKA 1QPRA 2ZQ0A 3DFOA 5FF4A 4ZQCA 1XBZA 3MMTA 1TV8A 1SZGA 5G4WA 4ZZ9A 5KTLA 3O6CA 2Z2UA 3GR8A 4N6EA 4XTIA 3W75A 4M19A 1W5MA 5TIMA 3WK0A 1F7BA 3W2LA 1A53A 1LZOA 1W37A 3RK8A 3NQFA 2ZZ1A 3DKLA 3M5XA 3L2IA 3SGZA 3E9AA 3QMSA 4JXCA 1P5BA 4C1KA 5EL1A 3NQCA 3PAJA 3KRSA 4AH7A 1VGAA 3W1LA 1KFCA 4XZ9A 4YXGA 1QWGA 5J5DA 1P4CA 2QUUA 1P0KA 5DN1A 2GVJA 2O7QA 3DFNA 2BX7A 1TQJA 1JUBA 3W7IA 2GOUA 1BEUA 3U6WA 4O13A 3HG2A 1P0NA 4TR9A 3UD6A 3UWVA 1P1XA 3G18A 4GBUA 4UFJA 3NZ1A 2ZA1A 2W79A 1EEPA 4YCPA 3VKJA 5FEWA 1YXDA 4GFSA 4W9TA 5CSRA 3GDKA 4RZ4A 5D33A 1KTNA 1SR9A 4Z0SA 1O5XA 1IXOA 1KBIA 1L9WA 2QCHA 5CPMA 4XUGA 5F1UA 1SZFA 3W1TA 2I9EA 5AHMA 2Y89A 2RDUA 5AHFA 5K4ZA 3BLFA 3UWQA 3TX9A 2DZWA 1QNVA 1SW7A 1FXQA 1VJIA 1QPQA 4JR5A 2ZFAA 1K8YA 4UTTA 3GR7A 5H91A 5K9XA 3HF3A 4O57A 2VOMA 1SO3A 1H60A 1ADOA 3C56A 5FF3A 1K8ZA 2JBMA 3G0SA 4KFNA 1WQ5A 2V2DA 4MFEA 5L9FA 3P84A 3W7LA 3NDOA 4IOTA 4NJHA 2CZFA 3QPYA 4NUWA 3UPWA 1YADA 2B7QA 3GNDA 4UTTC 3EX6A 4M5PA 4O53A 3ATZA 3HGOA 2OT0A 3S42A 3LB0A 3MW7A 3BW4A 3QF0A 3ABSA 3QYQA 3TC7A 2YW3A 3LDVA 3W83A 5D2XA 1X1ZA 5DBUA 1EUNA 4HKPA 2DZTA 2C15A 3E49A 2E6AA 2NLIA 3DH7A 3W7RA 5D2WA 4ONVA 3IRDA 1VS1A 5FEXA 1Q6RA 1XBYA 3F4WA 3QW3A 3STFA 1XBVA 3GZ3A 1TTPA 5J5RA 2TPSA 1SPQA 3LOTA 2HS6A 3NO5A 1XKYA 2HSAA 3MO7A 4A2RA 3ABQA 5EA9A 1PE1A 5LHFA 5BMWA 4N4PA 5D2VA 4PEKA 4GUFA 1OYCA 3M5ZA 3HG3A 2PE4A 1G6CA 3QSRA 1BTMA 4PCFA 2V30A 4MUZA 4ADTA 1H7PA 4JX6A 3FKRA 2H90A 4R53A 3C2OA 4FNUA 3ZFHA 3DFPA 5HNRA 1MSSA 1TPEA 3PBYA 3A9IA 4JTFA 1QOPA 1LBFA 3QW4B 4WY0B 2NV2A 3USBA 1EUAA 2ZZ4A 4XKYB 1OX4B 1KTCA 4RX0A 2B7OA 3CU2A 3C2EA 1A5SA 2ZZ2A 3GX9A 4LC6A 4WJEA 5KITA 4Q33A 3TR2A 5G2IA 2CLEA 2ISSA 4FX6M 1G4PA 5HJLA 3S0CA 1LTDA 4MFDA 3DFTA 5EMUA 5LGXA 4PH6A 1G7UA 2YYUA 3TFXA 1K02A 4NVTA 2YDAA 1T8XA 4NX5A 4AWUA 2YGYA 4JTIA 3W2NA 3PBWA 3B06A 1B9BA 1L6WA 1TO3A 4L4LA 4O1AA 4FNQA 1YYAA 3G1VA 3L0GA 2VFHA 1LDCA 2RKXA 2Y88A 3UY8A 2JGYA 4MZYA 5D32A 3EXRA 2WNNA 2P1FA 3TQ0A 2YCEA 1GVSA 5U4NA 4PL2A 3TH6A 4UTMA 4JTHA 3FA5A 3IIXA 1EIXA 1TJRA 3GK0A 3LCWA 3UQNA 5KZMA 3WFAA 4L4MA 5FEPA 1JRCA 4ZQRA 1UJPA 1LBMA 3DFSA 2QCCA 3NA8A 1TPC1 2G96A 1THFD 3NXFA 1G67A 4OU1A 5DCBA 4LS2A 2PC4A 1FXPA 3TMLA 4BI7A 1CW2A 1M7OA 1VYSX 2CLKA 1FDZA 2C0AA 5F4WA 5E93A 4FF7A 5C2XA 4QNWA 3V75A 1SW0A 5AYXA 4PL1A 3LHUA 1X1OA 2I1OA 2YFOA 2CW6A 4O8RA 4PFMA 4BK9A 4A22A 5AFDA 1MO0A 4JICA 4DPQA 3L0KA 3E12A 3KRZA 3W7GA 2ZDRA 4HT3A 3QSTA 1WBJA 1TCDA 2VEKA 5DBTA 2VFDA 4IPJA 2H8ZA 2GJNA 4DO4A 2QCGA 5DLCA 1FY6A 2BLEA 1S5VA 2X16A 4PODA 1JCXA 3HPZA 2YX0A 3V1PA 4AWTA 3BG5A 4ZQOA 1ZENA 2QDGA 3KFTA 3M5VA 3LCIA 3OIXA 1QO2A 3INPA 1FWRA 4AWSA 4TO8A 1ZAHA 3JS3A 3CC1A 2FPVA 4NJKA 4O15A 3LCLA 4GJ1A 1OFOA 3NL6A 4BR1A 3HMJG 5HMSA 1OFRA 1FUYA 5TBOA 2DZXA 2UV8G 1TRDA 4MKNA 2JK2A 1DL3A 1HO4A 4PC8A 3T4CA 4A2SA 3C2RA 2E6YA 4DBEA 1DORA 1I2PA 1K7FA 3HPSA 1G7VA 3QQ0A 2A2IA 3R2GA 4HSOA 1EB3A 4ADUA 4XBKA 5E0KA 4JTEA 4DELA 1TMHA 3OHIA 4AHOA 1L6YA 3S1UA 1RZMA 3W85A 1YDNA 3CM4A 2VEPA 3DAQA 4JTLA 3ANYA 3UXAA 1HTIA 2VFGA 4LVBA 4LS0A 2DJLA 1RD5A 3W7MA 4IXXA 5FF7A 5I3JA 5HINA 4Z1AA 1WBHA 1X6UA 2R91A 4RXFA 1YPIA 1JCYA 5LNWA 4GWEA 2X1SA 3RNDA 4AXKA 4J9JA 2A4AA 1KW1A 2V81A 3CWOX 4X22A 5DCEA 3EX1A 1YLVA 3TDFA 3TNOA 3FIGA 4CCDA 3W2MA 3UY7A 1DJNA 3DENA 3L67A 3M6YA 5IBXA 1ONRA 1MEIA 3NZRA 3B04A 4FXRA 2LLEA 4MLJA 1FQ0A 3LRLA 1JCLA 3O15A 3TC6A 2ALDA 1H62A 3SECA 5G4EA 5CSSA 1KLYA 2NWSA 4NZFA 5DXXA 2ATMA 3CB8A 2ISWA 4DXVA 4Z0JA 3NQDA 1JQXA 5AHLA 2A5HA 3SGUA 1F05A 4MIMA 5G2HA 3C0JA 5IBXC 1OFEA 1FWNA 1V5XA 1LRQA 1KM3A 1LM1A 1TSIA 1OK4A 3NQ2A 3FLUA 4LOCA 2PURA 3QC3A 1JCMP 5D03A 4E38A 2DU2A 4ZQPA 2BWGA 4IMCA 4R7JA 3MBFA 3GXTA 1QCWA 3S9YA 3RFAA 5D30A 3BW2A 4U28A 1MXSA 3G0XA 2WOQA 3A23A 3MHFA 1R2SA 1F76A 1EX5A 1AL8A 3C3NA 1K8XA 1TYGA 2A85A 4NU7A 2X30A 1GWJA 1DKWA 2DP3A 3W72A 3EKLA 2NX3A 1F2JA 1TV7A 2VEIA 2QJHA 1GYLA 2Z0IA 4ORIA 1RVGA 1LCOA 1LLWA 4QITA 1XDMA 3ELFA 5EBUA 1BWKA 4AVFA 2CLIA 2B0MA 5CKSA 1G4TA 3G1FA 4QISA 3T44A 1H5YA 4IGHA 2A6NA 3KRUA 4AHQA 3RLVA 3PS7A 2O7SA 4NXSA 3P8IA 4O1DA 1CX9A 1TQXA 3LHVA 2FTPA 1OABA 1KM6A 2TMDA 3EWBX 4MJMA 3MHUA 1DV7A 3VFLA 1A5AA 3STEA 1QDSA 5K2ZA 4HIBA 3L9CA 3NPVA 1GG0A 2X1RA 3N3MA 3GLCA 3W6YA 4UFKA 3SR7A 4TX9A 1W3TA 4YWIA 5LNSA 2Y70A 4DF1A 3GXPA 2J9XA 5DCDA 4WXZA 3SW6A 1QOQA 3R8RA 3W76A 1W5OA 3LM7A 2YSWA 4N9DA 4ICNA 3MP4A 1O94A 2CWNA 3TXVA 4JTTA 2CLHA 1I8JA 3TIMA 2J6XA 3P80A 2KZHA 3PUDA 5A5WA 3W2KA 5FF0A 5K4XA 1JQVA 1H1YA 2VENA 4GUJA 3W7DA 1T96A 4UTWC 4MZ8A 2E5CA 1OYBA 3G1SA 1QO5A 4ZVJA 1VLWA 3KVKA 5F2MA 3FFSA 1HL2A 3HO8A 1Q45A 3N2MA 3W71A 3CHVA 3W70A 3QEZA 1OF8A 1X7FA 3IVTA 3ABRA 1OYAA 5HR7A 3N19B 1B4EA 4A29A 4CQ8A 4RZ6A 1XI3A 5HWMA 1WOAA 3PY2A 1JJKA 2JKEA 3N14A 3W84A 4S2BA 1QPNA 5AYZA 1OJXA 3YPIA 4IPIA 3NQEA 1SO5A 3VNDA 4FNSA 4M6QA 2YYTA 1LROA 2VFFA 4JD4A 4UTUA 3NQAA 3A22A 4UTJA 2P10A 1Z44A 3QRHA 1GEQA 4H3DA 5FI8A 4I9AA 2NUXA 4XKYA 1OX4A 2ZZ6A 2J27A 2GVLA 6TIMA 4CNOA 1WA3A 1XXXA 1FWWA 4NJJA 3O05A 4PA8A 1W31A 1IIHA 1JCJA 2YZRA 4UTIA 2VC6A 4MY9A 4X3ZA 2CZEA 4JIQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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