3LCIA

The d-sialic acid aldolase mutant v251w
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGWFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 121
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lciA00
1W54A 3EX4A 2ATSA 5FF3A 3NVTA 3NR0A 3O16A 1X6UA 2OT0A 4UCGA 4JTTA 4Z08A 3S5NA 3THAA 1KBIA 3QQ0A 1KFCA 3UZ5A 3B0VC 1NFBA 4Y90A 3C6CA 3CM4A 1RQBA 3N34A 2V0TA 3EWZA 3NQGA 1ZALA 3IGUA 4K8HA 2R91A 2CLOA 1DV7A 4JTKA 3VE7A 5D32A 2C15A 1P0KA 5GVJA 2PCQA 3UWQA 1VLWA 4LVAA 3S0CA 2QCHA 2ZCGA 4MJZA 1TO3A 3DAQA 5G1TA 4N2YA 1H7NA 3TDFA 2V82A 1IXQA 4BWLA 1A53A 1K7FA 3LX9A 3QPZA 3NPWA 3TXVA 2B0MA 3HMJG 4I7VA 2TSYA 2VEIA 2CWNA 4O8RA 1SZGA 1KM4A 1OABA 1SQ7A 4RZ4A 4LVFA 5FEZA 1HL2A 4DO5A 1LDCA 1FWTA 5U7SA 5LGZA 4XTIA 3QM3A 1S5VA 1OFQA 1RQEA 4UNLA 2DJXA 5HWMA 3EKLA 2A1YA 2DZXA 3KRSA 4RZ5A 1XUZA 3T4CA 3P5YA 3QC3A 2FQIA 4UFJA 1KV5A 1VYPX 5FEWA 2FTPA 4KFOA 4RXGA 4JTFA 3VI2A 3KRZA 1WAUA 3KVKA 1GPWA 4FEZA 3LI1A 3S5YA 3SECA 4IJBA 3NO5A 3L0GA 2XFWA 1SO6A 4NZFA 1TTQA 3CQ0A 2VEPA 4HN4A 1TPVA 1H7RA 2AGKA 5CZSA 1I2OA 3TSDA 3LCLA 2DP3A 3NPXA 1TIMA 2G5WA 3TK7A 2RDUA 1IXNA 3QF0A 4LNYA 5CKSA 4A21A 2G97A 3GNNA 3EB2A 4CLMA 5DN1A 2H8ZA 2X1SA 4UFLA 2VOMA 3W1QA 1XL9A 4IUOA 4NJIA 5LNWA 5FF0A 4GE8A 3TQ0A 1K8YA 2XN0A 1KFBA 3DBPA 2GQAA 3O1NA 1OFRA 3HBLA 4BF9A 1YDVA 3OEXA 2CLIA 1TPDA 1IGSA 3ZWSA 1OYAA 1TV5A 2JKEA 1GVQA 3MMTA 4R53A 3EX1A 3LCWA 3G8RA 4O0ZA 4RJEA 5F2LA 4E2BA 4XTDA 2Y7FA 4O15A 4LVDA 3N19B 2CLLA 4EOUA 1GTHA 3LOTA 3DU0A 3GDKA 2NLIA 3PBWA 2QUVA 2J27A 1F7BA 3MBFA 3G24A 3NQMA 1I2RA 4N6EA 4XUGA 2ATMA 4IX2A 5D2XA 4KFNA 1JQVA 2VFHA 4Z1CA 1ICQA 2YW4A 2EGZA 4HKPA 4UTTC 2QCFA 5KMYA 5CG7A 1JCNA 3H54A 1TPB1 3AJXA 5FEPA 4LRSA 1QDSA 5K4ZA 3M5YA 1ADOA 1XI3A 4IQLA 4JX6A 3GR7A 3ABOA 3C2FA 1JCJA 1F6KA 1OFPA 2IQTA 3RLUA 3M43A 5LKYA 2HS8A 3STFA 4NU7A 3NQ6A 3W7QA 3WJXA 3MO7A 3M7WA 1S3HA 1K3UA 3C4UA 4MFEA 5FEXA 2VFEA 2V2DA 4XBSA 1G67A 1WOAA 2Z2UA 1XKYA 4OQVA 5C55A 4G1KA 2QCGA 1QMLA 5LNUA 4UFIA 1GYLA 2VFGA 1K02A 3STGA 3MWAA 1NAL1 4FNPA 4MLJA 2A6LA 3LB0A 5LNRA 3BGJA 4JD4A 3MP4A 1I2PA 4O53A 3W1LA 2J9XA 1YADA 3KVMA 3EXRA 3L5AA 1TPC1 5E0KA 2O7QA 2W6RA 3ZFHA 2JKAA 1JVNA 1A5AA 2EHHA 3UD6A 4AMAA 1F6PA 1KM6A 3G1HA 5DCBA 4O1DA 3LHTA 2B7OA 3DI1A 2C18A 1MSSA 1EA0A 3W7MA 2WSYA 5K9CA 4A3UA 2Y6ZA 1KLZA 1QO2A 1TQJA 3G18A 1NF0A 4FX7A 5AOUA 4YL2A 4JICA 2W0UA 2NX1A 3UXAA 1L6WA 3AO0A 3EWXA 4GRSA 3OVRA 3OBKA 4NT0A 2CLHA 3NEVA 1ICSA 1W8SA 5DLCA 4GUIA 1B9BA 1X1ZA 3HG4A 1YDNA 2C19A 2FJKA 3INPA 3TQVA 5HUOA 3UWWA 1RR2A 1X8FA 3W7CA 3SFKA 2E5DA 4O13A 4MKNA 3NPUA 2A7NA 5DCDA 3FJ6A 4TMCA 2H3DA 3BG9A 1HFBA 1GWJA 2FDSA 2TYSA 4FXSA 2FFCA 4DQWA 5BNKA 3U6WA 3W7IA 1M7PA 1YPFA 1QPNA 1JUBA 3FJLA 2WPBA 4AVFA 3UY7A 2WSQA 4MZ8A 2Z6IA 1TRDA 3M47A 3SGUA 3G0SA 4U4MA 3TCEA 4CCCA 1H51A 1SFJA 3BW3A 3T44A 5K9DA 2C13A 4BWLC 3TKFA 1R2TA 1M7OA 1TRIA 3WJZA 4O57A 4RK8A 4KWVA 3M16A 4EF9A 4GUHA 1RV8A 3QH2A 5CZJA 3IEBA 5C5YA 2Y61A 4O52A 1LORA 4D2JA 4LRTA 1LLZA 3ABRA 4A2SA 1H61A 1HG3A 3W1RA 3W83A 3SJ3A 3TR2A 3KXQA 4L4LA 5D30A 1D3HA 2PRLA 3PBYA 4XKYB 4X22A 6TIMA 3NQFA 1JCMP 2WNNA 4O18A 4UFKA 2OJPA 3GDLA 1M6JA 1WOBA 2QAPA 3IV3A 4QSHA 2GJLA 2YXGA 4CQ8A 3WK3A 2OX1A 3TW7A 5D05A 4JYFA 5D09A 1Q3NA 5HULA 4NXSA 1NEYA 4LS1A 2TRSA 2YGYA 3MYPA 5DELA 2FPYA 3LLDA 4Z1BA 5F4XA 4IPIA 4AF0A 4H4IA 2CLFA 3E02A 3C3NA 3W88A 3O6DA 3S1VA 3WJSA 1PCKA 2DZUA 3DH7A 1SW0A 5BMWA 3LBCA 1RZMA 1FWSA 4LU0A 2WQPA 3T78A 3W7OA 1SFLA 4OHQA 3ABQA 2ZZ7A 2ZZ4A 2RDWA 4QITA 2TMDA 4YCPA 3IRDA 3HGJA 1EX5A 3V75A 3UWYA 1EP3A 1GVSA 4IXXA 3BK0A 4GJ1A 4O28A 3W1NA 1TSIA 3NDOA 5D03A 1IIGA 3P8JA 1LOLA 4ZMGA 4O0KA 1TYGA 2B7NA 3L0NA 1ZNNA 3UXDA 4ADUA 3A5FA 5HJLA 3O63A 1GVOA 4K38A 1K8XA 4HIBA 5HMSA 1GG0A 1AK5A 1OK6A 4OE7A 1DOSA 4X9SA 3C8FA 5AC6A 1P0NA 2H90A 5D2WA 2W79A 3S6DA 4MPQA 3NQDA 3RF9A 2V81A 1IIHA 3FIGA 1LLWA 4AEOA 3EX6A 3DI0A 4DO6A 5KINA 1JQXA 1W37A 2RH9A 1VQTA 5LSMA 4ICNA 1H7PA 4ZVJA 1YDOA 2Y88A 3JR2A 4JDYA 1T8XA 4FNSA 3DFPA 5EMUA 1JUKA 4PC8A 3O6CA 1YTKA 1ZHAA 1XDMA 4N4QA 1DJQA 3NM1A 1QPOA 3F4WA 4M6PA 3E0IA 1DKWA 1XCFA 4HNVA 3W2MA 2J9ZA 2QR6A 3TSBA 1OJXA 1Z42A 4WZHA 2FIQA 2FPVA 5F2IA 3FS2A 4FX8A 4IWWA 5MHBA 3L5MA 5FF2A 5K9XA 1QOQA 1ZCOA 1O95A 3FLUA 1QAPA 3UNDA 5J5RA 3NQEA 4XBKA 4LC8A 1UASA 3CWNA 1UUMA 4QIUA 3IGSA 3GB6A 3HOJA 4U28A 4UR8A 4RLIA 3PUDA 1G69A 1TV8A 3G1AA 2A4AA 4MLRA 2ZRVA 5CGQA 2QJHA 5BOOA 3HJZA 5BRBA 3LHWA 4K39A 3SZ8A 4R7JA 4FXRA 1TPFA 4W9TA 3USBA 3NQVA 3O07A 1DVJA 3V1PA 5HR7A 4JEQA 1FCVA 3MP3A 3QJAA 4LUJA 1D3GA 2ABAA 1GEQA 2QCMA 4X2RA 1LBMA 2BWGA 3W3OA 2F84A 4Z0SA 2XN1A 4WOZA 1FCQA 1LM1A 2OCZA 5KSWA 1I2NA 3HPZA 2DZPA 1TTPA 3I7SA 3PAJA 5F1VA 2HMCA 4JGDA 4O19A 3PC0A 3IGXA 3LCGA 5G4EA 4PL2A 2I9EA 1RPXA 3ZWTA 2ZA3A 2DJLA 3GDMA 5CPNA 2VFFA 5AYYA 4JR5A 2CLEA 2EPHA 2A6NA 3PULA 3TV8A 2FPTA 5AYXA 3W1PA 3G8EA 1C29A 4TO8A 3W7HA 3LHUA 1G4EA 5EKYA 2V2CA 1W3NA 2Y85A 3W23A 1UUOA 5K4XA 1WX0A 3IVSA 1FY6A 3PS7A 2NUYA 3I68A 4JS3A 3PVFA 3EXSA 4EIVA 4K8EA 4ZQMA 3UWZA 3NYZA 3Q2DA 1IXOA 4BK9A 5LHFA 1ONRA 3DXIA 1J2WA 4WY0A 5I3IA 1W5MA 2YDAA 5C2XA 3UPWA 2ZA1A 1OX4B 1TTIA 2J6XA 2OMAA 2QDHA 3S1XA 3GNDA 5LHEA 1LBLA 1THFD 1XUUA 1ME9A 3HG3A 2PURA 3EKZA 4UTJA 4PEKA 5CZTA 1KM2A 2E1DA 1K8ZA 4DEFA 1GQNA 3W73A 1SZEA 3GKAA 4MY8A 1CI1A 1KM0A 1Z41A 2QJGA 2G95A 4EVZA 1W3IA 2CFFA 6ALDA 3LV5A 4POCA 1OFDA 2V5LA 3A21A 5H2ZA 4MVAA 4KFPA 2C16A 3QPYA 3NZRA 2YFOA 1FWNA 3VCRA 4Y8FA 1YXCA 1Q6RA 1PS9A 3NQ8A 3UZJA 4E0CA 3EWWA 3EXTA 3NL2A 2HS6A 5LGXA 3ATZA 5LNSA 2H3BA 5EYWA 4CQAA 2X1TA 2GVGA 5DXYA 4ALDA 4UC5A 1PCWA 3N2MA 1LOSA 1VRDA 3NOEA 3LTYA 1VGAA 3GKFA 1W5PA 3LGEA 4S2CA 3W7RA 2ZZ2A 1KBJA 5HINA 2J88A 3TQKA 2GOUA 2QCDA 4NUWA 5AC7A 1TJRA 4Z1DA 5K3VA 4JTIA 3GXNA 5I3JA 4S1FA 4K7VA 3R2GA 1QCWA 3C2OA 3NNTA 3D0CA 3IIXA 2I14A 4TX9A 2X2GA 4CNOA 3TJLA 3JRKA 2QJIA 5ABTA 1QFEA 3TJXA 3S1WA 1OYCA 2E6YA 3L21A 3A5VA 8TIMA 1H7OA 1GG1A 5KZMA 1HO4A 1F5ZA 1FWRA 4Z1AA 3UWUA 4UTWA 3SR7A 2A5HA 3N2XA 3PB2A 2R8WA 1ZAIA 3QMTA 2QCNA 4OWGA 4UMAA 3T7VA 3CT7A 3R13A 1E51A 1EUNA 3FOKA 4R34A 1SZFA 3QZEA 1HTIA 4PA8A 3DGRA 1TCDA 3BVJA 1JCYA 1JRCA 4O54A 4E38A 4ML9A 2CLKA 1RQHA 2QCLA 1TPWA 4O50A 4TIMA 3TC6A 4GWEA 4C1LA 3HGSA 5G1YA 1U83A 3H55A 3PBVA 2GVJA 2AQWA 1LOQA 4NNBA 4UTMA 5I3HA 4ZQRA 2YZRA 4AH7A 1N55A 4LS2A 3P8IA 4RCXA 4OV4A 5CSSA 3S5OA 1GVFA 3NQCA 4XWUA 2GJNA 3BW2A 4CCEA 4MYAA 4Q4KA 4WOQA 1L6YA 1OF8A 1L2UA 2CZDA 4JYDA 2FB3A 1LCOA 1IF2A 2XN2A 1VCVA 3CWOX 3I7QA 1TREA 4AB4A 1EUAA 1FDYA 3TE9A 3RK8A 3OA3A 5HQEA 1XBXA 1DORA 4LY8A 3R89A 4XQ6A 4JXCA 1WXJA 3FEMA 2VENA 4IPJA 5AHNA 4O4VA 3EEGA 1KTBA 1SUXA 3TIMA 4DO4A 4N9EA 4JX4A 3OG3A 1IXPA 3CTLA 2CLMA 2WV8A 4DXVA 5F4WA 3SY5A 5FF7A 3W71A 4BI6A 1XC4A 5AHFA 1G7VA 2ZRWA 4O14A 3NA8A 2H6RA 3HGRA 5L9FA 3GLCA 4O11A 1EWEA 4FF7A 1N8FA 4N6FA 1Z44A 4I7UA 4JTLA 2A7PA 5F1UA 4Y96A 4UTLA 3TMQA 3GXTA 3VFLA 2VXNA 3PUOA 4HHPA 5G4WA 1TJPA 2JKPA 1NSJA 4UMCA 1FDZA 2BSLA 2Q8LA 3W1MA 2PRHA 1ZJIA 2ZZ1A 4GFSA 4NX5A 3MI3A 4A2RA 2WO5A 1B57A 5CZ0A 1VPXA 3L65A 1SO3A 4R33A 1MEIA 1YXDA 3RNDA 1KLYA 3KFTA 2QDGA 3NPVA 4MY9A 2CZFA 3LERA 4YLWA 4HT3A 1PVNA 1UJPA 1FX6A 2V8ZA 4IX0A 1KFEA 3PY2A 3WFAA 2V5BA 3C56A 3W7GA 3F4NA 4GUFA 1GTEA 4ONVA 3LHYA 1EWDA 4NJKA 1YTDA 2ZTJA 3B8DA 4UMBA 3G1FA 2BX7A 3SGZA 4M7SA 1SO4A 1SSGA 3BARA 4O10A 1A5BA 3MBDA 5AHIA 4N02A 2VKZG 3MHFA 3MJYA 2Q3RA 1P1XA 2E6AA 3FA5A 3CEUA 4MFDA 5FESA 4LS0A 1I2QA 3N9RA 4Q32A 3CIXA 5G2WA 1W56A 5IBXA 3W87A 4BI5A 5HWNA 4P61A 2O7SA 3I7RA 4E2DA 3P5ZA 4TMBA 4J9JA 2NX9A 1Q6QA 3CIWA 4CNNA 1AW5A 3TUUA 3Q58A 1VJIA 3TC7A 1A50A 1NVMA 1F76A 3PB0A 1O5XA 4QM1A 2A85A 4RX0A 3RMJA 1V7YA 2Y7GA 2DZWA 3A24A 3PUEA 2V2HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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