3LCIA

The d-sialic acid aldolase mutant v251w
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGWFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 121
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lciA00
4FX6M 4GBUA 3W1QA 3IGXA 3G1VA 1H7OA 3UZJA 5AFDA 3CIWA 3IIPA 2XN1A 1VPXA 4M7TA 4NX5A 3AJXA 3IIOA 4Q32A 5IBXA 4L4MA 1ML1A 2C13A 3C0JA 1LTDA 4JX6A 4MLRA 5HQEA 1C29A 3KVKA 3F4WA 1ME7A 2VFIA 1B3OA 4C1LA 3P82A 1VYPX 5I3JA 2ABAA 4GFSA 5FEPA 1F73A 5FEZA 1YPIA 3O1NA 4PFMA 4OQVA 3GDMA 2YDAA 4L4LA 3JS3A 3QQ1A 3RNDA 1FXPA 3HO8A 4S1FA 1L6SA 4PL1A 3W2LA 1DJNA 1JCYA 1GVRA 1ZJIA 4UTWA 3S8HA 3GXPA 3E96A 1NAL1 4RR4A 4LU0A 1KFKA 1YXYA 1OHLA 4IX0A 1OFPA 4JYEA 4IWWA 3BV4A 3HOJA 4Z1DA 4ADSA 4LVGA 2WSQA 4JTEA 3R12A 2GUUA 2I1OA 2ZRWA 1OX5A 4FB7A 5D2TA 4O13A 2DZUA 1M7OA 1OFEA 2CLKA 3IGSA 1RQEA 1GQNA 2UV8G 2CWNA 3C2FA 1IXOA 3IIZA 4UTMA 4ZQOA 3W7OA 3KFTA 1ICSA 4JIQA 1SO5A 1FWTA 1ADOA 4PH6A 3E12A 3H55A 1NF7A 4Y90A 1WA3A 3BLIA 1K7EA 1FWSA 4O8RA 2NUWA 3BGJA 3LM7A 1A5AA 2DZPA 1RZMA 3PS7A 5EA9A 1UASA 4O52A 1OX4A 5T26A 5LNUA 3NYZA 3TDFA 5G1TA 1JJKA 1JQXA 3PG8A 5CGQA 4O10A 4N9CA 3IVTA 5D2YA 4JTIA 1JUEA 3F03K 2EHHA 4NNCA 1CI1A 3INPA 2A7RA 2CLMA 1FWNA 1M5WA 3M1ZA 2DZSA 1M6JA 3B05A 1KFBA 3W7JA 4MZYA 1YDNA 1GT8A 2Z2UA 4FIQA 4O19A 5HR6A 3QM3A 2YFNA 3LRKA 1JR1A 1D3HA 3M47A 5BOOA 3W7LA 4AMAA 3S1UA 4DO4A 1SPQA 4P61A 4AAJA 2CZFA 3W7RA 3L9CA 1FDYA 2ZZ5A 4K7VA 1R2TA 4AWSA 1LDCA 4YXGA 1XBXA 4RZ5A 3VFLA 4ZQCA 4XZ9A 2V0TA 4UTTA 3F4NA 3NL6A 2YGYA 3HPXA 1M7PA 1HTIA 3LHTA 2Y63A 4EIVA 3C56A 5AHNA 2X2GA 2RDTA 2DU2A 4MFDA 3UXDA 2WQPA 1RR2A 3I7RA 1VHNA 1EUNA 4JTKA 3VNDA 3A24A 2H3DA 1MEWA 5KSWA 4QNWA 2Y7DA 1YTKA 2BWGA 3LERA 3S1WA 5BRBA 2B0MA 2QAFA 2GJLA 1EWEA 2QCEA 5CZJA 2P10A 3PSVA 3LLFA 3S5YA 1N8FA 4NXKA 5F1UA 4NUWA 4PODA 1PV8A 1ZCOA 4MFEA 2A6LA 3L21A 1ZAHA 1W5MA 5CG7A 5KZMA 1F05A 5CKSA 2JBMA 1PHQA 3W2KA 4QM1A 4K8EA 3TQVA 1WAUA 3JR2A 3W6YA 1QDSA 2EKCA 3G1DA 3QMTA 4OT7A 2QCDA 4JR5A 2QJIA 4BI7A 1XUUA 5CZSA 2GQ8A 5D05A 1FXQA 1NF0A 2ZBTA 2ZZ2A 3ELFA 3S1XA 3TSBA 1TCDA 4LNYA 1MSSA 4O1BA 5LKYA 1LBLA 3TFCA 4XTDA 2D73A 2GOUA 3EX2A 4FNRA 2QUTA 4DF2A 4YMZA 1TPUA 2ZZ7A 5G2WA 1KM5A 4UTJA 3A9IA 3U2OA 4IPJA 5EY5A 5AC7A 2XN2A 3PBVA 1PCWA 1W54A 3QFEA 2E77A 2WNNA 4N9EA 1W3NA 1K8YA 1GYNA 2X1UA 4JDYA 1GEQA 4LW7A 4RZ6A 2FPYA 1W3IA 2YPIA 3NQ2A 4KKXA 3W88A 4YLWA 1I45A 2YCEA 3Q37A 3UY8A 4HKPA 1FQ0A 2QJHA 4Y8FA 3EX1A 5TQLA 3VE9A 3TAKA 3MP3A 2Y85A 3EWXA 5AHLA 3QJAA 3TIMA 4NT0A 4Q4KA 3R89A 1KFCA 2BSLA 2H8XA 1TTIA 1H7XA 1WX0A 4RKAA 3SR7A 1I2NA 4UTIA 1SFJA 2OT1A 3RF9A 5HR7A 1YPFA 4LC8A 3C2EA 1KM4A 3W1NA 1O4UA 3STEA 5H91A 2ABBA 1OFOA 1XFBA 4NXSA 4K8HA 3LLDA 3GIYA 4NX0A 3MBFA 3WK2A 2BTMA 1JULA 3GXTA 5HINA 2AAMA 1XM3A 2C15A 3G1XA 1A5BA 3LHVA 4OBTA 4QITA 2O7SA 4KFNA 4S2BA 1DHPA 4JTTA 3NO5A 5D33A 5J5RA 3DH7A 1EUAA 1XI3A 4CCCA 2F7FA 5LHEA 2YW3A 4WOQA 1JUBA 4MJMA 3QW3A 1TMHA 4RJEA 2A4AA 2Q3RA 2JGYA 3TNOA 2NX3A 4A2RA 4BFAA 1WXJA 4LWWA 3LDVA 2QCNA 4O17A 3TSDA 3SZ8A 1WOBA 4GJ1A 2FIQA 1R2RA 3ABRA 3MHFA 3LBCA 3ATZA 3IIXA 2E5DA 4NJKA 1X1ZA 2CLIA 2YSWA 4JD4A 2VXNA 3TK7A 4M6VA 4UMBA 3DGRA 4KFPA 3T55A 1H63A 1UB3A 5KZDA 3STGA 4FO4A 4M7SA 4LT9A 1Q6QA 2ZFAA 1DORA 2QJGA 1JQVA 1MZHA 2CLHA 5SWUA 1ZFJA 5CZTA 2GQ9A 1QR7A 4WY0F 3PWAA 1PVNA 1FCUA 1Z42A 5E93A 1W37A 4O57A 3LHYA 4H6KA 1JCLA 3QQ0A 4PL2A 4JICA 4H3DA 1AK5A 2QCHA 1CW2A 1HUVA 1UCWA 2Z6IA 3GDRA 1W1ZA 4HNNA 1L9WA 3NOEA 2ALDA 1Y0EA 5EPDA 3LCWA 3EX6A 1OFQA 3TW6A 1IXPA 2J9ZA 2YR1A 4NZJA 1YTEA 4OE7A 2PRLA 1XBVA 3LCXA 3ABOA 4A22A 3CM4A 4ALDA 3HGRA 2QR6A 7TIMA 1PHWA 4O0KA 4EVZA 2BX7A 3DZ1A 1AW5A 5K9DA 2GJNA 2Q8ZA 1P4CA 2Y89A 1JUKA 5LNSA 5HUOA 1GTHA 1QO2A 1QOQA 3QPZA 1VC4A 3G1YA 4GE8A 5D32A 3FJ6A 1RV8A 2NUYA 1NVMA 3DFOA 4M19A 5F4WA 4UTKA 3S0CA 4N6EA 1TB3A 3EXSA 3NDOA 3H54A 4JNMA 2V9DA 2X16A 4FNUA 4FXSA 2NUXA 1GOXA 1OYCA 4CCDA 2DZVA 4NU7A 4LY8A 5FI8A 4GUFA 3DI0A 5FF3A 1DJQA 2OZ0A 3TV8A 3NM3A 2ATMA 1FBAA 4PEKA 5AYYA 4K7YA 4DQWA 3STCA 2ZRXA 5EYWA 4KFOA 2CW6A 2EAWA 4HHPA 3TCEA 1H51A 2C16A 3O63A 1FCBA 5AB3A 2E5CA 4O50A 4DF1A 1OK6A 2QEZA 3T4CA 4E0CA 1H7RA 2WNQA 4W9TA 3PF3A 3EXTA 5LNWA 2NXIA 4MOZA 4BI5A 3OIXA 1JRCA 1V7YA 3PUOA 1QAPA 3P5ZA 4K6AA 2JKAA 2QAPA 4IXXA 1SU5A 3M6YA 1VZWA 5LGXA 1H5YA 1BKSA 3HGOA 3EKZA 2PURA 1G6CA 3PY2A 1VH7A 1SFLA 3CPRA 1OK4A 4CCEA 3GXNA 1X6UA 4N9DA 5GVJA 4PCFA 1QMLA 1K03A 1YADA 3Q58A 4X22A 3C2RA 3PULA 1FWWA 3LOTA 1OYAA 3LXAA 4XQ6A 3UWVA 2QUVA 4BWLA 3SW6A 2V5BA 4C1KA 4CNPA 3TXZA 4LVFA 1TQJA 4XBSA 3HMJG 3W7GA 3G0UA 5BMWA 4S2CA 1DQWA 3R2GA 4NJHA 3NL5A 3PB0A 1LRNA 1TRIA 1R2SA 2GVLA 3ZS4A 2JKEA 1E51A 1XBZA 4JTHA 3DI1A 5DY2A 1QPOA 3MP5A 2EGZA 4MIMA 3NZRA 3M9YA 2VEMA 1EX5A 1TPH1 3YPIA 4O4WA 1T96A 3KX6A 2V2DA 5BW6A 4LUIA 3NR0A 3S5OA 3GYEA 4HNTA 5D03A 5G1YA 3NG3A 3MUXA 3G0XA 1NSJA 3B0VC 3LRMA 5G2IA 1QPNA 1O95A 3PM6A 2KZHA 2TRSA 3LHZA 1SO6A 4ML9A 4JXCA 4RX0A 4DBEA 1SSGA 3PUEA 4O15A 3N2MA 3UD6A 1VYSX 3GNNA 4XBKA 4TX9A 2PRMA 1ME9A 4JS3A 3OEXA 5L9FA 3DKJA 2HMCA 1PIIA 4BF9A 3UQNA 3DENA 3B4UA 3U6WA 2NX1A 3GKAA 2PRHA 1XBYA 3GB6A 1U83A 3KRZA 4NZFA 1WQ5A 1W5OA 3L0KA 1L6YA 2A7NA 1FWRA 3W7NA 3W1XA 1KTNA 2R94A 1QPQA 2B4GA 3ABQA 3DAQA 1TO3A 4MY9A 4DEFA 1W0MA 3UXAA 3DHDA 3M44A 1I2RA 1B4KA 3W7KA 2J27A 4AEOA 2CFFA 3E02A 3W1PA 1F74A 3W74A 4AHOA 1P5BA 3EEGA 3N9SA 1ALDA 1KLZA 1W5QA 2WPBA 4MKNA 2CZEA 1XDLA 3S42A 1KM2A 1GVFA 3N34A 4MY1A 1LROA 2I9EA 4QJ1A 1F6PA 5CZ0A 4ZQRA 3W2NA 1LORA 3CB8A 2P0OA 1OFBA 4LVBA 4DELA 1S3HA 4UTUA 1VYRA 2ZRUA 3W73A 5HUPA 3W2MA 4DO5A 3SIZA 1QNVA 1VQTA 4HN4A 1TPVA 2ATSA 1QFEA 5HULA 3L67A 3EWZA 3W7QA 3FKKA 1TPB1 1JCXA 3B03A 3B0PA 4E2BA 4UUIA 3FOKA 3W7DA 2Z1BA 4CQ8A 4ORIA 5BMXA 3CU2A 1HFBA 3HB9A 3WJYA 2IQTA 3TA6A 1KFJA 4PTNA 3W83A 3N9RA 1UBSA 3HIJA 3TJXA 4R33A 2FB2A 2R91A 4YCPA 2WO5A 1LRTA 4WY0B 4UFHA 2B7QA 1I2QA 4O18A 1RQHA 1SUXA 1GPWA 4O4VA 3P5YA 3WK1A 1OX6A 5D30A 1MEHA 4JYDA 2FFCA 3LBMA 1VGAA 3HJZA 3QC3A 2E6DA 2H3BA 1F5ZA 1A5SA 1OG0A 1W56A 4GWEA 4JGDA 1OABA 1TV5A 1QO5A 1JCMP 3GLCA 5IM51 2CLOA 3CHVA 2VEKA 1LM1A 3VI2A 3ZR4A 3FYOA 3AO0A 3P84A 4HNVA 3TUUA 3M41A 3A5VA 3M5YA 2RFGA 1K8XA 3I68A 3W85A 5F4SA 5K4XA 5FF7A 4ZQNA 5F2IA 1IXNA 2OCZA 2J9YA 5G4EA 3C6CA 3TXVA 4MYXA 1LBMA 3TR2A 1R30A 3HG3A 1HG3A 5AC6A 2ZYFA 1CX9A 5D2WA 5I3FA 2VFFA 1MO0A 1AW1A 1KFEA 3V1PA 3S1VA 3HG4A 3IV3A 3CC1A 4X3ZA 4IQLA 1FUYA 1IGSA 3PSWA 3I7QA 4JTFA 2DJXA 1PE1A 2ZRYA 4OHQA 1A50A 3W71A 4CLMA 4WOZA 2FDSA 4O0ZA 3S6DA 3GR8A 1OFAA 2A1YA 2A2IA 3KHJA 3NL3A 2Y7FA 4MZ1A 3WJXA 1KTCA 3W23A 2WV8A 2AGKA 2B7PA 2C18A 3LI1A 5L6UA 1H50A 1KBIA 4DXVA 1LOQA 1YYAA 2RKXA 3CQ0A 4FHAA 1SO3A 2Z0IA 1G4TA 4O12A 3Q94A 1SW0A 3IVUA 3EB2A 2J6XA 2PE4A 4UNKA 1X1OA 3TKFA 4JTGA 2VFGA 3O8AA 1SR9A 3W1UA 3M43A 1J5TA 1VCFA 4E2DA 3TQKA 5F2GA 1A5CA 4MVAA 3W7MA 3CT7A 3W75A 5TIMA 1FY6A 2DP3A 3KVLA 2GVGA 1J2WA 2V8ZA 3QSTA 1H1YA 1ME8A 5H2ZA 5EL1A 4Z08A 4FNPA 1R47A 1VLIA 5BNKA 4GUIA 4AH7A 3OVRA 1LLZA 5G2HA 1WV2A 4RCXA 4OWGA 5FF2A 1KV8A 4YCOA 2C3ZA 3M16A 1XC4A 2E6AA 1W8SA 3G1SA 3U8GA 4A3UA 3E9AA 1KA9F 3UYCA 5D2XA 1G7UA 1SZEA 4QISA 3NZ1A 4HSNA 1AG1O 3HF3A 4IXHA 1NFBA 1UUOA 3O07A 5FEXA 2ZA1A 3FA5A 4NJIA 3NNTA 1Q6OA 3IEBA 4FIRA 4WZHA 1O60A 3LGEA 4HT3A 1K02A 1H7PA 5KTLA 2FJKA 2ZA2A 3T44A 1JCJA 3WFAA 3NPXA 4I9AA 2O7QA 1TYGA 1OVDA 5CPNA 2V2HA 3HG2A 1PCKA 2YW4A 2J9XA 2X1TA 3S9YA 5D2VA 4ZL1A 5DN1A 1BTMA 3THAA 4IJBA 4UC5A 1LCOA 3NQEA 4MJZA 5AYXA 3EWYA 1I4NA 2R8WA 1B57A 1WYIA 3G1FA 3LTYA 4WD0A 2H6RA 4QIUA 3C2OA 2VFDA 3C2VA 2A85A 1BWKA 1VRDA 4RXFA 4K38A 3TJLA 2V2CA 1QCWA 2QCFA 3L5LA 3DFQA 3N19B 1K7XA 3G3DA 4ZQPA 5C6MA 3QRHA 2RDUA 1RVGA 4PA8A 5EBUA 1G4SA 1IIHA 4O1AA 1JVNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GU1 A;  3W1Q A;  1WUF A;  3G1V A;  1MRQ A;  3UZJ A;  3CAS A;  4XIS A;  1UKT A;  1XH0 A;  1QNS A;  5BYW A;  5LA0 A;  4QTG A;  3EDK A;  1VEP A;  4Q32 A;  5IBX A;  4WCJ A;  3C0J A;  4MLR A;  5HQE A;  1C29 A;  2VFI A;  4H2H A;  3ITX A;  4C1L A;  5JVL A;  4HK6 A;  4GFS A;  4Q8W A;  1S2W A;  5FEZ A;  1YPI A;  3PZI A;  1DJY A;  3GDM A;  1DJI A;  4L4L A;  4K8G A;  4PL1 A;  1DJN A;  3PPH A;  4ICM A;  2QXW A;  4RR4 A;  3NOY A;  1KFK A;  1W3L A;  5HQM A;  1U1J A;  1OFP A;  4LCQ A;  4DYE A;  4QJ5 B;  3LBO A;  2GUU A;  2ZRW A;  4FB7 A;  3CNY A;  4O13 A;  3MCO A;  4B5V A;  3AAM A;  1VEN A;  3GDB A;  2QPX A;  2CWN A;  2Z1V A;  1IXO A;  1L8N A;  2XSB A;  4UTM A;  4ZQO A;  1UW9 A;  1MNS A;  1NF7 A;  3LK6 A;  3LYE A;  3MSY A;  2ZDS A;  3BH4 A;  2EXO A;  1ZP4 A;  2ZXD A;  1RZM A;  1KQY A;  1UIO A;  1B3Y A;  2XH4 A;  3NYZ A;  1UD4 A;  1W3J A;  1DP0 A;  1P0E A;  4GXP A;  2ZKM X;  3PG8 A;  5CGQ A;  3SCU A;  4O10 A;  1A4M A;  1GHS A;  2OYL A;  4FOJ A;  5CC5 A;  5D2Y A;  1DWH M;  2NQ9 A;  1A5M C;  4NNC A;  1FWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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