3LCL | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	122
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lclA00

1K7FA 4IXXA 3M41A 4IMDA 4AMAA 1JR1A 4XBKA 3QJAA 1QPOA 1JUEA 1WOAA 2VFHA 1P0KA 1K8YA 1DBTA 3NM1A 1EP1A 1DQXA 4ALDA 3C52A 1ICPA 4UMCA 2NV1A 4K8HA 3L68A 3W7GA 1KLZA 2NWSA 2QJIA 1XL9A 2G96A 3ABSA 4X9SA 3TCEA 5F2IA 5LSMA 2V81A 3IIXA 2Z6IA 4EWND 4R53A 4IGHA 4WOZA 2JKAA 4AAJA 3NQ2A 1XDMA 1KFBA 1K3UA 2CLFA 3BVJA 3TSBA 3IVTA 2P1FA 3W74A 1QOQA 2PRHA 5HNRA 2YR1A 2DU2A 4JS3A 4BI7A 3QMTA 3JS3A 1UUMA 2HS8A 1EA0A 4YLWA 4DPPA 4FEZA 1T8XA 5EKYA 3M1ZA 3W7QA 1KM2A 1VYPX 5CPOA 1KM6A 1LRTA 1H62A 4NZJA 4FF7A 1S5VA 5E0KA 3HG3A 5EBUA 3FFSA 1VQTA 3KAOA 1VCFA 3W88A 3O6CA 3DGRA 2YYUA 3W3OA 1EUNA 2C16A 1FBAA 2TYSA 4BI5A 3JRKA 3W2NA 3N73A 1HTIA 1SUXA 1TRIA 1IXPA 1Z41A 3PUDA 2WPBA 5DBTA 5IBXC 4JN6A 4N4QA 1K8ZA 2H8XA 2QUUA 1JCXA 2WOQA 3MWAA 3MP4A 5D38A 1XKYA 3NPVA 2ZZ5A 3W2LA 1PL9A 4RV8A 1Q45A 4MY9A 1ICSA 3KVKA 2H6RA 2V2DA 1WX0A 2WKJA 2ZRXA 3R8RA 2X2GA 4DPQA 2NXIA 3W9ZA 2C1HA 5H2ZA 3EXRA 1KFKA 3HOJA 3G0UA 1F6KA 3BLEA 2BTMA 4JYEA 1JVNA 3NYZA 4XZ9A 1KBIA 1A53A 1GYLA 4J9JA 2TPSA 1FUYA 4C1KA 1PVNA 3HPZA 4GE8A 4ML9A 4LUJA 3LRKA 3S5OA 2GUUA 4K38A 5FF3A 1OABA 4JTSA 2J24A 2O7SA 1XI3A 3QPYA 3P8IA 1H7NA 4GUJA 4HPJA 5CKSA 4HNVA 3GX9A 4N9DA 2YPIA 3S0CA 3FKRA 4DBEA 1YADA 5MHBA 1W56A 5F4WA 3MI6A 1R47A 2Q8LA 4JTGA 3C4UA 2H3BA 1I45A 4X22A 1RVGA 2CW6A 6TIMA 4NT0A 3ZWSA 3MBFA 2QUVA 1LORA 1BWLA 4Q4KA 1I2OA 3E02A 2XN0A 4S2CA 1HO1A 1MEIA 2E5CA 3WK1A 4QJ1A 5BW6A 2G5WA 3IIPA 1NF7A 3A9IA 2WNQA 4NVTA 2X1TA 1RD5A 2ZA2A 3FKKA 2Y7DA 1LP6A 5AHNA 4UUIA 5CSRA 1GQNA 4MVAA 2E5BA 5KSWA 2XFWA 3NZRA 1PE1A 1L6YA 1W54A 3M44A 2IQTA 5IM51 4CCEA 2ZA3A 1YXYA 4M5PA 1QWGA 1THFD 4N9CA 5AYYA 1E51A 2B4GA 4LT9A 1N7KA 1LOLA 3BK0A 1KV8A 3GXTA 3L65A 4QNWA 4UNKA 3SI9A 4B5NA 3QFEA 5KITA 3UWVA 5BMWA 2JKPA 2WSRA 3QQ0A 2PRLA 4QQ3A 1JRCA 4ZQMA 2GJNA 3W22A 5E1QA 4HT3A 4HNTA 1PCWA 1G69A 1K03A 3KVJA 5BRBA 1IXOA 4FX6M 4PA8A 2FQIA 1H7WA 3EEGA 4FXSA 1EWEA 3W7IA 2E68A 4JDYA 1B9BA 1TTJA 2Q3OA 4RZ6A 1SZFA 3NPUA 3DFPA 4LVAA 1SW0A 1LLWA 4IPJA 3TH6A 1ZCOA 2FIQA 3M16A 3B06A 3Q94A 3T78A 1EPXA 3W86A 2X1UA 5CG7A 4JTLA 4DQWA 3HJZA 2QEZA 4HHPA 5E93A 1LBLA 2Z6JA 2A5HA 3NQCA 1KV5A 4JX4A 4PEKA 2G97A 2FLIA 3BARA 3UY7A 4ORMA 1DJQA 2TMDA 3L2IA 1Z48A 3O06A 1M6JA 3M9YA 4DF1A 4CQ8A 5DN1A 3I65A 1OVDA 4IQLA 2DZPA 1ZAJA 4O16A 3GKAA 2CWNA 4NUWA 4WXYA 5D32A 5AC7A 4JTJA 3BG3A 4CCCA 1DV7A 1XM3A 4ADTA 3M43A 2A0NA 3NQFA 4MY8A 1GWJA 2R94A 4CQ9A 2VOMA 5DY3A 3W1RA 1IF2A 1OF6A 1DQWA 3HG4A 5TBOA 2JBMA 3A5VA 3B4UA 1EB3A 4NX5A 3BLFA 3DI1A 4YCOA 3WK2A 3FS2A 1I2QA 1KFLA 1LLZA 2PRMA 3IGXA 3TXVA 4ZZ9A 3QF0A 5DBUA 1B4EA 5FEWA 5DCEA 4O52A 4KFNA 3CT7A 3LTYA 2C18A 3L0NA 4RR4A 3T7VA 2CLOA 3N2MA 3F4WA 3SY5A 2VENA 1PCKA 2QR6A 3G8EA 4O53A 1TPH1 2FB3A 3LBMA 1B4KA 3M5VA 4Y90A 1Y0EA 2J9XA 5AB3A 1RQHA 1ZY9A 3VE7A 4ZQOA 1AL8A 5K9DA 1F76A 2A85A 3WFAA 3STCA 3BGJA 3PG8A 3W1NA 4HIBA 3CHVA 4CNNA 5G1TA 4XQ6A 3BPWA 1MSSA 1H1YA 1H51A 1O94A 4JX5A 1ZJIA 2QAFA 4OV4A 1Q6LA 1TV7A 3NQAA 5LHEA 1YPFA 1VHCA 5LNUA 4S2BA 1QDSA 4JIPA 5F2GA 2ZZ7A 3QMRA 3NNTA 1JJKA 4M6QA 2I9EA 5G4EA 4Z1DA 3SW6A 5GVJA 3Q2DA 4ICNA 8TIMA 3OVQA 3WK3A 3EKZA 4MIMA 3TNOA 5LNRA 1TPB1 1JUKA 2C3ZA 4FX8A 3TROA 2CLKA 5U7SA 5D2TA 4Z1AA 4FHAA 5KZMA 3LCHA 2EKCA 2ZTJA 1Z42A 3LCLA 2QDGA 1OYBA 5AC8A 3CM4A 4LVDA 4AEOA 4UIOA 1G4SA 4HNNA 1SPQA 4O0KA 4FNPA 3PBWA 3UQNA 3MHGA 1TB3A 3W7EA 2E6YA 3G3DA 3PM6A 1P0NA 1OFDA 3C8FA 3HG2A 4OHQA 2UV8G 3NQ6A 3WJZA 2DZSA 1SZNA 4RXFA 2ZTKA 5AYZA 4O13A 2QCMA 4ZQRA 2GPTA 2J9ZA 3QYQA 2VFGA 3ZFHA 4JXCA 1T0OA 2A4AA 2BWGA 2FJKA 2ZYFA 4O57A 1LDCA 1SO4A 3O05A 3QEZA 3QSRA 1WYIA 2Y70A 4Z08A 3TQKA 5EMUA 3W1PA 2ZRWA 2ZDRA 2FTPA 3PG9A 3W75A 3C0JA 2A7NA 1TSIA 1J4EA 3N9SA 4L4MA 5J5RA 1ME9A 1RPXA 1XUZA 3CIXA 3TSMA 2ZZ2A 4Y96A 2Z1BA 3I7QA 1F74A 1DVJA 1G67A 4NNAA 3W1MA 3VKJA 3T4CA 3LDVA 3FLUA 1WV2A 1ZFJA 4FNUA 3HBLA 4JTTA 3GKFA 5KTLA 3AJXA 2Y63A 1H5YA 4QITA 3Q37A 1VH7A 2X30A 3G1SA 4RCXA 3B0UX 5D2XA 3G1HA 5FF0A 2NWRA 3P5YA 1IIHA 1NF0A 1RQEA 2YW3A 3M5ZA 5KZEA 4FXRA 3MHFA 4UMAA 3STGA 1YDNA 4O8RA 1VS1A 1KLYA 5AC6A 4UFIA 5D04C 2C13A 1FXPA 3L9CA 1GPWA 2P0OA 3FJ6A 4MFEA 2VC6A 2Z0IA 3GNDA 3G0XA 3S6DA 2DZVA 3M7WA 1IXNA 4BI6A 3W71A 1GG0A 3IVSA 4H3DA 5CPMA 4FIRA 1AG1O 1IXQA 1SO3A 3NL2A 3PS7A 4WX2A 3UWZA 4JYDA 1VCGA 1HG3A 1OYCA 2DZTA 1OFBA 4OT7A 4GUHA 3TC6A 1B3OA 3I7RA 2GOUA 3EX4A 3TQVA 2ISSA 3LHVA 4Z1BA 4N9BA 3O8AA 3PUEA 3EWXA 3M5XA 3NXFA 1QCWA 2A6LA 5K4ZA 2E5DA 3IGUA 2VFIA 5AN7A 1D9EA 4MKNA 1MZHA 4MZ1A 1LYXA 4O1CA 2EHHA 1BWKA 1K7XA 1KBJA 3IIVA 2DORA 1VLIA 3TFCA 3LHTA 4WUIA 1FXQA 2CLHA 1YYAA 2RFGA 3O15A 2Y88A 1KFEA 4AHOA 1VGAA 2VXNA 2C19A 4JIQA 1LM1A 2EF9A 3R12A 5FF4A 4O12A 4PFMA 3MI2A 1H7XA 5AOUA 3W72A 4JICA 4O19A 5I3FA 4LU0A 4NZFA 3RU6A 3P61A 5LNVA 4DELA 3UZ5A 2X1SA 1S3HA 3HGJA 2ATMA 4RZ5A 5A8GA 1ONRA 2BX7A 2X16A 4O17A 2NX9A 5D2YA 2HMCA 4AB4A 1PIIA 3CU2A 3BW4A 3BGGA 1F73A 3EWBX 4XUGA 4P2VA 4NXSA 1HFBA 1H63A 2FDSA 5HWNA 1SO5A 3R5EA 3RFAA 3P60A 4O28A 1DKWA 1I4NA 3MW7A 4POCA 1UBSA 1YTKA 5F2LA 2ABAA 1TIMA 1OFAA 2V0TA 1LOQA 2WSQA 2JKEA 2V2CA 1RR2A 1QPQA 2P10A 3DKLA 4E38A 2QCCA 3W83A 3WJWA 2A7RA 5K2ZA 4O1DA 1QPNA 2V8ZA 3KHJA 4Z0JA 4UTMA 3W1UA 1FWNA 1Q6OA 1FCVA 1FY6A 1LRNA 3B0VC 3NVTA 1LTDA 3JR2A 4FNQA 2QKFA 4TO8A 4TIMA 1ADOA 3IV3A 5LGZA 4X2RA 3QW4B 3U6WA 1FX6A 2Y61A 1X1OA 4BWLA 1SSDA 4JTIA 3IVUA 3IIZA 4XTDA 3LXAA 1VHNA 2DZXA 4UCGA 3TE9A 1VJIA 2BZNA 1TQXA 2PE4A 3O63A 2OX1A 3TMQA 2QAPA 3IEBA 1L6SA 2W0UA 4IPIA 5KZDA 3DU0A 1V7YA 3S1XA 1MXSA 3LV5A 4Y9AA 2ZFAA 1TTQA 3G3MA 2YXGA 4RX0A 1H61A 1VYSX 4WOQA 3I68A 4UTWA 3S5NA 4A3UA 1A5BA 1R46A 4PH6A 3DFTA 4LVGA 1OHLA 4FNRA 1A5SA 1QPRA 3NPWA 2QCGA 1G4TA 3DFQA 3T44A 5DCDA 3TJXA 4S1FA 1V5XA 4K7YA 1SO6A 3LERA 4O50A 3P81A 5H91A 2Y85A 5AHIA 3MYOA 3NDOA 2PURA 1JULA 4MYXA 1OFOA 1OK6A 3KVMA 2F84A 4IMEA 4OQVA 1OFEA 3SR7A 1W3IA 5D30A 4CQAA 1U5JA 3CQ0A 2RDTA 5C5YA 1H60A 4M6VA 3QMSA 1F6PA 2WV8A 2Q3RA 1FWTA 3C2FA 3O1NA 3PAJA 2R91A 3SGZA 4E2BA 3YPIA 2A7PA 3A23A 2ZZ3A 4UTKA 1SQ7A 1FCQA 1OF8A 5HULA 2TSYA 2ZQ0A 3LV6A 1TPEA 1DORA 1KM1A 2B0MA 5F2MA 3RLUA 4PTNA 3P80A 3C2EA 1MEHA 3MP5A 4FNSA 1GVRA 3PB0A 4N6EA 4XTIA 4UNLA 3NPXA 4NNCA 2VFFA 5I3GA 1GT8A 3SSJA 4NX0A 4R7JA 3GR8A 1KW1A 1PHQA 1DOSA 1W3TA 1JCMP 3H53A 3LHWA 3U8GA 3FYPA 4UR7A 3W7NA 2J27A 4Z0SA 4MYAA 2GVJA 3W1LA 2HSAA 2RH9A 4WY0F 4OU1A 4IJBA 1JCYA 5DXYA 3A21A 3UZJA 1UUOA 1TCDA 3GXNA 3DI0A 2V9DA 3LCXA 3WJXA 2R8WA 1S5WA 3W7KA 3KX6A 1W1ZA 2A21A 5D2WA 3TW7A 4QM1A 3MI3A 3QPZA 3GAYA 2QCHA 1FCBA 5F4SA 3UWUA 3D0CA 3PY2A 5DLCA 1O95A 1GZGA 3BW2A 4ZL1A 3P74A 5G5IA 4H4IA 1GOXA 2W6RA 1TRDA 4LS1A 3DBPA 4CCDA 2Z2UA 4YWIA 4AXKA 4AWSA 3DKJA 2B7QA 3HGOA 4XKYB 3LLFA 1U83A 1QFEA 5IBXA 3P67A 3NGJA 5A5WA 3UXAA 5CZTA 1IGSA 2E77A 2V30A 2ZZ1A 3KOFA 3GR7A 4RJEA 3O6YX 1TV8A 1NVMA 1W37A 3CWNA 1LZOA 4ONVA 3W7MA 2JGYA 2RHGA 2ATSA 1YXDA 1QO5A 3OEXA 4IX0A 5LNSA 3QW3A 4JD4A 2YZRA 4U4MA 1X7FA 2C14A 4FO4A 4LVBA 3F03K 4UTTC 3HGRA 4LTSA 1EIXA 3HPXA 3M6YA 2AAMA 3TC7A 2A6NA 1IIGA 4AWTA 5D02A 2B7PA 4IX2A 5HQEA 3W1XA 1UASA 1YXCA 3LLDA 3UD6A 3RMJA 3SGUA 3BO9A 3HB9A 4GJ1A 1O60A 1GG1A 5FEPA 4G1KA 2QCDB 2CFFA 4UFHA 3OIXA 1HO4A 4DEFA 1SFJA 5I3IA 4EIVA 3C2RA 1L6WA 2NLIA 3B04A 2CZDA 4GC4A 4NNBA 1FDJA 4K39A 4AHPA 2DZUA 2J6XA 2C15A 1QOPA 4GUGA 5I3HA 1KM4A 1Q3NA 4A2SA 4D2JA 2Y7GA 2DJLA 2ZRUA 3GAKA 3A24A 3CTLA 5EYWA 4EF8A 5F1UA 2YFNA 5ABTA 4UFLA 4MJZA 3C61A 3LI1A 4QIUA 3GVGA 3QC3A 4JDBA 4ZMGA 4M19A 1TMHA 7TIMA 2J9YA 4TMCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3LCLA

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