3LCL | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	122
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lclA00

3INPA 5K9CA 2YGYA 4AHPA 4HPJA 2Y7DA 1TPC1 2P1FA 5KINA 5I3GA 3W75A 3UWWA 1TQJA 3N19B 2V8ZA 4NJGA 3W87A 3CEUA 1WDWA 4O57A 1WX0A 3TR2A 1MEWA 3HF3A 3R12A 3TU9A 2A4AA 3GAYA 2DZPA 5DY2A 1S5WA 3P67A 3W1QA 2QUUA 1SZNA 3W3OA 2YFNA 3F1QA 5IBXA 4G1KA 2YYTA 1R30A 1KTNA 1F2JA 3IEBA 3BG9A 3A22A 3JS3A 3LV6A 3P74A 3MBDA 2QDHA 4XZ9A 2OT1A 4UMBA 3UQNA 3TXVA 3G1XA 3NM3A 4DO4A 4PFMA 2C13A 4K8HA 4O17A 4FNQA 3P62A 1FDYA 3HGSA 1SO6A 3UYCA 3FKKA 4DBDA 1E51A 4RKAA 1I2PA 2A7NA 2QCDB 3BV4A 3DFTA 4MOZA 1I2QA 2R8WA 2QCLA 1KLZA 1JCLA 1DQWA 2DJXA 4IX2A 2OMAA 3N2MA 3ABOA 2H8XA 1KFKA 1JCXA 1RD5A 1TPH1 3G8EA 1TTQA 5D37A 3TQ0A 2KZHA 1W31A 5DY3A 3N14A 1S5TA 4CNOA 2E77A 1OX6A 4GBUA 2YYUA 1NSJA 4J9JA 2XN1A 5L9FA 3G18A 5E0KA 5IM51 1XM3A 3E9AA 2OZ0A 5F2GA 2OJPA 4CCDA 4QQ3A 1A50A 3O1NA 1FWTA 2B7OA 2G5WA 4MY9A 3T44A 1W3NA 1F6PA 2Q8LA 3L2IA 3R89A 3W7PA 1QO2A 1X1OA 4CCCA 2CU0A 5AHIA 3PF3A 4MVAA 1CI1A 1EIXA 1FCQA 1XBZA 4O52A 3F4WA 4UCGA 4AHOA 4C1KA 4KKXA 4DQWA 5LZLA 5GVJA 3S5OA 3W2NA 3DXIA 2E1DA 3DAQA 3C2VA 3W86A 2C19A 3GLCA 4GC4A 3PG8A 1JRCA 4NX0A 3GNNA 1NEYA 3HGRA 8TIMA 3LHYA 4IMEA 4MZ8A 5A5WA 3W2LA 1ZAJA 4P2VA 2ALDA 3QPYA 3E12A 1ICPA 3W7MA 1NF7A 4AF0A 3R2GA 1OFBA 4D2JA 3CWOX 1OF6A 3KX6A 4HNTA 3NA8A 3M0ZA 1QWGA 1W5OA 3NQ6A 1T0OA 2DZVA 2VFGA 4AVFA 1P0KA 3LI0A 4K7VA 1K03A 1YTKA 3T40A 1VCFA 2FB3A 3U6WA 3B0UX 2VFHA 3EKZA 3SIZA 2P10A 1CX9A 1OFRA 2TRSA 4JTFA 2GJNA 3LBCA 1KM3A 4ZZ9A 1GZGA 4RXFA 3TFCA 4FXSA 2NLIA 3LI1A 4LNYA 4PA8A 3QQ0A 1VLWA 1XBVA 3P7YA 2B4GA 4LRSA 3GDTA 4AXKA 3HPSA 1TB3A 3P61A 2Y61A 3G1DA 5BRBA 4XBKA 4NQ1A 2Q3RA 1XFBA 5BOOA 3TC7A 3MHUA 2ZTKA 5EY5A 1G69A 4MZYA 1DKWA 3EWWA 1TPVA 1QPNA 1QNVA 3G1YA 5D2WA 2V5LA 1JCMP 1TO3A 2DP3A 4MY8A 1O4UA 5HNRA 1ME7A 5HR7A 2ZA3A 5HJLA 1I2OA 2EF9A 4AWUA 2E6AA 4E2DA 3LGEA 1O60A 1OABA 2A2IA 3G0XA 1IIHA 3DHDA 2JGQA 3CTLA 3H53A 4JTTA 1GTHA 1KM5A 4LVBA 3S42A 4A2SA 1QOPA 4UFJA 1LBFA 3HG5A 5KITA 1KTBA 5D04C 4HKPA 2HS8A 2CZDA 4PCFA 3TQKA 3L67A 4UMCA 4WOZA 4MFDA 1TPDA 3IGXA 3PBYA 1SZFA 2PCQA 4BI5A 5EPDA 1D3HA 1OVDA 1F73A 2A7RA 1YDNA 4LT9A 4OHQA 1HUVA 3GXNA 2D73A 1K8YA 4Q32A 5E93A 1KTCA 2V2HA 1ZAHA 3W74A 3W23A 3W7JA 2FJKA 1AW2A 1SPQA 2NUXA 3NL2A 2Z0IA 1GT8A 3NO5A 1DJQA 3O6YX 1GPWA 1FUYA 1H50A 2YW3A 3IIVA 3LXCA 1RR2A 4GUIA 1UBSA 5DCDA 4IX0A 3M6YA 3PAJA 1EUAA 1TYGA 5LHEA 1B57A 3E96A 2GVLA 3UD6A 3W22A 1EX5A 4I7VA 1LORA 2V2DA 4GNJA 1XDLA 1LLZA 2G97A 5HWMA 5CSRA 2FB2A 3R8RA 4K8EA 4O54A 4OV9A 1R2RA 1TJPA 4N4QA 2NWRA 3W73A 2WV8A 2BSLA 4UTUA 5TQLA 4EWND 1U83A 1LOQA 4N9CA 3P5ZA 3W7KA 5LKYA 3IVUA 2ZYFA 3IIPA 4MJZA 3KRUA 3N9SA 1JJKA 3THQA 3MI2A 4AH7A 2CLHA 1VYSX 4EIVA 4A2RA 3STFA 2GPTA 2VEMA 3LCGA 3DKJA 2A1YA 3LCLA 3HB9A 3GNDA 4KFPA 5KZDA 3P8JA 4HT3A 1F5ZA 4NJJA 1X6UA 3CLMA 4W9TA 5EA9A 1AL7A 3W1UA 4LUIA 1K7XA 1F76A 3ZR4A 3CU2A 3TE9A 3CPRA 3LOTA 2Z6IA 3W7DA 3BO9A 4LTSA 2X1SA 3M1ZA 5AOUA 2GQ9A 2QCEA 1OX5A 2VENA 1IF2A 4ZQMA 4RXGA 3QSRA 5G1TA 1GVSA 2Y70A 3PY2A 3NOEA 4OV4A 3QYQA 3DI1A 1OJXA 5C6MA 3T78A 4JDBA 5FEPA 2RHGA 3HO8A 1YXDA 3FOKA 3MJYA 4O13A 4OBTA 3A24A 1SQ7A 1D3GA 4JTJA 2CLLA 1SO3A 4NJHA 4UUIA 1RQEA 3LTPA 2BLEA 1Z44A 1AL8A 3OBKA 3S9YA 1GEQA 1TPB1 3LDVA 4O50A 4NZFA 3RFAA 3VI2A 2X2GA 5CPMA 1TRDA 3W70A 1B4EA 1VQTA 2C16A 4GRSA 1L9WA 4IMDA 4RK8A 3S0CA 1DOSA 1IIGA 3P81A 4O1AA 3OEXA 3W7GA 4TMCA 1SW7A 2ZZ4A 4WJEA 1XC4A 4NNBA 1KFEA 3MYOA 2WO5A 4DEFA 3HGJA 4GUGA 4RR4A 2DZWA 3P82A 1BKSA 4K38A 4FIQA 5CG7A 1H7NA 2JKPA 5AHLA 4MFEA 4LVAA 3QMTA 5A8GA 3PC0A 3W7RA 1H7WA 2Z6JA 4JYDA 4GWEA 2A21A 3B0VC 2TPSA 3B04A 2E09A 4FHAA 1JR1A 4RLIA 1FXPA 4POCA 1TTIA 3PVFA 4DBEA 2HSAA 4M7SA 1WAUA 3W84A 2Q3OA 5K9XA 2VEIA 3UY7A 4H6KA 4JDYA 1Q6QA 3VE7A 4JR5A 3TQVA 3NAVA 4FIRA 4O1DA 1H1YA 3G0SA 3W9ZA 3LM7A 4RJEA 1CW2A 4NNCA 2FLIA 2E68A 2B7PA 3NQ8A 1SO5A 3OVQA 3L21A 1GG1A 5HULA 3LHWA 4MLRA 2CLKA 3NQMA 3O8AA 3C2FA 2QEZA 4ICNA 1PCWA 4ONVA 1G6CA 3LHZA 1WQ5A 3H54A 2WNQA 3EWZA 1HO4A 1OF8A 3G0UA 2RDUA 3SJ3A 3B4UA 4WZHA 1YYAA 3WJYA 3PUOA 4DPQA 3T4CA 2CW6A 1P1XA 5C2XA 3NXFA 2NXHA 4QNWA 5E1QA 2ZRWA 3BLFA 3IIXA 5DCEA 5G2IA 3CIWA 3BARA 2P0OA 3PWAA 3QH2A 4YL2A 5F2MA 3TSDA 4OQVA 3UNDA 4MIMA 4OE7A 4S2BA 3S5NA 2VELA 2DZSA 1WA3A 3ATYA 3ABSA 3TFXA 1JULA 1VJIA 2Y6ZA 2QCHA 3QMRA 2RH9A 2ATMA 3DZ1A 3UZ5A 2BZNA 1GVOA 4UFLA 3CB8A 4IXXA 4OWGA 4Q4KA 1LYXA 4CNNA 1ALDA 2RFGA 5D2XA 3MYPA 4AB4A 1L6WA 3WK0A 4U4MA 3DFNA 4IMCA 4JN6A 2WSQA 1QAPA 1JVNA 4ALDA 5I3FA 3NR0A 2ZRXA 4R53A 2W0UA 2I9EA 4UTWC 3NPWA 3TSBA 1UUOA 3BW2A 1KV5A 2V82A 3FS2A 4FX6M 4O0ZA 1T99A 1F74A 4JX5A 4XBSA 3W1TA 5J5RA 3OVPA 5L6UA 3KVJA 4YXGA 4LUJA 1AG1O 3MHFA 5AHFA 2QCGA 5CZSA 4GUJA 1G67A 1V5XA 4HSOA 1IGSA 2QUVA 4WY0B 1BWLA 3LCWA 3G1AA 3IIZA 4X2RA 2CZFA 1ADOA 2C6QA 3EX6A 2DZTA 4YWIA 1I45A 3TMLA 4JTUA 5DN1A 5LGZA 3G22A 4O8RA 4K39A 3GXPA 4UNKA 4UFIA 1FCBA 3P8IA 5C5YA 3RLVA 1QPOA 3STGA 2A85A 3LCXA 4UTWA 1I8JA 3M5XA 1HO1A 1TTPA 2TYSA 2Y62A 3LHTA 3QQ1A 1VHNA 3M16A 2JKAA 2FPVA 4DF1A 2ISSA 4ADUA 4HNVA 2GQ8A 6TIMA 1K8XA 1WOAA 4WXYA 3G1FA 3TH6A 4ADSA 5CPNA 1VYPX 1W3IA 1XDMA 2F7FA 3KVLA 1LRQA 3P80A 3C52A 1RV8A 5BNKA 4LY8A 2WSYA 3DFPA 1ZCOA 1KBJA 3PUEA 1Q6OA 1FDJA 4JIPA 4DF2A 4IPIA 1LDCA 2DZXA 3D0CA 5LNUA 1YDOA 5G4EA 1TV8A 3MHGA 5I3HA 1FX6A 2YX0A 4O11A 4O14A 1H63A 4UNLA 3CT7A 3M9YA 1ICSA 2CLIA 1W5QA 3EWYA 1RQHA 3N34A 4Z08A 3W1XA 1S3HA 4R33A 3S1XA 5U4NA 1JRBA 3ABQA 3BG3A 2WJZA 3KVKA 4JY8A 2GVGA 1Z48A 2DZUA 2H6RA 4K37A 4YCPA 4NNAA 5DCBA 1UB3A 4N9DA 4ZQNA 1JQXA 4IPJA 2PRHA 2YW4A 2B0MA 3NPVA 2BX7A 3G3DA 1ZJIA 4FEZA 2Y85A 3NL3A 2NXIA 3W76A 1XL9A 2Q8ZA 3IVSA 3L0NA 3BW4A 5D2TA 4TX9A 4KWWA 5FF0A 1TCDA 4UR8A 3O05A 3SGUA 2R94A 1GVRA 4MLJA 1LTDA 3EWXA 3M44A 4GE8A 1W5MA 3W6YA 5D2VA 3GDKA 5LNRA 1PCKA 4OU1A 3AO0A 3W07A 2I14A 3PB2A 2NZLA 4ADTA 3LX9A 1AMKA 5G2WA 4FO4A 5KZMA 3C6CA 4HNNA 3RNDA 3WK2A 2J9YA 2Y7GA 4JTSA 1O94A 3TSMA 2B7QA 1LZOA 1A5SA 1GWJA 4IGHA 1LRTA 5LNSA 3LCIA 3E49A 3E0IA 3T7VA 2YPIA 2E5DA 3QW3A 3LLFA 5LSMA 2Y7EA 1A5AA 5FF2A 3C8FA 3TKFA 3SI9A 2Y7FA 3NYZA 4OT7A 2PE4A 4QJ1A 1H7RA 1QO5A 3UY8A 1NF0A 4IMFA 1W0MA 4UTMA 3HG3A 5CZJA 1FWWA 1GQNA 2JGYA 3GK0A 1YADA 2CZ5A 5CPOA 5AYYA 2TMDA 4L4MA 3STEA 3MMTA 1XBXA 3DENA 4IJBA 1PE1A 3MUXA 1K7FA 3KFTA 2FPTA 2C1HA 2VFEA 2CFFA 4UMAA 1KLYA 4JX4A 3PR2A 3PB0A 3PS7A 1GVQA 4JTHA 2IQTA 2QUTA 4O1CA 4IWWA 2C0AA 1DQXA 3TA6A 3TIMA 2DU2A 5AC6A 2EKCA 2YFOA 3V75A 3DBPA 5DBTA 1Q3NA 1UUMA 3O6DA 3W72A 1FDZA 3TW7A 1DBTA 1H51A 4M19A 2V0TA 3DI0A 1OX4B 4PH6A 1AW1A 3EX1A 1SSDA 5F2IA 1YDVA 1EP1A 4BI7A 4BWLA 1GYNA 2VEPA 3HIJA 2J24A 4PL1A 1PL9A 1OFAA 4TU1A 3UZJA 3IVTA 1YXYA 3O15A 1OG0A 3EXSA 4PL2A 4FB7A 3BK0A 3S5ZA 4UXDA 2ZFAA 3UWQA 5H91A 2NUWA 3TXZA 4LV9A 5AN7A 5KMYA 4ORIA 1B4KA 3VKJA 3LLDA 2VFDA 3ZWTA 3OG3A 2A0NA 1VYRA 1H7XA 1LP6A 3FJ6A 3HBLA 3SZ8A 4DO6A 5KTLA 5LNWA 4A3UA 1SUXA 1GVFA 4JY9A 1J5TA 1K3UA 3STCA 1HTIA 1SSGA 5D30A 5G1YA 2WPBA 3BG5A 2GJLA 3OHIA 3G24A 1SFJA 4LVDA 5BMWA 3BW3A 1Q45A 2B7NA 2E5BA 3I7SA 4BFAA 3ATZA 2AGKA 2LLEA 4N2YA 3RU6A 3LRKA 2GVJA 1M6JA 4NXKA 1WXJA 1K8ZA 4JXCA 3N3MA 4S1FA 3NDOA 1HG3A 1LROA 3LB0A 3NQ2A 3W7HA 3P84A 5TBOA 3Q2DA 5KZEA 2VKZG 1AK5A 1ZAIA 1W3TA 3LERA 1GJPA 1TREA 3DGRA 3L9CA 3HPXA 1FCUA 4S2CA 2QF7A 4AEOA 2VEKA 3LXAA 5AHEA 3W83A 2EPHA 4AMAA 3L0KA 2J27A 5J5DA 3QC3A 3U2OA 4LVGA 3HOJA 2ISWA 5C54A 3HG2A 2QJIA 1FY6A 1A53A 4FNUA 4L4LA 1EPXA 2I1OA 1OFOA 2FTPA 4IOTA 2WSRA 1M7PA 1OHLA 1TPUA 2CLEA 1RPXA 5I3JA 3G3MA 4Z0JA 3W7OA 4LRTA 2JBMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCLA

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