3LCL | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	122
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lclA00

2CLKA 3GK0A 3M0ZA 1SZNA 1P1XA 5E1QA 3HG3A 5C55A 4IMEA 1N55A 4IMGA 4AF0B 1HUVA 1VLWA 2ISWA 3DFSA 3QQ0A 2EAWA 2EKCA 4U4MA 4DPPA 3GDTA 2DJLA 4NUWA 3NL2A 1OF8A 2Y7FA 3DBPA 1UASA 2JK2A 2OT0A 4UNKA 2TRSA 1LRTA 2E09A 1YLVA 2P0OA 3LXAA 3TQVA 3VKJA 2VXNA 1WX0A 4X9SA 2NWRA 1PCWA 2R91A 4RZ6A 4WZHA 1GYNA 4ORIA 3NR0A 4JDYA 1IF2A 1ZCOA 4M19A 4RZ4A 1RV8A 3W2NA 5MHBA 1ONRA 1O94A 1RR2A 3W88A 2YW3A 1WXJA 1OABA 3O63A 3W83A 3L0GA 1DQXA 2VENA 3FYOA 4N9EA 3QJAA 4Y90A 3P5ZA 4JTGA 4OGZA 4M6PA 2C6QA 4NXKA 1Z41A 2AGKA 3IGUA 1DL3A 2ZRWA 4UFMA 4AWSA 1V7YA 4QITA 5DLCA 3O05A 3M7WA 1NSJA 4POCA 1SZFA 2ZBTA 1L6YA 4ZZ9A 1LOSA 2ZZ2A 2QCGA 4XBKA 4M7SA 3JR2A 3DKJA 4OWGA 1D9EA 1M6JA 4Q4KA 5HWMA 5EA9A 3G1SA 3PBVA 4I7UA 3TC6A 4MFEA 3TFXA 2QUUA 2VEKA 4RXFA 3DU0A 1PE1A 1TJRA 1GZGA 4LNYA 4O19A 1R47A 3KFTA 1XBZA 3SSJA 1GEQA 3QMSA 4ADUA 2GVJA 2Y61A 3UWYA 2NUYA 2ZQ0A 4K8HA 2JKPA 5TBOA 3LI1A 2C3ZA 3MHUA 3PUOA 3GXPA 4GUIA 1H1ZA 4YWIA 2VFIA 1EUAA 1LTDA 2H8XA 5EL1A 3W7LA 3THQA 4LS1A 1TTPA 4JY8A 1QO5A 4X2RA 4JY9A 3ABSA 3W7KA 3W86A 3KVMA 3P8IA 4K36A 4EWND 3K30A 3MMTA 2G97A 3TKFA 4Z1AA 5AC7A 1OX5A 1QPNA 1LLWA 2F7FA 5TQLA 2QCDB 4JTSA 3RF9A 4GWEA 1VYSX 1GT8A 4OV4A 5EKYA 2A2IA 2Z6JA 5GVJA 3NQDA 5C6MA 2XFWA 2QCEA 5D33A 5LHFA 1TPVA 4UTHA 1VCGA 2HSAA 4WXZA 3TQKA 4LY8A 4CNPA 1CW2A 3NL6A 4PA8A 3UWWA 5K3VA 1HFBA 2NUWA 2ZCGA 1JRBA 4HNNA 4MZ1A 3KRUA 3LXCA 3M5XA 2OMAA 5F1VA 4S1FA 1MSSA 3LHWA 1VPXA 1QCWA 3GDKA 1JQXA 3HIJA 4AH7A 1NAL1 1NF0A 3NQGA 3C2RA 1SO4A 3GX9A 4PH6A 4N4PA 2CLMA 4DO6A 1W5MA 1UCWA 2I9EA 3B8DA 1KA9F 1TYGA 3UWQA 5D02A 3EX6A 3S1WA 3T7VA 1SR9A 1U5JA 1TREA 5BW6A 3G22A 2NLIA 4TR9A 5D2TA 3UY7A 2VEMA 5KTLA 4HHPA 6ALDA 3FKRA 1I45A 2Y85A 3NZRA 5IM51 5E0KA 5DN1A 3TUUA 4JTKA 5F2MA 3TW6A 4H4IA 2EF9A 3BLEA 3M47A 2J88A 3W9ZA 1EWDA 5D2YA 3EEGA 1FCBA 1XKYA 5L9FA 3M16A 2ALDA 3SJ3A 3MYPA 2DORA 3IVSA 4UTWA 4NX5A 3O6YX 3L65A 2A7NA 1XDMA 3BW3A 3EXTA 4UCGA 5L6UA 4IMFA 4QIUA 3SECA 5AHIA 1KV8A 3FLUA 3LCXA 3G8EA 4XKYA 2HS8A 1QWGA 3MP3A 2AQWA 3F4NA 2QR6A 4XBSA 1AW5A 2BWGA 3GZ3A 1TPDA 2Q3RA 4PODA 4UTTC 3TA6A 1OFAA 4N2YA 4UTMA 1H7PA 2NXHA 1QOQA 4ZL1A 1QPRA 1N8FA 5K7JA 3BARA 1QNVA 1OK4A 2A1YA 2V0TA 2UV8G 1FCQA 3QF0A 5LSMA 4S2BA 2WSYA 3DHDA 1G4TA 2E5CA 4PFMA 5D32A 4JYDA 1H7RA 1G69A 1MXSA 3PBYA 3G18A 1W1ZA 3MI3A 3LRLA 3TU9A 3SY5A 3U8GA 2X2GA 1IGSA 2TMDA 3OVQA 4N9DA 5D2WA 1IXQA 2H6RA 3C2OA 2D73A 3QC3A 4GNJA 5DXXA 4EF9A 5KZMA 1OFBA 5FF4A 3W7OA 1PCKA 2GQAA 4Z08A 4NNCA 4AVFA 2V81A 4D2JA 1YDVA 3EWYA 1FDJA 4YXGA 2RDTA 4LUIA 3IVUA 4UMAA 3W1RA 1TPB1 2QF7A 1ZY9A 3I7SA 4IMCA 4K7YA 3TJXA 3MP4A 4O12A 3GDMA 4DPQA 4UTIA 1F2JA 1LBMA 2A4AA 2ZRZA 1T0OA 1LOQA 1DOSA 5I3JA 4ZQRA 4C1LA 2YYTA 3STFA 1MEWA 3KHJA 1KBJA 4FNPA 4H3DA 1VCVA 5LNSA 1NVMA 3LHZA 4LTSA 1YXDA 3USBA 4ORMA 4WOZA 1SZEA 4GUHA 2WSRA 4AXKA 4JTIA 4FEZA 4MUZA 4EF8A 1VYRA 3HG2A 3OHIA 3W7JA 2PRMA 2PE4A 3GXTA 4JR5A 3R12A 3DFTA 4WY0A 3W84A 3RNDA 4CNOA 2VEIA 2VFHA 5K9DA 3NPWA 4O1CA 3TAKA 1HTIA 3P80A 1C8VA 3NA8A 1H7NA 1VQTA 3NPUA 3QFEA 4UUIA 1R46A 3TROA 4PCFA 1GTHA 3G3DA 5CSRA 1LRNA 3NDOA 2GQ9A 3OIXA 3TJLA 4Z1DA 2VELA 3C2EA 3LHUA 1OFQA 1H51A 1FWSA 3PULA 4WD0A 3S6DA 1TO3A 4MZYA 4KFNA 1LLZA 1YDOA 3UXDA 4K8EA 4CCCA 1FWWA 1KM5A 1JCYA 3IIVA 1QAPA 3IEBA 1QFEA 2A6LA 5HUOA 2NXGA 3VE7A 2G96A 2BZNA 3B04A 4O14A 1W3IA 4IMDA 2Z6IA 3C2FA 2ZZ3A 1W0MA 3QQ1A 3W7QA 2YFNA 4JX4A 4IUOA 1DHPA 4E2BA 4N02A 3LGEA 4ZVJA 4HPXA 5D30A 1DVJA 4ZQMA 1O95A 2FPTA 4IX2A 1TPUA 1ADOA 2QCCA 2E77A 4GXMA 4QQ3A 2J9ZA 2LLEA 5K9CA 5FEPA 4LUJA 2RDUA 1XFBA 4YLWA 2GQ8A 5LNWA 4OT7A 1GYLA 4LS0A 5F1UA 5J5RA 1B9BA 3LXBA 5F4XA 4A2RA 5BNKA 1FY6A 4JTHA 3GLCA 3PSWA 1OX4B 5LNRA 2ABAA 3W71A 1JJKA 3NAVA 5CKSA 1I2RA 2ABBA 3R8RA 2VFDA 3W1PA 1TPEA 1HL2A 3RU6A 4CQ9A 2AAMA 3W1LA 4ZQNA 1JRCA 5CZTA 5I3HA 1VH7A 3OVPA 2Y70A 4JYFA 2NV1A 4OU1A 2JGYA 1SQ7A 1AL7A 3BG5A 4M7TA 2QCMA 3C3NA 1YADA 4WQ6A 1AL8A 3EWWA 5CPLA 4JTTA 3STEA 4FX7A 5HWJA 1OYBA 4O16A 3UZ5A 3NQVA 3IIPA 4OE7A 1TPH1 3A24A 1O5XA 2NXIA 3S42A 3W76A 3QEZA 3GVGA 1P0NA 3R5EA 1EP3A 2ZTJA 3L2IA 4B5NA 5BRBA 2WV8A 4U28A 3T4CA 2CWNA 1VLIA 3EX3A 1TQXA 3G1XA 5KINA 5HNRA 3CU2A 3IV3A 2RH9A 1AW1A 5CPNA 1SSDA 3LHYA 1LORA 3UYCA 3QSTA 3M5YA 4HNUA 4LRTA 3S1VA 3IGSA 2E6AA 4HKPA 3IIOA 4Y6GA 4O1BA 3CWOX 3TC7A 4WUIA 3W7RA 1Z42A 3JRKA 1XBYA 1TB3A 3VCRA 3CPRA 3W7MA 4NQ1A 1W5QA 1ML1A 5HR7A 1DJQA 5D2XA 2QCHA 3DXIA 4TU1A 3P67A 2J27A 1VYPX 1ZNNA 4UMCA 3MWAA 2Y88A 4BFAA 4ONVA 5I3FA 1H63A 4HPJA 3S5OA 1FX6A 3G1FA 2W0UA 1E51A 1H61A 4HSNA 1K02A 2NX3A 1L6WA 1TMHA 4LVBA 3B05A 1D3HA 2NX1A 3MW7A 4UMBA 3ABQA 3BV4A 3C4UA 3W3OA 4AMAA 4QJ1A 4EOUA 3NQFA 3WJWA 3W70A 5DXYA 3QRHA 2W6RA 3W7NA 4AWUA 3I7QA 1FDZA 5I3KA 3RK8A 1G7UA 4MZ8A 2Q3OA 5F4WA 2A7PA 1W5PA 2C15A 3TV8A 1EP2A 1G67A 2DP3A 3MBFA 3PSVA 3SZ8A 1VCFA 3TMQA 2PC4A 4GUJA 4O10A 1XI3A 1OYCA 5FI8A 5CSSA 2YZRA 1XDLA 4CCDA 1TSIA 3BO9A 3CEPA 5G2WA 3B0VC 1K8ZA 1QR7A 2YW4A 3NXFA 2ISSA 4CCEA 4DBDA 2G5WA 3MJYA 4BWLA 4UFHA 4JDBA 4Q32A 3A23A 4RKAA 1KM1A 1NEYA 2J9XA 3DZ1A 2DZWA 3A9IA 3NQCA 1MZHA 2QAFA 4HNTA 2VFFA 3RLUA 3N14A 3LERA 3PG8A 2WJZA 4YMZA 5HINA 3VI2A 5EMUA 1XUZA 8TIMA 1H1YA 3M5ZA 3UNDA 3LDVA 1F74A 4A22A 2VC6A 3ZR4A 2ZTKA 3FJLA 1OFRA 1R2SA 3O16A 1H7XA 1SW7A 5G1YA 2CZ5A 3M44A 2YSWA 4IOTA 1RD5A 3CM4A 1WBHA 2FDSA 1EUNA 1OVDA 4GRSA 3NL3A 3C56A 1G7VA 3GKAA 4X3ZA 3THAA 2BXVA 1FCUA 4MYXA 3G1DA 5T26A 2NWSA 3QPZA 1W3NA 2Y7GA 4BK9A 1A5BA 1FUYA 4O18A 4E38A 1I2NA 5AOUA 2X30A 3MI2A 3O6DA 3MYOA 1XM3A 3W7HA 1YPIA 3GXNA 3HGSA 5D04C 1ZAHA 1H62A 3N34A 3NYZA 1XXXA 5C5YA 1X6UA 2A7RA 3L21A 1TIMA 4GFSA 3NZ1A 2ZZ7A 4UR8A 3P5YA 3PBUA 1F05A 1HG3A 1QPOA 1XL9A 5EYWA 4O1DA 1X7FA 1F6PA 3DENA 3WFAA 1TRDA 2DZXA 4O4VA 1J4EA 1Q3NA 3RFAA 2FFCA 3U6WA 4ZMGA 3STGA 5H91A 1YXYA 3NQEA 4GUGA 4UNLA 4H6KA 4XTDA 3S1UA 2CU0A 5FF3A 2JKEA 1P4CA 1EX5A 2CLIA 2DZVA 1R2TA 3TNOA 3LCGA 1ZFJA 1X1OA 4TX9A 3KRSA 5AHEA 1WDWA 4TO8A 5K9XA 3UZJA 3IVTA 3W72A 3SGZA 1QMLA 2A85A 2FJKA 4UR7A 2CZEA 4HSOA 1W54A 3G3MA 4OQVA 4RV8A 5KSWA 2ZA2A 4LC6A 1Z48A 3B03A 3C8FA 5CGQA 3BPWA 1THFD 4PTNA 2A6NA 3N2MA 4K6AA 3LBCA 1XCFA 3W6YA 4FNTA 3VFLA 1WYIA 3P8JA 4NZFA 2H3BA 4NJJA 2X16A 5J5DA 1W37A 3CLMA 3LCHA 4BI7A 3IGXA 2ZRUA 1KTBA 2YDAA 4L4LA 3ZFHA 4JGDA 3L9CA 4O1AA 1OFEA 4AHPA 3L0NA 4S2CA 4UIOA 3OG3A 3TSBA 1J5TA 2BSLA 1M7PA 2NUXA 3BLFA 1IIHA 2B7PA 5LKYA 1HO4A 3DFQA 3BGGA 3FYPA 2YR1A 1GVFA 3W2MA 1LRQA 4CQ8A 3L68A 3KVLA 3LRKA 4LV4A 1L2UA 4NNAA 5D05A 5A8GA 3HJZA 3W1AA 2FLIA 4PC8A 4CLMA 3EWXA 5SWUA 4BI5A 4XQ6A 4JTJA 1K7XA 4MY8A 1TQJA 2B0MA 3NM3A 3H55A 4O50A 5DY3A 1G6CA 1S5TA 1KV5A 2QUVA 4AHQA 3SIZA 3E96A 2DZUA 1K7FA 2WSQA 1JCJA 4JTFA 1A5AA 5BOOA 4HNVA 5G5IA 4P2VA 4OBTA 4YL2A 2CFFA 3HGOA 4QAIA 1KM0A 3VE9A 3EKLA 2JGQA 1TV7A 4ALDA 4N4QA 1KFJA 3TIMA 2BLEA 1LCOA 1MO0A 4KFOA 3N9SA 5AHFA 4JXCA 2EGZA 3M1ZA 4IXHA 2PRLA 2O7QA 2FB2A 2GJNA 1TV8A 3EX1A 4UC5A 1A5SA 4UTLA 4AB4A 3A5VA 5DBTA 3EWUA 3P61A 2R14A 1ZHAA 1EWEA 4Z0JA 1MEIA 3MHFA 5DBUA 3DFPA 4Y9AA 4MFDA 3BG3A 1FWTA 1PL9A 2VFGA 2OZ0A 4IXXA 4JX5A 4DELA 5D03A 3P84A 1JVNA 4A21A 5IBXC 4X22A 2E6FA 3E49A 3STCA 5I3IA 2F84A 3LI0A 4AWTA 4JS3A 3W73A 5ABTA 1Z44A 2QJGA 4RR4A 2HMCA 1SO3A 1O4UA 1KM2A 4FHAA 5DY2A 3WK1A 4LS2A 1SO5A 4RK8A 4QM1A 3PS7A 3OVRA 2B4GA 5CZSA 2P1FA 4NXSA 2A0NA 1H50A 2EPHA 1NF7A 3A22A 1DBTA 3KOFA 4FB7A 2J24A 2R8WA 4DQWA 1UJPA 3QZEA 4J9JA 4Y96A 2PRHA 3CTLA 4FXRA 3QYQA 1SSGA 2YXGA 2QJHA 3NGJA 4FNUA 3NPVA 2TPSA 2V5LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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