3LCLA

The d-sialic acid aldolase mutant v251i/v265i
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 122
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lclA00
5BMXA 5D2XA 5KSWA 3C2RA 3C8FA 4RCXA 4UNLA 5EYWA 3W2MA 3VE7A 3ZFHA 4RR4A 2DU2A 2Z0IA 3G1YA 1OVDA 3W7OA 5GVJA 1XKYA 3NEVA 5FI8A 1I2NA 3Q37A 3B0UX 4A29A 5HWNA 2BZNA 1ICPA 4AAJA 5HUOA 3IIXA 3GXPA 1SW7A 5BRBA 3P7YA 4YMZA 3TQ0A 1KM2A 2CFFA 2VEPA 2WSYA 1SPQA 4O15A 4PEKA 1Q6RA 2E6DA 2OZ0A 3NQAA 3PG9A 4K8EA 2XN0A 1W0MA 2ISVA 1AW5A 1XBXA 1MEHA 3PUOA 3I68A 5F4XA 2FQIA 3LCWA 1GVSA 5C54A 5I3HA 4QSHA 4FO4A 3W70A 2VC6A 2JGYA 1QDSA 1BEUA 3NQDA 1TO3A 1N55A 4JX6A 4JD4A 1VGAA 3HJZA 4UTKA 1CW2A 1K03A 4GUGA 5U4NA 1DL3A 1VYSX 3OVQA 3GNDA 3P60A 3TIMA 4UTJA 4GE8A 4NNBA 3F4NA 2OX1A 4WZHA 4DEFA 5K4XA 1NVMA 2GVGA 3BG5A 3A24A 3GR8A 3UPBA 4MJZA 3UZ5A 1OFBA 3L0NA 1AW1A 2VELA 2NX1A 1ZNNA 3DKJA 3HB9A 3LHZA 3GDTA 4Y9AA 2ZDRA 2R8WA 4QM1A 4HSNA 2C6QA 3A5VA 4UFMA 4AVFA 2H3DA 2TPSA 2QCLA 3IGXA 3STCA 3O6YX 4TO8A 3LBCA 3EEGA 3B04A 2R94A 1LOLA 5D04C 4E2BA 1LRNA 3W7QA 1R2SA 1W5NA 1K02A 1FQ0A 5LNRA 3NGJA 2Y63A 4AWUA 3EX3A 3C2FA 1VLIA 5ABTA 3W1UA 4K7VA 5SWUA 4WJEA 2WV8A 3IGSA 5G1YA 1VHCA 4JNMA 1X1ZA 3MI6A 3GR7A 1R30A 3VI2A 3FYOA 2ZZ1A 1ICQA 2VKZG 3MI3A 3GXNA 3DFSA 4FXSA 3BW3A 2P1FA 1R47A 3DU0A 5FEXA 5AN7A 5FEPA 3OVPA 2QCEA 3STEA 2YFNA 3PBVA 4OHQA 5L6UA 1I4NA 4ZQMA 2YW3A 1JQVA 5K9XA 1IIGA 2ALDA 1P0NA 1L6SA 3N34A 4GRSA 4LUIA 4XUGA 3UY7A 5HUPA 1K3UA 5DY3A 3MP4A 2X1SA 2YYTA 3C2VA 1QOPA 3FEMA 4MZ1A 1WYIA 2YCEA 4NJJA 3TCEA 3CEUA 1J2WA 4MFEA 1L2UA 1LBFA 1G7UA 3EX4A 5FF0A 2Z2UA 3P5ZA 2O7SA 1NFBA 3DENA 3LLDA 4GC4A 1LYXA 3TW6A 4ADUA 2GPTA 3ELFA 3N9RA 5F2IA 1W5OA 5A5WA 1QR7A 3SGZA 1KFBA 3SI9A 1VYRA 4A2RA 5CZSA 3W1PA 4A21A 3CEPA 1FXQA 2E6AA 5G1TA 3G1FA 5I3FA 1KTBA 4O1CA 2V5BA 4IXHA 2VFDA 3E12A 3VCRA 1LRTA 5EPDA 2Y7GA 3PVFA 4MOZA 1JJKA 4JTIA 4OU1A 5E0KA 4WY0F 1QO5A 4UTMA 1DOSA 3MBDA 2XN2A 1VCFA 1XBZA 3C61A 1T99A 2WKJA 4LVAA 4P61A 2VEIA 3C2OA 2DZXA 3QPZA 2VFHA 4PH6A 4LNYA 3I7RA 3WK1A 4UTLA 4G1KA 5CSSA 3KAOA 2QR6A 3B05A 4BI6A 4OWGA 3QEZA 3PG8A 5IM51 1JQXA 3W74A 7TIMA 2RKXA 1KTCA 3N2MA 3FFSA 1KFKA 1KM3A 1OFRA 4U4MA 2BXVA 4O0ZA 3W1TA 4X2RA 4N9BA 1BTMA 2QCGA 1PHQA 3PR2A 5D2TA 1F6KA 2EPHA 2PURA 4NNCA 2RDWA 4UFIA 5K4ZA 3TNOA 5DLCA 1YDNA 4O18A 4GUJA 1OF8A 3DZ1A 2J9XA 2WNQA 4R7JA 1BWKA 1GVRA 2ZRXA 3DKLA 4JY9A 3W1MA 1TPC1 3PM6A 4HSOA 1TPWA 3HGRA 3G0XA 1F74A 1PHWA 1AMKA 4FX6M 2P10A 1LCOA 3JS3A 4XTIA 4HNUA 3T44A 2Y6ZA 2WJZA 4W9TA 3TC7A 4XBKA 1ZJIA 4JTJA 2BWGA 3HPZA 3TX9A 1SO6A 2NX3A 5D37A 2Y7EA 1GZGA 4RJEA 4EVZA 2CLIA 3WJZA 4CCDA 5CPMA 1TTQA 2O7QA 3EWUA 4LS0A 4Y6GA 3LI1A 4L4MA 4GUIA 1P4CA 1DHPA 1XC4A 3QW3A 2ZZ3A 4AHQA 3QSRA 1UBSA 3TAOA 3BK0A 1IF2A 4NJHA 3LV6A 3HPXA 1T8XA 3ZS4A 1GYNA 1FUYA 1A50A 4MZ8A 4PL2A 3W7HA 4ZQPA 3H55A 3LHTA 4LT9A 2QCHA 4JGDA 1O95A 5FEWA 1G4PA 3OIXA 1N7KA 3RMJA 2A85A 4QJ1A 4GXMA 3DFQA 4GUHA 3G18A 1K7FA 3SFKA 4ZQNA 3C6CA 3KVMA 5D03A 4N02A 2W79A 3NQ8A 1WBJA 3IVSA 1W1ZA 3TMLA 2WSRA 5K9CA 1T0OA 1ICSA 2LLEA 3ABQA 3MW7A 1I45A 1YDVA 1X1OA 1KLYA 3FIGA 1Z42A 4JTLA 2JGQA 1EB3A 1LRQA 4D2JA 1J5TA 2PRLA 5I3GA 1AL8A 3NPVA 3UQNA 1ZCOA 4TMBA 1QO2A 3IV3A 4X9SA 1X8FA 3TDFA 3MHFA 3R12A 5AHLA 2J27A 1M6JA 5KITA 4KFNA 2G95A 1EP1A 1UASA 2CLHA 4QNWA 1LOQA 3M5VA 1Z44A 3A5FA 1OG0A 1TPB1 3NR0A 4RK8A 1VH7A 4MY1A 4DF0A 4DF2A 3SZ8A 4NJGA 4O28A 3BLFA 4O12A 4XWUA 2X16A 2Y62A 4AF0A 3R13A 4YXGA 1XUUA 1M7PA 2J24A 3GXTA 2VXNA 3L9CA 2GQ9A 1DJNA 4BI5A 1HFBA 3GKFA 2QJHA 2J9YA 2FJKA 3L21A 1GVOA 4GUFA 4NX5A 4GNJA 4FX7A 3MBFA 1HL2A 4MFDA 3PF3A 1KM0A 3OBKA 3R8RA 2RHGA 2Y85A 1OX4B 1FWSA 4DXVA 1D9EA 4O1AA 4LOCA 3M0ZA 3GB6A 1F76A 2FDSA 3ATZA 5AOUA 3NM1A 3WK0A 4CCCA 1TV7A 1KM6A 2QCNA 3LBMA 2ZTJA 4IOTA 1SQ7A 3M5XA 3TROA 1EX5A 1WXJA 4O57A 4YCOA 2DJLA 1VC4A 4HNTA 4N4QA 3OG3A 2A7PA 5DCDA 3UWYA 2ZQ0A 1JUBA 3G1SA 2E77A 4E2DA 1L9WA 4MYXA 2HS6A 5CPOA 2W6RA 4QAIA 5BNKA 1PCKA 2ZCGA 2QCDB 4N6FA 3DBPA 1B9BA 4IWWA 2Z6IA 2VEKA 4I9AA 1QOQA 4ONVA 1RVGA 2A6LA 2Y7DA 3NQEA 3R5EA 1IXOA 4KWWA 1VQTA 2E5BA 1YXYA 1Q6OA 5LNUA 1FCVA 4PC8A 4JN6A 3EB2A 1DORA 1KFLA 3G1HA 4ZZ9A 2NWSA 3I7QA 3P84A 4LVGA 2GUUA 2DZUA 1Q6QA 4MPQA 5KTLA 1W56A 4PA8A 4EF8A 1F7BA 1UCWA 1TPDA 4O1DA 1FWRA 3EXRA 1H63A 3W1QA 3GNNA 3W1NA 1WX0A 2FB3A 4UCGA 4FB7A 1TQJA 4HIBA 2G96A 3MHUA 2NV1A 2Y88A 3LGEA 5FF4A 2Y89A 1HO1A 4GWEA 2EHHA 2JKPA 2WO5A 1ONRA 1OX6A 3V75A 1U5JA 3PULA 5HR6A 2YSWA 4UTTC 5LSMA 2NUYA 3W2KA 1KV5A 1QWGA 4FHAA 3VE9A 4CQ8A 1G67A 1IGSA 4A22A 4I7VA 4JTSA 3EWYA 1P0KA 5F2LA 2CLLA 4LRTA 2X1TA 3T55A 2QCFA 3FS2A 5G5IA 3C2EA 3G22A 1TIMA 2V2HA 5LNSA 3MI2A 1WA3A 4TX9A 2DZPA 4RXFA 5DY2A 1O4UA 2DZVA 3W7JA 5E1QA 4LVBA 1EP3A 3EXSA 3SSJA 2JKAA 2B4GA 3FJLA 3NG3A 5F1VA 3W1AA 3O8AA 4MVAA 4JY8A 1H7WA 1TPVA 2V9DA 3P74A 4LVFA 4XKYA 2VFFA 3S8HA 4RV8A 4LS1A 2V8ZA 2DZWA 3CQ0A 2YFOA 5CPLA 2GVJA 4EOUA 3PB0A 3K30A 1VLWA 3LX9A 3UD6A 3SECA 3HGOA 3TFXA 1MEIA 3TJXA 3DFPA 3THQA 2QCCA 2ATSA 3TSDA 1PE1A 4JYDA 4MZYA 4O0KA 1F05A 3I65A 2QCMA 2ZZ6A 5AYXA 1TV5A 4O14A 5E93A 2X2GA 4UTTA 4FEZA 1KTNA 4UFLA 1OFQA 3TW7A 2ZA2A 4MY8A 3A21A 4OE7A 3W7PA 1AG1O 1N8FA 2C15A 3HF3A 3L65A 5C5YA 4O4WA 5D2WA 1GG0A 2E5DA 3TSBA 1JVNA 3PY2A 4K6AA 3NVTA 4LV9A 2ZZ5A 4ADSA 1F2JA 2B0MA 2J88A 3W22A 4Q32A 3S6DA 3PB2A 4N9DA 2QJGA 1LM1A 3D0CA 1XL9A 3QSTA 5FF7A 1TPFA 2RFGA 1DJQA 3HQ1A 5AYYA 4BI7A 3O6CA 2B7PA 3M5ZA 2BSLA 5G2IA 4Z1AA 2B7OA 2J6XA 1VZWA 2X1RA 2CZFA 3Q58A 4I7UA 4O50A 3DGRA 3W1LA 1M7OA 4ORMA 1TTJA 2VEMA 4E38A 3OA3A 3JR2A 3O07A 5I3KA 3C4UA 3HPSA 3QJAA 2CU0A 3BW2A 4IPIA 1TJRA 5IBXC 2BTMA 4DQWA 3KRUA 1G69A 4LTSA 2VFIA 4FX8A 1S5WA 1P5BA 3HOJA 1RV8A 5KZEA 4P2VA 3W75A 3IGUA 2EKCA 3S42A 1H7NA 2E09A 3G8EA 1EP2A 3SGUA 4LW7A 4M7TA 4FIRA 4O16A 5AC6A 4JXCA 3UWVA 1GG1A 3AJXA 3M41A 3HIJA 5LGZA 1CI1A 1FWTA 1NSJA 4U28A 4AB4A 1BWLA 3B0VC 4PFMA 2CZDA 4J9JA 1GYLA 1OF6A 1YTDA 3LCHA 5HQEA 2Z6JA 1C9DA 2C14A 3GDMA 3C0JA 1H7OA 1TSIA 3UWWA 5D33A 2CWNA 1XXXA 3ZR4A 3DHFA 1RZMA 3DI1A 1RQHA 3G1VA 1WQ5A 4Y8FA 2C13A 4M19A 3KVJA 4O4VA 3ZWTA 1ZENA 5CSRA 3Q94A 1PIIA 1WDWA 4UFKA 4JTHA 5LZLA 4M7SA 1FDJA 3GVGA 4NUWA 4OV9A 3TE9A 3MP3A 4IQLA 3QZEA 1SO3A 4MIMA 3QMSA 3NZ1A 1T96A 3M6YA 2IQTA 4WOQA 4DF1A 1R2RA 4UTIA 3ABSA 2EAWA 4WXYA 5IBXA 4BFAA 3LM7A 1TRDA 1GOXA 3KX6A 2ZRYA 5A8GA 3M5YA 3FKKA 3QH2A 4K38A 3LV5A 4N9EA 3P8IA 2GJLA 2Z1BA 2A7NA 4RZ4A 3B06A 3PWAA 5U7SA 3L0GA 3LDVA 1OX5A 3S1VA 1XFBA 2F84A 4Z1CA 2QAFA 4N9CA 2H3BA 1YYAA 3LTSA 2ZA3A 2W0UA 5KINA 4ZQCA 3G1DA 3W3OA 3N19B 4CNPA 3O1NA 3TAKA 3R89A 3B0PA 2PCQA 1KV8A 4M6QA 3RLUA 3WJWA 2GQ8A 5LNVA 3NZRA 1J4EA 3N73A 1KBIA 1DBTA 4JTEA 3P81A 5MHBA 3NL6A 4K36A 3LERA 3W2NA 1VRDA 2GQAA 4O10A 1UB3A 3ABOA 3U2OA 3EWXA 1A5AA 2QDHA 1OFPA 1O94A 3S5NA 3S5YA 3B4UA 4AHOA 4PL1A 1G4SA 3W23A 1TTPA 4JTFA 2YDAA 3DI0A 5HJLA 3NNTA 1XI3A 1MO0A 3CIWA 4BF9A 2ISSA 3CB8A 3SY5A 4DELA 1SSDA 4UMAA 4WD0A 3QMTA 2QEZA 3W6YA 4PCFA 5G2WA 4IJBA 1O5XA 2ZRWA 3S1UA 4M6PA 2Q8LA 3W2UA 3BLEA 3G1XA 5LHEA 1K8XA 3IVUA 5EBUA 1EUAA 3NQFA 3H53A 3CWOX 1JR1A 4IPJA 1SR9A 3MYOA 2A5HA 1QMLA 3IIPA 3IIVA 4O17A 3G3DA 3UPWA 4XZ9A 1FCBA 3W7MA 4YWIA 3P62A 4JX5A 1BKSA 1DQXA 2CZ5A 3TV8A 3I6RA 2A1YA 3GKAA 4JDYA 2WQPA 4Z08A 3EWBX 1VCGA 3T40A 4MY9A 3TR2A 2OT0A 1FWNA 2V82A 3WJXA 1G7VA 3MJYA 5F2MA 3CWNA 1ME9A 3W7EA 4ADTA 3E02A 2WSQA 2TYSA 5D02A 2FPVA 3RFAA 1Z48A 3W85A 2Y7FA 2V0TA 1H7XA 3LRKA 1E51A 3LLFA 3BG9A 4QISA 5LKYA 4ZMGA 1SZFA 2UV8G 1TREA 5HMSA 3LHYA 5HR7A 3GLCA 5AHMA 1H1YA 2YZRA 3F03K 2WOQA 1LROA 1PL9A 3NL5A 1TV8A 1ZALA 3FA5A 1MSSA 1NF7A 4IXXA 5AHIA 3USBA 1KFCA 3QW4B 3FYPA 1NF0A 2C19A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2AAM A;  5AB3 A;  2HSA A;  4RLI A;  1H7R A;  1OFA A;  1B4K A;  1JCN A;  2AGK A;  2ZRZ A;  2Q3R A;  2DZT A;  2PC4 A;  4LUJ A;  4LC8 A;  3LXC A;  3NQ7 A;  4NXK A;  4HT3 A;  1SO5 A;  3T7V A;  4JYF A;  3ABR A;  2E6F A;  2ZZ7 A;  3GX9 A;  3N2X A;  4HPX A;  4AHP A;  4CQA A;  1VR6 A;  2H8X A;  4BK9 A;  5AC8 A;  1ZHA A;  2V81 A;  5H91 A;  5AHF A;  3AO0 A;  5G2H A;  4QIT A;  1FXP A;  1TPE A;  2RDT A;  5D30 A;  1KFE A;  1GVF A;  3STF A;  2ABB A;  2CZE A;  3QM3 A;  8TIM A;  2P0O A;  1W54 A;  4LC6 A;  4UR8 A;  4JIQ A;  3P5Y A;  4HPJ A;  1U83 A;  3HG4 A;  3TSM A;  3M16 A;  3HG5 A;  2KZH A;  4OQV A;  4JTG A;  4DO4 A;  4B5N A;  4S2C A;  4FF7 A;  1S5T A;  3F4W A;  1SZE A;  3QQ0 A;  4C1L A;  4MYA A;  3HBL A;  1K7E A;  1HG3 A;  5CKS A;  1A5B A;  3QMR A;  1B3O A;  5F2G A;  3UWZ A;  1HTI A;  3HMJ G;  4RX0 A;  5F4W A;  4CNN A;  4OGZ A;  5AC7 A;  3PSW A;  2NV2 A;  1EPX A;  2Y70 A;  3JRK A;  5D2Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QI4 A;  1A5U A;  1F9C A;  2X42 A;  4RCX A;  3B0X A;  3UCQ A;  4RR4 A;  2Z0I A;  1OVD A;  5GVJ A;  3NEV A;  4ATW A;  1I2N A;  1DTN A;  3H23 A;  2BZN A;  1ICP A;  4AAJ A;  3NYD A;  2WMH A;  1M3U A;  3QBU A;  1GHR A;  3IIX A;  1NY1 A;  5EFF A;  3H7R A;  2Y8V A;  5AVH A;  3VOJ A;  2WSY A;  4O15 A;  2XH7 A;  1XQK A;  3DCP A;  4FLO A;  3RX3 A;  3EMC A;  2DH3 A;  3NQA A;  3UG8 A;  4GO9 A;  1GQJ A;  3M7S A;  3CV6 A;  5JQ9 A;  3T2P A;  3PUO A;  4PFH A;  3NDZ A;  3PTK A;  3BCD A;  3R8H A;  1FH9 A;  2JGY A;  2XU2 A;  1TWZ A;  3EEZ A;  1XQL A;  5CBB A;  3DC8 A;  3GY1 A;  4GD0 A;  2J47 A;  1PIG A;  3HJZ A;  4UTK A;  3QV8 A;  1VYS X;  3OVQ A;  1V0L A;  3BMX A;  4KMQ A;  1BFN A;  1GEH A;  4RV3 A;  3BAY A;  4NNB A;  4IFK A;  3F4N A;  4XD3 A;  2W61 A;  4WZH A;  5K4X A;  1LWI A;  1ZL1 A;  3N11 A;  4D6F A;  5E6Y A;  4OIF A;  1AW1 A;  2VEL A;  4EAN A;  2F8Q A;  1XR2 A;  1IYX A;  3EDF A;  5I07 A;  2XPK A;  4HSN A;  3A5V A;  4IUG A;  3RCM A;  3WBE A;  2H3D A;  1DIK A;  2QCL A;  3UJF A;  3EEG A;  4EKJ A;  2R94 A; 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