3LCWA

L-kdo aldolase complexed with hydroxypyruvate
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-11)S8 (204-207)TIV1 (43-46)AH10 (251-261)TI1 (17-20)TVIII1 (265-268)AH1 (24-37)AH2 (56-70)3H6 (209-212)TII1 (70-73)EMPTYTIV2 (71-74)S2 (41-44)S3 (75-79)3H1 (47-49)S5 (134-138)3H2 (51-53)TI2 (96-99)TIV3 (82-85)TIV4 (84-87)3H3 (117-119)AH3 (87-96)TIV6 (119-122)TI'1 (122-125)3H4 (126-129)S4 (102-106)TIV7 (120-123)TIV8 (121-124)TII'1 (158-161)AH4 (140-143)AH5 (149-156)S6 (163-166)TI4 (181-184)S7 (185-188)AH6 (171-180)AH7 (194-200)3H5 (191-193)AH9 (229-249)AH8 (214-226)TVIa1 (271-274)3H7 (279-281)AH11 (282-293)TI3 (129-132)TIV10 (272-275)TIV5 (109-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 111
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lcwA00
1EPXA 2R94A 2A85A 3VI2A 2X1RA 4NJHA 3UWZA 4NJJA 4O28A 4ALDA 2QCEA 1S5TA 1GQNA 4EF9A 4MOZA 3NPWA 5ABTA 3P7YA 3N34A 3FEMA 2J24A 3PB0A 3W2LA 3FYOA 1KV5A 3S1UA 4JYDA 3EX2A 4XZ9A 5AYXA 1SU5A 1TPB1 2BX7A 4BI7A 3E02A 1TO3A 1BTMA 2ATSA 2Y6ZA 3BGGA 4JTHA 1DL3A 4E2DA 3GDRA 3W6YA 2GVLA 3LRMA 3O16A 2V2DA 1GWJA 3TAOA 5EA9A 3M9YA 4D2JA 5LNRA 2Y88A 2FJKA 1LRQA 5EBUA 1H7NA 3G1FA 1I2OA 4UC5A 5CPNA 2W79A 3L21A 1ZNNA 2A4AA 5IBXA 3IIXA 4E38A 1TIMA 1Q6LA 3O07A 2QDGA 1ICQA 2CFFA 3NG3A 3VNDA 4XUGA 1KV8A 3GXPA 3P67A 4JTGA 1QWGA 3TFXA 1EWEA 2VEKA 4A2RA 1TV7A 1WBHA 3QSRA 2NUXA 1Q3NA 5J5RA 3N3MA 4ZQRA 1YXDA 1LBLA 5LHEA 4IMFA 4JTUA 4NZFA 3L5LA 2C1HA 1G4SA 1GPWA 1W5NA 2GJLA 5AHIA 3IIZA 1BEUA 2BLEA 4E0CA 4WY0A 4YLWA 3EWWA 2WNZA 1I4NA 3CU2A 5LNUA 1J4EA 3L5MA 3W1XA 1RR2A 1VYSX 3C3NA 3QH2A 1ZENA 3B03A 2DP3A 3M0ZA 4TMCA 4UTMA 3A24A 4JS3A 4EOUA 1W8SA 2E1DA 3LI0A 3LTSA 2HS6A 2QEZA 2DZXA 2JKAA 3VCRA 1X8FA 3W2NA 3ANYA 3P82A 3RU6A 2C16A 4IX0A 1OHLA 4N9BA 4XWUA 4M7TA 2YFNA 3FKRA 3HPZA 2EAWA 3KVMA 4AEOA 4AH7A 3L5AA 5H91A 2J9XA 5LHFA 5I3GA 3EX3A 2E6AA 4O50A 1EWDA 1JQVA 2CLMA 1FBAA 4JTLA 2CZEA 4QITA 1FWRA 3TUUA 3SGZA 3HGJA 1ZHAA 1D3HA 1NF7A 1ZAHA 2QCDB 1PV8A 3DU0A 2J88A 1XC4A 1W3TA 4OE7A 3RK8A 1VH7A 3N9SA 3IVUA 1DV7A 1N55A 1LDCA 2CLLA 4POCA 2NXIA 1MEWA 2CLIA 3IVTA 1O95A 1TPH1 3L2IA 5TIMA 1WAUA 3NL6A 4NNCA 3M5YA 4M19A 3G22A 4HKPA 3U2OA 4JTSA 3NZRA 5LGZA 3A21A 5BMWA 3T40A 3N9RA 1OFPA 2RDUA 3C52A 1R2RA 5EMUA 4ZMGA 4LTSA 4FNQA 1GYLA 2WOQA 3O15A 5CZTA 4DPPA 5CSRA 3W7PA 1KTNA 5C6MA 1KBJA 5G4WA 3LLFA 4DQWA 3W88A 2AQWA 1A53A 2VFIA 3KAOA 1EP1A 4OWGA 3NXFA 4GJ1A 3PSWA 5KMYA 1PE1A 3M6YA 2NUWA 2R8WA 2PC4A 5D2XA 3NQ2A 2Y7FA 3MJYA 1O5KA 4IJBA 3DH7A 4AWSA 1RZMA 2B7NA 1W0MA 1NFBA 1EUNA 1D9EA 1TCDA 2YYUA 2WO5A 2ZRWA 4ZQPA 3CIXA 4ZL1A 3LGEA 3DXIA 1R46A 1C29A 1YDNA 4LUJA 3W2KA 2ZZ3A 4PH6A 3WK2A 2OZ0A 2R91A 3CM4A 1QPNA 4N02A 1NAL1 1K8XA 1TYGA 1ADOA 3BW3A 3QPYA 4K38A 4TR9A 3IRDA 3PF3A 2ZFAA 5HQEA 1SFLA 3U8GA 1SO5A 4EVZA 4U4MA 1ALDA 3TJXA 3EX1A 1LYXA 5FF2A 3DFPA 1K02A 3L67A 3S1XA 1THFD 1DJQA 3D0CA 4GXMA 4XTDA 4RLIA 4A21A 3UWYA 3JRKA 2FDSA 1VHCA 4JDYA 2C3ZA 4JTIA 4UR8A 3DZ1A 4RZ4A 3NGJA 5BOOA 3FIGA 2ZRXA 1P4CA 3T7VA 5IBXC 2E68A 3P80A 2H3DA 1TV5A 2I1OA 5I3KA 1RQBA 4LNYA 3G1HA 2G97A 4UFLA 3NQ7A 1TPVA 4X9SA 2A0NA 3BW4A 4J9JA 4FB7A 4NUWA 1LLWA 4CNOA 3MI2A 4AB4A 3MI3A 5CKSA 3INPA 4AF0B 1JCYA 3LV5A 1H7XA 3KVLA 3L66A 3G1YA 1KFKA 1SW7A 1HL2A 3FYPA 4MJZA 5D04C 3QZEA 4TX9A 4EF8A 3TQVA 1SO4A 5FEZA 4PCFA 1Z41A 3SIZA 1I2QA 3NPUA 3KXQA 2WQPA 5AYZA 3T55A 1CX9A 2WSQA 4ZZ9A 2A7NA 2B7PA 3BO9A 5AN7A 4UTWC 3CTLA 3QMRA 4XKYA 4IXXA 4Z0SA 4MZ8A 4FNRA 2YFOA 3LV6A 5AYYA 2YGYA 4N6FA 4ICNA 4ML9A 5FI8A 2GQ9A 4PA8A 1JRCA 3O05A 3MHGA 4R33A 2YCEA 4IWWA 4K7YA 1W3IA 1I8JA 4XBSA 1VCVA 3ZS4A 3LCLA 5AC8A 3EB2A 1YADA 2QF7A 4GRSA 2YXGA 4LC8A 2CWNA 1MEIA 3FOKA 4YCOA 2ZZ4A 1JCNA 2E6FA 2HSAA 1HTIA 5SWUA 5EYWA 3MYOA 4PC8A 2GVGA 2YYTA 3C2FA 4LWWA 4NXSA 1JCLA 2ZRUA 3IIPA 3F1QA 1H7PA 4H3DA 1GVOA 4JTEA 1B4KA 2H3BA 4DF0A 3UQNA 4DXVA 3RFAA 1MSSA 1IIGA 2Z0IA 3PG9A 2OT1A 1R47A 4Y8FA 2JGYA 3M43A 1TTJA 1G67A 1E51A 3NM1A 3UNDA 2RDWA 1SZEA 2V5BA 2J9YA 2NXHA 2WSYA 2G96A 3GXTA 1H60A 3GDMA 5F2IA 2QAFA 3SI9A 5HWNA 1GZGA 4EIVA 1ZCOA 2OMAA 1PL9A 1ZFJA 3TJLA 1T0OA 3TXVA 3P8IA 3BLEA 4Z1AA 3MO7A 4Z1CA 3HQ1A 2AAMA 3Q2DA 2GUUA 4LW7A 4Q4KA 3CHVA 1IGSA 1JJKA 3SZ8A 3EX4A 5D05A 3PVFA 4H4IA 4R53A 1F6PA 2Y85A 1KFJA 3N2MA 1OFQA 1Z42A 3QSTA 4UMCA 3M1ZA 2GVJA 5BW6A 3TE9A 5D09A 4O13A 1P0KA 2TRSA 1FQ0A 2PURA 4DBDA 2ZA2A 1TPDA 4UCGA 3L68A 5FF7A 5FESA 1AW5A 4BI5A 2HTMA 4C1KA 2QAPA 4WXZA 5AHEA 2CU0A 1VCGA 3UY8A 1S5VA 2ISWA 4R34A 4ORMA 1NSJA 5GVJA 1J5TA 3HOJA 3LCGA 5G2HA 3BVJA 3KRSA 2WSRA 3QJAA 1B3OA 2FB2A 2V5LA 4WUIA 3B0VC 3G8RA 4AHPA 3HG2A 5BMXA 3FFSA 1SUXA 1Q6QA 1KTBA 1XDLA 3LX9A 3O6YX 3EXRA 5F4WA 1KA9F 1YPFA 2GPTA 1BWKA 3THQA 5I3IA 1GG1A 1KFBA 1XKYA 3A5FA 4MJMA 1EP3A 3W70A 4OHQA 4AMAA 4LUIA 3MWAA 4WJEA 1IXPA 1NEYA 4LVAA 2Z6IA 4QSHA 3W7NA 5DY3A 3L9CA 2PCQA 1FDYA 4GUGA 2X16A 4LVBA 1L2UA 3RMJA 2TPSA 3UWQA 4FNTA 3GAYA 1R30A 4QNWA 1RQEA 4O53A 2X2GA 3TCEA 3MYPA 1W54A 3MI6A 5AHMA 4O52A 2JGQA 4K7VA 2Q3OA 3G0SA 2W0UA 2DORA 4RZ6A 4JX4A 3W07A 2QCFA 3BG9A 3EKLA 3GK0A 3OA3A 3TNOA 5KZEA 3LM7A 2VFGA 5FEWA 1DHPA 1XBZA 1I45A 1SZFA 3MBDA 3DGRA 4DO6A 4JIPA 3W7CA 2QCGA 2EPHA 2ZZ1A 5FF3A 1JCMP 1SW0A 4KKXA 3A9IA 5D02A 1TJPA 4IPIA 5D03A 3M41A 3G18A 5D2VA 1FWWA 1JULA 2Y7EA 3HG4A 4TIMA 4LV4A 3W7LA 1H7OA 3U6WA 4IPJA 1R2SA 3VE9A 3H53A 3UZ5A 5F2LA 1W56A 5F2MA 1VC4A 4BWLA 2FPTA 1P0NA 3T44A 2HS8A 3DBPA 5DELA 3C2OA 1LROA 2CLOA 3DKJA 3GDLA 3I7SA 3SJ3A 1OFRA 1W3NA 1G7VA 1FUYA 2BWGA 1ZAJA 3MP3A 5BNKA 2QJGA 3LHTA 1AG1O 3NQDA 4IMDA 5I3HA 1DOSA 4LVDA 1ML1A 4M6QA 1PHQA 3S0CA 3B4UA 4KFNA 3TR2A 1KM5A 3TIMA 1OFAA 3OIXA 3QMSA 1H7WA 3PSVA 4U28A 4DF1A 4HPXA 2QCHA 2EGZA 2FFCA 1RQHA 5K9CA 4N4PA 3W71A 3C8FA 3TA6A 1VCFA 4JIQA 1JUEA 1Y0EA 3PBUA 3NAVA 5AHLA 4BK9A 4O1DA 5DCEA 1PCKA 4FNUA 3DFNA 3LHZA 6TIMA 3Q94A 5MHBA 1JR1A 2ZBTA 4O57A 2XN0A 4UTUA 3EX6A 1FCQA 1OF6A 4NT0A 2WNQA 4MPQA 3HMJG 3HJZA 2B0MA 4OV9A 1GTHA 3M47A 4UTWA 2X1UA 2WKJA 2DZUA 3I65A 1TTIA 1X1OA 5DLCA 3OVQA 1EIXA 3HF3A 5EKYA 1TREA 3GR7A 2Y61A 4Z1BA 1QMLA 3LCIA 3ZWSA 2FTPA 3SY5A 3TC6A 3C6CA 4TO8A 1QPRA 3C2EA 3TSMA 3S42A 3MP4A 4FX6M 3AJXA 2ZRYA 4JDBA 5DCDA 4GNJA 3W1TA 3THAA 1SZGA 3W7OA 4O16A 4WY0B 5TQLA 5F2GA 5DCBA 3PBVA 1W5PA 4NJGA 5DXYA 2CLFA 2V30A 4NX5A 4I7WA 2RHGA 4BFAA 4M7SA 5F4SA 5C55A 1K3UA 3TX9A 4R7JA 5CGQA 3T4CA 4LY8A 1DORA 2TSYA 4PTNA 3IV3A 3S1WA 3ATYA 1SQ7A 4HSNA 4WD0A 2C19A 2WPBA 1YTDA 5G4EA 3BLFA 3SGUA 4JTKA 5LKYA 2VFDA 4IMEA 2CLEA 2Y89A 4MZ1A 3NO5A 4QQ3A 1RD5A 2Z2UA 3DFSA 2QUVA 1SO6A 1T8XA 1G6CA 3C0JA 2QUUA 1TPEA 2V82A 4FX7A 1T99A 4CNNA 3RLVA 4FEZA 1H63A 1C9DA 3P74A 1WDWA 4ORIA 2F7FA 2QJIA 3KX6A 3I7QA 4NJIA 4O17A 3S5NA 4JR5A 3CIWA 4N9CA 3IIVA 4M6VA 2W6RA 2VEIA 1TPC1 3GDKA 2ZCGA 4PL1A 2PRLA 4K39A 4S1FA 4UXDA 1M7PA 3HPXA 3STGA 4O0ZA 2Q8LA 1KW1A 5CPOA 5FEXA 3TV8A 1IXQA 4MIMA 1H51A 4M5PA 5KSWA 4JX6A 3E0IA 3OBKA 2CW6A 4MLRA 5C2XA 3YPIA 2YW4A 2RH9A 5F4XA 3RLUA 3W2JA 3GLCA 2Z1BA 1LLZA 2P10A 3ZFHA 1VZWA 3E96A 1C8VA 3GVGA 1QPQA 2VEPA 3SW6A 2V9DA 3TH6A 4UTIA 1SW3A 3FJ6A 2A7PA 5H2ZA 4FHAA 4GUIA 4OV4A 1HUVA 1YXCA 3R12A 4MYAA 3K30A 3DHDA 3G3DA 3GNDA 3NQMA 1W5OA 1KM6A 4X2RA 5HUOA 5DY2A 1L6SA 1ME9A 1LZOA 2GOUA 4BWLC 2ZYFA 5U4NA 5K3VA 1VS1A 2UV8G 4WY0F 3S5YA 2WNNA 2HMCA 3N2XA 3BG3A 5AC6A 3AO0A 1D3GA 2VENA 3R89A 1W31A 2ISSA 4O54A 3W7RA 1VQTA 3KOFA 1EUAA 3NNTA 3EWYA 3PG8A 1G69A 1OX6A 4N2YA 1ZJIA 1G4PA 4A2SA 3UWWA 1KLZA 3PY2A 1FCVA 1OG0A 5LNWA 3HG5A 1KM0A 4KFPA 2X1SA 3NOEA 1SPQA 2CLHA 1I2PA 1SO3A 2A2IA 4FNSA 1P5BA 3MHFA 1ONRA 3DENA 3CT7A 3UZJA 3E12A 2ZRVA 4YWIA 1S3HA 5K9XA 1XL9A 3EXTA 1GVFA 4HT3A 3PR2A 4RR4A 2C6QA 1K7FA 2Y7DA 4WX2A 3UY7A 4B5NA 3LHYA 1OF8A 3GNNA 1I2RA 1KFLA 1YLVA 1F74A 3O06A 4UMBA 3MHUA 3W9ZA 5CPMA 1UB3A 4CQ8A 4OGZA 3HGOA 1MO0A 2CZDA 1IF2A 1TTPA 5D2TA 5KINA 2CLKA 1QDSA 2NV1A 2I9EA 1H1ZA 3O6DA 2C15A 3W87A 1OK6A 2JK2A 3GXNA 3OHIA 4HIBA 5E93A 1TPWA 2BZNA 1KLYA 1F73A 1H61A 2OCZA 3GDTA 2FIQA 1MZHA 4LS2A 1W5MA 2A6LA 1GVRA 1X6UA 1LORA 1K7XA 4FO4A 4C1LA 3W1AA 4IOTA 2NX3A 3L0KA 4M6PA 5HR7A 4IQLA 4O18A 3B06A 2J27A 2VFHA 3QW3A 5KTLA 2ZTJA 3PULA 3NR0A 4HNUA 2YDAA 1RVGA 3NVTA 3PUEA 2J9ZA 4QNEA 3HB9A 4MVAA 2C0AA 1XBYA 4BR1A 3C4UA 4XKYB 3W72A 2ZZ2A 4DEFA 4AAJA 5K7JA 4UTTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EF3 A;  1RCX B;  3VI2 A;  2X1R A;  3DGB A;  4DUO A;  4ALD A;  1S5T A;  3NPW A;  3UEQ A;  2J24 A;  1OD0 A;  2WMH A;  3FYO A;  3CUI A;  3CZG A;  2IKG A;  1SU5 A;  5IDI A;  3CQJ A;  2BVT A;  3KLK A;  4Z17 A;  2ATS A;  2Y6Z A;  3EB4 A;  1HVX A;  3WQF A;  1AJ2 A;  1UML A;  3VA8 A;  3GDR A;  3W6Y A;  4MB3 A;  3W6M A;  5I7G A;  2GJX A;  3K4A A;  2V2D A;  4DBW A;  5EA9 A;  2C1G A;  5LNR A;  4QLJ A;  1H7N A;  4RE4 A;  3TN6 A;  1I2O A;  4UC5 A;  3UVI A;  1ZNN A;  1F6Y A;  2YCL B;  2QF8 A;  4E38 A;  1Q6L A;  3O07 A;  3WD1 A;  3H6O A;  4TTU A;  3NSM A;  2CFF A;  3ALG A;  2ZVR A;  1KV8 A;  4GYP C;  2PCE A;  1RH9 A;  2YL8 A;  4NP7 A;  1QWG A;  1OG6 A;  2VEK A;  1JXK A;  4MHB A;  3QSR A;  3RIL A;  1Q3N A;  3MO4 A;  3N3M A;  4UOQ A;  3KP1 A;  5LXX A;  2QJJ A;  1TJ2 A;  4EPE C;  4IGN A;  4JTU A;  1QK0 A;  3XIN A;  3C5Q A;  5CBI A;  1NU5 A;  5D8Z A;  3DG3 A;  2C1H A;  1Y8B A;  1US0 A;  4ACZ A;  4N42 A;  2XM2 A;  2GJL A;  5AHI A;  3IIZ A;  1YBQ B;  4YS1 A;  3VZZ A;  4YLW A;  3MVI A;  1GOQ A;  2FTW A;  1JDF A; 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