3LCW | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcwA00

3WK1A 3NXFA 1H1ZA 4ALDA 3BG3A 3CM4A 3PY2A 3PBUA 2J9ZA 4K7VA 4DQWA 1RQBA 3GXPA 2CLKA 1G67A 2ISSA 3O6CA 1XL9A 3MMTA 3NR0A 1GG1A 1A5BA 4OT7A 2QCDB 2G95A 4BWLC 3QYQA 3Q2DA 3UQNA 5AC8A 3CC1A 1X6UA 1OF8A 1C9DA 2VEKA 2BX7A 2FLIA 2QCLA 3O8AA 3O06A 4JTKA 2P1FA 5IBXC 3W87A 5DY2A 3NQEA 3G22A 3NNTA 1IXQA 3LLDA 4TIMA 2A7RA 2C13A 3M41A 4BR1A 1VCFA 1W5NA 1MO0A 1QAPA 2VFFA 3NA8A 5I3GA 1KM0A 1XDMA 3M7WA 1W5PA 4GE8A 5J5RA 1H61A 1HUVA 2PRHA 3FFSA 3K30A 3N2MA 1TIMA 3C61A 3PBVA 3DKJA 1JCYA 1R2RA 2WSQA 3MYPA 4UR8A 4O54A 1QMLA 3S1XA 2QUTA 5C54A 1LDCA 1S5TA 5DN1A 4JICA 3ELFA 3S5ZA 2E09A 4WUIA 3EX4A 3A5VA 4NQ1A 4NU7A 4XZ9A 4JTHA 3UY8A 1KTNA 3W85A 3UXDA 3O1NA 2CZ5A 1TSIA 4NNBA 3BVJA 3G3DA 3I7SA 4RV8A 1GVFA 3TH6A 1R46A 4KWVA 1OYCA 4JTUA 5H2ZA 3M16A 1BTMA 3BLIA 3TX9A 4FNRA 3TAOA 1SO5A 4LT9A 1XUUA 4U4MA 1KM1A 4QISA 5DCEA 1GG0A 3UXAA 5DY3A 1W37A 3TC6A 3W7EA 1VJIA 3W1UA 1I2NA 3CWNA 4UTMA 5C5YA 2RKXA 1PHQA 5F2GA 1JQXA 2O7SA 2FB3A 3W7KA 3W73A 4JS3A 3A24A 3S5YA 3NO5A 5J5DA 1MEIA 1IXOA 1NFBA 3GDMA 3IEBA 1GJPA 2E77A 4ADSA 4NXSA 1DV7A 4IGHA 2X16A 1QPNA 4WQ6A 1TTJA 2E6DA 2QCMA 3BG5A 5EMUA 1TPVA 3C6CA 4DF0A 1OFAA 3HGSA 4PH6A 1RR2A 5AN7A 3LERA 2Z6IA 3CTLA 2Q8LA 3YPIA 2FQIA 5HNRA 2V9DA 3PM6A 3H53A 5G1TA 3PB2A 2JK2A 3S1VA 1XCFA 3MBFA 2ABBA 1OFRA 4FIQA 3G18A 1IF2A 1B4EA 4UCGA 5T26A 1SFLA 5LGZA 4M7TA 3M5XA 3P5ZA 4UMAA 1OYBA 3TROA 2C15A 4I7VA 4WXZA 2A1YA 3EX3A 1KA9F 1M5WA 1YADA 2TSYA 1C8VA 4IX0A 3BW3A 1SFJA 5CPMA 3MBDA 4HSOA 3PWAA 2RFGA 1TJPA 3QZEA 4NJHA 1KV8A 1QCWA 3GIYA 3LRKA 4WY0B 3UNDA 3N73A 4LVFA 3QC3A 1GZGA 5CPLA 5D38A 3F03K 3B03A 1BEUA 3S42A 3IIPA 1ICPA 2PCQA 4PL1A 2QAPA 1VZWA 1QNVA 3NQ8A 3QH2A 1W5MA 4FX6M 4DO6A 4DPPA 4O0KA 1H63A 3LV5A 5AHNA 4FEZA 5D04C 1AW1A 1H50A 4AAJA 3EXRA 3L2IA 1Q6RA 3P81A 2A7PA 3LX9A 3NG3A 2ZZ1A 4FF7A 3TMLA 1EEPA 1THFD 3TQVA 1FCQA 2GVJA 5DLCA 4XQ6A 3CWOX 5D2TA 5LHFA 3W07A 4NJJA 1TPFA 1YTKA 1B9BA 4Z1AA 3FJ6A 2NUYA 4JIQA 4LY8A 1JCXA 5D09A 3O07A 2Y7EA 4UTJA 3W75A 4RXGA 3W76A 3ZWSA 2XFWA 4I9AA 1VHNA 3QEZA 2A2IA 2NUWA 4PODA 4AF0B 1LBFA 4Z1BA 4GUGA 4UFIA 4XKYB 4JDBA 5FF2A 1LOLA 4NNAA 1TPWA 3PBWA 3HPXA 1XXXA 1DHPA 3GKAA 2J24A 1WBJA 2HSAA 4RR4A 5DBUA 2H8XA 3NOEA 3TFXA 4HNUA 1OHLA 3M44A 5MHBA 3EWYA 2V5BA 3HBLA 4PFMA 1FDZA 2V5LA 3TA6A 3T7VA 3L0NA 4N6EA 3SECA 2CLOA 1TPEA 2E6YA 4Z0JA 4IUOA 4JXCA 4LVGA 4O14A 4GXMA 3S9YA 4XWUA 4E0CA 2G5WA 1J5TA 3L0GA 5EBUA 1WQ5A 5HWJA 4IXHA 3UWZA 4XBKA 4GRSA 4DF1A 1J4EA 1LRTA 1O95A 4JTEA 4GUFA 1ZNNA 3S5OA 1BWLA 3U2OA 4JGDA 1UB3A 3QMTA 3TAKA 1OX5A 3DHDA 2EF9A 5L9FA 3QFEA 3NQGA 3GNNA 2DZVA 1AG1O 1D3GA 3GDRA 3M1ZA 1OX6A 4MFDA 4Z0SA 5AHFA 3DI1A 2Z1BA 4AWTA 3G1YA 5FF3A 2NZLA 4P61A 4FXRA 4PEKA 4TX9A 2C3ZA 3R8RA 1ALDA 2RDWA 1DJQA 1I2OA 4ZMGA 2FDSA 1KBIA 4LOCA 1W54A 2OMAA 2CLIA 4N9DA 1FDYA 1TJRA 1E51A 1X8FA 3KOFA 3NL5A 1H62A 4M6PA 3ZWTA 3PG9A 4H4IA 5LSMA 4WX2A 5EY5A 4W9TA 2ATSA 2NX3A 4OWGA 3W9ZA 5LNWA 3BW2A 1DORA 5TQLA 3G1AA 3LCIA 5FEWA 3LLFA 5I3FA 2WNQA 4LVAA 3DZ1A 4E38A 2QCDA 2QJIA 5G4EA 1KM5A 5LHEA 4A2SA 3EXTA 3I65A 4JYFA 4BK9A 3PBYA 3TK7A 3DKLA 3PUEA 3GAYA 4PTNA 3L0KA 4O1BA 1YDOA 4HPJA 4MPQA 1YDNA 5LGXA 3W23A 1CI1A 3CLMA 6ALDA 1L2UA 3QPYA 4NUWA 4YL2A 3O16A 4O19A 2XN1A 1K7EA 4EIVA 2F7FA 3BV4A 3TNOA 3ZR4A 1F74A 1O94A 2VKZG 1AW2A 3JS3A 3W6YA 2QCNA 1J2WA 3LCGA 3NQAA 1TRDA 2YFNA 1G4EA 1UASA 5D2YA 4JTGA 1VQTA 1V7YA 4LV4A 3PVFA 2R14A 3TIMA 1JCLA 4ZQNA 3QW3A 1PVNA 4JNMA 2VEIA 3DENA 4YWIA 4UIOA 1NSJA 4GNJA 4AVFA 5SWUA 2C16A 1C29A 3BLEA 4RLIA 4O1DA 1W3TA 5F2IA 3M9YA 4IWWA 5BRBA 4JYEA 2V8ZA 1A53A 3W72A 3ZFHA 2EGZA 3MI3A 1GPWA 3A21A 5HR6A 3ZS4A 1JCNA 2V81A 3HG4A 2C18A 3R13A 5CKSA 4ADTA 3WFAA 3LTYA 4LTSA 1H60A 1GYLA 3LHZA 4ZQOA 2QCGA 3NM1A 5D03A 3P7YA 3BGJA 2QCCA 2Y61A 2NXIA 2J88A 2YYUA 4FHAA 3JR2A 2QUVA 1Y0EA 3NL3A 1MZHA 4YXGA 5AOUA 1XKYA 3W2LA 3G8RA 3EKLA 3GDLA 5EPDA 2OZ0A 3SGZA 1B3OA 3WJZA 3TW6A 3W84A 2A4AA 3LRMA 3HOJA 2WSRA 3Q58A 4S2BA 2V2DA 3RU6A 4MIMA 4J9JA 3BPWA 3E9AA 1BWKA 2WOQA 4HSNA 4H6KA 2G96A 1H7PA 5H91A 2VEMA 2G97A 3W88A 3C2FA 3P82A 3S1WA 1I2PA 3QM3A 2LLEA 3P84A 3EWXA 5E93A 2FPTA 3NPUA 5G2IA 3MP3A 3LBMA 1TPDA 4ONVA 1NF7A 1WOBA 1AK5A 1YXCA 1VS1A 1KM3A 2BLEA 4LVBA 4MOZA 3LHWA 1WA3A 4UTTA 5F1UA 3L66A 3TDFA 4UTKA 2Y70A 3A22A 1FCVA 1FQ0A 4N6FA 4DO4A 3TE9A 3L68A 3W1MA 1OF6A 3RFAA 1P5BA 5A5WA 3KAOA 4DBDA 2NXHA 2A6LA 2V2HA 1G69A 4UTWA 4YLWA 3VNDA 4QAIA 2QCFA 2R8WA 2ZZ3A 4JTLA 2EHHA 3W86A 1K8YA 3KHJA 3W7PA 2VOMA 4WZHA 1I2QA 1LBLA 1FX6A 5KZMA 1Z42A 3VE7A 3G1XA 4WY0A 1EWEA 1T0OA 3WK3A 1GVQA 1LCOA 1V5XA 1SUXA 3CHVA 5FF7A 1AL7A 3PAJA 1JCMP 2WSYA 2YSWA 6TIMA 4MUZA 3DHFA 4DF2A 3B0VC 1N55A 2RH9A 4JD4A 4D2JA 3LTPA 1GVOA 1LRQA 3AO0A 3B05A 3P5YA 1HO1A 3G1VA 1SZFA 3W7HA 2PE4A 1OX4A 2QDHA 1F6KA 3T44A 1CX9A 1XUZA 3V75A 3L5MA 5E1QA 4O52A 2ZRUA 3DFPA 3ABOA 1DQXA 1TMHA 2GQ8A 5DXXA 4S1FA 2XN2A 4OV4A 4UC5A 1VRDA 5DELA 1XI3A 4AF0A 3QRHA 2TPSA 1SZNA 4S2CA 3LCXA 3HG2A 4XKYA 2PURA 1G4SA 4O18A 3A5FA 2WNNA 3F4WA 4ICNA 5FF4A 1TTQA 2FTPA 4I7UA 1ICQA 1A5AA 1GWJA 2GQAA 3HGJA 4U28A 1YLVA 4BI6A 1JCJA 3P8JA 1LROA 2NLIA 2ZRWA 1CW2A 2H90A 3M43A 3O6YX 4IQLA 3OBKA 2NWRA 5F1VA 3C56A 4JY9A 1SW0A 3S0CA 1EB3A 2ZA2A 1OFDA 2V2CA 5A8GA 2ZTKA 5HR7A 3T40A 3C2OA 1Q45A 5G2HA 4AHOA 1W1ZA 5U7SA 3RF9A 5D02A 4KFOA 4QSHA 2FB2A 2C1HA 3W74A 2V82A 3LI0A 3MJYA 4BI5A 1OG0A 2Y7GA 2CFFA 2CLLA 5HULA 1EWDA 2B7NA 4BFAA 4NZFA 4PA8A 4OGZA 4UMCA 1DOSA 2GVLA 4M19A 1O4UA 2KZHA 1I45A 2VC6A 3DGRA 5HJLA 3BW4A 5C2XA 1SW3A 3DH7A 3FIGA 1JUBA 4JR5A 4PCFA 1EA0A 1O5XA 3GKFA 3EEGA 4K38A 2VFIA 3PG8A 1JRCA 5D2VA 5I3KA 2VFGA 3TMQA 5FEZA 3R89A 5I3IA 5HUOA 1FCUA 1ZALA 4ORIA 3BK0A 4R7JA 3P62A 7TIMA 3DI0A 2Z6JA 1KTCA 2C19A 3UPWA 5K7JA 1F76A 4BWLA 2OJPA 1X1ZA 1VCGA 4MYXA 1P1XA 2DZWA 3G1DA 1W8SA 4TMCA 3CPRA 3INPA 3TV8A 5F4XA 1K02A 1AMKA 1PE1A 5IBXA 1RQHA 1GVRA 2ZRYA 3FS2A 3UWQA 5K3VA 3GNDA 3B0PA 5AC6A 5D32A 1EX5A 4YMZA 3C4UA 3W7GA 4K8EA 4MLJA 4NXKA 2H3DA 1K8XA 4LW7A 2RHGA 2YGYA 3KFTA 2PC4A 2WNZA 2W79A 4OE7A 2DU2A 2FPYA 1TCDA 4LWWA 1GT8A 1Z41A 1QDSA 4OHQA 3RLVA 2UV8G 2A5HA 1U5JA 3EWUA 3NGJA 4ZZ9A 3LCLA 1FDJA 1L6SA 3C3NA 3V1PA 3THQA 4ZQPA 1ME7A 1XDLA 1DJNA 2BTMA 2NXGA 2Q3OA 1K8ZA 3QJAA 1OVDA 1EP3A 5AHEA 5D30A 2DZTA 4LVDA 2ZA3A 1H7XA 4CCEA 2VFEA 1ZAJA 2Y62A 1UBSA 4X22A 3LRLA 5AYYA 3PS7A 2JKAA 4Q4KA 2CW6A 5K9XA 3OVPA 3LCHA 3G0UA 3VFLA 4KFPA 3LB0A 1MSSA 3UY7A 2B7QA 1N8FA 3VI2A 1JRBA 1U83A 2FIQA 3GB6A 2QJHA 4QNWA 2HS6A 1WDWA 1TREA 1FBAA 2RDUA 5F4SA 2TYSA 2A85A 4YCOA 3UWVA 3ATYA 4Z1CA 2AGKA 4Y90A 3ANYA 1NF0A 3HG5A 4JTSA 1XC4A 3WJWA 3NQCA 1K03A 5F4WA 1QOPA 5I3JA 4ZQMA 5LKYA 3G0XA 4O0ZA 4AMAA 3TW7A 4NJKA 3TXVA 2Y85A 4UTHA 4A2RA 2NUXA 3KVLA 2A7NA 1DKWA 5AC7A 1KFJA 1M7PA 1H7WA 2Q3RA 2R94A 1OFOA 3C0JA 5D37A 3G8EA 4AH7A 4FNPA 3QSRA 2BZNA 4ZQRA 1FCBA 3CIWA 2YX0A 3L65A 4AWUA 3SW6A 4NJIA 1ME9A 3MHFA 4JX4A 1LBMA 2JGQA 1EUNA 4EF8A 1H7OA 4IX2A 1OFPA 4O57A 2WKJA 3P61A 3FKKA 2ZZ2A 3MI2A 1SO4A 1Q6LA 2Q8ZA 2GUUA 3G0SA 1VGAA 2C0AA 4MVAA 4E2BA 3DFSA 4ZVJA 4M6VA 4GBUA 3QPZA 4AXKA 4UFKA 3U8GA 4K6AA 1H5YA 1TPUA 5CZ0A 2H8ZA 5BNKA 5EYWA 1Q3NA 4O10A 1QPQA 1TV8A 1FWTA 4LS1A 3HMJG 3NDOA 2E1DA 1TPC1 3W2JA 4O16A 2ATMA 4CQ9A 2CLHA 4NNCA 3WJXA 5AHMA 3QW4B 3IVTA 3KVJA 5EL1A 2B4GA 4O15A 3N14A 5CSSA 2DZXA 4NZJA 4R33A 3KXQA 3M47A 3Q37A 5DCBA 3OA3A 3USBA 4QM1A 2R91A 3OG3A 4UNLA 3W2KA 3NPXA 2E68A 3DFTA 3W1AA 3T4CA 1VYSX 3KRUA 3HO8A 5HWNA 5D05A 3HPZA 1GTEA 3NL6A 3MHUA 1QPRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCWA

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