3LCX | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcxA00

3G1XA 3E0IA 3STFA 3UWYA 1ICSA 3O8AA 1V5XA 3LCFA 4BR1A 1WOBA 3W1TA 1A5AA 1KV5A 1W5QA 1XBXA 1KFJA 1W3NA 1W3TA 2Q3RA 4O17A 4PEKA 4O1AA 4N02A 1Q6OA 4J9JA 4LRTA 4IMGA 3GVGA 4ZQNA 3BW2A 2V9DA 3QSTA 4TMBA 1LTDA 3N2MA 1F7BA 3G24A 2V30A 4LNYA 1M7PA 1W56A 4JTIA 2OZ0A 3LTSA 4K39A 4LWWA 3IEBA 5HUOA 3F1QA 2WNQA 2UV8G 1RR2A 2J88A 3CEUA 2P1FA 3C2VA 4XBSA 4UIOA 1YLVA 1F6KA 3GNNA 4X3ZA 3LGEA 4IXHA 2V5BA 1MEIA 3G3MA 5I3JA 4RXFA 4FNSA 1SPQA 4EIVA 1XFBA 2PRMA 4LTSA 3GR7A 4ZQCA 5F2LA 2NUYA 4K8HA 5HQEA 2C18A 4LC6A 3EEGA 4MYAA 3CWNA 3RFAA 2WSYA 2R91A 4UTTA 2HTMA 3EWBX 3W2UA 5H91A 1EP1A 1CI1A 3ZWTA 2HS6A 4HNVA 4Q4KA 2DZPA 5DCEA 1H1ZA 1WAUA 3NXFA 3QFEA 1W5PA 5K7JA 1FCVA 1G7VA 4JX4A 1UB3A 4PFMA 1QWGA 4RZ6A 2XN0A 4Y6GA 4Z1AA 2ZDRA 3FKKA 1LBMA 4CCEA 4MZ1A 3NA8A 1W5NA 3BW4A 3LCGA 2V82A 3NQ6A 4MFDA 3H54A 2G95A 2V2DA 4Q33A 4D2JA 1OFAA 4WY0A 2CLIA 3W1NA 4FIRA 4UNKA 2VFDA 5AC7A 1C29A 5HWMA 3TC6A 3E12A 3UPBA 1NAL1 2ZZ7A 1JCNA 4RZ4A 2YZRA 5AFDA 1I2NA 2Q8LA 1IF2A 3CWOX 3TE9A 3LHWA 4Y90A 4DO4A 1CX9A 4JY8A 4ADTA 1SW0A 4IXXA 2GJNA 3MO7A 3M16A 4UFLA 4L4LA 1FWWA 1QR7A 2TMDA 4L4MA 2C15A 1BEUA 3UY7A 4AAJA 1KM4A 3OBKA 3S1VA 1OF8A 4OV4A 1H1YA 4QIUA 1P0NA 4A2SA 5AHEA 3G1AA 1H7OA 1YDNA 4UC5A 3A22A 2RKXA 3O06A 3PSVA 1TSIA 2LLEA 2E09A 3M47A 3DHFA 4PC8A 4Z1BA 4NJKA 1LDCA 1OFBA 4WY0B 2ABAA 4EF8A 4BI6A 2HMCA 3IGXA 1XM3A 3TUUA 3UXDA 1X1ZA 1JR1A 1A5BA 3PVFA 4PTNA 3ABQA 5D2TA 2J6XA 2V2CA 1I8JA 4N6EA 1OFEA 3UZ5A 4UFMA 1FWNA 2E5BA 1J2WA 2DZXA 4HNNA 2RDUA 2AAMA 2FPVA 3HG3A 4FIQA 3L65A 3FYOA 3TU9A 1TTPA 3D0CA 1XXXA 2FLIA 4O52A 4S1FA 1D3GA 3U8GA 1VCFA 5CG7A 4AF0A 4WOQA 2RH9A 1TPDA 1BKSA 4JTLA 3W84A 1GZGA 5FESA 1UASA 3IRDA 2TSYA 3P81A 2ZYFA 5D38A 6ALDA 3P60A 5AHFA 4LY8A 3CU2A 2E6AA 5BW6A 1NFBA 1TPEA 4UUIA 2E6DA 2ZQ0A 3NPVA 4IWWA 3CB8A 3W7LA 2ZRUA 1RQBA 3Q94A 1XI3A 5I3IA 2O7QA 4OU1A 5C55A 3V1PA 2FPTA 1QAPA 3G0SA 3L67A 2I1OA 4ZZ9A 4BWLC 2WNNA 3W7CA 5AB3A 4HHPA 3TQKA 3TFXA 3UY8A 3HOJA 4Y96A 1EIXA 3V75A 3U2OA 4MY1A 3TW6A 4AMAA 2VELA 3L66A 3LI0A 3LRMA 3UZJA 4C1KA 4AF0B 1TV5A 2QR6A 3HJZA 3NQVA 1B4EA 2QCEA 3M5YA 5CSSA 4UXDA 3TC7A 1ZAHA 3M44A 4CNNA 2I9EA 3DI1A 3JS3A 3W7QA 3NL5A 2YX0A 3A21A 4GNJA 3IIOA 4I9AA 1OYBA 3W73A 4UNLA 1UUMA 5HNRA 5SWUA 2ALDA 1THFD 4TO8A 3S1UA 3PBYA 3WK2A 4WX2A 4HNTA 4BI5A 2X30A 3L68A 3W2MA 3W3OA 1XBZA 3BPWA 3TROA 2A7NA 2NV2A 1MSSA 5D2VA 2DORA 5J5RA 1MO0A 4BFAA 2X1TA 3PG8A 4X2RA 1BTMA 3PBWA 4LW7A 3G1YA 4MZ8A 1L2UA 3GX9A 1ZHAA 1FDZA 1GVQA 4I7VA 2WKJA 1VYPX 3M7WA 1GT8A 1QDSA 3DHDA 2ZRXA 4MKNA 1TPUA 4MY9A 3ZR4A 3BGJA 2VEPA 2C19A 2PRHA 4Z0SA 1JCYA 4LV4A 3L9CA 2B7OA 5L6UA 5EBUA 3KHJA 2ZTKA 4LS0A 1VCGA 1YXCA 5FF2A 5LZLA 3DAQA 3F03K 2J24A 3LM7A 5D2XA 1ME8A 2WSRA 1U83A 4NXSA 3FIGA 3ABOA 2NUXA 1OYAA 3G1HA 3W76A 5KITA 4ZQOA 4O11A 4X9SA 1VC4A 1G4SA 1JUBA 5LNWA 3SECA 2GPTA 4HSOA 1QMLA 4OQVA 3S42A 2VEMA 4ZQRA 2YCEA 4O15A 1QO2A 4O57A 4O13A 3DKLA 3WJZA 1WQ5A 3KX6A 3W1MA 3BARA 3B05A 3HPZA 4DO5A 1R2SA 1OFRA 4N2YA 5G1YA 3P74A 2ABBA 3LHZA 4AHPA 4NX0A 2B0MA 3FKRA 4NJHA 3P5ZA 2ZBTA 3BK0A 1W0MA 1XBVA 4UFHA 3FS2A 3G1FA 3N9RA 2DJXA 2QJIA 2DP3A 3CLMA 3LTYA 5AYYA 4LT9A 1TCDA 1R2TA 3W1LA 1JRBA 2H8ZA 3VKJA 3UWZA 4AB4A 1PVNA 1O94A 2B4GA 3GDMA 3UWUA 1FCUA 2G96A 3A5FA 1VHCA 3PBUA 5KTLA 2H3BA 1PHWA 3F4NA 3R2GA 4WUIA 5G4WA 3GDKA 4TX9A 2CWNA 4PH6A 5DN1A 3TSBA 5AYZA 3W2KA 5HR6A 1H5YA 3P67A 4JX6A 3OHIA 5C54A 1Z48A 1GTEA 2DZUA 4FNTA 1TTJA 4A29A 3EWWA 4ZQMA 1K03A 1TPH1 4HSNA 3W74A 3R12A 5C5YA 3G1SA 1EWDA 4LUIA 3ZWSA 4HNUA 3TKFA 3FLUA 4JYEA 4YLWA 1W37A 2ZZ4A 3UNDA 3DH7A 4HIBA 2JGYA 2BX7A 4ZMGA 2A85A 1SO5A 3NQ2A 4P2VA 2ZZ3A 3A9IA 5F4WA 1RVGA 5CKSA 3UWWA 1O60A 3SGZA 1H61A 5T26A 3EX6A 1VZWA 2A0NA 1VS1A 5LGXA 3SIZA 1TJRA 1GVRA 3GK0A 3VNDA 8TIMA 1P0KA 1I2RA 1TREA 3MP5A 3QQ0A 4GUFA 3B04A 2ZTJA 1MEHA 2VKZG 3GDLA 3W86A 4B5NA 1W54A 4JR5A 3PC0A 1OJXA 1VQTA 2X2GA 4MZYA 3CIXA 4CCDA 1VH7A 3ABSA 1E51A 3LX9A 5TQLA 4JIQA 3C2EA 3HIJA 4ORMA 4Y9AA 3B0PA 1OK4A 3LCIA 4XTDA 2W79A 4UTUA 1LRNA 3DBPA 3P61A 3HQ1A 2TPSA 4UTHA 2FDSA 1QFEA 1Q6LA 2EAWA 2CLHA 3MI3A 4N9CA 1OX4A 3CIWA 5C2XA 3G1VA 3NGJA 2NUWA 1C9DA 3LB0A 5LNUA 1S3HA 4IMDA 3W07A 5AHNA 4DQWA 4FF7A 1LM1A 4K37A 2V8ZA 1B9BA 4JS3A 4LU0A 3W9ZA 4ORIA 2C16A 3EX4A 4KFPA 2R94A 1SZEA 2JGQA 3NVTA 1SZNA 3VE9A 3W6YA 2J27A 3PBVA 5CPMA 1RQEA 1B3OA 3O63A 1XL9A 3M1ZA 3TFCA 3W83A 3S5ZA 3S1WA 2C6QA 2FB3A 2G5WA 1DL3A 1OFOA 3GXTA 2JBMA 4DF1A 3NL3A 3HG5A 3ZFHA 3OG3A 2P0OA 3HPXA 1HO1A 1F2JA 4W9TA 5LGZA 1DQWA 4MVAA 1YDVA 3F4WA 3WJWA 1I2OA 2B7PA 3INPA 3M6YA 3SGUA 3HMJG 1TPC1 1QPRA 1TRIA 2NX1A 3W72A 3GDRA 4ZQPA 1K7EA 2G97A 3NZRA 5K4ZA 1FQ0A 5DLCA 1IXOA 1I2QA 1IIGA 1OX4B 3NR0A 3IGSA 2Y7EA 1O5KA 3FFSA 4NJJA 2B7QA 1VYRA 5D37A 4TIMA 3AJXA 4CNOA 4S2BA 3PY2A 5F2GA 4M6PA 1TTQA 3MP4A 5TIMA 3B0UX 1AMKA 1R47A 1K7FA 4IMFA 1GVFA 2ZZ1A 3GZ3A 5F2MA 5F4SA 3T4CA 3LHVA 2WQPA 2WSQA 3EX3A 3GXNA 1RD5A 4KFOA 3C2OA 5G2IA 5AN7A 1ME7A 1TQXA 4JTKA 5D32A 1K02A 4GE8A 3NDOA 2QDGA 4EVZA 1FDJA 1C8VA 1WOAA 3EX2A 5BMXA 3GIYA 4CQ8A 1IXPA 1SU5A 1JUEA 2VC6A 3OEXA 4ZL1A 2E77A 4M7TA 3HGOA 5E1QA 3LRKA 1RQHA 2ZRWA 1T99A 3LXBA 1Q6QA 1OFQA 1D9EA 2QKFA 3NQEA 3UD6A 2VENA 3CHVA 4DXVA 1OK6A 1AW5A 1H7XA 4KFNA 5LHEA 2QAPA 3G0XA 5CPNA 1JCJA 4MLRA 3EKZA 4OBTA 4G1KA 3CT7A 3LBMA 3RNDA 3O16A 4BK9A 4IPJA 1V7YA 3HGJA 3S5OA 4JY9A 3JRKA 1LBFA 4UFKA 1WBJA 2Q8ZA 3B03A 1X6UA 1VCVA 1EP3A 4JDYA 1FBAA 4O53A 1H51A 3QC3A 1A5SA 4YWIA 1AW2A 2OCZA 2ZA3A 4RR4A 1PCWA 1I45A 1B4KA 1YYAA 1QPQA 4DPQA 1ICQA 5BOOA 3QF0A 3GYEA 3ATZA 4ADSA 3E9AA 4LS1A 2DZVA 2QCMA 3VFLA 5CGQA 3RF9A 5U4NA 2CW6A 3BW3A 4QNEA 2AQWA 1GTHA 3W1RA 2EF9A 3A5VA 2OMAA 1SZGA 3R5EA 1GQNA 1DOSA 4LVGA 3BVJA 1H7PA 3M5XA 1WXJA 3TV8A 1M6JA 1TYGA 3WJXA 2V2HA 5IBXA 3SFKA 7TIMA 1B57A 3W7MA 4WQ6A 2NXGA 3TH6A 4O1BA 3W23A 2Y61A 3QH2A 4R33A 4JYDA 2W0UA 1I4NA 1GWJA 4WXZA 3LCHA 2F7FA 3FJ6A 1K8YA 2QAFA 4NU7A 3MHFA 3CPRA 1ME9A 4AHQA 4I7WA 4FNQA 2FPYA 4M6QA 1WDWA 2TRSA 4QITA 4O18A 3T55A 3NNTA 1T0OA 5D2YA 3TX9A 2BXVA 3L2IA 1F05A 1JQXA 3O05A 5AC6A 5K3VA 1TRDA 4Z0JA 4OWGA 3S9YA 2YGYA 1TTIA 1IXNA 3HG4A 4MPQA 2WNZA 2QCFA 3UQNA 3W1PA 4IGHA 2NWSA 3PF3A 1VGAA 3W1AA 2GVLA 3KVMA 3W88A 2ZRYA 5KZDA 2QJGA 4GXMA 4ALDA 5FF7A 4AWSA 2NX3A 3O1NA 4N6FA 1TO3A 1T8XA 3LHUA 4OHQA 1QNVA 4CQ9A 4FHAA 3VI2A 1PCKA 1QOPA 2AGKA 2PCQA 4U28A 2PURA 1VRDA 3LERA 3NQCA 3HB9A 2VEKA 5H2ZA 3OA3A 5IM51 4HKPA 3IIXA 4RZ5A 5K9XA 1JRCA 1LRTA 2A7PA 4JTUA 4JX5A 3I7QA 2ZRVA 2XFWA 4LV9A 1QO5A 3BG3A 4EWND 2QUTA 2BLEA 5CZSA 1EEPA 1D3HA 1I2PA 1TB3A 4NZJA 4YXGA 2JK2A 4LVFA 5AHMA 2CZFA 3W71A 3WK1A 4JDBA 2QEZA 4DPPA 2Z2UA 2WJZA 4O8RA 1Z41A 1OABA 4NXKA 3DI0A 1YXYA 5D05A 3W7EA 5DXYA 3BV4A 3STGA 1A50A 3N14A 2ZCGA 2WOQA 4CLMA 4Z1CA 3GR8A 1EB3A 4XZ9A 4XTIA 1FY6A 1Q3NA 1KM5A 3YPIA 3NQDA 4NX5A 2PE4A 4OE7A 4GUIA 4QAIA 4JGDA 2RDTA 2ZA1A 3CM4A 3USBA 2GQAA 1TV8A 5FF0A 4LRSA 3MBDA 1GG0A 3C61A 3N2XA 1YTDA 2J9ZA 2NX9A 5EPDA 5DBTA 3PB0A 4FB7A 4Y8FA 1FCBA 4JEQA 3S5YA 2OJPA 4XWUA 1J4EA 4K36A 1F74A 4K7VA 3T40A 1SSGA 4DF0A 3ANYA 3W75A 5D02A 3TW7A 1ZAIA 1EUAA 3HO8A 2Z1BA 5LNRA 4IX2A 5C6MA 3B0VC 1ALDA 2ISSA 4NZFA 2ATSA 1QCWA 2H3DA 2JKEA 4KWWA 1LRQA 2NV1A 3GXPA 5LKYA 1QPNA 1WBHA 2GVGA 4R34A 3TMQA 3W1XA 1VR6A 2FB2A 1VYSX 1JJKA 1GOXA 4CNPA 4JTHA 5A8GA 1O5XA 4IX0A 4RLIA 1VLIA 4UTJA 3THQA 4E38A 3E49A 1DJQA 4I7UA 2VFEA 4TU1A 1OHLA 3EXTA 3IIPA 1LLWA 1HFBA 4WXYA 2NLIA 1Q45A 2A1YA 3I6RA 1TPB1 5K9DA 3GKAA 3LRLA 1YADA 3NQ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCXA

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