3LCX | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__942108746446594__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__942108746446594__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3LCX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__942108746446594__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"942108746446594","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3LCX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__942108746446594__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff734055a2e70cf143d81a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff734055a2e70cf143d81a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff734055a2e70cf143d81a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff734055a2e70cf143d81a/pdb.gz): 126 ms

reading 291 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

291 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:290});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcxA00

2W0UA 5AN7A 3LHWA 1VS1A 2GJLA 1FWRA 1TPEA 2Y7DA 1KFLA 3EEGA 4LT9A 2ZA1A 3EWYA 2ZZ6A 1QNVA 3CM4A 3NAVA 4JN6A 3W1LA 2DZSA 3PBUA 2FQIA 3ABRA 1KTCA 1KM1A 3NQ2A 2CLEA 4EIVA 2X1UA 2ZZ2A 1F76A 2VEIA 1TREA 3WFAA 3NVTA 2QKFA 4MJZA 2DU2A 3MW7A 3I68A 5FF2A 1KV8A 3OVPA 1X7FA 1LOQA 4ZVJA 3TKFA 5C2XA 1WA3A 1G4EA 1GYLA 5A5WA 1QOQA 3N73A 1JCYA 2A5HA 3QM3A 2V5BA 4IMEA 3N14A 3HOJA 2Q3OA 1GWJA 4BR1A 1FWTA 1PCWA 4I7VA 4X3ZA 5BW6A 1Q6OA 1KA9F 1BKSA 3GXPA 3TSBA 2Z0IA 1B4KA 4DF2A 3TQVA 3L0GA 4MYXA 3BO9A 5K9CA 1M5WA 3LCWA 5I3KA 1W8SA 3NGJA 3S1VA 4JTEA 3S5YA 3GAYA 4Q32A 3ELFA 3HG2A 4IMFA 3TR2A 1DV7A 4MZ1A 1YTKA 2DZTA 5CG7A 1EP1A 1LCOA 5AOUA 1OYBA 3O6DA 5K4ZA 1NF7A 1DJQA 2E6AA 5LNRA 4K38A 4DO4A 1W56A 1SO5A 1H7XA 3FOKA 2RDUA 1RV8A 1QPRA 1FQ0A 2P10A 3G8EA 2QCHA 2HMCA 2WOQA 2QDGA 3UWYA 3TNOA 1T0OA 1OFRA 2QJIA 3NQ8A 4JNMA 4IX0A 2W79A 4NJJA 3EWZA 1ZALA 4JIPA 4M19A 4NJIA 2IQTA 3CPRA 4JTGA 4HNNA 1F74A 3G8RA 2ZQ0A 4NXSA 3W3OA 3DBPA 4XBKA 3DFQA 2EGZA 4YCOA 3KVJA 1GVFA 4HIBA 5BMWA 2GQAA 2ISWA 4WXYA 4ZQRA 2XN2A 3PSWA 5BOOA 1F5ZA 3CTLA 3RFAA 3PM6A 2FJKA 4GWEA 3NQCA 5G4WA 4TIMA 4LOCA 1QR7A 1QPQA 5F2GA 3GK0A 1YPIA 4RV8A 3T78A 3W7NA 4N02A 5IM51 2NUXA 4W9TA 2E1DA 3OHIA 3W1XA 3LM7A 1PE1A 3NOEA 3TIMA 1GG1A 1P0NA 5AC6A 3UXDA 3N34A 3MBFA 1O95A 4UFKA 2V2DA 4GFSA 1Z41A 5D05A 3A22A 3TC7A 3FIGA 2CLHA 2A7RA 2YR1A 3IIZA 5C5YA 3RK8A 2AGKA 5FF3A 3BV4A 3R2GA 3W1NA 1TTPA 1BWLA 4WXZA 2TPSA 1VCFA 3FYPA 4ZQNA 4LU0A 3NQVA 5TBOA 3TK7A 3BG9A 4JTFA 4H4IA 4IUOA 3NL2A 4TMBA 1HTIA 1H1YA 2YGYA 2ZRXA 4NNAA 3QH2A 4MYAA 1EIXA 1OX5A 2TSYA 3GYEA 4M6VA 2QDHA 1GVRA 3QQ0A 1H60A 3UZJA 4AWSA 5I3IA 5DXXA 4E2BA 4GNJA 3W2KA 4Y6GA 3W2LA 5F4SA 4N4QA 4MJMA 4NXKA 1H7NA 1R2SA 1LLWA 2YZRA 3GX9A 4JTKA 4DBEA 3Q94A 2E09A 2VFHA 1GYNA 2GPTA 4RKAA 4IMCA 2X1TA 3C2VA 3CB8A 4PL1A 4UR7A 4UXDA 5FEZA 4O14A 1MEWA 3KVLA 4LWWA 3M5XA 3UD6A 1TPVA 1Z42A 3P62A 5AHFA 1AW5A 1DQXA 3BGGA 3W1MA 1QO2A 1TPC1 2RFGA 1TJPA 2G96A 4N9DA 1G7UA 1QWGA 3ZFHA 3BGJA 3QC3A 1R47A 2VFEA 1W3TA 4S2BA 1F2JA 2ZA2A 1XKYA 3LCIA 4IPJA 1SO4A 5CZTA 3L21A 1F6KA 1KLZA 4TU1A 5LGXA 3TU9A 3IGXA 3CHVA 3ABQA 5K3VA 4A2SA 4LRTA 4TR9A 4AWTA 1DOSA 1FDJA 5K7JA 1KW1A 1IGSA 1MEHA 1KM3A 4EF9A 1F73A 1W5PA 3HPXA 4BK9A 2NXHA 1PL9A 4O19A 3EXTA 3NL6A 1S5TA 3B4UA 4TMCA 1W0MA 3L65A 2QR6A 3OEXA 2VFIA 2ZZ4A 3LOTA 4K8EA 5DY3A 4DELA 3GVGA 4UFJA 4IMGA 4UFHA 5HUPA 4FIRA 3HIJA 3UWVA 4B5NA 5C54A 2A1YA 3QQ1A 4Z1DA 3L0KA 4BWLA 1LOLA 1G4PA 2DZPA 1B9BA 2OX1A 5G1TA 4YLWA 2JKPA 1FXPA 5J5DA 4RCXA 1JQVA 3EX6A 1M6JA 4O54A 2RDWA 5LNSA 1TPUA 1TTQA 1C8VA 3EWXA 3NPWA 4IWWA 1P5BA 1MEIA 5D2WA 3TC6A 1RPXA 1W5QA 1Z44A 4N9BA 3F4NA 1H61A 1KFEA 3HF3A 3GXNA 4WY0F 5KSWA 3LI1A 2E6FA 1TQXA 5J5RA 2X1SA 1YDNA 4NZJA 4OBTA 5H91A 1VZWA 1EA0A 4WUIA 3TQKA 5G5IA 1JULA 2CLIA 3W1AA 1QOPA 4ADUA 4FNSA 3TMQA 4CLMA 3ANYA 3LX9A 4PCFA 1H7WA 5FF0A 5HR7A 4HNVA 3MI6A 3W72A 3VI2A 4MY8A 3A5FA 2O7SA 1SZFA 4G1KA 1L2UA 2FFCA 5DCDA 2R8WA 3M1ZA 3BLEA 1QO5A 3IEBA 3T7VA 4JTLA 3R8RA 3ZWTA 3NPVA 4P61A 2VFFA 4O15A 3RMJA 5FEWA 1GOXA 1RVGA 5E1QA 2A85A 2XFWA 4XZ9A 4AVFA 3M43A 4ZQCA 4P2VA 2ZRYA 4RXGA 2ATSA 3E12A 3CIWA 4YXGA 1J4EA 3GIYA 2ZTKA 4HNTA 3W7KA 3ABOA 4QQ3A 4LV4A 4JTUA 4AH7A 4LVGA 3VNDA 1RR2A 1O4UA 2JKEA 1VLWA 3TFXA 3BK0A 5HWNA 1SFLA 1MXSA 1ZAHA 4HN4A 2GVLA 3G22A 4X2RA 3PY2A 1F05A 3CC1A 3E9AA 1C9DA 3B04A 3WJSA 2CLOA 2X16A 4RJEA 4OV9A 2E6DA 1P0KA 4UNKA 2B7QA 3LHUA 5LZLA 1LTDA 4LV9A 3TROA 1TPFA 3LERA 1GT8A 4RZ6A 1TV8A 3QFEA 3W7LA 3W6YA 2V82A 3M5ZA 3R5EA 1R30A 2EKCA 4K6AA 3B05A 1A53A 3ABSA 2ZFAA 1B3OA 3BARA 1EP3A 1YTDA 2V30A 1VPXA 2WNQA 2CZFA 2OZ0A 3NO5A 5AHLA 4LW7A 2X1RA 3A21A 3W22A 3C2FA 4XWUA 3O8AA 3EB2A 2C0AA 2VENA 3JS3A 1D9EA 1KFCA 2QJGA 4QSHA 4Y9AA 1K8YA 4AHPA 3L5MA 5KZMA 5D04C 1AK5A 2H90A 5G2HA 3KFTA 3UPBA 2I14A 1ME9A 2DORA 2PRMA 2TMDA 5CPNA 2QUTA 1R2RA 4LVFA 2E6YA 4N2YA 1NVMA 4H3DA 2XN0A 1W37A 1KFBA 2X30A 1TIMA 2YPIA 1OFOA 5A8GA 4U28A 3RU6A 4MLRA 2YDAA 4C1LA 1EWEA 2YSWA 3W2JA 3CWOX 4UUIA 1H5YA 3EKLA 4N9CA 4JDBA 3W7IA 1LRNA 5F2MA 4GUHA 2YW3A 1PS9A 3LXBA 2QCFA 1BEUA 2E5CA 4UTUA 1F7BA 1JUEA 1EB3A 2H3DA 3O63A 3S5NA 1OYAA 3W84A 2ABAA 2NX9A 2ZRVA 4DQWA 3GR8A 2PE4A 3HMJG 3KX6A 5HR6A 4ZMGA 1XXXA 3K30A 2EPHA 1JCXA 3CT7A 3EWUA 3HPZA 2EHHA 1N55A 2FTPA 4PA8A 2WPBA 5AHEA 2YXGA 4UNLA 1LBFA 1W3IA 1OFEA 1G7VA 4TO8A 1MSSA 4JTIA 4BI5A 1TQJA 5IBXC 4WQ6A 2BSLA 3TQ0A 3S9YA 3NQMA 4JX5A 3OIXA 1YDVA 1I45A 3NEVA 3O07A 1OF8A 4ZL1A 4JDYA 4UTTC 3HO8A 5D38A 1XBZA 4IJBA 4AEOA 4KFNA 3TXVA 1ICPA 4QNEA 2QJHA 2V5LA 2HSAA 1DHPA 1B4EA 3U6WA 1GVQA 4OWGA 4N6FA 1U83A 3M0ZA 3W07A 4UFLA 1DKWA 4KWWA 1LORA 1LBLA 2NZLA 1SO3A 2Z2UA 3HB9A 4KWVA 3QMRA 4JYFA 3KVKA 2GOUA 1K02A 1O94A 3DFOA 4N6EA 2WO5A 4PODA 4Q4KA 3KRSA 1UASA 4KFPA 4HPJA 4O13A 2R94A 2OMAA 5D2XA 2V9DA 5TQLA 3T44A 1ZNNA 3HG3A 5K9XA 2ZRZA 3L2IA 3GDLA 3P8JA 1AL7A 1K3UA 3L0NA 1ZFJA 3PG8A 3QYQA 3NQEA 1RQHA 1FWSA 4IOTA 1OVDA 3S5OA 3G1AA 3W2NA 2C16A 4Y96A 1FCQA 2BZNA 4NQ1A 2FDSA 3DFTA 3W7CA 4CNNA 8TIMA 1VHCA 3W75A 3KRUA 3HGRA 1K7XA 1EPXA 1BTMA 6ALDA 2HS6A 3I7RA 3LTYA 3W1QA 1J2WA 3B8DA 3S42A 5LNWA 2ZZ3A 5EPDA 3AO0A 2RHGA 3DFPA 4EF8A 1A5CA 2PURA 4UCGA 1ME8A 4FXSA 3UNDA 4H6KA 3L67A 3M7WA 3TX9A 7TIMA 1XDLA 1TTIA 3DU0A 3EWWA 3VFLA 4MFDA 5DBTA 3O6YX 5HJLA 3W7HA 1IIGA 1O5XA 2Z6JA 5SWUA 1I8JA 1OFPA 2GUUA 3LXCA 1OABA 2AQWA 3P8IA 4CNPA 4O1AA 3OVQA 4O4WA 1VYPX 4PH6A 4O4VA 3GDMA 3KAOA 1K7EA 3W74A 3B0PA 4CQAA 1OYCA 1TTJA 1L9WA 1QPNA 3MMTA 4UTKA 4UTHA 3M6YA 3R89A 2A7PA 2I1OA 4O11A 5EA9A 1ZAJA 1VYRA 4QISA 2G95A 3W85A 1QFEA 1HG3A 3VKJA 2OCZA 3EWBX 1L6SA 1TO3A 1CI1A 3LI0A 3OBKA 5T26A 5CZ0A 3M9YA 4UTWC 3EX1A 2V2HA 4MIMA 3FJLA 4WJEA 4CNOA 1OX6A 3QRHA 1C29A 2P1FA 4BF9A 3N9SA 2V8ZA 1SPQA 2TYSA 3HQ1A 2VEKA 2E5DA 2FB2A 2NX1A 2KZHA 3C6CA 4O1CA 3O15A 2BWGA 4M7TA 4O1BA 2QCNA 4JGDA 1YLVA 1Z48A 4AHOA 2YFOA 3DFNA 4DEFA 5G2IA 2QAPA 3UQNA 2NXIA 1YDOA 2J27A 3P67A 5HQEA 1TPDA 4JTHA 2NX3A 4UTIA 2GQ8A 5EMUA 1GTHA 3WK1A 4OE7A 3LV6A 1GVSA 4RZ5A 1ONRA 1XM3A 1LOSA 5BRBA 4CCEA 4BI7A 3S0CA 3HBLA 4MFEA 3DHDA 2A0NA 4R7JA 4JY8A 1TRDA 4MY9A 3PC0A 4IMDA 1NAL1 1AW1A 4FNPA 3KVMA 1ML1A 3JRKA 1KM2A 1N8FA 2B7OA 3O6CA 1AG1O 4UFMA 4I7WA 1WAUA 4JEQA 1KM4A 3GKAA 1LP6A 1ZCOA 4XUGA 3SFKA 1ZAIA 5AC8A 1DBTA 4DPQA 1HUVA 4NZFA 2E77A 5G1YA 2RKXA 3AJXA 1GQNA 5CKSA 4PFMA 1H63A 5F2LA 3UZ5A 2CW6A 3LCXA 1FCUA 3W7RA 4LC8A 1JCLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCXA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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