3LER | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	298
structure length	297
Chain Sequence	MDKNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus	112
structure length	297
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2010-01-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lerA00

3S6DA 4NXKA 2GUUA 1AW2A 3HGSA 3W1AA 3LTYA 4QIUA 2JKAA 4O50A 2GQAA 1KA9F 4O18A 4LVFA 5LNSA 1DV7A 4MY8A 5DBTA 2UV8G 1SW7A 4KFPA 1Q6LA 4UR7A 1YTDA 3R5EA 2TYSA 4Z0JA 3MW7A 5FF7A 3BG5A 3S42A 5D03A 3S5OA 1TJRA 5G4WA 2WSQA 1UBSA 3EWUA 3HO8A 1XDLA 2WNQA 1SZNA 5HQEA 2B7QA 3MP4A 2X30A 1OJXA 4EIVA 1Q6OA 3DENA 1LOSA 3NQDA 3M44A 1TTPA 2YXGA 5G4EA 1T0OA 5AOUA 2C6QA 3H54A 3GVGA 1G4EA 1HTIA 5CPOA 3G1AA 1R2SA 3QW4B 5F4XA 3BG9A 3DI1A 3HJZA 3NZRA 4NVTA 1XM3A 3W7MA 3UPBA 2EAWA 3LERA 4KWWA 5IBXA 3PSVA 1PL9A 3IGSA 4A2RA 1ZALA 3KX6A 3EX6A 3VI2A 3W2JA 2CLIA 4WY0F 1W5OA 3N2MA 1JULA 1T8XA 1QPRA 2J9XA 1WXJA 2NUYA 1VCVA 3C4UA 1EX5A 3PF3A 3M5ZA 1PHQA 5C55A 3Q37A 2Y7EA 2C16A 3EXRA 4TX9A 3TQKA 3P5YA 4XTIA 1T99A 2OMAA 3QEZA 3IGXA 4ZQPA 3G8RA 2QUTA 4UFMA 3OHIA 3W1NA 3TW6A 3S0CA 5SWUA 4O12A 4WXZA 4JYDA 1UUOA 3W2UA 1QO5A 3CIWA 2YPIA 1GG1A 1SQ7A 1G67A 5LNVA 2ZRUA 3QMRA 3LX9A 1JCLA 4BI7A 3M5YA 4JTEA 5BRBA 3RK8A 1ALDA 2WJZA 5K9CA 1X1OA 4NJGA 4MYAA 1LBLA 4KKXA 4FNUA 4U4MA 4FHAA 3NGJA 2E6FA 3TAOA 2BX7A 1LOQA 2EKCA 2Y70A 1EUNA 1P4CA 3BPWA 3RLVA 3F03K 1EP2A 1UCWA 2G96A 1QPOA 5H91A 3THAA 4RX0A 3DH7A 2WOQA 1W8SA 3C52A 3MI2A 4WJEA 1SW0A 2Q8LA 2C3ZA 2Y6ZA 4NJKA 4Q33A 1JRCA 1L9WA 3HBLA 2G5WA 5D2VA 4FNSA 2Y7FA 4RLIA 3SI9A 4N6FA 4OU1A 3R8RA 1THFD 3MP5A 2CU0A 1DVJA 1VJIA 4D2JA 5K9DA 4WZHA 1LBMA 2V30A 3NQFA 3W1RA 4R7JA 3LCGA 1Q6RA 3V75A 3WJWA 2A1YA 3LCIA 4JIQA 1JUBA 3W70A 5CPNA 3UY7A 5EA9A 3NM3A 5D33A 1GVOA 4UMBA 2J9ZA 1V7YA 2XN0A 2RDWA 1D3GA 1I2NA 1ADOA 2J6XA 4YLWA 1DL3A 4HPJA 3L21A 1AG1O 1XC4A 3TMQA 1UJPA 5I3GA 4IPIA 4O52A 4MYXA 2V5LA 4WOQA 3ZWTA 1FBAA 1OFBA 4JTFA 3TC7A 2EPHA 4MJZA 3NEVA 3JR2A 1GTHA 4UTTC 3PULA 3OBKA 5GVJA 4JDBA 4MPQA 1D9EA 1TPUA 4Z1DA 3LGEA 4FIRA 3SGUA 4K37A 4N4PA 1W5NA 5U7SA 3I65A 1K7EA 1MEIA 4ZZ9A 3TX9A 1NFBA 4DBDA 4UFJA 4MFEA 3G0XA 3UWVA 4FB7A 4Z1BA 3G1YA 5I3FA 1JCNA 1YXCA 5DY2A 2QCFA 1OFAA 4UC5A 4NZJA 4JX6A 4FF7A 1IXNA 1KFBA 3DGRA 2YZRA 3P67A 4P61A 2QUVA 3L0NA 4X2RA 3L67A 4HNVA 3DFPA 2LLEA 3W6YA 1OFQA 4JR5A 5IBXC 5FI8A 1TTIA 4UMAA 3ANYA 5HMSA 2RFGA 4ADSA 1F2JA 4O0ZA 3CWOX 2H8XA 1A50A 2I9EA 4I7UA 5CSSA 2ZZ3A 2PCQA 4ZQNA 4RZ5A 2C19A 3LLDA 1LCOA 1XI3A 2QCMA 4NZFA 3GZ3A 1PV8A 4JEQA 5AHEA 4AH7A 2V2CA 2DZUA 4LUJA 4Q32A 3FYPA 1OFRA 3G0UA 1X6UA 2QAFA 2R91A 1H1ZA 4K39A 4JTTA 5H2ZA 1LYXA 1Z44A 1O60A 4GRSA 5FEPA 2Z6JA 3BLFA 4R53A 4RJEA 4PL1A 1B4EA 1C8VA 1NAL1 1RQHA 3LCXA 3PBYA 4CLMA 2TRSA 3C61A 1J2WA 3LOTA 3OA3A 4FX7A 3L2IA 2ZDRA 3FA5A 3ABSA 5TIMA 1AMKA 1VYSX 1LORA 5F2MA 5K4XA 5AHIA 5KZMA 3GYEA 3TSBA 4MZ8A 5HWNA 1LTDA 5D04C 4Y90A 2VFGA 2DZWA 4YCPA 3M7WA 3O63A 3B05A 3HGJA 1Z48A 5I3IA 2QAPA 1EEPA 3W07A 1P0KA 1ZAJA 1JCYA 3HGOA 1NEYA 4JXCA 3A23A 4XUGA 3USBA 5C6MA 3W9ZA 1DKWA 2ATSA 2CLLA 4JYFA 3PR2A 3TFXA 4BWLA 3C2FA 1SSDA 3LHVA 1UASA 3HF3A 3CM4A 4UTWC 3W7IA 4JICA 1OFEA 1FWNA 3G3MA 4RZ4A 4CNNA 3M41A 3R12A 1TPB1 3SJ3A 1EWDA 3G1HA 3O6DA 4XTDA 5HUPA 1IIGA 3GXNA 3B06A 1XKYA 2VXNA 4ONVA 1GTEA 4TMCA 4OHQA 1AL7A 1KM4A 4BR1A 1OK6A 3BG3A 5F2GA 4M7TA 3CPRA 4MFDA 3LXAA 4LY8A 4O16A 2PURA 4JGDA 3W7KA 3W2NA 1H51A 2F7FA 5FF2A 4O15A 1S5VA 4YCOA 1SUXA 1IGSA 1FXPA 3CU2A 3QSRA 2YFOA 2ZZ4A 1K8YA 1Y0EA 2JGQA 4I9AA 3UWQA 1LZOA 4FX8A 2I1OA 4JDYA 3TH6A 2DJXA 1JQXA 4KWVA 2WV8A 4UTMA 3GNNA 4DO6A 3VKJA 5I3JA 4JNMA 1O94A 2QDHA 2YYUA 2JGYA 2ZYFA 3NR0A 4GUGA 1IXQA 3A22A 3R89A 3U2OA 1VC4A 4YL2A 5AYZA 1JJKA 4GUHA 3TUUA 3PG8A 3YPIA 1M7PA 3W75A 5EKYA 5KMYA 1QR7A 3QQ1A 3MWAA 3N14A 4XBKA 3S1VA 5CG7A 2H3BA 3TA6A 4N9CA 5KITA 1EUAA 4AVFA 1W37A 3NL2A 1H1YA 4EOUA 3WJZA 1VYRA 5A8GA 3QMSA 2FTPA 3A9IA 3DKJA 4PCFA 4S2CA 2PRHA 2ZRXA 1KM6A 3SSJA 2PRMA 3CC1A 1TPWA 5D37A 1SW3A 1W3NA 3UXDA 3M1ZA 5LZLA 5AHNA 3DZ1A 3EKLA 5I3KA 2NX1A 4M6QA 1BEUA 3PY2A 1OX4B 2Y61A 3DBPA 1VHCA 4PFMA 4M5PA 1A5SA 5LSMA 4IMGA 1RR2A 3EXSA 1B4KA 2ZZ5A 4MVAA 3F4NA 5DN1A 5G1TA 2V9DA 1ICQA 2QCNA 2Z2UA 1M6JA 4JY9A 3E49A 3QM3A 4O19A 3QW3A 4XZ9A 4UTKA 3NYZA 1MSSA 1QMLA 1RQBA 4JX4A 2ALDA 3L65A 2P10A 1G7VA 3GAKA 4O4VA 3BVJA 3O06A 4CQ8A 2AQWA 3GXPA 2A85A 2X1TA 4B5NA 4AMAA 4GE8A 3S5YA 1SO5A 3KXQA 3BW3A 1M5WA 1A5CA 2E6AA 1JR1A 3DKLA 3LCWA 1FX6A 1K3UA 2CLHA 2YYTA 4WD0A 1VHNA 5C2XA 3KRSA 4AHQA 3G3DA 3SR7A 2NLIA 2FPYA 4KFOA 3KAOA 4UTTA 3OIXA 1ML1A 4TIMA 3UXAA 3W1TA 1XBYA 1P0NA 1N7KA 1YADA 4N9DA 1ZENA 2E5BA 3FS2A 4H3DA 4NNCA 1PVNA 4NX0A 2J24A 3EWBX 5BMWA 1FCQA 3BLEA 4GC4A 3NDOA 2R14A 2V2DA 3G1FA 4E2DA 1H7NA 3W1PA 3MHFA 3P8IA 4M6PA 3HG3A 4CQAA 4BWLC 5D2YA 1OX4A 3C6CA 3TJXA 1GVRA 3DHFA 2JBMA 5F1UA 4J9JA 1I45A 3QC3A 1GT8A 3QMTA 4O1CA 2QKFA 1VPXA 4K38A 1TTQA 2NV2A 1VCGA 2HSAA 1SO3A 3B4UA 2E5CA 5CZJA 3NOEA 3IIXA 3FFSA 4IPJA 3TSMA 3PB0A 4HHPA 4M6VA 5E1QA 5BOOA 2GVGA 4OV9A 5CGQA 3W7RA 1EA0A 3S9YA 3TJLA 1FCUA 3R13A 3THQA 1LLZA 2YW3A 3O05A 4WOZA 3QH2A 3T78A 2CZ5A 4UNKA 4RXFA 2Y88A 3SFKA 3W7PA 2ZRVA 3CHVA 3W7QA 4OGZA 3NPWA 4LT9A 4BFAA 1QWGA 3F1QA 2I14A 4DBEA 1TQJA 2DZVA 1X8FA 3LHUA 2WNZA 4LU0A 3TSDA 4MIMA 2ISSA 3PBVA 1F73A 3PVFA 4N02A 2YX0A 3RLUA 4N9BA 5G1YA 1A5AA 5BMXA 1YDOA 3E9AA 2OCZA 3G1DA 1ZNNA 2YR1A 4Y9AA 1B9BA 3LXBA 1X1ZA 1BKSA 4JN6A 5K7JA 4MLJA 1G4TA 3BW4A 4NQ1A 3QRHA 1MZHA 1A5BA 4N6EA 4DELA 3NA8A 3ZR4A 3W76A 1XDMA 5D38A 1XCFA 1L2UA 3PS7A 1GWJA 3CQ0A 3RFAA 4M19A 3TDFA 4NJIA 3W73A 4Y96A 2V5BA 3BLIA 4BI5A 4L4LA 1LP6A 4CCEA 4E2BA 2NXIA 2P0OA 4MOZA 3UYCA 3GK0A 1MO0A 2DZPA 3PBUA 3VE9A 4AWUA 4Z1CA 4ZMGA 3BGJA 1XBXA 4LRTA 1IXOA 3GDTA 1E51A 3I68A 2ATMA 1M7OA 2G97A 3W1UA 5CSRA 3N9SA 3ABRA 3JRKA 1TRDA 3TNOA 4ALDA 1S3HA 2E68A 2CLMA 4DXVA 1O5XA 4JTSA 1ICPA 3G1XA 1GEQA 1NF7A 4LC6A 1U5JA 3LRMA 4AHPA 3S1WA 4A29A 3W7GA 1DORA 3R2GA 3U6WA 3CTLA 5AHLA 3MHUA 3NG3A 3UWWA 3QF0A 4RV8A 4OV4A 3M0ZA 2R94A 3PM6A 4UTWA 1JRBA 2CZEA 1SO6A 1RD5A 4GXMA 4DF0A 1KV5A 5K3VA 2PE4A 1TJPA 4H6KA 3ABOA 5AN7A 3H53A 2FQIA 2WNNA 1F74A 3KVMA 1JQVA 2CLOA 5DLCA 1DQWA 3SECA 1K02A 4ICNA 3G22A 1ZY9A 2X1RA 4FNPA 3QSTA 3QZEA 4MJMA 1G4PA 3T55A 3RU6A 2NWRA 3B0UX 3NL6A 3P80A 1ZJIA 5L9FA 5EYWA 3NQ8A 1HFBA 4QSHA 3QFEA 1KTCA 3WFAA 2E77A 3W7JA 5HUOA 2B7NA 1XBZA 1K8ZA 3HOJA 1T96A 1KM5A 1H60A 3GDLA 4WQ6A 3OG3A 2JK2A 3NL5A 1TYGA 2RH9A 3PWAA 3W2LA 3W7HA 3EX4A 1I2QA 2J88A 3DFSA 2ZFAA 2HTMA 1F76A 3OVQA 2WSRA 4O4WA 1C29A 1WOAA 3E02A 3G24A 3VCRA 5D2WA 5LNRA 2RDUA 3IVSA 1OYAA 2A2IA 3N3MA 3QYQA 3IEBA 3LBCA 2X1SA 3L68A 2ZZ7A 1KW1A 3M47A 3GDMA 5AFDA 1FWRA 3T44A 4R34A 3P5ZA 1TCDA 4FNTA 4FNQA 4ML9A 1GYLA 3ATYA 3BV4A 1UB3A 5E93A 3PB2A 2FPTA 4ZL1A 5D32A 1FCBA 4HKPA 2OT0A 3AO0A 1X7FA 3IV3A 3NO5A 3HMJG 5CPMA 2B7PA 1TB3A 1EP1A 1WOBA 4RZ6A 2ZRYA 2ZBTA 3LHWA 2FB3A 4UUIA 4WUIA 2EF9A 4GUIA 4UTUA 2CZDA 4UMCA 3P61A 1TSIA 1XFBA 2AAMA 2E09A 2ZA3A 1FCVA 1HL2A 1VR6A 3M6YA 3UNDA 5G5IA 3FIGA 2O7SA 1VLWA 4JYEA 4OT7A 4K8HA 1GVFA 1SU5A 6TIMA 3HGRA 3M5XA 3TQ0A 2BXVA 6ALDA 3A5VA 3PAJA 3IIVA 1MXSA 1VCFA 3Q2DA 4FXRA 3I7RA 5AC7A 1L6SA 3PC0A 1HG3A 1VS1A 4IJBA 3NM1A 1OX6A 1H62A 1H63A 3P74A 1QPQA 1AL8A 2B0MA 4QAIA 4LVDA 4FNRA 5I3HA 3TC6A 5C54A 3G8EA 4N2YA 3QJAA 3EB2A 2YW4A 1JCJA 4YWIA 2C18A 5G2WA 3EWYA 2E6YA 4MZYA 3JS3A 3TCEA 3EEGA 3DXIA 3T4CA 2R8WA 1TV7A 1KLZA 3B03A 3Q58A 2VEPA 3HB9A 2TMDA 3C3NA 3U8GA 5FEWA 5DCDA 1JCMP 2ZA2A 5FEZA 4JTLA 4JY8A 3FLUA 2QCGA 1R30A 2DZTA 2ZRWA 4PL2A 3UWZA 3W74A 1W5PA 2DZSA 3LDVA 5F2IA 1FDYA 2D73A 1LRTA 4JTUA 1YLVA 3C2VA 4LUIA 1H7OA 1QDSA 3LI1A 3MBFA 1FUYA 3S5NA 3NQ2A 1DBTA 3HPSA 4LC8A 5HINA 1HUVA 4ZQOA 2FB2A 1P5BA 4O1BA 1TPEA 3OVPA 3FEMA 2V82A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LERA

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