3LI1A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 83
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3li1A00
1TO3A 1AL8A 3E49A 1QPQA 2Q8LA 4XWUA 3GXPA 1FCBA 2ZRXA 1XC4A 3BARA 4NNCA 4DPQA 2W6RA 2EPHA 3NQ2A 2QUUA 3QMSA 2A6LA 1S5TA 3CEPA 2VXNA 1XL9A 4O54A 3LLFA 2ZZ7A 3N14A 2P0OA 3I6RA 3KVJA 3TQ0A 1M5WA 1VCFA 4WUIA 5EPDA 2WQPA 2X1SA 4IJBA 4IX0A 2WJZA 3NQAA 3G3MA 4MLRA 1KM5A 2CLIA 3NQVA 4YXGA 3PUDA 4JR5A 1VHCA 1ZAHA 1AG1O 3WK0A 2ZFAA 3WJWA 5BMWA 1KLZA 1VYPX 4IMDA 4MFEA 3FIGA 5G4EA 1GZGA 1CX9A 4HHPA 5CZ0A 4GBUA 2B7OA 1VH7A 1FWNA 2DZVA 5E0KA 1JRCA 1FXPA 1TV8A 1NEYA 4NJIA 3LXBA 1M7PA 1K7FA 4BI5A 4GUFA 1XBVA 3UWVA 3B06A 3AJXA 1KBIA 1OYCA 1JULA 4JX4A 5D2VA 2ZTKA 2ZQ0A 3HPSA 4JY8A 1A5AA 3HPXA 3W7OA 5CSRA 3BGGA 3KOFA 1KFBA 3EWBX 2NXHA 4HSNA 3B03A 3ABSA 1OFQA 2PRLA 2G95A 5AYZA 3BG3A 4UTKA 4UR8A 4OV4A 2Y70A 3LI1A 3NO5A 3G0UA 5AC7A 3ABRA 1NVMA 3EB2A 3W23A 5HWNA 1TPFA 1LM1A 3QC3A 3MO7A 1W56A 3DI1A 4EVZA 4I7UA 4GNJA 4W9TA 3TSDA 2YX0A 1NF0A 3T78A 3W85A 4RX0A 3PG9A 4IOTA 3C0JA 3N3MA 3MYOA 5AHFA 5AC6A 1JQXA 3L66A 5AHNA 1W3IA 3TROA 1EPXA 2AQWA 2J9ZA 4OHQA 5HR7A 1YXYA 1GYNA 1R2RA 1BEUA 2FJKA 3HOJA 5LGZA 5HWMA 1R2TA 4OV9A 5FEPA 3W1MA 1FQ0A 1O5XA 4LVFA 3LHWA 4EIVA 4O16A 2G97A 1KTNA 1UB3A 3VE9A 2WSRA 1WOBA 2NV1A 5EBUA 3W1UA 3W73A 1Y0EA 2R8WA 4NT0A 5AHLA 3BO9A 3DBPA 3VFLA 1I2NA 1H62A 2Z6JA 1FWTA 1YPIA 3M43A 4LVGA 1XUUA 4M6PA 4X3ZA 4RXFA 3LDVA 1Z48A 5EMUA 3GDRA 2E6FA 2ZRZA 3NOEA 1TRIA 5F2IA 1P1XA 3W3OA 2V8ZA 3M9YA 3RNDA 1JCMP 1VCVA 3CIWA 1W8SA 2EHHA 3W7JA 1Q3NA 3G1AA 3W7CA 1W5OA 3NPWA 2G96A 2FTPA 4E2DA 2ABAA 3NM3A 2J24A 1OG0A 3RLVA 3QMTA 4GUGA 2GUUA 1VCGA 5H91A 5BOOA 1H1YA 4RKAA 3RF9A 1V5XA 2VFFA 5EA9A 3W7GA 3GR7A 3TQVA 5EYWA 2NWRA 5H2ZA 4FF7A 3PC0A 3TXZA 4WY0A 2J9XA 1MEHA 5G5IA 4IXHA 5FESA 1FDYA 3W84A 4UTTA 5U7SA 2A6NA 3NNTA 2ZCGA 5A5WA 3O6DA 3VE7A 1QO2A 3P82A 1WOAA 2WNNA 3KRUA 3TW7A 3TC6A 2RDUA 1FWWA 5K4ZA 1ICQA 4BI6A 3A5VA 4Z0SA 3TSMA 3BV4A 4PEKA 3TMLA 5F2MA 3U2OA 3LCXA 1X6UA 2E68A 2QCEA 2Y63A 3MBDA 3C2VA 4AMAA 3W7DA 3Q58A 3CM4A 3EKZA 1F6PA 3IVUA 1K7EA 2Y89A 2CLKA 5D30A 5HUOA 1KTCA 1EP3A 4TX9A 5C2XA 1H7PA 4MKNA 1ML1A 4Z1DA 5AHEA 1PV8A 1DL3A 4LNYA 3I7SA 1VHNA 4WY0B 5HJLA 2J9YA 2A0NA 1W1ZA 5DXXA 1ZFJA 3GB6A 4MZYA 3STGA 3R89A 4YCOA 2EGZA 4NXKA 1JCXA 2DP3A 3O07A 1WA3A 3PSWA 4HIBA 3HO8A 1IIHA 3NQCA 1RD5A 1W5MA 4A3UA 3G8EA 5BW6A 2XN2A 1KFCA 2QCLA 2Y88A 1SZEA 2C13A 3KVMA 2FB2A 3EXTA 5KZMA 1J5TA 1HFBA 4IX2A 4JTFA 3EEGA 2ZRYA 4PFMA 3HB9A 3T44A 1LTDA 1YADA 3FKRA 1RVGA 2X2GA 5HULA 1H60A 3C4UA 4O17A 1I8JA 3NQEA 3G1HA 4QSHA 2ZTJA 2ZZ5A 3HBLA 3QW3A 3MP3A 1W54A 1ZAJA 1SZNA 4ADUA 1THFD 2B4GA 2CW6A 1TTQA 1GPWA 2TYSA 4QNEA 3SY5A 3TAOA 3IVTA 3MMTA 1OX4A 4HT3A 4O11A 4UMBA 4LVAA 3CC1A 1YPFA 3NA8A 3C56A 5G2WA 3O8AA 2Y6ZA 3N19B 5LNSA 2RHGA 4JYEA 3TR2A 4ZQCA 1LRTA 2OCZA 3L5LA 4CNNA 1DHPA 5CKSA 2W79A 1UBSA 4UFJA 1YDVA 3RU6A 3TQKA 1UUMA 2I9EA 3DAQA 3LBMA 2ISSA 1PCKA 1QDSA 2QCFA 2ZZ3A 3IIOA 4UMAA 2V2CA 2QJIA 2YW4A 4N9BA 3QH2A 3NZ1A 1UUOA 4RLIA 4K36A 3GDTA 2HMCA 2QCNA 4LUJA 1K7XA 3PY2A 2Y7GA 1MSSA 1RQBA 3S1UA 4YL2A 3LXAA 3GVGA 2C15A 1TCDA 5E93A 1DJNA 2FPYA 4MOZA 3W7NA 3HG2A 4DPPA 1XDMA 1FWRA 2PE4A 3BPWA 1J4EA 1ICSA 4BWLC 5DBUA 3U8GA 1Q6QA 4O28A 1OFAA 1TTIA 2C14A 2JK2A 1L6YA 4ZMGA 4O57A 2Z6IA 3QPZA 4O12A 3FEMA 1KM0A 3RLUA 3NQDA 3LBCA 5LNRA 2R91A 4YWIA 1PVNA 3IV3A 1WV2A 3MP4A 6TIMA 2P10A 1OFEA 3S6DA 5AFDA 2VFDA 5EKYA 3LERA 3P80A 3QYQA 1KFJA 1LOQA 4P2VA 3S0CA 4NQ1A 2DJLA 3CQ0A 3W83A 3EWWA 3NQ6A 4UTLA 1K8ZA 4M6VA 1A5BA 3LM7A 3QMRA 3MHUA 3N9RA 3NQFA 5AYXA 4S2CA 5I3HA 5HNRA 5CPNA 1LOSA 2ZA3A 1LRQA 2B7PA 1M6JA 5EL1A 1FUYA 1H1ZA 1Q6LA 1WBHA 1AL7A 4JGDA 3F03K 2YSWA 1OYBA 5DBTA 3A24A 2B7QA 4N9DA 4S1FA 5KITA 3GKFA 1GT8A 4DBEA 3G3DA 3N9SA 3BG9A 2DZSA 3S1VA 4HNNA 3FJLA 1GVOA 2D73A 3D0CA 2ZZ6A 4HNVA 3L5MA 5FEXA 2CLFA 2O7SA 1KFKA 3HG5A 4BI7A 1SO5A 5C54A 4UTWC 1QCWA 3CEUA 3DGRA 5SWUA 4K7YA 2HSAA 2QF7A 4UUIA 4HNTA 5C55A 1LBMA 1RV8A 3RFAA 3NL3A 3W2MA 1G7UA 3SECA 3W1TA 4GC4A 1P4CA 3EX3A 4FIQA 2YDAA 3W1RA 4DELA 1FCQA 3UWUA 4JNMA 2WNQA 1OABA 3N2MA 3GDLA 3QQ1A 3TNOA 4Q33A 5FF2A 3M47A 2YFOA 1T96A 3DFTA 3MI3A 3NDOA 2QUVA 3BW2A 3W07A 3M6YA 3EX2A 1GVRA 2E09A 2Q3RA 1PHWA 2NWSA 4FHAA 1ME8A 5J5RA 2YZRA 3K30A 4ORMA 3MWAA 4OWGA 1B4EA 3C2RA 3GAKA 2ABBA 5F1VA 5G1TA 4K6AA 1MZHA 4LOCA 4R53A 4AVFA 1BWKA 2B7NA 2QEZA 1SO4A 1UJPA 1BKSA 3LOTA 3OVPA 4BFAA 3QW4B 3BGJA 5AHMA 2E6AA 3M5YA 2WV8A 1GG0A 3LCHA 1JUKA 1EX5A 4PH6A 3BVJA 2ZZ1A 3PF3A 4M6QA 1YXDA 1Q6RA 5E1QA 2E6DA 1TQJA 2A85A 6ALDA 2BSLA 4JTHA 4KFOA 1L6WA 1EEPA 4ZVJA 2XN1A 3HGOA 3RK8A 1QOPA 2CZFA 3L65A 1A50A 3TUUA 2YYTA 3E96A 2VELA 3R12A 2Y7EA 3EXSA 3L0GA 1JCLA 4LVDA 4JX6A 5KZEA 2GVGA 2J88A 2IQTA 4NXSA 4ALDA 4AAJA 3IIPA 3KRZA 4O19A 4X9SA 1W5NA 2PRMA 1TV5A 4O53A 5G1YA 4C1LA 1OX6A 3W1XA 2VFGA 1EWEA 3L5AA 3SW6A 3QF0A 3INPA 4AF0A 3O1NA 1VZWA 2OT0A 5I3FA 1A5SA 4K37A 3B4UA 1YXCA 5DCEA 5CPOA 2TMDA 1LYXA 2CZEA 4FNQA 5U4NA 4KFNA 1H61A 1QPRA 1SZFA 4RR4A 1VS1A 3ATZA 2WKJA 3PVFA 5HUPA 1WQ5A 4PODA 4ZQOA 2ZA1A 1YTKA 3ZFHA 3S5NA 1VPXA 5CGQA 4RCXA 4GXMA 1ICPA 3DI0A 1FWSA 4IXXA 1LZOA 3W9ZA 1TTPA 3USBA 3TC7A 2VFIA 3W2UA 3OA3A 3OBKA 2R14A 2QR6A 1TPH1 3LCWA 2NUYA 4AF0B 3ABQA 1H7XA 2C0AA 3JRKA 3NQ8A 2V81A 3PULA 1KV5A 4CCDA 1Z44A 3PAJA 3DU0A 4O1AA 4DF0A 4TR9A 4JS3A 1W37A 3PG8A 4JIQA 1M7OA 5D37A 4O52A 4M7SA 4JTKA 4XBSA 1VYSX 3UZ5A 1TYGA 2ZRWA 4NJJA 2YXGA 3HGRA 5D03A 4FNTA 4LV9A 1CW2A 1YDNA 3LV6A 2DZTA 4JTIA 2Q3OA 1GYLA 3NQGA 4BF9A 1SW3A 3MI2A 3UD6A 2X30A 1R2SA 3O16A 4QISA 2J6XA 4MJZA 1JCNA 4O4VA 1F73A 3GK0A 4QITA 4MIMA 1QNVA 4Y96A 4MVAA 4LT9A 4I7VA 3LV5A 5FEWA 2GJLA 2FIQA 1JUEA 4P61A 5F4WA 3OVQA 2Y7DA 1JCYA 2V2DA 4O10A 1WBJA 1RZMA 2E77A 3HMJG 1TPEA 4LC8A 1SW7A 3GNDA 4UIOA 4BR1A 3IVSA 3E12A 2NX3A 3S42A 3IGXA 3LRMA 3P74A 1TPWA 4UTJA 3TU9A 3LHUA 3WFAA 5HWJA 4JX5A 4AWSA 1SSGA 3W72A 3UWYA 2Y62A 3P8IA 2H3BA 1SFJA 4ZQRA 5G4WA 4JICA 3TJLA 3O06A 4Z1BA 4I7WA 4IWWA 4GWEA 2PC4A 3GAYA 3UXAA 2A7NA 4H3DA 2GOUA 1XXXA 2VEMA 3QQ0A 1MEIA 2BTMA 3SR7A 3PBUA 4UR7A 4K38A 1C9DA 1HO1A 2E6YA 1H7WA 1LLWA 4WXZA 4WY0F 1XCFA 4U28A 3HIJA 2ATMA 5DXYA 1GTEA 2QCDA 3QPYA 3B04A 1W0MA 3NGJA 1S3HA 5LNUA 3C52A 3BG5A 1V7YA 3N73A 4KFPA 3ZS4A 2Q8ZA 3P60A 1H5YA 1GOXA 1LDCA 3S1XA 4MFDA 3A21A 4A21A 4CLMA 3IRDA 4WD0A 4ML9A 4DO6A 1L9WA 3HPZA 3W1AA 2QAFA 1H63A 3I7RA 4FX6M 4FB7A 4UTTC 4DBDA 3W86A 3EWXA 3PUEA 4JN6A 3R13A 1CI1A 4WX2A 5D05A 4MY1A 3W6YA 3R2GA 3NAVA 4ZQNA 4CCCA 4KWVA 2BXVA 3CTLA 4NZJA 3FFSA 5AYYA 2TSYA 3A22A 5HINA 2QCDB 2WSQA 1ALDA 3KXQA 5LKYA 1PHQA 3A9IA 1OF8A 4JTTA 4XUGA 2JGQA 3FA5A 3NPVA 4AHOA 2BZNA 5I3KA 3E0IA 4JIPA 4HPXA 1D9EA 1TSIA 4TU1A 3NXFA 2FLIA 1ZENA 3GYEA 4LTSA 2XN0A 4AXKA 3HJZA 4N6EA 3IIZA 1B9BA 3LHVA 1MXSA 4MY9A 5D04C 3TX9A 1VJIA 4XTDA 5CG7A 1TPB1 1SFLA 3ELFA 4NJHA 3WK2A 3IGUA 4O0ZA 4H6KA 4Z1CA 1TTJA 2C19A 1H51A 3H53A 2TPSA 3W7KA 4DXVA 1OFPA 3E9AA 4JTEA 1ZJIA 3CB8A 3L2IA 3S1WA 4NX5A 4OGZA 2VOMA 4HN4A 1EP2A 4UNLA 3M1ZA 4O0KA 2CZ5A 4L4MA 3W76A 4DO5A 1AMKA 4ICNA 4E2BA 2WPBA 2PRHA 3TH6A 1KM4A 3LHZA 1G4TA 2RDTA 1XFBA 1LORA 5CZSA 5K4XA 1EP1A 2GVLA 1ZAIA 1GEQA 4R33A 4PA8A 4O1DA 4WZHA 3TDFA 3MI6A 2VFHA 3F4WA 2CLHA 3W7EA 4CCEA 2CZDA 3G1XA 2DZXA 2X16A 3HGJA 1OK6A 4X22A 2C6QA 1VC4A 1BTMA 1L2UA 3L0NA 4O4WA 1XUZA 3O63A 3W2KA 2I14A 4AEOA 1FY6A 5I3IA 2RFGA 2QUTA 3OG3A 1VGAA 4O50A 2NXIA 4KWWA 4M19A 4EF8A 5AB3A 1F76A 3M5ZA 4B5NA 2VEKA 1WYIA 1TPUA 1W5PA 2H90A 1KM2A 2WO5A 3N34A 3SJ3A 4LW7A 1VYRA 3LLDA 5KMYA 4TMBA 3P8JA 3EWZA 4PL2A 1H7OA 1X1OA 3GDMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB0 A;  3LSB A;  1VBR A;  1ZLP A;  2DZA A;  2CEQ A;  3GXP A;  2XWD A;  3OG2 A;  1C3F A;  1NJJ A;  1J93 A;  2YCK X;  3GS6 A;  5A8O A;  3MSY A;  2EPH A;  3VII A;  2QUU A;  3QMS A;  1S2V A;  3N2O A;  2GGE A;  2VXN A;  2ZZ7 A;  1KGU A;  4OJY A;  2YL8 A;  3W25 A;  4IJB A;  3O0F A;  2WJZ A;  2ZXA A;  4MLR A;  1UW9 A;  1PZ0 A;  4S3G A;  3WK0 A;  2ZFA A;  3WJW A;  1HNY A;  2OEK A;  4B92 A;  5CH9 A;  5DO8 A;  4MFE A;  2PLM A;  4GD0 A;  1GZG A;  1QWK A;  4EAN A;  4QJ4 B;  4ZO8 A;  2PDQ A;  5EBA A;  2B7O A;  1FWN A;  1C8Q A;  1HXJ A;  3LS9 A;  3CQH A;  4HP5 A;  4HU0 A;  4NJI A;  3VNM A;  3F5L A;  4AZ5 A;  1P7T A;  4WJX A;  1ISZ A;  3LXB A;  1K7F A;  1XIH A;  4GUF A;  1SJB A;  1FWE C;  3P0W A;  3AJX A;  5H8U A;  1LLO A;  3HPS A;  5JIW A;  2VC5 A;  3JUG A;  3EWB X;  1TX0 A;  3P6L A;  4US6 A;  4G8T A;  4Q4S A;  3WH6 A;  1OFQ A;  2PRL A;  4LAO A;  1YX1 A;  4ACZ B;  4UR8 A;  2W91 A;  4GIA A;  2WLZ A;  1ADD A;  3NO5 A;  1XLH A;  4JTQ A;  3DG7 A;  3RM4 A;  2HK0 A;  1NVM A;  2OEL A;  3VUS A;  2BOE X;  1LM1 A; 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