3LI1A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 83
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3li1A00
2Y89A 1KM4A 2G96A 3NPUA 4DO6A 5LSMA 1JVNA 4UCGA 2VXNA 5CPMA 3HPSA 3UZ5A 2O7QA 1FBAA 1TQXA 3OVQA 1LRQA 2QCGA 5CZJA 5FF2A 4OWGA 3W1TA 4O4VA 3LCGA 1LOLA 1GVRA 3ZS4A 5I3GA 3W7KA 5T26A 4O1BA 3W1AA 1OF6A 1YYAA 2ISWA 2AAMA 1XL9A 3O6DA 4ML9A 4XKYA 3QYQA 3RU6A 5J5DA 1ZAIA 4RK8A 3TXZA 3FS2A 4QJ1A 1ICQA 3B4UA 1I4NA 4GUIA 4O28A 3QZEA 5H91A 1N7KA 5BW6A 1KV5A 2V2DA 3GXTA 3L68A 1YPFA 3QH2A 4FX6M 5CPOA 1UUOA 1LBLA 1DOSA 3KVKA 3LCXA 4UTWC 4YLWA 1VCGA 1H63A 1XBZA 5I3JA 2YZRA 3LCLA 4CLMA 1T96A 4UXDA 4PTNA 1I8JA 4GUJA 4XTDA 3FYPA 3W7JA 4HHPA 4R53A 4NJJA 2QDHA 3DBPA 4TIMA 1FCBA 1HFBA 2JBMA 5AHFA 3LM7A 2NXGA 3NZRA 3CEPA 3TKFA 1GWJA 4H3DA 3EEGA 2B7QA 3TV8A 1S5VA 4UFJA 4W9TA 4OV4A 1R30A 2GVJA 5AC7A 1JUEA 1SW3A 3WJYA 4O1DA 4K37A 3P8IA 5HUOA 3TH6A 4FNPA 2NUXA 4JICA 1JQXA 3N73A 1Q45A 1QR7A 3MP5A 2NXHA 2R91A 4ZQMA 5TIMA 2NZLA 3N9RA 2CLMA 3W7HA 2CZEA 1VJIA 4NT0A 5KMYA 1IXPA 1EWEA 4CQ9A 1ZJIA 4O14A 4YXGA 1SZGA 4TMBA 1SR9A 1YXYA 3HO8A 3L2IA 3TA6A 4OHQA 1KW1A 3GK0A 5FF3A 4P2VA 1M6JA 2CFFA 4LS0A 3B03A 2OT1A 3A22A 1G6CA 3NOEA 2FLIA 3DFNA 4FHAA 5E1QA 3CTLA 3G1XA 4EWND 3P5YA 1RQHA 2ZRVA 4HKPA 1H1ZA 1SZNA 2NX1A 2ZZ5A 3W7IA 1F5ZA 1P1XA 1SFLA 1GVOA 3EWYA 5HNRA 5AYYA 3CLMA 3GR7A 3TSDA 3W76A 4FNRA 2CZFA 3TAOA 1DJQA 4UFMA 1JQVA 2P0OA 3P80A 2NV1A 1XDLA 3QMSA 3KVJA 2Q8ZA 5BMXA 3W1RA 1KFCA 5K3VA 3IRDA 2DZVA 1J5TA 1FDYA 2C18A 1Y0EA 1MEHA 4QQ3A 1LOSA 3SGZA 2QCDA 1D3HA 3PG9A 1C9DA 4XTIA 3K30A 1U83A 2OMAA 3TMQA 1SZEA 1O95A 1T99A 2FB2A 3A5VA 3PB2A 2CLIA 1WQ5A 7TIMA 2Z6IA 4D2JA 2XFWA 3RFAA 5C55A 4O12A 3PBWA 1EB3A 3G1SA 3PSWA 3EXRA 5FI8A 2CLFA 2E5DA 5SWUA 3I6RA 4NZFA 2J9XA 5EA9A 3S1WA 3BLEA 3MHGA 3NM3A 5CZSA 2YFNA 3NM1A 4AB4A 3LOTA 3MHUA 5AB3A 1DV7A 5LNRA 3P8JA 2ZFAA 5HQEA 4MY9A 5KITA 1OYCA 2OT0A 2WPBA 3TNOA 2A7RA 3OBKA 4OU1A 4K36A 3RF9A 1KTNA 3IGXA 4AH7A 2ZZ3A 3GZ3A 1LZOA 2BSLA 2NWSA 5DN1A 2TSYA 4AVFA 4OV9A 3T55A 1XKYA 1B57A 4Q33A 5IBXC 1M5WA 1GQNA 1FWNA 6ALDA 3DFQA 3DXIA 3CT7A 2O7SA 3P67A 2ZYFA 1TJRA 4DXVA 3U2OA 3HGRA 3W73A 4AWUA 2PC4A 3LTPA 5I3HA 4UMBA 4AF0B 1RVGA 4GBUA 1K03A 2NUYA 2Z6JA 4NJHA 3TAKA 5K9DA 4DEFA 4JDYA 1O5XA 2X30A 1NSJA 3LCIA 5K9CA 4AMAA 1WAUA 4HSNA 1LCOA 3I68A 4YCOA 4O0ZA 3MBFA 1F74A 1C8VA 3L0NA 4JTIA 2PRMA 2FPVA 2WSRA 3R2GA 2P10A 1LBFA 4OGZA 4FNQA 1L6SA 3W86A 1OVDA 3PY2A 3C2VA 5LNWA 3IIOA 2CW6A 3UPWA 2Y88A 3SZ8A 3TMLA 1K3UA 2DORA 3DHFA 3DZ1A 3TC7A 2FJKA 3CWNA 3UY7A 5D04C 3L5LA 1S5WA 4MYAA 4ZMGA 5D33A 1TTJA 1VRDA 1VYSX 3F4WA 3RLUA 4EVZA 3LCHA 3HGOA 4MOZA 1W1ZA 5IM51 1MO0A 1O4UA 2HSAA 3W07A 4LVFA 4QSHA 4NZJA 2ATSA 3G0XA 4M6VA 2DZSA 1TV8A 3W2KA 3GKAA 4A3UA 2R8WA 1V5XA 3W1UA 3MP4A 4AHQA 4L4LA 2XN1A 5U7SA 2DZTA 3MP3A 1ZY9A 2GUUA 5FESA 4IMFA 3VCRA 3W1XA 1G4SA 4MVAA 4G1KA 3TJLA 1TPWA 1I2PA 2QUVA 4NVTA 1SO4A 3L5AA 2X2GA 3TSBA 2ISVA 3W1MA 4JS3A 3U6WA 1H60A 2A4AA 3MMTA 3G1DA 3HIJA 3KAOA 3VE7A 2BTMA 2X16A 5C54A 1GVSA 4HNUA 3QSRA 2A21A 1H50A 5AOUA 1HL2A 1OYAA 3UXDA 3DHDA 3QQ1A 2Y61A 2ZA1A 4PC8A 2D73A 1VCFA 2WO5A 3TC6A 3S8HA 2TRSA 4IMDA 1FY6A 3PG8A 4GWEA 2ZRWA 1YPIA 3NQAA 5BMWA 3BG5A 2J88A 2V82A 1MSSA 5F2MA 1TCDA 3GDMA 3HMJG 2QJHA 2RDUA 4UR7A 2VKZG 3Q94A 4GUHA 4IPIA 3TUUA 1OX4B 3N3MA 3FLUA 1SO3A 1SSGA 3BARA 3N2XA 2I14A 1X1ZA 4JTUA 4LRTA 5E0KA 3W7EA 1KBIA 3GB6A 2YGYA 3LBCA 1EA0A 2GVGA 3I65A 1VC4A 2BWGA 1G4PA 4BI7A 3M1ZA 5MHBA 3CQ0A 3NL2A 1SO6A 1H5YA 2FB3A 2J6XA 3C2FA 4XBSA 1KM1A 5KSWA 2E6FA 3NQ2A 2LLEA 1I2OA 3HF3A 3C4UA 1KM0A 3M0ZA 4JGDA 1JCLA 1OJXA 2OJPA 4AHOA 1PS9A 4IGHA 2B7OA 3W2LA 3NQVA 1VHNA 3EXTA 3W85A 3LB0A 3M7WA 4WUIA 2AQWA 4BR1A 2OZ0A 3DFTA 4CCEA 4UMAA 5D32A 3TQ0A 3R13A 4LVGA 3EWZA 4TR9A 2X1TA 4NJKA 3EX2A 3LHYA 4HN4A 4RV8A 5HR6A 1UB3A 2V5BA 4DO5A 5AHEA 1QNVA 4MFDA 4UIOA 3MO7A 2YPIA 4EF9A 1I2QA 4UTWA 1RPXA 1OX6A 3W7DA 2JGQA 1BTMA 2Z1BA 3CWOX 3OVPA 1ICSA 4I9AA 3UWQA 4LY8A 2EHHA 3B0VC 2Y7DA 2BLEA 4FNSA 4K6AA 4IJBA 1X1OA 3M16A 2H3BA 1LRTA 1YADA 3KHJA 5AFDA 1K8XA 1QCWA 3THQA 4O54A 4PH6A 3PWAA 4ADSA 3QEZA 5HWJA 3UZJA 3NL3A 5F4WA 4UTKA 1OK6A 3OA3A 4JX6A 1FXQA 2WSQA 4N4PA 4GFSA 4MLRA 2V81A 4R33A 4MY8A 4WQ6A 4KWVA 4JTTA 1XBXA 4LU0A 1A5AA 1I45A 1KM6A 2CZDA 2ZCGA 1DORA 4LV4A 2HS6A 4JTJA 4O16A 3BLFA 3F4NA 1TPFA 2WQPA 5FEWA 3GLCA 3FJLA 1HO1A 1TJPA 4EIVA 1KFBA 4PA8A 4DPPA 4FXRA 4LS2A 1WA3A 3ABRA 4BFAA 4OT7A 3IVUA 4GUGA 2ABBA 5KTLA 1DQWA 3F1QA 4RXGA 4WY0B 1F7BA 3G0SA 1YTKA 3W22A 2Y85A 4UMCA 3E96A 3SGUA 2QEZA 2W79A 4IMEA 4FIQA 3W75A 3HG3A 4JEQA 4Y90A 2A6NA 3FJ6A 4MZYA 1E51A 2QAFA 5EKYA 1GT8A 1SFJA 4Y9AA 2CLEA 2HS8A 1LORA 1SZFA 3O07A 1Q6RA 3OIXA 4HIBA 4OBTA 1ME8A 3G1FA 4XQ6A 1G69A 5D2WA 1LYXA 4JTEA 4H6KA 3QMRA 3UNDA 4ALDA 3P61A 3DENA 3TDFA 4JYFA 3NPVA 2IQTA 3DKLA 3EB2A 3MUXA 1P0KA 3E49A 3NXFA 1VYPX 3QMTA 2ZZ6A 4WXYA 2YXGA 3GYEA 3FYOA 2ZZ2A 4MUZA 1R47A 4J9JA 4JIPA 4A22A 2B0MA 3STCA 2QCDB 4JR5A 1J4EA 2VC6A 2DP3A 3NYZA 4OE7A 2G95A 5G2IA 1XFBA 3UQNA 4M6PA 2KZHA 3IGSA 1EUNA 5GVJA 5DY3A 3HG5A 1IIHA 4CCCA 3W87A 1YDVA 4E2DA 5BOOA 5D30A 4S2CA 5C2XA 4E2BA 1H7OA 4FX8A 4PODA 3TCEA 4MY1A 4FEZA 3LDVA 1LLWA 5DXYA 3HQ1A 3EX1A 4GUFA 1VYRA 4ZZ9A 5LNUA 3PAJA 1KFJA 3HG2A 2ZZ7A 5U4NA 1JULA 1X7FA 3CB8A 3G1VA 3IIPA 4KWWA 1GPWA 1QO5A 2QCNA 2ZBTA 3ANYA 4K39A 3OHIA 3EX3A 1VR6A 4NQ1A 2ZRZA 2CLHA 5IBXA 1A5SA 4S2BA 4K7YA 3LXBA 1O94A 3BK0A 3W9ZA 1NVMA 1DHPA 5LGZA 4ZVJA 3W3OA 1QPQA 4PCFA 5D2VA 4O15A 3EWUA 2Z0IA 3HG4A 4O50A 3LLFA 3IIZA 3T44A 3S42A 3QJAA 4ORIA 3M6YA 3L67A 1NAL1 1WOBA 4QISA 1KM3A 3P5ZA 3S1VA 1GTHA 2YFOA 3LV5A 4AXKA 3IV3A 1OX5A 1TO3A 2X1RA 2DJXA 2NV2A 2A1YA 3VE9A 1QMLA 1KTCA 2EF9A 3NGJA 4WY0A 4EF8A 5K7JA 4FF7A 4O18A 1QFEA 3W7PA 3N9SA 5DCBA 4Q32A 3P7YA 3PSVA 2RDWA 2XN0A 4TO8A 5F2LA 1EWDA 3SIZA 2RKXA 1ZFJA 2WV8A 2A7NA 1JJKA 4NUWA 3LCWA 4XBKA 1ZCOA 2BX7A 2FIQA 4IPJA 4O17A 1F73A 1TTQA 1VH7A 3L5MA 3NQGA 4BI6A 1FCQA 1AL8A 3NL6A 1LOQA 2YYTA 3G1AA 3CIWA 3BW2A 4DBEA 3T40A 1JR1A 3CPRA 4BWLC 4Y6GA 1SUXA 4JDBA 4AHPA 5EY5A 1L6WA 2A2IA 3NG3A 1UJPA 5D2XA 3HJZA 4WOQA 4MLJA 4UR8A 3A5FA 1ALDA 3I7RA 3KX6A 3NQEA 3W7QA 2GQ9A 3C2RA 4NNAA 1W3IA 3A23A 1H7RA 3GNDA 1GTEA 3SY5A 1NFBA 4O8RA 3GKFA 2YCEA 1NF0A 2VFGA 2X1SA 4YL2A 5HJLA 3HPXA 3A21A 4POCA 1OYBA 2DZWA 3NQCA 1WXJA 3GR8A 4N6FA 3W7OA 1RD5A 4L4MA 2CZ5A 1F6PA 3M9YA 4DBDA 3BGGA 5BNKA 3P82A 1ZAJA 5G5IA 1KTBA 4ICNA 1HG3A 1TRIA 4LVAA 4IOTA 3PR2A 1Q6QA 3PBUA 4RJEA 1D9EA 5BRBA 4AWSA 3MYOA 4WJEA 2ZTKA 3C3NA 2PRHA 5HMSA 1OG0A 2ZA3A 3TXVA 1AK5A 1TRDA 3PB0A 3B0UX 4XUGA 3HGSA 4A29A 2ATMA 4RXFA 5TBOA 3O15A 4MZ1A 3NL5A 3GX9A 2ISSA 5HUPA 4MIMA 1UUMA 4E38A 2HMCA 5K4ZA 2FTPA 2RFGA 4RLIA 2NX9A 3GNNA 3F03K 1KA9F 2TYSA 1GG0A 4JXCA 1PCWA 2G97A 3E9AA 4N9EA 2A85A 3R12A 4K8EA 3V1PA 4WZHA 1MEIA 4U28A 3N14A 3GDTA 1UCWA 1VGAA 3BLIA 3NR0A 1DL3A 1MEWA 2B7PA 1KM5A 3MJYA 2J27A 3UWVA 2NUWA 2WNNA 2JKPA 1U5JA 3PUDA 4UTLA 1LP6A 1WV2A 2R94A 1VHCA 2ZZ4A 1OHLA 4JTSA 3O63A 4GXMA 1XUZA 1AW1A 3TE9A 2PURA 5D02A 1ZNNA 1HUVA 3FKRA 4JYEA 4AEOA 3USBA 2ZTJA 1EPXA 1SPQA 3R5EA 2VOMA 4LVDA 3LHVA 4CNNA 1L6YA 5AC8A 2CWNA 2C16A 3TU9A 4M7TA 4KFOA 3GVGA 1OFAA 1K7XA 5EPDA 2B7NA 3LRLA 2VEPA 1ICPA 3S1UA 2DJLA 3PUOA 4UTIA 4M5PA 4A2RA 3N34A 4MYXA 1JUBA 3CEUA 4Z0SA 2RDTA 4PL2A 5LNSA 5DCDA 3R89A 2R14A 1IXOA 3W6YA 3TROA 3O05A 1IXQA 1BWKA 3ELFA 5C5YA 3WK3A 2V0TA 5AHNA 5F1VA 1S3HA 3IVTA 4A21A 3PBYA 4AAJA 3M44A 3MYPA 1UBSA 1OFBA 1KLZA 3LERA 3W70A 1I2RA 1OF8A 4C1LA 4Z1CA 2Y6ZA 1KBJA 1H62A 3DI1A 3EWXA 3LLDA 3TR2A 2E09A 4X22A 5J5RA 2WKJA 3TSMA 1WOAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HL9 A;  3VKK A;  2YA0 A;  5LSM A;  1JVN A;  2VWS A;  1PDZ A;  5D8Z A;  1LL7 A;  4XD3 A;  3UZ5 A;  1FBA A;  3OVQ A;  2I5G A;  4F8X A;  5A69 A;  2EJA A;  2VEF A;  3LCG A;  1LOL A;  5I3G A;  4YVX A;  3SRK A;  1XL9 A;  3QYQ A;  3RU6 A;  5E70 A;  4W8B A;  3FS2 A;  1I4N A;  4GUI A;  5H91 A;  5FJT A;  5BW6 A;  1KV5 A;  1XLC A;  2EG6 A;  1HT6 A;  3GBD A;  3BLP X;  1YPF A;  3GNP A;  3LCX A;  1VCG A;  3PNU A;  2EO7 A;  4IFK A;  5REQ A;  5CPT A;  4LF2 A;  1T96 A;  1M68 A;  3C86 A;  4XTD A;  3RO6 A;  3VIP A;  1V7A A;  3LQG A;  4ZFM A;  3U5U A;  1AH4 A;  3IUD A;  4HHP A;  1C93 A;  4GI4 A;  4WGH A;  2QDH A;  3DBP A;  3HJE A;  3WFL A;  5JU6 A;  2IKI A;  1ITU A;  1PZ3 A;  3T2O A;  1XLL A;  2E3Z A;  4DWS C;  1GWJ A;  4H3D A;  5HNU A;  3TV8 A;  4UFJ A;  4OV4 A;  3E2S A;  1J0J A;  5M3W A;  3H21 A;  4E3V A;  2WSP A;  4V1Y A;  4O1D A;  4G56 A;  2WZH A;  4M80 A;  4XO7 A;  3CUZ A;  2WMI B;  5HAN A;  3T05 A;  4CUC A;  3W6M A;  4F2T A;  4WKA A;  4ZQM A;  5TIM A;  4EPB C;  1O68 A;  2F61 A;  4BHY A;  1TVL A;  5KMY A; 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