3LI1 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	218
structure length	218
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__413428668737531__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__413428668737531__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3LI1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__413428668737531__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"413428668737531","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3LI1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__413428668737531__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff777dbb69de7ddae02364/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff777dbb69de7ddae02364/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff777dbb69de7ddae02364/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff777dbb69de7ddae02364/pdb.gz): 537 ms

reading 218 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

218 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:217});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	218
sequence length	218
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3li1A00

5EMUA 3FIGA 1JCLA 4I7WA 4ZQNA 5K3VA 3IVSA 1YTKA 3W72A 3QMRA 2P10A 2YFOA 2ZZ3A 3WFAA 4NXKA 4O54A 3G1YA 3TQ0A 4OGZA 3MYOA 4TO8A 1LROA 4MJZA 1QOQA 1IIGA 2A5HA 4Z1DA 1O94A 3HJZA 4Y90A 3SR7A 4K38A 1OFRA 3W7JA 1TTIA 4XKYA 1WA3A 2ATMA 4XKYB 1FX6A 2NUXA 4E2BA 3BPWA 2FPTA 4RV8A 3EWBX 2C16A 1ZNNA 1WXJA 1SO6A 1O5KA 3TSBA 3MI6A 4UTMA 3RK8A 1PHQA 1NAL1 3QMTA 3H54A 3KHJA 1HO4A 5F4SA 4UTHA 1VCFA 1ME8A 1QCWA 4O8RA 4MZ8A 3HG3A 3LCHA 3NQFA 2ZA3A 4JXCA 3RFAA 3BK0A 3W7OA 3IGUA 2QCHA 2V2HA 3SJ3A 5ABTA 3VE7A 3IEBA 3M9YA 4UTWA 3SFKA 2PCQA 3W7PA 3ZFHA 1KM2A 2G5WA 2WV8A 2OX1A 3R8RA 3QPZA 4ZVJA 2H6RA 3NEVA 4XWUA 2PRLA 1SSGA 4RX0A 1EWEA 1GTEA 2NXGA 5DXXA 1R46A 3G24A 5FF3A 4DEFA 3MO7A 1VQTA 1IXPA 3Q58A 4O17A 1P5BA 1XUZA 3VKJA 3LXCA 1VLIA 3P8IA 3HMJG 3G1FA 1GWJA 3KRUA 5AHLA 3E02A 3OHIA 4A2SA 2BLEA 4I7VA 1VGAA 2X30A 3TSDA 1FBAA 4GWEA 3WJSA 4M5PA 4IQLA 1K03A 1S3HA 2IQTA 4XBSA 1KFKA 4O19A 3USBA 4S2BA 5FF0A 3OEXA 1FY6A 3IVTA 3G3MA 4XUGA 3TW6A 1WV2A 2D73A 3FYOA 2ZRWA 3E9AA 4XBKA 3EWWA 1RD5A 1ME7A 1CX9A 1TCDA 4N9BA 5E1QA 3GDMA 3GXPA 4JTTA 3W1QA 5C2XA 1EWDA 1OF6A 2E5DA 4FF7A 5D05A 4NJIA 1M6JA 3MI2A 4LS1A 1M5WA 4LUJA 2DZUA 4TX9A 1UB3A 4HT3A 2GPTA 5CSRA 5DCBA 1VYSX 1ZALA 5HMSA 4UFJA 4LY8A 4UR8A 4LWWA 4MLRA 3HPZA 4E2DA 3KAOA 3P62A 3HGJA 3UPWA 1IXNA 4X22A 3O8AA 3ATZA 4ALDA 3C2EA 2Y89A 3HB9A 2JBMA 1QO5A 4JYDA 3C61A 2ZYFA 3W7LA 2PURA 4ORMA 2YZRA 1I4NA 3PM6A 5D38A 5D37A 5KZDA 5A8GA 3UWQA 1FWRA 1RR2A 3W1MA 4A2RA 1SR9A 1H7XA 3GKAA 4LNYA 3NQVA 3W23A 4Q33A 3LCGA 4LV4A 4JTGA 4N02A 2CFFA 3TXZA 1S5TA 4KFOA 1HL2A 3EXTA 3W7EA 4RXFA 4FNQA 2ZBTA 4JTLA 1RQHA 3QF0A 3BW4A 5DCEA 3L67A 2EKCA 4JTUA 5J5DA 4OT7A 3T4CA 2DZPA 3PULA 1JRCA 4UFHA 4JNMA 2WJZA 4RKAA 3LX9A 1H51A 3M44A 4LV9A 3O6CA 2Q8LA 1WX0A 2X16A 3LLDA 1YXDA 3UD6A 2UV8G 1U5JA 5EBUA 3ANYA 3QM3A 3KX6A 3EWYA 1YDNA 4PH6A 4RZ4A 1JULA 4OQVA 3MYPA 3NQ8A 4CQ9A 3B0VC 2Z2UA 5F2IA 2PRMA 3RU6A 1AMKA 3NL3A 3HGRA 1QPQA 3HG4A 1GVRA 2VEMA 1WBHA 2QJHA 4YXGA 4Z1AA 3ATYA 5E0KA 3W2LA 2QCFA 4K8EA 1I2PA 2W6RA 3W85A 3W83A 4ZQPA 3SIZA 1LZOA 4OU1A 3M47A 1C29A 5FEWA 3PAJA 1GVFA 4ADUA 4IX2A 1B4KA 3LOTA 3IIZA 4O4VA 1I45A 1QNVA 1TPC1 1P4CA 1DJNA 2VFEA 1KTCA 1ADOA 1TV5A 4JDYA 4CCDA 5EA9A 4BWLC 3CM4A 4X9SA 3FS2A 4JICA 4S1FA 1W3TA 2A7PA 1WBJA 3AO0A 4E0CA 3NG3A 4HN4A 1QMLA 5K2ZA 4UFKA 2V81A 4RR4A 3LTYA 1XM3A 1H61A 1L9WA 2DJLA 2QCGA 3GDLA 3GDRA 1H7NA 3CHVA 1SZGA 4Z08A 2CLEA 2E6AA 4O0KA 3S8HA 4M19A 3A21A 2ZCGA 2Y7DA 4EWND 1F7BA 1NF0A 2B4GA 2VELA 4RZ5A 4UTTC 3WJZA 2A0NA 4GNJA 3O6DA 1HUVA 3EWUA 4JS3A 2V9DA 3G8EA 1RZMA 5LNSA 4QIUA 3KVMA 1OX4A 2GJNA 4N6EA 4R7JA 4IMDA 3W7GA 5LHEA 4WY0F 3B03A 1LDCA 4IMGA 3W2KA 3UXAA 1VJIA 3NYZA 5D33A 3TU9A 3GR7A 4IMFA 3EWXA 3GXNA 3S6DA 2ZRZA 3LRLA 3CWNA 3O1NA 1L2UA 1P1XA 3DZ1A 2FFCA 2QEZA 5LNWA 4NNBA 5K4XA 2R94A 2ISWA 4YMZA 4KFPA 3W1UA 2I14A 3G1AA 3PBWA 2CW6A 3O63A 1OFBA 1QAPA 5L9FA 2ZA2A 1TMHA 4NUWA 1HG3A 2WPBA 3P81A 4Y6GA 4IPJA 4R34A 5IM51 1TYGA 1TTJA 3SI9A 4NX5A 3WK2A 3GAKA 2Y7FA 3GKFA 5D2WA 4KWVA 3QRHA 2C18A 2E5CA 3FEMA 1FWNA 4K7VA 4IJBA 3T7VA 1E51A 3K30A 3PG9A 4W9TA 3W1LA 1G7UA 4K37A 5KSWA 3CTLA 3TJLA 4BFAA 4EVZA 1ZAIA 2OZ0A 1H1ZA 5KTLA 2EHHA 5EY5A 1X7FA 3B0UX 2V0TA 4ML9A 4GC4A 3TJXA 1DQWA 1X1ZA 4FX8A 1T99A 2ZZ5A 3M1ZA 1XFBA 2P0OA 3NNTA 3T44A 2X1RA 3LXBA 4JYFA 4TIMA 1VCGA 3UYCA 3CIXA 4S2CA 2NV2A 5HINA 2NWSA 3GB6A 3CC1A 1A50A 4LRTA 2OT0A 2J27A 4QITA 4JDBA 1Q6OA 3JR2A 4UTWC 4ZQOA 1EP3A 1G67A 5TQLA 4LVBA 3TR2A 1IF2A 3LCIA 3LHTA 3UWWA 5I3IA 1LOLA 4P61A 3KXQA 3KFTA 5I3KA 4UMAA 2A7NA 4RK8A 5CPLA 3A5VA 1KBJA 1WOAA 4GUIA 3C8FA 3NZRA 2C6QA 3H55A 4GXMA 5HWMA 1LM1A 4M6QA 1TJPA 4GUGA 1MO0A 3SW6A 4U4MA 4N2YA 1MEHA 1SU5A 4K7YA 2NWRA 3LHVA 3MJYA 5U4NA 2BXVA 4JTKA 3CB8A 4O50A 4PCFA 3WK1A 3OVQA 3MHFA 3SGUA 2OMAA 3QW3A 3NGJA 3LHWA 3NL2A 1W56A 3NA8A 1TSIA 5D2VA 3W7HA 2B7OA 3PUDA 1LLWA 2X1TA 1W0MA 1DL3A 1A53A 1VYPX 1JVNA 4WZHA 1XCFA 3U6WA 5F1VA 3KVKA 4JTIA 5F4WA 3W84A 3PG8A 1DVJA 4DF1A 1LTDA 1EP2A 1VCVA 2EPHA 3W88A 4DF2A 2TSYA 3W71A 2HS8A 1W54A 2JK2A 1XKYA 1OFDA 2QCCA 3LERA 1GVQA 5K7JA 5F2GA 2NLIA 4O53A 2Q3OA 1OVDA 5G4WA 1YDOA 2VOMA 4OHQA 2Y85A 5AOUA 3TMLA 4RZ6A 3L9CA 2Y63A 2ZQ0A 4HKPA 3Q94A 2W0UA 3QZEA 5EL1A 1R2RA 4KFNA 5AHEA 3MWAA 1IIHA 4BR1A 1HTIA 2C19A 1LBMA 2GQAA 2R8WA 4MOZA 3P67A 1KFLA 2QAPA 4JX4A 5D03A 2F84A 1KW1A 4A22A 3EX1A 3HF3A 3PSVA 4UFLA 2VC6A 4AWTA 2Q8ZA 3GIYA 1AG1O 3TSMA 2DZXA 4JY9A 1FDYA 3RLVA 5CSSA 3N9SA 1L6YA 1QWGA 1OYBA 1XUUA 1RVGA 3GNDA 3P80A 2CU0A 1F05A 3P84A 4AWSA 1TV8A 3VFLA 4IXHA 1VC4A 2E77A 1ML1A 1ZENA 4QM1A 2H3BA 5E93A 1PHWA 1B9BA 5AHMA 3JS3A 3LCWA 3GNNA 1VLWA 1W8SA 3PB2A 3BG3A 3STCA 4JTFA 1W31A 1TB3A 4R33A 1YXCA 2Q3RA 4FNRA 3N2MA 3D0CA 2DORA 2QCEA 1KV8A 1FXPA 4H4IA 4AVFA 1JCXA 1OK6A 1DHPA 1MSSA 4JEQA 4K6AA 4QAIA 4XTIA 2YFNA 3KRSA 4NJGA 3ZR4A 2ATSA 3DFQA 2RHGA 5FESA 3TFCA 4Z1CA 4R53A 1K8YA 2ZRVA 4HPXA 3STGA 3WJYA 1DBTA 3OG3A 3PB0A 4O18A 3EX4A 4WD0A 4ADSA 3LLFA 3W2JA 5I3GA 2RDTA 3L0KA 1LOSA 3F1QA 1K02A 2NXHA 4ADTA 4FB7A 4AHQA 3W7IA 3GYEA 2ZDRA 3QFEA 3S5NA 4DQWA 1BWKA 3L5AA 2VFFA 3L21A 3CWOX 1QPRA 5AFDA 2ZTKA 1VHCA 4PC8A 4LW7A 4QNEA 5FEXA 1LORA 2NXIA 3LRMA 2BWGA 5AHFA 2WNQA 1GVOA 1QPOA 3LI0A 3IIXA 1O5XA 4GRSA 1FCUA 4LT9A 4QJ1A 1W1ZA 2QUTA 4MY1A 5HUPA 1R2TA 4QQ3A 2ZFAA 3W87A 1NEYA 1IXQA 4LVDA 3A22A 4NNAA 5L6UA 2CLLA 1KFEA 2WSYA 1SW3A 3IGXA 1ONRA 1Z42A 3P74A 3NQEA 3LRKA 3A24A 3V1PA 2VEPA 1UUMA 1H63A 1LP6A 2YW4A 3C2FA 4BI7A 1I2NA 1FWSA 3QSRA 4TR9A 3UXDA 1SZEA 2WKJA 1EUAA 3W1AA 3HIJA 4UFIA 4FX7A 4ZQMA 3G8RA 2ALDA 3NQMA 4CQ8A 3R12A 1TREA 3F4WA 3HQ1A 4Y96A 3M41A 4O15A 3WK3A 4CLMA 3HG5A 1GOXA 4JTEA 5D30A 3VI2A 3HPSA 4MIMA 4M6PA 4Z0SA 3P5YA 4LVFA 2WQPA 1O60A 4JD4A 2FPYA 2AGKA 5I3HA 1JUEA 2WSQA 3M16A 3DFOA 3T40A 3TV8A 3CEPA 1OYCA 4LVGA 5HQEA 3W73A 1JCNA 1VH7A 3E49A 3UWYA 3FFSA 3DXIA 3NQAA 1M7OA 1V5XA 4TMCA 4HSNA 1WAUA 3NPWA 3OVRA 3W7DA 1WYIA 1ME9A 2CLKA 1S5VA 1H1YA 3CLMA 4YCPA 1A5SA 4NJHA 4O1DA 3EX3A 1KFCA 1KLZA 3L0NA 2CZEA 3THQA 5G2WA 2QDGA 5TIMA 2H3DA 2NZLA 3TDFA 1W5NA 3YPIA 1ZJIA 1QFEA 2J9ZA 1FXQA 4NVTA 4LOCA 4CCCA 3W3OA 4N9EA 5H91A 1H7WA 1TPVA 3KVLA 4RJEA 3OIXA 1XXXA 4JYEA 4C1LA 1EIXA 3W70A 4N4QA 3LHUA 3Q37A 1YTEA 3IVUA 2Z6JA 5D04C 1P0KA 4JX5A 3W7NA 3LBCA 3W75A 4Q32A 2A6LA 4L4LA 4DO4A 1GQNA 3NL5A 3G1XA 5HWNA 3W76A 2Y70A 4NZFA 4AF0B 3W1XA 1GZGA 3QW4B 4UTIA 4UXDA 3E0IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LI1A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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