3LLF | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMPHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	78
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3llfA00

5DCEA 3PC0A 3KHJA 4JTKA 3C2VA 2YFNA 3L65A 1V5XA 2OZ0A 2X16A 1F73A 4OBTA 4HNVA 5CSSA 2FB2A 1BKSA 1TRIA 4I7VA 1SW7A 3G1AA 3GVGA 5FF7A 2GPTA 4UTMA 3BPWA 5FEZA 1TPVA 1XI3A 4LVFA 4TIMA 4UUIA 4U28A 3BLFA 5AB3A 2XN0A 1W1ZA 1TTJA 4OGZA 4CQ9A 4MZYA 4ADUA 1OYCA 4JTLA 5AYZA 3QFEA 4WUIA 4ZL1A 4K37A 1VHCA 3NR0A 1TPEA 1W0MA 3IGUA 3M47A 3P67A 4UFIA 5AYXA 3A9IA 4ZVJA 3DHFA 1TTPA 4JTEA 4RZ5A 3G1HA 3KFTA 3MUXA 3NQCA 3T55A 3UNDA 3SGUA 1QOPA 1KM5A 4LV9A 3DFTA 1E51A 4MY1A 4N4PA 3TQVA 5KZDA 2HS6A 3OVRA 4OHQA 3G1XA 4ADTA 3TMLA 3W87A 4MYXA 3MW7A 3W6YA 3LV6A 4O28A 1JQXA 4WJEA 2V5LA 4M7TA 2J9XA 1R46A 4LY8A 2OCZA 1I45A 2QDGA 1QOQA 3KRSA 2GVGA 4GC4A 3LTPA 2OX1A 3IGXA 4NJJA 3BG5A 4GUGA 4O15A 1Q3NA 2ZYFA 1N55A 4KFOA 2CLOA 4O50A 1JCYA 3ATZA 1ME7A 2F7FA 1U83A 4IX0A 3P82A 3G18A 1YYAA 1LTDA 3T44A 1DJNA 4JTSA 4QJ1A 5LNWA 3NPVA 3LRMA 4HSNA 1H1YA 1ZALA 1M7OA 1QCWA 1TQXA 2ZTKA 4RJEA 2OJPA 2QAPA 1N8FA 3MYOA 2F84A 4FF7A 3C2OA 3LHWA 1JCJA 3FKKA 4JIPA 3I65A 3E9AA 5K4ZA 1KM6A 3DKLA 5G4EA 2QCLA 4IMDA 4K36A 3QSRA 3TFXA 3NQDA 5HUOA 3S1XA 3S5ZA 2GUUA 1H7PA 3W9ZA 1DQXA 2YDAA 2ZRYA 1F6PA 2AGKA 2RDTA 5D09A 3SSJA 4ZQMA 1FCBA 3FYOA 4HPXA 5AC7A 4BFAA 4Z1CA 1EB3A 4HIBA 4LS1A 2ATSA 3W07A 3T7VA 4N6FA 3TK7A 1AL7A 1JCNA 2BTMA 4Y8FA 5I3GA 2I14A 4JY8A 4HN4A 3PG8A 1VJIA 4RZ6A 4CNPA 3V1PA 1GYNA 1KM4A 1OK4A 1JRCA 4RXFA 2CZ5A 2WSRA 1WA3A 3W83A 3EX3A 5I3IA 3IV3A 5AHEA 5HMSA 4K39A 5G2IA 2VEMA 4ZQPA 1F7BA 1SSDA 3PB0A 4POCA 1LORA 3N34A 3FOKA 1SFLA 3LCFA 2X1SA 3L0NA 3S5YA 3TSMA 3WK3A 3EXSA 3TJLA 4JXCA 3C4UA 4FIQA 3W7JA 1OFAA 4JTTA 1EIXA 4O1CA 4NXKA 2WV8A 4MYAA 3WK1A 2E68A 4Y90A 4FO4A 2CLFA 1ZENA 4UR7A 4O12A 5A8GA 1K3UA 3C61A 3N3MA 5CG7A 3QM3A 1SR9A 4Y9AA 5D37A 3RMJA 1PHWA 3E0IA 1VQTA 1SFJA 3WFAA 2C18A 2V9DA 4R33A 4XTDA 1LYXA 2QCNA 4AF0A 3QYQA 3PBVA 3WJXA 4NZFA 4O11A 3KRZA 1XM3A 2Z6JA 3DBPA 4LNYA 5D32A 3TSDA 4A21A 1IXNA 4JYFA 1KLYA 3H53A 3HG5A 1LOLA 4JIQA 2J9ZA 3ZS4A 1TV7A 2A6NA 3MO7A 5F2GA 2J88A 3PR2A 2DZPA 2FPTA 5LGZA 4AHQA 1SPQA 4N6EA 1EP2A 5AFDA 3ABOA 4KFNA 5LHEA 4AH7A 3HPSA 1FQ0A 2CLHA 1OK6A 2ISWA 3W7MA 1J4EA 3HGSA 5DBUA 2BSLA 3CIXA 4MJZA 1G7VA 2WO5A 4PL2A 3CPRA 4OE7A 7TIMA 4UTLA 3O06A 4Y6GA 1H7RA 2PRLA 5AHFA 4DELA 1KM1A 1EEPA 4S2CA 2BZNA 2WKJA 1M7PA 3BGJA 4GUFA 1UUOA 2H3DA 3CQ0A 4YCPA 2EGZA 3HGRA 1DKWA 1ML1A 2QJIA 3A21A 2E77A 4UTTA 1IIHA 5BOOA 1XKYA 1X7FA 3QC3A 3ABQA 1YTKA 4EF9A 2ZZ1A 3KVLA 3KX6A 1FCUA 3D0CA 1EWDA 4NJGA 4QAIA 3W1NA 3B05A 1ADOA 3FLUA 2TMDA 3W7QA 2XN1A 3IVUA 1WX0A 2B7NA 8TIMA 4BWLC 4M7SA 2A4AA 3TUUA 1SZEA 3LBMA 5FI8A 2Z2UA 1DV7A 3NQ2A 5EL1A 4XTIA 1UB3A 1W5QA 2PE4A 3F4NA 4KKXA 3NPXA 3S0CA 4GWEA 5CZTA 2NWRA 1TTQA 2HTMA 2QCFA 1T0OA 2ABAA 1W56A 4Q4KA 4MJMA 3NEVA 1X1OA 2NX3A 1SO6A 4K6AA 1SZNA 3S1WA 3LDVA 1NSJA 1XCFA 4FX7A 1MSSA 3LB0A 3QRHA 5G5IA 2NXGA 3M43A 3F03K 2DZSA 4LT9A 1CI1A 1G4PA 4ZQCA 4EWND 5CSRA 3TQKA 4A2RA 2G95A 2R91A 2C19A 5KITA 1FCQA 2H8XA 5T26A 3LHTA 3C8FA 4PTNA 5HR7A 4J9JA 3NL6A 4AHOA 1I2QA 5AHLA 1GVRA 3FA5A 2D73A 1NEYA 1AK5A 3UWWA 4P2VA 3SZ8A 3HGOA 3NZRA 3NXFA 2ZTJA 1S5WA 4NQ1A 1IF2A 2ZRVA 3B03A 2B0MA 1K7FA 3A22A 2R94A 3GKAA 4N9BA 2CW6A 2A7PA 4RR4A 3I68A 2QCHA 5IBXC 3EX4A 1KFJA 1EUNA 1SO5A 2QR6A 1QFEA 3IIVA 5DCBA 3PUOA 5BRBA 1IGSA 3NL5A 3P84A 3GKFA 2CLIA 1KTBA 1MO0A 1YXDA 3OEXA 3N73A 4BI7A 3T40A 4LW7A 3NNTA 4Z1AA 1W3NA 4O52A 1MZHA 2YW3A 4B5NA 1OHLA 4Z1BA 1UUMA 3NQVA 3CEUA 3FJ6A 2GJNA 2TRSA 3NM3A 2NZLA 4AVFA 2J9YA 3PSWA 4YCOA 5C5YA 3IIXA 1RQBA 1THFD 4YWIA 4ICNA 1RQHA 3W3OA 4FXRA 2Y63A 1O94A 1ME8A 4DO6A 5BMXA 1XUUA 1VRDA 1QPNA 3HG2A 3M5YA 1GOXA 2CLEA 4OV4A 3UXAA 1R2TA 3MJYA 3NQMA 2PURA 3TW6A 2QUVA 5BW6A 1H7NA 5J5DA 3AJXA 1TPUA 3OIXA 1AG1O 3LXBA 3W7GA 3BARA 1TPB1 3DFNA 3ABRA 1KBJA 1O60A 1RPXA 4I7WA 3SECA 2VFFA 2CFFA 4NT0A 4XBSA 2TYSA 4FHAA 5KZEA 6ALDA 3LCXA 1H1ZA 4OU1A 3BW3A 3CC1A 1IXPA 3M5ZA 1YDNA 2V2CA 2H3BA 3QW3A 4CNNA 4K38A 5CPMA 1X6UA 4NNAA 4N9DA 1G67A 5D02A 2J24A 4GBUA 5K7JA 4N4QA 2Q3OA 3HO8A 2GQAA 4FNRA 2E1DA 1F5ZA 1YPIA 1O4UA 2E5BA 3GIYA 3I7SA 1H5YA 3HPXA 4IJBA 5D2VA 1HUVA 5I3KA 2JKAA 1P4CA 2ALDA 1PCKA 4IX2A 3LHZA 4K8EA 2CLMA 4ZQRA 4YMZA 3LXCA 4O1BA 1F74A 5L6UA 1Z48A 1W31A 1LRQA 3W71A 1T99A 2YZRA 4LS2A 3W7RA 3G3DA 3W2LA 1TQJA 2H8ZA 3W1TA 5HQEA 5MHBA 4TMCA 2Q8ZA 3HF3A 3Q94A 1IIGA 2ZRWA 3W2MA 3Q2DA 3RFAA 3M41A 5ABTA 5SWUA 2V82A 4OWGA 2RDUA 3B0PA 2QKFA 2NV1A 3O05A 3PWAA 2ZA1A 4LWWA 4A3UA 4YLWA 3YPIA 3IVSA 5G2WA 5H91A 3BK0A 3Q37A 5TIMA 3W74A 5HJLA 5EPDA 1A5BA 2CZDA 3A5VA 3P80A 5HUPA 3W1AA 3NYZA 4UR8A 4O53A 3LM7A 5LNSA 4HKPA 3VE9A 3WK0A 5F4XA 2NX9A 3CTLA 2ISSA 5DXYA 3NG3A 5K3VA 3W7CA 2FLIA 4X3ZA 1VHNA 1VLIA 3B8DA 2V0TA 1VLWA 3QMSA 1NVMA 4NJHA 3IVTA 4S1FA 2VOMA 3N14A 2NUWA 1B4EA 1K02A 2AAMA 3O15A 3UWVA 3W7NA 3L21A 2DZWA 4UFMA 4KWVA 3PG9A 3L0KA 2X1RA 3BG9A 3EXTA 2H90A 1WOBA 3IIZA 2O7QA 3S9YA 1FWNA 4MIMA 1OFRA 1W5OA 1MEHA 3KOFA 3B0UX 1W37A 3FEMA 1KFEA 4JTHA 1HL2A 4NNCA 1VS1A 4XKYA 3P5ZA 5C54A 1K8YA 4RLIA 1W5MA 4AMAA 2PRHA 3NPUA 5D05A 1OX4A 3R13A 1OX5A 1GTHA 3HG3A 3LLFA 4H4IA 3TDFA 1TSIA 3PS7A 4L4MA 4JDBA 2ABBA 4WD0A 4ZQNA 5BNKA 4XQ6A 2WNZA 5CZ0A 3MBDA 3JS3A 4JR5A 2Y62A 5HWNA 3EKZA 1H7WA 4UNLA 1WBJA 4MVAA 2Z0IA 1TRDA 3R89A 3I7QA 1GWJA 2ZRZA 3H54A 3G22A 1MEWA 4A22A 3N9SA 1I2NA 1TV5A 3P60A 2NXHA 1OJXA 3NVTA 3NQ7A 4JDYA 1WAUA 4LC8A 1P0NA 1JCXA 3DENA 2RH9A 3THAA 1VCVA 1LRTA 4AF0B 3L9CA 3MWAA 5FESA 4HNTA 2YR1A 4IXXA 5IM51 3M44A 3DFPA 3S42A 1WDWA 5E93A 1W3TA 2YYUA 1Q6LA 4N02A 2RHGA 1WQ5A 3DFOA 4Z0SA 3LHYA 2NUYA 2KZHA 4MLRA 3IRDA 4NUWA 1OVDA 5K9CA 1H7OA 4AWUA 1L6WA 2Y85A 4MY9A 4WQ6A 4M19A 4LS0A 1L2UA 3BLEA 2VC6A 4IMEA 2YPIA 3DFSA 1NAL1 2HMCA 1VPXA 2IQTA 4O54A 4LU0A 4Y96A 1S5VA 3HQ1A 3E12A 5EMUA 2QCDA 3G0XA 1RV8A 2NXIA 4IPJA 2OMAA 3W7KA 4O17A 3B4UA 1QPQA 1OFPA 3GR7A 2NWSA 1DL3A 1J2WA 4IGHA 1WYIA 1BTMA 1KW1A 3W73A 2JGYA 2J6XA 2Q3RA 3N2XA 3QH2A 3UWUA 4C1KA 1OABA 3LV5A 4JY9A 5DELA 3OHIA 3HMJG 1H60A 2EKCA 1F2JA 3U8GA 1A5SA 4BWLA 1OF6A 1P1XA 1JCMP 1LLZA 2ZRUA 5KINA 1WBHA 4EOUA 2E6YA 3W72A 4GUIA 5LKYA 2DZVA 4NZJA 2Z6IA 2Y88A 3STEA 1XXXA 4WXYA 1QO2A 1BWKA 4IPIA 1XBVA 4IOTA 2E09A 4IMCA 1IXOA 1UCWA 3ZR4A 3DZ1A 6TIMA 1KFLA 3G0SA 2RKXA 4MZ8A 3MP3A 1ONRA 3UWQA 4R34A 3FIGA 2LLEA 5E0KA 3UY8A 1QMLA 2TPSA 4UTKA 1B57A 2JKPA 4NJIA 4CCDA 3PULA 3FYPA 2WOQA 1QAPA 1K8XA 1Q45A 3GNNA 1KM0A 1GTEA 3DHDA 5L9FA 2C14A 3NDOA 1GVFA 1W3IA 2AQWA 4AXKA 4MZ1A 4UTWC 3LCWA 1TJPA 2Y7EA 3QQ1A 1V7YA 4X2RA 2ATMA 1Q6RA 2ZDRA 4NU7A 4O1DA 3F1QA 2CLLA 4XWUA 3W1XA 4H6KA 3EB2A 4UFKA 4EF8A 1TYGA 4DPQA 2Y6ZA 2R8WA 4LV4A 1FDZA 5CKSA 1W8SA 1FWRA 3STCA 4CNOA 4NX0A 3UWYA 4BK9A 2V2DA 1GG1A 1FUYA 4FB7A 2A1YA 1VYRA 3MI6A 1ZFJA 4GUHA 3VI2A 4AHPA 1JULA 5IBXA 4DF0A 3TQ0A 1R30A 5K2ZA 3PSVA 5F2IA 2RFGA 3TA6A 5K9XA 3M5VA 2BXVA 1VYSX 2UV8G 4PL1A 3LRKA 1L6SA 4FNTA 3EWXA 1AL8A 3P61A 1UBSA 4JEQA 1PS9A 3KXQA 4QITA 4H3DA 5F2MA 3EX1A 4RK8A 3BO9A 2NUXA 2YW4A 1Z42A 4MY8A 1PE1A 1YDVA 3VE7A 4E2DA 3EWUA 1LCOA 2FIQA 4LUJA 4GJ1A 5CZJA 3KVMA 1TB3A 3A23A 3M16A 3TIMA 2G96A 5D33A 1R47A 3ATYA 1GPWA 1K7XA 1S5TA 1PCWA 3GAKA 5CZSA 3UYCA 1WV2A 4EVZA 4JTUA 3M0ZA 4RCXA 2W79A 3FS2A 3LCLA 3WJSA 1XBXA 3RLUA 4UCGA 4O4VA 4Q32A 4A2SA 3USBA 3GR8A 1OFQA 1OF8A 1LBMA 2QJHA 2I1OA 5FF0A 3I6RA 4A29A 1DVJA 5AOUA 1RZMA 2GQ8A 2ZZ5A 3P5YA 3L5MA 4QISA 4AB4A 2WNNA 3UD6A 4N9CA 5F4SA 4UIOA 5AHIA 4IXHA 3QSTA 4CCEA 3W7DA 3TMQA 1A53A 3GXNA 4UC5A 1HTIA 4ALDA 4TX9A 2ZQ0A 3TJXA 1KTNA 1FBAA 2ISVA 2EPHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LLFA

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