3LLFA

Crystal structure of the mutant s127p of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMPHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 78
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3llfA00
4A2SA 2VENA 1LOLA 1W5OA 3B0PA 4IJBA 3O6CA 3KRZA 1TPC1 3A21A 5EA9A 1C9DA 1MZHA 4BR1A 4ONVA 5K9DA 1FCBA 1TPEA 3GDMA 4BFAA 2OX1A 1HG3A 3P8JA 3GAYA 4N6EA 3L65A 3HPSA 2CWNA 5FEZA 3OA3A 3S5ZA 3H55A 2V82A 1RQEA 3R89A 4CCDA 3LB0A 1H1YA 4GRSA 1TV7A 5G2HA 2JK2A 3PSWA 1Z42A 4LUIA 4AWUA 4NVTA 1YTDA 4LS1A 3BGGA 4XTIA 3W7CA 3F4NA 4KFOA 2Y70A 1TTQA 4UNKA 4RZ6A 3T7VA 3LXBA 1H61A 4CCEA 2YW4A 3NR0A 2FQIA 4O17A 2WNQA 3PUOA 1DORA 3KFTA 3PVFA 5D38A 3GK0A 4AH7A 1F76A 5BNKA 2QCFA 1LOSA 1X7FA 4AF0A 4OBTA 2P10A 1LP6A 4AB4A 3LI0A 3QZEA 1ONRA 2CU0A 1A53A 2VFHA 1GYLA 3FLUA 3I7RA 3NOEA 3LCFA 2ISSA 3B03A 4GUGA 3CIXA 1XFBA 3MP4A 3ABRA 5C6MA 2B7PA 3PAJA 4GUHA 2J27A 2NWSA 2YFNA 4JTJA 3UPWA 2RDWA 2G96A 3UWYA 1Z41A 1IXQA 1TCDA 4MFDA 5LKYA 3G1YA 4GBUA 3EEGA 4WUIA 4DBDA 1WOAA 3P61A 3AO0A 3UYCA 4QSHA 3VFLA 1GZGA 3WJYA 3KVMA 3NA8A 4IMFA 4FNQA 3STCA 3QRHA 4GWEA 4L4MA 4S2BA 1NVMA 1KM0A 4IPJA 1W5NA 4KWWA 4WY0B 4NJJA 4N4QA 2A21A 1P0NA 4WX2A 1LRTA 4O15A 3A9IA 5LHEA 3NQGA 3QSRA 4UUIA 1JRBA 2WKJA 3GDLA 3S5OA 1O4UA 4UTUA 2BZNA 3CB8A 1YTKA 1YPIA 3INPA 1SO4A 2BSLA 4OQVA 3I68A 4QITA 2ZCGA 4O10A 4FIRA 3I7SA 1VR6A 2QDHA 4HT3A 2Y88A 1H7OA 3MHUA 4IMCA 5I3HA 1OG0A 2W0UA 3P82A 2Z6IA 3LOTA 1I2RA 4M7SA 5HUPA 4EIVA 1X1OA 3M1ZA 4A2RA 2V8ZA 5K2ZA 2CLFA 4Z1DA 4Y6GA 1XXXA 3UY8A 3GXTA 2DORA 3IEBA 4CNPA 2NV1A 3NNTA 3CHVA 2GJNA 2QCNA 3TCEA 3PSVA 3NPXA 3GIYA 3EKZA 3LCWA 3QFEA 3SW6A 1J2WA 5C5YA 1FX6A 3W2JA 3GZ3A 3NPWA 1SW7A 3W7EA 1ALDA 4LVGA 5DBUA 1P5BA 3HOJA 4O1DA 1OYBA 7TIMA 3L0NA 1AL7A 4AMAA 1AG1O 3LX9A 4MVAA 2GUUA 3SSJA 3UWVA 2NXHA 4S2CA 3C8FA 4ZQRA 1H7XA 4X9SA 2Z2UA 1OF8A 2IQTA 3G0XA 4Y9AA 2VFEA 4N02A 4EF8A 5DXYA 2X2GA 2HTMA 3E12A 2ALDA 2QUTA 3L5MA 3O07A 3JR2A 2Y7FA 1H60A 4RR4A 5HWNA 3KAOA 3UXDA 2DJLA 2Y85A 5HR7A 1VC4A 4DO5A 3SI9A 1TTIA 4TMCA 3P74A 4XBKA 3G3DA 4O11A 4ZQOA 3I6RA 4O13A 4UFJA 1UCWA 1E51A 1S5WA 1WXJA 3I65A 5AHIA 1BWLA 1JUEA 3S1UA 4A29A 2WNNA 5EL1A 1T96A 4LRSA 4A21A 4DF2A 4NQ1A 1QAPA 1YLVA 2YPIA 4O57A 3NPUA 5LNUA 3S1WA 1LBFA 2YX0A 5BOOA 1GG0A 3O16A 2C1HA 5G2IA 2QCEA 4CNOA 2Q3RA 3NQ2A 4ZZ9A 1FDZA 1P0KA 4WD0A 3SR7A 4MKNA 3KVJA 4PEKA 3THAA 4DQWA 2FFCA 1QPQA 3W6YA 2X16A 4K6AA 3W73A 2A5HA 2W79A 3PBVA 3L0GA 3DXIA 2QJGA 4QNWA 1ZAHA 3PG8A 1B57A 2RH9A 1D9EA 3NEVA 3C2RA 3TH6A 5F1UA 4X3ZA 2BTMA 3W07A 4MJZA 1RV8A 3D0CA 3HG4A 2NUWA 1LDCA 4MLJA 1W3IA 3MO7A 3TJLA 1X1ZA 1ML1A 1LTDA 2VEMA 3S0CA 1AMKA 3TMQA 3TFXA 1SFLA 3S1VA 2PURA 1XBVA 3LV6A 4IQLA 2VEKA 3P8IA 1DBTA 1KTCA 2V2DA 1XM3A 3EX6A 2TRSA 1CW2A 2ISVA 4DBEA 1JCYA 1JVNA 4PL1A 4RZ4A 3L66A 1SSGA 5EPDA 5EKYA 1TRIA 5F2MA 5CKSA 4JTKA 2Y89A 3GR7A 4Z08A 3SFKA 1FXPA 3GDTA 3U8GA 1RPXA 1LRNA 3NL6A 3LRKA 4I7UA 3QEZA 1W3TA 4RLIA 4RXGA 4UFIA 5AHEA 4OV9A 3KVLA 1H62A 4LS0A 5K4XA 1I45A 1ZALA 1PL9A 2JGYA 3HPXA 3NGJA 1SW3A 3TX9A 5KZEA 1H1ZA 4NXKA 3CTLA 3LLFA 3G1SA 4CCCA 3IIPA 3NQDA 3M5YA 1EEPA 3K30A 5BW6A 3LI1A 4IWWA 3WK2A 2QF7A 3R13A 5D2YA 1ICSA 2OZ0A 4AAJA 2A2IA 4LY8A 4AWTA 2ZQ0A 5LHFA 2VFIA 1GVQA 2Y63A 3QQ0A 4AHPA 4KFNA 3QQ1A 4UTIA 5HMSA 1KFLA 1XDMA 4WOZA 2RDTA 3BK0A 3H53A 5G4EA 3UQNA 2V5BA 2PC4A 4UTKA 1F2JA 4O50A 1QPOA 2VXNA 4DPQA 1DOSA 1F6PA 1OX5A 2WPBA 2H3DA 3W1LA 1OFBA 2C0AA 1XC4A 1SO5A 3QSTA 5EBUA 1WYIA 2WSQA 2YDAA 2WSRA 4OE7A 4Z0JA 3MP3A 3UWUA 1EWDA 4MZ8A 2JBMA 1F05A 3KOFA 4NX5A 4ADTA 3EWUA 2OT0A 2ZFAA 3IIZA 3RNDA 3HGRA 3WFAA 3W86A 3W1QA 1TPH1 2B4GA 3PBWA 3N19B 1N55A 4JXCA 1IF2A 4H6KA 3M43A 4FB7A 1NEYA 3PR2A 4K37A 3IIOA 2CLEA 4K7VA 4CLMA 4WQ6A 4LW7A 3IVTA 3DBPA 3I7QA 3G0UA 1TO3A 1W37A 3G1DA 1VGAA 3LCIA 4UNLA 4LOCA 2BLEA 3HGSA 4HNUA 1OK6A 4FNUA 4MJMA 3W7GA 3B0VC 2ZZ2A 4JTEA 1Q6LA 4IMEA 2W6RA 2ZRWA 2O7QA 3CWNA 1SO3A 4WJEA 5CZSA 5CSSA 2DJXA 1VCVA 3DGRA 1O5XA 2E09A 1MSSA 3LHTA 3O6YX 2C19A 4UMCA 1G4TA 1SQ7A 3FEMA 5D02A 1JCNA 3Q37A 4FNSA 4IMDA 3SZ8A 4FX6M 3W1MA 4HKPA 4JX6A 2X1TA 4U4MA 3TJXA 3CEPA 4RX0A 1KBIA 2C16A 2R94A 3G1FA 5CZTA 4FNRA 3TQ0A 3L21A 5LNVA 4N2YA 3NQEA 2YFOA 4QNEA 4NZJA 1KW1A 3C61A 1G7UA 4ADSA 4E0CA 5IM51 3R2GA 4IX0A 2JKPA 4N6FA 3GX9A 2Y7GA 2QCMA 2V81A 3UD6A 2ZRYA 4FHAA 3KVKA 1U83A 3EX4A 1S5TA 1MEHA 2OJPA 3W84A 4UFLA 1ZFJA 3WJWA 1EP1A 2ZA2A 4HN4A 2JKEA 3MHGA 1V7YA 3ABQA 1T99A 3W2UA 1VLWA 3NQVA 2QJHA 4FXRA 1IGSA 1BTMA 3QF0A 3EXTA 3W1XA 4FIQA 1VRDA 1YADA 4OWGA 3TK7A 3Q94A 3G8EA 3FJ6A 3GDKA 3HF3A 4GNJA 5KMYA 3NYZA 2NLIA 1XKYA 4ADUA 4JTGA 1OFEA 4AXKA 3W87A 4QISA 3P60A 4EWND 4LVDA 4IXHA 2XN1A 1TPVA 2ZRVA 4I7WA 3S5NA 1O60A 3N2XA 5HULA 3W75A 3VI2A 2FB2A 2R91A 1GVFA 1H7PA 3OHIA 1VHNA 1QO5A 3LXAA 1OX4B 4YL2A 4A22A 3FKKA 4Y8FA 3N9RA 3H54A 1ZY9A 1G69A 4UFKA 5J5DA 2ZZ7A 1PCWA 1VCFA 4H4IA 5HWJA 3C2FA 1P1XA 3C2OA 1W56A 1KM4A 3W70A 1M7OA 3M41A 5D30A 1KA9F 3MBDA 3G8RA 3GAKA 1IIGA 1XL9A 3W1TA 2RFGA 1I2PA 5A5WA 4GUFA 1LM1A 2WQPA 2TPSA 3BVJA 3UZ5A 1ICQA 4Z1AA 2V0TA 1PHWA 1BKSA 1KM2A 2CFFA 4UFHA 1M7PA 4MZYA 4ORIA 3C0JA 4GE8A 2GJLA 2ZRUA 4XTDA 1NAL1 1GVRA 1J4EA 4FX8A 1L2UA 3M0ZA 2V2CA 2ABAA 5KSWA 4IXXA 3NQCA 5D32A 2QCDB 4N9CA 1IXNA 2GQAA 3W2LA 1KFBA 3L5LA 4O12A 1GJPA 4WOQA 2EGZA 2NX9A 1VYPX 3OVPA 4U28A 1K7FA 4H3DA 4IPIA 3MP5A 3C52A 5HUOA 1OFQA 3HG5A 2OMAA 3LV5A 4Q33A 5AYXA 4R53A 1LYXA 5AYZA 1A5SA 3M6YA 3SECA 3PG9A 3R8RA 5G4WA 2E6FA 1TQXA 3CLMA 3W3OA 4UTMA 1ME9A 3DENA 5EY5A 1I2OA 3T78A 2NUYA 4NT0A 2DZUA 4NJHA 2DU2A 5FI8A 4OV4A 4YWIA 4KFPA 2HS6A 1Z48A 5K7JA 3O63A 5BMXA 3BW2A 1ZJIA 5CSRA 2X1RA 1DL3A 1FBAA 2OCZA 3TC6A 2V30A 2X1SA 2PE4A 1O94A 1PHQA 2B7QA 1MEWA 1VZWA 1OJXA 1MO0A 2NXIA 4JEQA 1ADOA 3W7PA 2VEIA 3LRLA 1WA3A 4ZQNA 1GT8A 3DU0A 5BRBA 4D2JA 1T8XA 1FWWA 4JX4A 3B0UX 1SU5A 4JTLA 4DO6A 2CW6A 5L9FA 5D05A 4JIPA 4NNBA 1YDOA 1W5PA 1O5KA 1SZEA 3GYEA 1G4SA 2NUXA 2XN2A 1AW5A 2A6NA 1AK5A 3WK1A 1FWTA 1G6CA 4CQ8A 3UXAA 3OBKA 3B06A 4UR8A 3G22A 3W1PA 2TMDA 4XQ6A 3HBLA 3S42A 2FJKA 3GNDA 3LCXA 1SZFA 3NL3A 3ZWTA 2NX1A 2B7NA 2Y62A 3P67A 3V1PA 5CZ0A 1KM5A 3MJYA 4FEZA 3OVRA 1VCGA 2Q8LA 4HSOA 4R33A 4RCXA 1DQXA 1JCLA 3ATYA 1HTIA 3TQKA 2RDUA 3TUUA 5G5IA 4N4PA 3CIWA 3NAVA 5F2GA 4QQ3A 4PC8A 5I3FA 1KTNA 3IIXA 5D03A 2ZZ1A 1Q6QA 3EWXA 4JS3A 4PH6A 1ME8A 1HUVA 3DHDA 2J9ZA 5AHFA 1I4NA 3PF3A 3QMTA 2H6RA 4Z1CA 4UTJA 3G1HA 5HR6A 4I7VA 1KBJA 1V5XA 3LTSA 4BWLA 2C6QA 1FCUA 2WSYA 4UC5A 4GUIA 5D09A 3MI2A 4IGHA 3W7OA 3EKLA 1ZNNA 4BI5A 1OFPA 3G3MA 8TIMA 1PCKA 1F73A 1QOPA 1ME7A 2QCLA 3BG9A 3W7DA 3NO5A 4R34A 1JCJA 5U4NA 6ALDA 1RQHA 1X6UA 5DELA 3TC7A 4O28A 1EP2A 1LOQA 2ZA1A 2FPTA 4M6VA 1FWSA 4AWSA 2Y6ZA 4C1KA 5FEXA 4R7JA 5EMUA 2CLIA 3LHWA 4NJIA 5I3GA 3Q58A 4O52A 4M6PA 2G95A 1AW1A 5C2XA 1JCXA 4QJ1A 5TIMA 2FIQA 4JYFA 3LHUA 4NNAA 3NQ7A 5K3VA 1QR7A 1SZNA 3C2EA 4PFMA 1VLIA 3W9ZA 4UTTA 1B3OA 5CPMA 4DF0A 3BGJA 5IBXA 2R8WA 2P0OA 2E1DA 4JICA 4WZHA 2VFGA 4JGDA 1VH7A 1I2QA 2HMCA 1ZCOA 3TAOA 4BI7A 1ZAJA 1N8FA 4QM1A 1IIHA 4EVZA 4JTUA 1MXSA 2ZZ4A 3TDFA 1GPWA 3TW6A 5HQEA 3LGEA 2P1FA 3CU2A 3KHJA 3HPZA 3S9YA 2QAPA 3PB2A 5K4ZA 4WXZA 4UXDA 4FNPA 2QKFA 1BWKA 1JJKA 1TIMA 1CI1A 4E2DA 3KRUA 3MHFA 2YYUA 5AB3A 4Q32A 2F84A 2C15A 2C3ZA 4NX0A 3HB9A 2ATMA 1TYGA 3DKLA 2DZXA 4C1LA 1TREA 1A50A 1FY6A 3G1AA 5CGQA 1OFRA 2WV8A 4RXFA 3QYQA 3PWAA 5MHBA 4FO4A 4XKYB 3NQFA 2WO5A 1TPFA 1M5WA 5F2IA 4UCGA 3ATZA 2Y61A 2YCEA 3KXQA 3BPWA 2YR1A 3F03K 1QCWA 2V2HA 3P80A 3LTPA 3T55A 1MEIA 1KLZA 4YCOA 1T0OA 5FF7A 4TU1A 2DP3A 4LWWA 2CLOA 1B4KA 3P5YA 5LNWA 2B0MA 2NX3A 5G2WA 5BMWA 1DHPA 4O14A 2O7SA 3CQ0A 4XUGA 4K8HA 3MYPA 1TB3A 5C55A 3OIXA 4WY0F 3T40A 1LBMA 4JYEA 3N2MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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