3LLF | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMPHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	78
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3llfA00

1G7UA 1JUBA 5H91A 4JIPA 4OV4A 8TIMA 3DKLA 3W1AA 1MXSA 3LHVA 5G1YA 2J9YA 5D04C 2O7SA 1WOBA 1SW7A 3S6DA 2ISWA 5HINA 4Y96A 4N9DA 2DU2A 3B4UA 4A22A 3HBLA 3R8RA 3WFAA 3L5AA 3LM7A 1FQ0A 3SGZA 3S5YA 5AC6A 4M6VA 3L67A 3N9SA 3W7RA 5D2YA 1JVNA 3P8IA 3FJ6A 2TMDA 1GYLA 1EIXA 2FB2A 3GKFA 3IGXA 2HMCA 4NJJA 2YPIA 1SR9A 3TXZA 5T26A 3ABOA 3W7NA 1JCXA 2WO5A 3B06A 5LNRA 3TW7A 4ZZ9A 1OYCA 1R46A 4WZHA 5KZEA 4P2VA 1FXPA 3FKKA 2QJGA 3TFCA 3HG5A 1VGAA 3W2LA 5KZDA 3FFSA 4O12A 1ICSA 3W7HA 4PL1A 1GWJA 1K7FA 4O16A 2ZRZA 2JKEA 4JTKA 2DORA 3NQFA 2UV8G 3N2XA 2BXVA 1PL9A 4DF2A 5LNUA 1VZWA 4JTTA 1GOXA 2YCEA 5L9FA 3NPXA 1FUYA 1RQEA 2YFNA 3LTYA 3UWWA 1XBVA 3CWOX 1MSSA 1P0NA 3TK7A 2Y7EA 1YDOA 4FXSA 3TC6A 3NL2A 3WJSA 1DHPA 4XUGA 1QPQA 4Y9AA 3KRSA 1WV2A 1ADOA 1KFLA 1W5NA 4XKYB 2A5HA 1SSDA 1XM3A 1QR7A 1W3TA 4FEZA 4M7TA 4MLRA 5D32A 3TX9A 2FLIA 2ZTKA 3NQEA 2QCCA 2J9XA 4GUGA 1BTMA 4MYAA 3SSJA 3TFXA 4AWTA 4P61A 1LP6A 3UWUA 1O5XA 3TQVA 3Q2DA 1OK6A 3DFOA 3W1NA 3W9ZA 3F03K 5BMWA 2C16A 3TXVA 2NX1A 3TMLA 1OHLA 5C55A 3S5OA 3QF0A 4S1FA 4O4VA 1TPDA 3BARA 1WBHA 2EF9A 4UNKA 1KFCA 1QAPA 3NL6A 3M43A 4H6KA 2V82A 3ATZA 3OG3A 2JKPA 3P60A 5D2WA 3TJLA 1W8SA 3LCGA 1K8YA 3S42A 1FCQA 3OHIA 4UTUA 3OBKA 1I2OA 4IMFA 3TQ0A 3PBUA 2A7PA 3NYZA 2Z6JA 1PHWA 1G4SA 3P61A 1EUAA 3VCRA 1VCGA 5FF2A 3F1QA 1KBIA 5FEZA 3G0SA 3GZ3A 3ELFA 5LGXA 4UFKA 3ANYA 5I3HA 2GUUA 4N2YA 4ONVA 4DEFA 1YTEA 5FF7A 3DI0A 2H8XA 1ONRA 4ZVJA 4HKPA 1H1ZA 4LW7A 1IXPA 3PG8A 1TTQA 5HWJA 2WKJA 3IIXA 3DHFA 2YDAA 5BNKA 4KKXA 3GXTA 4IWWA 1QFEA 2ZDRA 4UR7A 1KBJA 4JXCA 5CSRA 1TB3A 3HB9A 1LCOA 4AHPA 3LV6A 3BLEA 5LGZA 2B7OA 4L4LA 4UFMA 2NWRA 1YYAA 3PWAA 4EWND 5F1UA 2VFHA 3WK1A 1QMLA 5DELA 3GXPA 1IGSA 3JR2A 1RQHA 3GDLA 4HIBA 3TSMA 3R12A 3H54A 3W1XA 1GEQA 3LTSA 4DBDA 1D3GA 3NZRA 3N2MA 4M6PA 2FTPA 2QCEA 4UIOA 1SW3A 1DKWA 3PSWA 1LM1A 5D2TA 4RZ6A 3LCIA 2Y7FA 1I2QA 1YTDA 5LKYA 3NQDA 3ZWSA 3FIGA 3RU6A 1UJPA 2A0NA 4DQWA 2Z6IA 3NL5A 3IIZA 1FCBA 3N9RA 5C2XA 3L0GA 4LUIA 4A2SA 2CLMA 4UTIA 4TR9A 1PS9A 2WNNA 3CIXA 1O5KA 2QUVA 3U6WA 2I9EA 2QCLA 4GFSA 3GDRA 2VELA 5EA9A 3CTLA 4ZQCA 1TPFA 2X30A 2H3BA 4Y6GA 2TYSA 1KV8A 2W6RA 1KTBA 5L6UA 3UWYA 1HL2A 1LLWA 1L9WA 4JTLA 4GUHA 1KTNA 5EPDA 1ME7A 3CC1A 2XN0A 1J2WA 3SGUA 1A50A 2QUUA 3QW4B 5U4NA 4MJZA 2YSWA 4NX0A 1W5OA 2OMAA 2ZRVA 1LOQA 1TQXA 4A29A 3BO9A 4GRSA 5FEXA 1Q45A 5AFDA 3Q58A 4H4IA 1VCFA 3AJXA 4UMCA 4R53A 4Z1DA 3IIVA 1ZCOA 1W5QA 4HSNA 1G69A 5A8GA 4JY9A 4WD0A 2PE4A 3LXAA 3QQ0A 3TA6A 4IPIA 3PSVA 3C2RA 5BMXA 4ADUA 3C8FA 1TSIA 1UB3A 4DF1A 3G3DA 5MHBA 1KFEA 2JK2A 1WOAA 4MOZA 3TR2A 3A23A 4YL2A 4O1DA 1G4PA 4Z0SA 1ALDA 4KFOA 3PM6A 4PCFA 1SO3A 4C1LA 2E09A 1OFDA 2E6FA 2YR1A 4FIRA 4EF9A 3NZ1A 4N6EA 3C6CA 1JULA 3LRMA 1O60A 3G1HA 3O07A 3QH2A 4RK8A 1QPNA 3MHFA 4RX0A 2R94A 5AHFA 4R33A 1OFQA 2CLLA 1R2SA 2FB3A 4CQAA 3GYEA 4RZ4A 4XTIA 2CLKA 3B04A 3U8GA 3A5FA 3EWZA 4WY0A 3HPZA 2C1HA 4OHQA 5LZLA 3TQKA 1MEHA 5AHEA 3L21A 1GPWA 1I2RA 5G2WA 4ZQRA 5AYYA 3MBDA 1ZENA 1BKSA 4HNTA 4WY0F 1YDNA 2C0AA 3TSBA 1P0KA 3TSDA 1VS1A 1H7PA 3RLVA 1X1ZA 2BZNA 3DU0A 4YWIA 3PULA 3EXRA 3PAJA 5F2MA 5KTLA 3LOTA 1LBFA 1VC4A 3KVKA 2XFWA 2DZWA 4GBUA 3NQAA 1T99A 1GVQA 1RPXA 2ABBA 1XDMA 3KOFA 4DXVA 1LZOA 4E38A 4NJIA 4MY9A 1SZEA 3QQ1A 3CM4A 5TIMA 3CPRA 2A2IA 4UTJA 5D03A 2AGKA 1CW2A 3L0KA 3W2MA 2GVLA 3FEMA 3G24A 4OE7A 2DJLA 3CLMA 4IOTA 3HJZA 1DOSA 1BWKA 2G96A 1AW5A 4NU7A 3M6YA 1EPXA 4XQ6A 4O50A 1PIIA 4O1AA 3MO7A 3NM1A 3ABRA 3NQ7A 4TMBA 1C8VA 4JTJA 4IQLA 3OVRA 5KSWA 1F05A 3EX6A 5FF4A 4FX7A 3O63A 3PBYA 1K3UA 5I3KA 4J9JA 5FESA 2ZYFA 3DKJA 4Z0JA 1I2PA 3EWUA 3W84A 3R2GA 4WXZA 4JYFA 4AMAA 3SJ3A 4WXYA 2ZTJA 2Y6ZA 1TV5A 1ZHAA 1EX5A 3OEXA 1VRDA 2PCQA 2ZZ5A 1OX6A 3GXNA 4O57A 3CEPA 3NGJA 2IQTA 4MY8A 3PC0A 1DVJA 3BG9A 2D73A 4AXKA 4QAIA 1F76A 1OFOA 3NR0A 3NQVA 1H60A 3BLFA 3W7PA 3W7GA 1VYSX 4K39A 5AHMA 4AB4A 2ZCGA 1FWNA 2GVGA 3IIPA 3LTPA 3ATYA 4UC5A 4AWUA 3RNDA 3NQ8A 2W79A 4MIMA 4RJEA 3MBFA 1PV8A 1YPFA 1EP2A 1KFKA 3LCHA 2I1OA 3UXDA 4BK9A 1H51A 2GPTA 5D2VA 1Q6RA 4IXHA 4PA8A 3G1SA 4K6AA 3UPBA 2J6XA 3GDTA 2WOQA 3E0IA 5CPOA 3M5ZA 4MY1A 3TE9A 1TPEA 3W7KA 4KFPA 4QNEA 1TRDA 4HNNA 5AC8A 1E51A 1R2RA 3N34A 2TRSA 1LRQA 2E6YA 3M5YA 4ORMA 5F2LA 3W1QA 3GR7A 1IXNA 3NQMA 4Y90A 4C1KA 3STCA 3M9YA 5TQLA 4PH6A 4JTEA 2C13A 1H50A 1ICQA 3N19B 1SZFA 2A4AA 3TNOA 1K8XA 2WNZA 1TIMA 1R2TA 1S5VA 1OF8A 4LS1A 1H5YA 1U83A 3I65A 1FDZA 4XBKA 1UUOA 1H7NA 2VFEA 3HO8A 2XN1A 4FNUA 2VFIA 1XI3A 4K8EA 2DZSA 3A21A 1BWLA 2ZA2A 3HGRA 2Y7DA 1P4CA 3UPWA 4M5PA 5AB3A 1SQ7A 3HQ1A 3G22A 6TIMA 5FF3A 3QMSA 1QWGA 3W87A 3BVJA 3TC7A 3NQ2A 3P81A 5C5YA 3NNTA 1FCUA 1VR6A 1X6UA 3C2EA 4CNNA 1C9DA 3L66A 4TMCA 1OX4B 1OJXA 3GLCA 1B4KA 1XXXA 2G95A 4O4WA 2E1DA 3LBMA 4WUIA 3TW6A 4Z1BA 4ICNA 5GVJA 2ABAA 1F73A 3W2JA 1W5PA 4HPXA 1AW1A 1ME9A 4WQ6A 1WQ5A 4LOCA 5G4EA 3GX9A 1OG0A 5DBUA 4ZQPA 1OX5A 1H63A 1U5JA 4B5NA 4I7VA 1SZNA 1CX9A 4JD4A 2BTMA 2JGQA 5LHFA 3C2VA 4MVAA 2ISSA 4JX6A 4XZ9A 3T44A 5D38A 2X16A 4Z08A 4U28A 1DL3A 1OFRA 3EB2A 1LORA 2AAMA 4N4QA 3GAKA 1BEUA 4MZ8A 3W7JA 1ICPA 1TMHA 3G1DA 3BV4A 1HFBA 5U7SA 5KMYA 1JRCA 3IVUA 3UWZA 1XCFA 3LX9A 2JGYA 1AL7A 2KZHA 4CCCA 1IIGA 3CU2A 1GZGA 1LYXA 2OX1A 4IPJA 3S1UA 4LT9A 4E2BA 1L6WA 1IXOA 4GXMA 3E9AA 4NNAA 5K3VA 1ZFJA 3QSRA 2EGZA 5DXYA 3M16A 3MWAA 4RCXA 5DLCA 1A5AA 2C15A 2E6AA 4X3ZA 4HSOA 4KFNA 4UTWA 4FNTA 5LHEA 1PVNA 3L2IA 3C61A 1KM1A 1SFJA 2RDTA 4MJMA 2B7QA 4DO5A 1N8FA 1SFLA 3B0VC 4LS2A 4U4MA 1D9EA 5G4WA 3A22A 2GJLA 5CPMA 2ATMA 3VE9A 4EVZA 5EMUA 5HULA 3S5ZA 1G6CA 3W1LA 2FQIA 2NXHA 2X1SA 1YADA 2C3ZA 1W56A 2DZUA 1S3HA 2DJXA 3MW7A 3P82A 4LU0A 1XC4A 2V2CA 1UCWA 1FBAA 3MI3A 1ZAJA 3PB0A 2HS6A 3L65A 3F4NA 4O1BA 2Q3OA 1KM2A 1OK4A 1LLZA 3QW3A 3EWYA 1G4EA 3W75A 4O13A 3PS7A 4L4MA 1FWSA 1XUZA 2PRHA 3IVSA 3LXCA 2NUXA 2OZ0A 1O95A 3NQGA 4AEOA 3QC3A 5CSSA 1KLZA 3GDMA 1EWDA 1LDCA 3C2OA 4M19A 4AF0A 4FNQA 5I3IA 4LVAA 3ZR4A 1GG0A 5D05A 3LI0A 3M5XA 1XBXA 3N3MA 1YTKA 2FFCA 3W7LA 2V9DA 1B57A 4Z1AA 3EKLA 3A9IA 1K7EA 4JX4A 2VOMA 2HSAA 4QM1A 1A5SA 4FNRA 4NUWA 5HMSA 3GNDA 2TSYA 1OFEA 3NM3A 2CLHA 4A3UA 3W1PA 1TYGA 1IF2A 5DXXA 3A5VA 1LRNA 3RF9A 2WQPA 3KHJA 1ME8A 4LVBA 1W54A 2H6RA 5EKYA 2B0MA 3DGRA 2EHHA 1VQTA 1XKYA 2GQAA 1O94A 1VH7A 4N9EA 1TPH1 4LV4A 1VJIA 3PF3A 3TMQA 2V2HA 4O53A 3BPWA 4LWWA 4PEKA 2Y85A 2H3DA 3IRDA 1VLIA 4G1KA 3VNDA 5AN7A 3W3OA 4RR4A 2NLIA 2OJPA 1TQJA 3PUEA 3TAKA 3WK3A 1F6KA 5CZSA 2Q8LA 3SW6A 3IGSA 1TTIA 4HN4A 1F5ZA 3GB6A 1UASA 3QRHA 1PE1A 3PY2A 3WJYA 1MO0A 4N9BA 2JKAA 4NX5A 1K8ZA 3LHTA 1WX0A 3E12A 3KXQA 3SI9A 1AW2A 1NSJA 2R14A 5EBUA 3LRLA 2DZXA 2V81A 3EEGA 3B05A 3OIXA 3W2UA 1KM6A 2CZEA 4LUJA 3UYCA 2XN2A 3GAYA 3OVQA 4O11A 1J4EA 3TROA 4A21A 3C0JA 2BX7A 4W9TA 3LCFA 3LBCA 4O17A 4AWSA 1TPB1 2FPYA 3KX6A 4NXKA 2OCZA 1TV8A 5E93A 4MLJA 3O05A 3W88A 1JQVA 3TUUA 4WOQA 2VKZG 4LRSA 1KM5A 3LGEA 4O18A 3W70A 4BWLA 1ZNNA 2G97A 1EP3A 1OF6A 1JCLA 4NNBA 2QCGA 2QDGA 4ZQOA 1DV7A 3O15A 2HS8A 3W74A 4UTLA 2A7NA 3GKAA 3GDKA 3KVJA 3M47A 3T4CA 5AHIA 4I9AA 1A5BA 2ZZ1A 3OVPA 4FNPA 3QFEA 3TDFA 3S9YA 1GJPA 4RKAA 1JRBA 4ZQMA 1LRTA 3GK0A 3M0ZA 5F2GA 1KM0A 2NX3A 3L5LA 3M7WA 4MFDA 3I6RA 4HPJA 5FEPA 1H7OA 3BGGA 4GUJA 2YGYA 3EXTA 5EY5A 3W85A 3W07A 5K7JA 3W23A 3LERA 2QAPA 2QJHA 5G1TA 3T78A 2J24A 4JN6A 3HG2A 3C56A 2FPVA 1WDWA 3KRZA 1GG1A 2DZVA 3D0CA 4OU1A 5D37A 3EX1A 1H62A 1THFD 3VFLA 2QKFA 5E0KA 4LS0A 4CQ9A 1T8XA 4ALDA 1R47A 3KFTA 2YYUA 3LHWA 3Q37A 4RZ5A 2C14A 3DFPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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