3LTPA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ltpA00
4JTUA 2GJLA 4OWGA 1W8SA 3PSWA 2GPTA 2F84A 3IRDA 4GUIA 2QCFA 5EYWA 1WAUA 4JTFA 2V2CA 2TRSA 2JBMA 3DFPA 3KVKA 1LTDA 2YSWA 3L67A 2Q8LA 4QNWA 4EF8A 4NVTA 1AW5A 3ATZA 4UFKA 1JQVA 3L0NA 1FXPA 1DBTA 1WYIA 3C2VA 2RKXA 4I9AA 5HULA 3GK0A 3OG3A 3N3MA 4MJZA 1F2JA 4LW7A 1DHPA 4E2DA 1LRQA 5G1TA 1NSJA 3RLUA 5FEXA 1VZWA 3P82A 5FEWA 1LZOA 1BEUA 2KZHA 3TU9A 2V9DA 2C18A 2CW6A 4IMFA 1DKWA 2C6QA 3QMRA 1OFRA 2WSQA 4UFHA 4OGZA 3I7RA 2NV1A 1HTIA 1ME8A 3S1VA 3TSDA 2YR1A 4H4IA 1P4CA 3KRSA 1AL8A 1VCVA 4HNNA 3M16A 1KM3A 2Y7FA 4DPQA 4ORMA 4AWSA 5I3GA 2A7PA 1JCLA 1G67A 3TAKA 3LCHA 3R12A 4NX5A 3L0KA 2GUUA 1PVNA 3MP5A 3LLDA 2PC4A 1NVMA 4DXVA 1IXNA 3NPVA 1DQWA 2PRMA 4AHPA 1VYPX 4LUJA 1YPIA 2PRLA 5BMXA 4XQ6A 1TV5A 3PBUA 3PG8A 2ZQ0A 3EWZA 4ZQRA 2Y7EA 2Y62A 3HQ1A 5LNUA 4HHPA 4R33A 3CM4A 5CPMA 4QIUA 1X1OA 1TPVA 3DZ1A 3H54A 3GKFA 2Y61A 2FB3A 1YADA 1MEHA 5DCDA 5AHIA 2CU0A 1LLZA 5D32A 1KLYA 3VCRA 3DU0A 4MYAA 4NZJA 3L65A 3SJ3A 5ABTA 3SECA 3HGJA 4IX0A 2OT0A 2ZTKA 3P5ZA 2X16A 5F4SA 4O19A 4HNUA 2NUXA 2B7QA 3P61A 2XN2A 2DORA 3TXZA 3PY2A 3MO7A 3PAJA 4K38A 5AC6A 2PURA 2HMCA 4BI7A 4Y9AA 3BARA 1AL7A 3HG5A 3IV3A 4M6PA 3P60A 3TIMA 4WUIA 4QAIA 1LRTA 3TQKA 4O15A 4IMGA 2W0UA 1W3TA 4NQ1A 4LC8A 4JNMA 1JR1A 1ICPA 1QO5A 1PV8A 3G3MA 1JCMP 3DFOA 1BWLA 3BW2A 3M41A 3G1FA 1VCFA 4JXCA 1W3NA 2ABAA 1WV2A 1PHWA 5AC8A 3IGUA 1XBZA 4O1CA 5BRBA 3TV8A 5DXYA 5D2VA 1QO2A 3OVRA 3A24A 2V82A 2X30A 3D0CA 1YLVA 4IMDA 1G7UA 1LOLA 4BK9A 1U83A 4HNTA 2QUTA 3DI0A 2FFCA 3NQMA 4O8RA 3MHGA 5LSMA 4FIQA 3W7IA 3GNDA 1TPFA 1NEYA 4OQVA 4HT3A 1ME9A 2VFHA 3HOJA 4O13A 4CQ8A 1S5TA 6ALDA 3P67A 3BVJA 1MSSA 4DQWA 4UTHA 5TBOA 5LNSA 3W22A 2ISVA 1FWTA 2A21A 3W2JA 4LOCA 3UPBA 3IIVA 4JX6A 1I8JA 5F1UA 4DO6A 2QEZA 3MI2A 4I7VA 1SZEA 3TROA 4E2BA 3MBDA 4UR7A 5CZ0A 3HO8A 4KFOA 3GDMA 3NEVA 4AHOA 2QF7A 5LNVA 1JCYA 5FF3A 4I7UA 2YW3A 2Y88A 5KZEA 4I7WA 2C3ZA 1KFEA 1WXJA 1KM2A 3W07A 1R46A 3W7KA 2V5BA 3G1SA 2B7PA 1XDLA 4LVAA 2QCMA 4BI6A 2E5DA 3OEXA 5EA9A 3LCLA 4JD4A 3C52A 3LBCA 5LGXA 3F4NA 2ISSA 3T78A 1G6CA 3CIXA 4EF9A 4ZZ9A 4IUOA 3O07A 4GUGA 1RD5A 4AH7A 3KVJA 1KM4A 1ZY9A 3W2MA 3FIGA 5IM51 1IXQA 1EWDA 4CLMA 4PFMA 4O1DA 4EVZA 3W7HA 1SZGA 2Z6JA 2C1HA 3M5ZA 2E6FA 3W83A 1C9DA 1P0KA 4XTDA 1TSIA 1KV5A 3NAVA 3O16A 3F1QA 1IGSA 3G22A 1H51A 3G1AA 2EHHA 5HUOA 1M7PA 4UNKA 5J5RA 4M19A 2Z0IA 4XZ9A 2ZZ1A 1MO0A 1HL2A 1GOXA 3PVFA 1LM1A 1FCBA 3W7DA 2R14A 3S5YA 4A2SA 4YWIA 2QCCA 4UTTA 2A7NA 1GWJA 1H7NA 8TIMA 1KA9F 2WOQA 4FNSA 3C0JA 3W84A 1W37A 2ZYFA 3O63A 4UCGA 5DELA 3NPWA 2NXIA 5DCEA 4Y96A 3C2EA 5F4XA 3LCXA 3IGXA 3LHVA 3M1ZA 2A6NA 1ALDA 4AMAA 3W1UA 3BV4A 3MW7A 4IXHA 1RZMA 2BZNA 1GEQA 1LBLA 1Z41A 1QPOA 1SO6A 1TJPA 3SZ8A 3MI3A 4DO4A 3ANYA 1O95A 1OYAA 2Q3OA 3FYPA 3LB0A 3L9CA 4JTHA 2ZBTA 3KRZA 4JR5A 4R53A 3HPXA 1ML1A 3CLMA 3G3DA 1KTNA 2F7FA 1D3HA 4TR9A 4N9EA 1FDJA 1TREA 2A1YA 3EXSA 4MKNA 1NAL1 1LORA 3WJXA 3BW4A 4LWWA 4ZQMA 3LXBA 1VC4A 4LS2A 1YPFA 4MLJA 4CCDA 2YZRA 3TH6A 3OBKA 4GC4A 2E5CA 4CNNA 2A6LA 2VFEA 4CNPA 1Y0EA 4OU1A 4HPJA 2VEPA 5F4WA 3TMLA 4O52A 3WJSA 1I2PA 5HWNA 4RXFA 5K4ZA 2VFGA 2QDHA 3ZWSA 1JJKA 3GDLA 4DBDA 1OFAA 2QUUA 2TMDA 3G0SA 3UWYA 1DJNA 3W73A 2V81A 4O54A 3SW6A 4UTMA 3O15A 3P81A 1TPH1 3MYPA 5D2YA 3QQ0A 4XKYB 3PG9A 5G5IA 3QM3A 3NGJA 1RPXA 5HWMA 2PCQA 1IXPA 5FEPA 1XFBA 3MBFA 4QITA 1I45A 4LVGA 1XXXA 2NXGA 3GDKA 3O1NA 1UBSA 2A5HA 4P61A 2C15A 2WV8A 5FI8A 2E1DA 3I6RA 3I7QA 5C5YA 1GG1A 1DJQA 5IBXC 3MP3A 3EWUA 1J5TA 1W0MA 2NX3A 3FOKA 1XBYA 1A5CA 1EB3A 2BWGA 3ABRA 1JRBA 1YDOA 2BSLA 2EAWA 5G2IA 1FCVA 1M7OA 1KBJA 1XC4A 1K7EA 1GYNA 4LC6A 4LY8A 1FX6A 1UUOA 1RV8A 2YDAA 1ADOA 4OE7A 5D2WA 2FJKA 3H55A 2E5BA 3B03A 4WXZA 2AGKA 2FPTA 3NQ6A 3O06A 4K7VA 5EY5A 4WZHA 3DHFA 1FDZA 1FWRA 4UTKA 1TCDA 4Y6GA 1EPXA 5D03A 5U4NA 2EF9A 3CHVA 5DBTA 3HJZA 1GVOA 1T0OA 1C8VA 3W7CA 4UFMA 1VGAA 1TTIA 4N9BA 2JKPA 3FKKA 4BFAA 4X22A 3KX6A 4AF0A 1XM3A 4DEFA 5FF2A 1B4KA 2J6XA 4GUHA 3G8RA 5BMWA 4CQ9A 3TC7A 3W7EA 2WPBA 4XKYA 5AHLA 1GVRA 4FNTA 3P74A 2ABBA 3I7SA 5EPDA 1QOQA 3GB6A 1SSDA 1FY6A 4C1KA 3KVMA 4IPIA 1SSGA 5KSWA 3UWWA 4H6KA 2ATSA 3LTPA 4G1KA 4NJGA 3NL2A 3EX1A 3V1PA 3SGUA 1MEWA 5L9FA 3TUUA 1VHCA 1F73A 3HGSA 4K8HA 4MPQA 3NVTA 3MP4A 3M5YA 4GE8A 2YCEA 3GNNA 1LRNA 1S3HA 3TDFA 2Y89A 3NA8A 4UUIA 1JQXA 3KXQA 5CPOA 5C2XA 2WSRA 1NFBA 1ZAHA 2ZZ5A 2W6RA 3LI1A 4ADUA 3A21A 5TIMA 5E93A 5F1VA 2H8ZA 1J2WA 1G4SA 2ZZ7A 1LDCA 1I2RA 1VRDA 3IVUA 1FXQA 2NZLA 5LNWA 3GAYA 3STCA 1OFDA 1G69A 4JX5A 3RLVA 4N6FA 4Z1DA 4O57A 1KFLA 3HPZA 1KBIA 2DZSA 1NF7A 2Y85A 1KM5A 1LBFA 3PS7A 4Y90A 1FCUA 2A0NA 2ZFAA 2QCDB 1TQXA 5HNRA 1I2NA 5K3VA 3W7OA 3C2FA 2Z2UA 3DFSA 1D3GA 4UMCA 1WBJA 1T99A 1PIIA 1O94A 4OHQA 3W1NA 1J4EA 1N7KA 4O17A 3IIXA 4S1FA 5K9XA 4WX2A 2R91A 4JYFA 3THQA 3PB0A 3NOEA 1GT8A 1C29A 2RDTA 4GJ1A 3SY5A 3W23A 3VI2A 3T44A 5CZSA 3DBPA 1H60A 2Z1BA 3C2RA 1E51A 3TMQA 1WOBA 3PBWA 3L5LA 3TJLA 5KTLA 3TW7A 1R30A 3TXVA 1K8YA 5K2ZA 5KZDA 3LOTA 2QAFA 2YGYA 4NJHA 2YFNA 4IGHA 5AHEA 3LXCA 1WDWA 4GXMA 3NM1A 3L66A 5C54A 1OJXA 4HN4A 2R94A 3ZFHA 3TX9A 4MY8A 4K37A 3DFQA 1EP2A 3NQDA 2J9ZA 3TCEA 2P1FA 3G1HA 1EWEA 1W5MA 4O28A 1LOSA 3CWNA 2O7SA 3G1VA 3UWZA 4QJ1A 3B0UX 3HGOA 4PEKA 4GNJA 4XBKA 2ZTJA 5I3IA 4IXXA 4LT9A 2AAMA 5CSRA 3NQ2A 3T40A 2ALDA 1DQXA 4N02A 3BG3A 3PF3A 3S5NA 4RKAA 2YYTA 4EOUA 3W75A 3RNDA 3T7VA 3G1YA 2C19A 3GDRA 3S9YA 2QCDA 4O0KA 3R5EA 3HPSA 4UC5A 4WXYA 3L2IA 1P5BA 3EKZA 3RF9A 3LBMA 1OABA 4E38A 3B0PA 3W7LA 1HG3A 3LCIA 3N73A 1TO3A 3QPZA 1X6UA 2BXVA 1I4NA 3AJXA 1TRDA 1VQTA 5G4EA 1VR6A 2J24A 3GZ3A 2FPVA 4FXRA 2V8ZA 3A9IA 3LCFA 5AHNA 4Q4KA 1QPRA 3T55A 1V5XA 1LBMA 3BLFA 3VNDA 3O8AA 3NL5A 3GXNA 5LKYA 1Z48A 2VELA 5A8GA 1QDSA 1EEPA 3DI1A 2JGQA 3LLFA 4TX9A 5FEZA 4NT0A 3V75A 1IF2A 2QJGA 3S0CA 3MUXA 3W1MA 4IOTA 2XFWA 2ZZ6A 3NG3A 5HWJA 3MJYA 1Q6LA 1TIMA 4Q32A 1H7PA 3TA6A 2ZZ3A 2X1UA 3L68A 1H61A 1OK4A 1X8FA 2DZUA 3EX2A 4JTIA 1KFJA 3TNOA 5MHBA 1DV7A 3EX4A 1GQNA 1OVDA 3W1PA 2VEIA 3CEUA 1XL9A 4HKPA 3QC3A 4UTWC 1TPEA 2GOUA 2XN1A 1FUYA 2FLIA 2NWSA 4FX8A 4FIRA 4GUJA 5FF7A 1Z42A 2X1SA 3M7WA 1TPDA 1YXYA 3TW6A 4IJBA 3S1XA 1Q6OA 4RX0A 3DHDA 5BW6A 4UR8A 1XCFA 3NL3A 3GR8A 3SGZA 4C1LA 4FNRA 2H3BA 4TU1A 3HGRA 1OX5A 4IWWA 4JYDA 2V5LA 3GYEA 4IQLA 3VE9A 4IMCA 4LV4A 1BTMA 1Q6RA 2QJHA 4OBTA 4ZL1A 3TSMA 2Y6ZA 3R2GA 4JTLA 3S6DA 1GPWA 2CLHA 1LCOA 3NM3A 2G95A 4JTGA 2H6RA 2WJZA 3CTLA 4HSNA 3IEBA 1VH7A 3UNDA 2CLFA 3INPA 1UASA 2QCLA 5AYXA 2O7QA 4PL2A 5HR6A 3DAQA 1TV8A 4FNPA 1XBVA 1OX6A 1GG0A 4MZ1A 2QKFA 4AEOA 3FLUA 4UFJA 5DY3A 2GQ9A 3DFNA 3HG3A 4HSOA 5CG7A 1QNVA 4ORIA 2CZFA 1UUMA 3BK0A 5LHEA 4YMZA 5FF0A 5EL1A 2ISWA 2EGZA 1QFEA 1SFLA 4CCEA 5G4WA 1TTJA 4M7SA 4YCPA 3RMJA 3FFSA 4CQAA 3P8IA 4ONVA 1AMKA 1BKSA 4TMBA 1OK6A 3LM7A 1FWNA 1UB3A 5K9CA 4KWWA 4YXGA 2TPSA 4YLWA 3A22A 5A5WA 2CZEA 4O12A 5CKSA 3UWQA 4UIOA 3B8DA 3M5XA 1TRIA 1YDVA 5D37A 2I9EA 4MJMA 4O1BA 3IVTA 3ZR4A 2Y63A 3P84A 3W72A 3LTYA 3C4UA 2Y7GA 1H5YA 3C8FA 4W9TA 3LCGA 1L6YA 1R2RA 4BWLC 3LRKA 1KFKA 1QOPA 3IIPA 4BWLA 1CX9A 4RR4A 5D2TA 3TFXA 1ZENA 4O4VA 1SQ7A 5D09A 1FQ0A 3G0XA 2CZ5A 3GLCA 3P8JA 1JCXA 5DBUA 1ZJIA 4X2RA 1SW3A 1F6PA 1CW2A 3BLIA 1RVGA 1QR7A 5D05A 1I2QA 3B4UA 5T26A 1OF8A 2WQPA 1X1ZA 6TIMA 4CCCA 3L0GA 1R2TA 1LROA 5F2GA 4WD0A 2QCEA 3KFTA 3I65A 2H90A 3N2MA 1PS9A 1KM1A 3G1XA 4X9SA 1GTEA 1G4PA 1OX4A 2X1RA 3FYOA 3MWAA 3ELFA 2V0TA 3W71A 3N9SA 3R8RA 1HFBA 3PC0A 2A2IA 3QW4B 4M5PA 1PE1A 5AB3A 3GKAA 1EP3A 3P62A 5AHFA 5G2HA 2NLIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OWG A;  2GJL A;  1RJR A;  4MNL A;  1XYA A;  5B7Y A;  1UIP A;  4GUI A;  2J7B A;  2V3E A;  3V7P A;  4KEU A;  4F3H A;  2TRS A;  3DFP A;  1V3L A;  2YSW A;  3N1A A;  4PB3 A;  4NVT A;  1JQV A;  1JDA A;  2PBG A;  1DBT A;  1M68 A;  4I9A A;  3N18 A;  4S38 A;  3N17 A;  3GNP A;  3UCC A;  2PA6 A;  3ZT7 A;  2ZUM A;  5G1T A;  1NSJ A;  2FZM A;  1BRL B;  5E9X A;  2UY3 A;  1LZO A;  3W38 A;  3TU9 A;  3W6M A;  4DIA A;  1XD0 A;  3FGC A;  1XYB A;  2WHM A;  4IMF A;  3NTY A;  1JXK A;  1DKW A;  3QY8 A;  1B9Z A;  4OGZ A;  2J8G A;  3HPF A;  5A69 A;  2NV1 A;  3KM8 A;  4I8D A;  2YR1 A;  1F3E A;  2OZ8 A;  4ZFC A;  1Q6G A;  1KM3 A;  2Y7F A;  1V6W A;  2DH2 A;  1JCL A;  1G67 A;  3WLQ A;  2GUU A;  1PVN A;  3CV7 A;  2PC4 A;  1ISW A;  3KDO A;  1GKP A;  1LUC B;  4ROQ A;  1UH4 A;  1VYP X;  3WD3 A;  2PGF A;  2PRL A;  1TV5 A;  3WEO A;  2ZQ0 A;  2Y7E A;  3W25 A;  1D8C A;  4HHP A;  3CM4 A;  1NOU A;  1PYF A;  1X1O A;  1FHV A;  2HVO A;  2FB3 A;  1FP8 A;  2V3D A;  1JIB A;  3WIJ A;  1LLZ A;  3EPM A;  4F0S A;  4W84 A;  3BQ6 A;  5ABT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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