3LTPA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ltpA00
2J9ZA 3KAOA 4ZQMA 1QFEA 4XKYA 3HF3A 3NQDA 3MMTA 3LRKA 3QPYA 1A53A 2RDUA 5CSRA 4UTHA 1EP2A 3SFKA 1OK4A 5C5YA 4QITA 1PCKA 5KINA 4UTIA 5DBTA 1SSGA 2FTPA 5HUOA 1F73A 3ANYA 3SI9A 2Y7FA 4K36A 1B3OA 4IMDA 3FEMA 3PULA 3GX9A 3UQNA 4UFLA 3W2LA 3C2FA 1XXXA 1EP3A 3NQMA 1Q6LA 1OX4A 2V2HA 2E6FA 3M0ZA 4H6KA 4IPJA 3BGJA 5K9DA 3R8RA 3FKRA 5F4WA 3SR7A 1WX0A 1RVGA 4IPIA 3CWOX 3SJ3A 1HL2A 3DGRA 5J5DA 3TU9A 3QSTA 5AYZA 1MEWA 3W7IA 4WXYA 2X30A 5FF2A 1Y0EA 1Q6RA 5HQEA 1FCVA 3LDVA 3HMJG 1LRNA 3HGOA 4MZ1A 4MUZA 3P82A 4N2YA 4IGHA 4MIMA 4ONVA 1ZJIA 3U6WA 5I3GA 2E5CA 4HNVA 5CZ0A 2V5BA 3W1MA 1TPVA 3NQ2A 4YCPA 5AB3A 4WY0F 1JJKA 2DJLA 1KTBA 1P5BA 5EMUA 2H8ZA 3LHVA 4M7TA 5LNVA 3G0XA 4Q33A 4Z1BA 1YDOA 1ICSA 5L9FA 5ABTA 3RLVA 1N55A 2A4AA 4JGDA 4RCXA 4AWTA 1RR2A 4LVFA 2ZBTA 3A5VA 2FB3A 4S1FA 5F4XA 1U5JA 1YXCA 3DKLA 4LNYA 4XTIA 1IXNA 3GDTA 4E2DA 4KWWA 3BPWA 3B04A 2B7OA 3S1VA 3PBUA 3S0CA 4LC6A 1TRIA 5G4EA 1GPWA 5D32A 1GEQA 1DHPA 4R7JA 1W31A 2PRHA 1ML1A 2AQWA 4FNQA 2QCDA 3EWXA 1TV7A 3DFQA 5G1YA 3M16A 2GOUA 4RZ4A 1TTJA 5E93A 1TJPA 3LI0A 3GDKA 3LCGA 3PS7A 8TIMA 4AMAA 3W7GA 5CKSA 2GVLA 2R91A 1H60A 3BGGA 3O05A 4JIPA 3TMLA 1Q45A 1W3NA 3RFAA 2QCGA 1OFBA 5BRBA 3OVPA 3BK0A 1UB3A 5C2XA 3CU2A 3FFSA 5DLCA 1RD5A 4WJEA 1GZGA 3ZS4A 1W0MA 4XQ6A 1OF8A 3A22A 1KFKA 3ABRA 3UZ5A 1OVDA 4UTKA 4UNLA 2GJLA 2VC6A 4JR5A 3ABOA 3IGXA 4FX6M 3P5YA 5E0KA 2VFGA 3M5XA 5BW6A 4N6EA 3DHFA 3NPUA 1QMLA 3C2RA 1SW0A 3I6RA 1W3IA 1ZY9A 1WXJA 1UBSA 4UFIA 5I3KA 3M41A 2OMAA 3HOJA 1QR7A 3G1FA 3ZWSA 2B7NA 4GFSA 3BG9A 1G6CA 1IXOA 2HSAA 4O13A 4UFHA 1MEIA 3UWWA 1FCUA 4A2SA 2YZRA 1UASA 3S8HA 4RLIA 3GAKA 1DBTA 3ABQA 4UNKA 3QSRA 1JCMP 2ISSA 1W8SA 1Z48A 3TSBA 4I7UA 2GVJA 2RKXA 1TPB1 3IIZA 4UTTA 3MP4A 2BX7A 3W76A 3PUDA 1H7XA 2Z6IA 5G5IA 5DN1A 4K7VA 1XUUA 4R33A 4JDYA 1C9DA 3NQ6A 3NQFA 5HWJA 2OZ0A 1M6JA 4UTTC 3VKJA 4JTLA 1I2PA 1QOQA 2UV8G 5FEPA 3EXTA 4QIUA 1TYGA 4MZ8A 4UMAA 1GT8A 3BLFA 2HS8A 1L6YA 5DY2A 4KKXA 5AC7A 5EA9A 3KVKA 3O1NA 4IQLA 5U4NA 3S1UA 4LW7A 2NXGA 5EL1A 2YPIA 3P80A 4O11A 5AHLA 3EX3A 4RR4A 5FF7A 1ZAJA 1JVNA 3P62A 1NSJA 3LX9A 4LC8A 3SGZA 4NT0A 3PB0A 5EYWA 3C2VA 3QYQA 2C16A 3L65A 4ADTA 2Z6JA 4CNPA 1E51A 2E77A 3NOEA 2VENA 2BZNA 4HPJA 1TMHA 1FBAA 2PRMA 4QJ1A 2ZTJA 3W22A 4ZVJA 3PAJA 4FNRA 2DZTA 2YXGA 2E5DA 2X2GA 1YXDA 3HG3A 4N9BA 4MZYA 2ABBA 3PSWA 2Y6ZA 3LCHA 4H4IA 2FIQA 3PB2A 3O06A 1SR9A 1HO1A 1H7WA 1J5TA 1PS9A 3W1QA 5HR6A 2VXNA 1DQXA 4PH6A 3LXAA 3M1ZA 4UIOA 1Z41A 3C61A 3EX6A 5CPNA 4LT9A 2FFCA 5TIMA 3WJWA 1R2RA 2X1RA 5F1VA 1TSIA 1I2NA 4PC8A 2IQTA 3HG4A 1SQ7A 2WJZA 3G22A 4WOQA 2ZFAA 2A6LA 2X16A 4UUIA 4BWLA 3TQKA 2Z0IA 1LROA 3MI2A 4O52A 3LLDA 1LRQA 4FIQA 3LGEA 1KTNA 2C19A 3WK2A 4AHQA 3AO0A 3Q94A 4JTJA 3W86A 2EHHA 3LXCA 4BWLC 4O14A 3UWZA 4O0ZA 3W7KA 2QJHA 2E68A 1FWRA 1JCLA 4O0KA 1ME8A 1V7YA 1AL7A 3QRHA 6ALDA 1HG3A 2HTMA 4IMEA 3PSVA 3QH2A 2YR1A 3QEZA 1SZFA 1SZGA 3G3DA 4JDBA 3MYPA 1TPH1 2OT1A 4NNBA 4MOZA 3TW7A 4YLWA 1QOPA 1OYCA 3OBKA 3DFNA 3TUUA 2QCCA 4MJZA 1ZAHA 2VFIA 3W2KA 3Q58A 2CU0A 2P0OA 3EKZA 3ATYA 3CT7A 3TE9A 3W84A 2A6NA 1FWWA 2V82A 1XI3A 5D2XA 1WQ5A 1WBJA 4EIVA 2YFOA 5BMWA 5FEWA 4TX9A 1MEHA 2LLEA 4C1LA 3TXVA 5FEXA 4WY0A 3NQGA 2AGKA 3CEUA 2ZRUA 4Y9AA 3CPRA 1OHLA 3FJ6A 3G0SA 3OG3A 1TPC1 1KFCA 5K9XA 2C18A 2G5WA 3C2EA 2ZA2A 4O18A 5K7JA 2I14A 1AG1O 1FCQA 1UUOA 1LOSA 3BW4A 3PY2A 1DJNA 1H7RA 3W1UA 5HR7A 3W73A 4ZQRA 3W1LA 4IMCA 2H6RA 1YDNA 4IXHA 1B57A 4UTWA 2NX9A 3DFPA 1MO0A 3TJXA 2YX0A 4Z1CA 2NUYA 3CIWA 4ZMGA 5F2MA 1LRTA 1KM5A 4UCGA 4UTWC 4HNTA 1XBXA 3OEXA 1A5CA 1JCNA 2C14A 5D2VA 1FWTA 3S5NA 3B03A 3LI1A 5CPLA 1SU5A 3KHJA 1BKSA 1P1XA 3DH7A 4Y90A 3O6YX 5C6MA 2A2IA 1PHQA 1KV5A 1TTIA 3I7QA 4GRSA 2ZZ6A 3M6YA 3VFLA 2FQIA 4J9JA 3NR0A 5H2ZA 4LVDA 2Y62A 3NQCA 1H1YA 2O7QA 3LRMA 5CPMA 2F84A 2GVGA 2X1TA 1GQNA 3L66A 1VLWA 2PE4A 3WJXA 4R34A 1TRDA 4KWVA 1PCWA 5CZJA 4Z1DA 3TA6A 4FX7A 4FXSA 4NNAA 2YCEA 2DZSA 3NQ8A 3RU6A 3LTSA 1G67A 3TV8A 4JTTA 4UTJA 4Y96A 3P84A 3TSMA 3CWNA 1AK5A 4HHPA 3W7HA 3NZRA 2C1HA 1PE1A 5EBUA 3D0CA 4JYEA 4DELA 4CCCA 1GVSA 2BXVA 1L6WA 2QAPA 3UXAA 5DY3A 2ZZ4A 2E09A 5AHNA 3OHIA 3P74A 2DZWA 1EPXA 3P8IA 5AN7A 3STFA 3BW3A 5KSWA 2D73A 4K8EA 4GUIA 4GXMA 4P2VA 3LCIA 3WFAA 1XM3A 4FNSA 2XFWA 4NJHA 1WAUA 1ZHAA 5F2LA 4IOTA 4DO5A 2Q3RA 1T8XA 2CZFA 2CLEA 3CHVA 1NEYA 2A1YA 4TR9A 1LLZA 4LUJA 1VYRA 2WSYA 3MWAA 4XBKA 3C4UA 4MYAA 5KZEA 2VFEA 1O60A 4ZZ9A 3P5ZA 1IF2A 3GXPA 2YGYA 3PR2A 1VRDA 4O54A 3T55A 3MBDA 4I7WA 4ZQOA 3HG2A 3N73A 1MXSA 1TV5A 3I7RA 4MYXA 3QQ0A 4O15A 1UUMA 2Q8ZA 1TPDA 1H61A 3NL3A 2DP3A 2WOQA 2H8XA 3GZ3A 2RDWA 4WQ6A 4PA8A 5E1QA 2V9DA 4FNTA 3LCLA 4K38A 1K7FA 2C0AA 3GKAA 3W1PA 4CNNA 1LOLA 1I2OA 3O15A 3K30A 3NPWA 4UFJA 3SGUA 4Z0JA 1S5TA 4NNCA 3O6CA 1KV8A 5LZLA 3W7JA 3G1AA 3Q2DA 3W7LA 4CNOA 1GOXA 1VYPX 1AL8A 3C52A 3KRZA 4JXCA 5I3FA 1H7NA 1SZNA 1G4SA 4AWSA 4O17A 5I3HA 3O07A 4AEOA 1G4EA 2YSWA 3GDLA 3R13A 1PHWA 4M6PA 3T40A 2ZA3A 1XBZA 3GR7A 1H7OA 5K9CA 3C3NA 1RQBA 4Y6GA 3LCXA 1GTEA 1P4CA 4NXSA 5AC8A 4N9CA 2XN2A 3BLIA 3MHGA 4IUOA 1QDSA 3SECA 4PTNA 2CLMA 4HT3A 3C0JA 4OV4A 4BK9A 2W79A 4UMCA 1DJQA 2Y70A 4ADSA 3HO8A 4CQAA 1VCFA 3G18A 2YW3A 2WPBA 1LP6A 3Q37A 3E9AA 1R2TA 3NYZA 4RZ5A 4N9EA 3TNOA 4TIMA 4XKYB 3IVSA 4MKNA 1XBYA 1PVNA 1J2WA 3BG5A 4MY9A 5HULA 1H62A 5LHEA 1GJPA 1SO6A 5LSMA 4POCA 4AXKA 1VS1A 4NUWA 4HSOA 4AAJA 1EWDA 3TROA 3CEPA 3V75A 3IV3A 3GIYA 1OYAA 3BO9A 4FHAA 4O10A 2ZCGA 3W7CA 2Y61A 4MY8A 1YYAA 1OX4B 1TTPA 1K8ZA 3O6DA 3M44A 3VCRA 4YMZA 1GVRA 4N4QA 1LM1A 5DCEA 4FEZA 3I65A 3VE9A 1QAPA 2E1DA 3LBCA 4O57A 1PV8A 2QKFA 3LERA 4LU0A 4XUGA 2WKJA 2ZRWA 1H7PA 3M5ZA 5HNRA 1RQHA 1TPUA 3BLEA 3PG8A 1GYNA 2CZ5A 2Z2UA 3NL2A 2WNNA 2YW4A 4PEKA 3S9YA 1FWSA 3H53A 2CZEA 5AOUA 1HUVA 2JBMA 1TCDA 3MJYA 4NJGA 1KFJA 4JTHA 3TC7A 4A3UA 3FOKA 5G2IA 2NV1A 1GWJA 4RZ6A 3ZR4A 5IM51 4IX2A 3IIVA 1ZFJA 3DFOA 3L21A 4LVBA 4UR7A 4WUIA 3P61A 2BSLA 1LYXA 4DF0A 4GUGA 4IX0A 2FPTA 4WZHA 5D05A 4JX5A 1IIGA 3QFEA 4CCDA 3GDRA 4Z1AA 5HWNA 1KW1A 4R53A 5LGXA 2FB2A 2J9YA 1X7FA 4K8HA 1PIIA 3GNNA 3LTYA 1AW2A 4LV4A 2GQ8A 5AYXA 1JRBA 1TTQA 3NAVA 3QMRA 1O5KA 3KFTA 4UC5A 1G7UA 3NXFA 4LS0A 3OIXA 5AHMA 1I2QA 1KM1A 4LVAA 4Q4KA 4JY8A 1D3HA 5G4WA 1JQVA 3W2NA 2B7QA 1YPIA 2ZRZA 1R30A 5HMSA 1ONRA 5CSSA 1XKYA 3W3OA 4LRTA 5HJLA 4ORMA 2QUUA 1XBVA 2QCDB 1ME9A 4UTUA 2J9XA 2ZTKA 1NF0A 1J4EA 5AYYA 2DJXA 4Z08A 4RXFA 3B4UA 1NVMA 1TIMA 1ZENA 2ZZ3A 2J88A 2VFDA 1F6KA 3PBWA 4DO6A 4UMBA 1FDJA 3F4NA 1V5XA 1DKWA 1OFDA 3MUXA 2NWRA 5A8GA 4W9TA 3C8FA 3MO7A 3W7QA 4EF8A 5K4XA 2H3BA 3EWZA 3M47A 4RXGA 5U7SA 1D9EA 1K8YA 1O5XA 3O8AA 5LKYA 3QW3A 4BI7A 2W6RA 3W7NA 3RMJA 2YYTA 4OGZA 1TPWA 3JS3A 2RH9A 3LBMA 3DU0A 3MI3A 5IBXA 3FS2A 5KMYA 3FA5A 2V5LA 3F03K 3TFXA 1YTKA 3G8RA 4DBEA 3L0KA 2QEZA 3DFSA 3NDOA 3W85A 4O1DA 4O4WA 5IBXC 1F6PA 2JGQA 1RV8A 3GYEA 2QCMA 5D09A 3NPVA 2DZPA 4JYFA 4AF0A 5MHBA 4RX0A 1S5VA 2OJPA 5D37A 3W71A 2Z1BA 4U4MA 3TH6A 1JR1A 1I2RA 1LBMA 2CW6A 2QCEA 5F1UA 3W88A 1EB3A 1TO3A 3TIMA 4EVZA 5I3JA 3EX2A 3B05A 3PWAA 1QO5A 2ZRVA 3GDMA 3W1NA 1LBLA 3TDFA 3KRUA 1OX6A 1CX9A 4KFOA 1F7BA 2JKEA 3NQVA 4S2BA 4UFMA 4PFMA 4LVGA 4BR1A 3PBYA 2XN0A 1ME7A 3SIZA 3WK3A 4JTKA 2NWSA 2VFFA 3W70A 3R2GA 4DXVA 1KFEA 3EWWA 4ZQNA 4JX4A 1F5ZA 3FKKA 2YFNA 1D3GA 1JRCA 3LV5A 4IJBA 4GBUA 4TU1A 5EY5A 1T0OA 1ZALA 1SSDA 4UXDA 3GLCA 2WNZA 4M6QA 1JUBA 3THQA 4JYDA 4B5NA 3UXDA 3SSJA 3EWYA 3L5LA 3B0UX 3UY8A 1TV8A 1SW7A 3RK8A 3W74A 1OX5A 3P81A 4OHQA 3WK0A 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 2CWN A;  1A50 A;  3HB9 A;  4EWN D;  1VJI A;  3MHF A;  3WK1 A;  3W1A A;  2ZDR A;  1FDZ A;  2WV8 A;  1H50 A;  5G2H A;  4O4V A;  1AMK A;  4WX2 A;  1W5M A;  5CGQ A;  2E5B A;  1NF7 A;  3QQ1 A;  3SZ8 A;  3LCF A;  2ZA1 A;  2Y7G A;  1Q6O A;  5KZM A;  2TPS A;  1JUK A;  2CFF A;  3IEB A;  1Z44 A;  3DXI A;  4P61 A;  4TMC A;  5KIT A;  3GKF A;  3SY5 A;  4NZF A;  3G1D A;  2PCQ A;  2TYS A;  3G0U A;  3TW6 A;  4GC4 A;  4XBS A;  1BTM A;  2CLF A;  4LTS A;  5T26 A;  5L6U A;  4ADU A;  2Y88 A;  1VHN A;  4I7V A;  3P60 A;  1FWN A;  2B0M A;  5D30 A;  3TCE A;  3MBF A;  2B7P A;  1WV2 A;  3NGJ A;  1OF6 A;  1ZAI A;  1HFB A;  3B8D A;  1C29 A;  4JTG A;  2C13 A;  1EX5 A;  4EF9 A;  4AHP A;  4X3Z A;  1SW3 A;  1TRE A;  2O7S A;  1DVJ A;  3NQA A;  5CG7 A;  1AW1 A;  1VPX A;  3L5A A;  3H54 A;  4NJI A;  3UPB A;  2PRL A;  1O95 A;  3NVT A;  2J24 A;  3B0P A;  1WYI A;  3W7D A;  1TPF A;  3EX1 A;  2NZL A;  4NVT A;  3PVF A;  1DOS A;  4JTU A;  4YL2 A;  3LLF A;  3UZJ A;  3C6C A;  2FJK A;  5KTL A;  4JY9 A;  3HIJ A;  4CLM A;  1ZCO A;  2TSY A; 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 1OFE A;  3L0G A;  1GVO A;  4LV9 A;  4OU1 A;  5C54 A;  1B4E A;  1KM2 A;  1K02 A;  3G24 A;  3HPZ A;  3MP3 A;  3N2M A;  5D38 A;  2E6A A;  2QUV A;  2OX1 A;  2E6Y A;  2DZU A;  5A5W A;  1ZNN A;  3I7S A;  4GUJ A;  4KFP A;  4UTL A;  5AFD A;  2NUX A;  4CQ9 A;  1A5B A;  5AHE A;  3LHT A;  3EEG A;  4ZL1 A;  2VEK A;  4WXZ A;  5CZS A;  3L67 A;  4FNU A;  2RFG A;  2HMC A;  2A0N A;  1G4T A;  4O8R A;  1ALD A;  5D2W A;  3VE7 A;  1KM0 A;  3EXS A;  1G7V A;  2ATS A;  2NXI A;  2OCZ A;  3TAK A;  4Y8F A;  1GYL A;  4YWI A;  3W87 A;  4O53 A;  4XZ9 A;  4TO8 A;  2VKZ G;  1FX6 A;  1Q3N A;  3S6D A;  3JRK A;  4Q32 A;  1VQT A;  3FJL A;  2GQA A;  3W1X A;  1EA0 A;  4DPQ A;  1FXQ A;  1LDC A;  4BFA A;  3P67 A;  3IIP A;  2NX1 A;  1M7P A;  4A29 A;  2VEI A;  1SO3 A;  3ZFH A;  1VCG A;  4QQ3 A;  4N9D A;  3MW7 A;  4NXK A;  3IIX A;  5FF4 A;  2WSQ A;  5HWM A;  2R94 A;  4O50 A;  1W1Z A;  4QIS A;  4HIB A;  4JN6 A;  3PG9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XFF A;  2NQH A;  3KAO A;  4Z17 A;  1QFE A;  4PUU A;  3K4D A;  4EXB A;  4Z2G A;  3MMT A;  3LRK A;  3QPY A;  1PSC A;  5CSR A;  4UTH A;  1X6L A;  1BG4 A;  1PCK A;  3F2B A;  5IXE A;  3QV8 A;  5DBT A;  2O9R A;  1NJJ A;  2Y7F A;  3BOL A;  1B3O A;  2PLC A;  1WAW A;  3A4X A;  1L0P A;  3GX9 A;  1UD3 A;  4MWA E;  1EP3 A;  3VU2 A;  4HPH A;  1OX4 A;  1NY1 A;  2E6F A;  3GNO A;  4B90 A;  3II1 A;  4F0M A;  1W3J A;  3QLD A;  3BGJ A;  3FKR A;  4S3D A;  3AAL A;  1WX0 A;  3WLM A;  4IPI A;  5FD0 A;  3T0T A;  3DGR A;  3O7U A;  3P6L A;  1MEW A;  1Q65 A;  4QCE A;  1C7T A;  4B3L A;  3KBS A;  5HQE A;  1NU5 A;  3WQV A;  4P8X A;  3REQ A;  4G2D A;  4DY1 A;  4N2Y A;  5I3G A;  1XIE A;  1GCY A;  3SQL A;  3XIN A;  1D7F A;  3KOW A;  5ECU A;  4L64 A;  3TWA A;  1JJK A;  3TVA A;  1UOK A;  4YTQ A;  4XZI A;  3F4C A;  2H8Z A;  2J25 A;  5LNV A;  1IEW A;  4GI4 A;  3POC A;  2VOT A;  1HKI A;  2E40 A;  4FOK A;  3ANU A;  1ZL1 A;  2E1W A;  1D8C A;  3VAV A;  5HPO A;  3VA8 A;  4RCX A;  4LVF A;  2ZBT A;  2DUX A;  5FJU A;  4W86 A;  4HZM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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