3LTPA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ltpA00
5D2VA 2TSYA 3EXRA 3G24A 1DORA 1OFEA 1ME7A 1NVMA 3KFTA 3I7QA 3NQCA 1ZFJA 2QCCA 4XBSA 3GK0A 1XFBA 5GVJA 2ABAA 3N14A 3PY2A 4UCGA 2ISWA 3NQ6A 2CLIA 1JRCA 3IEBA 4S1FA 4QSHA 1FWNA 3W70A 4ICNA 5C55A 5I3FA 1M7PA 1GT8A 4JX4A 2Q8ZA 4RXFA 1O95A 3W76A 2QDHA 1W3TA 5CZTA 5FF4A 3IGXA 4LVDA 2B4GA 1JJKA 1O60A 5DELA 3NPVA 1VYSX 3O6DA 2ATMA 2H3DA 4PFMA 4CCEA 1PHWA 4OWGA 2YYUA 1W31A 3BVJA 2YDAA 1Z44A 4N4PA 4QJ1A 4LOCA 1SZFA 3W1NA 1X6UA 2NUYA 1YTKA 5J5RA 4RLIA 3BGJA 1DHPA 5KZMA 4MJMA 1LP6A 4K36A 2QCFA 5I3KA 4TMBA 4ZQRA 3C2EA 3W1XA 3B0PA 4NNCA 1TPVA 4O54A 3P5ZA 3C2FA 1THFD 3TKFA 4MY9A 5ABTA 5AFDA 3R89A 5DXYA 2G5WA 4JTIA 1EP1A 1TPWA 5F2MA 1TJRA 3CIWA 1V5XA 1K8XA 3FJLA 1F76A 1DKWA 1JVNA 4M6QA 4QNEA 3W7JA 2Z0IA 3EKLA 1FCBA 2RDUA 1EX5A 3DFOA 4EF9A 4LUJA 4XBKA 3M5VA 3S5NA 1C29A 1OX6A 3GR8A 3W3OA 5HWJA 3FLUA 2C1HA 1A53A 4A22A 1H50A 5K2ZA 4JS3A 3MHUA 3DAQA 4JR5A 1KW1A 5H91A 3HG2A 2WQPA 3LTSA 4ONVA 4PODA 2ZFAA 1FDJA 4NZFA 1YPIA 4O57A 3DZ1A 1O4UA 3H53A 3OIXA 1KV8A 3QPZA 2ZQ0A 1K7FA 4TMCA 2PRLA 1P0KA 3LXBA 2ZTKA 4UTWC 3LHVA 3LHYA 1SR9A 1YXYA 2TMDA 3NQFA 3GDMA 4HNTA 3KVLA 3IGSA 2DZSA 3ZS4A 1W5NA 4GUGA 4UTTC 1Z41A 1EA0A 4ZZ9A 3DFQA 2BLEA 1LORA 3EKZA 4O8RA 5D02A 3W1QA 3TW6A 5BOOA 4LUIA 4FNSA 2A7RA 3DFSA 3SGZA 1LLZA 3SSJA 2E5DA 2C3ZA 3NM3A 1KBIA 3O05A 4O0KA 4FX8A 4IMFA 3WK1A 3W7KA 2QR6A 2XN0A 1NSJA 1OFQA 3WK0A 3W75A 3E9AA 3LI1A 1WXJA 2OCZA 1H51A 3QMTA 1LOSA 3T4CA 3TSDA 5TQLA 3NDOA 1KM1A 1PIIA 1JR1A 4MUZA 3GXNA 3HG4A 2A6LA 5I3GA 1FWRA 3JRKA 5A5WA 3GNDA 3NG3A 4N9BA 1HO4A 2QCGA 3NXFA 2YFOA 3UWQA 2H6RA 3BLFA 1N8FA 4UFMA 1LCOA 2WV8A 2QEZA 3GB6A 2J27A 5I3HA 4RX0A 2Y88A 3W85A 4MFDA 4X9SA 3ABQA 3N2MA 1ZCOA 3UPBA 3NL5A 4UTHA 3W7RA 2ZZ4A 1G4PA 1YDOA 2P10A 3TU9A 2CLEA 5U4NA 3NL6A 1BKSA 5F2GA 2OX1A 3DI1A 4HNVA 5LNRA 4JGDA 4YWIA 1GZGA 4O11A 4XUGA 1OJXA 1D3GA 1OX5A 4LWWA 4IPJA 2ZA3A 4H6KA 4WY0B 4Y90A 1TIMA 4I7VA 1K8YA 1FDZA 4LT9A 1P5BA 3PVFA 3QQ0A 4IGHA 4JTUA 4FB7A 3S8HA 1ICQA 1TMHA 1LM1A 3L21A 4CQ8A 3B4UA 5KITA 4JTEA 2H90A 2YX0A 4GUJA 1W5PA 3CTLA 1KTNA 3G3MA 4PC8A 3DFPA 3KX6A 5KSWA 5EPDA 1H61A 3F1QA 5LHFA 3NQVA 1I2QA 5CPOA 2DORA 3SY5A 4RCXA 1XCFA 3I6RA 1FY6A 2ZRUA 5BRBA 1VS1A 4N4QA 3O63A 3W74A 3KRSA 1G67A 1NF0A 1TCDA 3IIVA 2CZ5A 3W1PA 4IMDA 3NQGA 3BG5A 1PE1A 3MHFA 2EF9A 2HS8A 2FJKA 4LC6A 3OBKA 5FEZA 1KTBA 5MHBA 1I2OA 3M0ZA 3W83A 1UCWA 4KKXA 1W5QA 4PA8A 1SW7A 1W3NA 1LOLA 1LLWA 2V81A 1BWKA 1H7OA 3PBVA 3ATZA 1FDYA 4UTKA 5D2YA 3W1UA 3CEUA 1G7UA 3QRHA 2CW6A 1ZAJA 5K4XA 5TBOA 1OF8A 1EB3A 2LLEA 2Y70A 3SW6A 1XL9A 1MO0A 1S5WA 1C9DA 2HMCA 2Z1BA 3NNTA 2A7PA 4DF0A 1KM0A 1Q6QA 2GVJA 2V5BA 1IXQA 2NX9A 2FPYA 4CNNA 1GTEA 3QF0A 2CZDA 2X1TA 2WNNA 4NXKA 1JRBA 4DPPA 4DBDA 2WSRA 3MW7A 3L65A 4I7UA 3G1HA 2VEPA 3EEGA 1RQBA 3W1TA 3W7CA 3W86A 2J6XA 3QW3A 4NJHA 1AW5A 4ZL1A 2PURA 1T8XA 1XDMA 1RR2A 2Y7FA 5HINA 3PB0A 3K30A 3EWZA 5D2XA 3BG9A 2E5BA 1SO6A 4P61A 1JUBA 1MEIA 1TTIA 5LNWA 1TSIA 2E6YA 4O28A 5CKSA 4JTSA 1XC4A 1TB3A 5HULA 4L4LA 2C16A 4H3DA 1OFPA 4RR4A 1BTMA 2G95A 1WDWA 4MVAA 3DHDA 4FX7A 3C2OA 1K7EA 5LGZA 5DY3A 4AMAA 4MZ8A 4GNJA 4FNUA 3S5OA 5HMSA 3PWAA 5CSSA 4E38A 3MJYA 1SSGA 4AHPA 4CNOA 1TV8A 3W7QA 1ZAIA 2NWRA 4DF1A 2TYSA 3FKRA 1MXSA 4CCCA 3TE9A 4EVZA 2QCDB 3LHZA 2YGYA 1TPUA 3OVPA 4XZ9A 4LVGA 2A5HA 4NJIA 1TQJA 2FPTA 4NJGA 4DBEA 4WOZA 4UIOA 3LBMA 5FESA 2GQAA 1VYPX 3C2VA 2BZNA 1WOAA 1H1YA 1EP3A 1Q3NA 4MIMA 1Z42A 5CGQA 4LRTA 2DZTA 2XN2A 4JX6A 3T7VA 3NOEA 1VZWA 3THQA 1K8ZA 3GDKA 1JCLA 2QCDA 1DJQA 3P8JA 3HGJA 2HSAA 4EWND 3O6CA 4JY8A 2FB2A 1H7RA 5D09A 5K4ZA 1X1OA 2QCMA 1KM6A 3W2NA 4Z1BA 1JQVA 3LCXA 2Y89A 3MP3A 4BI7A 4WJEA 2QKFA 4JIQA 4O0ZA 3BPWA 2VFIA 1KLYA 4IQLA 1R2SA 2V5LA 1AMKA 5AC7A 4MFEA 3S1VA 3NQAA 2BSLA 4UFIA 1AG1O 1QPQA 3FOKA 3BG3A 1H63A 4YCOA 3QSRA 5BW6A 3P8IA 4CNPA 4LY8A 3UWZA 5HWMA 3BO9A 4HPJA 1MEHA 3A5VA 3WJSA 4HIBA 3PSVA 4GC4A 1GYLA 3ELFA 3QJAA 4UUIA 3C3NA 3KRUA 2P0OA 5LZLA 3CHVA 5FI8A 4ALDA 4HNNA 1UBSA 5FEWA 3TAOA 3NQ2A 4UR7A 2IQTA 1UUMA 1I45A 1W3IA 1RQHA 1YTEA 1E51A 3G1SA 1OABA 3JS3A 1CI1A 3L5MA 3U2OA 4UXDA 4GRSA 2HS6A 3TW7A 1W5MA 3GKFA 4GUFA 3JR2A 5L9FA 3RU6A 3GXPA 5HUPA 4O50A 5K7JA 4ML9A 3GX9A 2VEKA 3O1NA 4IXXA 4JTGA 4A29A 2JGYA 3LTYA 4O1DA 4XQ6A 5AHFA 2NV1A 3E49A 4IMEA 1X1ZA 3S1UA 3SFKA 4AHQA 4RK8A 3KVKA 3VKJA 5DLCA 1JCNA 1HL2A 2GQ8A 2Y7DA 1OX4A 4E2BA 2A6NA 1WOBA 3TXVA 3CPRA 1XUUA 5F4WA 3CIXA 2NXIA 3W9ZA 1IIGA 3NQ7A 3HPZA 3ZWSA 1ICPA 4LS0A 3LLDA 1IXNA 3HGSA 4O53A 2C13A 1Q6OA 2QJGA 3V1PA 1I2RA 2RDWA 1OF6A 3DFTA 5G2WA 1GOXA 4BF9A 1DJNA 4XTIA 3T55A 1ZALA 4C1LA 2ZA1A 1DVJA 2W79A 2ZRXA 4IOTA 4JX5A 1N7KA 3PG9A 3B06A 3G8EA 3L5AA 5F4XA 1VJIA 4RZ4A 3G8RA 3STFA 5HQEA 5CZSA 4ADSA 1EWDA 4AF0B 5LGXA 3HQ1A 3C4UA 3NQ8A 3DKLA 2ZZ5A 4O4WA 5IM51 1HTIA 1YXCA 1EIXA 1RV8A 1TPC1 1YTDA 4NX0A 4ZQPA 3W7MA 3OVQA 1GWJA 1OFOA 4MYXA 3M41A 3UPWA 1W54A 2JGQA 2QJHA 1LBFA 2ISVA 4Q4KA 1ZENA 1BEUA 5AHIA 2NUXA 3OVRA 2W0UA 1SO4A 2CWNA 3TNOA 3HBLA 4M7TA 3KRZA 1FCUA 1AK5A 5AHNA 3Q58A 1N55A 3N19B 3ATYA 4OQVA 2DP3A 3TMLA 4LVBA 5K9XA 3PG8A 2YCEA 3PULA 3C61A 1QDSA 2WPBA 1FWTA 4K8HA 1A5BA 3MUXA 4A2SA 2VEMA 3G1DA 4DELA 1TPH1 4JN6A 4LU0A 3MHGA 3LV5A 6TIMA 1FXQA 3MBFA 5LSMA 4IXHA 3DENA 2OZ0A 1IF2A 1XBVA 4DO6A 3WFAA 4MLRA 3BLEA 1F6PA 5DCEA 3VI2A 3LV6A 1U83A 3MBDA 1R46A 4BWLA 3HGOA 3MP4A 3PAJA 3OHIA 3NVTA 4LNYA 4MPQA 3LCHA 5J5DA 2ZZ1A 2VFDA 2V2HA 4TR9A 3INPA 4TU1A 3KAOA 4NJJA 4ADUA 3WJXA 1L6YA 3M44A 4Y9AA 5G1YA 1TYGA 3MI6A 2FDSA 1JQXA 2J9YA 4JTLA 3QSTA 1P1XA 1Q6RA 3WK3A 1LDCA 4S2CA 1OHLA 4DO5A 3LHWA 4XTDA 3PUOA 4NXSA 5AYXA 2DJLA 1KA9F 1TPEA 3UZJA 4MYAA 3N34A 3SJ3A 4X3ZA 5AB3A 4IUOA 3GXTA 1G4EA 4QISA 1JULA 4N9CA 3QYQA 1LROA 4A3UA 1KBJA 1QCWA 3TAKA 3GYEA 1SW3A 3F4NA 1JUKA 2PCQA 2V2DA 3LGEA 3SIZA 1CW2A 1KM5A 3NR0A 1GG1A 3M47A 3I7SA 4WQ6A 1W0MA 3L2IA 3GVGA 5C5YA 3NZ1A 3TUUA 1SFLA 3HPXA 3W1RA 1R2TA 1TV5A 3EWXA 3N9RA 1K7XA 2HTMA 4IX2A 3M5YA 2WNZA 3WJWA 5D2WA 3ZR4A 2CZEA 4JY9A 4M7SA 3TIMA 3W7DA 2QCHA 1ME9A 4KWWA 4PL2A 3EB2A 3CU2A 1IGSA 4D2JA 5LHEA 1G7VA 2CLLA 3A5FA 3PSWA 2Z6IA 3LB0A 2QUUA 1FXPA 3TCEA 5LKYA 1LBMA 2E09A 3YPIA 3O16A 4RZ5A 1SQ7A 1GPWA 5E93A 3UY7A 2RDTA 4GBUA 1MEWA 5FF7A 1TO3A 5A8GA 1LZOA 3A22A 4L4MA 3IGUA 3NA8A 1WYIA 5KZEA 3CB8A 1SPQA 1W56A 4ZQCA 1LRNA 2EPHA 4YCPA 1F05A 1L2UA 3GDRA 4MKNA 3P61A 1F74A 3C56A 2DJXA 1FCVA 4YMZA 3W2MA 1EP2A 1Q45A 4K39A 4O13A 5C54A 3G1VA 5EY5A 3VNDA 3W7IA 2ZRVA 4LS2A 2R8WA 4O15A 3HF3A 1KFKA 2CLMA 4N9EA 2JBMA 5AHLA 2X1SA 2ZZ6A 3H55A 4K8EA 1W1ZA 4HKPA 1GVQA 2P1FA 1H1ZA 4POCA 3IVUA 1IXPA 4KFOA 4N9DA 3TDFA 1HUVA 2OJPA 3S9YA 2QCEA 2WJZA 3QMRA 3TFCA 3W07A 1B3OA 4UMCA 3TMQA 1JCYA 4NU7A 1WV2A 2YZRA 3LCWA 3BW2A 4WUIA 3KHJA 3Q2DA 1F2JA 4NZJA 2GJNA 3L68A 2EAWA 1K02A 2GVGA 3LDVA 2Y63A 3MI3A 3FIGA 4JYDA 5FF2A 3A24A 5KZDA 4WY0A 3Q94A 3OA3A 3IIPA 3P67A 3W2JA 2DZWA 1GVRA 3QMSA 4FHAA 1QPRA 2CLFA 3RK8A 2BTMA 1TPFA 1SO3A 4Z1AA 4JTFA 3T44A 1VCVA 4JXCA 1RVGA 4ZQNA 3ABRA 3A9IA 1H5YA 5CZ0A 2J9XA 1EWEA 1KFBA 1WBJA 3O6YX 5F1UA 2RHGA 5K9DA 3KVMA 5AC8A 2GUUA 1UJPA 5CPNA 3IVTA 3B04A 5AOUA 2ZDRA 1A50A 5DCBA 3QEZA 3H54A 4NJKA 3QPYA 3I65A 3TK7A 2TRSA 1WX0A 3C2RA 4FF7A 2QCNA 4IX0A 3N3MA 2Q8LA 4E2DA 3G1AA 4CQAA 3HIJA 5K9CA 3LX9A 1W37A 4LRSA 1K03A 3QZEA 4I9AA 5G2IA 3LCLA 4PCFA 3TX9A 1FUYA 1HG3A 3W71A 1YPFA 1LOQA 2YXGA 1PV8A 2V30A 3DFNA 1PCWA 3NQDA 1TRDA 2FQIA 2VEIA 1GYNA 3W87A 2G97A 3V75A 1L6WA 2WSQA 4NNAA 1RQEA 1MSSA 1T96A 5L6UA 2CU0A 3Q37A 5FEPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWP A;  3WLI A;  1R7O A;  3WLO A;  1RBL A;  2I5G A;  1OFE A;  1ME7 A;  1W91 A;  3KFT A;  1CLX A;  3AMC A;  2J7F A;  2E8Y A;  4R85 A;  4GLE A;  3UZZ A;  4XBS A;  3GK0 A;  5GVJ A;  1HNY A;  3AXH A;  2NT0 A;  3NQ6 A;  2CLI A;  4QSH A;  1UD8 A;  1FWN A;  5A6K A;  1JZ4 A;  1M7P A;  3RRA A;  1W3T A;  4GVF A;  2YBT A;  2GVY A;  4FK9 A;  1DTU A;  4XZL X;  3IGX A;  2VGF A;  1XLH A;  5DEL A;  1XG4 A;  3K13 A;  2HNE A;  3UXK A;  1VYS X;  4IPP A;  2UWF A;  4CCE A;  2CBJ A;  2XGZ A;  2YYU A;  1VKF A;  5G1M A;  3KS5 A;  4LOC A;  3W1N A;  1YTK A;  4CQB A;  1JD7 A;  1OIF A;  1DHP A;  4Z2J A;  2J8F A;  4K36 A;  1O6I A;  3C2E A;  1UZ1 A;  4PBG A;  3W1X A;  3B0P A;  4NNC A;  1RBA A;  3F4C A;  1UQZ A;  5CPS A;  3H2O A;  4HJF A;  1EC7 A;  4JTI A;  1TPW A;  1E0V A;  1V5X A;  4S3D A;  3FJL A;  2YA2 A;  4ZB5 A;  4Z2H A;  5ABH A;  1F76 A;  1X98 A;  4Q8P A;  7CGT A;  1TVL A;  3U57 A;  2Z0I A;  2DV0 A;  1CZ1 A;  5A8Q A;  1Q65 A;  3OQE A;  5LIY X;  4LUJ A;  4CD7 A;  3S5N A;  1R9X A;  5HWJ A;  3FLU A;  5K2Z A;  1RHC A; 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