3LTSA

Crystal structure of the mutant v182a,i199a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ltsA00
4GUIA 4A2SA 4LC6A 5IBXA 3BARA 4ZQRA 3W1TA 3DXIA 1XL9A 1FUYA 5LZLA 3BLFA 2ZRUA 1ZY9A 3TXVA 3B0PA 4UTLA 2ZRZA 1HUVA 2LLEA 4AWUA 3NQFA 1TTPA 2WJZA 4FB7A 3N73A 3NOEA 1G4EA 3W07A 5T26A 2HSAA 2PE4A 4IX2A 3VI2A 3TQ0A 1SW0A 4LT9A 3A5VA 3G18A 3EXRA 1NF7A 3UWUA 4OT7A 4LY8A 1W0MA 4DELA 1TO3A 1OF6A 2YFNA 4FO4A 3AO0A 1ZAIA 4MIMA 3GAYA 4LS0A 4E38A 3I68A 1E51A 1SO4A 2ZDRA 3EWUA 3S42A 3W7JA 1WA3A 4MYXA 2Y7FA 3B06A 1RQHA 1SW7A 4GXMA 1H1ZA 1UB3A 4LVAA 2BWGA 3G3MA 3G22A 3T4CA 5LGXA 1UJPA 3HG3A 2QCEA 4JICA 4MY9A 3RK8A 1HO4A 1A5BA 3VE7A 2YXGA 2EF9A 2E6DA 1FCUA 4RCXA 4UTWC 1I2QA 1TJRA 2BSLA 1L6WA 4LUJA 1P0KA 2DZPA 1I2NA 2E6FA 3GLCA 3W7MA 2X1SA 5CSSA 4AH7A 3HQ1A 5A5WA 1G4SA 4FNUA 3CWOX 3UZ5A 3DENA 3NQ8A 3USBA 2FB2A 1OFBA 4UTJA 1RQEA 1DV7A 3NPWA 4MZYA 5E0KA 3HGRA 5CPLA 4OE7A 1FWTA 3QMRA 4CNNA 5KZMA 3EWXA 4E2BA 1BWLA 5KMYA 3HIJA 2XN2A 2VFGA 3T55A 5DN1A 1SZNA 4AWSA 5LNRA 3HMJG 3LI1A 4S2BA 3FIGA 4CQ9A 1WOBA 1GT8A 3F4WA 4C1KA 3GXNA 1W5PA 1K7EA 2JKAA 3CB8A 2ZFAA 1VH7A 1SQ7A 2X1RA 1FBAA 2HS6A 3GYEA 2PC4A 4O1CA 4TX9A 1GYLA 2RDUA 2A6NA 1M6JA 4HKPA 3FYPA 4O15A 3NEVA 3R5EA 4O4VA 3H55A 3UYCA 1LLWA 1FCBA 2NLIA 2PRLA 1ME8A 4O14A 2B0MA 5EPDA 3L0NA 1WBJA 1TRDA 3LGEA 3IIZA 2GQ8A 3PR2A 3GDTA 5AHMA 1KM1A 5EYWA 1W8SA 5KZDA 4PL2A 1R2TA 4HSOA 1PCWA 2FFCA 2ISSA 1X1OA 3NPUA 2WO5A 2V2HA 1OFRA 4OWGA 2EAWA 4WD0A 3PG9A 2A4AA 3S5NA 2V0TA 2GJNA 1KM4A 4JTFA 2OCZA 3PS7A 4QQ3A 4DBEA 4IXXA 4K8HA 4UR8A 4YCPA 5HUPA 3EWZA 1EP2A 5A8GA 4JEQA 2QCDB 2H90A 3MI3A 3MUXA 2P1FA 1S5TA 3S5ZA 4NJKA 4LUIA 1EP1A 4UTTC 3P5YA 5AN7A 3TK7A 1W5MA 3W86A 4AHQA 2WSRA 4BFAA 5F2GA 4D2JA 4UTIA 4CNOA 4O52A 1EEPA 1LTDA 1F74A 1O4UA 3OIXA 3LCGA 3STCA 3NQEA 4XKYB 3CT7A 1H63A 4PA8A 3WJYA 4Y9AA 1FWSA 3UPBA 4N6EA 2J9XA 5D32A 3CTLA 3EB2A 3CWNA 3F1QA 2ZRWA 3ATYA 2C14A 3FKKA 4FX6M 2CFFA 4FF7A 1I8JA 3FA5A 3S1UA 5C55A 1LOQA 5FF0A 3RFAA 1D3HA 1KLYA 1R46A 3TXZA 1EWEA 1OK6A 3C2OA 5FEXA 4ZQCA 1CW2A 1PHWA 3QH2A 4A29A 5DLCA 5D09A 1SR9A 3O16A 3L67A 3W7GA 2EPHA 2C18A 4DXVA 4JY8A 1LCOA 4EWND 2G5WA 3Q58A 1B57A 4MPQA 3E12A 4RXGA 2E5DA 3LLFA 2Q8ZA 3GB6A 1X1ZA 3NQVA 3QFEA 4PH6A 4WX2A 4QIUA 1VHCA 3UZJA 1LORA 2OT0A 3G1YA 1PCKA 3MHFA 3MJYA 1JQXA 1SO3A 3QW3A 4ZQMA 4UTMA 3S1WA 3W7OA 3RLUA 5AOUA 2ALDA 2ZRYA 3P80A 1V7YA 4DF2A 4E0CA 5D30A 2Z0IA 3W2KA 2VXNA 2BX7A 3V75A 1RZMA 1QPOA 2UV8G 3PBYA 3TIMA 3O1NA 2C19A 3W2JA 4WY0B 1KM0A 1S5WA 4XQ6A 3BG5A 1U83A 2RFGA 3CIXA 3M5YA 3HG5A 2Y6ZA 1KV5A 1Q6LA 4ADUA 1OF8A 4JTSA 3QPZA 4J9JA 2VFFA 3S9YA 3SR7A 1O95A 3L66A 3IEBA 4JYDA 5LKYA 3NQ2A 4XBKA 4LVDA 3UWQA 1OJXA 1Q6RA 3M41A 2VOMA 4N4PA 2TSYA 4EVZA 3U2OA 5BW6A 4O19A 3CEPA 3PG8A 1GEQA 3NQ6A 3HPSA 2TYSA 4RLIA 3PVFA 1XFBA 5I3JA 3W7NA 2FDSA 3LHWA 4DEFA 2Y63A 4P2VA 1QOPA 2QF7A 2A21A 1JJKA 4MVAA 4EIVA 3ZS4A 4P61A 1M5WA 2H3BA 1KM5A 1TPC1 5HWNA 3W7EA 1VLWA 2CW6A 1WYIA 4NUWA 1EA0A 1JUEA 2QCMA 5AB3A 2VEMA 1IXOA 3TDFA 3UPWA 3LRKA 1G67A 3PBWA 5C6MA 1TPVA 1FWRA 3O8AA 3W76A 2PCQA 4JTHA 4KFNA 3BO9A 3PWAA 2GVJA 3ZFHA 1OX4B 3LCHA 4ZZ9A 1WAUA 1GVQA 2VEIA 3NO5A 1SSDA 3C2VA 1YTDA 1OFPA 2GQ9A 3B8DA 2WNNA 4MY8A 2JGQA 2G95A 4NJGA 3H53A 3NZ1A 3RNDA 5J5RA 3E49A 4TO8A 5CSRA 4QITA 1K8ZA 3MMTA 1PVNA 4FIRA 3FJ6A 3NQ7A 2VFHA 2ISVA 2G96A 4WZHA 2QCHA 4MZ8A 3PUOA 5G4WA 1TTIA 3DKLA 2QCGA 3G1VA 4N9DA 3CLMA 5LGZA 1FCQA 3B4UA 3LRLA 3FYOA 3SIZA 1H7PA 1VR6A 2QCCA 3W1MA 1YLVA 1Z44A 1W3IA 5D2XA 1W5NA 4NT0A 3O6CA 2Z6JA 3WJSA 4WOZA 2TPSA 5DY2A 4UTHA 1AW5A 4UIOA 3LDVA 3W7KA 1OYBA 4R34A 1LZOA 3L5LA 1TCDA 1XDLA 1ICQA 3HPZA 2V5LA 3GR8A 3KVKA 2ZZ3A 3TSBA 3TSMA 5IBXC 4KFPA 1C29A 4HPJA 1XM3A 3W7DA 3NM1A 1KW1A 3IGSA 3W7QA 1LDCA 1TRIA 3NQAA 1KBIA 1M7OA 2ZQ0A 3C3NA 1W31A 1N7KA 4ZQNA 3S5YA 4JGDA 4XKYA 3GX9A 2NX1A 5AHLA 1OX5A 3DFSA 3IV3A 3M7WA 1OHLA 3WJXA 1I4NA 4LS1A 1JQVA 3LV6A 3WJWA 3THQA 3LCWA 3G1SA 2Z2UA 4LOCA 4NX0A 3TH6A 1L6YA 3QQ1A 4AB4A 3W70A 2FLIA 1TPUA 3QJAA 5F2LA 4O0KA 2FPVA 4S1FA 4ZVJA 3G3DA 1B4KA 5D33A 1FWNA 3WK1A 2QUTA 3DBPA 2C15A 5KINA 4UTUA 1H7WA 1LRTA 3C61A 3NM3A 1NSJA 3EXTA 5CKSA 4K8EA 1WXJA 1WV2A 1W5QA 1X6UA 1DOSA 3IVSA 3NQCA 3C2FA 3NQGA 3LM7A 2C13A 5AYYA 1YADA 1OX6A 1F6PA 2QCFA 3MO7A 1G7VA 1ONRA 2OX1A 1P4CA 3UQNA 2B7QA 3KRZA 2GOUA 7TIMA 4GE8A 4O0ZA 4I7VA 1RV8A 4K6AA 2YZRA 4I7WA 3HPXA 1M7PA 4PEKA 1YXDA 2ZZ7A 3EWWA 4JTUA 3P5ZA 1SO6A 1T99A 3F4NA 5F1UA 3WK2A 3PSWA 5D2TA 3T44A 5FEWA 2E6AA 1D3GA 1OK4A 2IQTA 3ABOA 4MZ1A 1JCLA 2FQIA 1I2RA 2YDAA 2FB3A 2Y7GA 1SZEA 2QAFA 1J5TA 4OV4A 2AGKA 4O11A 2PRMA 3G8EA 1D9EA 1SW3A 1ADOA 2E1DA 2EHHA 4TIMA 4K7YA 3E9AA 2I14A 3UWWA 2OJPA 4UFJA 4OV9A 4R7JA 2A2IA 2NXGA 1PE1A 3ELFA 1I45A 1IGSA 2DZUA 5LHFA 2ATMA 1DQXA 3LOTA 2H8XA 3W1LA 5H91A 2CLEA 3M1ZA 3E02A 1NFBA 4ZL1A 5HULA 5BMXA 3LXCA 2GPTA 5FF7A 1TQJA 4LWWA 2GUUA 1GPWA 3C2RA 5EBUA 3W85A 5D04C 5F4XA 1GVOA 5K2ZA 1J4EA 2A85A 4ADSA 3YPIA 1T0OA 3TA6A 1K03A 4FNTA 5H2ZA 2YR1A 2ZRXA 2KZHA 2Y7DA 4JX4A 3WK0A 5LNSA 3PULA 4O54A 1TV7A 4C1LA 4RR4A 2RDTA 2DORA 1JUKA 4WY0F 2R91A 4KKXA 1L2UA 1KTCA 1XBZA 1XI3A 1RVGA 1GJPA 4ORIA 4GUHA 3WFAA 3NGJA 1VC4A 1H7OA 3EX1A 4LC8A 1KFJA 3TC6A 1OFQA 5C5YA 4DO4A 1ICSA 4O28A 4GNJA 2CZEA 4BK9A 1XCFA 1AW1A 3A23A 1TIMA 2R8WA 8TIMA 2JKEA 3HGJA 3C6CA 4O53A 4M5PA 3S5OA 2NUYA 3LXBA 1P0NA 5KITA 1SUXA 3KAOA 5G2WA 4GUFA 2ABBA 1PV8A 3B03A 2W6RA 1LRNA 4AF0A 3NAVA 2DZSA 2NXHA 3G1AA 3A5FA 2NWSA 3VNDA 5G2IA 4MY1A 3P61A 5U7SA 5CG7A 2RHGA 1ZFJA 3M6YA 1TMHA 2V8ZA 3DH7A 2J9ZA 3LBCA 3ZR4A 3CQ0A 2GVLA 3LTYA 5D38A 2Q3OA 1B9BA 3BG3A 1SFJA 1S3HA 3NL6A 4UFIA 5AHFA 4L4MA 4Z0SA 3W87A 5SWUA 2ZZ5A 1JR1A 1TV5A 4G1KA 3GKAA 1OVDA 5DBUA 3EXSA 4JTKA 3TFXA 4N9EA 3TE9A 2O7SA 2DJLA 3LBMA 3NL2A 2ZYFA 1SO5A 3ABQA 4BI6A 3PY2A 2B7OA 3L65A 1NF0A 3M44A 1W3TA 1QCWA 3LLDA 4EF9A 2FPYA 1F05A 1K3UA 4UNKA 3O05A 3W2UA 1DL3A 1OYCA 3DZ1A 4QAIA 5BRBA 4CQAA 4Z1AA 2ZA3A 1KTBA 2A5HA 2A7PA 1KFBA 4Q4KA 5I3FA 3A24A 3LHUA 3TMQA 2XFWA 4E2DA 2P0OA 1ME7A 2HS8A 4DF1A 3GXTA 4KFOA 3DGRA 2ZTJA 1TYGA 5D2VA 4U4MA 4JXCA 3OBKA 1VPXA 3NNTA 4JN6A 5D03A 3O07A 3L2IA 3O6DA 3T78A 1IXNA 4UTWA 5G2HA 4O1BA 4TMCA 3R89A 4HT3A 4OGZA 5LNUA 4LVBA 3BW4A 1EWDA 4UFMA 3W1UA 5DCDA 4A3UA 3ATZA 3M9YA 1AL7A 2GVGA 3G0UA 4HIBA 3UD6A 3I65A 3IIOA 4JY9A 3F03K 1ZHAA 3I6RA 4NVTA 3T7VA 2ZBTA 4RX0A 4NU7A 4Z08A 1F7BA 1HG3A 5BMWA 3G1FA 3OVRA 2QCNA 5DELA 1FCVA 4Z1BA 4IWWA 4XBSA 1VZWA 1X7FA 1JCYA 1GWJA 3GDKA 3MI2A 1IXQA 3N2XA 3Q94A 5EKYA 3LCIA 3TC7A 5CPOA 2XN1A 1TTQA 3QQ0A 4Z1DA 1GVFA 1JVNA 5G1YA 4H6KA 4MJMA 5HQEA 1B4EA 1WQ5A 3AJXA 1BWKA 1FDJA 4M7TA 3BLIA 3ANYA 3LV5A 5CPMA 2OT1A 1HTIA 4LV9A 3Q2DA 4NNAA 1I2OA 3VFLA 4LU0A 1U5JA 4DO5A 4K39A 2BZNA 3W2LA 2WSYA 2C3ZA 3P60A 3FLUA 1DJNA 3QMSA 5D2WA 4RJEA 4YMZA 2OMAA 1FDYA 3DFTA 3S0CA 1A5AA 1XBXA 1Z41A 2ZA1A 1KFKA 2Z6IA 2JK2A 2PRHA 4N9BA 2H8ZA 4MYAA 1LBFA 1FQ0A 4JTGA 2E5BA 1ZALA 4H3DA 5U4NA 4DQWA 2EGZA 3DHDA 2RDWA 3FJLA 1UUMA 2QAPA 4WUIA 2HTMA 1SZFA 3M5VA 2NXIA 1KBJA 3DFQA 2VKZG 1KTNA 1H7XA 4M6PA 1GZGA 3HGSA 5FF4A 4TU1A 3B04A 4NXSA 3P8IA 3LCXA 2J88A 4LW7A 1T96A 2VFEA 1PIIA 1G69A 3NVTA 3WK3A 1TB3A 1EIXA 4IXHA 3G0XA 2Y88A 3EX4A 3BG9A 4DF0A 4AAJA 3W71A 5DCBA 4Q32A 4A21A 3M47A 2Y89A 1TSIA 1GG0A 5C2XA 1TREA 2C6QA 1H50A 3SECA 5K4XA 2ZZ2A 1KFCA 4MKNA 2Q3RA 4PFMA 4W9TA 5I3GA 4H4IA 3W75A 1SSGA 4BWLA 1LLZA 5HWMA 4MJZA 4NX5A 1QMLA 5F2MA 1HFBA 1QNVA 4FXRA 4QNWA 2VEKA 3MHGA 4NZFA 1YXYA 2CLOA 1SZGA 3TX9A 3TJLA 5DBTA 4O17A 1IIGA 1RD5A 2J24A 3IGXA 3P67A 3QW4B 4FHAA 4UTKA 3CU2A 1LBLA 2DU2A 1SFLA 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 1NAL 1;  4X22 A;  1QWG A;  1VYR A;  1F5Z A;  3GDM A;  3LER A;  1S5V A;  5HMS A;  4IMC A;  1KV8 A;  2E5C A;  2CLK A;  4DO6 A;  2Y61 A;  5D05 A;  1FXQ A;  3DU0 A;  3EX3 A;  4ZMG A;  1JRB A;  3QYQ A;  1EPX A;  1TPF A;  4WOQ A;  3R13 A;  4IMD A;  4CCD A;  3N14 A;  3RLV A;  3BGJ A;  1X8F A;  1DOR A;  5AC7 A;  3RF9 A;  3FKR A;  5G1T A;  1FDZ A;  1TPH 1;  1WX0 A;  3BV4 A;  4MLJ A;  4YCO A;  5K9C A;  1XXX A;  2J27 A;  4AVF A;  4NNB A;  3PBV A;  3CM4 A;  1QPQ A;  2B7P A;  4AHO A;  1KLZ A;  3H54 A;  3V1P A;  5AFD A;  3MBD A;  2AQW A;  5F1V A;  4WXY A;  3W1N A;  4YXG A;  1OFD A;  3GNN A;  3U6W A;  4CCC A;  1RPX A;  4FIQ A;  3TCE A;  4GRS A;  4JX5 A;  4A2R A;  5CZT A;  1DKW A;  4ML9 A;  2V2C A;  2DZX A;  5AYX A;  2CZF A;  2YPI A;  4NJJ A;  1GVR A;  4O18 A;  3LB0 A;  1VCG A;  1LBM A;  2JGY A;  2QJI A;  2NV1 A;  3LI0 A;  1I2P A;  1H7R A;  4LS2 A;  3HGO A;  2V9D A;  4TMB A;  4GUJ A;  4N2Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CYG A;  4A2S A;  5IBX A;  3BAR A;  3T0T A;  1XL9 A;  2WVV B;  1FUY A;  2ZRU A;  3DG6 A;  3ZZ1 A;  4QDP A;  3V4B A;  4FB7 A;  4YYF A;  1A3H A;  3NIY A;  4Z2L A;  4BF5 A;  2XIN A;  5T26 A;  4AZB A;  1QAT A;  2Z2A A;  2PE4 A;  2HVO A;  5DMM A;  3TQ0 A;  4LT9 A;  4PUE A;  5HME A;  3T4W A;  4IFK B;  4PMU A;  5FAG A;  2O92 A;  4LY8 A;  1W1A 1;  3BSM A;  1OF6 A;  1HQT A;  5IFT A;  1B9Z A;  2VYO A;  2HCV A;  5I77 A;  4IGM A;  1TJ1 A;  3I68 A;  3GBD A;  1SO4 A;  2QJJ A;  1WA3 A;  3B06 A;  2DZA A;  1SW7 A;  1CYG A;  2HXT A;  4FXJ A;  5BRQ A;  2HIS A;  4Q22 A;  4MG4 A;  4LVA A;  2BWG A;  2QJM A;  3G22 A;  3G3M A;  5LGX A;  1UJP A;  4YS1 A;  4XSL A;  1UR1 A;  3N29 A;  4LH8 A;  4JIC A;  3APT A;  1CXF A;  1DXE A;  3OB8 A;  1RY0 A;  3TLQ A;  1TJR A;  4Q7B A;  4C6M A;  2PB1 A;  1L6W A;  1VEM A;  1XSI A;  4LUJ A;  1VEN A;  2DZP A;  1RH9 A;  2X1S A;  3PZV A;  1ZU8 A;  1KQZ A;  4AH7 A;  3HQ1 A;  1EXB A;  4AMC A;  4KWU A;  1AA1 B;  1UZH A;  3M0I A;  2ODO A;  2EEX A;  4QBX A;  4OE7 A;  1DWA M;  3QMR A;  1TR1 A; 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 1HKM A;  3C2O A;  5FEX A;  1NOW A;  4GO8 A;  3QH2 A;  3TN6 A;  1WDQ A;  3L67 A;  5G1M A;  3W7G A;  3CQH A;  5A2C A;  1FH9 A;  4D1I A;  3CT2 A;  1LCO A;  1BYC A;  1B57 A;  1XLG A;  1Q63 A;  2QUM A;  2Z7K A;  2Q8Z A;  3VMO A;  1X1Z A;  3NQV A;  1HN1 A;  4WX2 A;  3E0F A;  3WQW A;  4LY4 A;  3ZR6 A;  1LOR A;  3G1Y A;  5GNY A;  1GVE A;  2NLY A;  1CEN A;  1JQX A;  1SO3 A;  4J28 A;  4ZQM A;  4UTM A;  5AVN A;  3S1W A;  1KBL A;  4YVP A;  3A3X A;  4DZH A;  2X0Y A;  4XB3 A;  3AS0 A;  4H9Y A;  1GZJ A;  4NIR A;  5EBA A;  2UY5 A;  4ZOD A;  1UIP A;  4DVO A;  1QPO A;  3KWS A;  3DUG A;  5ECU A;  5CH9 A;  1MRQ A;  2GOK A;  2RFG A;  3CIX A;  4W5Z A;  5FJO A;  5JQ9 A;  3ALF A;  1KV5 A;  1IEV A;  4D8L A;  2V3D A;  1JFX A;  4MUP A;  3DIP A;  5FJI A;  4J9J A;  2VFF A;  3SR7 A;  2D2G A;  5LKY A;  3KCL A;  2RJG A;  2XH0 A;  1R3R A;  1Q4N X;  2TSY A;  4EVZ A;  3U2O A;  1YQ2 A;  4A35 A;  3KBN A;  1HJW A;  1ZUA X;  3DEQ A;  3ITX A;  3CUJ A;  3R94 A;  4NZ5 A;  4PGL A;  5CAK A;  4S3A A;  4P2V A;  1QOP A;  3GVW A;  4MVA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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