3LV5 | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	218
structure length	218
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAEIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8214283668899505__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8214283668899505__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3LV5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8214283668899505__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8214283668899505","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3LV5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8214283668899505__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8034a34e31529bb9ff94/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8034a34e31529bb9ff94/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8034a34e31529bb9ff94/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8034a34e31529bb9ff94/pdb.gz): 570 ms

reading 218 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

218 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:217});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	82
structure length	218
sequence length	218
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-02-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lv5A00

3GKFA 1I45A 1A53A 3NOEA 3PG9A 1KBIA 4NQ1A 5FF3A 4UNLA 3W76A 2J9XA 1ME9A 3BLEA 4JTKA 1GVFA 4ORIA 5EA9A 4TMBA 3LCGA 5D04C 2ZA3A 4JIPA 4RZ5A 1JUBA 4JEQA 3MYPA 5TQLA 1AW2A 4JY8A 3LGEA 3LV5A 2RDTA 2WO5A 2W79A 4FNQA 2QCNA 3C3NA 1KA9F 4MZYA 5F2MA 1QPRA 3PG8A 1TPEA 1W5MA 3R5EA 4JGDA 3QC3A 4GE8A 3P84A 1Z41A 2VKZG 3EWUA 3PC0A 4N9DA 2TYSA 2ZQ0A 1LDCA 2J9ZA 3LDVA 1N8FA 2HMCA 2FJKA 3TFXA 5AB3A 4E2DA 1G6CA 3GIYA 4Z1AA 3EX3A 4TIMA 2HTMA 2R94A 4ONVA 4UMBA 3TAKA 3IEBA 3QZEA 4OE7A 1EP1A 1BWKA 1TIMA 4WOZA 3UXAA 1JQVA 1RV8A 3S0CA 1EWEA 3INPA 5D03A 1AK5A 1K8YA 4LC6A 2BWGA 2QCGA 2WJZA 3T44A 1W8SA 4RCXA 2GPTA 4AWTA 1XXXA 3TXVA 4LTSA 4GRSA 5D2TA 3LHTA 2RFGA 5FF4A 4S2BA 1TQJA 4IMDA 4DELA 4QITA 1ICSA 3TMLA 2VFDA 4NNBA 2V5BA 3HIJA 1GYLA 1DQXA 3W72A 3TE9A 3WK3A 3JRKA 3D0CA 3LCWA 3S1WA 4CQAA 5AHLA 5EYWA 2YFOA 3GDKA 5K3VA 1SFLA 3RFAA 4OWGA 4FIQA 4B5NA 3NM1A 4FXSA 5E0KA 4DPQA 3QSTA 1OABA 1A50A 3AO0A 4N2YA 4NXSA 1Y0EA 5EPDA 1DOSA 4ZQPA 3V1PA 4X9SA 4JDYA 3TXZA 3EX1A 3IIPA 4OV4A 5D2WA 1F6PA 3W7IA 1TRDA 5HULA 2AGKA 1YTKA 1KM0A 1SU5A 4UFIA 4UTKA 4FNTA 2ZRYA 1DJQA 1PL9A 1Q3NA 3S1XA 4BR1A 3IIOA 3ANYA 3NPVA 4S2CA 2RDUA 3NQ8A 1VGAA 4NJIA 3GXPA 3NQ7A 4BI6A 1FCBA 3CU2A 1V7YA 3BVJA 4UUIA 3GR8A 4MFEA 1CW2A 1VQTA 2Y63A 1YTEA 3H55A 3SY5A 2C18A 1LRNA 1Q6OA 2C14A 5A5WA 1Q6LA 1F2JA 1X1OA 3RLVA 3DKJA 3HMJG 4XWUA 1W5QA 4R53A 1KV8A 3HJZA 3GAKA 3G1VA 3LXAA 5C54A 3QYQA 4OV9A 3B8DA 4LRTA 4JIQA 4O57A 5D2VA 5C5YA 3G8RA 2ZZ6A 2ALDA 3G3MA 1SPQA 3BPWA 3HQ1A 4XBKA 3USBA 1L9WA 4C1LA 2CLOA 3C2OA 4GUJA 1SW0A 5HINA 5DELA 4IWWA 2YYTA 3R2GA 1S5WA 1W5NA 1F76A 4QAIA 3TW7A 2O7QA 1FXPA 4M7TA 3NQCA 1O94A 4WXYA 1B9BA 2ISVA 4N9CA 1OK6A 3PY2A 1TPDA 3I6RA 5CGQA 3HPSA 2XN1A 3G1XA 2Z6JA 4K39A 3W1TA 2FTPA 2R14A 4Z1DA 2YW3A 3G3DA 1NF0A 2A4AA 4NT0A 3DHDA 1KTBA 1GYNA 4U28A 1EIXA 3ELFA 4XKYB 3V75A 1IIHA 2Y7DA 3TSBA 3MP5A 1H7WA 2P10A 2P1FA 1GQNA 3C2FA 4NUWA 3SSJA 3T40A 3O63A 4UFLA 4MJZA 4DF1A 1SR9A 3PUOA 4XBSA 3E02A 3TSDA 1F73A 3VNDA 1VS1A 2ABAA 1MEWA 1GZGA 5HJLA 2NV1A 4TO8A 3FS2A 3UYCA 1HO1A 2Y6ZA 3GR7A 4KFPA 2QUTA 4O11A 1W5OA 4DQWA 3R89A 3FA5A 4OQVA 2B7OA 5DXYA 4JN6A 4FF7A 4JXCA 3P82A 3NQFA 2ZYFA 1SUXA 3RMJA 2ZRZA 5AC8A 2B7QA 3QEZA 3M1ZA 3W70A 4IGHA 2OJPA 3TSMA 1LCOA 1SFJA 3NL6A 2PRLA 1X1ZA 2CZ5A 4LV4A 2CZEA 1KLYA 2QCLA 4NU7A 2YDAA 2JGQA 1TPH1 1KM2A 1YADA 4HNTA 4ORMA 3A23A 3RU6A 3CEUA 1RQEA 1D3GA 1OVDA 4IUOA 5D09A 2QCMA 3QJAA 3TJLA 2F7FA 3NQMA 1LZOA 3SFKA 4UCGA 5D2XA 3C0JA 3P8IA 4MOZA 1OF6A 1I2OA 1RQBA 3NDOA 3UNDA 3IVTA 3W83A 1NVMA 3LI0A 4DXVA 2Y7GA 3N34A 3QSRA 3W86A 4HSNA 4UTIA 3GVGA 1WOBA 3BLFA 1YXYA 3GB6A 3M0ZA 3L5AA 3PM6A 2GQ8A 5G2IA 1RVGA 5LGXA 1TB3A 2VEIA 3WJWA 3W85A 3NPXA 3WK1A 1TPFA 5I3IA 1W3TA 1LBFA 2ZTJA 5J5RA 5CKSA 3WJSA 1ZY9A 3IIZA 3L67A 5K4XA 4WXZA 3LHZA 4LS1A 4N9EA 1I8JA 2FPYA 5J5DA 1IIGA 1DHPA 5CZTA 2QF7A 2DORA 2TMDA 2GUUA 3W22A 1N55A 1G4SA 4K38A 1JR1A 1FY6A 3B05A 3LOTA 2A2IA 3P5ZA 4HNUA 3TQKA 4O15A 1HTIA 4HSOA 2NX9A 4ICNA 5LHFA 2VENA 3LXBA 4LY8A 1QDSA 3QPYA 1TPB1 3S9YA 3GYEA 4AF0B 1LBLA 2QR6A 2WQPA 2EPHA 2V82A 1NFBA 3CIXA 1KFLA 2E1DA 4A29A 4O16A 2PRHA 1L6SA 4RJEA 3DZ1A 2J24A 4CNOA 2QJHA 1KTCA 4HNNA 5IM51 2VFEA 4BWLA 2VFHA 1ML1A 4PL1A 4FEZA 3STGA 3NL5A 1CI1A 4FNPA 4JTGA 2JGYA 3HOJA 4RX0A 4CCEA 5SWUA 1H7RA 2CZFA 4PTNA 2ZBTA 2Y7EA 4RKAA 3DBPA 3W1UA 2ISSA 3GK0A 2H3BA 1AW5A 1H60A 3W2NA 3FKRA 3W7CA 4WY0B 1RD5A 1OFDA 5LGZA 4PL2A 5FF0A 4O4WA 1LOQA 3MWAA 2FB3A 4ZVJA 3B03A 1TO3A 3W7DA 2B7NA 2EKCA 3GDLA 1VH7A 5BRBA 1FQ0A 4ZZ9A 1SQ7A 3A24A 3TU9A 4MLRA 1F5ZA 4RXFA 1ICQA 2H90A 2NX3A 4K7YA 1QOPA 3UWWA 1AW1A 1SO3A 1AG1O 5LHEA 3C2VA 5FF7A 5BMXA 1GWJA 4GUFA 3L0NA 1SSDA 3KFTA 1RQHA 1WX0A 4DEFA 3T7VA 4OBTA 5LNRA 1D9EA 3GX9A 1TSIA 3TIMA 4TMCA 1AL7A 2YYUA 3WJYA 3C52A 2YW4A 1DBTA 2GVJA 2YX0A 3LBMA 4N6EA 5G2HA 2V2CA 4H6KA 2IQTA 4O52A 3W1QA 1KFKA 4I7VA 5AN7A 3KRSA 2BX7A 3LLDA 1O5KA 2NUXA 4IPIA 5BMWA 4IXXA 2H6RA 3TC6A 4TU1A 3W2MA 5AYXA 2FQIA 1ME7A 2QCEA 1VYPX 3LB0A 4JR5A 2X2GA 1XUZA 3R8RA 5F1VA 3W7OA 1PE1A 2V8ZA 3NL2A 3SR7A 3TC7A 1KW1A 4IX0A 3EWBX 3K30A 1RPXA 3NYZA 1OJXA 4UXDA 1LOSA 4ZQRA 4LVDA 3MHGA 3NQGA 4PC8A 3L5LA 1MXSA 1VHNA 3G24A 1MEIA 1WQ5A 5F2LA 1LROA 5A8GA 4LVFA 3W7LA 5CPLA 2BLEA 3W7EA 2QUVA 4FXRA 2ZDRA 1G7UA 2OMAA 1AMKA 3KRZA 4D2JA 3QQ1A 4JTEA 3W87A 4UTLA 3NQ2A 4DF0A 3W2JA 3IGSA 1HL2A 2RHGA 5AYYA 1YDOA 1K02A 4FHAA 6TIMA 3DHFA 1M7PA 4FNUA 4IPJA 3NQDA 5EY5A 4PCFA 1C29A 3DFQA 3B0UX 1TREA 1L6YA 2P0OA 4DBEA 1KM6A 5DY2A 4L4MA 3LX9A 2WV8A 1PHWA 1O60A 2EAWA 1EUAA 4LRSA 1YYAA 4QISA 1L2UA 3HPZA 1OX5A 5CZJA 2WKJA 3CB8A 3P62A 3G8EA 1EPXA 2J6XA 3GDRA 1TV8A 1IF2A 4O28A 3PULA 1QFEA 3F03K 5LNVA 1VYRA 1TPVA 2QCDA 4IJBA 1TYGA 5C2XA 4YXGA 4AWSA 1A5SA 1IXPA 4WZHA 4XTDA 3G0XA 5TIMA 4KWVA 1I2RA 4JTSA 1OFQA 3IIXA 3WK2A 1PIIA 5MHBA 1HUVA 3LTPA 3BV4A 3TH6A 2QCCA 3T4CA 1YXDA 1OFOA 4N9BA 2V2HA 1IXNA 4O1CA 4MJMA 4AHPA 2ZZ3A 3LHVA 4QNEA 5DCDA 2YZRA 3MHUA 3EWYA 4HKPA 2BZNA 3W1MA 4O0KA 3WK0A 1BEUA 3PAJA 4I7WA 4LS0A 3B4UA 1O5XA 1XFBA 5HWJA 3EXTA 4OHQA 4JDBA 2E5CA 4XUGA 4PFMA 4CCDA 1EB3A 1HO4A 1VC4A 1GVRA 3ZWTA 1TPC1 3WJXA 1JCMP 1EWDA 4O0ZA 1PHQA 3W3OA 2X1UA 2DJXA 3LRMA 1ALDA 6ALDA 3W1LA 5AHMA 3W7PA 1GG1A 3N9SA 3P60A 1GG0A 4RXGA 1W0MA 2E6YA 4GNJA 3O6DA 4NJGA 5EBUA 2QCFA 3BO9A 4AHQA 5H2ZA 5HR7A 3UWQA 4JX6A 4NX5A 2Q3OA 3M47A 5D2YA 2JK2A 3RK8A 1QOQA 3UZJA 1H50A 2H8ZA 3S42A 4IX2A 3I7QA 3C2RA 4QNWA 1QPOA 2ATSA 3HG4A 1TRIA 1LORA 3M9YA 4JTUA 1K8XA 2CZDA 3EWZA 3IVUA 4M7SA 2A6NA 1M5WA 5AHEA 1MZHA 4J9JA 3QM3A 1JRCA 1I2QA 4GUGA 3NZ1A 4CLMA 1QCWA 2OT0A 5IBXA 1TQXA 2XN2A 1OFBA 2V2DA 1YTDA 2DP3A 1OFRA 3PR2A 4Q33A 1LM1A 2FFCA 3ATYA 3HG5A 2J27A 5I3GA 3LTSA 3G1FA 1FCUA 3W75A 2YR1A 3TV8A 4O4VA 3RLUA 1OX4A 4PEKA 3E9AA 5HQEA 3UY8A 3P67A 3NQ6A 2CLLA 3UWZA 3QW4B 2BTMA 2QJGA 3KVKA 4A22A 1P0KA 1VZWA 5HUOA 3ABOA 4UFJA 3T55A 3CM4A 4ALDA 4M6VA 4UTTC 1F7BA 3BW2A 1ZAIA 1XI3A 3SECA 3MP4A 3HO8A 4BWLC 3E96A 4GC4A 3Q94A 4U4MA 2VEMA 2W6RA 3C4UA 3JS3A 1KFCA 3QMSA 4LOCA 2PCQA 1NF7A 2ZZ7A 1WOAA 5F2GA 2RDWA 1W31A 4O13A 4NX0A 3GNDA 4YCOA 1UASA 4ZQMA 3HGSA 3H54A 2WPBA 1LRQA 1LYXA 4MUZA 4IQLA 1GOXA 2NWRA 3C8FA 4UMCA 5LNSA 2DJLA 2A7PA 4PA8A 1OYCA 5KTLA 5E93A 1EEPA 3BW3A 3PSVA 2VOMA 3A21A 3LI1A 5H91A 4NZJA 2G5WA 1A5CA 3PBVA 1V5XA 3LLFA 2NWSA 3EKZA 3NPWA 4MFDA 2OZ0A 3G1AA 1VCFA 1YXCA 1FWSA 1NAL1 3MMTA 1ZNNA 3CWNA 1YLVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LV5A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations