3LV5A

Crystal structure of the mutant i199e of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAEIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 82
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lv5A00
1MEWA 1QMLA 2DU2A 2C13A 1FCBA 4DEFA 2C15A 1JR1A 2JKAA 3W7JA 1FXQA 1FWNA 3W2KA 1G4EA 1Q45A 4K38A 4NJGA 3F4WA 2ALDA 2C0AA 4ML9A 3ABSA 2X1UA 4N9BA 4CLMA 5AC7A 2ZRXA 1JVNA 1TTPA 3A5VA 2TMDA 5MHBA 1XL9A 3W73A 2VEMA 1R2RA 4IQLA 3MW7A 4JDBA 3IVTA 4EOUA 4HNTA 4JYEA 5LHFA 4DF0A 1ZHAA 3EX2A 1VCVA 4Z1BA 3LBCA 3N19B 3NM1A 5I3HA 2PE4A 4N9EA 4RJEA 3FKKA 1MZHA 3EXRA 3F4NA 3I7RA 1K7FA 2HS8A 3WFAA 3UZJA 4WXZA 1XDLA 2RDUA 1FWSA 2GUUA 1F2JA 1JCYA 2CLIA 4FO4A 2Q3RA 2B7NA 2J9YA 3GAKA 2WV8A 1GVFA 2J88A 1KLYA 2XFWA 1W8SA 1W3TA 3PG8A 4M6PA 3DFSA 3UWYA 3TQVA 5FF3A 1MSSA 3W1TA 3DH7A 4NU7A 2E6FA 2Z6IA 3W7DA 2Z1BA 4LRSA 3KVKA 1ADOA 2BX7A 4BI5A 4MY1A 1F74A 4LW7A 4N6FA 3G24A 5LZLA 2CU0A 5D03A 1TQJA 4BWLA 4O11A 3W2MA 1B3OA 2H3BA 1SO4A 2A0NA 3AO0A 1DKWA 4GJ1A 2VEIA 1W1ZA 4CCCA 4O8RA 4IMDA 1WBHA 3O6CA 5CG7A 4JN6A 3NAVA 5IBXC 3TJLA 2QUTA 1LBLA 1EIXA 2Y7DA 4K7VA 1G4PA 3E02A 4O50A 1F6PA 3TH6A 3G0UA 4Z1DA 2E68A 3OVRA 4S1FA 5F1UA 4TX9A 2WNZA 4GUHA 3HGSA 4MJMA 4NJJA 3W86A 3G1FA 4IXXA 3PC0A 1FCQA 3CC1A 2OZ0A 1W54A 3L5AA 2Y62A 2VFGA 3DBPA 3W7NA 2W0UA 3MP3A 4K37A 4O52A 3T78A 1P5BA 2Q8ZA 1VZWA 3N9RA 1EB3A 3W7HA 2VELA 3LB0A 1W5OA 3CTLA 1TB3A 4O57A 1IXNA 3NQDA 3KRSA 2FIQA 5F1VA 3EWZA 1OX4B 1UUOA 3LXCA 1KFEA 3G0SA 2CLMA 2YFOA 3R13A 1DVJA 3NOEA 1AW5A 2FTPA 5T26A 1OVDA 2QJHA 1DQXA 3VCRA 2Y7GA 3QEZA 2ZZ1A 1SQ7A 3GX9A 3LCXA 3W1PA 5F4SA 1QOQA 3TW7A 5G4WA 4NUWA 5HWJA 3N2MA 4AAJA 3TXVA 3TE9A 2BWGA 1OFQA 4PL2A 3NO5A 3EX4A 4HSOA 1AL7A 2I9EA 1P0KA 1SSDA 5K7JA 1Z41A 2ZFAA 4Q33A 4BI7A 2H3DA 3QW3A 1W5MA 3DU0A 1SZGA 4CQ8A 5D2XA 1LRNA 3TIMA 3HMJG 2NWSA 3BVJA 3UQNA 1KM3A 4O4VA 3G8RA 1R2TA 3NQ7A 1K7XA 3W76A 1H1YA 1VJIA 2DZXA 3N3MA 2V30A 2YW4A 3RMJA 1A50A 3LOTA 4ZL1A 2ZBTA 2DZTA 2A7PA 5H91A 5H2ZA 5AN7A 3PBUA 2J24A 4WX2A 1TTIA 1VYSX 2EKCA 5EL1A 3MBFA 4M7TA 1NAL1 4QSHA 5HUPA 4CQ9A 2DZUA 4JX5A 3IIPA 4QQ3A 3O15A 1Q6OA 3P82A 1RPXA 3B03A 3SSJA 3A24A 5AB3A 3TW6A 1LDCA 4XUGA 1L6YA 3OA3A 3L67A 3V1PA 1GJPA 1YTEA 2GOUA 3IEBA 1OFEA 4E2DA 3L0NA 3HGRA 3T40A 2PCQA 5BW6A 5HUOA 3HJZA 1OK4A 3TMLA 1DQWA 3L66A 2YR1A 4JTIA 3W83A 4M6QA 1X1OA 4X9SA 3KRZA 5CGQA 4AB4A 4AH7A 3S0CA 3W1UA 3VE9A 4WY0F 4IMGA 2NLIA 1QFEA 1QO2A 2V81A 1TRIA 3L65A 1H7OA 1JQXA 3LV5A 1DHPA 1GVRA 3ZWSA 1HTIA 3O6DA 3M47A 3QJAA 3MP5A 5LNVA 5A8GA 5EPDA 3DZ1A 1T8XA 2NV2A 4EF9A 3QYQA 2XN2A 4WY0A 4GUJA 1OFRA 1GG1A 1XBVA 3C2RA 2R91A 3N14A 4GRSA 1OF8A 3NQ6A 3W88A 5D02A 3P8IA 1V5XA 1VHCA 4CCEA 4JICA 2CLOA 3KAOA 1GTHA 3HO8A 2ISVA 1FDZA 2WO5A 1X7FA 3B4UA 4IJBA 2H90A 4UTUA 1OFBA 3M7WA 1VGAA 2JKPA 3UY8A 2GJLA 2Y89A 3P81A 1TV7A 3W7LA 3W87A 4GUFA 1QOPA 1Q6RA 4ORIA 4WUIA 1JRBA 3GNDA 5HULA 1XFBA 1LOLA 4AVFA 2NX1A 3FKRA 3NQ2A 4FF7A 1XUUA 1ALDA 4PL1A 3PY2A 3S42A 2PRHA 5J5RA 1JCJA 4MYAA 3SW6A 4IX0A 1UCWA 4X3ZA 3TAKA 5I3JA 1LROA 4O1BA 3MI6A 3TQKA 3M5ZA 3VI2A 1ZCOA 2KZHA 3U8GA 1ICQA 1W5QA 2WNNA 3W1LA 2VKZG 3M0ZA 3S1UA 1R30A 4P2VA 2W79A 3DXIA 2ABAA 3W7KA 4DF1A 3GDTA 4UTTC 3BW2A 2CZDA 2A1YA 5D2WA 5DBUA 3FFSA 1JJKA 1DOSA 1NF7A 3G1YA 3SGUA 4K8EA 2OMAA 3NQFA 1XXXA 3GR7A 2Y61A 4BWLC 4AHQA 4DO4A 4QAIA 1VR6A 3EWBX 4JY9A 3L0KA 3I68A 4NJIA 4EWND 2GPTA 1I45A 4S2CA 3R2GA 4UTHA 4JX4A 4JTJA 3O05A 1TPDA 1XI3A 3GLCA 5CSSA 3NA8A 3NQCA 3C2EA 3BG9A 5LHEA 2BLEA 2ZYFA 2V5LA 1B9BA 1H50A 2VXNA 4WQ6A 3OG3A 1R47A 1MXSA 3W7MA 1KM4A 4ZQPA 2J6XA 5F2GA 4HNNA 3EWUA 1B4KA 1OABA 3NPXA 3FEMA 4K36A 1O5KA 2CFFA 2IQTA 2X1TA 3KVMA 4MUZA 2H8XA 3G1XA 5CPLA 2ATSA 5KSWA 3TDFA 4S2BA 1I8JA 3NPVA 2QR6A 1M5WA 4OV4A 5SWUA 3W7GA 1FBAA 2CLKA 1PS9A 1QPNA 2YXGA 1PHWA 4JTLA 2R94A 4M19A 4Z1AA 4JXCA 1T96A 3WK2A 1G6CA 4IMFA 1Y0EA 3P8JA 1OG0A 3C56A 3B0VC 4UFHA 4G1KA 3VNDA 1ML1A 3BG3A 5AOUA 3HF3A 4O4WA 3UPBA 3YPIA 3S5ZA 2RKXA 5ABTA 2E5CA 5J5DA 1T99A 3HGJA 2FB3A 1T0OA 1YDOA 3TQ0A 3W85A 1TPH1 4UFJA 4OE7A 4UUIA 1KTBA 1TJRA 3NQ8A 2G97A 3DFQA 5AHNA 4JY8A 3ATZA 3LHUA 2I14A 1H7RA 3T55A 4DPPA 1IXOA 4FNTA 1AK5A 1FWRA 1I2PA 1VPXA 3ABQA 3C3NA 4UTIA 3MI3A 3W7CA 4M6VA 4LTSA 1OJXA 4OQVA 1JUBA 2A6LA 3TSDA 1SSGA 3PAJA 4CQAA 1DJNA 2VEKA 4JTFA 1C29A 1WQ5A 4QNWA 1RV8A 4XBSA 3T7VA 4XBKA 4LOCA 4C1KA 3EXTA 1K02A 1AMKA 1M7OA 1SW0A 4O14A 4IXHA 1HFBA 2ZTJA 5D37A 4QJ1A 5AYXA 2GVLA 3DENA 4U4MA 4K6AA 3UXAA 4LC6A 1TV8A 1QPOA 3E0IA 2VFEA 2Y70A 1EEPA 4UFLA 1D3HA 8TIMA 1VYRA 1ME7A 3TXZA 4UR7A 5HJLA 5FEPA 1LBMA 3JRKA 2QDGA 1OX4A 3KVJA 3N9SA 4UXDA 3PUDA 2NUWA 5EKYA 3THQA 2V0TA 2C19A 3DGRA 3W07A 1K8YA 1BTMA 3L5MA 5G5IA 4GUGA 3TUUA 1MEIA 4UFKA 1LOQA 1O5XA 2JBMA 3HPZA 4UCGA 4NT0A 1OHLA 3CEUA 3I7SA 4FX6M 3C52A 4MFDA 3CB8A 4KWVA 1KTCA 1SZFA 3DKJA 3NDOA 4O0ZA 3QH2A 4MVAA 1H62A 3CU2A 1BWLA 4PTNA 3NG3A 4HT3A 3HG5A 4FIQA 2CLLA 1TCDA 4Q4KA 2NUYA 4EIVA 1YADA 4B5NA 1L6WA 3PUEA 4XQ6A 3O6YX 2QUUA 4MLRA 1XCFA 3TA6A 3SJ3A 2JK2A 4UTWC 2WSQA 4KFNA 3TC7A 3QZEA 1JQVA 3PR2A 3B0UX 1PCWA 1D3GA 3M5YA 4WJEA 1TSIA 4RXFA 1W56A 4Z0SA 5KTLA 5CSRA 2A6NA 4ZZ9A 2H6RA 4O28A 4Y90A 3W7EA 3QPYA 3NQMA 4LVBA 3PG9A 4OU1A 5C54A 5G2HA 1O60A 1KV8A 1GT8A 2ZRWA 3A22A 3P7YA 1A5CA 5D2YA 2V82A 4UTKA 1WAUA 2B7QA 2W6RA 1IIGA 3BK0A 3NQGA 4RZ4A 5U4NA 1OFPA 1BEUA 1EWDA 3BV4A 3EKLA 3GVGA 2GJNA 5AC6A 1ZAIA 1V7YA 4MJZA 3I7QA 3GIYA 4E38A 1KFBA 2HMCA 3PB0A 1NSJA 5HQEA 5KZDA 1LP6A 4CNNA 3Q94A 4JIQA 1J4EA 3QMTA 4UTTA 4AF0B 3TSMA 2V2HA 5G1TA 4WOQA 2NV1A 3W70A 3S5OA 1FCUA 1GVOA 4NJHA 3SIZA 3GAYA 4DELA 4RXGA 5AFDA 2QCGA 4NNCA 4ALDA 4TR9A 3I65A 3B06A 3C6CA 1Z42A 4DBEA 3C2FA 1G69A 5KITA 3C4UA 3W2LA 4FNUA 5KINA 4LVDA 2HS6A 2Y7EA 5F2IA 1OX5A 3E96A 2YYTA 5G1YA 5F4XA 4A21A 4A22A 3MO7A 3QMRA 4GWEA 1EWEA 2ZCGA 3N2XA 4LV9A 4AWUA 1A5BA 1S5VA 2ZZ4A 1H7XA 3MWAA 1AG1O 3FYPA 3OVPA 3JS3A 5CZJA 4BF9A 3FJLA 2FLIA 3HG4A 1KBJA 1SZEA 1F73A 2X30A 1O94A 2GQ9A 1LCOA 1X6UA 3VKJA 1TTJA 3NGJA 4ZQOA 4NVTA 4N9CA 5BMXA 2ISSA 4MYXA 4PFMA 5EYWA 1OYCA 2QJIA 3G8EA 3G3MA 3LI1A 1TRDA 1VCGA 3SY5A 1S5TA 3IRDA 2QCLA 1OFOA 2J9ZA 5LNRA 1N7KA 4FEZA 1YTKA 4BFAA 1SFLA 5BRBA 2V2CA 1LORA 4POCA 4DXVA 3W71A 1FWWA 1H51A 3GYEA 3AJXA 1EA0A 2QEZA 1A5AA 4A29A 1SU5A 2DZPA 3WK0A 2X1RA 3HG3A 2ZQ0A 4GXMA 1SPQA 1H63A 5FF7A 2V8ZA 5FEWA 4YL2A 4U28A 5D2TA 1I2RA 3V75A 3PSWA 3PBYA 5TQLA 1WYIA 2QCDB 1KW1A 1VS1A 4JTSA 2PC4A 3UXDA 3GXPA 1YPFA 4DO5A 4N2YA 4ZVJA 1EPXA 1JCLA 2HTMA 3F1QA 1THFD 3QC3A 1JCXA 4ZQRA 1VLWA 1I4NA 3LHTA 3TFCA 4HNVA 4O10A 3M5VA 1MEHA 5D09A 2RHGA 1WV2A 1IXPA 3PSVA 1O4UA 4O13A 3BPWA 2ZZ5A 1OX6A 3PM6A 3G1VA 4ICNA 3EKZA 1F76A 3LHZA 4UTLA 4JEQA 2BTMA 1VLIA 1L6SA 4LT9A 1QR7A 4D2JA 1RQEA 2CLEA 3TKFA 1OK6A 4I7WA 3MHGA 1PE1A 3FA5A 4NNBA 4NJKA 3LGEA 4MLJA 3BLFA 1LZOA 1SR9A 3P5YA 4RR4A 3FOKA 1S3HA 2OT0A 2ZDRA 1F5ZA 1H7PA 1WDWA 3PF3A 4O53A 2P10A 1J2WA 4UMAA 1KFJA 4UMCA 2CZ5A 4OHQA 2E09A 1IXQA 5F2MA 3PUOA 4QM1A 5F4WA 5AHIA 2ZZ6A 3UY7A 5D38A 2AQWA 4AMAA 2WNQA 2P0OA 1NVMA 3MHFA 1TPUA 4HNUA 5LNWA 3LRLA 3G1HA 4PA8A 3TFXA 1GYLA 2JKEA 3TSBA 1Q6LA 1JUKA 2DP3A 1ZAJA 4NX5A 2C3ZA 2B4GA 4GNJA 2J9XA 1W31A 3PBWA 3ELFA 1KM1A 3EX6A 3NZ1A 4UTWA 1W3IA 5I3KA 5LNUA 3N34A 4HIBA 5D30A 4J9JA 3P74A 4NNAA 5U7SA 5HMSA 1C9DA 3HIJA 5DELA 1HUVA 4LVFA 3VE7A 4N4PA 2CZEA 5LSMA 3NQEA 4EF8A 1FQ0A 4XTDA 5D04C 4CNPA 5AYYA 3VFLA 3FYOA 7TIMA 2A85A 2X2GA 5HNRA 3LCGA 1LRQA 3STGA 4GBUA 5I3IA 3LHYA 4N4QA 3IIOA 4GC4A 1SUXA 4O19A 2ZA2A 3S5NA 4MPQA 3NQAA 2BXVA 3B05A 3TAOA 2JGQA 4R53A 1DL3A 4LVGA 3EX1A 4LS2A 4OV9A 2C16A 3LTPA 1S5WA 4L4MA 2NX9A 4JDYA 2E1DA 4O16A 5AHEA 4UMBA 3HPSA 3SECA 2RDWA 3FLUA 1W37A 4OGZA 4IMEA 4QISA 2B0MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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