3LV6A

Crystal structure of the mutant i218f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGFIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lv6A00
3ABOA 2X30A 5FI8A 1W8SA 3NPUA 1TV5A 4X2RA 2VFHA 3NZ1A 1FXQA 3CIXA 4UTMA 3YPIA 5DY3A 4LC8A 2FB2A 3C56A 4DELA 3IIZA 3HMJG 1GTHA 1YADA 3UWUA 3PC0A 2HS6A 2BSLA 2B7PA 3LV5A 4GJ1A 2KZHA 2R14A 1YTEA 3S5OA 1A5BA 3W23A 3W2LA 4NXKA 5KZEA 3CLMA 2QCHA 2R8WA 3LXAA 2ZRWA 4PTNA 4GE8A 1RR2A 4ICNA 1O5KA 2ISWA 4JNMA 4O12A 3W87A 4X3ZA 4M7TA 1JCYA 1G4SA 4UC5A 1SO5A 5E1QA 4MY9A 5FF4A 2YDAA 3UY7A 1W5QA 3TMLA 2XN1A 1HG3A 3W7QA 3T55A 2W6RA 3C2VA 4O53A 4RK8A 3IVSA 2DZTA 5EA9A 1OF8A 3SGUA 3SZ8A 4O1BA 3HPXA 3O16A 5BMWA 2E68A 3PWAA 3W7CA 4LNYA 1QO5A 5G5IA 1LTDA 3A9IA 1K7FA 5AHLA 1JQXA 2YGYA 2VELA 3B06A 4J9JA 1PV8A 3DFPA 4XQ6A 2E6YA 1L6YA 4JICA 3P8JA 1Z42A 3O8AA 3E96A 1LOQA 2DORA 2WKJA 1H1ZA 4BI6A 1S5VA 3FOKA 2E77A 2P10A 4AWTA 3G1SA 1Q6OA 3TQKA 1FCQA 2C0AA 1YXDA 5HWNA 1H60A 5AHFA 3BGJA 2OZ0A 3L0KA 3Q94A 1NEYA 3DFOA 3S1UA 1KM0A 4RXGA 1OFEA 1O4UA 4O18A 3EXSA 5AYXA 3QW3A 1MXSA 2NUWA 1IIGA 3GKAA 2QCGA 5HMSA 3RK8A 1NSJA 3FJ6A 4XBSA 1GT8A 3F4WA 1T8XA 4CCEA 4FB7A 5CG7A 4AWSA 1WQ5A 3W2NA 5BOOA 1X7FA 1XDMA 3C2FA 1B57A 4TO8A 1YDNA 3GNNA 1IXNA 1GWJA 2QCNA 4R33A 1XI3A 4UR7A 2C3ZA 5AC8A 3HQ1A 4LUIA 2J9ZA 2GVJA 4BWLC 4FIRA 1SW7A 5I3FA 1W1ZA 3SECA 5CKSA 2VFFA 4RXFA 4CQ9A 3W72A 1LOLA 1TCDA 3LRLA 4IQLA 1TJPA 1TTPA 1GVRA 1DJQA 1WDWA 1LRNA 1F5ZA 2EKCA 1YYAA 2B7OA 4UTTC 1T99A 1YXYA 4JTUA 1IGSA 1ZAHA 5I3KA 4JD4A 2E6FA 3C52A 5SWUA 2Y61A 5DLCA 4X22A 3TCEA 3ZS4A 5CPMA 5DXXA 5C2XA 1D9EA 4LT9A 4KFOA 4O19A 4TMCA 3M43A 4D2JA 5F1VA 4OU1A 3NA8A 3OVPA 1W5PA 5D38A 4XZ9A 4K8HA 1DQXA 2ZTJA 5K4XA 2UV8G 4ORMA 3DGRA 3NVTA 1VYRA 2ZYFA 2V82A 3GDRA 2ZZ7A 5HULA 4BFAA 4Z1BA 3S42A 3LCGA 4O17A 1R47A 3NL3A 3G22A 3DBPA 1S5WA 2YYUA 3PULA 1KM1A 5I3GA 1UJPA 3PSWA 3W7NA 3MP3A 3ELFA 4KFNA 3CHVA 2A6LA 4O0ZA 3EX6A 3L9CA 4L4MA 4FNPA 3GAYA 3LCIA 5CZJA 4I7VA 1F76A 2NXGA 1OFRA 3W1NA 3QPZA 3NQAA 3TMQA 5LNUA 1MZHA 5DBUA 4O1CA 2FJKA 2NXIA 5D2XA 3W7JA 3M16A 4RZ6A 1WYIA 3W7LA 4RZ5A 1OYAA 4RZ4A 4UTWC 1L6WA 2ZA1A 4QJ1A 3W22A 2C14A 5AFDA 2WSRA 2Y70A 3UY8A 5D02A 2ISSA 5DBTA 1FWTA 3UWQA 2NX9A 5F2LA 5EYWA 3FJLA 4DQWA 3DKLA 3IRDA 3G0XA 3MP4A 5AHIA 3IEBA 2ABBA 3CT7A 4JN6A 2YSWA 1SZEA 4TIMA 4IX0A 4UFIA 1FCBA 1R2RA 4MKNA 3PBWA 1K7XA 4FNTA 2GOUA 4FO4A 1EIXA 2NLIA 4LVGA 3VE7A 5D05A 3QEZA 1C9DA 4UTHA 1K02A 4M19A 3TA6A 2A21A 2YW4A 4LVDA 3TFCA 1Q6LA 1RZMA 1VR6A 4O10A 1PVNA 5BW6A 5D30A 1P4CA 4GUHA 2X1UA 4XWUA 1FWRA 2CW6A 4LVBA 1DL3A 1QMLA 3I7QA 3OBKA 1LZOA 2EPHA 1EB3A 1W3TA 2Y89A 1GVQA 1R2SA 1KTCA 3H54A 5LNSA 4JY8A 1EP3A 3I65A 3WJYA 2B7NA 2C1HA 1IXQA 4DO6A 2Y85A 1OVDA 2WO5A 4UTIA 4Y8FA 2O7SA 1QPQA 3TW6A 1NFBA 3GB6A 5C55A 3PUOA 1BWKA 1CW2A 3THQA 4DXVA 2HTMA 3FEMA 1W5OA 3TJLA 3W7KA 3M7WA 1PE1A 3BPWA 4UTJA 3MHFA 4QM1A 3NL6A 4GWEA 2G95A 3NPVA 4WY0F 1JCMP 1E51A 4O11A 3BK0A 2WV8A 2ZZ2A 3W2UA 1C29A 1JUEA 3BG5A 3FS2A 3M44A 8TIMA 3P67A 3M5ZA 3M5YA 5IBXA 3W9ZA 3KHJA 3U2OA 4Q33A 1DVJA 2JKPA 1UUOA 2BZNA 3MI2A 4M5PA 3TFXA 3R8RA 3NOEA 4PFMA 5EBUA 4N9EA 3DXIA 2PURA 4O14A 1GPWA 4MZYA 2OCZA 3TH6A 2QJHA 1GTEA 4O0KA 2VFEA 3KFTA 1I2OA 1SZNA 3MBFA 1OFBA 4CQ8A 3HG4A 2Q3RA 1VRDA 1S3HA 4MIMA 3LV6A 1JUKA 3PB2A 1KTNA 3VKJA 2GQ9A 3GNDA 4YL2A 1LBFA 2ZZ5A 2DP3A 5AHEA 3E0IA 3UQNA 1W54A 3QQ1A 4MFDA 3PBVA 2JKAA 1G67A 3NQFA 4KFPA 3RU6A 4Y96A 1EX5A 4GBUA 4AF0B 3PG8A 3HO8A 3QF0A 3LB0A 3LHVA 1VJIA 3NPXA 2QJIA 3P84A 1VZWA 2NWRA 2Z6IA 3DFSA 4ADUA 1PHWA 2ZRVA 5AOUA 5CZSA 3GIYA 4YLWA 4LUJA 3KAOA 4OE7A 2PRHA 4XKYA 3TV8A 3TUUA 2E09A 3L0GA 2NV1A 3KOFA 3G1XA 3ABQA 3JRKA 3NM3A 1LM1A 2I9EA 4HNNA 2W0UA 1DOSA 3W85A 2YW3A 3W7HA 4IMGA 5FEWA 2PC4A 3AJXA 1OX4B 2WJZA 3CEPA 5D2WA 1ICPA 1KLZA 3L66A 3QRHA 1JJKA 2VFIA 1Q6QA 4EF8A 4ZZ9A 4GUGA 3PUDA 4CCCA 1BTMA 2AGKA 1GEQA 4QAIA 1VGAA 4RX0A 3OIXA 5KITA 2J9XA 3V1PA 1A5CA 3JS3A 3WJXA 3CWNA 1MEIA 2J24A 1ME9A 3K30A 1TTJA 5FF0A 3GK0A 1X6UA 3BARA 1AL7A 1PCKA 2CFFA 2VOMA 3W7RA 4S2CA 2WQPA 4LOCA 1F6PA 3W1QA 2H3DA 1KW1A 2WPBA 5G2IA 3UXDA 3MUXA 3HPSA 2AQWA 1UUMA 1DORA 4AB4A 3W2JA 3O1NA 2TRSA 4PH6A 1PCWA 3HG3A 1DV7A 1AW1A 1I2QA 2C13A 3B0PA 1KM5A 5K9XA 2NX1A 4O57A 1HL2A 1OX6A 3ABRA 1XC4A 4DF2A 1ZY9A 4RR4A 4E2BA 4K37A 2P0OA 3DHDA 3FYOA 3WJZA 2P1FA 4E0CA 1G7VA 1U83A 4LV9A 4EF9A 3B8DA 1JUBA 1PIIA 2ZRZA 2XN2A 4FF7A 1Z41A 1K7EA 1JVNA 3I6RA 1H7NA 3BW4A 1G69A 1DHPA 2DZWA 1OJXA 3UXAA 2ISVA 3W3OA 3HGJA 5AHMA 5KMYA 3DHFA 3L5MA 4O15A 3B03A 2A7PA 4DEFA 4MLRA 5D2TA 4BWLA 4N4QA 3SJ3A 1WA3A 3HOJA 5T26A 2EF9A 4NUWA 2RDWA 1GZGA 4RJEA 3W7PA 3B4UA 3LCXA 3GDKA 5AHNA 1S5TA 3WJWA 1MEWA 1RQBA 1DJNA 3INPA 3EKZA 5FESA 3BGGA 1H1YA 4NJHA 3EX4A 1FX6A 1U5JA 3A21A 3M47A 1TPB1 1H62A 4JTGA 4W9TA 3B05A 2QUUA 4CNOA 3P74A 5F4XA 3GDMA 4A21A 4JTSA 1LP6A 3O6YX 5F2IA 2VKZG 4MJMA 4LRSA 2A7RA 2QUVA 3Q2DA 5J5RA 3EXTA 3IV3A 5A5WA 4K38A 3LCLA 4K6AA 2RDTA 4DO5A 4UNLA 3R13A 1P1XA 3FA5A 3SR7A 1SSDA 4MPQA 4QITA 1TPVA 3O6DA 1J4EA 2NUYA 5L6UA 1ME8A 3QSTA 5E93A 1FDZA 1H7WA 5BMXA 5EY5A 3NYZA 3G18A 2CLMA 4I7WA 2Q3OA 2BLEA 3W1UA 1TV7A 4DBEA 3TU9A 2VFDA 5CPLA 3FIGA 3MMTA 2I1OA 3PUEA 4JTJA 3V75A 2QUTA 4OV9A 1PL9A 3STGA 3NDOA 3TAKA 3S8HA 3IIXA 3W1LA 1CI1A 3IGSA 2NZLA 5CSRA 2GVLA 3C2OA 3ANYA 4KWVA 2ATSA 4FX6M 1I2RA 4O4WA 1HUVA 3SSJA 3HB9A 3LTSA 4WX2A 2CZDA 1YDOA 5LGXA 3KXQA 3PM6A 1VYSX 4UTWA 4Y9AA 3EWXA 2J9YA 1YDVA 3FKRA 3UNDA 3NL5A 3O05A 1AMKA 3KRUA 3NZRA 1OK6A 1QPRA 1P0NA 1H50A 1VLIA 2A0NA 5H91A 4DF1A 4N9CA 3TXZA 3P81A 1TPUA 4NX5A 4QSHA 3TSMA 3IGXA 5HUOA 1G4TA 1A50A 1QCWA 3C61A 4QNEA 4JYFA 3W75A 3GKFA 1EUAA 3EXRA 3CC1A 3CEUA 3G1AA 1VCGA 3IVUA 1WAUA 3QMSA 1L6SA 5EKYA 2C16A 3LHTA 3P82A 3QYQA 2QDGA 4A29A 1OFAA 5K4ZA 3NQ8A 1X8FA 3L2IA 3EX1A 5J5DA 5K9CA 1OK4A 3NQDA 4FX7A 4ZMGA 4HN4A 5G4EA 3EKLA 3HGRA 1P5BA 4XBKA 4UFKA 5HJLA 1SO6A 4IPJA 1F6KA 7TIMA 3PAJA 2Y63A 5K3VA 2CZFA 2E5DA 3E02A 3TSDA 1QPOA 4EOUA 3O07A 4PC8A 2H8ZA 2PRMA 2QCLA 1FWSA 5KINA 3VCRA 3BO9A 3NQ2A 4ALDA 1IIHA 4NJKA 3TX9A 4AEOA 3W7OA 1QO2A 1OFQA 4Z1DA 4JXCA 3NM1A 2ZA2A 3GXNA 1T96A 3HJZA 1PHQA 4Z0SA 4MZ8A 5AYZA 5C54A 3QMTA 5AB3A 3GX9A 1GJPA 3GR7A 1QFEA 5LNWA 2NUXA 4NU7A 4FXSA 1SUXA 1ZHAA 4ZL1A 2J88A 1X1OA 2X16A 2ZRYA 3N14A 1Q45A 4PODA 2YR1A 1DKWA 3GVGA 4OGZA 3KVKA 1JQVA 1ZAJA 1QDSA 3DH7A 3R12A 2NV2A 1FDYA 3EX3A 2FFCA 2OT1A 3WK0A 3U8GA 2WOQA 3NQMA 3NL2A 1KV8A 5K7JA 1R2TA 2XFWA 4H6KA 4WOQA 2AAMA 1V7YA 2BX7A 4JTKA 3IVTA 1A5AA 4FNRA 5G2HA 1IF2A 2DZXA 3VFLA 3F1QA 4JS3A 3WK2A 3TC6A 3BW2A 4YCPA 3LHUA 1KM2A 1ZJIA 5F2GA 5L9FA 3LLFA 3R5EA 2YFNA 4AF0A 2EHHA 2FPYA 2GPTA 4OBTA 4O28A 1R46A 1NF7A 2CLFA 4HPJA 4ML9A 4I9AA 4UUIA 4EWND 1KBIA 2QCMA 3B0VC 4G1KA 1LORA 1RD5A 1W37A 4FIQA 4LVAA 4LW7A 1FQ0A 1WV2A 3B0UX 1SZFA 2QDHA 3LM7A 3QW4B 4H3DA 1Z44A 4S1FA 4BI7A 3GLCA 2V5BA 3TQ0A 2V81A 1AG1O 1W5MA 4JGDA 1WOAA 3N2XA 3M1ZA 2Y7DA 1OX4A 2ALDA 2GQAA 4Y90A 2OX1A 3T78A 1YXCA 3G0SA 3O15A 3SIZA 1N8FA 1KBJA 4IJBA 3G8RA 5ABTA 1XFBA 3UPWA 1B4KA 1A53A 3N9RA 1OFPA 4AMAA 2JBMA 4UNKA 2FIQA 5CPNA 2HS8A 4JEQA 1AW2A 2QCEA 3CPRA 4NJGA 2E1DA 1DQWA 3MI3A 4N9BA 3ZWSA 1YPIA 3MYOA 1VS1A 5TIMA 3FKKA 3DI1A 1TB3A 1KM6A 3FFSA 4QISA 2C19A 1H63A 1H7OA 2EAWA 3NQ7A 1SO4A 1TREA 2ATMA 3BG9A 2V30A 5CSSA 1VYPX 2QR6A 1SSGA 3MHUA 4N6EA 2YXGA 1UBSA 2H90A 5EPDA 3UWYA 3NG3A 2DZSA 5LGZA 1XKYA 3LTPA 1D3GA 3S6DA 3M5XA 4K36A 5CZTA 1Q6RA 4CNNA 3HG5A 3W7DA 1VHNA 1BWLA 4NJJA 3TXVA 1SPQA 3TJXA 5KTLA 3T40A 3W7GA 3HGOA 5LHFA 1VHCA 1K8XA 3HG2A 1GYLA 4UFJA 2B4GA 1K8YA 1YTDA 4GUIA 2ZRUA 4IMFA 4O1AA 3TNOA 1ADOA 1KFLA 3DFQA 2CLHA 3D0CA 3GAKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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