3M0Z | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	248
structure length	248
Chain Sequence	NAMKLTPNFYRDRVCLNVLAGSKDNAREIYDAAEGHVLVGVLSKNYPDVASAVVDMRDYAKLIDNALSVGLGAGDPNQSAMVSEISRQVQPQHVNQVFTGVATSRALLGQNETVVNGLVSPTGTPGMVKISTGPLSSGAADGIVPLETAIALLKDMGGSSIKYFPMGGLKHRAEFEAVAKACAAHDFWLEPTGGIDLENYSEILKIALDAGVSKIIPHIYSSIIDKASGNTRPADVRQLLEMTKQLVK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5341527566639668__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5341527566639668__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3M0Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5341527566639668__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5341527566639668","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3M0Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5341527566639668__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
publication title	Crystal structure of putative aldolase from Klebsiella pneumoniae. rcsb
molecule keywords	putative aldolase
total genus	92
structure length	248
sequence length	248
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2010-03-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07071	KDGP_aldolase	KDGP aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m0zA00

3DAQA 5KINA 1NSJA 3TQ0A 4AMAA 1XBVA 4JIPA 3NPVA 1LDCA 2A4AA 2GOUA 4EIVA 4GUGA 1TV5A 3B0UX 1W5MA 4GNJA 4IJBA 3W22A 3W7OA 1R46A 1RD5A 1R2SA 4E0CA 1GQNA 3TMLA 4GUFA 3W85A 4IX2A 1VCVA 3W7CA 1Y0EA 1VJIA 3HPSA 1GT8A 3LXBA 4MYXA 1UUMA 1S5TA 2DZVA 4H4IA 5CZJA 4R33A 5G1TA 1DOSA 3A5FA 1E51A 5LSMA 2X16A 1JVNA 1QMLA 3A23A 5DLCA 2DU2A 2QCDA 1I8JA 1TPB1 3ANYA 3L5AA 2QCFA 3G3DA 3CTLA 1OX4A 1LTDA 1VC4A 1KM4A 2PRMA 1VQTA 4UTTC 3P82A 1GOXA 4UC5A 1NVMA 4K7YA 1TB3A 3TU9A 1XBXA 4ORMA 4WJEA 4XUGA 1WYIA 4UUIA 2E1DA 3LCFA 2BX7A 3G1AA 4ZQMA 3W23A 3M43A 1GVOA 1QDSA 3UWVA 1F6KA 1JCXA 4Z08A 1QOPA 4GBUA 3LHUA 2A6NA 2ATMA 2YPIA 2YXGA 3FEMA 2O7QA 3GXTA 3NAVA 1Z42A 3E96A 3LCGA 5F4XA 3NGJA 4JS3A 1XCFA 5HJLA 4FEZA 2Y61A 2ZQ0A 2B7NA 3NL6A 1D9EA 2WV8A 5EL1A 1VGAA 4IMGA 4K8EA 3PB2A 1JJKA 3TNOA 3M9YA 2CZDA 2QF7A 1OYAA 3L0GA 2E6DA 4H3DA 3W1XA 2VC6A 3M16A 3NM1A 4CCEA 3C4UA 3NXFA 5D38A 1F73A 1I45A 3L65A 1VYRA 4XKYB 1ME8A 4IMEA 2FJKA 4HNTA 3NDOA 3Q37A 3QYQA 4R53A 3NQDA 2QAFA 3S5ZA 4S2BA 2WNNA 4WD0A 3P61A 3MHFA 4K6AA 3W1TA 3L9CA 5DCDA 5IBXA 4RCXA 3TXZA 1HO4A 3MP4A 3IIPA 2RH9A 1S5WA 3IGXA 4KKXA 1H61A 4ZVJA 2QCMA 1BEUA 2C16A 3W71A 4UIOA 1VCFA 1L6YA 3ABRA 4IUOA 4DPPA 2C18A 4JY9A 4JTHA 2DJLA 4I7WA 2GQ8A 5G4EA 3GDKA 4P61A 2CFFA 4K36A 3W2NA 5EA9A 4QNEA 1QO5A 3HGSA 3G0SA 3GNNA 3H54A 3SI9A 2RDUA 3IEBA 3HJZA 5AHNA 4PFMA 2QDGA 1SZFA 1OHLA 2C3ZA 3B4UA 3MYOA 1WA3A 1K02A 3GZ3A 1C8VA 3FYPA 2OMAA 1J4EA 3GR7A 1JUBA 1YTEA 7TIMA 1H1YA 2NX9A 1H63A 1JCLA 3LRMA 1F74A 3I7SA 2DZTA 1PL9A 1N7KA 2QAPA 2OZ0A 1QPQA 3PG8A 1DBTA 4U4MA 2HSAA 1BWKA 4NZFA 4O50A 4JTKA 1O95A 3F1QA 5E93A 1QPOA 3NNTA 5HMSA 2X30A 2RKXA 4HNNA 4NXSA 3R2GA 2ATSA 3EKLA 2WNZA 2BSLA 5FEWA 2WKJA 4PC8A 1QPNA 3TSDA 5DN1A 3GYEA 3FLUA 3FJLA 1LBFA 4BF9A 1UBSA 4BI7A 3W86A 1TO3A 3TIMA 2I14A 3L66A 1ZNNA 1QCWA 2V81A 3W88A 4NNAA 4XBKA 3ZWSA 5A5WA 2DZXA 5T26A 2TSYA 1AK5A 4JTEA 3DFTA 3TC7A 1NFBA 2B4GA 3BW2A 3R13A 2FPTA 3DI0A 1IIGA 4YLWA 1FCUA 2ZRYA 1U5JA 3MI2A 1PIIA 1L9WA 4ADTA 1OFRA 2NV1A 1OFOA 4NJIA 3KFTA 4IX0A 4UFIA 3W2UA 2BZNA 4UR7A 1KBJA 1DV7A 5KZEA 4NJGA 4MUZA 3W7HA 1EWEA 3TJLA 2JBMA 2CLKA 3N9SA 3PUEA 3TROA 3O07A 1B4KA 3G1SA 1TTIA 2RDTA 2Z2UA 1ZENA 5K9DA 3SY5A 4FB7A 2QCEA 2W79A 2PE4A 3G1VA 4WXYA 4RZ5A 3W87A 3NQ6A 5K4ZA 5L6UA 8TIMA 1WOBA 3W1AA 1LM1A 5KZMA 4XBSA 4Y8FA 3EXTA 1KM6A 1KTNA 1OG0A 2FDSA 5FESA 3C8FA 1KM1A 2DP3A 1Z44A 2JKPA 4NUWA 3NQFA 2C6QA 5HQEA 4MJMA 3LDVA 1FBAA 4DO4A 4UTIA 1G67A 2CLMA 4GE8A 3OBKA 4JX6A 2E5BA 4O8RA 2H90A 2ZYFA 5LNUA 5F4SA 3M47A 3NL5A 2QJHA 3EX6A 3C2EA 1NEYA 2Y88A 5HWNA 1XDMA 3HGRA 5SWUA 4Y96A 4LTSA 5FI8A 3CIWA 2WO5A 3NPXA 3S5OA 2VOMA 4K37A 4JXCA 3HGJA 5CPLA 1AW5A 1MXSA 1YXDA 2V5LA 1WXJA 3LERA 3MHGA 1TIMA 5K7JA 3SW6A 3QSTA 1H51A 3TW7A 2YYTA 4K38A 3W7JA 3EX4A 4ZQPA 1TTJA 2ZA2A 5LNVA 1JQVA 2HS6A 3R8RA 1B3OA 2D73A 2ZFAA 3P67A 3W07A 3W7KA 1SUXA 1YDNA 4Q32A 5E1QA 3WJZA 3TW6A 1WBJA 4JYDA 4O1CA 1WV2A 2V0TA 1VLIA 4JTJA 5DCBA 1V7YA 2JGYA 4DF1A 4N02A 1VLWA 1YPFA 3NVTA 1B4EA 1HO1A 1AMKA 4LT9A 1UJPA 1V5XA 2OX1A 5F1VA 1WAUA 3CLMA 3BG3A 2H6RA 5AC8A 1AW1A 1FDYA 1Q6OA 4JTUA 3S1UA 3W75A 3BGJA 4CNPA 2E5CA 3G18A 1CX9A 3W2KA 4IPJA 4PL1A 5CSSA 1H62A 2NUXA 1ZFJA 5CPMA 3KAOA 4P2VA 3MBFA 4LS1A 1X1OA 2Z1BA 2JKAA 5F2GA 1TJRA 2P0OA 3UYCA 2RHGA 4Z1CA 5C5YA 5J5DA 4TO8A 3UXAA 1TCDA 5DY2A 4UFHA 5C6MA 1LOLA 3DXIA 4FNSA 3W73A 3A9IA 3PVFA 1FWRA 3TK7A 1VH7A 3FS2A 3QF0A 4KWWA 1JQXA 3L2IA 2CZ5A 4XKYA 5G2WA 2VEIA 3GDLA 4HKPA 4JTTA 3P60A 4OBTA 3M0ZA 3C0JA 4NNBA 3V1PA 3NA8A 4NVTA 3CQ0A 2E6YA 2C0AA 3F03K 1VZWA 4O1BA 4PEKA 4N2YA 3RU6A 1IIHA 4UMAA 1HUVA 2PURA 5A8GA 1EUNA 1G7UA 3S0CA 2DZPA 3QW3A 3S8HA 3ATZA 2A0NA 2B7OA 3OG3A 3BW4A 1WX0A 1DQWA 3TE9A 4MFDA 3ATYA 4S1FA 2CLEA 3WFAA 3P7YA 3R12A 1LBLA 1XKYA 3T44A 3VE9A 4UTMA 2Y70A 3O6CA 3UWUA 3LBMA 3M6YA 5AC7A 4OV4A 3SSJA 4Q33A 3TXVA 1S3HA 3KRUA 1L2UA 1WBHA 1W3TA 1KM0A 3UY8A 1P4CA 2FTPA 1MEIA 2B7PA 2JGQA 4JTLA 1LROA 4R34A 1DHPA 1TPEA 5K9CA 5AFDA 3B0VC 3SZ8A 4NZJA 5AHIA 1YTDA 1YYAA 4O13A 3S5YA 1YADA 3IIVA 4CCDA 1RR2A 3EXRA 2J24A 3PR2A 1DORA 1JCYA 4UTWC 2E09A 2O7SA 4LWWA 2WNQA 3NQGA 3UPWA 2Z6JA 1F2JA 2QDHA 2YDAA 3W1QA 1VPXA 3PSWA 2J88A 1RV8A 5DBUA 3DGRA 1N55A 5FF4A 2ABBA 3W83A 4Z1AA 2GJLA 1EEPA 3G24A 2QUUA 2QJGA 1ONRA 5CKSA 3E02A 1SZGA 3E49A 2P10A 3RK8A 3HG3A 3T78A 5FF7A 1TMHA 5LNSA 1TPUA 3L5LA 3L0KA 3M5VA 4N9CA 2WSYA 5CGQA 2R94A 2Y6ZA 4UFLA 3KRZA 5CG7A 1ZY9A 2ZRZA 1DJQA 1KA9F 1O5KA 3C2FA 4D2JA 3PAJA 3QM3A 3L67A 1RQEA 5EY5A 5DXXA 2J27A 4JTSA 1IXOA 3GAKA 4DF2A 3M44A 3P84A 1XBZA 2FIQA 3HPZA 2CZEA 4TMCA 4O4VA 3BV4A 2QCNA 3GXPA 4UXDA 3ABOA 3LGEA 4X9SA 5BMWA 1OJXA 1P0NA 4X22A 4EOUA 1K7EA 3CEUA 3OA3A 1F5ZA 2VFHA 2Q8ZA 1TQXA 1G4EA 2X1RA 2EPHA 1R30A 3LXCA 4IPIA 5K2ZA 4ORIA 3FKRA 5DCEA 3SECA 3BG5A 3LB0A 1M7PA 4OE7A 2A1YA 3M41A 3JR2A 4DEFA 2GVJA 2G96A 1X8FA 3MI3A 1LP6A 4A22A 2R14A 4UTTA 4ZMGA 3TH6A 3OEXA 4MJZA 2ALDA 1VYPX 4HT3A 4EVZA 4FX7A 1QO2A 2V2DA 4R7JA 1SZEA 5FF0A 1OF8A 3W7RA 5E0KA 1PV8A 4CNNA 3N19B 3UWWA 5D2VA 4BI6A 3ABSA 3TUUA 1SSDA 5I3GA 4I7UA 1Z48A 5F4WA 5U4NA 1FXQA 2CLOA 5HWJA 5BNKA 1S5VA 2VKZG 5FF3A 1EUAA 1KV8A 1J5TA 4AHQA 5F2IA 1OX6A 4ZQRA 1EP3A 3W1PA 1TV7A 1THFD 4NJJA 5D2YA 5F2LA 3SFKA 2GVGA 4UCGA 3WK2A 4A2RA 1FWSA 2ZZ6A 3MO7A 4B5NA 4M6VA 3V75A 4DQWA 2X1UA 3B03A 3PULA 1ICPA 2NX3A 4RZ6A 1HFBA 1SFLA 3ZR4A 1HG3A 2WQPA 4O16A 3SGZA 4MVAA 2NXIA 4JTGA 4AEOA 1SW0A 2QCGA 1MSSA 1RPXA 4QNWA 3T4CA 2B7QA 2TMDA 3KRSA 4RLIA 5LNRA 2CLHA 4NT0A 1Q6RA 3B0PA 4LNYA 1JUEA 4M19A 4ML9A 1TQJA 2ZZ4A 2DZUA 3STFA 4IGHA 3EB2A 3EWWA 1OK6A 2ZA1A 1TPDA 3KVLA 1P0KA 1FXPA 4CLMA 4RXFA 3G0XA 1EP1A 2QCCA 4GWEA 4MY1A 4O52A 3QSRA 3O15A 4UTHA 1GYLA 3CB8A 2Y63A 1GG0A 4BFAA 4AWSA 1F76A 3M5ZA 3C2OA 3N73A 3NQAA 1QFEA 2XN1A 1OFEA 3N2MA 2GVLA 1M5WA 1YLVA 3VNDA 1W5PA 1IF2A 4MZYA 3QJAA 3MWAA 3S1WA 3EWZA 1D3GA 3NQ2A 3W3OA 4LV4A 2YFNA 4Z1BA 1KV5A 4DBDA 4FX8A 1XBYA 3QQ0A 3THAA 2CWNA 1RQHA 1W31A 3NPUA 1R2RA 3W7LA 3LBCA 4BWLC 5DXYA 5LKYA 3LI0A 4Z0JA 3CPRA 1GVSA 1Q45A 2V82A 3P5ZA 2VELA 4N9DA 3DHFA 2VFIA 1VCGA 4QAIA 3P74A 3C52A 4MLRA 3TKFA 3TAOA 3LRKA 4O12A 2Q8LA 3QW4B 2DORA 1OK4A 4LVDA 3OHIA 4FO4A 1UASA 4Y6GA 4Y90A 1K3UA 1SU5A 5BOOA 5LZLA 2E5DA 2Y89A 4TX9A 2ZTKA 2YX0A 1GPWA 4HPJA 3IIOA 3O06A 1SSGA 4FIRA 4O19A 1O4UA 2V2CA 1ML1A 4PH6A 3HGOA 1KTCA 4WUIA 1ZCOA 1TTPA 3QQ1A 5C55A 2BTMA 3M7WA 1OFBA 2BLEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M0ZA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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