3M1Z | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	218
structure length	218
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__331399903177122__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__331399903177122__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3M1Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__331399903177122__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"331399903177122","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3M1Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__331399903177122__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff84aafb712924d8cd6075/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff84aafb712924d8cd6075/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff84aafb712924d8cd6075/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff84aafb712924d8cd6075/pdb.gz): 384 ms

reading 218 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

218 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:217});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	86
structure length	218
sequence length	218
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m1zA00

3G1DA 2Y62A 5K9XA 3MI2A 5FF3A 3CB8A 1R2RA 5HWMA 3UQNA 3SECA 5HUOA 3W1UA 1WBHA 1E51A 1OX6A 1KM0A 3N2XA 3DBPA 4ZZ9A 3VKJA 4N02A 5AYYA 1XM3A 2JKEA 3L5AA 5L9FA 4UXDA 1X1ZA 1LP6A 3P8IA 2BZNA 3P60A 1UB3A 3R5EA 2VFDA 3K30A 3KVLA 3GDRA 4C1KA 5HNRA 1JCLA 1M5WA 3CU2A 5F2MA 4MZ1A 5U7SA 1H50A 1H7WA 2HSAA 3NL6A 4JGDA 3N73A 4TIMA 3GKFA 5T26A 4Y6GA 5F1UA 1PV8A 3IIXA 4O16A 1J5TA 5G4WA 4KKXA 2Z2UA 4N9CA 2GQAA 4ZQCA 4FF7A 4FEZA 2EKCA 3BPWA 1SSDA 3TAOA 3PC0A 4JX5A 1K02A 4JR5A 3CQ0A 4WUIA 3C8FA 5FEZA 1HO4A 5CPMA 1FQ0A 1SO5A 1MEWA 2PC4A 1QOQA 3HMJG 1L2UA 4AB4A 3NA8A 1O95A 5LNVA 2NV2A 5EBUA 1EP2A 2P10A 1TPEA 4QSHA 3TXVA 2CLOA 5KINA 4CCCA 5F2LA 2FIQA 1XL9A 4JNMA 2TYSA 1JQVA 2ZA1A 3PG8A 4WJEA 5KTLA 3DKJA 5FESA 1GQNA 4LU0A 1C8VA 4QITA 4RK8A 2V9DA 4FNTA 1GPWA 2CZ5A 4O8RA 3CLMA 4NJKA 2H3BA 1QO2A 1K7EA 5D38A 4CQ9A 2QCHA 1G4PA 2BXVA 3NM1A 3KHJA 3GDKA 1PE1A 1FDZA 1GVSA 2RHGA 3T7VA 1MSSA 3NYZA 2WSYA 3NO5A 1QPQA 1BKSA 4ORIA 4EOUA 5DELA 2ZZ5A 4JS3A 2WQPA 2ZRUA 2R8WA 3TJLA 3W85A 3NQEA 4LV9A 2YPIA 4U28A 4FNUA 4K8EA 3DENA 5F4SA 1VS1A 2RFGA 2BWGA 2VFEA 1G69A 5E0KA 1QMLA 3STGA 1TYGA 1EIXA 2RH9A 1OX5A 4O1DA 8TIMA 3JR2A 1UASA 1OFPA 2FTPA 1WOBA 2JGYA 1RQHA 3MP5A 3CPRA 4PC8A 4JTTA 4YL2A 1GVQA 4RXFA 2A6NA 1W3IA 4XWUA 3TQ0A 5LGXA 1O94A 3C56A 3L65A 2WNQA 5F1VA 4GFSA 3M0ZA 2TRSA 4LTSA 1KW1A 4IMGA 3KVJA 4H3DA 1W5OA 3N9RA 4UFMA 3W2LA 4AWTA 2ZA2A 4O0ZA 4DBDA 3IVSA 5CG7A 4Z08A 3N2MA 1HTIA 1TJPA 3GDTA 3IGSA 4M6PA 2YFOA 4LUIA 1DJQA 2YGYA 3GIYA 5K9DA 1LTDA 1J2WA 3E12A 3GR8A 2DORA 3CHVA 4HNUA 1YPIA 3EWZA 3DKLA 1HO1A 3EWUA 4RV8A 3TSDA 3M47A 1YYAA 3QMTA 1PHWA 1ICQA 4O14A 3L0GA 1JRCA 3UWWA 5G1TA 4A21A 4AVFA 3P62A 2E6YA 4NQ1A 1OFRA 2ATMA 5LNUA 3Q37A 3DXIA 4RZ4A 3L67A 3B8DA 1H7PA 3FYOA 4NU7A 3G0UA 2QDGA 2D73A 1T8XA 3ELFA 3I7RA 3GX9A 3TROA 1GOXA 1MEIA 1Q6OA 4WY0A 1H51A 4R33A 4KFOA 2C13A 4UTHA 1ZNNA 3P67A 3G3DA 1TCDA 1LYXA 4DO4A 1EWEA 4NJGA 5DCBA 4A2SA 1QPRA 3B05A 1MZHA 2EF9A 3GYEA 4S2CA 3PBYA 3E49A 4ML9A 4I7UA 2J27A 1SO6A 1HL2A 3UY7A 5DCDA 2J9XA 1G4EA 2GVGA 1THFD 2DP3A 3NEVA 2P1FA 1M7OA 1RR2A 4WXYA 3FLUA 1OABA 3EXSA 3NL5A 3WK1A 4RZ5A 3C0JA 4D2JA 1SO4A 3M16A 5CZ0A 2R94A 1H63A 1DV7A 4AXKA 4BWLA 1TIMA 3GDLA 1GWJA 1YTEA 4LW7A 2C16A 3O06A 1XXXA 4K7VA 3UZJA 4LY8A 4O50A 3NVTA 4AHQA 4OU1A 3SY5A 2TSYA 4UFIA 3W86A 1H1YA 2JK2A 3WJSA 3NQ6A 1XC4A 1TMHA 3WJZA 4TX9A 4UFJA 3EXTA 4UTWA 3KAOA 4ZQOA 1A5BA 2FLIA 2XN0A 5AC7A 4N4PA 3VNDA 3PBVA 5D2WA 1I2OA 1KFBA 1WA3A 2ALDA 1G4SA 4RCXA 3VE7A 2FB2A 4N9BA 4UC5A 5K2ZA 3TDFA 4MFDA 1TJRA 3GKAA 4UCGA 3OBKA 4UTJA 1JULA 2OX1A 1IXNA 1M7PA 3S0CA 3W22A 2QKFA 2Z6JA 1A5AA 1DJNA 2YSWA 4X9SA 5A5WA 3FJLA 5K3VA 5I3HA 4ZQPA 4HT3A 1KV8A 4JY8A 2ZRVA 1XBXA 5AHLA 4JYEA 1H7XA 4S1FA 2GJNA 4L4LA 2YXGA 3KXQA 2WJZA 4H6KA 3NPUA 1H7RA 3LCLA 3ZFHA 1WQ5A 4YWIA 3LX9A 2J88A 1GYLA 3ANYA 1AW5A 4K7YA 3HO8A 5F4WA 2NWSA 3BG3A 1H61A 2PURA 3W1QA 3TFXA 1ML1A 2VFGA 1OX4B 1EUNA 2B7PA 3F4WA 3P80A 4PFMA 5E93A 2ISVA 2A21A 4UR8A 3TV8A 2FPYA 4JTFA 4OHQA 5CSSA 4NXSA 1TV5A 4HNTA 1LCOA 3ABRA 5DCEA 1L9WA 4TO8A 4ALDA 3QYQA 1JCXA 2QJIA 3FKRA 1SZNA 1RZMA 3S5NA 1KM5A 4UFLA 4FB7A 3WFAA 2QUVA 4OT7A 3QMSA 1F05A 3E02A 3AJXA 5FEXA 2Y89A 2ISSA 4TMBA 5LGZA 2CZFA 3HPXA 3GXNA 3A5VA 4GNJA 4JTJA 1V7YA 1IXPA 3P7YA 3CM4A 1GJPA 1KLZA 3W1NA 3EWBX 5BOOA 1QWGA 1OK4A 3PSWA 3DFOA 4IXXA 2XFWA 2VENA 3NQCA 5AFDA 1SQ7A 3SSJA 1SW7A 3TAKA 2GVLA 3G0XA 2PRLA 4IXHA 4WOQA 2EAWA 3W2KA 1SO3A 4MUZA 1N8FA 4EF8A 2NX9A 5IM51 1VHNA 4O0KA 4JXCA 4HPJA 5IBXA 1ZALA 1O5XA 2C3ZA 2NUWA 1TPVA 2V2DA 2Q8ZA 1FY6A 1VH7A 3LBCA 5FEPA 2NUXA 1LROA 4N9DA 3W1RA 2VFHA 5K9CA 1X8FA 1TREA 3UWVA 4IX2A 2QUTA 1SFJA 3WK3A 3FOKA 3A22A 1RPXA 1Q6LA 3O6YX 3PVFA 5U4NA 2GUUA 1W3NA 2YR1A 5AHFA 3B04A 1I2RA 3W7LA 5KMYA 4CCEA 2CLEA 1VRDA 4JX6A 2J24A 4QJ1A 1T99A 1GVRA 3W2UA 1FCQA 2C0AA 2Y63A 5KITA 3NXFA 3NZ1A 1BWKA 1KTCA 1KM1A 1LOLA 4GUJA 2G96A 3A21A 3IEBA 2QJHA 1QFEA 4DF2A 5GVJA 3T44A 4BF9A 2EPHA 1S5VA 3DHDA 2QF7A 2NX3A 1NF7A 3A9IA 1G7UA 2QCLA 3W7CA 2ZRYA 5LKYA 1BTMA 1G4TA 4QQ3A 1GG0A 2B4GA 2C14A 1W54A 1W8SA 4DO6A 3L2IA 3I7SA 1JCYA 4IPJA 3W2NA 4MZYA 4O10A 2DZXA 2YW3A 2E1DA 5DBUA 1OFBA 1EA0A 3SJ3A 5BNKA 1VR6A 1IXQA 1JVNA 1QO5A 4ADTA 5TQLA 3R12A 3LHTA 4UMAA 4X3ZA 3TC6A 3S5ZA 4XZ9A 3PB2A 2ZRZA 1Y0EA 3QJAA 1JCMP 4JICA 3ZWSA 3LM7A 1DQWA 3KRSA 4FNPA 3W71A 1AL7A 3BLEA 3STFA 1ZENA 4E2BA 5D2VA 2FFCA 5G1YA 3NQ2A 5AC6A 3EX3A 2B0MA 5C55A 4QM1A 1TPFA 3UWZA 1SFLA 3NAVA 4LT9A 1K8XA 4Z1AA 3G24A 3TSBA 4OBTA 2YZRA 2QCDB 3M6YA 5D37A 4BI5A 1TQXA 2ATSA 3C61A 1TTPA 2HS8A 1SUXA 2WNNA 2CLIA 3A5FA 3EB2A 1GG1A 5AYXA 5HMSA 1RVGA 3WJYA 3TSMA 3NQVA 3UPBA 1Q3NA 2NXIA 1YXDA 1JRBA 3W7NA 2KZHA 1BEUA 4XBKA 1OYCA 6TIMA 7TIMA 4K38A 3DFQA 2Z1BA 3HG5A 1OHLA 1EB3A 1I8JA 5EMUA 4UTMA 1TRDA 3G1AA 1I4NA 5G4EA 4IUOA 3W9ZA 2WO5A 3HQ1A 3UY8A 3L0KA 3M5ZA 3NQFA 1WDWA 4OWGA 3QEZA 3GNDA 3NPWA 4R34A 3IIPA 3P8JA 4LS1A 2C6QA 2QR6A 4IOTA 2TMDA 5LNRA 4WOZA 3RMJA 1H62A 1FXPA 3TX9A 1NVMA 2Q8LA 4DPQA 1K8ZA 1DKWA 4OV9A 3TA6A 1B4EA 4WXZA 1KFCA 5AN7A 3QPYA 1Q45A 3DFPA 1H7NA 2NX1A 3KX6A 5C2XA 4PODA 5HULA 4GWEA 1OF6A 4ICNA 1XCFA 2NUYA 3W70A 2PRHA 3HG3A 3BV4A 4DEFA 1ME8A 3SGUA 5AYZA 1B4KA 5KSWA 3B0UX 4TU1A 3W72A 3W1XA 2XN1A 3RNDA 3GVGA 3T4CA 1LBLA 2YYTA 3KVKA 4O4WA 4GXMA 4S2BA 4YCOA 4NX5A 2PCQA 3QQ0A 1SPQA 4K36A 3O8AA 3BW4A 2ZRXA 3W76A 3Q2DA 4UMCA 4YLWA 3QH2A 4CCDA 3EX4A 2E5CA 3THQA 4KFNA 2QJGA 1R47A 3GLCA 1NSJA 3NPVA 2DZPA 2R91A 2QCFA 4IPIA 1LLWA 5DBTA 1B9BA 2QCCA 3G1VA 4FO4A 3STCA 1DVJA 3R2GA 1ADOA 4UNLA 3KOFA 3LV6A 4XKYB 4WQ6A 4MYAA 3BG9A 4OV4A 3S6DA 3E0IA 3ZS4A 3HGRA 2F7FA 4EVZA 4OGZA 3KRUA 1KTBA 1WYIA 4Y90A 2G97A 4HNVA 1I2NA 3W84A 2RDTA 4QNWA 3TMLA 1XKYA 3MI3A 1EPXA 1YPFA 3LRKA 4TR9A 2BSLA 1F73A 3W7HA 3EEGA 4NJJA 1VQTA 2X1UA 1DORA 1VGAA 4J9JA 3LHZA 3BLFA 1F2JA 4GRSA 3TR2A 4WZHA 2RKXA 4JTIA 3PAJA 2YFNA 4UTTA 4O53A 2NXGA 1FWWA 3DAQA 3W1PA 3V75A 1OX4A 3W2JA 5EA9A 5I3IA 2FPTA 3TW7A 4JDBA 3M41A 3TU9A 3RFAA 4QISA 1KM4A 3KFTA 1W5QA 2WSQA 4JTLA 2ZCGA 2ZZ2A 4YMZA 3PULA 1MXSA 4HKPA 4QNEA 4K6AA 3MW7A 1QR7A 1JUKA 2VC6A 2YW4A 1FDYA 4NNBA 1F6KA 3W75A 3FKKA 3O16A 5F4XA 4HNNA 3GXPA 3UXDA 3ATYA 3TCEA 1YTDA 3PF3A 1RQBA 3U8GA 3C2FA 2B7NA 3A24A 3VCRA 3V1PA 3CWOX 5K4ZA 3W1MA 1OF8A 4JTSA 3UZ5A 3GB6A 3OA3A 1P1XA 2H6RA 4BI7A 4GUIA 4RKAA 3UWUA 2YCEA 3LV5A 2EHHA 3C4UA 3HGOA 3PY2A 2A5HA 4O1CA 3ATZA 3TIMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3CYJ A;  5BXT A;  4KGJ A;  3SDO A;  1HL8 A;  1T41 A;  5ENL A;  2OYK A;  4BI6 A;  2XII A;  3F5J A;  3KDN A;  4MKS A;  4HSN A;  4NX0 A;  1M53 A;  4GGH A;  1N8W A;  2DJL A;  3CNY A;  5PTD A;  3KOZ A;  2GK1 B;  4OJY A;  5M3W A;  3HPF A;  2ZID A;  3NQM A;  2A3L A;  4AIO A;  2AOS A;  4AHP A;  4GX9 A;  2F2H A;  1DBT A;  1DIK A;  4WX2 A;  3CQK A;  3Q4D A;  3A64 A;  1UBP C;  5SWU A;  1W1V A;  3EA3 A;  4KW2 A;  1RJQ A;  3OG3 A;  4X0V A;  5J5R A;  2CBV A;  1KWG A;  1VRX A;  1UJP A;  3BO9 A;  2C71 A;  2YLA A;  4LUT A;  5KZM A;  1IIG A;  2ZRW A;  1SMA A;  2W0U A;  5XIA A;  3RU6 A;  3WD4 A;  1HKV A;  1XYL A;  5T9C E;  2PFH A;  3FW6 A;  3QOM A;  2HRO A;  3INP A;  4DEL A;  3BOL A;  3CH9 A;  1E4L A;  4E8G A;  1TWZ A;  4QHR A;  4BZY A;  2DW6 A;  1S38 A;  3WNO A;  4ZXO A;  3TQV A;  1QK0 A;  3W83 A;  4L7Z A;  1AQ0 A;  2ISF A;  3TJ4 A;  1HUV A;  3TLQ A;  3ABQ A;  5CGM A;  3DFT A;  1J0H A;  3EKZ A;  3I7Q A;  1GOW A;  2EGZ A;  2INZ A;  1WXJ A;  2DT0 A;  1CXI A;  1JJK A;  1VJZ A;  4Y7E A;  3G1S A;  3LXA A;  4US5 A;  2VUN A;  1LUC B;  2VRK A;  1EKO A;  4ORM A;  3VIN A;  2VFI A;  4ZXL A;  4HTB A;  2XTK A;  1RUS A;  2D2O A;  2C1H A;  4LVD A;  2OG9 A;  1TTJ A;  1A3X A;  3M5V A;  3AMD A;  4IX0 A;  1TRI A;  4UCF A;  1U22 A;  4XKY A;  3T2Q A;  3R89 A;  3TA9 A;  4FLQ A;  5DLC A;  3SUS A;  1C91 A;  2X1I A;  4NT0 A;  2EQD A;  4IIS A;  1QWK A;  5IFP A;  3U3H A;  2V5D A;  3SB0 A;  2H9A B;  2QCN A;  3F7J A;  4MLJ A;  1MZR A;  1GT8 A;  1K9F A;  2PLK A;  4JIP A;  1OT1 A;  3KTC A;  3WLJ A;  5FOO A;  1ODU A;  5D05 A;  5A2B A;  5EL1 A;  3IGU A;  1EC8 A;  1YMY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M1ZA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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