3M43A

Crystal structure of the mutant i199a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
218
structure length
207
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPTLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 75
structure length 207
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m43A00
1WBHA 3MI3A 1Q6QA 5DY3A 2Q3OA 3DXIA 1SSGA 5AOUA 1YXCA 1KLZA 3GKAA 2H3DA 2A7PA 3SECA 1TPC1 5D2YA 1VGAA 4GBUA 2C14A 3IRDA 3L66A 3MHGA 3TU9A 2XN1A 4UTIA 3N73A 3V75A 5I3IA 3MJYA 3O16A 4UNLA 3NQ8A 4RZ5A 3FS2A 1LRTA 4NX0A 3GXPA 3K30A 2C6QA 2J24A 4DELA 2CLKA 4RLIA 1IF2A 3NXFA 4A2SA 3UQNA 6TIMA 3O8AA 3PBUA 2ZZ4A 3LDVA 1GYLA 2P1FA 1FX6A 2YSWA 1MEWA 4NJGA 1SU5A 4CQAA 4LVDA 3B03A 3HMJG 1SSDA 2R91A 1TREA 1VH7A 3C3NA 2CW6A 2ZA3A 3LCWA 4JTKA 3W9ZA 3TUUA 1NSJA 4RZ6A 1OFDA 3CEPA 1KFJA 1XBYA 3TR2A 3W1LA 2ATSA 1OK4A 3M47A 4GWEA 1FBAA 3QQ0A 2Z1BA 1IXPA 5F2GA 3Q58A 1YXYA 2O7SA 3S5YA 3MHFA 1PVNA 2JKPA 3OBKA 3F4WA 1OFEA 4IXHA 4HPJA 2DP3A 5LSMA 4JTEA 4N9BA 3M43A 3VE9A 4XKYA 4QISA 1UB3A 4LVGA 3WFAA 2V2DA 3OEXA 4Z1BA 2P0OA 3LHYA 3NDOA 4FNSA 1L6SA 1RQBA 1I2QA 3I7RA 1XBZA 4DEFA 2NWRA 2HS6A 3TQVA 2E5DA 3RFAA 1OX4B 4IMEA 5E0KA 3TK7A 3G1AA 3W2JA 3O1NA 2YGYA 4MVAA 4JX6A 3N9RA 4LT9A 1R2TA 5G4EA 4WOQA 4NX5A 2Y70A 3NQVA 1ZNNA 3QF0A 1J5TA 3JR2A 4AVFA 1SR9A 2V5BA 3NEVA 1K3UA 4D2JA 1K8ZA 3LTYA 3GXNA 3W74A 3TSDA 3QZEA 3W07A 1TPUA 2QEZA 3PULA 2ZQ0A 1H51A 3ANYA 5I3KA 4BR1A 5A5WA 2J6XA 5AB3A 5D09A 5FF2A 3QMTA 3P82A 1Z48A 3LM7A 4ZVJA 3UWQA 1QO5A 4JDBA 1QOQA 3LCFA 2O7QA 3NL6A 4P2VA 3O05A 1Z41A 3BG9A 4IMGA 2C18A 3BW3A 1JCMP 3W22A 3NVTA 4X3ZA 4AAJA 2E09A 3QSRA 5E93A 4K6AA 2Z6IA 4TO8A 4N9CA 4QM1A 4DBEA 2J27A 4NZJA 2B7QA 3W1RA 5I3HA 3PB2A 2VKZG 4L4MA 4OT7A 1R2RA 3NM3A 4PTNA 1A5CA 1GT8A 3P84A 3TH6A 3W3OA 3STCA 5MHBA 4MZ8A 2RDUA 5EYWA 2PC4A 3DFSA 4I7WA 2RFGA 3W1TA 3LI1A 3M5XA 4E38A 1WYIA 5D38A 5DBUA 3LX9A 3NQAA 1JVNA 2QAPA 3S5OA 1EA0A 3GAYA 2QCGA 4NU7A 4YXGA 1K7EA 2RDTA 4H3DA 1P5BA 4WQ6A 4JTGA 2NV2A 3V1PA 3LBMA 2VEIA 1IGSA 1QWGA 3CHVA 4RZ4A 1GG1A 1PHQA 2QJHA 1B57A 1GZGA 4K38A 1JCNA 4ALDA 1N55A 1UUMA 4JTFA 3SGUA 5KINA 1SO6A 1TQXA 4UFMA 1U83A 3G1SA 2VENA 1MO0A 1OF6A 3LB0A 3VFLA 2C13A 1X6UA 2VELA 1DKWA 1M7OA 3L9CA 2IQTA 5AHLA 4Q33A 3WK0A 1FDJA 2WNQA 1L6YA 1UASA 2VFDA 4AXKA 3DI1A 3A9IA 1SZEA 3FFSA 3NA8A 2Y61A 2YFOA 3NGJA 1H61A 1BWLA 1LBLA 1WV2A 3TDFA 3A5VA 4R34A 3EX1A 3KVMA 3R2GA 3W86A 3G1XA 2Y7GA 1R2SA 1M6JA 3W7JA 4FO4A 3UWVA 1IXQA 3P60A 4FNRA 4DF0A 3EX4A 2WO5A 3G0UA 3NR0A 3OHIA 2ZBTA 3L68A 1JCXA 1ICQA 2QCHA 3IGXA 4N6FA 4MFDA 2V2HA 1DJNA 2EAWA 1T99A 5D02A 4Z0SA 3SZ8A 4UC5A 4HHPA 1Y0EA 4PL2A 4MYXA 3KRZA 1P1XA 5IBXA 2ZRXA 4JN6A 1QNVA 2NV1A 3TCEA 3TAKA 4BI7A 4Y90A 1ML1A 2ZRWA 5D33A 3T78A 1O5XA 3AJXA 2CFFA 3W75A 1VCFA 4UXDA 1EEPA 1EP1A 1GQNA 1Q6LA 3E12A 4OQVA 5G2HA 5AYXA 2Q8LA 4LC8A 5F2IA 2ABBA 3QH2A 1WOBA 3W73A 2YCEA 3RLUA 3BLFA 5G5IA 2A21A 1LYXA 1QPQA 2QKFA 1G69A 3TFXA 2E77A 1F5ZA 1QR7A 2WV8A 3NM1A 3BLIA 1TJRA 2AGKA 3ABSA 3HGSA 1FUYA 3NQDA 5FI8A 1TB3A 1I8JA 3M7WA 4IQLA 3CTLA 3TJXA 3C56A 2DZVA 2Y85A 2V30A 4YL2A 1EUNA 4IMCA 1VS1A 4IWWA 2CZ5A 3LV5A 4I9AA 1H5YA 3EWXA 5F4WA 3L5AA 2C1HA 3N34A 1LOLA 3HGJA 2DZUA 4AHOA 1QPOA 2ATMA 4MZYA 4L4LA 4DO6A 1C8VA 3SSJA 4HKPA 1W56A 3DH7A 4UTKA 1EWEA 2VC6A 4A29A 1HO4A 2GOUA 1H50A 3HGRA 1K02A 3CQ0A 2F7FA 2QCEA 1TCDA 1GTEA 2NX3A 2HMCA 3W87A 3UYCA 1EWDA 2BX7A 4N02A 2QJIA 4FNTA 1QCWA 2CLOA 4MYAA 5KSWA 2GUUA 4GJ1A 4AWUA 5HULA 4DBDA 2W6RA 4X2RA 3M5YA 2QCLA 3S9YA 2NX9A 4UFHA 2Q8ZA 2QDGA 5FEWA 3DU0A 4GUFA 1WDWA 1K8YA 1R47A 3TIMA 2VFHA 2EGZA 2HSAA 4H4IA 2EHHA 1DBTA 2DORA 4O0ZA 5G1YA 3CLMA 3E9AA 4CNPA 1YDVA 3BW4A 3GNDA 3PSVA 3VNDA 5C54A 4LUIA 4MKNA 5CZTA 4Z1AA 2X30A 4POCA 4K8HA 4RJEA 2V9DA 4CQ9A 1KFLA 5T26A 1ZAIA 1W1ZA 3DFNA 3ZS4A 4JXCA 2V8ZA 3R13A 5KZDA 5CPOA 1LOSA 3IIZA 4JR5A 3W7CA 1KBJA 4UFIA 3O15A 3GDKA 3D0CA 3W7IA 5G2IA 3DKJA 2XFWA 4DPPA 1G4EA 3CIWA 3GDTA 2W79A 5D2VA 5AYZA 3S1VA 1LM1A 3NL3A 4LU0A 4OHQA 1TPVA 2OJPA 4FXSA 3BG3A 3W83A 2WJZA 4OWGA 3GX9A 2I9EA 3M6YA 4XBKA 5C6MA 4OV4A 4YCPA 4UFJA 1AMKA 4WJEA 1DJQA 3IIXA 1RPXA 5C2XA 7TIMA 1EUAA 1K03A 3ATZA 2H6RA 2BSLA 3ABQA 3IVTA 4K37A 1JUKA 2W0UA 3CIXA 3GVGA 2R94A 1NEYA 2FB2A 4HIBA 5TBOA 3BGJA 1MXSA 2RKXA 3IIVA 1XUZA 1YTKA 1ZAJA 4O18A 1VYRA 4UIOA 3WK3A 4K36A 4IMDA 3VCRA 3TNOA 4XWUA 3HB9A 3O6DA 3GZ3A 3C2EA 1KM0A 1KV8A 1LTDA 3PBVA 5FF4A 4B5NA 5LGZA 1OK6A 3LCGA 3HOJA 1LORA 2TSYA 4O1BA 5LZLA 1FDZA 4ZMGA 3TFCA 3G1FA 1FWWA 1W5QA 1M5WA 1Z44A 2X16A 3ZFHA 4RXGA 1X7FA 4OBTA 3W7HA 3KRUA 2C19A 3C6CA 4O1DA 4W9TA 3U2OA 4UFKA 2OT0A 4N9DA 3O63A 1HUVA 1SW3A 2QAFA 4PEKA 4NJKA 3TC6A 4CLMA 2A5HA 3NPXA 4DPQA 3CC1A 1QFEA 3A24A 1AW5A 2HS8A 4QQ3A 5FEPA 3LXAA 1KFCA 2Y7DA 1LZOA 3NL5A 4ZQPA 4Z1CA 1H7WA 3E0IA 1CW2A 1G4TA 1OG0A 4A2RA 5HMSA 1IXOA 3QQ1A 1JCJA 4BI5A 4GRSA 4FHAA 2GVLA 4O57A 4A22A 5D2TA 4XKYB 3EWBX 1NF0A 2J9XA 2JKEA 2G5WA 1H1ZA 1KM6A 2ZZ5A 1SW0A 3LRMA 2C0AA 3B8DA 3QSTA 5DCDA 3GYEA 1WOAA 3DZ1A 4TU1A 3CPRA 3W70A 3VKJA 3UWUA 1SFJA 2WSQA 4O12A 3Q2DA 4LVBA 2E1DA 3GIYA 5LNWA 1D3HA 3W88A 1KM3A 2ZA2A 5A8GA 4GXMA 1TRDA 5GVJA 3I65A 4MY1A 1DQXA 3NZRA 3W71A 1I4NA 3T55A 5D37A 1QPNA 2G97A 2ISSA 3LOTA 4MFEA 3O07A 1YDNA 3QC3A 3S5NA 3SW6A 4YCOA 2DJLA 3THAA 1FWNA 2A6LA 1W3NA 3QPYA 5J5RA 2B0MA 3FKRA 3KVLA 3ZWTA 4Y6GA 3ATYA 5CPNA 3SIZA 4JTHA 1T8XA 4JIPA 1S5WA 1Q45A 3CWNA 4Q32A 1THFD 3PUDA 4UTLA 1VHCA 3I68A 1FCVA 1ZAHA 2LLEA 3WJXA 3GKFA 2ZZ2A 2FLIA 1XBXA 1ALDA 4UTTC 1AW1A 2A6NA 4MY9A 5CGQA 3N2MA 4AH7A 3W7KA 4E2BA 2DZTA 3S1WA 3WJYA 3LI0A 3P74A 3I7QA 4M6VA 1GVFA 1LBFA 3GK0A 5AC7A 4BI6A 3S6DA 3B0UX 4ZQOA 5EA9A 3W7LA 1L2UA 4R33A 3QEZA 3E02A 2ZA1A 3B04A 1LRQA 1OYCA 2Y63A 2PRHA 3P61A 5AC6A 1YTDA 4PH6A 1D9EA 1ZCOA 3O6YX 4WY0F 3AO0A 3TXVA 1RQHA 3EWYA 1ZY9A 4UMAA 3W23A 1XL9A 1SPQA 1WXJA 1DVJA 3HG4A 5BMWA 4A21A 3WJSA 2ZDRA 2WNNA 3HBLA 3M16A 3G1VA 3L5LA 3U6WA 1GEQA 2B4GA 1VYPX 2CLHA 1OX5A 1LDCA 5D30A 3PAJA 5EBUA 1G6CA 1B4KA 1ME9A 1KM1A 3NQCA 4O11A 1GVSA 5HWJA 1IXNA 1W5MA 2UV8G 2J9ZA 1TTIA 3LBCA 1WA3A 2QDHA 4NJHA 3T44A 3KXQA 1VZWA 3IGUA 4JTSA 3MBDA 5KZEA 3IIPA 2YYTA 3MMTA 1LROA 2AQWA 2ZRYA 3UNDA 1TO3A 2GQ9A 1OVDA 4YWIA 4JY9A 3TROA 5I3GA 3KVJA 2GJLA 1IIGA 4O53A 1RV8A 1L6WA 3PWAA 3W2NA 1G4SA 3W2MA 1H7XA 2ZRUA 5D03A 3UPWA 3TW6A 4Z08A 2I14A 3W1XA 2WNZA 2E68A 5DN1A 2NWSA 1FWSA 3TAOA 1QMLA 3FYPA 1BKSA 3MHUA 1H62A 3JS3A 3PC0A 1OYAA 3W1PA 4CNNA 3R5EA 2DJXA 3E49A 1KTNA 1AW2A 1O94A 3HF3A 2QF7A 4IJBA 1SO5A 3MW7A 2E6FA 2OZ0A 5HUOA 3WK2A 2A85A 4O17A 1GVQA 1FXQA 5L9FA 3G1DA 5HR6A 2J88A 3OG3A 1U5JA 1A5AA 3TMQA 3F03K 3UPBA 2QCNA 4JD4A 3C2VA 3MBFA 2X1RA 1LOQA 4O13A 2V5LA 1BEUA 3TQ0A 1LLZA 2A1YA 1F2JA 1F76A 5CZSA 1X1ZA 2YYUA 1MEHA 1SW7A 3FKKA 5D2WA 4DF2A 5G2WA 1ICPA 2Y62A 2ABAA 3W85A 2P10A 3SI9A 3NPUA 4OV9A 3LHWA 1G7VA 1XC4A 4XQ6A 1TPB1 4DQWA 5K4ZA 3ZWSA 1F7BA 1DOSA 2CZFA 4GC4A 4TMCA 4M7TA 4AF0A 4Y96A 5CSSA 4HSOA 2Q3RA 2VFEA 3M1ZA 1KV5A 4KKXA 2X1UA 4IPJA 4JS3A 1ME7A 2CLFA 2WQPA 4RV8A 3M41A 4AB4A 5K2ZA 4AHPA 4OE7A 1F6PA 5LKYA 1N8FA 1JJKA 1TTQA 1K7XA 3P62A 5EMUA 3B0PA 3BV4A 3LCLA 4HNNA 3BARA 2FPTA 1H7NA 3STEA 3W1MA 3STFA 3MYPA 2R14A 3LRKA 2DZSA 3TSMA 3W7GA 3TKFA 2B7NA 2VEKA 3BK0A 3FJ6A 1DQWA 2ALDA 4JYFA 4FNUA 3OVQA 1R30A 4PL1A 2R8WA 2NLIA 2VOMA 1KTBA 3FLUA 3GDRA 4Z0JA 3S8HA 4XZ9A 4NZFA 4PFMA 3QW3A 4MUZA 2YW4A 2JGYA 5DY2A 3EKZA 4UR8A 5TQLA 1W37A 3KX6A 5E1QA 1RR2A 3I6RA 2Y88A 4O1CA 2XN0A 3KVKA 4X9SA 3H55A 4JYEA 4HNUA 2GPTA 4U28A 5K3VA 3H53A 3W6YA 5AHNA 1W5NA 2JKAA 3NNTA 1D3GA 2GJNA 1S5VA 1TQJA 4R7JA 4OGZA 3MUXA 3UZJA 1KTCA 3TSBA 1NAL1 4WZHA 4M19A 1KM4A 1QOPA 3DFTA 2X2GA 4RKAA 3NL2A 2QR6A 4K7YA 1RZMA 4TMBA 1VJIA 4N4QA 2ISVA 4UTHA 6ALDA 2FTPA 3PUOA 4BWLC 3DI0A 3QPZA 2CLMA 2X1SA 2Y89A 1PL9A 4HPXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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