3M47A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 76
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m47A00
3OVRA 4UCGA 3O07A 3B0UX 4O11A 2WO5A 3FFSA 3DFPA 3PAJA 3TQVA 3P8JA 3O15A 3H54A 2ZRWA 1VQTA 3MYPA 1TRDA 2VFEA 3LERA 2YYTA 3PB0A 1K8YA 3N2MA 4UR8A 4YXGA 2FPVA 1W54A 2V5LA 3HPSA 3HPZA 3UPWA 4HNNA 2WV8A 2DP3A 3ZWSA 4PA8A 3ZFHA 1U83A 4L4MA 4O28A 2Y6ZA 1PCKA 1W5QA 3C61A 4M19A 3B0PA 3TSBA 2O7SA 4JTTA 4QNEA 5AHLA 4XBKA 4PEKA 1OK6A 3QJAA 3NNTA 2Y61A 2ZA2A 4RZ4A 3MW7A 4CLMA 2C18A 4G1KA 4GRSA 3TR2A 3A9IA 2O7QA 4NQ1A 5DLCA 5AC7A 1O94A 1YXCA 1IXQA 1PL9A 5BRBA 3N2XA 3VI2A 3G0SA 3B04A 3BARA 1WQ5A 4KFOA 4UTUA 4UMAA 1DQXA 1KBIA 1A5AA 3GXNA 3M7WA 1SZFA 4LVDA 2NWSA 1Y0EA 4K39A 5CPNA 3IIXA 5F2MA 5TQLA 2EPHA 5CKSA 2P0OA 1GOXA 3WK3A 1TREA 3F4NA 3LRLA 4RXFA 1VYRA 4MZ8A 3OIXA 2V2CA 1UUOA 3TAKA 2AAMA 1JQXA 3N9SA 4BR1A 3FYOA 5AC8A 2FQIA 4O0KA 2CFFA 3O16A 5BNKA 3S1VA 4UNKA 1TPFA 2DZSA 4RKAA 5BMWA 1JQVA 4NVTA 1AMKA 1O60A 1TYGA 3GLCA 2W6RA 1DL3A 3LI1A 4OGZA 3GX9A 1W3NA 3GNNA 5K4ZA 1ZNNA 1SPQA 4LOCA 4AF0A 4PCFA 2DZPA 4ZQNA 3BG5A 1UB3A 2YW3A 3TUUA 1O4UA 1G7VA 2GQAA 1H50A 2OMAA 5D05A 1OG0A 2TRSA 1GYLA 4FNRA 4GNJA 3C3NA 5EYWA 3GVGA 1T8XA 1Q3NA 2HSAA 2EF9A 4XQ6A 3E12A 3I68A 5BW6A 2DORA 4IJBA 3MHFA 4C1KA 1GVFA 5D33A 2CZ5A 1OFQA 3C2FA 5DXYA 3TSDA 1H1YA 4NJIA 4XZ9A 4N02A 2PRHA 3L2IA 4LVGA 2PE4A 1P4CA 4LY8A 6ALDA 1FXPA 3LGEA 3JS3A 4IXHA 1ZAHA 1C8VA 1TB3A 1TPC1 3G1AA 2C0AA 1H62A 1QO2A 3W1MA 4O18A 3T7VA 1FXQA 4WXYA 1HO1A 1F2JA 1W5PA 3W6YA 4AEOA 3MWAA 1BWKA 1GT8A 3PUDA 4QITA 4QQ3A 3OEXA 2V2DA 5K4XA 5EPDA 2VKZG 4ZVJA 4O57A 5C5YA 2A5HA 1WBHA 2VFDA 3DBPA 1XDLA 3GKAA 2Q8ZA 1SQ7A 4UTMA 4U28A 1EIXA 3GK0A 5D04C 3QFEA 3GB6A 4AWTA 3VNDA 3IIPA 3W7LA 2G97A 3W86A 3M47A 4JTHA 3DGRA 3O6YX 3GAYA 4GUFA 4O15A 2DZUA 1JCMP 2DJLA 1EP2A 3Q94A 2B7OA 4DBDA 1AK5A 1ZALA 1VPXA 2JKAA 1K03A 2YPIA 3SI9A 2ZTKA 3HGOA 5KITA 1JRCA 4OE7A 2F7FA 2ZRUA 3BK0A 1QPOA 3UXDA 3OHIA 1LYXA 2ZQ0A 4NT0A 5C2XA 1EEPA 3UXAA 4DPPA 5AOUA 1TJRA 3L65A 1X6UA 3QMTA 3NA8A 1C9DA 1DKWA 1IIGA 5IBXA 3W07A 1TO3A 1PV8A 4A3UA 4ADTA 1DJQA 3W1LA 2Y88A 1KTNA 2Y89A 1S5VA 4O17A 4QSHA 2QR6A 4J9JA 2E6YA 3CEPA 4FXRA 5G1TA 3PVFA 2GJNA 1OFRA 2BWGA 1SO3A 3HMJG 1OFOA 4UR7A 1PE1A 3SSJA 1DORA 1VLWA 3G1XA 1JVNA 5CSRA 4O19A 1BWLA 4UUIA 5L6UA 3ZS4A 1AW2A 5HWMA 3NPXA 1KM6A 1VGAA 3NG3A 5FEPA 3GXPA 5D38A 1LDCA 3HBLA 2DZWA 1YXYA 4R33A 2BTMA 1H1ZA 3MJYA 1SZGA 3JRKA 5D2WA 3C6CA 5FF0A 4WY0B 2YDAA 4MFDA 4JNMA 1Z42A 4JY9A 1TPWA 3MBDA 2QCHA 3W70A 4FXSA 2QDGA 1YXDA 1DVJA 1B57A 3NPWA 3W2MA 4UC5A 2QCDB 1SO4A 3RLUA 2Z0IA 3THQA 3THAA 1LOLA 2QCLA 1GG0A 1SFJA 1G4EA 1TMHA 3P8IA 1VYSX 4KFPA 3HIJA 3D0CA 3C2RA 3OVPA 3P82A 3FS2A 4A2RA 3QF0A 3L67A 1HTIA 3M41A 4IMFA 1OABA 4GUGA 3GKFA 2W0UA 3PC0A 4HPJA 1IXNA 5HR7A 2YX0A 4UTIA 4MVAA 1P0NA 1ZHAA 3GXTA 3KX6A 3BG9A 4AB4A 3FLUA 3PBVA 1MO0A 2ISSA 5LNSA 3LM7A 3RU6A 4JTKA 5IBXC 4PL2A 4MFEA 1TPDA 1ZENA 2B4GA 4Z08A 3ABOA 2HTMA 3AJXA 1KTCA 2X1SA 4O8RA 4M6VA 2LLEA 3O6DA 3TQKA 2X30A 2V8ZA 5CZTA 5H91A 4Q32A 3ABSA 3Q2DA 4UTJA 3MI3A 1UCWA 2CLLA 3LHVA 1XKYA 4IGHA 3W7EA 4CQAA 5F1UA 3LHZA 3GR8A 3QQ1A 1RQEA 4UFKA 1FX6A 6TIMA 1GZGA 2GUUA 3W7OA 4I7WA 2XFWA 4FNUA 2H8ZA 1LROA 1H60A 3GR7A 4AWUA 1Z41A 5CG7A 3VE7A 4IOTA 5SWUA 3FYPA 3LCXA 5F1VA 3S9YA 4N9DA 4KWVA 4JX4A 4IQLA 2J6XA 3P81A 3GYEA 5G2IA 2B7QA 4QJ1A 1VCGA 1ZFJA 1G67A 3L68A 4YWIA 3TC7A 2FTPA 2CZEA 2E09A 3CPRA 1ADOA 4WZHA 4AHPA 3HG3A 2PRLA 2G95A 1H5YA 4HIBA 3W7DA 2QCDA 3NQ2A 3BLIA 2E5CA 3P80A 4RX0A 3OG3A 3PBYA 2Z2UA 2RH9A 1XBYA 3P7YA 1T99A 3EXSA 4FEZA 1I2PA 1KV8A 3F03K 4HSNA 5DY2A 2W79A 4JEQA 4EF9A 4LRSA 4PH6A 1F05A 1GVQA 3QQ0A 2CZFA 3QH2A 4UTLA 3G3MA 5AHEA 2AGKA 2A7PA 3H55A 3QC3A 4MY8A 4MZYA 5U7SA 4PL1A 3T78A 1GYNA 3NGJA 4I9AA 4WQ6A 1KLZA 4WOQA 4AMAA 5F4WA 3M44A 1GTHA 2CU0A 2EAWA 5FF3A 3S5ZA 4A29A 4DPQA 1SU5A 3EWXA 4TMBA 3TH6A 3QM3A 4DBEA 1LP6A 5F4XA 1ICPA 1YADA 2QAFA 4POCA 2CLMA 4NNBA 1QNVA 1DV7A 4P61A 5FF4A 3R12A 2I9EA 3G1YA 1FWSA 5U4NA 1VRDA 3E9AA 1KM2A 3N19B 2Z6JA 3FKRA 3LHWA 4O13A 4YMZA 2CLFA 3MI6A 3L66A 3OA3A 5K3VA 2PC4A 2E6DA 3A5FA 5DCDA 3E96A 5DCBA 3CEUA 4K6AA 3R89A 2BSLA 4O1DA 4DO4A 3UPBA 2KZHA 3I7SA 3EX3A 3NL3A 4RR4A 1JRBA 3BW2A 3G0XA 3Q37A 1HFBA 1GJPA 3W2JA 2QUUA 4Q33A 5LHEA 5G4WA 1CW2A 3EB2A 3W7GA 4L4LA 1VH7A 4Y9AA 4ALDA 1IXOA 2X1TA 4TU1A 3W84A 1KBJA 1OVDA 1PCWA 1VC4A 3CWOX 1Z48A 2A21A 2JKPA 3PWAA 4MLJA 1FDZA 2Y63A 1RR2A 3NQ6A 4KFNA 2B7PA 5A5WA 3W83A 2PCQA 3KRSA 3TDFA 3N3MA 2ZZ7A 2JK2A 2YCEA 2QEZA 3PG8A 2PURA 1KM5A 3PULA 1W3TA 1EP3A 2YFOA 3DFNA 1TCDA 1LBFA 3QYQA 1M6JA 4S2BA 4DEFA 3S1WA 3G8EA 1FDJA 4O16A 1I8JA 3EWBX 1KLYA 5FESA 2I1OA 4AAJA 3NQFA 4IMDA 1YDOA 1I4NA 2GQ8A 3DU0A 4A2SA 2ZZ4A 3I6RA 3EEGA 4JN6A 4OU1A 4ZMGA 5I3KA 3OBKA 2OZ0A 5AHIA 3W7IA 3NVTA 2VEKA 4Z0SA 3JR2A 4K36A 3QEZA 2OJPA 4K38A 2FJKA 2J24A 4P2VA 4M7TA 4K7YA 1KM0A 4IXXA 1R2TA 3IVUA 1DQWA 3W73A 4AF0B 5CZ0A 4E2DA 3NR0A 4AHQA 4IX2A 2OCZA 3EWUA 4JY8A 1TRIA 4HNTA 3CT7A 3I65A 3P5ZA 3SR7A 2E6AA 4HT3A 4N6EA 4XTDA 3ABQA 4TX9A 3PG9A 3DHFA 3W74A 3M9YA 2J9YA 1WYIA 1EWEA 3TW7A 3G3DA 1OX4B 5K9CA 4JGDA 1LLZA 3C0JA 4S1FA 1RQBA 5HMSA 3USBA 3M5YA 2AQWA 4ICNA 3W75A 4NJKA 4OV4A 3TU9A 3GDLA 1IGSA 3SY5A 2OT0A 3NQMA 5K2ZA 1WX0A 3TIMA 1HUVA 1YTEA 4CCDA 4UTHA 1X8FA 1XM3A 1H63A 1X1OA 5E1QA 3O6CA 5HJLA 4NNAA 2VEIA 1G69A 3NQGA 4HKPA 1YDVA 5T26A 3FIGA 2JKEA 1U5JA 2DZTA 5G2HA 4ADSA 3BLFA 2VEMA 1F7BA 5D30A 2WNNA 1G7UA 1KFCA 2DZXA 4LS2A 4JDBA 2VELA 3TKFA 4QNWA 4MKNA 3FEMA 3PR2A 3MUXA 3G1FA 3BPWA 1FCBA 2NX9A 1NVMA 4IPIA 4FX8A 5AYZA 5HULA 3T4CA 1Q6RA 4I7VA 4ZQMA 3PSWA 3FJLA 3CU2A 1JULA 1E51A 3G1SA 4MLRA 5D2VA 4M6PA 3N14A 1KA9F 4FX6M 2A1YA 4MJMA 1H51A 3EXRA 4JX5A 4UFIA 5CPOA 5HNRA 1JCJA 4X2RA 2WJZA 5KZMA 2C19A 5CZSA 3M1ZA 4RLIA 5HINA 2XN0A 5AHMA 2H8XA 2QCFA 4JYEA 2YR1A 4BWLA 2R8WA 1P0KA 2DZVA 1XUZA 2ZRXA 4R34A 4LV4A 2ZZ2A 5BMXA 2ISWA 4UMCA 1B9BA 2A85A 3S0CA 3B8DA 4N4PA 4HNUA 5D02A 1OX4A 2C14A 3HB9A 5I3FA 3SGZA 1VCFA 2NUYA 3P62A 3FOKA 4OT7A 1XFBA 1XL9A 1OF6A 5LNRA 2GVJA 1K8XA 3B05A 3DH7A 4Y96A 3YPIA 3WK1A 2B7NA 4IMGA 5I3IA 4Q4KA 5FEWA 2VFFA 5C6MA 2V9DA 1WOBA 4GUHA 1AL8A 5F4SA 3DFQA 4UFHA 4KKXA 2V82A 1W37A 3S42A 1R2SA 3M0ZA 4QIUA 2E6FA 3B06A 3CQ0A 2ATMA 4BFAA 1NFBA 1XBZA 1XXXA 4WXZA 3KOFA 5LNWA 2RDWA 3KAOA 4R53A 2A2IA 2TMDA 2E77A 1FQ0A 1SR9A 1I45A 4JYDA 1FWTA 1QWGA 3NQAA 2V81A 3L0GA 1V5XA 5AFDA 2D73A 3HGJA 4M5PA 1QFEA 1RPXA 2EKCA 1A50A 2EGZA 3HQ1A 1FCQA 1ALDA 3W1TA 4U4MA 3IVTA 4K37A 2WSRA 3PUEA 2VENA 3KHJA 1YTKA 3GDMA 4YL2A 4K8EA 2QJGA 3W23A 4WY0F 3TFCA 3HOJA 2J27A 4GWEA 1BKSA 2Q3RA 4GFSA 1XDMA 5D2YA 3NZRA 5HWJA 2QJHA 1ME9A 1SSGA 3A24A 1OYCA 5EY5A 3KRZA 4N4QA 1TTPA 1ICSA 1NF0A 1XC4A 1KFJA 4Z1AA 3A23A 4BWLC 4EF8A 4XKYB 4FHAA 5C55A 3C2EA 5HQEA 3W2LA 3W72A 2DJXA 3G1DA 1RD5A 1MEIA 1L6YA 1UJPA 3M16A 2GVLA 1TQJA 3I7QA 5LNVA 1W56A 4Z1CA 4N9EA 5CPMA 3LCIA 1TSIA 3LBCA 4LS1A 4MUZA 1K7EA 4LTSA 3SW6A 4DQWA 4MIMA 4BK9A 3NXFA 2ATSA 2QAPA 5FF7A 4LW7A 5EL1A 4HNVA 1LOSA 3E0IA 2OX1A 8TIMA 3S1XA 3P84A 3TJXA 3W22A 3TNOA 3TMQA 1L9WA 3QSTA 3R2GA 4LS0A 4GBUA 3GZ3A 1QPRA 3LOTA 2V5BA 1FCUA 3EKZA 3RNDA 1C29A 3NO5A 4OBTA 1GQNA 1EWDA 1S5TA 1ZAIA 3NQDA 4HSOA 1UBSA 5G2WA 3UWUA 5DN1A 5AHFA 5J5RA 2ZZ1A 3N34A 2EHHA 1R47A 3NPVA 1G6CA 2A7NA 2FIQA 2IQTA 3V1PA 2RDUA 3BW4A 2Y7GA 4OHQA 3TC6A 2WOQA 1K02A 3RF9A 2R91A 3UWVA 4K7VA 5LGXA 4XUGA 2DU2A 3LCFA 2CLEA 3C2VA 4O1CA 2ZRYA 3EKLA 1S3HA 4W9TA 2NV2A 5FEZA 3W2KA 3NOEA 4JX6A 1FCVA 1Q45A 2GVGA 3S5YA 2Z1BA 4XKYA 1KM3A 3WJZA 2ZBTA 5D09A 1OHLA 3C4UA 7TIMA 4PTNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4UCG A;  1A5M C;  1V6T A;  1FH7 A;  1VPQ A;  3DFP A;  4IID A;  1FH8 A;  3O15 A;  1K8C A;  3MYP A;  1TRD A;  3N17 A;  3LER A;  2PTZ A;  2YYT A;  3PB0 A;  4WCJ A;  4YXG A;  3HPZ A;  1B5T A;  4H2C A;  2DP3 A;  2VCC A;  4IPN B;  4PA8 A;  1POJ A;  3ZFH A;  4DZH A;  3TJI A;  2DV0 A;  1PIF A;  3CTT A;  2FZ9 A;  3QJA A;  4C91 A;  1KR0 A;  4NAF B;  2HJP A;  4NQ1 A;  5AC7 A;  1O94 A;  1IXQ A;  1PL9 A;  5BRB A;  3BAR A;  2E67 A;  1MYR A;  1IE7 C;  3IGH X;  4K3Z A;  3SUU A;  4UTU A;  6XIM A;  2XIQ A;  3SUV A;  3GXN A;  1SZF A;  2NWS A;  1DE5 A;  1GOW A;  2OGJ A;  3IIX A;  5D8W A;  5TQL A;  5CKS A;  4RE4 A;  1F3T A;  4J40 A;  1AMY A;  1GOI A;  4WSH A;  3KS5 A;  2E1W A;  2V2C A;  4UTF A;  3AXM A;  3TAK A;  3T0A A;  4BR1 A;  5BNK A;  1WDD A;  1KRC C;  3VD3 A;  4UZU A;  2IKG A;  4RKA A;  1HGW A;  1U5V A;  1JQV A;  4NVT A;  3L4W A;  1TYG A;  1XIH A;  4CD4 A;  4WSK A;  2YCL B;  1SPQ A;  3LLX A;  4QJ5 B;  1VD6 A;  1AJ2 A;  1UHV A;  3T8Q A;  1O4U A;  3BOF A;  2PGR A;  2V6A A;  4KET A;  1LG1 A;  1K9F A;  3QKE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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