3M47A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 76
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m47A00
1TCDA 5G5IA 1W5NA 3LHUA 4JYFA 1N7KA 1DJNA 1VR6A 2X2GA 3P7YA 3B0VC 4M7SA 2Q3RA 1GYNA 2C6QA 4TO8A 1JUBA 1QO5A 4E0CA 4MUZA 4ZQRA 3C6CA 4MZ1A 1WBHA 4HNNA 3TX9A 4ALDA 3V1PA 4LU0A 4GUGA 1EPXA 5CZSA 1ZALA 3W7IA 4BI7A 4LUIA 2EAWA 3G8RA 3NXFA 3NDOA 2YX0A 3C0JA 3B8DA 3LRKA 1K3UA 4O19A 1VC4A 2CZDA 2YDAA 3C3NA 3L66A 5CPLA 1JUEA 3NZ1A 1UJPA 4S1FA 4K37A 3EX1A 4UTTC 4PODA 3L0NA 4JN6A 1K7XA 1SW7A 4NU7A 2JBMA 3M41A 4JX5A 1EIXA 1W37A 3G1AA 3CC1A 2HSAA 1X1ZA 3LCLA 3TK7A 3ZR4A 4FNSA 4CQAA 5C5YA 3FYPA 4U28A 2NLIA 4CCDA 4R53A 5H2ZA 2X1UA 1H7NA 4D2JA 1OF8A 1XBZA 5CG7A 3W72A 3WK3A 3O15A 4C1KA 1TPUA 1LRNA 1LZOA 1UB3A 3G1DA 4LOCA 5J5RA 4AWTA 4C1LA 4O15A 2V82A 3UYCA 2VKZG 2WSRA 4MKNA 2AAMA 2E6DA 4XTIA 3BG3A 4JNMA 1QO2A 4IWWA 3IEBA 4DF0A 4PL2A 1LBMA 1TPVA 4HSOA 1JQXA 2RDWA 3M5ZA 3FIGA 1FWSA 2QCNA 5F2LA 5HUPA 1EEPA 1K7FA 5LNVA 1KW1A 3S5ZA 3LV6A 2CLLA 1VCVA 3W2LA 3UWYA 4I7VA 4NZJA 4LVFA 3IRDA 4NJKA 1GEQA 2WKJA 1VHNA 3DGRA 3JRKA 2BLEA 2JK2A 3O1NA 2A85A 4LUJA 3IIXA 1LOQA 1SU5A 2A7NA 4CCCA 1K03A 4QNWA 2CLKA 3O63A 1BWKA 3I68A 3DFNA 4O14A 4IMEA 1S5WA 2TRSA 4HNVA 2WSQA 4E38A 1MSSA 4Y6GA 3MP5A 2P1FA 1KFJA 4ZVJA 3HGOA 3T44A 4ZL1A 3VKJA 2V5LA 3FJ6A 4JX4A 2C19A 2WJZA 1FUYA 4RCXA 3GR7A 1A50A 5DBUA 4A2SA 1SZNA 1A53A 1V7YA 4Z1CA 3L67A 1L6YA 1X7FA 3ABOA 3DFSA 3ABQA 1IGSA 3M16A 1O95A 1OFAA 4UTMA 5KSWA 2O7QA 3WK2A 1GYLA 1VCFA 2E6FA 1YADA 1LRTA 3OVPA 2NXIA 1FQ0A 5FF0A 1TV7A 1Q45A 4Y9AA 2Z2UA 3MUXA 3QPZA 3S8HA 2R8WA 3SECA 1H7OA 4UTIA 4FX7A 5AN7A 3I7QA 2X1RA 3STEA 1ZCOA 5AC7A 3W1NA 4Y96A 3VNDA 6TIMA 2DORA 3H54A 1AL8A 3NL6A 4M7TA 5AYZA 1I2RA 1MEIA 1OF6A 1F76A 2Q8ZA 2Y7DA 3G18A 2QEZA 2VFFA 4JY8A 1TO3A 2JGQA 2ISVA 2UV8G 1YPFA 3CTLA 3NQAA 2VXNA 2O7SA 1XKYA 5ABTA 5AFDA 3NQEA 1YTKA 1OABA 3QZEA 2J6XA 3G1VA 3MWAA 4LY8A 1NAL1 3HB9A 5EPDA 1RQHA 3NPVA 1OFRA 3G3DA 3LCIA 3NO5A 1AG1O 2FDSA 1IXNA 3HQ1A 3LLFA 4WOQA 4N9DA 1SW0A 2WSYA 1O94A 5FF2A 2CLFA 1GJPA 3P80A 1X1OA 2VEPA 4NXKA 3BW3A 1EP1A 2PCQA 3R89A 3M7WA 3NL2A 4BF9A 4MJMA 3ZFHA 2ZDRA 3A5VA 2C1HA 3R8RA 2GQ8A 2V5BA 3V75A 1H7PA 2HS6A 4ZQPA 4GUIA 3A22A 4OWGA 2YPIA 1FXQA 5AYXA 2A4AA 3W7RA 3YPIA 3TE9A 5G2HA 3SW6A 2CWNA 4AEOA 3P60A 3U8GA 2NV2A 5D37A 3SJ3A 1GVQA 2QF7A 1W3TA 2JKEA 1KM4A 3NNTA 4UCGA 3MYOA 4O13A 1JRBA 1OYBA 5G2IA 5I3HA 4DQWA 3S42A 4M6VA 2NWRA 1OK6A 1TB3A 4BWLC 4FF7A 3E02A 4MY1A 2OT0A 4JTTA 2PRHA 5F1VA 4N4PA 2WNZA 3GXTA 2G5WA 3LV5A 1A5BA 1G6CA 4HHPA 1TRDA 3LTYA 3LX9A 3NQ8A 4TX9A 5K4XA 2ISSA 2VEMA 3A21A 3HPSA 3PBVA 4IPJA 3ZWSA 3DZ1A 4O16A 3QQ0A 3PM6A 4K8EA 3Q58A 1OFEA 3GKFA 1LLWA 4KFPA 1TIMA 4QITA 1TTIA 2OX1A 1YDNA 2NX3A 2F7FA 4K7VA 3W75A 1QWGA 1GVSA 3DFOA 4QIUA 3LI0A 4G1KA 1OJXA 3RNDA 2V9DA 3GYEA 2JKAA 3B4UA 1DORA 2TMDA 4BFAA 3HO8A 2BX7A 3BVJA 3B03A 3FKRA 4MYAA 3NA8A 3SSJA 5LNUA 4UTUA 4R7JA 1D3HA 2OZ0A 3BGGA 3HGJA 1DOSA 1PIIA 1AMKA 1NF7A 4M6QA 4UTWC 4NXSA 1KBIA 5HR6A 4XKYA 5DCBA 5TBOA 4JTKA 2OJPA 4AB4A 1FDJA 5AC8A 3SZ8A 3EWBX 4WQ6A 1AW5A 5AB3A 2QJHA 4HIBA 5HMSA 2OMAA 2OCZA 5CZTA 1S3HA 2VFEA 2VEIA 1Z48A 2DZSA 3CPRA 4XKYB 1O60A 1UUOA 3UXDA 5G1YA 4AWUA 1JUKA 5CKSA 1Z44A 3I7SA 1CX9A 3N73A 3QJAA 1LYXA 3QMTA 1G4EA 4MJZA 3LTSA 4FEZA 4N9BA 1XUZA 1YYAA 1UCWA 4PA8A 4QM1A 3W1UA 3U6WA 3P62A 3W2JA 4IXXA 3S5NA 4ADUA 5KTLA 3BARA 3EX4A 4LVGA 1KTCA 4XQ6A 3GK0A 3PSVA 5DY3A 3MW7A 3M47A 4LV4A 2ZA2A 2EPHA 5AC6A 3AO0A 3W22A 1DL3A 3HJZA 2X30A 2NWSA 2TPSA 4ZZ9A 1VHCA 3GXNA 3SI9A 3CEPA 4N6EA 3FS2A 1ME7A 4GUFA 3THAA 1MO0A 1KFKA 3QMSA 4O4VA 1NF0A 1JRCA 3S5YA 3W23A 2QCHA 4CQ9A 4UMAA 5D09A 5TQLA 4XBKA 1H61A 5HINA 5LGXA 3SR7A 2CW6A 1GTHA 4UFMA 3SY5A 2ZTJA 4IX2A 1AW1A 3OEXA 4O1BA 2ZRUA 4DO4A 5I3JA 3R2GA 1LBLA 3LHVA 4E2DA 4AWSA 1OYCA 3GVGA 4N9EA 2X1SA 1K8XA 1GG0A 3C2RA 2B7NA 1XBYA 3NG3A 4JTLA 3S1XA 5DLCA 4CNNA 2QUVA 3VFLA 3PS7A 1VRDA 3THQA 3WJYA 3MI3A 1LTDA 2GQ9A 1FY6A 3R12A 3NYZA 4GWEA 1R2RA 2B7PA 4O18A 3W88A 1AK5A 2TYSA 5FF7A 3NQCA 4PL1A 3O05A 5D32A 4QISA 4LVDA 2V2CA 3P5YA 2PRLA 3TCEA 3HG4A 4JYEA 1SFLA 1W0MA 3NL3A 3KX6A 3BGJA 3GLCA 3O16A 3LHZA 1U5JA 4EVZA 5K3VA 3PC0A 4JTIA 3GKAA 3M5YA 3P61A 1N55A 3VE7A 3MMTA 1CI1A 2V0TA 3T55A 4MFDA 4OU1A 5K9XA 1B57A 1OFPA 4FNRA 2C14A 4O0KA 3DI0A 1CW2A 3QFEA 4WUIA 3TH6A 4AHPA 1QPQA 1W8SA 2ZZ6A 3DENA 2C13A 3W2KA 1BWLA 1W5PA 4JTEA 1ONRA 2J9ZA 3IGSA 4ZQOA 4IMGA 2YSWA 4RZ5A 5D03A 4N6FA 3UPBA 4LRSA 1DHPA 5U7SA 5HULA 3NPWA 1QPOA 1XFBA 1GQNA 2CLMA 2Q3OA 4ADTA 3IIOA 4GFSA 1EX5A 1GZGA 3G8EA 2QCGA 4ZQMA 4GE8A 1H7RA 3PG8A 3NQMA 4OV4A 2RDTA 1VH7A 5AHFA 5CZJA 1FXPA 1C9DA 1KLZA 4ONVA 1SFJA 1YXDA 3CU2A 4XBSA 4JGDA 3F03K 4UTKA 2H8ZA 3U2OA 5BMXA 3UWUA 3EXSA 1H62A 2Y7EA 5EL1A 3TA6A 5CSRA 5BMWA 3WFAA 3LHYA 1T96A 3PB2A 1KM0A 3ANYA 4U4MA 2E5CA 1FDYA 1KM1A 1S5VA 1P0KA 4LT9A 2E6AA 4OQVA 1L6SA 1W5OA 1PS9A 1JJKA 1FCQA 2D73A 4GJ1A 3CWOX 3D0CA 4FX6M 4A21A 3MI6A 3ABSA 3G3MA 3E9AA 4GRSA 1Y0EA 3MHUA 5IBXA 1WXJA 1R2TA 3PUDA 4ICNA 2JKPA 4JXCA 2G97A 3G1SA 2QR6A 2WV8A 3DH7A 3L5AA 5F4SA 5K2ZA 4JR5A 1LORA 4LNYA 3MHGA 4O1AA 1ZJIA 4DBEA 4A3UA 3HBLA 1FWRA 1LCOA 4DBDA 5D2XA 4LC8A 3KAOA 4AH7A 3W86A 1GG1A 2ZCGA 4LTSA 3IIZA 4LWWA 5HWNA 3MO7A 3IGUA 5FEZA 1KTNA 1MEHA 3N34A 3E0IA 1KM5A 1DBTA 2CLHA 1QOPA 3B06A 1XXXA 4YCOA 3BK0A 3BG5A 3P5ZA 2ZBTA 4DPPA 3T4CA 4L4MA 3UWZA 4FB7A 1ZNNA 2RDUA 4Y8FA 1OG0A 1RZMA 1FBAA 1EP2A 4Z1BA 1THFD 2E5BA 4K8HA 3W2UA 2NXHA 2YXGA 3PR2A 4O1CA 5LSMA 3HG5A 3KRSA 3STCA 4FIQA 1F6PA 2Y7FA 2CLEA 3G1YA 1W5MA 1TPFA 1TV5A 2C3ZA 1EUAA 2XN2A 5CPNA 1E51A 3NGJA 1RPXA 4QQ3A 1VS1A 5D2TA 4O11A 1AW2A 1PHWA 4UNKA 3O6CA 4HN4A 4IMFA 2ABAA 1LLZA 4FX8A 4LVBA 1H63A 1QPNA 1O4UA 1VQTA 1C29A 1KTBA 3E96A 3LBCA 5DY2A 4TMBA 3G24A 3GDLA 2VFGA 3DBPA 4UR7A 5KZEA 4IMCA 3BV4A 1KM3A 4K7YA 2V2DA 5D2WA 2VFHA 1YXCA 1T8XA 2QCLA 2YYUA 3UY7A 2Z0IA 2VELA 3S1WA 4EWND 4BI5A 1KFEA 4ZQNA 3BLIA 3N3MA 4OE7A 4DXVA 5EMUA 4JTSA 1Z41A 4JY9A 3C56A 5KITA 2DU2A 1OYAA 2H3DA 2ZZ5A 1J5TA 1WOAA 1WYIA 3OHIA 4LW7A 3GAYA 4YL2A 4Z1DA 4H4IA 3QC3A 3NQ6A 3QW4B 5CPOA 4JDYA 3OVRA 3TSMA 3EKLA 4UTTA 3DKJA 3NQVA 3IGXA 3KXQA 2FTPA 4X22A 4S2BA 4MFEA 4TMCA 3EWUA 3KVJA 2B7OA 1ML1A 4IPIA 1ZHAA 5I3FA 4ML9A 4L4LA 3DU0A 2Y62A 4XWUA 3W1PA 2ZZ2A 4LS0A 4X2RA 1H60A 1F5ZA 3NM1A 3PBWA 3W7NA 1ZFJA 1WQ5A 3G1FA 2ZTKA 1TQJA 4N4QA 4KKXA 3RK8A 2Y6ZA 3HGRA 2XFWA 3DKLA 1G7UA 3QSRA 2ALDA 1WAUA 3HF3A 4O17A 2WNNA 5L6UA 3EWXA 1D9EA 3MJYA 3TIMA 3Q94A 5TIMA 2VFIA 3IVUA 4HSNA 5F4WA 3O06A 3B05A 3IVTA 3QSTA 4HNUA 3FEMA 5F2IA 1DVJA 4HT3A 4AVFA 3DAQA 3S6DA 2FPTA 4FNTA 4HPJA 3W1QA 3KRZA 4QAIA 3I6RA 4IUOA 3WK1A 2PC4A 3MBFA 1YDVA 3B0PA 3W83A 5D38A 3NQ7A 5C55A 4AF0A 5FEXA 3I65A 3M43A 4UTJA 3W73A 3T78A 3IIVA 3PSWA 2QCDA 1H1YA 1G69A 2PRMA 3DHFA 5BRBA 1OFOA 1ME9A 4LC6A 2EKCA 4WY0A 3WK0A 5K9CA 4AF0B 4EOUA 4KFOA 2FQIA 5LHEA 2QCDB 4IOTA 3Q37A 4FO4A 3PUOA 1M6JA 3L0KA 4RX0A 3RLVA 3S1VA 5A8GA 4WY0B 5LHFA 1C8VA 1J4EA 2A1YA 3PB0A 2NUXA 3O6DA 2DZTA 4FIRA 3HPXA 2NUWA 3LCGA 3KVMA 3L65A 3W7MA 2DZWA 1QR7A 2YW4A 5D05A 5F2GA 5AHIA 3P74A 3ABRA 1LOLA 4X9SA 1H51A 2NV1A 3CB8A 4JDBA 2ZRYA 4YCPA 1SSGA 1OFQA 5EA9A 4NNCA 1W3IA 1RQBA 1P5BA 5MHBA 4ADSA 1YTDA 3C61A 3C2OA 1TV8A 1I2PA 2ZZ4A 4S2CA 3P81A 5D33A 4B5NA 3TAKA 2F84A 1XC4A 3ELFA 1ZAHA 4O54A 1XCFA 4Q33A 3W7GA 2CZEA 1K02A 1TPH1 4O52A 3TW6A 3EEGA 3GR8A 2E1DA 3HPZA 6ALDA 3L0GA 3L21A 2NZLA 4GUHA 3QQ1A 3P67A 1PL9A 1ADOA 3WJXA 3W87A 3FKKA 2C15A 3KVKA 2GUUA 1YXYA 2TSYA 1EWEA 5HQEA 2CLOA 5EKYA 4WXYA 2QDGA 4ORIA 5EY5A 4UFKA 4UMCA 4NT0A 3L68A 1SQ7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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