3M5V | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	298
structure length	298
Chain Sequence	MDKNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Campylobacter jejuni rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	114
structure length	298
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2010-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5vA00

1TRIA 4ZQPA 4Z08A 1A5BA 3NYZA 2E09A 3Q58A 3KHJA 1W5QA 4FIRA 1RQEA 5DY2A 2OX1A 1P0KA 3E02A 3EX4A 1SO6A 5D09A 5A5WA 5E0KA 5D32A 2WSRA 4DELA 2ZRVA 2BZNA 4JTTA 4LS1A 4O1AA 4CCCA 1H60A 3BLIA 4MFDA 3DI1A 3DFNA 1ME9A 3A21A 4JTLA 5DCDA 4HNNA 2WSQA 1G4PA 3MBFA 3DKJA 3CPRA 1NSJA 1OX6A 4R33A 1HO1A 2V5LA 4HSNA 3PBYA 4UMBA 1SO5A 1NF0A 3NG3A 2C1HA 1UASA 1KM3A 1KFCA 4IMEA 1OX4B 2WPBA 1EWDA 1YTDA 4UUIA 1QFEA 2C16A 3L9CA 4IMFA 2PRMA 2ZQ0A 1BWKA 5J5RA 1JCMP 2OCZA 1FXPA 4NNBA 2DZPA 1M7PA 3DENA 3LCXA 2ZZ1A 3NL6A 7TIMA 4MIMA 3M1ZA 5KSWA 1ZCOA 3T40A 3T7VA 4LVAA 1I2RA 1SU5A 3OHIA 5D38A 4NZJA 4IPJA 2VFFA 3TMLA 4O10A 2EHHA 3IVUA 2ALDA 3NL5A 1AW2A 3MP5A 4JN6A 3QQ1A 5I3KA 5MHBA 3R8RA 3T44A 4N9BA 1VRDA 4LS0A 2DORA 3G0SA 2ZRYA 3H55A 3P8IA 4QQ3A 4MZ1A 1VGAA 1JRBA 4K6AA 1G4TA 1AL8A 4MZ8A 2P1FA 4M19A 3EKLA 4MZYA 3C4UA 3B8DA 3GDKA 3G1DA 2FDSA 2YCEA 5LNSA 3O1NA 2FPYA 1HO4A 1XI3A 3RMJA 1NVMA 2TPSA 2GQAA 5EKYA 3G1XA 2VXNA 3QW3A 1H7NA 3HB9A 4O54A 3B05A 1XDLA 1PS9A 2C14A 3PULA 4IXXA 3E12A 3PR2A 2UV8G 4ZL1A 3EB2A 3KRUA 3LHUA 4RLIA 3FJ6A 4O11A 3RLVA 2OJPA 1VH7A 3P7YA 4LY8A 3G3MA 4JGDA 3MBDA 4NX0A 1F5ZA 1K8XA 5AYYA 2C15A 3TE9A 1ZNNA 2WKJA 1H63A 3C0JA 5SWUA 3SI9A 3W2MA 3IIPA 3NVTA 1IGSA 3LGEA 2OT0A 1GYLA 2ZA1A 4UR7A 1NAL1 1EA0A 4WXYA 1W3IA 3QM3A 1KFEA 3GYEA 4ZZ9A 4JDYA 3FLUA 2CZDA 2CZ5A 2HMCA 4FXRA 3LBMA 1DVJA 3ZWSA 3L67A 3TW7A 3UPBA 5C55A 4XUGA 5C5YA 2A7PA 4JYEA 5K9DA 1FBAA 2YR1A 4X2RA 4O1DA 2RFGA 1KA9F 3PS7A 2VENA 3MI2A 3BPWA 5KINA 4P2VA 4BWLA 3KVJA 3W2JA 4MY8A 3U2OA 1TPEA 1AW5A 4UNLA 4UTWC 4CNNA 1FWNA 2DZUA 3R13A 1K3UA 3HG2A 2J27A 3ABRA 5D37A 1YDVA 1SW7A 4JTKA 2YPIA 2ZZ3A 3N9RA 2CLKA 1RV8A 3ABSA 3GAYA 3UZJA 4DO5A 3O6YX 1U5JA 3NQ7A 1ZAJA 2HSAA 3QMTA 3BARA 4GE8A 3BK0A 4YWIA 1S5VA 3MUXA 4KWVA 3M16A 3HGSA 1OF8A 3SY5A 1QCWA 1EUNA 1XXXA 2H8ZA 2QCDB 3L5MA 3UQNA 3N2MA 1QDSA 1W54A 5DBTA 5CSRA 2CFFA 3O63A 3W6YA 3DFQA 3IVSA 3PB0A 2FFCA 1EP1A 4S2BA 2BSLA 4NXKA 5FF7A 5DN1A 2RDTA 2G95A 3FKRA 3FJLA 3HPXA 4HPXA 5LNRA 2EF9A 2NZLA 3TUUA 4BI7A 3DKLA 4IWWA 4QNWA 1SO4A 5BW6A 4AF0B 4UCGA 1FCUA 3DFOA 4AXKA 5TIMA 1LBFA 1Y0EA 4AWSA 1JVNA 1YPIA 4Z1AA 4OT7A 4LC8A 2QUVA 4FNRA 3L5LA 5H91A 5KZDA 2QEZA 3OA3A 4FF7A 3NAVA 4NJGA 3NZ1A 3L5AA 2WNQA 2CLOA 1O4UA 3W72A 2ZRUA 4UFIA 1NF7A 1FWTA 3MW7A 1JUEA 2ATSA 3CEUA 2EGZA 2ZZ7A 3DI0A 4MUZA 4Y9AA 2QCHA 2J24A 3NQEA 2Y7FA 1DV7A 4K7VA 2Y63A 3W7MA 1B9BA 2W0UA 3EWXA 2X30A 1TQJA 4A2RA 3O8AA 3EWBX 3GXNA 1JCYA 3MMTA 2G96A 3RLUA 3T78A 2ZDRA 2DZTA 4UFJA 3A9IA 1VCVA 3HOJA 2VEMA 2R94A 4LUJA 2NUXA 4ADTA 5CKSA 4UFHA 4MLJA 2HS8A 3GXTA 5LGZA 4ADUA 3WK2A 2B4GA 5D2WA 4M6PA 4YXGA 2QUUA 1FX6A 3M5ZA 1WOBA 1T99A 2ZA3A 4UMAA 3I68A 4LVBA 3W87A 1HG3A 3KRSA 3NPUA 2WO5A 4K36A 4GUFA 1XBYA 5BMXA 4OV4A 4N4QA 5HR7A 1TPDA 4AMAA 5KTLA 2DZXA 4JXCA 1A53A 3LERA 1QPNA 4PL2A 2VC6A 5AYXA 4Y8FA 3EX2A 3HQ1A 2GVJA 1VJIA 2B7PA 4DF2A 2ZRXA 1VHNA 3QH2A 4FXSA 4XBKA 1I4NA 2X1UA 3W1MA 2ZBTA 3FKKA 4J9JA 2B7NA 3PC0A 3WFAA 1KLZA 1GWJA 2AGKA 5CZ0A 3TV8A 2RHGA 5FEPA 2NUWA 3A5VA 3N14A 4UTTA 4O17A 4DBEA 1KM4A 4MY9A 1Q3NA 4C1KA 2EAWA 3LHVA 1G69A 3RU6A 1GG0A 3S5ZA 3W1UA 1I45A 4AHOA 1QOPA 1XC4A 4TU1A 2TSYA 1KBIA 3ZR4A 4M7SA 4ADSA 3PG9A 2X2GA 3G8EA 2QCFA 3TC6A 1TV5A 3C2EA 3FOKA 3W7CA 3N19B 3W23A 2B7QA 1GEQA 1ALDA 3NQVA 5HR6A 4LRTA 4G1KA 3IEBA 4DO4A 3W9ZA 5AHNA 3ABQA 4HT3A 2A0NA 2FIQA 3L0KA 2JGQA 1W3TA 1WXJA 2E1DA 1QOQA 3G1FA 1G4SA 4K7YA 4FX7A 4JR5A 1JJKA 4YCPA 4K8EA 4UTHA 3W7GA 5I3GA 1KFJA 3P67A 3BG3A 3O6CA 1YTEA 5BRBA 1QPQA 1PV8A 3O6DA 2J88A 2XFWA 4WQ6A 1ZAHA 1A50A 1VC4A 3CQ0A 5IM51 2NXIA 3EWYA 5F4SA 3LI0A 3LLDA 3M9YA 4LT9A 2H3DA 3S1UA 1R2TA 2GQ8A 2XN2A 4HPJA 2Q3RA 3LCWA 1EUAA 4JTHA 5D04C 1EX5A 3THAA 2C0AA 4WJEA 2WQPA 3FS2A 1LOSA 2PURA 2J9ZA 4O52A 4GUIA 1AG1O 3TH6A 3B4UA 3GK0A 1TPUA 3IIVA 3C56A 1AK5A 2P0OA 3UYCA 3P5YA 5G2IA 3OVQA 1YYAA 3R12A 3PAJA 1PCWA 1F6KA 3TR2A 2C6QA 1TPC1 3NPVA 4Z1BA 2GOUA 3DHFA 4ONVA 1N8FA 1QO2A 4RJEA 2A5HA 4FNTA 3I6RA 1OK4A 1OJXA 1QR7A 1G4EA 3EWWA 4NJJA 2YFNA 1RVGA 1LROA 4OU1A 5K9CA 4EF9A 3UNDA 1KFKA 1LRTA 1TPH1 1LCOA 3FYOA 1VHCA 4TR9A 1K7XA 3NM3A 2Y7DA 2TMDA 5F2LA 5I3HA 4A3UA 5LNVA 3CWOX 1IF2A 1O5XA 3S1WA 5K4XA 3W1LA 1Z48A 4BWLC 5LNUA 3UWZA 3EX3A 4AEOA 3IIOA 1C8VA 4WY0F 3HPZA 1VZWA 3H53A 2B0MA 1FXQA 2Z6IA 5D2XA 2A6NA 5AHLA 2ABBA 5E93A 5FF4A 3DGRA 4H4IA 2WOQA 1VS1A 1H1YA 1C29A 1JRCA 2TYSA 5ABTA 1FCBA 1GVSA 3N2XA 4MYXA 5CG7A 2BWGA 1TTPA 4NUWA 4EVZA 3GB6A 1X1ZA 1ME8A 2DZVA 3GDTA 4C1LA 1SZFA 1V5XA 3SECA 3A24A 5D33A 3GAKA 1IIHA 3DBPA 4TMCA 3TW6A 1GJPA 4O57A 3WK1A 1DOSA 3TQ0A 3STGA 1QNVA 1LTDA 2YZRA 4NT0A 3HG4A 5FEWA 3U6WA 8TIMA 2QDGA 3G1YA 1ICSA 3PBVA 1GT8A 3F03K 4NJIA 1VLWA 3LCIA 1TCDA 3HO8A 1IXNA 1JQVA 4IX2A 3NR0A 4JD4A 2I14A 1PHWA 3P61A 4M6VA 4AVFA 3TU9A 3UXDA 2RDUA 4UTUA 1XL9A 3KOFA 5AC6A 2R14A 2GUUA 3M5XA 3EXTA 5F4XA 5DCEA 3W83A 1PE1A 3PUOA 5CPMA 3BLEA 4BK9A 4FO4A 1ML1A 2J6XA 1W5PA 3M0ZA 3S5OA 1H62A 4GUGA 2VELA 4FHAA 6ALDA 5CGQA 2OT1A 5L6UA 1FUYA 1K03A 1H7WA 1EPXA 4LU0A 1H7OA 1W8SA 3MYOA 3QC3A 1XUUA 3KVKA 5D2TA 2ZRWA 4ZQMA 3W7PA 3ABOA 3BO9A 1JR1A 3BGGA 2QCNA 5DELA 4PCFA 3A23A 1K8YA 4O8RA 1H7PA 4HN4A 2QAPA 2GVGA 3NQDA 4JTGA 4FEZA 4UTIA 1VCFA 3TC7A 2GJLA 4N02A 3E0IA 4XWUA 1KM2A 3G1SA 5D03A 2NV1A 5EL1A 4A29A 1XCFA 2QCEA 3W71A 1VR6A 3C2OA 3QEZA 1TREA 4S2CA 1XFBA 3WK3A 3DU0A 3LCLA 3L66A 3SIZA 1R2SA 4MOZA 1SZGA 2KZHA 1TIMA 3C2FA 3W74A 2XN0A 1F74A 3W2NA 1FDYA 4CCDA 3VI2A 3WJZA 2RDWA 1W56A 5K9XA 4QNEA 3CIXA 3MI6A 2CLLA 4K38A 1D9EA 1EP2A 3P84A 1Q45A 1OFEA 1HUVA 3L68A 4YL2A 4E38A 2YYUA 4ICNA 2Y6ZA 1AMKA 2V2HA 3CWNA 3M6YA 2WSYA 1KW1A 4UXDA 2VFGA 4R53A 3C8FA 4RZ4A 1GQNA 2J9YA 2O7SA 3W7DA 1OFDA 4R7JA 4QIUA 5EA9A 1LOLA 3KFTA 3TMQA 5G5IA 3OBKA 4CQ9A 4Y6GA 4ORMA 1PVNA 1P1XA 3W1QA 5DXYA 3TAOA 5KMYA 1GVQA 3I7SA 4UTTC 4O1CA 4DO6A 2E6YA 3SJ3A 5U7SA 3MI3A 1JQXA 1S3HA 1D3GA 3MHGA 5HWMA 3GVGA 5AN7A 4XKYB 1FWWA 3JR2A 3BG9A 1KTBA 1KM0A 3UWUA 3W7KA 1KM6A 1LORA 1FQ0A 4O28A 2FTPA 3W86A 2V81A 4WOQA 3LTSA 5AHEA 3R2GA 4O18A 3L65A 1ADOA 1IIGA 1VYSX 3RK8A 4WZHA 1SZNA 3L2IA 4XQ6A 5DXXA 3MWAA 4QAIA 4MJZA 4S1FA 1YLVA 1O60A 4GXMA 5D2YA 3HF3A 3P60A 1P0NA 2YW4A 4UFKA 2Q8LA 2FB3A 3VCRA 3G1AA 3NQGA 3G24A 2E6DA 1TO3A 4JIPA 4O14A 3DFSA 1A5AA 1H50A 5EMUA 2QJGA 1X8FA 3QJAA 4ALDA 2QCMA 4KKXA 3TKFA 1GPWA 1ZJIA 4JYDA 1SPQA 3S5YA 1D3HA 3CHVA 3W85A 2DZWA 4HNUA 4WUIA 5D30A 5A8GA 4UR8A 1GTHA 2QJHA 3NL3A 2X1RA 1OVDA 1J5TA 3LHWA 5CZTA 1L6SA 3NGJA 1DQXA 3QSRA 1MXSA 5G1TA 2E5CA 1CX9A 3LX9A 4UIOA 3ZS4A 4GRSA 2JKAA 2Y7EA 2GJNA 4BR1A 2ABAA 4UC5A 3LDVA 1SFJA 4KFOA 1KTNA 5I3JA 3PY2A 4GFSA 3TSBA 3Q2DA 4H3DA 3SR7A 2JKPA 2ZCGA 1OFOA 3B04A 3UWYA 4OBTA 3IIZA 5I3FA 1TTJA 4GNJA 2WJZA 3MYPA 4AB4A 1SSGA 3PSVA 3LCGA 3CB8A 4UTLA 1JCNA 3M5YA 4IX0A 4L4MA 3WJWA 4DBDA 1VYRA 4LOCA 3GR7A 1H5YA 1ONRA 4IMCA 4JTJA 4NX5A 4UTMA 3N9SA 3TROA 2HTMA 3LXAA 2FQIA 1F6PA 3R5EA 2V5BA 3BLFA 4RZ6A 1K7EA 4TMBA 3LHTA 4JYFA 2V30A 4RXFA 2OMAA 1WQ5A 1Q6LA 4ZQRA 1ZFJA 4NQ1A 3TXVA 3W7LA 4IUOA 4E2DA 4NXSA 4LTSA 1TSIA 5AC7A 2RH9A 4JDBA 5DBUA 3MHUA 3ATZA 4QM1A 1H1ZA 3ANYA 1QPRA 1AL7A 3HBLA 3L0GA 1LBMA 1TPWA 3DFPA 1NEYA 1P5BA 3NPXA 2NLIA 4JIQA 4MFEA 3T4CA 3HIJA 3ZWTA 4JX4A 1QAPA 5C6MA 5T26A 3HG3A 1GOXA 4KFNA 1ZENA 4Z1CA 3PVFA 3WJXA 5G2WA 2E6AA 3C6CA 5CPLA 1IXQA 3QRHA 1UJPA 5EY5A 1TPB1 3SW6A 4BI5A 3QMSA 1YXYA 4AHPA 3W73A 4EF8A 2A6LA 3S1XA 1KBJA 1RR2A 3W7QA 1B4KA 5G2HA 2R8WA 3TCEA 4E2BA 1ZAIA 5D02A 2VEPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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