3M5Y | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	219
structure length	212
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus	81
structure length	212
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5yA00

3S1VA 3WJYA 1ZAIA 4JX6A 5I3IA 4N9CA 3PBWA 4LS1A 2ZA3A 5D2YA 4O18A 2YCEA 1OF6A 1JCMP 3RK8A 3BK0A 2QCLA 4DF0A 5FEPA 3T40A 4M7SA 1NFBA 4IMEA 2TMDA 2YYTA 1G67A 4UTWC 4KWWA 4ML9A 1VHCA 1VGAA 3HQ1A 5LNSA 3CB8A 3PWAA 3W2LA 2E5DA 3LTPA 3N14A 1FXQA 4O52A 3Q94A 2QAFA 1K8XA 1IIHA 2VEMA 4ALDA 3SZ8A 2RHGA 4ZMGA 3P62A 3OHIA 3RLUA 4ICNA 3TQVA 4O17A 3L68A 1KTCA 3M43A 3PB2A 3G1SA 5G2IA 3GB6A 4ZQOA 3CHVA 3P84A 3MUXA 4O1AA 1EWDA 4O15A 2GUUA 1ZHAA 3WFAA 1V5XA 4J9JA 2WSYA 3GAKA 1KV8A 3QRHA 4IMCA 4N4PA 3BG5A 3M44A 4K36A 1IXPA 5AYZA 3IIZA 3DFNA 3W87A 4UNKA 3L5LA 3NDOA 2VFIA 1ZFJA 4RZ6A 1DOSA 1TPFA 1FQ0A 2O7SA 2QUVA 5D2WA 5KZMA 3NL5A 2O7QA 3UY8A 2Z2UA 2FPVA 2NX1A 1JRBA 4PCFA 3QQ1A 2NXGA 3W23A 4I7VA 4CLMA 3W7JA 2OT0A 1HO4A 4UTKA 1W3TA 1RQHA 3UWUA 4A22A 2V81A 3A5VA 4IQLA 3WK3A 2E77A 1S3HA 3MHGA 5KITA 3C56A 3Q58A 4IX2A 1G4TA 1HL2A 4MFDA 4RCXA 1HFBA 1PCKA 3A5FA 1KW1A 2CW6A 4MLRA 2C3ZA 2TPSA 1H51A 2YGYA 2AGKA 1JR1A 1Z41A 3RMJA 4AHQA 4WQ6A 4E0CA 5LNRA 3PS7A 2ZZ7A 4IPJA 5L9FA 5AHEA 5FF2A 2WNQA 1F6PA 1KFJA 1WOAA 4JGDA 3FA5A 3H53A 1ZCOA 4XKYB 2Q8LA 1VZWA 3BW3A 1OHLA 5SWUA 1LRNA 3LHUA 1FBAA 1TTQA 4JTUA 4N6FA 1VCGA 1FWNA 3W1PA 3GDMA 3QM3A 3KXQA 2E6FA 4HNTA 2NUXA 4M5PA 1VS1A 1ZENA 1ME8A 3MW7A 5AFDA 1SR9A 3R13A 4EIVA 1G7UA 3HPSA 3K30A 4TMCA 3O16A 1GQNA 3G1VA 2QCDA 4Y9AA 1RD5A 1TTPA 3G8RA 1YDOA 3QC3A 5FF3A 1H7NA 2WSQA 3OVQA 2E6AA 1JQVA 1SO5A 4P61A 1EX5A 5DBTA 4WJEA 2G5WA 3GLCA 3LHTA 1PV8A 3PG9A 5FESA 1N55A 2RH9A 1K7XA 2FLIA 4AWSA 3W7HA 5MHBA 2NXHA 4A3UA 4O11A 2V5BA 4O14A 4ORIA 4UTHA 1E51A 3MHUA 1I2OA 5BMWA 1QPOA 3HG3A 3G8EA 3M5XA 1JUEA 5DCBA 5HUOA 1W5QA 3PG8A 4WX2A 1KTBA 4Z1BA 4LT9A 1SZFA 4FIQA 4LW7A 2FIQA 3DKLA 1YPIA 2J9XA 1OJXA 1YDVA 3LHWA 2E5CA 2X30A 1X1OA 2VFHA 3OEXA 4K8HA 2WOQA 1ZAJA 4ADTA 1U5JA 5BRBA 3B03A 5AYYA 3TXVA 1W5OA 4K8EA 3DFTA 1DKWA 2J6XA 4FNUA 4GUJA 4YCOA 1GT8A 2QJHA 4UMCA 3N2MA 8TIMA 3V75A 4A21A 2JBMA 2BXVA 3A23A 2GJLA 1A5BA 4GE8A 4OT7A 4JX4A 4GUGA 4M7TA 1KV5A 1WDWA 2HSAA 5BNKA 3BV4A 5D30A 1OFRA 4NZJA 1L6YA 3GVGA 4XTDA 5CG7A 4UR7A 5FEWA 2FFCA 4JTGA 1LLWA 3LRKA 3C2FA 3LI1A 3UNDA 2A5HA 3TU9A 2PRLA 2CWNA 4MZYA 1YPFA 2I9EA 4BFAA 1GJPA 2H8ZA 4XTIA 3N3MA 5G5IA 5KSWA 3DAQA 5C54A 1QNVA 3LCGA 4JTFA 3Q2DA 3HO8A 3NZRA 2YYUA 4Y96A 5LHEA 3CIWA 4MZ1A 3GKFA 4YWIA 4JYFA 4KFNA 3QPYA 2Y6ZA 5DXYA 3W88A 3NAVA 3WJWA 4HN4A 2NWRA 3W1NA 3ZR4A 1Q45A 1TV8A 1QPQA 1VC4A 3O6CA 3USBA 1XI3A 4GFSA 3NPVA 4NNCA 1GVFA 3M47A 4AHPA 4H3DA 3PR2A 1G4EA 1IXOA 3STEA 1LROA 5FEXA 3P61A 1OFPA 4UFMA 4JTJA 2ZZ3A 3P82A 1Q3NA 3ELFA 3CT7A 1KLZA 4O1BA 2NWSA 3ABRA 4CCCA 4XBKA 4WY0F 1O4UA 1EUNA 4KFPA 5LSMA 1WOBA 4MLJA 1XC4A 3G0UA 2YX0A 5C6MA 3TK7A 1JCLA 4H6KA 4JTHA 2Z6IA 4X9SA 4WOZA 1SO3A 1P0KA 5AC7A 3TKFA 3SFKA 2V30A 3LCHA 4IGHA 2YR1A 1PHWA 2TYSA 3LV5A 4HSOA 4UNLA 4JTLA 1TV5A 2JKAA 3B8DA 4RV8A 1PHQA 1XM3A 1MEIA 2RDTA 4JR5A 1XFBA 5DBUA 4K38A 2VEPA 4UCGA 4B5NA 5DCDA 3NVTA 4O0ZA 4QJ1A 5LZLA 2ABAA 2V8ZA 2GQ8A 3MWAA 1XCFA 3QH2A 1QAPA 1R2RA 1T99A 3GAYA 5CGQA 4M19A 4JIPA 1VPXA 3UXAA 2P10A 4PA8A 1OFQA 2A7PA 1GVOA 5FF7A 3G1AA 5F2MA 3IIXA 3DENA 1HUVA 1AG1O 1LBMA 1M6JA 1XDMA 3P81A 2YZRA 2QF7A 2ZTKA 3FJ6A 3DBPA 4E2BA 2A1YA 3KFTA 2ZZ5A 5FF0A 3QFEA 1X8FA 3O06A 4PL1A 1I2RA 4DF1A 4Q32A 3HGRA 5C2XA 3M5ZA 4GUHA 1K7FA 2NLIA 3NR0A 1LBFA 3B4UA 4U4MA 5TQLA 5T26A 4FO4A 2HS6A 3GDTA 1QOQA 4UMBA 5E93A 4O12A 3BARA 1ADOA 5D05A 4XBSA 3UWZA 4MVAA 5E0KA 3UWWA 4IOTA 1KFLA 3UD6A 1OFEA 2I14A 3W2UA 4AH7A 2JKPA 1OX4B 1IGSA 2VFDA 3NYZA 1HG3A 3NQCA 3IV3A 2Y7FA 3EXRA 4UMAA 1R47A 2YW4A 4DO5A 5I3FA 2VC6A 3UY7A 3BLIA 4MOZA 5CPLA 1H7XA 2ZFAA 1SW7A 3W2NA 2QCMA 1GTHA 2C18A 4R53A 1ALDA 1MO0A 4O16A 1TTJA 2F7FA 1LCOA 4MFEA 2ZZ2A 1OYCA 4WOQA 5CKSA 2ZA2A 3SJ3A 1VR6A 2X1UA 3W7PA 3NQEA 1WXJA 3WJSA 3PVFA 4NJIA 5LNWA 2B7OA 3GXTA 3LBCA 4JYDA 3W7EA 1DQXA 4UUIA 2C19A 3MO7A 4R33A 3C8FA 1F6KA 3NPUA 1TPB1 4MZ8A 2E09A 1LOSA 1ZY9A 3MI3A 3MYOA 1HTIA 3GR8A 3G0SA 4NXSA 1EWEA 3M5VA 3W2KA 5AB3A 3BLEA 1A5CA 1O94A 5D33A 3UPWA 3MP3A 2X16A 3N2XA 1TCDA 3W74A 5TBOA 3W84A 4Z1DA 3C52A 4HPXA 4M6QA 1TRDA 5K9CA 4LOCA 5EMUA 5AOUA 3NL3A 3LRMA 2NV2A 5A8GA 2ZRZA 1EA0A 3BW4A 3GK0A 4HPJA 4I7WA 3NL6A 5AN7A 4PH6A 2XFWA 1FCVA 3EEGA 4H4IA 3BVJA 3R5EA 1ICQA 5FI8A 1VLWA 3IRDA 4UR8A 4NX0A 4JD4A 2Y63A 2WQPA 1TMHA 3C61A 4IMGA 3UQNA 3W7LA 5EBUA 4OGZA 2PRHA 3KVJA 1M5WA 5HULA 3QJAA 1DHPA 2DZPA 5HWNA 2ZYFA 1EP1A 2JK2A 1TPEA 4UC5A 3KAOA 3RF9A 4EF9A 3TJXA 4ORMA 2Z0IA 2QJGA 4OBTA 3TROA 3STGA 1NF7A 4LVAA 2B7QA 3NXFA 3MI6A 3W73A 1C9DA 1MZHA 3NQ8A 2A6NA 2GVGA 1XBYA 3GR7A 2Y7GA 4KWVA 2BZNA 5KMYA 3SSJA 5CZTA 3HB9A 2D73A 5K4ZA 3BG3A 2NV1A 4IXHA 5LGZA 1OABA 3R89A 3AO0A 1DQWA 3NQ2A 3W1XA 3GDRA 4UFLA 4YL2A 3TMQA 3B05A 1GG1A 4QIUA 3M9YA 5HUPA 3NNTA 3GX9A 2QEZA 3QW3A 3HJZA 4TIMA 4JY8A 3LCIA 1D9EA 1Q6RA 1W0MA 3NG3A 2QCGA 2ISSA 3EKZA 2FQIA 2GQAA 4FNRA 4L4LA 1O5XA 5F4WA 1HO1A 4JN6A 1VLIA 5J5RA 1X7FA 4PFMA 5U7SA 3TC7A 3O6DA 4TR9A 3KRSA 3L67A 2WJZA 2FPYA 1QWGA 2H8XA 1SSGA 1I2PA 2RDWA 4ADUA 3E9AA 4LV4A 1X6UA 3IVUA 2E1DA 3CM4A 5CZ0A 1L6SA 3B0UX 1I8JA 4O28A 4N9BA 1ZNNA 1QOPA 5AHLA 2ZZ4A 3BO9A 1XXXA 1TPWA 4MJZA 4BF9A 2ALDA 4K7VA 3W86A 2ZQ0A 1VYSX 3W72A 5L6UA 5HR6A 2P0OA 1UCWA 2ZTJA 2P1FA 4BWLC 4CQAA 3LHZA 2W6RA 2CLKA 1VCVA 5DN1A 2HMCA 1K02A 4LVGA 3W7DA 3S1WA 3LCFA 3W1LA 1PIIA 3A22A 1YTEA 3NO5A 1TPH1 4LV9A 3HF3A 4GC4A 1RVGA 4KKXA 7TIMA 4X3ZA 4WXZA 3FYPA 2Y85A 4JTEA 2NX3A 3NQFA 1H7PA 2OJPA 4UTJA 3W70A 3MJYA 3DHFA 3NGJA 4OV4A 1KBJA 1SFLA 1EPXA 3MP4A 4Y8FA 2ZCGA 1V7YA 2H6RA 1JRCA 3O6YX 4DPPA 4LVFA 2E6YA 5BOOA 1CX9A 1W37A 2CZFA 3LV6A 2OX1A 3E96A 2V5LA 1DJQA 1PE1A 1JCNA 3KVKA 4WXYA 5DY2A 1KFKA 3EXSA 3M0ZA 4W9TA 2ZRUA 4FF7A 1MEHA 3HOJA 3THAA 2BWGA 3PBYA 2DZTA 3NQ6A 3F03K 3NZ1A 4JTIA 1IXQA 5GVJA 3UWVA 1OX6A 2ZRYA 3T55A 1B4EA 1FWTA 3UXDA 2OMAA 4KFOA 4JEQA 3S1XA 2X2GA 2Q3OA 3G1DA 2I1OA 1I2QA 2ATSA 2E68A 2PRMA 3JR2A 4Z1AA 1RZMA 2VELA 1FWSA 1LRQA 2A0NA 1R2TA 1XUZA 4FEZA 1FCUA 1VRDA 3NQMA 1N7KA 4O57A 3R8RA 3MBDA 3CEUA 3L21A 2ATMA 1FCQA 3TMLA 3W2MA 5IBXC 3P5YA 1T8XA 2V2DA 3MI2A 4HHPA 3LXBA 1AW1A 2RDUA 1QPNA 1SSDA 3BPWA 3ABOA 1ONRA 1QMLA 2TSYA 1GYNA 5I3HA 2LLEA 2DZXA 4FIRA 4R7JA 4LC8A 3FJLA 1IIGA 4ADSA 2DP3A 4L4MA 3S1UA 3U2OA 4ZQPA 2QCDB 4BI5A 1TPVA 1FDYA 5CPNA 3W7IA 3QW4B 3S5OA 3DFPA 3I65A 4DXVA 3L9CA 1L9WA 1OYBA 1O5KA 5K2ZA 3R2GA 4O1CA 4NJHA 4JNMA 4RXGA 3CIXA 5DXXA 1VYRA 3VKJA 2EF9A 4N4QA 3W7GA 1FDZA 2R14A 2NX9A 2OT1A 4IMDA 1R2SA 2CLMA 4LWWA 4LNYA 2YFOA 4HSNA 1H63A 1WA3A 3EX4A 3FKKA 4JIQA 6ALDA 4O53A 3NQAA 1KM6A 3DFQA 3L0KA 4E2DA 3W07A 4WUIA 1A53A 3TFCA 4WY0A 1RQBA 2ABBA 2BTMA 3NPXA 3TAKA 1OG0A 2B4GA 1QO2A 2UV8G 4MYXA 3QZEA 4QNWA 4IX0A 1KM3A 1K8YA 4POCA 1SO4A 3DXIA 4UXDA 1FWWA 3ATYA 4O4VA 1Q6LA 3TR2A 5EKYA 3NQDA 3TSMA 1LP6A 1XBXA 4OU1A 3E49A 2DJLA 2NXIA 2VOMA 4UTLA 1Z44A 1OVDA 4IXXA 3A21A 2A6LA 4MUZA 5D32A 2R8WA 3CQ0A 4RKAA 1S5VA 3DFSA 3STCA 5HINA 2B7PA 2WO5A 2CLFA 1C8VA 3TQKA 3O8AA 1SQ7A 4MY1A 1YTDA 2EAWA 1NF0A 3KVMA 2C16A 3LBMA 3S5YA 3W3OA 3P8JA 4UTMA 4JXCA 3TDFA 1DJNA 4IMFA 3LOTA 1OK6A 2C1HA 2PURA 3I7RA 3W9ZA 1AMKA 2Z1BA 5AYXA 4LS0A 4UIOA 3TH6A 5G2HA 2WV8A 4OWGA 3KHJA 4MKNA 3M6YA 3BGJA 4PC8A 1TQXA 3PC0A 3P7YA 1TTIA 2R91A 3C2OA 3CU2A 1GEQA 1GYLA 3C2EA 1SUXA 2J88A 1UBSA 4NX5A 2GJNA 3EXTA 1EP2A 2H3DA 2QUTA 2OZ0A 2WPBA 5K3VA 1K03A 3LI0A 4ZQRA 3C2RA 4OQVA 2FB2A 3L66A 4NJGA 5G4WA 3W22A 5LKYA 5AC6A 2HTMA 4JDBA 1OX5A 5G1YA 4EVZA 4QNEA 4Z0JA 3I68A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M5YA

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Chord Diagram

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