3MBF | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	337
structure length	337
Chain Sequence	MDCDHLLRLGMTAKKILENGKGILAADETPKTLGRRFEKLGITNTEENRRKFREILFSTKGIERYIGGVILNQETFEQTSGSGVPLTELLKKKGIEIGIKLDKGLIDYKEKEKISVGLEDLDLRCKSSAFKDATFAKWRSLFYFYDGIPSEDCINENCSILAKYAIICQKNGLVPIVEPEVFLEGDYSMKRSYEVTRQILSTLMKYLNYELVYIPGVLIKASYVTSGQLSNEKYTPKKVATFTLRALLSTIPCGIPGIVFLSGGHGSEDAIGFLNAINMERGCRTWSLSFSFARALTDGVLETWRGDDSNIEEAQKILLETSFKACRGAEGKLWDQE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__208716677902053__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__208716677902053__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MBF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__208716677902053__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"208716677902053","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MBF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__208716677902053__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8babac51c2a53d45ad05/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8babac51c2a53d45ad05/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Encephalitozoon cuniculi
publication title	Structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
total genus	134
structure length	337
sequence length	337
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-03-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mbfA00

4LVAA 1PL9A 3CIWA 3S1XA 2C3ZA 4JR5A 1S5TA 5D04C 3MP3A 3PBWA 4JY9A 1P1XA 4B5NA 3B06A 3UQNA 3LCHA 2ZTKA 1AL8A 4O13A 5AHNA 4WOZA 2RFGA 1NSJA 3W6YA 4NX0A 4MY9A 1OG0A 4PA8A 1EB3A 5DCEA 3OG3A 1PS9A 3UXDA 1UBSA 1I2OA 3NZ1A 4NT0A 1FWRA 3MP5A 4N2YA 3LTSA 4GUIA 3GAYA 1FX6A 4JNMA 3LHZA 4QJ1A 2E6FA 1RV8A 1SO3A 1GZGA 1VLIA 2CWNA 2Z6IA 5IM51 5CG7A 2QCFA 5AYXA 1GPWA 5F4SA 1A5BA 2E5CA 3LX9A 3CEUA 3WJSA 1ZJIA 4QISA 2GQAA 4LV9A 3K30A 4IX2A 1KBIA 1OYBA 4O53A 1VH7A 3L5MA 4OQVA 1YADA 2OMAA 4FNPA 5I3HA 3W70A 3A5VA 1K02A 3HPZA 4PCFA 3VFLA 4S2CA 1LBFA 5FEWA 4LU0A 1HL2A 3W7QA 3DGRA 3C61A 3H54A 1O60A 1Y0EA 4K37A 3EX4A 3NQCA 2J9ZA 4RV8A 3L0NA 3M0ZA 5KZDA 1OX4A 3FEMA 1Q3NA 4Y6GA 1JJKA 3QH2A 1TIMA 4O52A 2QEZA 1YYAA 1OFDA 4N4QA 4UR8A 2V82A 5G1YA 1X7FA 2NV2A 4OGZA 1EP1A 1PHWA 1KM3A 4IGHA 1DOSA 3EWZA 3W9ZA 2WQPA 2WO5A 3VE9A 3A5FA 4A22A 4EF8A 1SR9A 3PAJA 5FEXA 2BXVA 3VCRA 1VQTA 2CFFA 3KRSA 4P2VA 3W2NA 1JUBA 5AB3A 1Q6LA 2Y61A 2ZBTA 3VNDA 5DXYA 4Z1DA 4MKNA 3BLIA 3LI0A 4CCEA 2HSAA 3C2VA 4N4PA 4L4MA 1H7OA 1JCNA 4O54A 3GLCA 2NUXA 5BRBA 4R53A 4JTHA 1WAUA 3GXTA 2WPBA 1SZNA 1F2JA 2OT1A 4MZYA 1AL7A 4FNRA 4K7YA 4QNEA 4U4MA 3UYCA 2WKJA 2PRMA 4JXCA 4A2SA 4ZMGA 3GVGA 3QW4B 3N2XA 1B9BA 4TX9A 1S5WA 4KWWA 4HN4A 5D32A 3W1QA 1OK4A 1ICSA 1I2NA 1V7YA 2YGYA 1I4NA 3EWYA 4FO4A 4XBSA 1SO6A 1TRIA 2V5BA 1FWNA 2EPHA 1AG1O 5D2YA 1LZOA 4NJIA 3RMJA 1VYRA 5LGXA 3EWUA 4LRSA 5D33A 4M5PA 2H3BA 3C0JA 4C1LA 1H61A 3A21A 1DJQA 2E6YA 1TMHA 3DFTA 3HO8A 3L65A 1SW3A 2ZRXA 2GPTA 5BNKA 4FNQA 8TIMA 1RQBA 3S9YA 1W5OA 3RNDA 4MFDA 1TPDA 3M44A 1F6KA 3THAA 3NPUA 2CZEA 3NAVA 1MEHA 4P61A 4Q33A 4XBKA 4JTIA 1A5SA 3LDVA 1L9WA 3SFKA 5HUOA 1VPXA 4O0ZA 5C2XA 3RU6A 3DKJA 3N19B 5CSRA 2WOQA 2QDHA 2E1DA 1L6YA 3P8JA 3MI3A 4Y90A 4AWTA 3L0GA 4ORMA 3QSTA 5AHFA 1ZALA 2RDTA 1WQ5A 4BFAA 4GE8A 3MO7A 4D2JA 1EUAA 4JGDA 1DKWA 3BO9A 3B8DA 2ZZ5A 1EP3A 3MJYA 1PE1A 1R2RA 1OFBA 3LCGA 3VI2A 2Q3OA 1VLWA 2QJHA 1OFRA 2JGQA 1HO4A 3N2MA 5EY5A 4RLIA 2QKFA 2ZZ4A 4HIBA 3E96A 2A7PA 2QCDA 3MBDA 3WJXA 2Y7FA 1I2PA 4N9CA 2QJGA 5K9XA 1SZFA 2YXGA 1JCJA 1G67A 4JIQA 3BGJA 5D2WA 3UWWA 1F74A 4BK9A 5AHIA 3C2RA 4MPQA 2QR6A 1XUUA 1O5XA 5AYYA 3W7JA 3GNNA 1XBYA 1OFEA 3RF9A 1W54A 3RLVA 4UTIA 3T78A 1MSSA 5C55A 5D02A 1KTCA 4TMCA 3S0CA 1TTJA 4ZQCA 4OBTA 3E49A 4WXYA 2QAFA 4A21A 1D3HA 2GJLA 2Y70A 2UV8G 3C52A 3EXSA 3S1UA 1KFKA 1ME7A 1QWGA 3CTLA 1LTDA 2OX1A 5TQLA 3W74A 5K3VA 3UWUA 4KFPA 2BWGA 4IXHA 2LLEA 1KFEA 3GZ3A 2FB2A 1T0OA 3T40A 5D30A 1C8VA 3HMJG 3PY2A 1FCBA 1VRDA 4RCXA 3TROA 4AF0A 5HWNA 3FYOA 2VFEA 2Z0IA 3QQ0A 2DZPA 3FKRA 1Q6QA 3GDTA 4DO6A 4DBEA 3STFA 3FOKA 3N73A 3U8GA 1ZAHA 2J27A 3MP4A 4UIOA 3W22A 3LTYA 4GXMA 5L9FA 1LDCA 1XBXA 2PRHA 3QMTA 1K7EA 3IVUA 2ATMA 4HPJA 3H55A 2PE4A 5G4EA 2ZQ0A 3DI0A 2B7PA 4IMFA 3R13A 3NVTA 7TIMA 3TK7A 3OIXA 5AC6A 1QOPA 4J9JA 1XKYA 3O16A 1W5NA 3GKFA 4O57A 3SGZA 1M7OA 1BWLA 2GJNA 3NYZA 3DXIA 3SSJA 4HT3A 1SQ7A 1G4PA 3ABRA 5LGZA 3T44A 1H5YA 3W1MA 1K8YA 3U2OA 2ZCGA 5C5YA 3DI1A 1ZFJA 1H63A 1TPC1 3EX1A 3IVSA 2OZ0A 3TU9A 5F2MA 1IXQA 1JR1A 2J6XA 4ZQOA 3L5AA 2QUTA 2FPYA 3IVTA 2WSQA 2JBMA 2W6RA 4UTLA 4KKXA 2JGYA 1SSDA 4Q4KA 3M9YA 2QUUA 5G1TA 2A1YA 1PCKA 4JTUA 4H3DA 2VFDA 4KWVA 4EWND 5DELA 3TNOA 1F5ZA 1OABA 3EX6A 2F84A 2ZDRA 4I7UA 3W85A 3NR0A 4IUOA 5U7SA 3HPXA 1TPWA 3DKLA 3B0VC 4MYAA 2YZRA 4O12A 1H1ZA 5J5RA 1X8FA 1OHLA 3GX9A 1VCFA 2Z1BA 4JYEA 4IQLA 2ZA2A 2E68A 2YFOA 2A85A 4WY0A 1IXNA 3GDMA 1U83A 2ZYFA 4PL1A 4MYXA 3TW7A 2Y85A 4AB4A 1G6CA 2W0UA 5A8GA 1TRDA 3W7PA 2G5WA 1F76A 4UNLA 2E5DA 4LRTA 1Q6OA 1VYSX 3G3MA 3NQ2A 4HPXA 4MY8A 1Z42A 4JYFA 3SR7A 2J24A 3E9AA 1TCDA 1ALDA 1IIGA 3SY5A 1AMKA 3B0UX 3KXQA 4UTTC 4O14A 5HQEA 2AGKA 1J4EA 3S5ZA 3IIVA 1LRTA 3W2JA 1G7UA 4QIUA 3EXRA 2CLHA 4Z1BA 1CW2A 3TQ0A 1YDOA 3L66A 3E02A 1BKSA 3OVPA 4JTLA 3W7IA 5K4XA 2A6NA 2X1TA 4YCOA 3P67A 4HNTA 4GFSA 1OF8A 3UZJA 6TIMA 2YDAA 1P5BA 1FQ0A 3PVFA 2HMCA 4NX5A 4NZFA 3O15A 5D03A 3HG4A 4MFEA 3S42A 1EPXA 2R94A 3GXNA 1KA9F 1TPEA 5BMWA 3G8EA 1KTBA 3BLFA 3QFEA 3CWOX 4TU1A 2QCMA 4IX0A 2ISVA 4RR4A 4LUIA 4OWGA 3GNDA 3W7HA 4M6VA 3NM3A 2CLLA 2B0MA 2BLEA 5CPLA 3LLFA 3NDOA 4N02A 2DZVA 3O05A 1DQXA 1VYPX 4FIRA 3PBUA 1W56A 3P82A 3TC7A 1SZGA 1R46A 5FESA 3NQAA 3C2FA 4FIQA 4JTJA 1FCVA 3TDFA 1OVDA 1ICQA 3EWBX 3N34A 4X22A 4UFJA 4NU7A 4NXSA 1AW1A 4AXKA 3DHDA 2ZRZA 4AAJA 5CZ0A 3TFXA 4IJBA 2CLIA 3NQFA 4MUZA 3G1HA 4O10A 4PFMA 2NZLA 3TC6A 4UTMA 4JS3A 3W1RA 1EIXA 1I45A 2OCZA 2GQ9A 3UPBA 1M7PA 1H7RA 1XC4A 4ONVA 4LY8A 2BSLA 4YCPA 5D37A 1DVJA 1XL9A 1B4KA 1KFJA 2J9XA 1AW5A 1X1ZA 3P61A 4UC5A 3PUEA 3I7QA 1VCVA 2Y7EA 5CKSA 3ZS4A 3LRKA 4QQ3A 1XXXA 2CLOA 3NM1A 1D3GA 3NGJA 4Z1CA 1EWEA 3W7CA 1MXSA 3P74A 1OFPA 4GWEA 4JY8A 3W3OA 3ABOA 4JTTA 3O6DA 4CCCA 2NUYA 2X16A 4ML9A 4R7JA 4MLRA 3F03K 3CT7A 3HGJA 4JX5A 5AHMA 4X3ZA 1GVOA 3GKAA 3L5LA 2AAMA 1O4UA 1H51A 3ANYA 3TUUA 2ZZ3A 2EHHA 5AHEA 3KRUA 2GOUA 3S6DA 5DY2A 2RKXA 1JUEA 2NWSA 4LW7A 4NJGA 3FYPA 4K6AA 5E93A 3QPYA 3W87A 3UWZA 5F4XA 1VGAA 4XZ9A 3N9RA 3W75A 5LKYA 3GDLA 1KLZA 1SW0A 1YTKA 3B4UA 5DBTA 1TB3A 1MEWA 1R2SA 4BI7A 5D05A 3TR2A 1JRBA 3DFPA 4OT7A 3LCLA 3TE9A 1CI1A 4CLMA 4Q32A 4ZVJA 3LHTA 4WY0F 3LRMA 3NPWA 1W3NA 4ICNA 1SFLA 5F2LA 5K9DA 1KFLA 1QPRA 1ZHAA 1HUVA 1W3IA 4PC8A 1GYNA 3TJLA 2ZRYA 4O4WA 1GTHA 4NJKA 5D2XA 3PULA 2WNQA 3FS2A 3WJZA 4NNAA 4GBUA 2OT0A 3KOFA 3NQMA 3TIMA 3PUOA 1A53A 3SW6A 4QSHA 3W1LA 1D9EA 3C4UA 2C19A 1UCWA 4UMAA 1BTMA 1GYLA 4E0CA 1SFJA 1GVFA 3SZ8A 5IBXC 1WOAA 5TIMA 1EP2A 1PV8A 4YXGA 3OVQA 3UPWA 2XFWA 1VCGA 3UNDA 4LT9A 4DF0A 3MYOA 5EYWA 4MIMA 1J5TA 1DHPA 4GUGA 1LRNA 4KFOA 3IRDA 4ALDA 5HR6A 5EPDA 1ZENA 4JDYA 1S5VA 3O07A 3G1FA 5E0KA 1VHCA 4LS0A 5BOOA 3QPZA 1QOQA 5D2TA 1W31A 4IMGA 2Y7DA 4YMZA 4DO5A 1QR7A 1QO5A 1C29A 2J9YA 5DXXA 4JTSA 2EGZA 2FTPA 1G7VA 1N8FA 3BVJA 4AWSA 2DZXA 1GT8A 3DFSA 1TPUA 3BG3A 1M5WA 3LLDA 4Y96A 3AO0A 2ZRWA 2YX0A 4PEKA 3DZ1A 3GXPA 3PWAA 1T8XA 1JUKA 2C1HA 3ATYA 3T7VA 4FNTA 3NQVA 2CLKA 5LHEA 1B3OA 3W7EA 2ALDA 4GRSA 4ZQRA 4DELA 1VZWA 1XDLA 4FX8A 4YWIA 2VENA 1TV7A 1GEQA 1G4SA 4JYDA 3CQ0A 1W3TA 3NNTA 3NOEA 3WK3A 2FQIA 4OV4A 2QF7A 3LV5A 4IMEA 1I2RA 3TQKA 4DF1A 2HTMA 4MOZA 3TMQA 1HG3A 3BG5A 4UFKA 4JN6A 3W83A 3THQA 3HBLA 4AHOA 4ZQPA 3ELFA 5U4NA 3TH6A 2TPSA 3W88A 3ZWSA 4UFLA 5I3GA 3CHVA 2G96A 1OX5A 5IBXA 4TIMA 4GJ1A 5D09A 1FDZA 3HJZA 2NUWA 1OX4B 4UTHA 1ONRA 3MMTA 4LOCA 2TRSA 4NJJA 2BTMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3MBFA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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