3MHF | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	322
structure length	322
Chain Sequence	TLTENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of a class I tagatose-1,6-bisphosphate aldolase: investigation into an apparent loss of stereospecificity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
total genus	126
structure length	322
sequence length	322
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-04-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mhfA00

2GVLA 1JCJA 2WSQA 4NQ1A 3C2EA 3G0UA 4I7VA 4QAIA 3IGXA 2V8ZA 5F4XA 1PIIA 4RCXA 2DZUA 3RFAA 3MBDA 3O1NA 3CU2A 2A7RA 4ZQCA 1KFCA 5EMUA 1JRBA 3M6YA 3LRLA 3O05A 4XTIA 5D09A 1B57A 1TPEA 4JTEA 1SFLA 3EXRA 4OE7A 1R30A 5C2XA 2FPVA 3LTPA 4M7TA 1SO6A 1ZCOA 5D2XA 3NQ6A 2DZXA 1Q6RA 4EIVA 2X1UA 1W5OA 4YCOA 1O4UA 3K30A 2HS8A 3C61A 1GTEA 3GR7A 2DZSA 1GT8A 1XI3A 4FIRA 4O53A 1H60A 1FUYA 1SU5A 5HMSA 3NAVA 5AYYA 5D2TA 1K02A 4DBDA 1S5TA 4HIBA 4NJHA 5AHFA 1W5PA 3T44A 3W7MA 5LNSA 2NLIA 2P10A 2YXGA 4K8HA 1WBHA 4AXKA 3BLIA 4O14A 5KTLA 1X1OA 5AOUA 3N34A 4EVZA 4M6VA 5HINA 1F73A 4JYFA 5BNKA 4K39A 3OEXA 1VRDA 2V81A 3LRMA 3W7DA 2NXIA 3EKZA 2VXNA 1ZFJA 4XQ6A 1WXJA 3HPSA 3EWYA 4OWGA 3G0SA 1R46A 3T7VA 4NJIA 3HMJG 3W9ZA 3RMJA 3NG3A 4IMFA 3HIJA 4JYEA 1AG1O 2VENA 1OHLA 1LCOA 1VCFA 4UTIA 3AJXA 2Q8LA 3C0JA 1SFJA 1UASA 3G18A 1QAPA 1OJXA 5LHEA 4WOZA 3TQKA 4GUHA 3DHFA 4K38A 4CNPA 5K7JA 3A5FA 3L0NA 3L5LA 2E5DA 2R91A 2QCNA 3LB0A 1ALDA 3L5AA 4G1KA 4NNBA 1QPQA 3BARA 5EY5A 5K3VA 3EX4A 3NQGA 5LNRA 4IUOA 3W1AA 1FXQA 2ISSA 4O4WA 4UNLA 1P0KA 4KFNA 3AO0A 3USBA 4IJBA 4JIPA 4PA8A 3FJ6A 3O16A 5CPNA 3SW6A 4XTDA 3RLUA 4DPPA 3S5OA 1KLYA 3TCEA 3DKJA 3KX6A 3O15A 4MLJA 1SR9A 5FEZA 1SSDA 4MFEA 5I3HA 3SR7A 1GJPA 2ZRZA 3BG5A 2YYUA 5D03A 4JTKA 1SQ7A 1YDNA 3GXNA 1QOPA 3P61A 5HNRA 2BXVA 4S1FA 2NXHA 4MUZA 3UWUA 3DFNA 3DFTA 3TIMA 4UFHA 3TXZA 1HUVA 4K37A 1DVJA 3GR8A 4JTHA 2BSLA 1HG3A 3I7RA 2HTMA 3W3OA 5D38A 1FWNA 1KTBA 4UTTA 4IMDA 4R53A 5AFDA 2AQWA 3QPYA 3TSMA 4LS1A 3C4UA 1SUXA 4FIQA 3O6CA 3U8GA 4IGHA 4O19A 1Q3NA 1XUZA 2V2DA 3KHJA 5AHIA 1GYNA 5DLCA 4IOTA 1P5BA 1FWSA 3GZ3A 2ZRYA 5K4XA 2YSWA 1JCNA 4KWWA 2CZEA 3NDOA 3LHTA 3N9SA 3NQ7A 3NL6A 2NX1A 2J88A 3DFQA 4NX0A 3MYPA 3LLFA 1JVNA 4X9SA 4M5PA 1LROA 2QEZA 2ABBA 4LRSA 1G4SA 4MZ1A 2FTPA 5AYXA 3N2MA 3FKKA 1SSGA 3UZJA 4JTTA 2NUYA 3GK0A 3TXVA 1S5VA 2NV1A 3QJAA 4UFJA 1S3HA 3W7KA 6ALDA 1PHQA 4GRSA 1TO3A 5C6MA 3I6RA 1TV8A 4MOZA 1I2RA 1UB3A 3GDTA 4YWIA 3PR2A 2R14A 1PCWA 3W7EA 2C19A 4WUIA 1NFBA 1VR6A 1LP6A 3DU0A 4NX5A 3OHIA 3L5MA 4NUWA 2ZBTA 1XXXA 3B0PA 1OFAA 5I3FA 3HG3A 4DO5A 1LBFA 4GBUA 3RF9A 3G3MA 3QRHA 4NVTA 2ALDA 4JTFA 4TIMA 1J2WA 2Y6ZA 4UCGA 4UTUA 1P4CA 2WKJA 3Q58A 3PG8A 4NZFA 1EWDA 4HSOA 2C13A 5AC6A 5K9DA 3QZEA 3TUUA 2ATMA 2V0TA 2CLKA 2QCMA 5J5RA 1KBIA 4BI5A 5EPDA 1EP3A 3UWWA 2V5BA 2RHGA 3P5ZA 1R47A 4ZQRA 3TMLA 4O50A 2P1FA 1EA0A 2YR1A 3E49A 5BMXA 4N9DA 1FCVA 2C14A 3JR2A 1B4KA 3NL3A 1FQ0A 5EYWA 3EWZA 3HG4A 1MO0A 4JX4A 4O0KA 2WSRA 1DBTA 1F2JA 4LVDA 3LV6A 3IV3A 1AL8A 2DZTA 3OVQA 1RPXA 4AF0A 3P80A 1YXYA 3C6CA 4OGZA 4QITA 3LBCA 4XKYA 4TMBA 4M7SA 3BLFA 1OFPA 1QPRA 3GLCA 2OZ0A 3QQ1A 3SY5A 3O8AA 5I3KA 1MEHA 3VNDA 3W7IA 3LGEA 3NVTA 1TPH1 3DGRA 3M16A 3W75A 3PSWA 3TH6A 1LLZA 3CWOX 3FYOA 4RK8A 1D9EA 4UFLA 2BTMA 1R2TA 4Z08A 1DKWA 3BW3A 4ZQOA 3OG3A 3W2UA 3ANYA 4DO6A 4E0CA 5C5YA 1W1ZA 4O16A 3I7QA 5A5WA 1VYRA 3NA8A 3ZFHA 2CWNA 3STCA 3OVPA 2HMCA 2C16A 1LYXA 4HNTA 3PS7A 2B7OA 2LLEA 2BLEA 2C18A 1TTQA 3VE9A 3QYQA 1JUKA 4RLIA 5F2IA 3M5YA 6TIMA 1NF0A 1F05A 4LW7A 4ZL1A 3TMQA 3UY7A 4IMGA 4MLRA 3P74A 1OX5A 3EX2A 2W6RA 4PL1A 3MHUA 2RH9A 2YW4A 3FOKA 3GDRA 4UUIA 3BGGA 1ICPA 1GG0A 3BGJA 2VFEA 4PTNA 1ZAJA 4PC8A 4BWLA 3S8HA 1O5XA 4DPQA 3W7OA 3OVRA 4IQLA 2C15A 2CLOA 4A2RA 2WO5A 1VPXA 3SZ8A 3EXTA 4O1AA 1KFBA 2CW6A 3GXTA 3B0UX 3BG3A 3B05A 2F7FA 3LRKA 3CLMA 2VFHA 4O52A 5F2MA 1LLWA 4GJ1A 4DQWA 4AHQA 4GXMA 3CHVA 2DZPA 3G24A 3G0XA 1PS9A 3LHVA 2C3ZA 5F4SA 3MJYA 4FEZA 1SZEA 3W83A 5HQEA 4H6KA 2CLFA 3W1LA 2KZHA 3TAKA 3W84A 4JDBA 3PB2A 2NV2A 5C55A 2XN0A 5H2ZA 1Z41A 1QDSA 2RFGA 2GQ9A 1ZJIA 1Z48A 4CNOA 3C2RA 3DFOA 2C6QA 3O6YX 5I3IA 2O7QA 1GVFA 2QR6A 1VYSX 1IXQA 1JQVA 1H51A 1QWGA 4Y6GA 3TK7A 3BLEA 1YLVA 3TU9A 3UD6A 5H91A 2DZWA 5AHMA 3SI9A 1KLZA 4OV9A 1VHNA 1JUBA 3G22A 1KFKA 4ALDA 2V9DA 3MHFA 1T96A 3NOEA 1EEPA 2E68A 2GOUA 1FWTA 2WSYA 4FXRA 4MY9A 4CCCA 3W22A 1OX6A 3IIVA 1G6CA 1HL2A 5AC8A 5I3JA 1K7EA 4CLMA 5KINA 2ABAA 1DJQA 1K03A 2EKCA 3M9YA 1NEYA 4CQ8A 3W1QA 2ISVA 2YZRA 1O94A 4TU1A 3G1DA 4U4MA 4NU7A 1XKYA 2A7PA 4LUJA 1LBLA 1TPWA 4WOQA 1HFBA 1K3UA 3IIZA 5G2IA 1RVGA 3TJXA 1FCUA 1F74A 2XN1A 2WNZA 1ADOA 1WV2A 5CKSA 1OFQA 3PC0A 2V5LA 1AW1A 1FCQA 1YDVA 1W37A 4R7JA 3R2GA 3CPRA 2CFFA 3W7QA 3S5YA 2ZTKA 3C52A 2CLIA 1CI1A 3QH2A 2PURA 5D05A 1K7FA 4UTWC 4N4PA 3VKJA 1NAL1 1H5YA 4YCPA 1PE1A 4JDYA 3WJXA 1H61A 4N9EA 4HKPA 2ZRXA 2P0OA 3W07A 1QO2A 1W3TA 3S5NA 4O1CA 3M5ZA 1SO5A 3G1SA 3UWVA 1PV8A 3CB8A 4X3ZA 1PHWA 3GNNA 4AF0B 1ZY9A 3CT7A 3LHUA 2QUTA 1W3NA 1XFBA 4XKYB 4UR7A 1O5KA 5A8GA 1GVQA 1OYCA 3WJZA 1H63A 3HB9A 4UIOA 3FFSA 1MEIA 4IPJA 4U28A 1VLWA 1KM0A 2FJKA 3N2XA 4LVFA 1OK6A 3IIXA 1GG1A 3MP4A 2JBMA 3W2MA 1VLIA 1WBJA 3TR2A 1N55A 3EWBX 1RV8A 2QCCA 4CNNA 5I3GA 3E9AA 3QSTA 4S2CA 4K7VA 3S1XA 2YPIA 5BRBA 4YL2A 1F76A 3DH7A 1W5QA 3OA3A 4JD4A 2CLMA 3LM7A 2J27A 1YYAA 2Q3OA 1I2PA 5LNVA 1M5WA 3ABOA 2C0AA 3S6DA 1N7KA 5LNWA 3PG9A 4J9JA 1TREA 3T4CA 4D2JA 4GUGA 2YW3A 3LTSA 1H7NA 5EL1A 3NGJA 3TSDA 1ZAIA 3E02A 3TV8A 2OX1A 4XZ9A 1DQXA 1G7VA 1QO5A 3ZWSA 3PBUA 2YFNA 3W71A 5F2GA 2JKAA 3D0CA 5DXYA 4UTKA 3P81A 4O18A 4LVBA 3UWZA 3LLDA 2TMDA 2RDTA 5KMYA 3HGOA 4KFOA 2V82A 3LHWA 1H1ZA 3MI3A 2PCQA 2Y61A 3NQVA 5FF3A 3NM1A 2QJHA 1C9DA 1RQBA 2H6RA 2HSAA 5K9XA 3JRKA 1ME9A 5D2VA 1TV7A 3LCWA 1VC4A 2NX9A 4C1LA 1H62A 4MFDA 3LXAA 2X2GA 2CLEA 4Y9AA 4FXSA 4GFSA 5TBOA 4BI7A 3UPBA 3W1UA 4LVGA 4O12A 2G96A 3BW4A 3HGRA 1KFLA 4LTSA 2X16A 1FDJA 1TPUA 3W23A 1Q6LA 4WY0B 3UWYA 2GPTA 2GJLA 1IIGA 3IGSA 3NQAA 1Q45A 3F4WA 1TRIA 1PCKA 1XDLA 3UNDA 4LV9A 4E38A 1IXNA 4ORIA 5FF4A 4DF2A 2Y63A 2RDUA 4H3DA 4N9CA 3GDLA 4RXFA 1HO1A 2FFCA 4JS3A 3WK3A 4O13A 3ZS4A 4WX2A 1W0MA 4X2RA 4Z0SA 4Z1CA 5K9CA 2Q8ZA 3O06A 1QFEA 1RQHA 3W2JA 2YFOA 2ZFAA 3S42A 4ZQNA 2BZNA 3G1YA 5GVJA 4QISA 2QCFA 3FYPA 4N6FA 3R12A 5DY3A 5HWNA 1IIHA 3R89A 1GEQA 1ZHAA 3RK8A 5AB3A 1W3IA 4CQ9A 4AWTA 5D37A 3TX9A 3E12A 2Y62A 3LHZA 2DZVA 1SO4A 4Z1BA 2PRHA 3L2IA 2J9ZA 1SW3A 1ICSA 1OVDA 4UR8A 1H1YA 1J5TA 3W87A 1UUMA 3C56A 3HQ1A 2I1OA 4DXVA 1V5XA 3C2FA 1OX4B 4FNUA 4RR4A 2NWSA 1C29A 2OJPA 5F1UA 3W1RA 5FF2A 4GE8A 1D3HA 2J24A 1IGSA 5D02A 3MUXA 3IIOA 1G67A 3RNDA 1SPQA 1VJIA 1YDOA 3EXSA 3MI6A 5D2YA 4ZVJA 4AHOA 3LCXA 1DOSA 2ZRWA 3CTLA 1SZNA 5U4NA 5LKYA 3THAA 2FIQA 4MZ8A 1V7YA 1JJKA 4PH6A 3QMTA 2DP3A 3EX6A 2GQ8A 1TTIA 2TSYA 4TMCA 3P8JA 4RKAA 2DJLA 3W86A 3L0GA 3PM6A 3DI1A 5E1QA 4RXGA 4POCA 5CPMA 4JR5A 1GZGA 1XC4A 3P84A 3WFAA 3LTYA 2YCEA 3B8DA 3TFXA 3PULA 1FCBA 2X1RA 3HGSA 1WYIA 3LHYA 1YPFA 3EWWA 4I9AA 3W1TA 2A6LA 4GWEA 2ZA1A 2QKFA 2H8XA 1TSIA 2ZZ6A 5U7SA 2JKPA 4QNEA 2GQAA 1EPXA 3KVLA 2JGQA 3N3MA 3V1PA 4FNRA 4K6AA 3WK1A 5FESA 3MO7A 5KSWA 4FNPA 1BEUA 4LC6A 4TR9A 1W5NA 1EX5A 2NXGA 3PWAA 1A50A 2OCZA 3TJLA 1GVSA 1C8VA 3IVSA 2AAMA 3CIXA 1XM3A 1G7UA 4LUIA 4WQ6A 5HUOA 4EF8A 4XUGA 2Z6JA 1OYBA 3UPWA 2TPSA 1B9BA 1QNVA 1GQNA 1L2UA 2XFWA 3EWXA 3W88A 4UTJA 8TIMA 2OT0A 4BK9A 5G5IA 1E51A 3IRDA 3S0CA 3M43A 3G1AA 4IMEA 4RZ6A 1YXCA 2FB3A 3QSRA 3B03A 1CW2A 2YX0A 4M6QA 3QC3A 3TQVA 1RZMA 4JX5A 3DKLA 4FX6M 3L67A 3STFA 5FF7A 3N9RA 3GB6A 1DQWA 3CQ0A 4MYXA 1K8ZA 1KFEA 4B5NA 4O10A 1OF8A 3DI0A 3STEA 3M7WA 2ZA3A 4XBSA 5F2LA 1O95A 1R2SA 2A85A 2BWGA 1TPB1 4DBEA 3S1WA 2CLHA 1QOQA 1QMLA 2R8WA 2EGZA 3GDMA 1X8FA 3NPWA 2NUXA 3HPXA 4JICA 3WK0A 1IXPA 5HWMA 1H50A 5L9FA 5DXXA 2QCLA 3W7GA 1AW5A 1FDZA 3QW3A 2E6DA 4JXCA 3MWAA 3SSJA 1XUUA 3WJWA 2A0NA 3NXFA 3SGZA 5F1VA 4NT0A 1TPC1 3MMTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3MHFA

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