3MHF | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	322
structure length	322
Chain Sequence	TLTENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of a class I tagatose-1,6-bisphosphate aldolase: investigation into an apparent loss of stereospecificity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
total genus	126
structure length	322
sequence length	322
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-04-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mhfA00

1L6YA 2WNZA 4IPIA 1XDMA 5U4NA 4UTMA 4HNVA 2Z2UA 4JTGA 2IQTA 5L6UA 2GJNA 4JX5A 4HPJA 3M5ZA 2Y70A 3MWAA 2G5WA 4BI6A 3HQ1A 3AJXA 1TJRA 4G1KA 3O07A 2RH9A 1SU5A 3NZ1A 5AYYA 1RR2A 4RXFA 1TO3A 2EF9A 3NL6A 4PL2A 4E2DA 3BG5A 1GOXA 5AC8A 4ADSA 3P5ZA 4Y90A 1Q6OA 5FESA 3NQ6A 4LS2A 4UNKA 1IXQA 1RD5A 4RXGA 5TIMA 3N9SA 4OQVA 3C2RA 3PAJA 4KFOA 1SW0A 1Q6RA 1MXSA 2QUUA 4KWVA 4ZQMA 1TTQA 3ZS4A 4ZQPA 2Z6JA 3F4NA 1XM3A 3VFLA 3L0NA 1L6WA 2WPBA 3PC0A 2Y88A 1W3IA 3W6YA 5D09A 2CU0A 3W7QA 2TRSA 1IF2A 1MSSA 1JRCA 3O6CA 1LCOA 4Z1CA 5D05A 4XWUA 1TPB1 3A9IA 1VYSX 2ZRVA 4H6KA 1EP1A 1EWDA 2C18A 4N9DA 1A5SA 5AC6A 1TTPA 3MI6A 3O06A 5KTLA 3N2XA 2FQIA 3S0CA 3C2EA 4LUJA 1JCYA 1TPC1 1UB3A 5FF0A 2J9XA 2A6LA 4FIRA 3TAOA 3G1AA 3W74A 3LERA 3W2KA 3ZR4A 1Z48A 1PHWA 3LGEA 4CNOA 3G0XA 3JR2A 1TV5A 5H91A 2NUYA 2YDAA 3PBWA 1UUMA 4WOQA 2HS6A 1UASA 1DHPA 1THFD 3PR2A 4FX7A 3PF3A 4OT7A 2LLEA 1F5ZA 2VELA 1DBTA 5G2IA 1SSDA 1BWLA 3SI9A 4MPQA 1FCBA 4W9TA 3HOJA 3CTLA 3LXCA 3PUDA 3S5ZA 3DFNA 1L2UA 4RZ6A 4UUIA 4M6VA 1A53A 2QKFA 2Y62A 4N2YA 3TJXA 3C2VA 4NNCA 3B05A 5AHFA 2DU2A 1LRNA 1ZAHA 3MHUA 3TH6A 3C52A 4FHAA 3UNDA 4WXZA 3QC3A 3W7EA 4EIVA 4GWEA 2XN0A 1JVNA 4ZQRA 4LNYA 2ABAA 1U83A 3HBLA 4UFKA 2YR1A 6TIMA 3OVRA 1EUAA 4OWGA 2A0NA 1SO4A 1F74A 1T8XA 5D2WA 3OEXA 1G6CA 2BWGA 5IBXC 3BGGA 2D73A 1GT8A 1NF7A 1ME8A 5T26A 1IXOA 3A5VA 1GPWA 2OT0A 2G97A 2GUUA 2V82A 5K9DA 1VCFA 3MW7A 4Y6GA 5DELA 2YPIA 2VFIA 1GWJA 4R53A 1G69A 5DXXA 3W7HA 2ZBTA 3UXAA 3QMSA 3RK8A 4AB4A 3UWQA 3W73A 4Y9AA 4AF0B 3MYOA 3BG9A 1K03A 1MEHA 2NWRA 1ALDA 4ZVJA 2CZEA 2E68A 3BW3A 4UNLA 4WY0F 2DZTA 1OX4A 1SZFA 4UXDA 2QCNA 4IX0A 2QDHA 2JBMA 1P1XA 3NA8A 3FEMA 2QAPA 3L67A 2Y61A 1BKSA 3NQDA 3FLUA 1ZHAA 1FDZA 3QPYA 3W1MA 1L6SA 1KM2A 4GNJA 3TAKA 5FEZA 4GUJA 1OFDA 2ZZ1A 3QEZA 1ME7A 4O1BA 2VFHA 1WA3A 2QEZA 4U4MA 1PV8A 4YWIA 3R2GA 5ABTA 1LYXA 1KFEA 2NX1A 4NNAA 2B7PA 1B3OA 3B06A 2Q3OA 3W70A 4PFMA 2VEKA 4DF1A 3CU2A 2Y7DA 3PG8A 4BWLA 2CZFA 2C1HA 2E5CA 2QJIA 2F84A 3FYOA 3G22A 5F4WA 4JEQA 1OFOA 1O5KA 3QRHA 2G96A 2ZQ0A 1JUEA 4LWWA 3NL2A 1TYGA 4NX5A 3G0SA 4UTTA 1ICQA 3W76A 3R13A 5EBUA 4ONVA 4MYAA 1ZFJA 3A22A 3M9YA 5LNWA 3NQ7A 3IEBA 3O16A 1FWSA 3GYEA 2RKXA 3A5FA 4JGDA 5BMXA 3TC7A 1F76A 3LM7A 3EWXA 4GXMA 3LCLA 3O15A 1WXJA 4O17A 3STCA 4O16A 3W2LA 1CW2A 1KTCA 1OFAA 2ZRXA 4S2CA 4Q32A 4JIQA 5FI8A 1XL9A 3W7JA 2TSYA 3CM4A 4JYFA 3R8RA 2Y7GA 2R14A 1VHNA 4OGZA 4CQ8A 4QITA 3KVMA 2BTMA 1W5PA 5F2GA 1AL8A 3IGUA 4IJBA 4YXGA 5DY2A 1AL7A 1GTHA 2YYTA 3IVUA 1NF0A 4Y96A 4Z1BA 4FXRA 5GVJA 5K9XA 3VI2A 1FCUA 3ATZA 1R46A 3S1XA 1IIGA 4MY1A 5D2XA 4LRTA 3LCIA 4O11A 2WV8A 2QCCA 3PY2A 3TSBA 2J88A 5BMWA 3BLEA 4HKPA 5EPDA 4A2SA 4LS1A 2E5BA 3CLMA 2PE4A 3NVTA 4NQ1A 5F4SA 1VS1A 2VXNA 2HS8A 3TIMA 2NX9A 1TTIA 4X3ZA 3LTPA 1MZHA 3TQVA 1EX5A 3UWUA 1ONRA 3H54A 3PG9A 1K7XA 3TX9A 1W54A 3QSTA 5D04C 3F03K 1W0MA 4IUOA 3U8GA 1H63A 1M7PA 1PL9A 1I2NA 1VR6A 3PUOA 3DKJA 3ABOA 1NVMA 2WSQA 3RLVA 2EPHA 4JTEA 4H4IA 3TW6A 1BTMA 1GG0A 4KKXA 2CW6A 4UCGA 1TPH1 3T4CA 1UCWA 1G4TA 1LTDA 3UWYA 2V2HA 1FWNA 4JDBA 2RDWA 3P5YA 1PCWA 3WJWA 3USBA 2WOQA 1SUXA 1OX5A 1FWRA 4JY9A 4MJZA 3I6RA 2ISWA 3JS3A 3TMLA 5AHLA 1EP3A 3TKFA 4E38A 3Q2DA 2ZZ3A 1X7FA 2NZLA 3DENA 1LLZA 3KOFA 5HR6A 4MLJA 5E93A 3DFSA 2PC4A 2ZA2A 2WNQA 2AQWA 3VCRA 1KLZA 2C19A 1F7BA 2A85A 1NSJA 5D2TA 2J6XA 3WJYA 2J24A 2ZRZA 5DBTA 1LM1A 3DFQA 5K2ZA 3NGJA 1OJXA 3P80A 4WY0B 4N4PA 3TW7A 4DEFA 5FF3A 4GUGA 3DBPA 3DH7A 5BW6A 4O1AA 5F2LA 5K7JA 5EY5A 2V30A 4IOTA 1EA0A 3UPWA 3NZRA 1FX6A 4O12A 2JKAA 1SSGA 2B7QA 5G2WA 4WXYA 5LNUA 1W8SA 3DI0A 3G1VA 3MMTA 2E6AA 3W71A 1DJNA 5CZSA 4FF7A 1KFBA 4QNWA 2A7PA 3EKLA 1OVDA 2Y6ZA 1A50A 4FIQA 3TK7A 1GEQA 2BSLA 3W7GA 3UD6A 3SSJA 5E0KA 4CCDA 1XBYA 3IVTA 1KLYA 4U28A 5EYWA 3G18A 3EWUA 3S1WA 3STFA 1CX9A 1JUKA 4NNBA 3EXSA 4YMZA 1T0OA 1OG0A 3DZ1A 1PE1A 2E5DA 5AOUA 4QIUA 1A5AA 4ZQNA 3L66A 4BI5A 1NEYA 3U2OA 4RR4A 3OIXA 1QPQA 2QUTA 4X2RA 3LRLA 1QO2A 2I9EA 5FF7A 5U7SA 1B4EA 4ADUA 4DBEA 4GBUA 3W1NA 4NJHA 3M47A 1N7KA 2GVLA 3H53A 2Z1BA 3BPWA 3KVLA 4DF2A 1LOQA 2CLKA 3W2NA 4C1LA 3M5XA 3NG3A 3HF3A 3ZWSA 1LRTA 1OF6A 2B7OA 3W3OA 1VYRA 2WSYA 4ZMGA 3IIVA 4AH7A 2EKCA 3NM1A 4BF9A 2A2IA 3GXNA 3KFTA 3OBKA 1PS9A 4RLIA 2Q8ZA 3L5AA 1RQBA 2WKJA 1BEUA 4UIOA 5FF2A 1D3HA 3CB8A 3ANYA 1EIXA 4LU0A 3I68A 5EA9A 4K38A 2C16A 2HTMA 1N55A 4I7WA 2CWNA 3HG5A 3FJ6A 3BVJA 1BWKA 4AWSA 1DJQA 3UPBA 3QMRA 2DZSA 4S1FA 5HQEA 3BG3A 3PSWA 5CZJA 1OK6A 4KWWA 4O54A 8TIMA 4JD4A 1KA9F 5DCDA 4UFMA 3PB2A 3TE9A 5CPLA 2BXVA 3I7SA 4O15A 3IIZA 1K3UA 3LTSA 5K4XA 2DORA 3GDTA 2ZZ5A 1UUOA 3CWOX 5F2IA 3NQEA 4I9AA 4FNQA 1SQ7A 1SZNA 4LVAA 1QMLA 3NEVA 1QOPA 5HNRA 4NT0A 4YLWA 5FEXA 3DKLA 3FA5A 1M5WA 3LI0A 3W7IA 5HWNA 2YYUA 1H7NA 2CLEA 2FDSA 3PBYA 3W87A 3RLUA 1YLVA 2CLMA 2H8ZA 3CIXA 3NQMA 3P67A 5HUPA 2UV8G 4PC8A 4FXSA 2ZRWA 1VYPX 1FWTA 2ZTJA 1S5VA 2E77A 1IGSA 3LTYA 1U5JA 1YTDA 2J9ZA 3OVPA 4K37A 4BWLC 4JIPA 4O52A 2ZCGA 3N3MA 1QPOA 1KW1A 1SO3A 4P2VA 3QM3A 3SECA 4LC6A 1S5TA 4FNTA 4JICA 2XFWA 3VNDA 2E6DA 3FJLA 3KRUA 2V9DA 1AW2A 4Y8FA 3W7LA 3Q94A 3UY8A 4UMCA 4UTTC 4O1DA 1KFJA 5F4XA 3L5LA 3RU6A 4AVFA 3LI1A 3W72A 1R2TA 3TCEA 1X1OA 3OG3A 3HIJA 3CQ0A 3BARA 3LRMA 2ZZ7A 1H7WA 3IGSA 4FB7A 1I8JA 3FKKA 4MZ8A 1TPUA 2X1RA 1R2SA 2R8WA 3TUUA 4DPQA 3LHVA 4K36A 4M19A 5AHMA 2FFCA 4UMAA 5I3GA 2I14A 2H90A 5F1VA 1V5XA 3MHFA 1H61A 1S5WA 4DO5A 2J27A 2A6NA 3STEA 3SZ8A 4JDYA 4ORIA 2H3BA 1KM4A 4UR8A 1GVRA 2QDGA 4HNNA 5MHBA 3GXPA 3P74A 1R2RA 3WK1A 3S1UA 3PBVA 5BRBA 3FIGA 4POCA 3QJAA 4UTWA 3T40A 4PTNA 2V2DA 3ATYA 4O0ZA 2EAWA 4UTJA 4GC4A 2QAFA 3SGZA 1YPFA 4O8RA 1W5NA 1H1ZA 3OVQA 2Q8LA 2H3DA 1FUYA 3S8HA 3KVJA 3NPXA 4LT9A 3BLFA 3MJYA 5EL1A 2CZ5A 1YTEA 4M5PA 3LHWA 1SZGA 2ALDA 1OFRA 2DZWA 3SFKA 5C2XA 5AHNA 2FB2A 1TB3A 5H2ZA 2C14A 4LRSA 3TA6A 5HINA 1TRDA 2FPVA 1MO0A 1F6PA 3D0CA 1WQ5A 3LCFA 3NNTA 1P0KA 3EB2A 3TJLA 3WFAA 3B0UX 1QPRA 4HT3A 4MYXA 4RCXA 4DELA 5LNVA 3EX4A 3DXIA 3QFEA 2Y85A 4ZZ9A 4XTDA 1SW7A 2QCGA 1JULA 3PVFA 4WD0A 3UYCA 4WY0A 3S5YA 2Q3RA 3G8RA 5HR7A 2VFGA 3NYZA 5C6MA 5SWUA 1AW1A 3BW2A 4H3DA 1TV7A 1VH7A 5J5DA 3INPA 1SZEA 5DBUA 3E02A 4RZ4A 4LW7A 3PBUA 2BX7A 3HGRA 3QYQA 1KM5A 2WQPA 4PL1A 5DXYA 1O4UA 3FFSA 3PM6A 1ZJIA 1I2PA 4OV4A 2YFOA 4LVDA 5LHEA 1YYAA 4B5NA 3IIXA 3MP4A 3SGUA 4JTKA 2NXIA 3QZEA 3HPXA 1PIIA 5F1UA 1VQTA 3E9AA 1B4KA 1KFCA 2C3ZA 3LCGA 4MY9A 4YCOA 3TSDA 3N9RA 2DJLA 3L0KA 4HSNA 2W79A 3BGJA 4MZ1A 4GJ1A 3TFCA 3W7CA 1EWEA 5DY3A 4O18A 1C9DA 2GQ9A 4YCPA 1KBIA 4MIMA 3B0VC 3NQVA 1KV8A 3R5EA 1W56A 4LV4A 3TSMA 2KZHA 3A24A 1H7XA 1HO1A 4Z1AA 1VPXA 1D3GA 3G3MA 2QCFA 1T99A 1TRIA 1Y0EA 2QR6A 4XBSA 3I65A 1W37A 1TV8A 4JYDA 4HN4A 1XBZA 1LRQA 4NJKA 4RK8A 2EHHA 3ZWTA 1ZAJA 2FJKA 3GDLA 3O6YX 1H5YA 2W0UA 2ZFAA 3W1UA 3SIZA 1FY6A 2GOUA 1M7OA 2NWSA 4TMBA 4FEZA 3IV3A 3LV6A 4JR5A 3W75A 1L9WA 4HNTA 1KFKA 1TCDA 5EKYA 1B57A 1G4PA 4R7JA 3NPVA 3WK2A 3GNDA 3CT7A 2HSAA 4NZJA 4UFHA 1J5TA 6ALDA 1Z42A 2OZ0A 4DO4A 1RQEA 2ATSA 1SFLA 5CSRA 3GLCA 4AWUA 2OJPA 1K8XA 4JTSA 3LXBA 1JCXA 4OE7A 3W7PA 1CI1A 4LOCA 2DP3A 1AMKA 4LY8A 3P62A 3QW4B 4E0CA 1YDOA 1XCFA 3MO7A 1VHCA 2DJXA 5AN7A 4IWWA 4X22A 3QW3A 4K7VA 3TQ0A 4BK9A 3PS7A 3WJXA 1GQNA 3LCXA 1GVOA 2NX3A 1SO6A 3GAYA 4Z1DA 1JCNA 3CWNA 3A21A 3WJSA 1LBFA 2JGQA 4QNEA 2I1OA 5KZMA 1H50A 4O57A 4O14A 1ICSA 1G4SA 1SW3A 3EX3A 3ABSA 4DBDA 5F2MA 3KX6A 1K8ZA 1EUNA 5TQLA 3NPWA 5LNRA 2NLIA 3LDVA 3Q37A 2CLLA 1DORA 1DKWA 3C6CA 4HNUA 2V0TA 4MOZA 3G8EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3MHFA

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